PROSITE entry PS51749

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

PURL [info]	https://purl.expasy.org/prosite/signature/PS51749
Entry name [info]	HNH_CAS9
Accession [info]	PS51749
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-MAR-2015 CREATED; 26-FEB-2020 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC51749
Associated ProRule [info]	PRU01085

Name and characterization of the entry

Description [info]

Cas9-type HNH domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=156;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=151;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.0493281; R2=0.0167008; TEXT='-LogE';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=12884.3740234; R2=4.5284553; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=686; H_SCORE=15991; N_SCORE=13.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=267; H_SCORE=14093; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-7; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='T';  M=  1,  5,-14,  0,  3,-17,-11,-11,-17, -6,-20,-16,  9,-10, -2, -8, 23, 28,-10,-34,-16,  1;
/M: SY='E';  M=-13,  9,-27, 10, 16,-10,-11,  7,-24, -4,-18,-14,  9,-14,  3, -5, -3,-10,-25,-24, -7, 10;
/M: SY='K';  M= -8,  5,-25,  8,  9,-29,-14, -4,-27, 20,-27,-14,  5,-12, 14, 18,  5, -3,-20,-27,-14, 10;
/M: SY='G';  M= -8,  6,-27,  5,  8,-26, 11, -4,-24, -4,-19, -7,  7,-14,  4, -7, -2,-11,-24,-27,-19,  6;
/M: SY='R';  M=  5, -6,-24, -9,  1,-24,-14, -8,-23, 22,-20, -9, -3,-13,  8, 27, -3, -7,-15,-20,-13,  3;
/M: SY='K';  M= -7,  4,-24,  3,  1,-11,-15, -8,-24, 13,-21,-13,  4,-15, -2, 13, -3, -6,-17,-22, -8, -1;
/M: SY='E';  M= -2, 15,-24, 13, 28,-26,-11, -1,-24,  8,-23,-18, 17, -8,  9,  0,  3, -6,-25,-31,-19, 19;
/M: SY='I';  M= -7,-18,-23,-23,-16,  3,-24,-18,  9,-15, -3,  1, -8,-19,-12, -7, -1, -1,  6,-22, -3,-16;
/M: SY='Q';  M=-13,  9,-30, 16, 30,-34,-18,  4,-28, 11,-22,-13,  3, -8, 31, 13, -1,-10,-29,-26,-15, 29;
/M: SY='K';  M=-10, -4,-32, -1, 13,-31,-20, -8,-26, 28,-28,-11, -4, 13, 14, 14, -8,-10,-24,-23,-15, 12;
/M: SY='R';  M=  4,-10,-24,-13,  1,-20,-17, -9,-13,  6,-12, -6, -6,-14,  6, 17, -3, -7, -9,-21,-13,  1;
/M: SY='Q';  M=-11, -6,-25,-10, -1,-14,-21,  1, -4, -6,  4,  7, -3,-20, 17, -3,-10, -8,-14,-19, -1,  8;
/M: SY='K';  M= -3,  3,-26,  1, 13,-26,-15, -6,-26, 26,-24,-13,  4,-11,  8, 21, -3, -8,-20,-24,-14, 10;
/M: SY='R';  M= -6,  9,-26, 14, 13,-27, -7, -5,-30,  8,-23,-18,  4,-12,  4, 15,  1, -7,-22,-28,-18,  7;
/M: SY='N';  M=-10,  1,-21, -8,-11, -9,-17, -7,  0, -7, -1, -2, 11,-24, -9,  1, -7, -5, -3,-29,-11,-11;
/M: SY='K';  M=-14, -4,-29, -3, 11,-12,-22,  1,-21, 18,-17,-10, -5,-14,  6, 17, -8, -6,-18,-11, 10,  6;
/I:         I=-12; MD=-25;
/M: SY='N';  M= -6, 11,-18, 10,  0,-19,  4, -5,-20,  5,-19,-13, 12,-10, -2,  0,  2, -1,-16,-21,-13, -1; D=-12;
/I:         I=-12; MD=-25;
/M: SY='D';  M= -2, 12,-15, 17, 12,-18, -7, -3,-17,  5,-13,-11,  4, -4,  3, -1,  0, -5,-13,-17,-10,  8; D=-12;
/I:         I=-12; MI=-25; MD=-25; IM=-25; DM=-25;
/M: SY='R';  M= -7,  4,-15,  1,  2,-13, -8, -1,-15, 17,-15, -7,  9, -9,  4, 19, -2, -4,-13,-14, -7,  2; D=-12;
/I:         I=-12; DM=-25;
/M: SY='E';  M= -7,  8,-17, 13, 17,-19,-10,  1,-16,  8,-13, -8,  3, -4, 14,  3, -1, -6,-16,-15, -9, 15; D=-12;
/I:         I=-12; DM=-25;
/M: SY='E';  M= -2,  9,-25, 13, 20,-29,-14, -7,-28, 19,-25,-17,  3, -8,  7,  6,  1, -6,-20,-28,-16, 13;
/M: SY='A';  M= 34, -7,-12,-13, -8,-21,  5,-17,-15,-11,-17,-14, -3,-11, -8,-17, 18,  4, -5,-26,-21, -8;
/M: SY='M';  M= -4,-22,-21,-27,-15, -2,-26,-16, 20,-18, 20, 24,-21,-21,-11,-17,-17, -8, 14,-22, -4,-14;
/M: SY='K';  M= -5, -8,-26, -8,  3,-21,-21,-11,-16, 23, -9, -2, -8,-14,  7, 13,-12, -9,-13,-20, -9,  5;
/M: SY='E';  M=-11, 11,-30, 18, 31,-31,-19, -5,-31, 27,-26,-17,  3, -6, 12, 12, -5,-10,-25,-27,-15, 22;
/I:         I=-10; MD=-21;
/M: SY='F';  M= -2,-15, -2,-20,-14,  7,-17,-14, -1,-10, -1, -2,-10,-16,-13, -3, -8, -6,  1,-12, -2,-14; D=-10;
/I:         I=-10; MD=-21;
/M: SY='R';  M= -1, -3,-18, -3,  8,-19,-11, -2,-17, 13,-14, -6, -1, -8, 13, 18, -2, -6,-14,-15, -9, 10; D=-10;
/I:         I=-10; MD=-21;
/M: SY='K';  M= -9,  5,-20,  5, 13,-18,-11, -1,-20, 19,-18,-10,  8, -8,  7, 18, -3, -6,-17,-18,-10,  9; D=-10;
/I:         I=-10; MI=0; MD=-21; IM=0; DM=-21;
/M: SY='D';  M= -6,  6,-17,  7,  3,-20,  4, -2,-19,  6,-17, -9,  7, -8,  6,  2, -1, -7,-17,-16,-11,  5; D=-10;
/I:         I=-10; DM=-21;
/M: SY='F';  M= -6,-21,-21,-26,-17, 24,-24,-13, -1,-12, 10,  2,-18,-24,-19,-11,-17, -9, -2, -4, 15,-17;
/M: SY='G';  M= -3, -4,-24, -5, -4,-19, 18,-13,-20,-13,-14,-12,  2,-18,-10,-13,  0, -9,-16,-27,-20, -7;
/M: SY='G';  M=  2, -5,-21, -4,  0,-22, 19,-13,-25,-13,-21,-16,  1,-14, -6,-13, 13, -2,-18,-29,-22, -3;
/M: SY='K';  M=-13, -3,-30, -1, 15,-21,-22,  2,-23, 22,-20, -8, -3,-13, 19, 20, -8,-10,-22,-14,  2, 16;
/M: SY='I';  M= -2,-26,-29,-32,-22, -8,-31,-27, 30,-24,  7,  9,-19,  1,-17,-27,-14, -9, 16,-22, -8,-24;
/M: SY='E';  M= -4, -4,-20, -4,  4,-14,-15,-10,-11, -2, -5, -6,  0,-16, -2, -4,  2,  0,-10,-29,-12,  1;
/M: SY='K';  M= -6, -8,-25, -7,  0,-21,-16,-11,-19, 11,-18,-10, -4,  1,  0, 11,  1, -2,-15,-27,-14, -1;
/M: SY='E';  M= -8,  0,-31,  6, 26,-30, -6, -8,-30, 14,-26,-17, -3,  6,  7,  2, -4,-12,-27,-26,-20, 16;
/I:         I=-7; MD=-15;
/M: SY='H';  M= -9,  9,-15,  5,  0,-11, -7, 37,-15, -3,-14, -5, 17,-11,  3,  0, -1, -7,-17,-20,  2,  0; D=-7;
/I:         I=-7; MD=-15;
/M: SY='P';  M= -3,-11,-17,-11, -7, -9,-13,-12,  5,-10, -6, -2, -8, 14, -7,-12, -2, -2, -1,-16, -9, -9; D=-7;
/I:         I=-7; MI=0; MD=-15; IM=0; DM=-15;
/M: SY='L';  M= -7,-13,-13,-15, -8, 10,-16, -8,  3,-12, 14,  6,-12,-15, -4, -8,-12, -6, -1, -7,  3, -5; D=-7;
/I:         I=-7; DM=-15;
/M: SY='D';  M=-14, 16,-28, 20, 10,-29,-16, -1,-24,  8,-17,-11,  8,-14, 13,  6, -5, -9,-23,-29,-13, 11;
/M: SY='N';  M= -4,  5,-24, -3,-11,-14,-18,-12,  8,-14, -6, -3, 11,-17,-10,-17, -4, -6, -1,-29,-11,-13;
/M: SY='L';  M= -9, -2,-21, -1, -2,-13,-21,-13, -5, -4,  1, -3, -5,-18, -8, -7, -8,  0, -1,-28,-10, -5;
/M: SY='R';  M=-14,  2,-29, -1,  5,-25,-17, -3,-29, 35,-26,-11,  9,-15,  9, 41, -7, -9,-21,-23,-11,  5;
/M: SY='L';  M=-11,-20,-21,-25,-19, 11,-27,-17, 16,-26, 30, 12,-14,-27,-19,-18,-22, -9,  6,-20,  0,-19;
/M: SY='R';  M=-20, -4,-29, -2, -4, -5,-21,  3,-23, 12,-15,-10, -3,-21,  0, 33,-11,-10,-18,-10, 12, -5;
/M: SY='L';  M= -1,-27,-20,-30,-20,  4,-27,-21, 20,-27, 36, 15,-25,-25,-18,-21,-22, -8, 11,-20, -3,-20;
/M: SY='Y';  M=-17,-22,-30,-23,-18, 20,-27, -1, -4, -7,  2, -1,-21,-27,-13, -8,-23,-13,-10, 29, 43,-17;
/M: SY='E';  M=-14, -1,-30,  4, 24,-11,-23, 18,-21,  5,-15,-11, -5,-12,  9,  0, -8,-11,-23,-11, 16, 14;
/M: SY='L';  M=-11,-17,-24,-18, -2,  1,-26, -9,  0,-14, 16,  7,-16,-21,  5, -9,-16,-10, -8,-17, -1,  3;
/M: SY='Q';  M= -1, -1,-27, -3, 16,-37,-17,  6,-19,  7,-19, -1, -1,-10, 50,  6,  1, -9,-26,-20,-11, 33;
/M: SY='N';  M= -9,  9,-27,  3, -3,-25, 11, 12,-30,  5,-28,-14, 20,-18, -1,  2, -1,-12,-28,-28,-13, -3;
/M: SY='G';  M= -4, -7, -7, -6, -4,-28, 34,-17,-36,-15,-26,-20, -3,-19,-13,-17, -2,-16,-27,-27,-28, -8;
/M: SY='R';  M= -4,-12,-26,-16, -6,-11,-21,-13,-12, 16,-13, -5, -6,-16, -2, 20, -9, -8, -8,-17, -6, -6;
/M: SY='C';  M=-10,  4, 56,  4,-11,-26,-20,-18,-31,-18,-24,-23, -4,-27,-17,-21,  0, -6,-16,-46,-26,-14;
/M: SY='L';  M=  5,-22,-18,-28,-18,  0,-20,-14, 13,-19, 27, 25,-22,-22,-12,-17,-17, -8,  8,-20, -5,-15;
/M: SY='Y';  M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20,  0,-10,  0,  0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20;
/M: SY='T';  M=  3, -5, 10,-10,-10,-15,-14,-18,-14,-14,-18,-14, -1,-16,-10,-14, 21, 24, -2,-37,-17,-10;
/M: SY='G';  M= -2, -5,-30, -4,-17,-31, 64,-18,-40,-18,-30,-21,  2,-19,-18,-19,  0,-19,-30,-22,-29,-18;
/M: SY='K';  M=  0,  4,-24,  4, 14,-28,-16, -8,-23, 15,-21,-12,  0, -8, 12,  5,  1,  1,-18,-25,-14, 13;
/M: SY='E';  M= -9, 17,-23, 17, 20,-24,-16, -5,-24,  5,-21,-18, 12, -8,  5, -2,  6,  9,-21,-32,-16, 12;
/M: SY='I';  M=-10,-30,-26,-36,-26,  4,-36,-26, 37,-30, 33, 20,-24,-24,-20,-26,-24,-10, 21,-20,  0,-26;
/M: SY='D';  M= -7, 20,-23, 21,  2,-27,  3, -7,-29, -1,-27,-21, 18,-13, -4, -6,  9,  3,-22,-34,-19, -1;
/M: SY='I';  M=-13,-17,-29,-20,-20, -1,-33,-17, 27,-22, 12, 10,-15,-21,-16,-23,-18,-10, 13,-15,  9,-22;
/M: SY='H';  M=-12,  8,-27, 10, -2,-25,  5, 41,-32,-10,-25,-12, 13,-18,  0, -7,  0,-13,-28,-31, -4, -3;
/M: SY='D';  M=-16, 17,-26, 21,  5,-23,-16, -1,-28,  8,-22,-17, 10,-15,  1, 17, -1,  0,-21,-27, -8,  1;
/M: SY='L';  M=-11,-28,  2,-31,-23, 16,-30,-22,  9,-30, 33, 11,-27,-32,-24,-22,-25,-10,  5,-20,  0,-23;
/I:         I=-10; MD=-21;
/M: SY='B';  M= -7, 11,-15,  9,  1,-13, -9, -1, -5, -3, -9, -5, 11, -9,  3, -4, -1, -4, -9,-17, -7,  1; D=-10;
/I:         I=-10; MI=0; MD=-21; IM=0; DM=-21;
/M: SY='K';  M= -1, -1,-14,  0,  5,-15,  5, -6,-17,  6,-16, -9,  1, -6,  1,  1,  3, -3,-12,-15,-11,  3; D=-10;
/I:         I=-10; DM=-21;
/M: SY='S';  M=  8,  2,-15, -2, -4,-20, 10, -9,-20, -3,-22,-14,  9,-12, -4, -7, 14,  1,-14,-25,-18, -4; D=-10;
/I:         I=-10; DM=-21;
/M: SY='Q';  M=-11,  5,-23,  2,  2,-13,-15,  6,-13,  7,-13, -1,  5,-14, 12,  3, -5, -7,-17,-13,  6,  6; D=-10;
/I:         I=-10; DM=-21;
/M: SY='Y';  M=-11,-16,-20,-16, -8, 16,-24, -4,  3,-12,  5,  1,-17,-21,-12,-11,-13, -7,  2, -1, 23,-11; D=-10;
/I:         I=-10; DM=-21;
/M: SY='E';  M=-13, 20,-30, 32, 42,-35,-17,  2,-31,  7,-23,-20,  6, -5, 20, -1,  0,-10,-30,-31,-18, 31;
/M: SY='I';  M= -8,-30,-23,-35,-27,  3,-35,-27, 37,-28, 27, 18,-25,-25,-22,-25,-21, -8, 28,-22, -2,-27;
/M: SY='D';  M=-20, 50,-30, 70, 20,-40,-10,  0,-40,  0,-30,-30, 20,-10,  0,-10,  0,-10,-30,-40,-20, 10;
/M: SY='H';  M=-20,  0,-30,  0,  0,-20,-20,100,-30,-10,-20,  0, 10,-20, 10,  0,-10,-20,-30,-30, 20,  0;
/M: SY='I';  M=  1,-26,-26,-36,-26, -4,-33,-28, 39,-26, 15, 15,-18,-18,-18,-28,-15, -8, 25,-20, -4,-26;
/M: SY='I';  M= -8,-29,-21,-32,-26,  6,-33,-22, 30,-25, 24, 15,-26,-27,-22,-22,-20, -7, 26,-18,  5,-26;
/M: SY='P';  M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='Q';  M=-14,-13,-27,-14, -1, -3,-24,  0,-11, -1, -4,  1, -9,-19, 18,  8,-11,-10,-16,-10,  7,  8;
/M: SY='S';  M= 22, -3,-10, -6, -3,-20,  0,-13,-17,-10,-24,-17,  4,-10, -3,-13, 31, 14, -7,-34,-20, -3;
/M: SY='F';  M=-16,-17,-27,-21,-16, 11,-12,  2,-12, -9, -7, -3, -7,-23,-13,  6,-13,-13,-11,-13,  5,-16;
/M: SY='T';  M= -5,-12,-22,-15, -9,-12,-22,-19, -2, -7, -4, -4,-10,  1, -9,-10, -1, 11, -3,-26,-11,-10;
/M: SY='W';  M=-12,-15,-30,-18,-12,  3, -8,-18,-22,  5,-18,-11,-12,-20,-13, -1,-14,-11,-17, 16,  3,-10;
/M: SY='D';  M=-15, 32,-27, 46, 11,-27,-11,  1,-31, -3,-26,-24, 13,-13, -1,-10,  3, -5,-24,-30, -5,  4;
/M: SY='D';  M=-13, 37,-26, 39,  7,-31,  6,  1,-33, -3,-30,-25, 32,-15, -3, -8,  4, -8,-30,-37,-21,  2;
/M: SY='S';  M=  5,  6,-12,  2, -1,-19, -3, -8,-19, -8,-27,-19, 16,-12, -1, -8, 32, 21,-12,-39,-19, -1;
/M: SY='L';  M=-14,-26,-25,-31,-22, 17,-31,-16, 16,-19, 19, 10,-20,-25,-18, -8,-21,-10,  8,-10, 11,-22;
/M: SY='B';  M= -7, 23,-23, 20,  3,-24, -8,  1,-22,  2,-21,-13, 22,-16,  0,  4,  1, -5,-21,-32,-17,  1;
/M: SY='N';  M=-10, 34,-23, 23,  0,-24,  9,  4,-26, -3,-30,-21, 45,-19, -3, -5,  7, -5,-30,-37,-22, -2;
/M: SY='K';  M=-11,  5,-28,  3, 13,-25,-18, -5,-25, 29,-22,-11,  7,-12,  8, 20, -7, -8,-21,-25,-12, 10;
/M: SY='V';  M=  6,-27,-12,-29,-26, -1,-26,-27, 23,-20, 13,  9,-27,-27,-26,-20,-10, -2, 36,-27,-10,-26;
/M: SY='L';  M= -8,-20,-18,-23,-19,  4,-26,-17, 16,-24, 32, 13,-17,-29,-19,-17,-21, -7, 10,-24, -4,-19;
/M: SY='V';  M=  6,-20,-11,-24,-21, -4,-23,-25, 14,-18,  9,  4,-20,-23,-21,-18, -3,  9, 26,-27,-10,-21;
/M: SY='I';  M= -7,-21,-20,-23,-18,  7,-24,-14,  9,-17,  6,  3,-15,-23,-15,-11, -6, -2,  9,-17,  7,-18;
/M: SY='C';  M= 11, -9, 28,-15,-14,-20, -6,-20,-21,-17,-21,-17, -5,-20,-14,-19, 13,  6, -8,-36,-23,-14;
/M: SY='S';  M=  5, -1,-18,  0,  5,-20,-14,-13,-14,  2,-17,-12, -3,-11, -3, -5,  8,  6, -5,-29,-16,  1;
/M: SY='E';  M=  0, -1,-23, -1, 13,-24, -9, -8,-23,  7,-20,-13,  0,-10,  9,  8,  5,  2,-18,-26,-16, 10;
/M: SY='N';  M=-11, 23,  0,  8, -5,-20, -8,  2,-23,  0,-27,-19, 39,-23, -3,  6,  4, -3,-25,-39,-20, -5;
/M: SY='Q';  M=-11,  2,-28, -1,  5,-29, -4,  3,-26, 10,-23, -9,  9,-16, 24, 22, -1,-10,-27,-23,-14, 13;
/M: SY='D';  M=-11, 14,-28, 16, 16,-28,  5, -3,-32,  3,-25,-20, 14,-13,  3,  5,  0,-10,-28,-29,-21,  9;
/M: SY='K';  M= -7,  6,-25,  3,  7,-27,-14, -7,-27, 33,-30,-13, 10,-11,  7, 19,  1, -4,-20,-26,-13,  7;
/M: SY='G';  M= -2, -7,-25, -7, -6,-24, 18,-15,-27,  2,-22,-13, -1,-16, -6, -3,  3, -7,-19,-25,-19, -6;
/M: SY='N';  M=-10, 32,-23, 29,  9,-29, -6,  4,-26,  0,-29,-20, 33,-14,  8, -3, 10, -1,-27,-37,-19,  8;
/M: SY='B';  M=-14, 19,-28, 19, 11,-31,-13,  4,-27, 14,-26,-14, 18,-14, 19, 14,  0, -8,-27,-29,-15, 15;
/M: SY='T';  M= -1,-10,-13,-16,-17, -6,-10,-23, -4,-15, -7, -6, -8,-17,-18,-14,  8, 24,  8,-27,-11,-17;
/M: SY='P';  M=-10,-11,-37, -6,  0,-29,-17,-16,-20, -9,-30,-20, -8, 74, -9,-17, -7, -9,-30,-31,-29, -9;
/M: SY='Y';  M=-13,-17,-24,-18,-14, 19,-21, -3,-10, -9, -9, -7,-10,-15,-12, -1, -4, -3,-10, -2, 24,-14;
/M: SY='E';  M= -1, -7,-25, -7, 15,-19,-21,-10, -6, -2, -2, -3, -9,-11,  8, -7, -7, -8,-10,-23,-12, 11;
/I:         I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='W';  M= -9,-15,-29,-16, -3, 16,-20,-17,-16,-14,-10,-13,-16,-19,-15,-15,-15,-14,-17, 29,  9, -6;
/M: SY='V';  M=  2,-18,  3,-23,-21, -8,-14,-22,  4,-21,  5,  0,-15,-26,-21,-21,-10, -6,  9,-28,-14,-21;
/M: SY='Q';  M= -8, -4,-22, -3, -6,-18,-14,-10, -3, -9, -4, -1, -5,-21,  2, -9, -6, -7,  0,-27,-12, -2;
/M: SY='R';  M=-10,  1,-27,  3,  4,-27, -8, -7,-31, 25,-27,-14,  3,-14,  5, 28, -2, -7,-21,-24,-14,  3;
/I:         I=-7; MD=-15;
/M: SY='K';  M=-10,  8,  0, 11,  4,-24,-15, -9,-26, 15,-22,-14,  1,-12, -1,  5, -6, -8,-16,-25,-13,  2; D=-7;
/I:         I=-7; MI=0; MD=-15; IM=0; DM=-15;
/M: SY='R';  M=-11, -2,-18, -8, -5,-10,-12,  2, -7,  6, -6, 10,  5,-15,  3, 19, -7, -6, -9,-19, -7, -3; D=-7;
/I:         I=-7; DM=-15;
/M: SY='K';  M= -4, -3,-20,  0, -2,-18,-16,-13,-12,  5,-12, -8, -4,-16, -5, -1,  2,  0, -3,-30,-13, -3;
/M: SY='R';  M=  4,  4,-20,  2,  3,-21,-12, -9,-19,  3,-17,-14,  3,-14, -1,  7,  4,  1,-11,-28,-16,  0;
/M: SY='Y';  M= -6, -3,-26, -2, -3, -4, -5, -7,-21, -2,-15,-12, -4,-18, -8, -2, -7,-10,-17,-12,  2, -6;
/M: SY='W';  M=-19,-28,-46,-31,-26,  6,-17,-24,-20,-17,-21,-20,-25,-29,-17,-17,-33,-26,-30,122, 23,-17;
/M: SY='R';  M=-11, -6,-26, -5,  4,-14,-18,  3,-19, 10,-18, -9, -3,-16, 13, 17,  0, -4,-18,-13,  8,  6;
/M: SY='K';  M=-11,  1,-28, -2,  9,-16,-19, -5,-24, 25,-22, -9,  3,-13, 11, 15, -7, -9,-21,-19, -7, 11;
/M: SY='L';  M=-13,-23,-24,-25,-14, 10,-28,-14,  7,-16, 20, 10,-19,-25, -7, -5,-20,-10,  0,-15,  2,-11;
/M: SY='E';  M= -8, -9,-23, -8,  5,-11,-24,-11, -8,  2, -1, -3,-11,-16, -3, -2, -8,  0, -5,-21, -4,  1;
/M: SY='Q';  M=  3, -9,-23,-10, -2,-21,-16,-11, -9, -4,-10, -5, -6,  0,  5, -7, -2, -4,-10,-25,-15,  1;
/I:         I=-14; MD=-29;
/M: SY='N';  M=  0, -4,-19,-10, -8, -2, -6,-10,-13, -2,-10, -8,  3,-17, -9, -1, -2, -4,-11,-18, -7, -8; D=-14;
/I:         I=-14; MI=-29; MD=-29; IM=-29; DM=-29;
/M: SY='K';  M=  2, -2,-17, -5,  3,-17,-16,-12,-10,  6,-13, -8, -2,-12, -3, -1,  1,  4, -2,-24,-13,  0; D=-14;
/I:         I=-14; DM=-29;
/M: SY='L';  M= -7,-18,-18,-20,-11,  8,-23,-17,  3,-21, 18,  4,-16,-22,-15,-15, -8,  3,  1,-21, -2,-12;
/I:         I=-11; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23;
/M: SY='T';  M=  2,-11,-15,-17,-14, 11, -7,-17,-13,-17,-12,-11, -4,-17,-17,-15, 11, 12, -6,-19, -4,-14;
/M: SY='D';  M=-11, 24,-26, 34, 20,-33,-12, -4,-33, 11,-28,-22, 11, -8,  5,  1,  5, -5,-24,-34,-18, 13;
/M: SY='B';  M=-13, 26,-24, 24,  5,-23,-11,  3,-24,  1,-23,-18, 24,-15,  5,  1,  4,  1,-24,-30,-10,  4;
/M: SY='L';  M=-11,-29, -6,-31,-22, 12,-30,-21, 14,-30, 40, 14,-28,-31,-23,-21,-27,-10,  7,-21, -1,-22;
/M: SY='T';  M= -1, -2,-18, -3,  4,-19,-15,-15,-17, -7,-19,-15, -1,  9, -3,-10, 16, 24,-12,-32,-17,  0;
/M: SY='R';  M= -5, -3,-25, -9, -3,-19,-18,-10,-13, 15,-16, -7,  4,-15,  0, 18, -4, -2,-10,-24,-11, -3;
/M: SY='A';  M= 15, -7,-19,-10,  4,-19,-12,-14,-14,  3, -8, -8, -8,-12, -2, -5,  0, -4, -8,-23,-15,  1;
/M: SY='K';  M=-10,  3,-30,  6, 25,-30,-20, -7,-30, 38,-27,-13,  0, -7, 13, 21, -7,-10,-23,-23,-13, 19;
/M: SY='K';  M=-13, -3,-30, -3,  8,-28,-20, -5,-29, 40,-26, -9,  0,-13, 15, 40, -9,-10,-21,-20,-10, 10;
/M: SY='E';  M= -7, -5,-30, -3, 11,-27,  4,-10,-19, -1,-18,-10, -3,-12,  8, -6, -4,-13,-20,-23,-17,  9;
/I:         I=-10; MD=-21;
/M: SY='R';  M= -8,-10,-14,-10, -7, -2,-14, -2, -4,  4, -4, -1, -7,-14, -3, 15, -7, -4,  1, -6,  6, -7; D=-10;
/I:         I=-10; MD=-21;
/M: SY='I';  M= -6,-17,-14,-20,-14,  2,-20,-14, 21,-17, 18, 11,-13,-13,-11,-14,-13, -6, 12,-11,  0,-14; D=-10;
/I:         I=-10; MI=0; MD=-21; IM=0; DM=-21;
/M: SY='A';  M= 12,  3,-11,  2,  6,-15, -6, -8,-12, -3, -9, -9, -1, -5, -1, -8,  5,  3, -7,-17,-12,  2; D=-10;
/I:         I=-10; DM=-21;
/M: SY='D';  M=-11, 12,-19, 18,  8,-21,-10,  0,-21, 10,-16,-11,  6, -8,  8, 12, -2, -6,-16,-18, -9,  8; D=-10;
/I:         I=-10; DM=-21;
/M: SY='G';  M= -5,-13,-22,-18,-19,-10,  3,-19, -1,-20,  2, -1, -7,-22,-18,-18, -7, -2, -1,-24,-13,-19;
/M: SY='L';  M=-10,-22,-24,-25,-17,  1,-27,-14, 13,-16, 17,  8,-17,-23,-12, -6,-14, -6,  6,-18,  3,-17;
/I:         I=-13; MD=-27;
/M: SY='R';  M= -8, -9,-24,-10, -3,-15,-16,-11,-19, 10,-17, -9, -6,-14,  3, 12, -4,  0,-15,  3, -4,  0; D=-13;
/I:         I=-13; MI=-27; MD=-27; IM=-27; DM=-27;
/M: SY='D';  M=-12, 11,-23, 17, 10,-13,-16, -8,-22, -1,-17,-16,  2, -2, -4, -7, -1,  0,-18,-24,-10,  4; D=-13;
/I:         I=-13; DM=-27;
/M: SY='E';  M=  1,  4,-21,  6,  7,-17,-13, -7,-17,  0,-11, -9, -2,-11,  5, -5, -3, -7,-14,-20,-10,  6; D=-13;
/I:         I=-13; DM=-27;
/M: SY='D';  M=-13, 28,-26, 37, 21,-29,-14, -2,-25,  0,-22,-21, 14,-12,  1, -7,  0, -7,-20,-36,-19, 11;
/M: SY='K';  M=-14, 12,-30, 18, 16,-32,-17, -4,-32, 28,-27,-15,  5,-11, 13, 21, -6,-10,-24,-26,-13, 14;
/M: SY='K';  M=  7,  2,-25,  0,  2,-27,-11,-12,-22, 14,-24,-14,  1,  4, -1,  1, -1, -6,-17,-25,-18,  0;
/M: SY='D';  M= -9,  9,-29, 12,  8,-30, 11, -7,-34,  9,-28,-18,  9,-13,  0,  4, -2,-12,-27,-26,-20,  4;
/M: SY='F';  M=-18,-30,-22,-40,-30, 68,-32,-22,  8,-30, 12,  3,-20,-28,-37,-22,-20,-10,  5,  5, 25,-30;
/M: SY='I';  M=-12, -8,-30,-10,-10,-16,-29,-19, 11,  0, -4,  3, -7,-15, -7, -8,-14,-10,  5,-23, -6,-11;
/M: SY='E';  M=-14,  9,-29, 15, 24,-16,-20,  4,-27,  6,-19,-14,  2,-10,  8,  0, -5,-11,-24,-24, -7, 17;
/M: SY='R';  M=-17,-10,-30,-10, -3,-21, -7, -3,-31, 23,-21,-11,  0,-20,  6, 57, -9,-11,-21,-20,-13, -3;
/M: SY='N';  M= -7, 22,-21, 11,  6,-26, -6,  7,-20,  1,-27,-14, 34,-15, 18,  1, 12,  0,-27,-34,-17, 12;
/M: SY='L';  M=-11,-27,-21,-29,-20, 11,-28,-11, 17,-24, 38, 23,-27,-28,-15,-17,-27,-10,  7,-13, 12,-18;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2025_02 which contains 573'230 sequence entries.

Total number of hits	14 in 14 different sequences
Number of true positive hits	14 in 14 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Prokaryotes (Bacteria)
Maximum number of repetitions [info]	1
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	CJA_Sigrist
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	HNH Cas9-type
Version [info]	4

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

14 sequences

CAS9A_STRTD (Q03LF7), CAS9B_STRTD (Q03JI6), CAS9_ACTNH  (J3F2B0),

CAS9_CAMJE  (Q0P897), CAS9_CORDI  (Q6NKI3), CAS9_FRATN  (A0Q5Y3), 
CAS9_LISIN  (Q927P4), CAS9_NEIM8  (C9X1G5), CAS9_NEIMA  (A1IQ68), 
CAS9_PASMU  (Q9CLT2), CAS9_STAAU  (J7RUA5), CAS9_STRMU  (Q8DTE3), 
CAS9_STRP1  (Q99ZW2), CAS9_STRTR  (G3ECR1)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

PDB
[Detailed view]

140 PDB

4CMP; 4CMQ; 4OGC; 4OGE; 4OO8; 4UN3; 4UN4; 4UN5; 4ZT0; 4ZT9; 5AXW; 5B2O;
» more