PROSITE entry PS51197

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
PURL: https://purl.expasy.org/prosite/signature/PS51197

Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	HTH_RRF2_2
Accession [info]	PS51197
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-APR-2006 CREATED; 13-FEB-2019 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC01035
Associated ProRule [info]	PRU00540

Name and characterization of the entry

Description [info]

Rrf2-type HTH domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=129;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=124;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.8683825; R2=0.0215343; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=8886.7958984; R2=4.9582663; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 0.5%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=490; H_SCORE=11316; N_SCORE=12.4; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=216; H_SCORE=9958; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='R';  M=-13, -6,-28, -7,  3,-23,-19, -1,-19, 21,-16, -1, -2,-15, 15, 28, -9,-10,-17,-20, -9,  7;
/M: SY='L';  M=-10,-29,-21,-32,-23, 11,-32,-20, 24,-28, 35, 18,-26,-27,-21,-21,-25, -9, 15,-18,  3,-23;
/M: SY='S';  M=  4,  2,-12, -3, -3,-17, -8,-12,-16, -7,-21,-15,  8,-11, -3, -8, 26, 26, -8,-34,-16, -3;
/M: SY='R';  M= -2,  0,-21, -4,  1,-22,-15, -8,-20, 13,-20,-10,  3,-13,  5, 14,  3,  4,-13,-26,-13,  2;
/M: SY='K';  M= -8, -8,-24,-11, -3, -6,-16, -6,-16,  7,-11, -5, -5,-17, -1,  7, -6, -5,-13,-16,  0, -2;
/M: SY='T';  M=  6, -8,-13,-14,-12,-12, -5,-19, -9,-14, -9, -8, -5,-14,-13,-15, 10, 18, -1,-27,-14,-13;
/M: SY='D';  M=-16, 21,-29, 31, 20,-30,-15,  1,-31,  8,-22,-19,  9,-11,  7,  9, -3, -9,-25,-32,-16, 12;
/M: SY='Y';  M=-19,-21,-28,-22,-21, 29,-30, 14,  0,-12,  2,  0,-21,-30,-12,-11,-21,-10, -9, 29, 70,-20;
/M: SY='A';  M= 33, -9,-14,-16,-12,-22, 16,-19,-18,-13,-16,-13, -6,-13,-12,-19, 10, -3, -7,-22,-22,-12;
/M: SY='L';  M= -7,-27,-19,-30,-22,  8,-30,-23, 22,-27, 32, 15,-25,-27,-21,-21,-21, -5, 17,-21, -1,-22;
/M: SY='R';  M=-14,-11,-27,-12, -4,-16,-20,  2,-16, 13,-11, -1, -5,-19,  4, 33,-10, -8,-11,-22, -6, -3;
/M: SY='A';  M= 21,-17, -8,-24,-17,-10,-14,-22,  4,-17,  2,  0,-15,-18,-15,-20, -1,  0, 10,-24,-13,-17;
/M: SY='L';  M= -8,-27,-15,-30,-22,  6,-28,-17, 20,-24, 34, 25,-26,-27,-17,-19,-23, -8, 14,-22, -2,-19;
/M: SY='I';  M= -4,-21,-20,-26,-20,  0,-25,-17, 18,-19, 15, 16,-18,-22,-15,-17,-12, -3, 15,-22, -3,-18;
/M: SY='Y';  M=-13, -3,-26,  0, -3,  0,-22,  8,-11, -6, -9, -6, -6,-20, -4, -6, -9, -8,-12, -8, 21, -6;
/M: SY='L';  M= -8,-27,-18,-30,-22,  5,-29,-19, 22,-26, 36, 23,-26,-27,-18,-20,-24, -8, 15,-21, -2,-20;
/M: SY='A';  M= 36, -9,-12,-17,-10,-20,  5,-18,-13,-11,-13,-11, -7,-12,-10,-18, 11,  1, -4,-23,-20,-10;
/M: SY='R';  M= -4, -8,-20,-10, -3,-15,-18, -8,-10,  1, -6, -2, -6,-17,  2,  6, -3, -1, -7,-23, -8, -1;
/I:         I=-13; MD=-27;
/M: SY='H';  M= -6, -1,-24, -3,  3,-19,-15, 12,-16,  0,-12, -5,  4,-14,  7,  2, -4, -8,-16,-25, -7,  4; D=-13;
/I:         I=-13; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
/M: SY='P';  M= -6,  3,-26,  7,  6,-26, -2, -8,-26, -1,-24,-17,  1,  8, -1, -5,  2, -4,-22,-27,-19,  1; D=-13;
/I:         I=-13; DM=-27;
/M: SY='G';  M= -5,  5,-27,  8,  7,-28, 14, -8,-31, -1,-25,-18,  5,-12, -2, -6,  1, -9,-25,-26,-20,  3;
/M: SY='E';  M= -6,  1,-25,  2, 13,-25, -7, -4,-27,  8,-21,-14,  2,-10,  7, 11,  1, -5,-22,-26,-16,  9;
/M: SY='P';  M= -5,-19,-24,-18,-10,-11,-21,-15, -3,-10, -2, -2,-17,  7, -8, -9, -9, -5, -5,-22, -9,-11;
/M: SY='V';  M= -1,-23,-14,-26,-21,  0,-26,-18, 15,-18,  9,  8,-21,-23,-19,-17,-10, -1, 21,-23, -3,-21;
/M: SY='T';  M=  0, -2,-18, -5, -2,-18,-12,-11,-16, -5,-18,-11,  2, -3,  0, -5, 14, 16,-12,-30,-15, -2;
/M: SY='V';  M=  8,-19,-18,-25,-18, -7,-21,-22, 15,-18,  6,  6,-15,-19,-15,-19, -4,  1, 16,-24, -9,-18;
/M: SY='K';  M=  2, -1,-23, -2,  5,-25,-10, -8,-22, 10,-21,-12,  1, -9,  6,  9,  4, -3,-16,-26,-15,  5;
/M: SY='E';  M= -6, 11,-26, 17, 28,-27,-15, -3,-25,  2,-18,-16,  2, -7, 12, -4,  2, -5,-23,-28,-16, 20;
/M: SY='I';  M= -8,-29,-24,-35,-26,  2,-35,-26, 37,-27, 25, 20,-23,-23,-20,-25,-20, -8, 26,-21, -1,-26;
/M: SY='A';  M= 36, -7,-10,-15, -8,-20,  0,-18,-13,-10,-15,-13, -5,-11, -8,-17, 17,  6, -3,-26,-20, -8;
/M: SY='E';  M= -4,  6,-24, 10, 19,-26,-14, -5,-23,  5,-18,-14,  1,-10, 10,  4,  1, -6,-19,-28,-16, 14;
/M: SY='R';  M= -6, -4,-22, -4,  2,-17,-18, -2,-17,  5,-13, -7, -2,-16,  5, 11, -5, -7,-13,-23, -8,  2;
/M: SY='Q';  M= -9, -9,-22,-11, -1, -7,-22,  3, -9, -7, -6, -1, -7,-17,  9, -6, -4, -1,-12,-16,  5,  4;
/M: SY='G';  M= -7, 12,-27, 12,  1,-28, 15, -3,-30, -3,-26,-18, 15,-14, -2, -5,  2,-10,-27,-29,-20, -1;
/M: SY='I';  M= -6,-28,-23,-35,-27,  1,-34,-28, 37,-27, 20, 16,-22,-23,-21,-25,-17, -6, 28,-22, -3,-27;
/M: SY='P';  M=  0, -9,-25, -5,  0,-25,-10,-14,-20, -9,-29,-19, -4, 36, -5,-14, 14,  5,-20,-34,-24, -5;
/M: SY='R';  M=-10,-10,-27, -9,  2,-14,-21, -4,-12,  3, -8, -4, -9, -8,  3,  6,-10, -8,-11,-20, -5,  1;
/M: SY='N';  M= -6,  4,-25,  1,  1,-23,-11, -2,-21,  2,-23,-14,  9,  5,  0,  1,  2, -2,-21,-30,-16, -1;
/M: SY='Y';  M=-16,-16,-24,-20,-17, 26,-26, 23, -8,-16, -3, -1,-10,-25,-14,-11,-12, -6,-10,  1, 37,-16;
/M: SY='L';  M= -5,-28,-16,-29,-21,  6,-28,-21, 19,-26, 37, 16,-27,-28,-20,-20,-22, -6, 16,-23, -3,-21;
/M: SY='E';  M=  6, -5,-20, -6, 10,-18,-14,-10,-12, -3,-10, -7, -5,-11,  2, -5,  3, -1, -8,-26,-15,  6;
/M: SY='K';  M=-10, -2,-29, -2,  9,-30,-19, -5,-26, 35,-24, -7, -1,-12, 19, 25, -8, -9,-21,-20,-10, 14;
/M: SY='I';  M= -4,-27,-21,-32,-26, -1,-32,-25, 33,-24, 18, 15,-23,-24,-21,-23,-16, -5, 30,-24, -4,-26;
/M: SY='L';  M= -6,-27,-18,-31,-23, 12,-28,-20, 20,-24, 29, 19,-25,-27,-21,-19,-20, -6, 17,-19,  0,-22;
/M: SY='Q';  M= -3, -4,-24, -7,  0,-21,-14,  4,-16,  3,-16, -5,  1,-13, 12,  3,  0, -4,-15,-23, -7,  5;
/M: SY='Q';  M= -5, -3,-25, -4,  5,-21,-15, -4,-18,  6,-16, -8, -2,-10,  8,  6, -1, -4,-15,-22,-11,  6;
/M: SY='L';  M=-10,-29,-20,-30,-20, 10,-29,-19, 20,-29, 47, 23,-29,-29,-19,-19,-29,-10, 10,-20,  0,-19;
/M: SY='R';  M=  2, -7,-19, -9, -4,-20, -8,-13,-15,  5,-17, -9, -2,-16, -2,  7,  4,  0, -6,-26,-15, -4;
/M: SY='R';  M=-10,  0,-27, -1,  7,-25,-17, -1,-26, 25,-22,-10,  3,-14, 11, 28, -5, -8,-20,-23,-11,  8;
/M: SY='A';  M= 20, -7,-18,-12, -4,-20, -2,-12,-14, -7,-10, -8, -5,-13, -4,-12,  3, -4, -9,-23,-16, -4;
/M: SY='G';  M= -2, -5,-29, -5,-14,-29, 55,-15,-37,-14,-29,-20,  4,-19,-15,-14,  1,-17,-29,-22,-27,-15;
/M: SY='L';  M=-11,-29,-23,-33,-25, 17,-32,-20, 22,-27, 28, 14,-26,-28,-22,-21,-24,-10, 14, -7, 11,-24;
/M: SY='V';  M= -4,-29,-17,-32,-27,  2,-31,-27, 30,-24, 22, 14,-27,-27,-25,-22,-17, -4, 34,-25, -6,-27;
/M: SY='E';  M= -8,  0,-22, -1,  7,-19,-17, -4,-18,  7,-16, -9,  2,-13,  4,  7, -1,  0,-14,-26,-10,  4;
/M: SY='S';  M= 13, -3,-12, -6, -5,-18, -1,-14,-16,-11,-22,-16,  4,-11, -5,-13, 28, 19, -6,-34,-18, -5;
/M: SY='V';  M= -6,-14,-21,-17, -9, -8,-24,-12,  1, -5, -3,  1,-12,-19, -4, -2, -6,  0,  6,-22, -4, -8;
/M: SY='R';  M=-17, -9,-30, -9,  2,-20,-20, -2,-27, 27,-19, -9, -2,-15, 10, 54,-10, -9,-19,-20, -9,  2;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='P';  M=  1,-13,-25,-13, -4,-21,-18,-15,-13,  6,-16, -8,-10,  8, -3,  7, -5, -5, -9,-24,-16, -6;
/M: SY='N';  M= -6,  4,-24,  0, -2,-23,  6,  1,-25,  2,-24,-13, 12,-16,  2,  3,  3, -5,-22,-27,-15, -1;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='Y';  M=-16,-23,-26,-25,-22, 26,-30,  5,  7,-17,  7,  5,-20,-28,-16,-14,-19, -9,  0, 13, 49,-22;
/M: SY='R';  M= -4,-12,-18,-14, -5,-14,-18, -9,-12,  4, -9, -3, -8,-19,  1, 14, -5, -5, -7,-21, -9, -4;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-20,-30,-20, 11,-30,-20, 20,-30, 48, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-19,  1,-20;
/M: SY='A';  M= 25, -5,-14,-13, -9,-19,  2,-16,-13,-10,-14,-10, -1,-13, -9,-14,  9,  3, -6,-24,-18, -9;
/M: SY='R';  M=-14, -6,-28, -5,  3,-22,-17, -1,-24, 22,-20, -8, -1,-13,  8, 34, -7, -9,-18,-22,-10,  3;
/M: SY='P';  M=  0,  0,-27,  5, 10,-27,-12,-10,-22, -1,-21,-16, -3, 17,  0, -8,  0, -6,-21,-29,-21,  3;
/M: SY='P';  M=  9,-16,-28,-14, -5,-24,-10,-19,-15,-11,-19,-14,-15, 42,-10,-18, -3, -6,-17,-26,-24,-10;
/M: SY='E';  M= -2,  5,-22,  8, 12,-24,-10, -5,-24,  3,-20,-15,  3,-11,  3,  2,  5, -2,-17,-27,-15,  7;
/M: SY='E';  M= -5, 10,-25, 14, 21,-29,-15, -3,-26,  9,-22,-15,  4, -9, 14,  4,  3, -3,-22,-29,-16, 17;
/M: SY='I';  M= -7,-29,-27,-37,-28,  1,-37,-28, 43,-28, 20, 18,-21,-21,-20,-27,-18, -8, 28,-20, -1,-28;
/M: SY='T';  M= -1,  0,-14, -6, -6,-14,-14,-12,-14, -4,-17,-12,  5,-12, -5, -2, 17, 23, -7,-31,-12, -6;
/M: SY='I';  M= -7,-29,-19,-33,-26,  9,-32,-25, 28,-26, 26, 15,-26,-27,-24,-22,-20, -7, 26,-20, -1,-26;
/M: SY='G';  M=  5,-13,-22,-16,-14,-15, 15,-14,-17,-14, -8, -7, -8,-20,-13,-11, -5,-11,-13,-17,-14,-14;
/M: SY='D';  M=-12, 23,-28, 33, 25,-33,-14,  1,-30,  4,-22,-19,  9, -9, 12, -2, -1, -8,-26,-32,-17, 19;
/M: SY='I';  M= -4,-29,-20,-34,-29,  0,-34,-28, 37,-25, 18, 16,-25,-25,-24,-24,-16, -5, 36,-24, -5,-28;
/M: SY='I';  M= -6,-29,-20,-33,-28,  3,-32,-26, 33,-25, 20, 15,-26,-26,-24,-23,-17, -6, 32,-23, -3,-27;
/M: SY='R';  M=-10, -2,-27,  0, 13,-20,-17, -4,-23, 12,-16,-11, -1,-14,  7, 24, -4, -6,-18,-24,-12,  8;
/M: SY='A';  M= 21,-12,-13,-17, -9,-15,-11,-16, -4,-11, -5, -4,-10,-15, -7,-15,  4,  1,  2,-24,-14, -8;
/M: SY='V';  M= -5,-26,-17,-30,-24,  7,-29,-24, 23,-24, 21, 13,-24,-25,-22,-20,-15, -2, 24,-22, -3,-24;
/M: SY='E';  M=-11, 16,-30, 26, 43,-31,-13, -1,-31,  6,-22,-20,  5, -4, 13, -2,  0,-10,-29,-31,-20, 28;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='G';  M= -3, -1,-27,  2, -4,-28, 34,-13,-33, -9,-26,-18,  2,-11, -9,-11,  0,-13,-26,-23,-24, -7; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='P';  M= -7,  0,-29,  4,  4,-25,-10, -9,-22, -4,-22,-15, -2, 19, -3, -9, -1, -4,-22,-30,-20, -1;
/M: SY='L';  M= -6,-17,-22,-20,-14, -2,-21,-17,  7,-17,  8,  5,-15,-17,-13,-15,-11, -3,  6,-21, -5,-14;
/M: SY='A';  M=  8, -3,-20, -5, -2,-20, -9,-10,-15, -3,-15,-11, -3, -8, -4, -7,  1, -4,-10,-24,-14, -4;
/M: SY='L';  M= -6,-22,-24,-23,-15, -1,-25,-17, 10,-18, 12,  8,-20, -7,-14,-17,-15, -7,  4,-20, -4,-16;
/M: SY='V';  M= -2,-13,-14,-18,-15, -2,-21,-19,  5,-14,  0,  0,-11,-21,-15,-13, -1,  7, 12,-26, -8,-15;
/M: SY='E';  M= -9,  6,-26, 10, 15,-23,-12, -3,-23,  1,-19,-15,  2, -5,  4,  1,  0, -5,-20,-28,-15,  9;
/M: SY='C';  M= -9,-17, 92,-26,-24,-20,-25,-26,-28,-24,-19,-18,-17,-35,-24,-23, -9,-10,-11,-45,-27,-24;
/I:         I=-11; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23;
/M: SY='E';  M= -2,  0,-17,  0,  3,-14, -7, -3,-13, -1,-10, -7,  0, -6,  0, -1, -1, -3,-11,-18, -9,  1; D=-11;
/I:         I=-11; DM=-23;
/M: SY='D';  M= -3,  4,-25,  5,  4,-24, -2, -3,-23, -3,-20,-14,  3, -8,  1, -4,  2, -6,-19,-26,-15,  2; D=-11;
/I:         I=-11; DM=-23;
/M: SY='E';  M= -5, -3,-15, -3,  3,-20, -9,-10,-18, -5,-14,-11, -3, -7, -4, -8, -2, -4,-15,-28,-16, -1;
/M: SY='D';  M= -6,  4,-26,  5,  5,-24, -5, -4,-22,  0,-22,-15,  5, -2,  0, -3,  1, -5,-21,-28,-16,  2;
/M: SY='S';  M= -1, -3,-22, -3, -2,-19, -6,-10,-17, -7,-16,-12, -2, -3, -6, -9,  2, -2,-14,-27,-15, -5;
/M: SY='C';  M= -8,-16, 87,-25,-25,-19,-24,-25,-26,-25,-18,-17,-15,-34,-25,-25, -7, -8,-10,-44,-26,-25;
/M: SY='E';  M= -1, -3,-22, -2,  3,-20,-11,-10,-16, -4,-16,-11, -2, -4, -1, -6,  3, -1,-12,-26,-15,  0;
/M:         M= -9, -9,-25, -9, -5,-10,-20, -8, -3, -9, -2, -2, -8,-10, -6, -8, -8, -5, -6,-23, -6, -7;
/I:         I=-10; MD=-22;
/M: SY='E';  M= -2,  0,-21, -1,  5,-16,-11, -6,-15, -1,-14, -9,  1,-10,  2, -2,  2, -2,-13,-24,-11,  3; D=-10;
/I:         I=-10; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22;
/M: SY='S';  M=  3, -1,-22, -1,  1,-24,  3, -9,-22, -7,-21,-15,  1,  0, -5,-10,  4, -4,-19,-26,-19, -3; D=-10;
/I:         I=-10; DM=-22;
/M: SY='A';  M=  5, -4,-19, -6, -3,-17, -9,-11,-13, -6,-13,-10, -4, -4, -5, -8,  4,  2, -8,-24,-14, -5; D=-10;
/I:         I=-10; DM=-22;
/M: SY='C';  M= -8,-17, 95,-25,-24,-20,-26,-26,-28,-25,-20,-19,-17,-35,-24,-26, -8, -9,-11,-42,-27,-24;
/M:         M= -3, -9,-21,-11, -7,-17, -8,-10,-13, -5,-12, -6, -6,-10, -5, -1, -2, -2, -8,-26,-14, -7;
/M: SY='L';  M= -5,-23,-17,-27,-21,  2,-28,-21, 20,-23, 22, 14,-21,-24,-18,-19,-14,  0, 17,-23, -4,-20;
/M: SY='R';  M=-12, -4,-25, -4,  1,-21,-17, 14,-23, 11,-18, -7,  1,-16,  6, 22, -5, -8,-18,-25, -6,  1;
/M: SY='S';  M= -2, -4,-24, -4,  0,-21, -3, -3,-21, -4,-20,-12, -1, -4, -1, -4,  1, -6,-18,-25,-14, -2;
/M: SY='V';  M=  2,-17,-19,-22,-16, -4,-22,-13, 10,-16,  7,  6,-14,-20,-13,-15, -9, -5, 11,-23, -5,-16;
/M: SY='W';  M=-15,-34,-35,-36,-26, 13,-25,-23,  1,-23,  8,  3,-32,-28,-19,-20,-32,-20, -8, 64, 17,-20;
/M: SY='Q';  M= -4, -1,-22, -1,  0,-19,-12, -6,-16,  0,-15,-10,  0,-14,  1,  1,  0, -3,-12,-23,-12,  0;
/M: SY='E';  M= -6, -2,-26,  1, 11,-23,-14, -6,-20,  8,-15,-10, -3,-13,  6,  9, -5, -8,-15,-24,-14,  8;
/M: SY='A';  M= 15,-20,-16,-26,-19, -6,-17,-23, 12,-19,  9,  5,-18,-19,-17,-21, -6, -3, 15,-22,-10,-19;
/M: SY='Q';  M= -9,  4,-25,  3,  8,-22,-11,  0,-19,  3,-16, -9,  6,-15, 10,  8, -1, -7,-19,-27,-13,  8;
/M: SY='E';  M= -5, 10,-25, 11, 15,-26,-14, -1,-22,  5,-20,-14,  7,-10,  9,  1,  1, -4,-20,-27,-14, 11;
/M: SY='A';  M= 15, -5,-18, -9, -1,-20,-11, -7,-13, -2,-13, -8, -3,-13,  1, -3,  5, -1, -8,-24,-14, -1;
/M: SY='F';  M=-11,-28,-22,-34,-25, 22,-30,-19, 18,-24, 17, 14,-23,-26,-22,-20,-20, -8, 13, -4, 11,-24;
/M: SY='L';  M=-10,-13,-23,-15, -6, -1,-23, -6, -4, -5,  3,  3,-10,-20, -4,  1,-11, -5, -5,-16,  3, -6;
/M: SY='D';  M= -2,  8,-23,  9,  7,-26, -8, -2,-23,  4,-21,-14,  6,-13,  5,  1,  3, -3,-18,-28,-15,  6;
/M: SY='V';  M= -2,-16,-18,-18,-11,  2,-23,-14,  4,-12,  0, -1,-14,-20,-14,-13, -6,  0,  8,-18,  2,-13;
/M: SY='L';  M=-11,-29,-20,-30,-20, 17,-30,-18, 17,-28, 42, 18,-28,-29,-21,-19,-28,-10,  9,-16,  5,-20;
/M: SY='D';  M= -8, 20,-26, 26, 17,-29, -7, -1,-30,  3,-25,-20, 12,-11,  6, -1,  4, -6,-25,-32,-17, 11;
/M: SY='S';  M= -4,  3,-23,  2,  5,-25, -2, -5,-25,  6,-25,-14,  7,-12,  8,  6,  9,  0,-20,-28,-17,  6;
/M: SY='I';  M= -8,-20,-21,-25,-20,  5,-29,-12, 14,-16,  7,  7,-17,-23,-15,-14,-12, -1, 13,-14, 11,-19;
/M: SY='T';  M=  2,  1,-12, -6, -6,-14,-14,-15,-13, -8,-16,-12,  4,-10, -6, -8, 22, 36, -4,-32,-13, -6;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-20,-32,-23, 12,-31,-22, 24,-28, 38, 17,-28,-28,-22,-20,-26, -9, 16,-19,  1,-23;
/M: SY='A';  M= 15, -2,-20, -5,  5,-23, -7, -9,-19,  3,-17,-12, -3,-11,  4, -4,  4, -4,-14,-22,-14,  4;
/M: SY='D';  M=-15, 36,-28, 50, 21,-36,-11, -1,-35,  2,-28,-25, 15, -9,  4, -7,  2, -6,-27,-36,-18, 12;
/M: SY='L';  M= -7,-28,-18,-31,-22,  8,-29,-20, 21,-26, 34, 20,-26,-26,-19,-20,-24, -9, 14,-20, -1,-21;
/M: SY='V';  M=  3,-19,-12,-23,-18, -5,-22,-19, 10,-17,  9,  6,-18,-20,-15,-17, -8, -1, 12,-23, -7,-17;
/M: SY='R';  M= -5,  2,-21,  0,  3,-20,-12, -3,-21,  4,-19,-12,  4,-14,  3,  6,  0, -4,-16,-25,-11,  2;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2025_03 which contains 573'661 sequence entries.

Total number of hits	158 in 158 different sequences
Number of true positive hits	158 in 158 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Prokaryotes (Bacteria)
Maximum number of repetitions [info]	1
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	window20
Author [info]	PS_Langendijk_Genevaux
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	HTH rrf2-type
Version [info]	6

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

158 sequences

AAU3_RHIME  (Q9R9M8), BADM_RHOPA  (O07465), CYMR_BACSU  (O34527),

ISCR_ALISL  (B6EGX4), ISCR_CERS4  (Q3J0R9), ISCR_CITK8  (A8AD51), 
ISCR_CROS8  (A7MGX6), ISCR_ECO24  (A7ZPX5), ISCR_ECO27  (B7UGX7), 
ISCR_ECO45  (B7MIM1), ISCR_ECO55  (B7LDC3), ISCR_ECO57  (P0AGL0), 
ISCR_ECO5E  (B5Z105), ISCR_ECO7I  (B7NRI0), ISCR_ECO81  (B7MYG4), 
ISCR_ECO8A  (B7M7N4), ISCR_ECOBW  (C4ZXA6), ISCR_ECODH  (B1XB06), 
ISCR_ECOHS  (A8A337), ISCR_ECOK1  (A1AE68), ISCR_ECOL5  (Q0TEV4), 
ISCR_ECOL6  (P0AGK9), ISCR_ECOLC  (B1IWD0), ISCR_ECOLI  (P0AGK8), 
ISCR_ECOLU  (B7N6B8), ISCR_ECOSE  (B6I5A3), ISCR_ECOSM  (B1LNI7), 
ISCR_ECOUT  (Q1R8K1), ISCR_EDWI9  (C5BEU6), ISCR_ENT38  (A4WDB2), 
ISCR_ERWT9  (B2VI31), ISCR_ESCF3  (B7LJQ3), ISCR_KLEP3  (B5XNJ6), 
ISCR_KLEP7  (A6TCF2), ISCR_PECAS  (Q6D258), ISCR_PECCP  (C6DBJ2), 
ISCR_PHOLL  (Q7N223), ISCR_PHOPR  (Q6LU63), ISCR_SALA4  (B5F1C1), 
ISCR_SALAR  (A9MHJ3), ISCR_SALCH  (Q57LG8), ISCR_SALDC  (B5FR87), 
ISCR_SALEP  (B5R5A3), ISCR_SALG2  (B5RD13), ISCR_SALHS  (B4TDB7), 
ISCR_SALNS  (B4T1C0), ISCR_SALPA  (Q5PNG2), ISCR_SALPB  (A9N1X3), 
ISCR_SALPC  (C0PYK6), ISCR_SALPK  (B5BAW5), ISCR_SALSV  (B4TRX7), 
ISCR_SALTI  (Q8XF25), ISCR_SALTY  (Q7CQ10), ISCR_SERP5  (A8GHY4), 
ISCR_SHIB3  (B2TXV6), ISCR_SHIBS  (Q31XV9), ISCR_SHIDS  (Q32D33), 
ISCR_SHIF8  (Q0T1Y8), ISCR_SHIFL  (P0AGL1), ISCR_SHISS  (Q3YZ21), 
ISCR_SODGM  (Q2NS30), ISCR_VIBA3  (B7VJS5), ISCR_VIBC1  (A7MU47), 
ISCR_VIBCH  (Q9KTY3), ISCR_VIBPA  (Q87S29), ISCR_VIBVU  (Q8DEY6), 
ISCR_VIBVY  (Q7MNG3), ISCR_XENNA  (Q8GLE9), ISCR_YERE8  (A1JKQ1), 
ISCR_YERP3  (A7FFX0), ISCR_YERPA  (Q1C5G9), ISCR_YERPE  (Q0WD07), 
ISCR_YERPG  (A9R819), ISCR_YERPN  (Q1CKB0), ISCR_YERPP  (A4TMV5), 
ISCR_YERPS  (Q667Y0), NSRR_ALIF1  (Q5E2D6), NSRR_ALIFM  (B5FBQ6), 
NSRR_ALISL  (B6EMP9), NSRR_BACLD  (Q65M01), NSRR_BACSU  (O07573), 
NSRR_ECO24  (A7ZV48), NSRR_ECO27  (B7UQI7), NSRR_ECO45  (B7MLI3), 
NSRR_ECO55  (B7LC37), NSRR_ECO57  (P0AF65), NSRR_ECO5E  (B5Z2I4), 
NSRR_ECO7I  (B7NTN4), NSRR_ECO81  (B7MSJ6), NSRR_ECO8A  (B7M8T8), 
NSRR_ECOBW  (C4ZR55), NSRR_ECODH  (B1XDS9), NSRR_ECOHS  (A8A7S3), 
NSRR_ECOK1  (A1AJ83), NSRR_ECOL5  (Q0T9L5), NSRR_ECOL6  (P0AF64), 
NSRR_ECOLC  (B1IT28), NSRR_ECOLI  (P0AF63), NSRR_ECOLU  (B7NGB2), 
NSRR_ECOSE  (B6I282), NSRR_ECOSM  (B1LQJ8), NSRR_ECOUT  (Q1R382), 
NSRR_ENT38  (A4W5R9), NSRR_ESCF3  (B7LLW0), NSRR_GEOKA  (Q5KZ63), 
NSRR_HALH5  (Q9RC41), NSRR_KLEP3  (B5Y324), NSRR_KLEP7  (A6TH94), 
NSRR_OCEIH  (Q8ETG9), NSRR_PECAS  (Q6D125), NSRR_PECCP  (C6DE26), 
NSRR_PHOLL  (Q7MYU4), NSRR_PHOPR  (Q6LM38), NSRR_PROMH  (B4F272), 
NSRR_SALA4  (B5F393), NSRR_SALCH  (Q57GL3), NSRR_SALEP  (B5R0P4), 
NSRR_SALG2  (B5R9C4), NSRR_SALHS  (B4TFB2), NSRR_SALPA  (Q5PL57), 
NSRR_SALPB  (A9N4Z2), NSRR_SALPK  (B5BKI6), NSRR_SALSV  (B4TSF8), 
NSRR_SALTI  (Q8Z183), NSRR_SALTY  (Q8ZKA3), NSRR_SERP5  (A8G8V5), 
NSRR_SHIB3  (B2TY53), NSRR_SHIBS  (Q31TA8), NSRR_SHIDS  (Q328F7), 
NSRR_SHIF8  (Q0SXA4), NSRR_SHIFL  (P0AF66), NSRR_SHISS  (Q3YUG5), 
NSRR_SHOC1  (Q5WL64), NSRR_STRCO  (Q9L132), NSRR_VIBC1  (A7MX86), 
NSRR_VIBPA  (P40610), NSRR_VIBVU  (Q8DCU1), NSRR_VIBVY  (Q7MH10), 
NSRR_YERE8  (A1JIS1), NSRR_YERP3  (A7FMX3), NSRR_YERPA  (Q1C106), 
NSRR_YERPE  (Q0WJT1), NSRR_YERPN  (Q1CEG1), NSRR_YERPS  (Q66FA9), 
RRF2_NITV2  (P33395), Y1287_MYCTO (P9WME2), Y1287_MYCTU (P9WME3), 
Y1318_MYCBO (P67160), Y1378_NEIMB (P0A0Z0), Y1593_NEIMA (P0A0Y9), 
Y2142_RHOCB (O68025), Y268_AQUAE  (O66625), Y379_HAEIN  (P44675), 
Y846_SYNY3  (Q55433), YFFB_LACLA  (Q48660), YOR2_AZOVI  (O69219), 
YWGB_BACSU  (P71047), YWNA_BACSU  (P71036)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

PDB
[Detailed view]

8 PDB

1XD7; 2Y75; 4HF0; 4HF1; 4HF2; 5N07; 5N08; 7B0C