PROSITE entry PS51141

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
PURL: https://purl.expasy.org/prosite/signature/PS51141

Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	ZF_SBP
Accession [info]	PS51141
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-JUL-2005 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC51141
Associated ProRule [info]	PRU00470

Name and characterization of the entry

Description [info]

Zinc finger SBP-type profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=78;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=73;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.1681914; R2=0.0085479; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=8372.7451172; R2=6.5133018; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=741; H_SCORE=13199; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=507; H_SCORE=11675; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-20; I=-20; B1=-400; E1=-400; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='A';  M=  3,-10,-15,-11, -4,-17, -9,-15,-10, -9,-12, -7, -9, -7, -7,-12,  2,  0, -4,-27,-15, -6;
/M: SY='P';  M=  0,-17,-27,-17, -8,-19,-15,-15, -8, -7,-13, -1,-15, 27, -7, -9, -7, -7,-10,-25,-19,-10;
/M: SY='R';  M= -9,-14, -3,-17,-11,-13,-23, -9,-12,  2, -9, -5,-10,-23, -7, 13, -8, -6, -4,-25, -8,-11;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='Q';  M= -8, -2,-29, -3, 16,-36,-20,  7,-17,  7,-15,  1, -2,-11, 52,  7, -2,-10,-26,-20,-10, 34;
/M: SY='V';  M=  3,-29,-11,-30,-29, -1,-28,-29, 28,-20,  9,  9,-28,-28,-28,-20, -9,  0, 46,-29,-10,-29;
/M: SY='E';  M=-14, 15,-33, 28, 30,-32,-17, -5,-30,  1,-25,-23,  1, 19,  5, -9, -3,-10,-30,-32,-20, 16;
/M: SY='G';  M= -4,  2,-28,  1,-11,-29, 44,-13,-36,-10,-29,-20,  9,-19,-12, -9,  1,-15,-29,-25,-26,-12;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='E';  M= -5,  8,-24,  7,  9,-25,  2, -9,-27,  3,-23,-17,  8,-11,  0, -2,  5,  2,-21,-28,-18,  4;
/M: SY='A';  M= 17,-14,-15,-18, -9,-14,-15,-19,  0, -6, -2, -1,-14,-16,-11,-12, -2, -2,  9,-24,-14,-10;
/M: SY='D';  M=-18, 45,-28, 60, 19,-37,-10,  0,-37,  0,-29,-28, 22,-10,  1, -8,  2, -7,-29,-39,-20, 10;
/M: SY='L';  M=-10,-29,-22,-32,-22, 11,-31,-20, 24,-29, 42, 22,-27,-28,-20,-21,-27,-10, 13,-19,  1,-21;
/M: SY='S';  M=  3, -2,-13, -5, -3,-18, -9,-12,-17, -4,-22,-15,  5,-12,  0, -1, 26, 22, -7,-34,-16, -2;
/M: SY='N';  M= -6, 14,-24, 14, 13,-26,  0, -2,-26,  1,-26,-19, 17,-12,  2, -4,  8, -3,-23,-33,-19,  7;
/M: SY='A';  M= 17,-20,  0,-25,-19, -9,-15,-23,  2,-19,  7,  0,-19,-22,-19,-21, -6, -4, 10,-26,-14,-19;
/M: SY='K';  M=-12, -2,-30, -2,  8,-28,-20, -8,-30, 46,-28,-10,  0,-12, 10, 38,-10,-10,-20,-20,-10,  8;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='D';  M= -7, 13,-28, 20, 15,-31,  2,  0,-31, -2,-23,-18,  5, -9,  5, -7, -1,-12,-26,-29,-18,  9;
/M: SY='Y';  M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20,  0,-10,  0,  0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20;
/M: SY='H';  M=-19,  0,-29, -2, -3,-13,-20, 83,-25, -9,-18, -1,  9,-21,  7, -1,-10,-17,-27,-22, 26, -3;
/M: SY='R';  M=-15, -7,-24, -7,  4,-24,-20, -3,-28, 28,-22, -9, -1,-17, 14, 45, -8, -9,-20,-22,-11,  6;
/M: SY='R';  M=-18, -8,-30, -8,  2,-22,-20, -2,-30, 33,-22,-10,  0,-18, 10, 64,-10,-10,-20,-20,-10,  2;
/M: SY='H';  M=-20, -2,-30, -2, -2,-15,-21, 92,-27,-10,-18,  0,  7,-21,  8, -1,-11,-19,-28,-24, 26, -2;
/M: SY='R';  M=-14, -4,-30, -4,  6,-26,-20, -6,-30, 42,-26,-10,  0,-14, 10, 47,-10,-10,-20,-20,-10,  6;
/M: SY='V';  M= -1,-30,-13,-31,-30,  0,-31,-30, 33,-21, 11, 11,-29,-29,-29,-21,-11, -1, 47,-29, -9,-30;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='E';  M=-11,  8,-24, 16, 36,-25,-20, -4,-23,  2,-11,-14, -2, -8, 10, -4, -5, -9,-23,-30,-17, 23;
/M: SY='V';  M= -1,-18,-18,-22,-17, -3,-22,-13,  6, -7, -1,  6,-14,-22,-13, -2, -8, -4, 14,-22, -5,-16;
/M: SY='H';  M=-18, -3, -7, -5, -5,-20,-22, 80,-30,-13,-20, -3,  5,-23,  4, -5,-10,-18,-27,-33, 12, -5;
/M: SY='A';  M= 25, -7,-12,-13, -8,-17, -5,-17, -8,-12,-15,-11, -2,-11, -7,-16, 20, 10, -1,-29,-17, -8;
/M: SY='K';  M=-10,  0,-28, -1,  8,-28,-20, -3,-28, 41,-28, -9,  1,-11,  8, 25, -8, -6,-19,-22, -8,  8;
/M: SY='A';  M= 25,-11, -7,-18,-10, -9, -9,-19, -9,-14, -6, -8,-10,-14,-12,-18,  7,  5, -2,-22,-14,-10;
/M: SY='P';  M=  1,-10,-26, -7,  0,-26, -8,-14,-20, -8,-25,-16, -7, 31,  0,-13,  8,  3,-20,-30,-23, -2;
/M: SY='R';  M= -2,-13,-20,-16, -9, -8,-21,-13, -5,  2, -7, -2,-11,-18, -4,  3, -5, -1,  2,-21, -6, -7;
/M: SY='V';  M=  7,-27,-10,-29,-27, -3,-26,-29, 25,-19,  7,  7,-27,-27,-27,-20, -7,  0, 43,-29,-11,-27;
/M: SY='V';  M= -5,-23,-18,-26,-20,  1,-26,-19, 16,-17, 14, 11,-20,-24,-17,-11,-11,  0, 18,-23, -4,-20;
/M: SY='V';  M= -3,-25,-17,-27,-23, -2,-29,-23, 22,-16, 13, 10,-24,-26,-22,-16,-14, -3, 30,-26, -7,-23;
/M: SY='D';  M=  2, 14,-21, 16,  3,-27,  5, -5,-28, -4,-27,-20, 12,-13, -3, -9, 11, -2,-20,-32,-20,  0;
/M: SY='G';  M= -1, -5,-29, -7,-17,-29, 61,-17,-38,-16,-30,-20,  6,-20,-17,-17,  1,-18,-30,-22,-28,-17;
/M: SY='L';  M= -9,-18,-21,-18, -9, -8,-24,-11,  4,-10,  9,  6,-16,-22, -7, -2,-13, -4,  6,-24, -6, -9;
/M: SY='E';  M=-10,  1,-26,  2, 20,-21,-19,  4,-16,  4,-10, -4,  1,-12, 14,  4, -5, -8,-18,-27,-12, 16;
/M: SY='Q';  M=-12, -2,-30, -3, 13,-33,-20, 10,-22, 18,-20, -1,  0,-12, 38, 21, -5,-11,-25,-21, -8, 24;
/M: SY='R';  M=-20,-10,-30,-10,  0,-20,-20,  0,-30, 30,-20,-10,  0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10,  0;
/M: SY='F';  M=-20,-28,-22,-37,-28, 72,-30,-14,  0,-27,  8,  0,-20,-30,-35,-18,-20,-10, -2, 13, 38,-28;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='Q';  M=-10,  0,-30,  0, 20,-40,-20, 10,-20, 10,-20,  0,  0,-10, 60, 10,  0,-10,-30,-20,-10, 40;
/M: SY='Q';  M=-10,  0,-30,  0, 20,-40,-20, 10,-20, 10,-20,  0,  0,-10, 60, 10,  0,-10,-30,-20,-10, 40;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='S';  M=  7, -3,-15, -3, -5,-23, 18,-13,-25,-13,-30,-20,  7,-13, -5,-13, 30, 10,-15,-35,-23, -5;
/M: SY='R';  M=-18, -8,-30, -8,  2,-22,-20, -2,-30, 33,-22,-10,  0,-18, 10, 64,-10,-10,-20,-20,-10,  2;
/M: SY='F';  M=-20,-30,-20,-40,-30, 80,-30,-20,  0,-30, 10,  0,-20,-30,-40,-20,-20,-10,  0, 10, 30,-30;
/M: SY='H';  M=-20,  0,-30,  0,  0,-20,-20,100,-30,-10,-20,  0, 10,-20, 10,  0,-10,-20,-30,-30, 20,  0;
/M:         M= -3, -6,-18, -5, -3,-10,-17,-14, -6,-13, -1, -5,-10,-14, -8,-15, -8, -8, -5,-24,-10, -6;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 48, 20,-30,-30,-20,-20,-29,-10, 12,-20,  0,-20;
/M: SY='S';  M=  2, -6,-21, -5,  4,-22,-12,-10,-16, -7,-19,-12, -3,  7,  6, -9, 13,  7,-15,-31,-18,  4;
/M: SY='E';  M= -6, 14,-28, 24, 47,-31,-17, -2,-30,  7,-21,-21,  2, -3, 14, -3,  1, -9,-27,-31,-20, 31;
/M: SY='F';  M=-20,-30,-20,-40,-30, 80,-30,-20,  0,-30, 10,  0,-20,-30,-40,-20,-20,-10,  0, 10, 30,-30;
/M: SY='D';  M=-20, 50,-30, 70, 20,-40,-10,  0,-40,  0,-30,-30, 20,-10,  0,-10,  0,-10,-30,-40,-20, 10;
/M: SY='E';  M=-10,  8,-30, 16, 41,-31,-11, -1,-28,  5,-20,-16,  2, -5, 20, -1, -1,-11,-29,-28,-19, 30;
/M: SY='G';  M=  4,  0,-24, -2, -6,-24, 16,-13,-25, -3,-21,-14,  3,-16, -9, -8,  1, -7,-18,-23,-18, -8;
/M: SY='K';  M=-11, -1,-30, -1,  9,-29,-20, -9,-30, 48,-29,-10,  0,-11, 10, 34,-10,-10,-20,-20,-10,  9;
/M: SY='R';  M=-17, -7,-30, -7,  3,-23,-20, -3,-30, 36,-23,-10,  0,-17, 10, 59,-10,-10,-20,-20,-10,  3;
/M: SY='S';  M= 10,  0,-10,  0,  0,-20,  0,-10,-20,-10,-30,-20, 10,-10,  0,-10, 40, 20,-10,-40,-20,  0;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='R';  M=-20,-10,-30,-10,  0,-20,-20,  0,-30, 30,-20,-10,  0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10,  0;
/M: SY='R';  M=-16, -1,-29,  0,  4,-24,-18, -3,-30, 29,-24,-13,  3,-16,  8, 49, -6, -8,-20,-23,-12,  3;
/M: SY='R';  M=-17, -7,-30, -7,  3,-23,-20, -1,-29, 31,-22, -9,  0,-17, 15, 58, -9,-10,-21,-20,-10,  5;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='A';  M= 22,  1,-16,  0,  6,-22, -5,-11,-18, -6,-18,-15, -1, -9, -2,-13, 13,  1,-10,-26,-16,  2;
/M: SY='G';  M= -9,  0,-26,  3, -4,-30, 23, -7,-35,  0,-27,-17,  3,-17, -3,  3, -3,-15,-27,-24,-20, -5;
/M: SY='H';  M=-20,  0,-30,  0,  0,-20,-20,100,-30,-10,-20,  0, 10,-20, 10,  0,-10,-20,-30,-30, 20,  0;
/M: SY='N';  M=-10, 40,-20, 20,  0,-20,  0, 10,-20,  0,-30,-20, 60,-20,  0,  0, 10,  0,-30,-40,-20,  0;
/M: SY='E';  M=  2,  2,-24,  1, 18,-24,-13, -5,-24, 13,-19,-14,  2,-10,  7, 15,  0, -7,-19,-25,-17, 11;
/M: SY='R';  M=-20,-10,-30,-10,  0,-20,-20,  0,-30, 30,-20,-10,  0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10,  0;
/M: SY='R';  M=-20,-10,-30,-10,  0,-20,-20,  0,-30, 30,-20,-10,  0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10,  0;
/M: SY='R';  M=-19, -9,-30, -9,  1,-21,-20, -1,-30, 32,-21,-10,  0,-19, 10, 67,-10,-10,-20,-20,-10,  1;
/M: SY='K';  M=-13, -3,-30, -3,  8,-27,-20, -7,-30, 43,-27,-10,  0,-13, 10, 42,-10,-10,-20,-20,-10,  8;
/M: SY='P';  M= -5,-11,-24, -9, -3,-23,-17,-15,-16,  2,-23,-13, -7, 22, -5, -1,  0,  0,-14,-29,-19, -6;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2025_03 which contains 573'661 sequence entries.

Total number of hits	48 in 48 different sequences
Number of true positive hits	48 in 48 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info]	1
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	N_Hulo
Feature key [info]	ZN_FING
Feature description [info]	SBP-type
Version [info]	5

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

48 sequences

LG1_MAIZE   (O04003), SBP1_ANTMA  (Q38741), SBP2_ANTMA  (Q38740),

SP13A_ARATH (B9DI20), SP13B_ARATH (P0DI11), SPL10_ARATH (Q8S9L0), 
SPL10_ORYSI (A2YFT9), SPL10_ORYSJ (Q0DAE8), SPL11_ARATH (Q9FZK0), 
SPL11_ORYSJ (Q653Z5), SPL12_ARATH (Q9S7P5), SPL12_ORYSI (A2YGR5), 
SPL12_ORYSJ (Q5Z818), SPL13_ORYSJ (Q6Z461), SPL14_ARATH (Q8RY95), 
SPL14_ORYSJ (Q7EXZ2), SPL15_ARAAL (S4WUL1), SPL15_ARATH (Q9M2Q6), 
SPL15_ORYSI (A2YX04), SPL15_ORYSJ (Q6Z8M8), SPL16_ARATH (Q700C2), 
SPL16_ORYSJ (Q6YZE8), SPL17_ORYSJ (A3C057), SPL18_ORYSJ (Q0J0K1), 
SPL19_ORYSJ (Q2R3Y1), SPL1_ARATH  (Q9SMX9), SPL1_ORYSJ  (Q9LGU7), 
SPL2_ARATH  (Q9S840), SPL2_ORYSJ  (Q0JGI1), SPL3_ARATH  (P93015), 
SPL3_ORYSI  (A2X0Q6), SPL3_ORYSJ  (A3A2Z8), SPL4_ARATH  (Q9S7A9), 
SPL4_ORYSJ  (Q6H509), SPL5_ARATH  (Q9S758), SPL5_ORYSJ  (Q0E3F8), 
SPL6_ARATH  (Q94JW8), SPL6_ORYSJ  (Q75LH6), SPL7_ARATH  (Q8S9G8), 
SPL7_ORYSI  (Q01JD1), SPL7_ORYSJ  (Q7XT42), SPL8_ARATH  (Q8GXL3), 
SPL8_ORYSI  (Q01KM7), SPL8_ORYSJ  (Q7XPY1), SPL9_ARATH  (Q700W2), 
SPL9_ORYSJ  (Q6I576), TGA1B_MAIZE (Q49I57), TGA1W_MAIZE (Q49I55)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

PDB
[Detailed view]

6 PDB

1UL4; 1UL5; 1WJ0; 8J49; 8J4B; 8PFC