PROSITE entry PS51118

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

PURL [info]	https://purl.expasy.org/prosite/signature/PS51118
Entry name [info]	HTH_HXLR
Accession [info]	PS51118
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-APR-2005 CREATED; 26-FEB-2020 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC51118
Associated ProRule [info]	PRU00435

Name and characterization of the entry

Description [info]

HxlR-type HTH domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=99;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=94;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.1077032; R2=0.0123771; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=9160.4521484; R2=3.5806754; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=638; H_SCORE=11445; N_SCORE=10.0; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=355; H_SCORE=10432; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-9; D=-20; I=-20; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='C';  M= -4,-16, 77,-23,-17,-20,-26,-25,-22,-23,-16,-16,-16,-30,-21,-25, -7, -9, -9,-42,-26,-19;
/M: SY='P';  M= -4,-11,-30, -5,  3,-27, -8,-16,-22, -9,-29,-20, -9, 47, -6,-16,  5, -2,-24,-32,-26, -4;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='V';  M= -5,-23,-17,-27,-22,  9,-25,-21, 15,-15,  4, 10,-19,-24,-20,-15, -8, -2, 21,-21, -2,-21;
/M: SY='E';  M=-10,  4,-30, 10, 38,-30, -9, -1,-30,  9,-21,-16,  0, -6, 18,  8, -1,-11,-29,-26,-19, 27;
/M: SY='H';  M= -5,-11,-21,-12, -3, -4,-20,  2, -8, -7, -6, -4, -9,-19, -6, -1, -3, -2, -3,-20,  2, -6;
/M: SY='T';  M= 16,-10,-10,-18,-15,-11,-16,-22,  0,-12, -5, -5,-10,-15,-15,-16, 10, 22, 12,-27,-13,-15;
/M: SY='L';  M= -9,-28,-19,-29,-21, 13,-29,-21, 16,-22, 32, 14,-27,-29,-22,-16,-23, -8, 14,-18,  1,-21;
/M: SY='D';  M= -3, 16,-23, 21, 21,-28,-10, -4,-28,  6,-26,-20, 11, -8,  6, -2,  9, -2,-22,-33,-19, 14;
/M: SY='L';  M= -9,-23,-20,-22,-14, -1,-28, -6, 14,-21, 22, 11,-22,-26,-16,-16,-19, -9, 14,-25, -2,-16;
/M: SY='I';  M= -7,-30,-23,-35,-28,  2,-35,-28, 38,-27, 24, 17,-25,-25,-23,-25,-20, -7, 31,-23, -3,-28;
/M: SY='G';  M= -2, -2,-27, -1,-14,-29, 49,-18,-36,-16,-27,-20,  2,-18,-16,-18,  3,-10,-26,-24,-26,-15;
/M: SY='G';  M= -2,  1,-26,  0, -2,-28, 31,-12,-33, -4,-29,-19,  8,-15, -7, -8,  5,-10,-26,-26,-24, -4;
/M: SY='R';  M=-14, -4,-30, -4,  6,-26,-20, -6,-30, 43,-26,-10,  0,-14, 10, 45,-10,-10,-20,-20,-10,  6;
/M: SY='W';  M=-20,-40,-50,-40,-30, 10,-20,-30,-20,-20,-20,-20,-40,-30,-20,-20,-40,-30,-30,150, 30,-20;
/M: SY='K';  M= -5,  3,-24,  0,  1,-25, -4,-10,-26, 21,-27,-14,  8,-12,  1, 11,  3,  1,-19,-26,-15,  1;
/M: SY='M';  M= -4,-19,-12,-23,-21,-11,  3,-19,  0,-20,  0,  8,-14,-23,-17,-19, -8, -9,  2,-25,-14,-20;
/M: SY='L';  M=-10,-28,-21,-29,-20,  5,-30,-20, 19,-23, 37, 16,-26,-28,-18,-12,-25, -9, 12,-21, -2,-20;
/M: SY='I';  M= -7,-30,-24,-36,-29,  1,-36,-29, 41,-27, 21, 17,-24,-24,-23,-26,-18, -7, 33,-23, -3,-29;
/M: SY='L';  M=-11,-30,-21,-32,-22, 13,-31,-21, 22,-30, 44, 19,-28,-29,-21,-21,-28,-10, 12,-18,  2,-22;
/M: SY='Y';  M=-16,-18, -6,-20,-16, -1,-26,  7,-13, -6,-10, -6,-15,-28, -9,  5,-15,-11, -8,  0, 19,-16;
/M: SY='H';  M= -3, -4,-23, -3, 13,-13,-19, 16,-16, -6,-12, -8, -4,-13,  1, -7, -2, -5,-12,-26, -4,  6;
/M: SY='L';  M= -2,-27,-19,-29,-19,  6,-26,-19, 16,-26, 41, 19,-27,-27,-18,-19,-24, -9,  9,-20, -3,-18;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
/M: SY='F';  M=-11,-16, -4,-22,-15, 12,-21,-12, -1, -7,  0,  5,-11,-19,-13, -1,-12, -8, -1,-11,  2,-14; D=-6;
/I:         I=-6; DM=-29;
/M: SY='D';  M=-16, 20,-28, 28, 19,-18,-16,  4,-29,  3,-22,-19, 10,-12,  2, -3, -4,-10,-25,-28,-10, 11;
/M: SY='G';  M= -1, -9,-30, -9,-17,-30, 61,-19,-39,-13,-30,-19,  0,-19,-17,-15, -1,-19,-29,-20,-28,-17;
/M: SY='T';  M= -6, -8,-23, -9, -2,-21,-21,-15,-13,  7,-18, -8, -8,  7,  1,  0,  0, 10, -8,-26,-14, -2;
/M: SY='R';  M=-14, -7,-28, -8,  1,-20,-21,  7,-21, 25,-15,  1, -3,-16,  6, 27,-13,-11,-16,-21, -4,  2;
/M: SY='R';  M=-20,-10,-30,-10,  0,-20,-20,  0,-30, 30,-20,-10,  0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10,  0;
/M: SY='F';  M=-15,-21,-18,-30,-24, 52,-27,-16, -3,-23,  4, -3,-15,-25,-29,-16,-10,  5, -1,  2, 25,-24;
/M: SY='G';  M=  1,  4,-21,  0, -6,-25, 21,-10,-28, -4,-30,-19, 15,-15, -6, -7, 15, -1,-22,-31,-22, -6;
/M: SY='E';  M=-11, 13,-30, 22, 45,-34,-19,  2,-29,  9,-21,-17,  3, -4, 27,  1,  0,-10,-30,-29,-18, 36;
/M: SY='L';  M=-11,-30,-22,-33,-23, 16,-32,-22, 24,-30, 39, 18,-27,-28,-22,-22,-27,-10, 13,-17,  3,-23;
/M: SY='R';  M= -4, -4,-23, -8, -1,-19,-17, -9,-19, 18,-14, -8,  0,-15,  1, 21, -4, -1,-13,-23,-11, -1;
/M: SY='R';  M=-17,  0,-29,  3,  9,-23,-19, -2,-30, 22,-21,-13,  2,-15,  9, 45, -6, -6,-21,-24,-12,  6;
/M: SY='A';  M=  3, -8,-20,-15,-10,-12,-18,-15, -2, -4,  0, -1, -3,-17, -8, -4, -5,  0, -2,-24,-10,-10;
/M: SY='I';  M=-11,-27,-16,-34,-25,  3,-32,-18, 28,-24, 24, 26,-22,-24,-15,-22,-22,-10, 16,-19,  2,-22;
/I:         I=-6; MD=-32;
/M: SY='P';  M= -7,-16,-34, -9, -3,-26, -6,-17,-20,-10,-26,-17,-15, 64,-10,-17, -7,-10,-26,-25,-26,-10; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='G';  M= -7,  0,-25, -3,-10,-14, 17,-10,-23, -5,-20, -8,  6,-18,-10, -8, -2,-10,-20,-22,-15, -9;
/M: SY='I';  M= -9,-29,-11,-38,-30, -2,-38,-30, 39,-29, 14, 14,-21,-24,-22,-29,-18, -9, 28,-25, -5,-30;
/M: SY='T';  M=  2, -3,-14, -6, -5,-16,-13,-16,-15,-10,-20,-15,  1,  3, -6,-11, 23, 32, -7,-34,-16, -6;
/M: SY='Q';  M=-11,  0,-28,  0, 17,-31,-20, 13,-22,  8,-19, -5,  1,-11, 36, 13,  0, -4,-25,-23, -8, 25;
/M: SY='K';  M=-12, -4,-31, -3,  7,-28,-20, -9,-29, 39,-28,-11, -3,  1,  7, 31,-10,-10,-21,-21,-13,  6;
/M: SY='M';  M= -8,-16,-18,-26,-18, -2,-21, -7, 15,-11, 13, 40,-15,-18, -4,-11,-11,  4,  9,-22, -2,-11;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='T';  M= 14, -7,-11,-14,-11,-13,-13,-19, -5,-12,-11, -9, -4,-12,-10,-15, 17, 23,  4,-29,-14,-11;
/M: SY='Q';  M= -2, -4,-22, -6,  7,-20,-16, -4,-12, -3, -5, -4, -2,-15, 14,  1, -1, -4,-15,-25,-12, 10;
/M: SY='R';  M= -9, -4,-24, -5,  6,-26,-17, -1,-22, 11,-20, -8,  1,-14, 24, 26,  5,  3,-19,-24,-11, 13;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='R';  M=-16, -6,-30, -6,  5,-25,-20, -1,-29, 32,-22, -9,  0,-16, 17, 53, -9,-10,-21,-20,-10,  7;
/M: SY='E';  M= -2,  3,-26,  6, 36,-26,-17, -1,-20,  5,-14, -6, -4, -5, 18, -3, -1, -9,-21,-26,-16, 27;
/M: SY='L';  M=-11,-29,-21,-29,-19,  8,-29,-19, 16,-26, 45, 18,-28,-29,-18,-13,-29,-10,  8,-20, -1,-19;
/M: SY='E';  M= -9,  4,-27, 12, 45,-27,-21, -3,-21,  6,-16,-14, -4, -5, 18, -1, -1, -9,-20,-29,-18, 31;
/M: SY='Q';  M=  5, -1,-20, -4, 10,-26,-14, -6,-18,  1,-17, -9, -1, -9, 18,  0,  9,  7,-15,-25,-14, 14;
/M: SY='D';  M=-12, 25,-23, 33,  6,-27,-11,  7,-25, -5,-24,-19, 16,-15, -3, -9,  5, -4,-17,-38,-14,  1;
/M: SY='G';  M= -2, -8,-29, -8,-11,-28, 53,-16,-34,-16,-25,-14, -1,-18,-14,-17, -1,-18,-27,-21,-27,-12;
/M: SY='I';  M=-10,-30,-22,-35,-26, 14,-34,-25, 29,-29, 29, 16,-25,-26,-24,-24,-23, -9, 21,-17,  3,-26;
/M: SY='I';  M= -8,-30,-21,-35,-29, 11,-34,-27, 33,-27, 19, 14,-25,-26,-26,-24,-18, -7, 30,-19,  1,-29;
/M: SY='H';  M=-13, 23,-25, 19, 10,-24, -9, 32,-27, -2,-26,-15, 30,-16,  5, -2,  4, -7,-29,-36, -8,  6;
/M: SY='R';  M=-20,-10,-30,-10,  0,-20,-20,  0,-30, 30,-20,-10,  0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10,  0;
/M: SY='E';  M= -7, -2,-24,  2, 12,-21,-21,-10, -7, -1,-12, -7, -5,-12,  5, -7, -1, -5, -4,-29,-13,  8;
/M: SY='V';  M=  1,-21,-17,-20,-13, -9,-23,-22, 11,-14, -1,  4,-21, -8,-17,-17, -5, -2, 22,-29,-14,-16;
/M: SY='Y';  M=-17,-22,-27,-22,-21, 25,-30, 10,  5,-13,  7,  3,-22,-30,-13,-12,-20, -9, -1, 18, 61,-21;
/M: SY='P';  M= -6, -5,-29, -2,  1,-26,-13, -6,-21, -5,-29,-18,  1, 39, -4,-11,  4, -2,-25,-33,-22, -5;
/M: SY='E';  M= -6, -3,-23,  0, 18,-24,-20,  5,-14, -1,-15, -7, -4,-12, 16, -3,  2, -5,-11,-29,-11, 17;
/M: SY='V';  M= -4,-13,-15,-14,-19, -7,-26,-24, 15,-16,  2,  2,-16,-22,-21,-18, -3,  9, 27,-30,-10,-21;
/M: SY='P';  M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='P';  M= -9,-18,-33,-11,  2,-22,-22,-19,-11,-11,-16,-12,-20, 52,-10,-17,-11, -9,-16,-29,-23, -7;
/M: SY='R';  M=-15, -3,-30, -3,  5,-25,-20,  8,-30, 36,-25, -9,  1,-15, 10, 39,-10,-11,-21,-21, -6,  5;
/M: SY='V';  M= -3,-26,-13,-26,-26, -3,-29,-14, 22,-19,  6,  9,-25,-29,-25,-17,-10, -3, 40,-30, -6,-26;
/M: SY='E';  M=-10,  5,-30, 13, 49,-26,-22, -4,-21,  5,-15,-15, -2, -2, 15, -4, -2,-10,-23,-29,-18, 32;
/M: SY='Y';  M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20,  0,-10,  0,  0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20;
/M: SY='S';  M=  2, -2, -3, -4,  1,-20, -9,-11,-22, -5,-25,-18,  4,-13, -1, -1, 24, 15,-11,-36,-18, -1;
/M: SY='L';  M= -9,-28,-19,-28,-19,  8,-28,-19, 17,-29, 44, 17,-27,-29,-19,-19,-25, -8,  9,-21, -1,-19;
/M: SY='T';  M=  2,  0,-10, -8, -8,-12,-17,-18,-12,-10,-13,-12,  2,-10, -8,-10, 23, 45, -2,-32,-12, -8;
/M: SY='E';  M= -4,  6,-30, 15, 36,-30,-17, -6,-27,  3,-22,-20, -3, 16,  9, -7, -1, -9,-27,-30,-22, 21;
/M: SY='R';  M= -7,-14,-24,-17, -8, -1,-21, -2,-12,  4, -2, -1,-10,-21, -6, 11,-13, -9, -9,-14,  4, -8;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='R';  M=-14, -2,-28, -1, 16,-22,-20, -3,-28, 21,-20,-13,  0,-12, 10, 38, -4, -3,-20,-24,-13, 11;
/M: SY='S';  M=  5,  6,-17,  8,  9,-25, -8, -7,-21, -4,-23,-16,  5, -9,  8, -7, 20, 10,-15,-33,-18,  9;
/M: SY='L';  M= -8,-30,-19,-31,-23,  7,-31,-23, 25,-28, 38, 18,-29,-29,-22,-21,-25, -8, 21,-22, -2,-23;
/M: SY='Q';  M=-10, -8,-25, -9,  6, -6,-21, -3, -9, -2,-10, -1, -6,-14, 10, -4, -3, -6,-13,-15,  3,  8;
/M: SY='P';  M=  5,-10,-31, -5,  1,-28, -8,-17,-21, -9,-24,-18,-12, 46, -8,-18, -3, -8,-23,-27,-26, -6;
/M: SY='I';  M=  0,-24,-21,-28,-21, -5,-29,-25, 23,-14, 10,  9,-20,-21,-18,-17,-13, -6, 23,-23, -7,-21;
/M: SY='L';  M= -9,-30,-21,-34,-26, 14,-33,-25, 28,-28, 29, 16,-26,-27,-24,-23,-22, -8, 22,-18,  2,-26;
/M: SY='D';  M= -4,  2,-24,  5,  3,-22,-19,-10, -6, -8, -5, -5, -6,-15,  3,-11, -6, -7, -5,-27,-12,  3;
/M: SY='A';  M= 15, -6,-19, -8, 10,-20,-13, -6,-10, -4, -9, -4, -9,-11,  2,-11,  1, -5, -5,-25,-15,  6;
/M: SY='M';  M=-10,-25,-20,-30,-20,  5,-25,-10, 20,-20, 34, 41,-25,-25,-10,-15,-25,-10, 10,-20,  0,-15;
/M: SY='C';  M= -4,-12, 23,-18,-12,-17,-21,  0,-18, -8,-13, -1,-11,-24, -3,-10, -8,-10,-12,-27, -7, -8;
/M: SY='E';  M= -1,  9,-26, 13, 21,-32,-14, -4,-26, 13,-22,-14,  2, -8, 17,  3,  0, -8,-22,-26,-16, 19;
/M: SY='W';  M=-19,-39,-47,-39,-29, 10,-21,-29,-16,-21,-12,-16,-39,-30,-20,-20,-39,-28,-26,131, 27,-20;
/M: SY='G';  M=  5,-13,-28,-15,-20,-25, 47,-21,-25,-20,-21,-14, -4,-19,-19,-21, -1,-16,-19,-20,-25,-20;
/M: SY='D';  M= -5, 11,-25, 17, 17,-28, -7, -6,-26,  6,-21,-12,  3, -9,  4, -3,  1, -7,-20,-30,-17, 10;
/M: SY='E';  M= -4,  1,-24,  1,  4,-18,-10, -4,-14, -3, -9, -4, -1,-15,  4, -7, -3, -7,-15,-22, -7,  4;
/M: SY='Y';  M=-17, -9,-29,-14,-13, 14,-21, 13,-10,-10,-10, -6, -3,-25, -4, -8,-14,-11,-18, 18, 36,-10;
/M: SY='L';  M= -4,-20, -7,-23,-18, -9, -8,-19, -3,-17, 10,  5,-17,-25,-16,-13,-15,-11, -2,-24,-12,-18;
/M: SY='E';  M= -8,  6,-30, 13, 23,-30, -7, -7,-28, -2,-26,-21,  2, 18,  3, -9,  1, -8,-28,-32,-24, 11;
/M: SY='Q';  M=-13,-10,-30, -7,  6,-24,-21,  3,-18,  4,-15, -6, -8,  7, 14, 13, -8,-10,-20,-24,-12,  7;
/M:         M= -8,-13,-27,-12, -1,-18,-15, -5, -4,-12, -7, -3,-12, -4, -4,-13, -9,-10, -4,-26,-12, -4;
/M: SY='D';  M=-12,  6,-25, 13, 13,-14,-18, -1,-15, -5, -7, -6, -3,-14,  1, -9, -4, -7,-16,-23, -1,  7;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2025_02 which contains 573'230 sequence entries.

Total number of hits	18 in 18 different sequences
Number of true positive hits	18 in 18 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Archaea, Prokaryotes (Bacteria)
Maximum number of repetitions [info]	1
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	window20
Author [info]	PS_Langendijk_Genevaux
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	HTH hxlR-type
Version [info]	6

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

18 sequences

HXLR_BACSU  (P42406), MALR_FUSMR  (Q93K57), Y1285_METTH (O27346),

Y1512_SYNY3 (P72979), Y3095_MYCTO (P9WMG2), Y3095_MYCTU (P9WMG3), 
Y3122_MYCBO (P0A649), Y655_HALH5  (Q9Z9W1), Y925_METJA  (Q58335), 
YDEP_BACSU  (P96673), YDZF_BACSU  (O31494), YKVN_BACSU  (O31679), 
YODB_BACSU  (O34844), YTCD_BACSU  (O34533), YTFH_ECOLI  (P0ACN2), 
YTFH_SHIFL  (P0ACN3), YVAP_BACSU  (O32238), YYBR_BACSU  (P37486)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

PDB
[Detailed view]

9 PDB

2HZT; 4A5M; 4A5N; 5HS7; 5HS8; 5HS9; 7BZD; 7BZE; 7BZG