PROSITE entry PS51744

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	HC_PRO_CPD
Accession [info]	PS51744
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-JAN-2015 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 27-MAR-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC51744
Associated ProRule [info]	PRU01080

Name and characterization of the entry

Description [info]

Helper-component proteinase (HC-Pro) cysteine protease (CPD) domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=122;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=117;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.2420571; R2=0.0153408; TEXT='-LogE';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=9759.5917969; R2=11.5726395; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=571; H_SCORE=16368; N_SCORE=11.0; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=278; H_SCORE=12977; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-9; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='M';  M=  2,-10,-17,-15,-13, -9,-19, -4,  1,-12, -1,  7,-10,-17, -7,-13, -2,  6,  5,-23, -3,-11;
/M: SY='Y';  M=-14,-23,-26,-27,-21, 32,-27,  3, -1,-19,  7,  1,-20,-28,-19,-15,-20,-11, -6, 17, 39,-20;
/M: SY='V';  M= -3,-12,-12,-16,-12, -9,-24,-20, 11,-14, -1,  0, -9,-21,-15,-16, -4,  1, 17,-30,-12,-14;
/M: SY='P';  M=  6,-20,-23,-24,-14, 11,-17,-20,-10,-17,-10,-10,-17, 16,-20,-20, -7, -7,-10,-13, -6,-17;
/M: SY='K';  M= -2, -1,-25, -3,  4,-23,-15, -9,-22, 22,-20,-10,  2, -8,  3, 14, -4, -6,-17,-24,-13,  3;
/M: SY='E';  M= -2, 13,-22, 13, 18,-25,-11,  4,-22, -1,-22,-16, 12,-11,  6, -6,  7, -3,-19,-33,-16, 11;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='Y';  M=-19,-23,-27,-26,-22, 39,-30,  6,  2,-17,  8,  2,-21,-30,-18,-13,-21,-10, -5, 20, 59,-22;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='Y';  M=-20,-21,-29,-22,-21, 34,-30, 17,  0,-12,  1,  0,-20,-30,-12,-11,-20,-10, -9, 28, 76,-21;
/M: SY='L';  M= -4,-25,-20,-30,-21,  1,-27,-19, 23,-23, 24, 21,-21,-23,-15,-20,-16, -6, 16,-22, -4,-19;
/M: SY='N';  M=-10, 15,-21,  4, -5, -9,-11, 10,-13, -6,-16,-11, 26,-21, -1, -4,  3,  2,-20,-24,  2, -4;
/M: SY='I';  M=-10,-26,-26,-31,-20,  2,-34,-21, 28,-24, 22, 16,-20,-22,-10,-21,-20,-10, 15,-19,  0,-17;
/M: SY='F';  M=-19,-30,-20,-39,-29, 70,-30,-20,  3,-30, 16,  3,-21,-30,-37,-20,-21,-10,  1,  6, 26,-29;
/M: SY='L';  M=  6,-23,-17,-28,-20,  1,-23,-23, 15,-22, 20,  8,-21,-22,-19,-20,-12, -1, 15,-21, -6,-20;
/M: SY='P';  M=  6,-18, -8,-19,-11,-18,-18,-12, -9,-16, -9, -8,-16, 15,-13,-20, -8, -8,-10,-28,-17,-14;
/M: SY='M';  M=  1,-20,-18,-28,-18, -2,-18, -7, 15,-14, 20, 41,-20,-20, -5,-14,-16, -8,  8,-20, -4,-12;
/M: SY='L';  M= -5,-18,-18,-20,-15,  2,-20, -8,  6,-17, 12, 12,-16,-23,-10,-14, -6, -1,  4,-18,  7,-13;
/M: SY='F';  M= -7,-20,-21,-27,-22, 15,-13,-19,  6,-21,  5,  4,-14,-24,-21,-18,-12, -9,  6,-14,  0,-21;
/M: SY='F';  M=-11, -3,-23, -7, -9,  9,-19,  3,-11,-11, -4, -5,  1,-22, -9, -5, -9, -8,-13,-15,  7, -9;
/M: SY='V';  M= -3,-27,  5,-33,-29, -5,-32,-29, 25,-25,  7,  7,-23,-27,-25,-26,-13, -6, 29,-29,-10,-29;
/M: SY='P';  M= -7,  6,-25,  5, -2,-23, -8,-12,-18, -7,-23,-16,  7, 11, -7,-11,  5,  5,-18,-32,-19, -6;
/M: SY='D';  M=-11, 13,-28, 18, 16,-21, -8, -5,-23, -4,-20,-18,  6, -8,  0,-10, -1, -9,-22,-27,-13,  7;
/M: SY='E';  M=  2, 11,-23, 15, 19,-25,-12, -4,-24, -1,-20,-17,  4, -9,  7, -7,  7, -2,-19,-28,-14, 13;
/M: SY='N';  M=-11, 18,-24, 13,  9,-22,-11, 17,-22,  0,-21,-13, 24,-16,  7, -1,  3, -5,-25,-33,-11,  8;
/M: SY='A';  M= 17,-13,-14,-19,-13,-13,-14,-17, -4, -5, -6, -2,-11,-16,-10, -2,  2,  5,  6,-23,-13,-12;
/M: SY='E';  M= -3,  0,-26,  4, 13,-26,-11,-10,-24, 13,-24,-15, -1, -2,  3,  6,  1, -6,-18,-27,-17,  7;
/M: SY='S';  M=  1,  3,-19,  2, -3,-14, -8,-11,-18, -5,-15,-13,  3,-15, -6, -4,  8,  5,-12,-28,-13, -5;
/M: SY='F';  M=-16,-29,-19,-36,-29, 59,-30,-19,  6,-27, 11,  3,-22,-30,-35,-19,-19, -8,  9,  3, 25,-29;
/M: SY='T';  M= -6,  2, -8,  2, -5,-19,-17, -6,-16, -5,-17,-12,  0,-17, -7, -5,  6,  7, -6,-33,-12, -7;
/M: SY='R';  M= -8, -3,-26, -4,  6,-22,-18, -6,-24, 25,-20,-10,  1,-15,  6, 34, -6, -8,-15,-23,-13,  4;
/M: SY='F';  M=-14,-16,-22,-20,-16, 23,-26,-13,  0,-16,  7,  4,-14,-23,-15,-11,-13, -3, -2, -9, 11,-15;
/M: SY='I';  M= -4,-29,-19,-33,-27,  1,-32,-26, 34,-24, 20, 18,-25,-25,-22,-23,-17, -6, 32,-24, -5,-27;
/M: SY='E';  M= -8,  5,-26,  4, 16,-24, -5, -3,-27,  8,-22,-16,  9,-12,  5, 15,  1, -5,-24,-27,-18,  9;
/I:         I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='Q';  M=-10, -4,-27, -7,  6,-26,-22, -2,-12, 11,-15,  0, -1,-13, 25, 13, -4, -5,-15,-22, -9, 14;
/M: SY='L';  M=  3,-23,-12,-27,-21, -2,-24,-23, 16,-22, 19, 10,-22,-24,-19,-20,-12, -2, 17,-24, -8,-20;
/M: SY='V';  M= -6,-25,  2,-25,-21,-12,-27,-25,  6,-19, -5,  1,-24,  3,-21,-22,-12, -6, 12,-32,-17,-23;
/M: SY='E';  M=-12,  9,-30, 15, 17,-27,-17, -6,-24,  4,-21,-17,  3, 10,  4, -1, -4, -7,-25,-31,-19,  9;
/M: SY='S';  M= -1, -2,-20, -4,  0,-17,-16,-11, -7, -1,-10, -2, -2,-14, -1, -6,  1,  0, -3,-28,-13, -1;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-19, 20,-29, 49, 22,-30,-30,-19,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='A';  M= 17, -7,-22, -9,  5,-25,-11,-14,-17, -1,-18,-12, -8, 11,  3,-10,  3, -2,-14,-24,-19,  3;
/M: SY='W';  M=-20,-35,-44,-36,-28, 20,-23,-19,-14,-19,-14,-14,-34,-30,-20,-18,-34,-24,-24,115, 40,-21;
/M: SY='P';  M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='T';  M=  0, -2,-14, -8, -6,-13,-17,-17,-13, -3,-12,-10,  0,-11, -6, -5, 16, 31, -4,-30,-11, -6;
/M: SY='L';  M=-13,-28,-20,-33,-23, 30,-28,-16, 14,-26, 31, 22,-25,-28,-22,-18,-25,-10,  7,-10, 10,-21;
/M: SY='R';  M= -2,-10,-24,-11, -5,-20,  2,-10,-15, -1,-15, -2, -5,-16,  0,  3, -1, -7,-10,-24,-15, -3;
/M: SY='D';  M= -9, 19,-24, 23, 12,-26,-12,  6,-22, -2,-20,-13, 13,-13,  5, -6,  3, -4,-19,-34,-14,  8;
/M: SY='V';  M= -7,-29,-18,-30,-26,  7,-31,-20, 25,-23, 21, 13,-27,-29,-23,-20,-18, -5, 28,-18,  7,-26;
/M: SY='L';  M= 14,-21,-17,-25,-16, -1,-18,-17,  6,-20, 22,  6,-21,-22,-15,-19,-13, -6,  4,-16, -2,-16;
/M: SY='R';  M= -7, -3,-22, -9, -6,-16,-14,-13,-15,  7,-14, -8,  1,-15, -4, 11,  1, 11, -9,-25,-11, -6;
/M: SY='A';  M= 16,-10,-18,-15, -4,-16,-14,-18, -9, -6,-11, -8,-11,-14, -5,-12,  2,  4, -1,-11,-12, -4;
/M: SY='C';  M= -4,-24, 22,-30,-24, -4,-27,-22,  6,-25, 14, 10,-23,-29,-20,-22,-17, -8,  8,-30,-11,-22;
/M: SY='L';  M= -8, -7,-12,-11,-12, -8,-22, -8, -2,-11,  4, -1, -5,-23,-10, -8,-13, -8, -5,-24, -4,-12;
/M: SY='Y';  M=-13,-10,-25,-17,-13,  4,-21,  3, -3,-10, -2,  7, -4,-22, -4, -5,-12, -7, -9, -4, 10, -9;
/M: SY='L';  M= -1,-25,-21,-31,-21,  2,-26,-18, 22,-23, 29, 24,-23,-23,-14,-20,-20, -9, 13,-20, -3,-18;
/M: SY='A';  M= 15,-12,-16,-18,-14,-15, -3,-18, -3,-13, -9, -4, -8,-15,-11,-15,  8,  3,  3,-26,-16,-13;
/M: SY='T';  M= -4,-12,-20,-17,-10, -9,-23, -9,  0,-10,  2,  0, -9,-17, -8, -4, -3,  9,  2,-25, -6,-11;
/M: SY='Y';  M=-16,-16,-26,-18,-14, 15,-26, -3, -2, -6,  4,  4,-14,-24,-11,  0,-18,-10, -5, -3, 23,-14;
/M: SY='Y';  M=-20,-22,-26,-27,-22, 46,-29, 11, -3,-19,  2,  0,-17,-29,-21,-13,-19,-11, -8, 15, 51,-22;
/M: SY='P';  M= -8,-17,-37,-10, -4,-29, -4,-20,-23,-12,-29,-19,-15, 65,-12,-19, -7, -9,-28,-28,-29,-12;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='E';  M= -7,  7,-21, 13, 22,-19,-16, -4,-18,  4,-14,-13, -1, -7,  4, -3, -1, -3,-14,-22, -9, 13; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='V';  M=  3,-19,  3,-25,-22, -7,-25,-25,  9,-19,  3,  1,-17,-22,-20,-20, -3,  9, 18,-29,-12,-22;
/M: SY='Y';  M= -9,-17,-23,-18,-11, -4,-24, -3,  1, -7,  2,  3,-14,-22, -1,  1,-10, -6,  1,-15,  8, -8;
/M: SY='D';  M= -9, 17,-13, 18,  3,-27, -6, -5,-28,  1,-26,-19, 15,-15,  2, -1,  7,  0,-22,-34,-18,  2;
/M: SY='A';  M= 38, -9, -1,-18,-10,-19, -4,-20,-12,-11,-13,-12, -8,-12,-10,-19, 12,  5, -2,-25,-20,-10;
/M: SY='P';  M= -2,-14,-29, -9,  8,-20,-20,-16,-11, -9, -9,-10,-16, 29, -6,-15, -9, -8,-15,-27,-20, -1;
/M: SY='L';  M= -4,-23,-18,-27,-21,  0,-27,-13, 18,-22, 20, 15,-21,-24,-17,-18,-15, -3, 18,-24, -3,-20;
/M: SY='P';  M= -2,-19,-36,-11, -1,-29,-17,-20,-19,-10,-27,-19,-19, 76,-10,-20, -7, -9,-26,-29,-29,-10;
/M: SY='V';  M= -9,-16,-24,-17, -7,-11,-26,-18,  4, -7, -1,  0,-13, -8, -9, -1, -8,  1,  5,-25,-10,-10;
/M: SY='I';  M=-11,-25,-28,-33,-25, -2,-35,-10, 35,-26, 15, 19,-16,-21,-15,-24,-19,-11, 21,-22,  2,-24;
/M: SY='L';  M=  7,-24,-18,-28,-18,  1,-22,-21, 14,-24, 31, 12,-24,-24,-17,-21,-18, -7,  9,-20, -6,-18;
/M: SY='V';  M= -3,-24,-15,-24,-22, -1,-28,-25, 15, -6,  2,  5,-23,-26,-22, -9,-11, -3, 32,-25, -7,-22;
/M: SY='D';  M=-18, 28,-29, 40, 12,-32,-13, 20,-35,  1,-27,-20, 15,-13,  3,  3, -1,-10,-27,-35,-10,  6;
/M: SY='H';  M=-13, -5,-31, -3, -1,-22,-19, 67,-27,-10,-21, -5,  2,  4,  4, -6, -9,-17,-28,-29,  7, -3;
/M: SY='A';  M=  4, -4,-23, -3,  4,-21,  1,-15,-13, -9,-14,-11, -5,-13, -7,-14,  1, -6, -7,-27,-19, -2;
/M: SY='S';  M= -3,  3,-18,  2,  2,-19,-14, -1,-15, -5,-17,-11,  5,-14,  2, -5, 11, 10, -8,-32,-12,  1;
/M: SY='K';  M= -8, -8,-28, -8,  4,-24,-20, -8,-20, 22,-15, -5, -6, -6, 10, 20,-10, -9,-17,-21,-11,  6;
/M: SY='T';  M= -4, -5,-17,-10, -5,-15,-20, -5, -8, -9, -8, -4, -3,-14,  4, -7,  8, 21, -4,-28, -7, -1;
/M: SY='M';  M=-12,-27,-17,-35,-26, 21,-30,-18, 21,-24, 19, 23,-22,-25,-21,-20,-20, -9, 14,-14,  6,-23;
/M: SY='H';  M=-20,  0,-30,  0,  0,-20,-20,100,-30,-10,-20,  0, 10,-20, 10,  0,-10,-20,-30,-30, 20,  0;
/M: SY='V';  M= -1,-30,-12,-31,-30,  0,-31,-30, 32,-21, 11, 11,-29,-29,-29,-21,-11, -1, 48,-29, -9,-30;
/M: SY='V';  M= -4,-21,-21,-21,-16, -9,-24,-21,  8,-16,  0,  3,-19,  6,-16,-18, -6,  3, 11,-28,-13,-18;
/M: SY='D';  M=-13, 33,-25, 45, 10,-32, -6, -6,-33, -4,-26,-25, 14,-11, -3,-11,  6,  3,-23,-37,-19,  4;
/M: SY='S';  M=  2, -5,-10, -7, -3,-22,-13,-13,-20, -2,-23,-15, -1,  4, -1, -3,  9,  6,-15,-31,-19, -3;
/M: SY='F';  M=-15,-20,-24,-22,-15, 20,-25, -6, -6, -8,  5,  0,-14,-26,-13,  8,-14, -8, -6, -5, 19,-15;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='S';  M=  1, -6,  0,-10, -9, -9,-11,-13, -3,-11,-10, -5, -2,-12, -7,-11, 12, 12,  2,-25,-11, -8; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='L';  M= -3,-25,-19,-26,-19, -2,-27,-21, 17,-16, 21, 11,-23,-25,-16,-13,-17, -6, 18,-23, -6,-18;
/M: SY='P';  M= -5,  1,-24, -1,  1,-24,-13, -8,-18, -5,-24,-14,  7, 16,  6, -8, 10,  9,-20,-32,-19,  2;
/M: SY='P';  M= -1, -8,-22, -8, -4,-22,-10, -6,-17, -6,-21,-12, -4,  8, -2, -9,  7,  6,-12,-29,-16, -5;
/M: SY='G';  M=  1, -9,-25,-10,-16,-25, 48,-17,-31,-17,-26,-14,  0,-18,-15,-17,  6, -9,-23,-24,-25,-16;
/M: SY='W';  M=-17,-25,-35,-26,-17, 12,-24, -3, -5,-12, -4,  4,-25,-26, -9,-13,-25,-17,-14, 56, 39,-13;
/M: SY='H';  M=-19, -4,-27, -6, -6, -5,-21, 69,-21,-14,-11,  0,  6,-22,  0, -4,-12,-17,-23,-25, 17, -6;
/M: SY='I';  M= -5,-20,-22,-24,-18, -2,-25,-15, 12,-14,  5,  8,-17,-13,-13,-12,-10, -2, 10,-18,  2,-18;
/M: SY='L';  M=-10,-29,-22,-32,-22,  7,-30,-19, 25,-27, 41, 25,-27,-27,-17,-20,-27,-10, 14,-20,  0,-20;
/M: SY='K';  M=-10,  0,-15, -3,  5,-25,-19, -7,-24, 25,-22, -8,  2,-14,  7, 19, -6, -5,-18,-25,-12,  6;
/M: SY='A';  M= 15,-19,  3,-25,-19,-11,-18,-23,  5,-19,  0,  0,-17,-21,-17,-21, -2, -2, 12,-27,-15,-19;
/M: SY='G';  M=  2,  4,-20, -2, -8,-23, 18, -9,-22,-10,-25,-15, 14,-17, -5,-11, 11, -3,-18,-30,-22, -6;
/M: SY='T';  M=  0,  2,-12, -6, -6,-14,-14,-15,-14, -7,-17,-13,  6,-11, -6, -4, 22, 36, -5,-32,-13, -6;
/M: SY='V';  M= -3,-28,-16,-29,-26, -2,-30,-28, 26,-21, 11,  9,-27,-19,-26,-21,-12, -1, 36,-28, -9,-27;
/M: SY='A';  M=  3, -6,-22, -9, -8,-14,  3, -9,-18, -2,-16,-11, -1,-17, -7, -6,  2, -3,-14,-17, -4, -8;
/M: SY='Q';  M=-10, 12,-27, 16, 24,-32,-14, 11,-26,  4,-23,-13, 10, -9, 25,  1,  5, -6,-27,-30,-14, 24;
/M: SY='L';  M=-12,-30,-20,-32,-22, 24,-30,-20, 17,-30, 40, 16,-28,-30,-24,-20,-28,-10,  9,-14,  6,-22;
/M: SY='I';  M= -9,-26,-23,-30,-23,  1,-33,-15, 29,-23, 13, 13,-21,-24,-19,-22,-16, -8, 25,-20,  4,-24;
/M: SY='S';  M= -2,  7,-21,  7,  2,-22,-14,-11,-16, -1,-18,-13,  5, -7, -1, -7,  8,  7,-12,-31,-15,  0;
/M: SY='F';  M= -9,-29,-19,-33,-23, 32,-28,-20, 11,-29, 31, 11,-25,-29,-26,-20,-23, -9,  6, -9,  9,-23;
/M: SY='A';  M= 14, -6, -9, -9,-10,-16,-13,-17, -4,-14, -1, -1,-10,-17,-12,-19, -4, -5,  0,-26,-14,-11;
/M: SY='T';  M=  0, -6,-16,-11, -9,-10,-15,  1, -7,-13, -3,  0, -2,-16, -6,-11,  7, 13, -5,-29, -7, -8;
/M: SY='B';  M=-11, 15,-24, 13,  9,-21,-13,  5,-19,  3,-17, -5, 14,-13,  4,  1,  0, -3,-19,-31,-12,  6;
/M: SY='N';  M= -2,  4,-23,  0, -5,-20,  3,-11,-14, -7,-16,-11,  8,-17, -8,-10,  1, -4,-12,-28,-17, -7;
/M: SY='L';  M= -1,-14,-20,-16,-13, -7,-15,-18,  7,-19, 11,  3,-12,-21,-15,-18,-10, -4,  6,-25,-10,-15;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='E';  M= -8,  7,-23,  9, 12,-21, -4, -5,-19,  2,-16,-12,  5, -9,  3,  1, -1, -6,-17,-23,-14,  7; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='S';  M=  0,  6,-10,  1, -2,-23, 13, -9,-26,-10,-29,-20, 16,-16, -5,-11, 18,  2,-21,-35,-23, -4;
/M: SY='E';  M= -5,  8,-28, 14, 34,-28,-10, -6,-27,  2,-21,-19,  1,  3,  8, -6,  2, -5,-26,-30,-21, 20;
/M: SY='M';  M= -6,-23, -9,-30,-22,  7,-24,-11, 12,-19, 19, 27,-22,-25,-13,-17,-19, -9,  8,-17,  3,-18;
/M: SY='K';  M= -6,-12,-25,-13, -2,-15,-22,-11, -8, 11,  2,  6,-12,-17,  3,  5,-15, -9, -8,-20, -7,  1;
/M: SY='D';  M=-10, 18,-24, 21, 16,-24,-14,  6,-24, -3,-19,-16, 13,-11,  5, -6,  4,  1,-22,-34,-13, 10;
/M: SY='Y';  M=-17,-20,-29,-20,-21, 26,-17, 12, -5,-13, -3, -3,-17,-29,-14,-12,-17,-11,-12, 22, 62,-21;
/M: SY='R';  M=-12, -3,-29, -6,  1,-21,-20, -8,-15, 13,-18, -9,  4, -1,  1, 16, -8, -8,-16,-25,-14, -2;
/M: SY='V';  M= -3,-28,-15,-31,-28, -1,-32,-29, 32,-22, 11, 11,-25,-26,-26,-22,-10,  2, 41,-27, -7,-28;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_02 which contains 571'282 sequence entries.

Total number of hits	62 in 62 different sequences
Number of true positive hits	62 in 62 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	CJA_Sigrist
Taxonomic range [info]	Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info]	1
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	Peptidase C6
Version [info]	3

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

62 sequences

MVP_BCMNN   (P0CJ94), MVP_BTMV(P0CJ96), MVP_BYMV(P0CJ95),

MVP_LMV0(P0CJ97), MVP_LMVE(P0CW79), MVP_PEMVC   (P0CK01), 
MVP_PEMVM   (P0CK00), MVP_PPVD(P0CK03), MVP_PPVNA   (P0CK02), 
MVP_PPVSK   (P0CK04), MVP_PRSVH   (P0CJ98), MVP_PSBMV   (P0CJ99), 
MVP_PVMA(P0CK05), MVP_PVYHU   (P0CK06), MVP_PVYN(P0CJ93), 
MVP_SBMVG   (P0CK07), MVP_SBMVN   (P0CK08), MVP_TEV (P0CK09), 
MVP_TUMVJ   (P0CK11), MVP_TUMVQ   (P0CK12), MVP_TVMV(P0CK10), 
MVP_ZYMVC   (P0CK13), MVP_ZYMVR   (P0CK14), MVP_ZYMVS   (P0CK15), 
POL2_BAMMA  (Q65329), POL2_BAMMN  (P89684), POL2_BAMMU  (Q65657), 
POL2_BAYMG  (Q01365), POL2_BAYMJ  (Q01207), POL2_BAYMY  (Q9YJW2), 
POLG_BCMNN  (Q65399), POLG_BSTV1  (Q65730), POLG_BTMV   (Q6XW15), 
POLG_BVY3   (A0AUJ5), POLG_BYMV   (P17765), POLG_LMV0   (P31999), 
POLG_LMVE   (P89876), POLG_PEMVC  (Q01500), POLG_PEMVM  (O56075), 
POLG_PPVD   (P13529), POLG_PPVNA  (P17766), POLG_PPVRA  (P17767), 
POLG_PPVSK  (Q84934), POLG_PRSVH  (Q01901), POLG_PSBMV  (P29152), 
POLG_PVMA   (Q85197), POLG_PVYC   (P22601), POLG_PVYHU  (Q02963), 
POLG_PVYN   (P18247), POLG_PVYO   (P22602), POLG_RGMVD  (O11436), 
POLG_SBMVG  (Q90069), POLG_SBMVN  (P21231), POLG_SPMMV  (P89201), 
POLG_TEV(P04517), POLG_TRMVU  (A4KZ49), POLG_TUMVJ  (P89509), 
POLG_TUMVQ  (Q02597), POLG_TVMV   (P09814), POLG_ZYMVC  (P18479), 
POLG_ZYMVR  (Q89330), POLG_ZYMVS  (O36979)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

PDB
[Detailed view]

1 PDB

3RNV