PROSITE entry PS51337

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

PURL [info]	https://purl.expasy.org/prosite/signature/PS51337
Entry name [info]	B12_BINDING_NTER
Accession [info]	PS51337
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-NOV-2007 CREATED; 13-FEB-2019 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC51332
Associated ProRule [info]	PRU00667

Name and characterization of the entry

Description [info]

B12-binding N-terminal domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY'; LENGTH=95;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=92;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.0990186; R2=0.0076604; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=12164.8017578; R2=8.5884409; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=1032; H_SCORE=21028; N_SCORE=10.0; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=575; H_SCORE=17103; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-19; D=-90; I=-90; E0=-100; B1=-400; E1=-400; MI=-205; MD=-205; IM=-205; DM=-205;

...

                A   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y
/I:         B1=0; BI=-205; BD=-205;
/M: SY='K';  M= 21,-50, -4, 25,-51,-17, -4,-15, 30,-35,-39, -1, 21,-11, 12, -1, 10, -3,-57,-45;
/M: SY='D';  M= 22,-50, 35, 28,-52,  2,-18,-25, 19,-26,-20, 17, -8,-15, -3, -9, -1,-16,-59,-46;
/M: SY='E';  M=  5,-51, 20, 36,-28,-11,-38,-14, 11,  4,-25,-14,  4, 11, -9, 14,-11,-10,-56,-43;
/M: SY='E';  M= 16,-51,-21, 47,-25,-16,-40,  5,  0, -2,-10,-37, 14, 13,-18,  3, -5,-12, -9,-42;
/M: SY='W';  M=-12,-56,  7, 13,-11,-25,-16,  9,  4,  1,-12, -7,  7, -1,-16,-27, -8,-13, 91, 17;
/M: SY='R';  M= 22,-50,-24, 15,-28,-32,-29,-36, 15,-20,-12, -7, 21,-11, 43, 16, -9, -2,-55,-43;
/M: SY='P';  M= 21,-51, 17, 37,-47,-10,-30,-19,  1,-36,-43, 33, 40,  0,-36,  5, -7,-31,-59,-48;
/M: SY='E';  M=  8,-51, 20, 31,-21,-23,-39,-14, 10, 30, 25,-20,-25, 10,-35,-26,-23,-16, 19,-38;
/M: SY='P';  M=-15,-53, 13, 20,-52,-10,-39,-29, -3,-34,-30,  3, 62,-11, -3, 15, 27,-22,-58,-25;
/M: SY='P';  M=-20,-49,-33,-45,-34,-40, -9, 16,-31, 34,  3,-12, 36,-43, -8,-12, 12, 35,-57,-39;
/M: SY='E';  M=-10,-52, 13, 51, 15,-33,-38, -4,  7,  8,-12, -6,-26, -6,  0,-16,-23, -1,-29,-37;
/M: SY='E';  M=-17,-56, 23, 73,-53,-37, -9,-53, 26,-25,-43,-15,-39, 21,  8,-34,-26,-38,-54, -6;
/M: SY='R';  M=-25,-56,  4, 14,-54,-22,-34,-24, 28,-49, -7,-31, 10, 18, 68,  4, -6,-31,-55,-43;
/M: SY='L';  M=-43,-48,-31,-53, -7,-63,-49, 38,-34, 66, 22,-56,-58,-48,-51,-52,-38, 15,-50,-31;
/M: SY='A';  M= 32,-49,-34, 27,-19,-33, 17,-28, 28,-28,-38, -2,-45, -5, 24,  9,-15, -8,-51,  3;
/M: SY='H';  M=-17,-55, 23, 30,-36,-46, 61,-50, 25,-21,-38, 22,-45, 35, 22,-33,-17,-38,-54, 17;
/M: SY='A';  M= 61,-46,-20,-19,-43,-37, 11,-12, 10,-18, -7,-37,-25, 10,  6, -9,-20,-33,-48, 18;
/M: SY='I';  M=-39,-49,-61,-55,-25,-64,-55, 58,-30, 44, 17,-56,-56,-50,-53,-50,-35, 47,-54,-34;
/M: SY='V';  M=-28,-49,-56,-14,  5,-62,-24, 50,-51, 19, 14,-53,-54,-49,-52,-47,-34, 59,-50, 12;
/M: SY='D';  M=-20,-56, 60, 53,-57,-46, 17,-58, 41,-52,-48,-12,-40, 18,-13,-12,-22,-54,-60,-20;
/M: SY='G';  M= -5,-15,-17,-26,-57, 87,-46,-40,-44,-59,-50,-29,-46,-16,-36,-15,-43,-55,-51,-25;
/M: SY='D';  M=-41,-54, 56, 33,-42,-36,-41, 46, -8,  5,-27,-12,-46,-33,-10,-19, -6,-22,-59,-41;
/M: SY='K';  M=-34,-53, 11, 12,-46,-15,-35,-40, 51,-13, -2,-18,-27, -6, 42, -5, 11,-23,-52,  0;
/M: SY='E';  M=-11,-54, 59, 68,-58,-30,-33,-33, -9,-46,-49,  9,-39, -5,-15,-10,  1,-45,-63,-48;
/M: SY='G';  M=-18,-54,  7, 20, 21, 51,-10,-23,-24,-25,-11, 11,-12,-35,-11,-10,-39,-46,-43, 32;
/M: SY='I';  M=  2, -3,-13,-34,-25,-56,-51, 57,-29, 30, 13,-24,-52,-46,-50,-29, -9, 30,-55,-37;
/M: SY='E';  M=-22,-52,  7, 49,-45,-13,-27, 19, 11,-20,-22, -9,-44,  6, -8,-20,  3, 24,-56,-20;
/M: SY='E';  M= 30,-51, 35, 57,-56, -7,-36,-54, -5,-51,-47, -8,  8,  3,-35, 10, -8,-42,-58,-26;
/M: SY='D';  M=  1,-52, 61, -4,-41,  7,-28,-27, -5, 26,-33,-25,-48,  2,-40,-21,-24,-13, 31, -8;
/M: SY='T';  M=  0,-44,-52,-49,-31,-54,-51, 19,-47, 36, -6,-45,-50,-47,-50,-34, 51, 46,-58,-38;
/M: SY='E';  M=-23,-56, 33, 69,-55,-33,-32,-20, 18,-46,-44,  6,-27, 32,  0,-27,-27,-26,-57,-21;
/I:         I=-14; MD=-31;
/M: SY='E';  M=-10,-31, 21, 67,-54,-38,-36,-22, 37,-20,-43,-28,-41,  5,  1,-20,-30,-27,-57,-47; D=-14;
/I:         I=-14; MD=-31;
/M: SY='A';  M= 68,-21,-48,-22,-42,  8,-48,-21,-35, 12,-25,-44,-48,-40,-47,-28,-35,-14, 36,-12; D=-14;
/I:         I=-14; MD=-31;
/M: SY='L';  M=-43,-50,-56,-48,-17,-55,-45, 16,-16, 57, 18,-51,-57,-41, 32,-47,  1,  6,-14,-18; D=-14;
/I:         I=-14; MD=-31;
/M: SY='Q';  M= 17,-54, 10, 33,-56,-24,-36,-45, 36,-29, -5,  2,-36, 48, -1,-13, -9,-37,-57,-46; D=-14;
/I:         I=-14; MD=-31;
/M: SY='E';  M= 20,-38, -5, 37,-50,-41,  4,-13, 27,-10,-38,  1,-45, 21,  8,-17,  3,-41,-56,-21; D=-14;
/I:         I=-14; MD=-31;
/M: SY='G';  M= -3,-48,-41,  7, -3, 54,-25,-12, -7,-16,-28, -7,-50,-33,-10,-31,-35,-33,-42, 45; D=-14;
/I:         I=-14; MD=-31;
/M: SY='W';  M=  4,-52,  0, 11,-28,-23,-31, -3, 20, 10,  0,-21, 12,-35,-16, -2,  9,  2, 21,-42; D=-14;
/I:         I=-14; MD=-31;
/M: SY='D';  M=-17,-68, 42, 13,-69,-58,-20,-41, 13,-52,-51,-20,-58,-11,  0, -4,-10,-61,-75,-39; D=-14;
/I:         I=-14; MI=0; MD=-31; IM=0; DM=-31;
/M: SY='P';  M= 13,-32,-41,  2,-62,-43,-46,-51,-39,-58,-47,-48,110,-40,-50,-33,-27,-51,-57,-58;
/M: SY='L';  M=-35,-50,-40,-31, 18,-59,-41, 32,-47, 52, 30,-51,-56, 20,-32,-36,-39, -1,-41, 31;
/M: SY='D';  M=  7,-53, 54, 48,-57,-38, 17,-40,  3,-47,-46,  9,-41, 27, -8,  6,  2,-43,-62,-45;
/M: SY='I';  M=-19,-50,-61,-57,-27,-63,-59, 73,-54, 25, -3,-54,-54,-52,-56,-47,-19, 45,-54,-35;
/M: SY='I';  M=-38,-51,-60,-57, -9,-62,-58, 77,-54, 20,-15,-52,-53,-51,-56, -4,-33, 39,-53,-34;
/M: SY='N';  M=-40,-50, 31, 49,  0,-40,-28,-30,-27,-35,-44, 79,-45,  3,-35,-28, -2,-23,-62,-43;
/M: SY='D';  M=-36,-54, 50, 45,-59, 43,-35,-48,  0,-57,-50, 30,-42,  6,-22,-26, -1,-44,-61,-49;
/M: SY='P';  M= 20,-54,-19,-27,-17, 33, 11,  7,-30,-23,-37,-30, 59,-14,-32,-26,-28,-27,-45, 32;
/M: SY='L';  M=-45,-47,-62,-54,  1,-63,-45, -1,-55, 79, 27,-60,-61,-48,-52,-55,-41,-17,-48,-29;
/M: SY='M';  M=-11,-48,-57,-51,-29,-54,-44, 49,-46, 24, 86,-47,-50,-42,-27,  2, -7, 10,-53,-33;
/M: SY='P';  M=  8,-55, 41, -1,-54,-19,-41,-31,  7,-24,-20, -5, 72, -7,-23,-16,-19, -5,-59,-49;
/M: SY='G';  M= 41,-49,-43,-47,-58, 81,-48,-59,-25,-57,-48,-31,-45,-41,-49,-17,-40,-50,-52,-53;
/M: SY='M';  M=-40,-48,-62,-52,-26,-56,-36, 29,-47, 23,120,-50,-50,-39,-45,-50,-38,-16,-51,-29;
/M: SY='N';  M=-19,-52, 34, 30,-57,  5,-32,-55, 46,-56,-47, 48,-43, -9,  8, -1, -2,-40,-60,-47;
/M: SY='E';  M=-30,-53,-23, 51,-40,-38, 11, 34,-17,-21, -9,-41,-45, -1, 11,-39,-15, 39,-56,-11;
/M: SY='V';  M= -9,-44,-60,-54,-32,-60,-62, 24,-52,-10,-20,-55,-56,-54,-54,-43,-29, 87,-64,-39;
/M: SY='G';  M=-26,-52,-41,-51,-59, 90,-47,-50,-45,-61,-51,-27,-45,-42,-52, 17,-17,-57,-52,-53;
/M: SY='D';  M=-23,-57, 71, 50,-59,-47,-32,-42,  6,-53,-49,-15,-42, 14, 37,-33,-20,-29,-64,-46;
/M: SY='L';  M=-44,-50, -8,-24,-27,-59,-40,-20,  4, 65, 27,-48,-56,-16, 33,-48,-40,-26,-51,-34;
/M: SY='Y';  M=-51,-54,-57,-57, 90,-58,-30,-30,-50,-23,-28,-53,-62,-52,-47,-48,-44,-35, 21, 91;
/M: SY='G';  M=-21,-55, 34, 52,-60, 56,-36,-62,-29,-58,-50,  6,-42, 13, -4,-13,-23,-56,-58,-50;
/M: SY='Q';  M= 18,-51, 32, 19,-57,-40,-33,-52, 35,-52,-44, 12,-43, 35, 28, 24,-31,-28,-58,-45;
/M: SY='G';  M=-30,-53,-35,-45,-59, 84,-41,-65, -5,-62,-51, 41,-46, -8,-13,-27,-41,-60,-54,-53;
/M: SY='E';  M=-39,-56, -9, 55,-49,-53,-38, 27, 54,-35,-36,-34,-41, 29,-12,-36,-25,  0,-54,-43;
/M: SY='M';  M= -2,-49,-56,-49, -3,-55,-37, 26,-25, 27, 85,-49,-53,-40, -2,-45,-38,  8,-41, 42;
/M: SY='F';  M=-50,-52,-58,-50,100,-58,-40,  4,-48,-16,-27,-50,-60, 34,-46,-47,-43,-31,-22, 32;
/M: SY='L';  M=-41,-46,-62,-55,-21,-64,-50, 11,-55, 71, -9,-60,-60,-50,-53,-52,-37, 40,-52,-33;
/M: SY='P';  M=-11,-65,-44,-33,-62,-44,-47,-50,-40,-59,-47,-48,115,-43,-52,-38,  0,-53,-57,-59;
/M: SY='Q';  M=-40,-57, 15, 27, 34,-46, 25,-50,-24,-44,-38, 23,-46, 93,-26,-31,-38,-51,-48,-30;
/M: SY='V';  M=-35,-45,-61,-54,-26,-62,-54, -2,-53, 48, 27,-58,-58,-51,-53,-48,-33, 71,-58,-35;
/M: SY='M';  M=-40,-48,-62,-55,-24,-62,-48, 45,-53, 53, 67,-56,-56,-47,-52,-51,-37, 29,-52,-32;
/M: SY='Q';  M=-19,-53,-42,-27,-43,-50,-34, -9, 43, 20, 50,-36,-47, 70, 10,-22,-37,-24,-50,-37;
/M: SY='S';  M= 44,-41,-37,-36,-51,-15,-40,-24,-37,-50,-44,-27,-42,-30,-41, 80, -9,-37,-58,-45;
/M: SY='A';  M= 83,-40,-44,-38,-54,  1,-46,-44,-40,-46,-40,-37,-44,-36,-45, 13,-29,-32,-54,-49;
/M: SY='E';  M=-27,-58, 37, 67,-60,-21,-31,-60,  7,-55,-48,  4,-41, 30, 44,-21,-37,-55,-59,-47;
/M: SY='T';  M= 43,-40,-44,-42,-43,-42,-50,-16,-41,-34,-32,-36,-44,-42,-46, -5, 65, 44,-61,-44;
/M: SY='M';  M=-37,-46,-61,-51,-29,-54,-34,-10,-45, -7,127,-49,-49,-37,-43,-48,-36, 23,-53,-29;
/M: SY='K';  M=-40,-54,  4,-23,-43,-48,-15,-28, 78,-15,  5,-14,-44, 27, -6,-24, -8,-44,-46, 24;
/M: SY='K';  M= 41,-49, -9,  8,-47,  0,-26,-34, 44,-49,-24,  3,  0, 21,-12, -3, -5,-42,-53,-28;
/M: SY='A';  M= 67, -8,-44,-42,-54, 49,-47,-28,-42,-49,-42,-34,-45,-39,-47, 12,-24,-37,-54,-50;
/M: SY='V';  M=-38,-47,-62,-56, 56,-61,-51, 22,-53, 12, 54,-55,-57,-53,-52,-48,-35, 61,-45,-22;
/M: SY='A';  M= 50,-48, 36, 42,-25, -4,-39,-51,-17,-51,-45,-22,  9,-29,-26, -1, -2,-42,-57,-47;
/M: SY='Y';  M=-32,-35,-52,-48, 14,-58, 45, 40,-26, 11, -4,-46,-55,-41, 14,-45,-39, 16,  2, 67;
/M: SY='L';  M=-44, 51,-62,-55,-21,-63,-49, 21,-56, 74, -9,-59,-61,-50,-54,-53,-40, -9,-51,-33;
/M: SY='K';  M=-26,-53,-22, 46,-51,-48,-34,-15, 52,-20,  0, 12,-41, 22, 16,-11, 11,-34,-55,-43;
/M: SY='P';  M=-22,-62, -5, 24,-62,-44,-41,-52,-21,-58,-47,-40,100, 22,-42,  0,-11,-53,-57,-55;
/M: SY='Y';  M=-39,-53,-41, 15, 35,-54, 42,-28,  6, 21, -4,-13,-52, -9,  7,-25,-27,-15,-34, 61;
/M: SY='M';  M=-32,-47,-59,-52,-24,-57,-43, 33,-50, 55, 82,-51,-54,-43,-49, -6,-16,-15,-51,-31;
/M: SY='E';  M= -4,-54,  8, 69,-27, -9,-36,-25, 12,-49,-44, -8, 10,  4,-19, -8,  1,-19,-57,-46;
/M: SY='K';  M= 21,-51,-26, 38,-56,  6, -8,-49, 50,-42,-43,-24,-41, 22,  2, 21,-25,-47,-54,-45;
/M: SY='E';  M=  3,-49, 27, 42,-54, -3,-36,-42, 20,-49,-11, 18,-19, -5,-32, 19, 21, -8,-60,-46;
/M: SY='K';  M= 13,-52, 24, 18,-56, 22, -5,-52, 31,-53,-12,  9, 29,-19,  2,  8,-17,-34,-58,-47;
/M: SY='E';  M= 19,-50, -4, 26,-53, 18,  6,-31, 19,-31,-41, -3,  0, 11,  2, 15, -9, -7,-57,-45;
/M: SY='P';  M= 21,-51, 13, 27,-52, 13,-38,-44, 12,-35,-36, -8, 28, 10,-30, 19,  2,-18,-55,-17;
/M: SY='K';  M=-22,-38, -5, 23,-51, 20,  6,-38, 45,-25, -1,  6,-38,  2, -8, 15, 23,-43,-56,-40;
/M: SY='G';  M= -4,-42, -4,-14,-49, 37,-29,  9, 26,-17,-33,-19,-19, 14,  8,  9,  4,-10,-55,-44;
/I:         E1=0; IE=-205; DE=-205;

» more

Post-processing [info]

PROMOTED_BY

PS51332

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2025_02 which contains 573'230 sequence entries.

Total number of hits	44 in 44 different sequences
Number of true positive hits	44 in 44 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Archaea, Eukaryotes, Prokaryotes (Bacteria)
Maximum number of repetitions [info]	1
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	N_Hulo
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	B12-binding N-terminal
Version [info]	6

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

44 sequences

CARH_MYXXA  (Q50900), METH_ALIF1  (Q5E814), METH_ALIFS  (Q9AJQ8),

METH_BOVIN  (Q4JIJ3), METH_CAEBR  (A8XY95), METH_CAEEL  (Q09582), 
METH_DICDI  (Q54P92), METH_ECOLI  (P13009), METH_HUMAN  (Q99707), 
METH_MOUSE  (A6H5Y3), METH_MYCLE  (Q49775), METH_MYCTU  (O33259), 
METH_PSEAE  (Q9I2Q2), METH_RAT(Q9Z2Q4), METH_SALTY  (P37586), 
METH_SYNY3  (Q55786), METH_VIBCH  (Q9KUW9), METH_VIBPA  (Q87L95), 
METH_VIBVU  (Q8DCJ7), METH_VIBVY  (Q7MHB1), MTAC_METBF  (Q46EH4), 
MTBC1_METAC (Q8TTB0), MTBC1_METMA (P58979), MTBC2_METAC (Q8TS71), 
MTBC2_METMA (P58980), MTBC3_METAC (Q8TN69), MTBC3_METMA (P58981), 
MTBC_METBA  (O93657), MTGC_DESHY  (Q24SP8), MTMC1_METAC (P58867), 
MTMC1_METBA (O30641), MTMC1_METMA (P58977), MTMC2_METAC (P58868), 
MTMC2_METBA (Q9P9L5), MTMC2_METMA (P58978), MTQC_EUBLI  (P0DX07), 
MTSB_METBA  (Q48925), MTSB_METMA  (Q8PUA7), MTTC1_METAC (Q8TTA8), 
MTTC1_METMA (P58982), MTTC2_METAC (Q8TS74), MTTC2_METMA (P58983), 
MTTC_METBA  (O93659), Y1042_HAEIN (Q57195)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

PDB
[Detailed view]

9 PDB

1BMT; 1K7Y; 1K98; 2I2X; 3BUL; 3EZX; 3IV9; 3IVA; 7XCN