PROSITE entry PS51168

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

PURL [info]	https://purl.expasy.org/prosite/signature/PS51168
Entry name [info]	CHORISMATE_MUT_2
Accession [info]	PS51168
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-DEC-2005 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC51167
Associated ProRule [info]	PRU00515

Name and characterization of the entry

Description [info]

Chorismate mutase domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=92;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=87;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.5942285; R2=0.0125128; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=4754.0083008; R2=5.6592798; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=472; H_SCORE=7425; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=313; H_SCORE=6525; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-20; I=-20; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M:         M= -3, -9,-20,-11, -9,-13,-13,-12, -8, -9,-11, -3, -7, -1, -8,-11, -2,  0, -6,-24,-13, -9;
/M:         M= -3, -4,-25, -4,  0,-19,-18,-10, -9, -6,-11, -6, -5,  0, -3,-10, -3, -3, -9,-25,-13, -3;
/M:         M=  0, -5,-21, -6, -4,-14,-12, -9,-11, -7,-10, -5, -4,-10, -4, -8,  0, -2, -8,-26,-12, -4;
/M:         M= -6, -6, -4, -9, -8,-15,-19,-11, -9, -9, -7, -1, -6,-15, -6,-10, -6, -5, -8,-27,-12, -7;
/M: SY='E';  M= -3,  2,-23,  1,  7,-18,-13, -8,-15, -3,-14, -9,  2, -8,  0, -6,  1,  0,-14,-24,-13,  3;
/M: SY='S';  M= -3, -3,-20, -3,  5,-17,-13,-10,-16, -3,-16,-11, -1,-11,  1, -3,  6,  3,-11,-24,-13,  2;
/M: SY='L';  M=-10,-27,-18,-31,-22,  7,-30,-20, 23,-27, 35, 21,-25,-27,-19,-21,-24, -9, 14,-21, -1,-21;
/M: SY='E';  M= -2,  4,-23,  5, 11,-21,-13, -6,-18, -1,-14,-11,  1, -9,  4, -4,  1, -3,-16,-27,-15,  7;
/M: SY='E';  M= -3,  3,-22,  6, 14,-25,-13, -7,-21,  2,-18,-14,  0, -6,  6, -2,  1, -5,-18,-28,-17,  9;
/M: SY='L';  M= -8,-25,-18,-27,-20,  5,-27,-17, 15,-23, 21, 12,-23,-24,-17,-19,-20, -8, 10,-15,  4,-20;
/M: SY='R';  M=-17, -9,-29,-10,  0,-20,-18,  0,-28, 26,-20,-10, -1,-18,  9, 58, -9, -9,-19,-20, -9,  0;
/M: SY='E';  M=  0,  2,-24,  1,  7,-25,-11, -5,-19,  5,-19,-11,  2,-10,  6,  0,  1, -5,-15,-25,-15,  6;
/M: SY='E';  M= -5,  2,-26,  4, 17,-25,-14, -4,-23,  9,-17,-12,  1, -9, 11,  8, -2, -7,-20,-26,-15, 13;
/M: SY='I';  M= -6,-27,-26,-35,-26, -1,-35,-27, 39,-27, 19, 16,-19,-21,-18,-26,-17, -8, 26,-21, -3,-26;
/M: SY='D';  M=-14, 32,-27, 43, 13,-31,-12, -1,-29,  1,-22,-19, 14,-12,  1, -6, -1, -8,-23,-35,-16,  7;
/M: SY='E';  M=  3,  1,-22,  0, 10,-23, -9, -7,-21,  2,-18,-13,  1,-10,  5,  2,  5, -1,-16,-25,-16,  7;
/M: SY='I';  M= -5,-20,-19,-26,-22, -3,-28,-23, 25,-23, 15, 10,-15,-23,-18,-22,-14, -6, 18,-25, -6,-22;
/M: SY='D';  M=-16, 40,-28, 55, 16,-35,-10,  0,-35, -2,-28,-27, 18, -8,  0,-10,  3, -6,-27,-38,-18,  8;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='R';  M= -4,  4,-24,  4,  7,-23, -9, -4,-23,  6,-18,-11,  4,-13,  5,  8,  0, -5,-18,-26,-14,  5;
/M: SY='E';  M= -7,  5,-25,  7, 17,-27,-15, -2,-22,  6,-19,-11,  3,-10, 17,  5,  1, -6,-22,-27,-15, 17;
/M: SY='I';  M=-10,-29,-24,-34,-25,  5,-34,-24, 33,-29, 32, 20,-25,-24,-20,-24,-24, -9, 20,-20, -1,-24;
/M: SY='I';  M= -6,-26,-19,-29,-23,  2,-28,-18, 22,-22, 21, 15,-23,-26,-19,-17,-17, -6, 21,-22, -2,-22;
/M: SY='E';  M=  3,  2,-23,  3,  7,-24,-10, -6,-20,  3,-18,-12,  1,-11,  5,  0,  3, -4,-15,-26,-15,  5;
/M: SY='L';  M= -4,-25,-19,-27,-17,  5,-25,-19, 14,-24, 36, 14,-24,-26,-17,-18,-22, -7,  8,-21, -3,-17;
/M: SY='L';  M= -7,-29,-22,-33,-24, 10,-31,-23, 25,-27, 30, 17,-25,-26,-21,-22,-22, -9, 16,-16,  1,-23;
/M: SY='A';  M= 10,  4,-19,  1,  6,-23, -7, -8,-19,  0,-18,-13,  5,-11,  2, -5,  7, -2,-14,-28,-18,  4;
/M: SY='E';  M=-11,  4,-28,  7, 25,-28,-19, -2,-27, 19,-22,-13,  1, -9, 17, 18, -2, -7,-23,-25,-14, 20;
/M: SY='R';  M=-20,-10,-30,-10, -1,-20,-20, -1,-29, 29,-19,-10, -1,-20,  9, 68,-10,-10,-19,-20,-10, -1;
/M: SY='M';  M= -1,-15,-20,-21,-13, -6,-14,-11,  1,-11,  7, 12,-12,-20, -8, -6, -9, -5, -1,-20, -7,-11;
/M: SY='E';  M= -1,  4,-24,  5, 11,-25, -5, -6,-23,  4,-20,-13,  2,-11,  5,  1,  3, -5,-18,-27,-16,  8;
/M: SY='L';  M= -8,-27,-17,-29,-23,  9,-30,-18, 18,-24, 23, 11,-25,-28,-21,-20,-20, -7, 15,-13,  7,-22;
/M: SY='A';  M= 18,-15,-10,-21,-16,-12,-12,-20,  2,-13, -5,  0,-12,-17,-14,-16,  5,  4, 12,-26,-15,-15;
/M: SY='R';  M= -9,  2,-26,  4,  6,-23,-16, -3,-20,  9,-15, -7,  0,-14,  8, 12, -5, -7,-16,-25,-11,  6;
/M: SY='E';  M= -4,  3,-27,  6, 17,-29,-16, -3,-22, 10,-20,-11,  0, -5, 16,  6, -2, -8,-21,-25,-14, 16;
/M: SY='V';  M=  2,-27,-19,-32,-27, -3,-30,-28, 32,-22, 12, 13,-23,-23,-22,-24,-11, -4, 33,-24, -7,-26;
/M: SY='G';  M= 20,-12,-20,-16,-14,-22, 21,-19,-19,-14,-15,-11, -7,-15,-12,-18,  3, -8,-11,-19,-21,-13;
/M: SY='E';  M= -1, -5,-24, -4, 10,-22,-14, -6,-19,  7,-12, -9, -5,-13,  6,  9, -4, -7,-15,-24,-13,  7;
/M: SY='F';  M= -4,-21,-17,-25,-19, 10,-25,-14,  9,-20,  9,  3,-17,-23,-18,-18,-10, -4,  8,-13,  8,-19;
/M: SY='K';  M=-11,  0,-30,  0, 11,-29,-20, -9,-30, 47,-29,-10,  0,-10, 10, 31,-10,-10,-20,-20,-10, 11;
/M: SY='K';  M= -3, -8,-25,-11, -3,-16,-15, -5,-14,  2,-13, -5, -6,-15,  2,  2, -5, -6,-12,-10, -5, -1;
/I:         I=-4; MD=-19;
/M: SY='E';  M= -3,  1,-25,  2,  7,-24,-10, -7,-20,  6,-17,-11, -1,-11,  4,  3, -1, -5,-16,-24,-14,  5; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-19;
/M: SY='N';  M= -5,  5,-21,  1,  4,-17,-12,  4,-16, -1,-15, -9,  9,-14,  5,  0,  3,  0,-16,-26, -9,  4; D=-4;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-19; IM=0; DM=-19;
/M: SY='G';  M= -4,  5,-23,  2, -5,-24, 22, -2,-26, -7,-23,-15, 12,-15, -4, -8,  2,-10,-24,-24,-19, -5; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-19;
/M: SY='L';  M= -6,-12,-24,-13, -8,-11,-11,-11, -5, -9,  3,  3,-10,-18, -6, -7,-11, -8, -7,-21, -9, -7;
/M: SY='P';  M= -3,-10,-28, -6,  4,-26,-16,-14,-20, -3,-24,-16, -9, 37, -2, -9,  0, -3,-21,-29,-22, -2;
/M: SY='I';  M= -4,-26,-21,-30,-24, -1,-29,-24, 26,-19, 10, 10,-20,-21,-20,-17,-12, -5, 26,-23, -5,-24;
/M: SY='Y';  M=-13,-11,-25,-11, -4,  4,-23, -2, -8, -5, -3, -3,-10,-19, -6,  0,-10, -5, -9, -9, 13, -7;
/M: SY='D';  M=-11, 25,-26, 34,  9,-31,-12,  0,-26, -1,-22,-18, 11,-14,  2, -4, -1, -9,-20,-33,-16,  4;
/M: SY='P';  M= -5,-11,-30, -7,  1,-23,-17,-11,-16, -6,-18,-13,-10, 33, -4,-10, -5, -7,-20,-27,-20, -4;
/M: SY='E';  M=  0,  4,-24,  6, 12,-24,-10, -9,-22,  3,-19,-14,  0, -7,  4, -4,  2, -5,-17,-27,-16,  8;
/M: SY='R';  M=-19,-10,-30,-10,  0,-21,-20, -1,-28, 28,-20, -9, -1,-19, 12, 62,-10,-10,-19,-18, -9,  2;
/M: SY='E';  M= -9,  4,-28, 12, 43,-25,-21, -4,-20,  5,-15,-15, -3, -5, 13, -3, -2, -9,-19,-28,-16, 27;
/M: SY='E';  M=  0,  1,-24,  0, 10,-24,-16, -6,-17,  6,-14, -8,  0,-12,  9,  4, -1, -5,-14,-25,-14,  9;
/M: SY='E';  M=  0, -1,-25,  0, 18,-23,-17, -5,-18,  5,-16,-10, -4,-10, 14,  1,  0, -7,-17,-21,-10, 15;
/M: SY='V';  M= -5,-27,-19,-30,-24,  0,-31,-24, 28,-20, 17, 15,-24,-25,-19,-19,-16, -6, 30,-24, -5,-23;
/M: SY='L';  M= -9,-26,-22,-29,-20,  7,-29,-18, 18,-21, 27, 16,-23,-25,-16,-15,-22, -9, 11,-17,  2,-19;
/M: SY='E';  M= -4, 11,-25, 12, 16,-26,-12, -3,-25,  8,-22,-15,  9,-10,  9,  7,  2, -6,-22,-27,-16, 12;
/M: SY='R';  M= -8,  2,-25, -1,  4,-21,-15,  1,-21, 14,-20, -9,  7,-15,  7, 21, -1, -5,-17,-26,-10,  3;
/M: SY='L';  M=  0,-22,-16,-26,-19,  0,-23,-19,  9,-16, 11,  6,-19,-24,-17,-11,-13, -6, 11,-15, -4,-19;
/I:         I=-2; MI=0; MD=-10; IM=0; DM=-10;
/M: SY='R';  M= -3,-10,-21,-12, -3,-16,-13,-11,-11,  0, -7, -3, -7,-17,  0,  7, -4, -4, -7,-23,-12, -3; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-10;
/M: SY='E';  M=  2,  2,-22,  1,  6,-23, -5, -6,-20,  0,-18,-12,  3,-12,  6,  0,  4, -3,-17,-25,-15,  5; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-10;
/M: SY='R';  M= -5, -8,-21,-11, -3, -9,-17, -7, -8, -1, -3, -1, -5,-16,  2,  3, -6, -4, -9,-15, -4, -2; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-10;
/M: SY='A';  M= 21, -4,-12,-10, -9,-17,  4,-13,-12,-10,-13,-10,  0,-12, -9,-15,  7, -1, -5,-23,-17, -9; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-10;
/M: SY='E';  M= -5, -3,-23, -2, 10,-20,-12, -8,-17,  7,-16,-10, -3, -3,  4,  5, -2, -4,-14,-22,-13,  6; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-10;
/M: SY='E';  M= -3,  5,-18,  6, 14,-20, -8, -2,-18,  7,-17,-11,  5, -5, 10,  3,  3, -3,-16,-20,-12, 12; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-10;
/M:         M= -2, -8,-15,-10, -8, -5, -2, -2, -9,-10, -5, -4, -5,-14, -7, -9, -5, -7, -9,-12, -1, -8; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-10;
/M: SY='G';  M= -5, -1,-26,  1, -3,-25, 17, -3,-27, -7,-23,-15,  2,  0, -5,-10, -1,-11,-23,-22,-18, -5; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-10;
/M: SY='L';  M= -5,-22,-19,-24,-16,  5,-23,-18, 14,-21, 26, 12,-21,-23,-15,-17,-19, -8,  9,-17, -2,-16; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-10;
/M: SY='D';  M= -6, 12,-21, 15,  7,-21, -8, -4,-22, -4,-21,-17,  7, -3,  0, -8,  4, -2,-20,-27,-12,  3; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-10;
/M: SY='P';  M= -1, -2,-26,  2,  5,-24, -9,-12,-19, -5,-20,-15, -4, 20, -3,-12,  0, -4,-18,-27,-20, -1; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-10;
/M: SY='E';  M= -6,  9,-25, 14, 15,-25, -9, -2,-23,  0,-20,-15,  5, -4,  4, -4,  0, -7,-20,-28,-15,  9; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-10;
/M: SY='Y';  M= -5,-15,-19,-17,-12,  6,-18, -9, -1,-12,  3,  0,-13,-20,-12, -9, -8, -3,  0,-12,  7,-13; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-10;
/M: SY='V';  M= -1,-23,-18,-28,-23,  1,-23,-23, 20,-21, 13, 10,-20,-23,-20,-20,-11, -1, 21,-22, -5,-23; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-10;
/M: SY='E';  M= -5,  1,-24,  2, 15,-22,-18, -6,-18,  8,-15,-11,  0,-11,  7,  8,  0, -2,-15,-26,-14, 10; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-10;
/M: SY='E';  M=  0, -1,-23, -1,  6,-20,-13, -7,-18,  3,-14,-10, -1, -8,  4,  6,  1, -4,-15,-25,-14,  4; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-10;
/M: SY='I';  M= -8,-27,-20,-32,-25, 13,-29,-24, 24,-25, 20, 12,-22,-25,-24,-22,-17, -5, 20,-17,  2,-25; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-10;
/M: SY='F';  M=-15,-28,-24,-33,-26, 44,-28,-13,  4,-24, 11,  3,-23,-28,-26,-18,-22,-11, -1, 19, 30,-24; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-10;
/M: SY='R';  M= -8,  1,-26,  1, 11,-25,-16,  3,-23, 14,-19, -8,  3,-12, 15, 19, -3, -7,-20,-24,-11, 11; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-10;
/M: SY='E';  M=  2, -3,-21, -3,  3,-17,-13,-12,-10, -6, -7, -7, -4,-14, -3, -7, -1, -3, -7,-26,-14,  0; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-10;
/M: SY='I';  M= -9,-24,-24,-29,-19, -2,-31,-18, 26,-21, 19, 20,-20,-22, -7,-18,-18, -8, 15,-20, -1,-15;
/M: SY='I';  M=-10,-26,-24,-34,-25,  7,-31,-17, 30,-23, 21, 27,-20,-23,-16,-21,-20, -9, 19,-19,  2,-23;
/M: SY='E';  M= -4,  9,-23, 10, 16,-23,-13, -1,-24,  5,-22,-16,  9,-11,  6,  3,  6,  0,-20,-29,-15, 10;
/M: SY='A';  M=  7, -7,-21, -9,  0,-12,-14,-10, -8, -8, -5, -5, -8,-15, -5,-11, -3, -5, -6,-17, -8, -3;
/M: SY='S';  M=  4, -3, -5, -9, -9, -8, -7,-11,-14,-13,-19,-13,  5,-17, -9,-13, 17,  9, -8,-31,-13, -8;
/M: SY='R';  M=-11,-13,-23,-16, -8,-13,-25,-13, -4, 11, -6,  1, -9,-18, -3, 13,-12, -6, -1,-21, -5, -8;
/M: SY='E';  M=  0,  0,-22, -1,  2,-19, -9, -6,-17, -2,-12, -9, -1,-15,  0, -2, -1, -4,-12,-25,-12,  0;
/M: SY='I';  M= -9,-17,-22,-18,-11,  0,-26,-12,  6,-13,  5,  2,-15,-20,-11, -8,-11, -4,  6,-18,  2,-12;
/M: SY='Q';  M= -8,  1,-28,  4, 29,-32,-20,  4,-21,  7,-17, -7, -2, -7, 36,  3, -1, -9,-25,-24,-12, 33;
/M: SY='R';  M= -9, -3,-26, -4,  1,-16,-17, -3,-14,  6,-13, -5, -1,-16,  5,  8, -5, -5,-13,-20, -3,  2;
/M: SY='K';  M= -2, -5,-25, -5,  4,-20,-12, -9,-18,  6,-16, -9, -3, -6,  3,  5, -1, -5,-15,-23,-13,  3;
/M: SY='Y';  M= -7,-12,-23,-14, -8, -1,-21, -6, -1, -9,  2,  1,-10,-20, -7, -7,-11, -6, -4,-13,  8, -9;
/M: SY='F';  M=-10,-17,-24,-20,-14,  2,-20, -6, -3,-11,  2,  2,-12,-20,-10, -4,-13, -8, -4,-10,  1,-13;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2025_02 which contains 573'230 sequence entries.

Total number of hits	33 in 33 different sequences
Number of true positive hits	33 in 33 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	3
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	91.67 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Archaea, Eukaryotes, Prokaryotes (Bacteria)
Maximum number of repetitions [info]	1
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	PS_Langendijk_Genevaux
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	Chorismate mutase
Version [info]	5

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

33 sequences

AROD_PYRAE  (Q8ZW59), AROG_BACSU  (P39912), CHMU_ENTAG  (P42517),

CHMU_METJA  (Q57696), CHMU_MYCBO  (P64768), CHMU_MYCS2  (A0R3N5), 
CHMU_MYCTO  (P9WIC0), CHMU_MYCTU  (P9WIC1), CHMU_PSEAE  (Q9HU05), 
CHMU_SALTM  (Q93LJ4), CMLD_STRVP  (F2RB77), CMPDT_AQUAE (O67085), 
CMPDT_BUCAI (P57472), CMPDT_BUCAP (Q8K9F8), CMPDT_BUCBP (Q89AE5), 
CMPDT_ECO57 (P0A9J9), CMPDT_ECOLI (P0A9J8), CMPDT_ENTAG (Q02286), 
CMPDT_HAEIN (P43900), CMPDT_NEIG1 (Q9ZHY3), CMPDT_PSEAE (Q9HZ67), 
CMPDT_SHIFL (P0A9K0), CMPDT_STUST (P27603), PAPB_STRPR  (P72541), 
PCHB_PSEAE  (Q51507), SCMU_MYCS2  (A0QU81), SCMU_MYCTO  (P9WIB8), 
SCMU_MYCTU  (P9WIB9), SCMU_YERPE  (Q7CHH5), TYRA_ECOLI  (P07023), 
TYRA_ENTAG  (Q02287), TYRA_HAEIN  (P43902), TYRA_SHEON  (Q8EH68)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences

3 sequences

CM1_ARATH   (P42738), CM2_ARATH   (Q9S7H4), CM3_ARATH   (Q9C544)

PDB
[Detailed view]

24 PDB

1ECM; 2AO2; 2F6L; 2FP1; 2FP2; 2GBB; 2GTV; 2H9C; 2H9D; 2QBV; 2VKL; 2W19;
» more