PROSITE entry PS51098

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

PURL [info]	https://purl.expasy.org/prosite/signature/PS51098
Entry name [info]	PTS_EIIB_TYPE_1
Accession [info]	PS51098
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-APR-2005 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC00795
Associated ProRule [info]	PRU00421

Name and characterization of the entry

Description [info]

PTS_EIIB type-1 domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=82;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=77;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.5026250; R2=0.0143734; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=4908.4462891; R2=5.3482141; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=592; H_SCORE=8075; N_SCORE=11.0; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=279; H_SCORE=6401; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-1000; E1=-1000; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='Q';  M= -6,  1,-25,  1,  6,-20,-16, -2,-17,  5,-17, -9,  1, -7,  7,  0, -1, -4,-17,-23, -7,  6;
/M: SY='E';  M= -5,  5,-26,  8, 13,-23,-15, -6,-21,  5,-19,-13,  1, -7,  6, -1,  0, -6,-17,-27,-14,  9;
/M: SY='L';  M= -8, -9,-22,-10, -3, -9,-22,-11, -4, -6,  1,  0, -8,-17, -3, -3, -7,  1, -4,-22, -5, -4;
/M: SY='A';  M= 26,-14, -9,-21,-15,-14,-10,-22,  1,-14, -5, -4,-12,-15,-14,-20,  4,  1, 10,-25,-16,-15;
/M: SY='K';  M= -2, -3,-23, -3,  9,-24,-15, -3,-21, 13,-19, -9, -2,-12, 11, 10, -1, -6,-16,-22,-10,  9;
/M: SY='E';  M= -3,  4,-25,  5, 12,-24,-12, -2,-22,  6,-19,-12,  2,-11,  8,  2,  0, -6,-19,-26,-13, 10;
/M: SY='I';  M=-10,-28,-25,-32,-24,  6,-34,-23, 32,-26, 23, 15,-23,-24,-20,-24,-20, -9, 22,-17,  5,-25;
/M: SY='I';  M=-10,-28,-23,-32,-25,  7,-33,-22, 29,-26, 27, 16,-24,-26,-20,-21,-22, -8, 20,-18,  3,-25;
/M: SY='E';  M= -4,  2,-24,  4, 11,-22,-17, -8,-15,  1,-11,-10, -1, -9,  4, -4, -1, -2,-14,-27,-13,  7;
/M: SY='A';  M= 16, -9,-18,-16,-12,-10, -3, -9, -9,-13, -3, -5, -6,-18,-11,-15, -2, -5, -6,-19, -8,-12;
/M: SY='V';  M= -6,-28,-16,-30,-25,  8,-30,-23, 23,-24, 24, 13,-27,-28,-23,-20,-18, -5, 25,-21,  0,-25;
/M: SY='G';  M=  0,-11,-30,-11,-20,-29, 65,-20,-37,-20,-28,-18, -1,-20,-19,-20, -1,-19,-28,-20,-29,-20;
/M: SY='G';  M=  1,-10,-29,-10,-19,-30, 66,-20,-39,-19,-30,-20,  0,-20,-19,-19,  1,-18,-29,-20,-29,-19;
/M: SY='K';  M= -3,-10,-25,-11, -1,-14,-19,-12,-11,  5,-13, -6, -8, -7, -3,  2, -5, -6, -8,-18, -9, -3;
/M: SY='D';  M= -9, 21,-27, 29, 26,-32, -9, -2,-31,  5,-25,-21, 10, -8,  9, -4,  3, -7,-26,-32,-19, 17;
/M: SY='N';  M=-10, 40,-20, 20,  0,-20,  0, 10,-20,  0,-30,-20, 60,-20,  0,  0, 10,  0,-30,-40,-20,  0;
/M: SY='I';  M= -9,-29,-26,-36,-29,  3,-37,-26, 41,-27, 19, 17,-22,-23,-21,-26,-19, -8, 29,-18,  4,-28;
/M: SY='S';  M= -2, -3,-19, -6,  2,-16,-17,-11, -8, -2,-11, -7,  0,-15, -3, -4,  4,  4, -3,-29,-13, -1;
/M: SY='S';  M=  1,  6,-19,  5,  5,-19, -9, -6,-20,  1,-22,-15,  9,-12,  0, -3, 12,  3,-15,-31,-15,  3;
/M: SY='V';  M= -2,-25,-13,-28,-24,  4,-27,-21, 19,-22, 15,  9,-23,-27,-22,-20,-14, -5, 23,-21,  0,-24;
/M: SY='T';  M= -4,  7,-20,  6, -1,-14,-11, -9,-16, -8,-16,-14,  5,-14, -6,-11,  7,  9,-11,-24, -8, -3;
/M: SY='H';  M= -1,  6,-22, -1, -4,-17,-11, 35,-20, -7,-19, -8, 16,-17,  0, -4,  1, -6,-19,-28, -1, -4;
/M: SY='C';  M=-10,-17,111,-26,-28,-20,-29,-29,-30,-28,-20,-20,-18,-38,-28,-29, -9, -8,-10,-49,-29,-28;
/M: SY='M';  M=  8,-16,-17,-25,-17, -7,-19,-16, 12,-15,  6, 15,-14,-17,-10,-17, -4,  1, 11,-23, -8,-14;
/M: SY='T';  M=  1,  0,-10, -9,-10,-11,-18,-19,-10,-10,-12,-10,  2,-11,-10,-10, 20, 44,  0,-31,-11,-10;
/M: SY='R';  M=-19, -9,-29, -9,  1,-21,-19, -1,-30, 30,-21,-10,  0,-19, 10, 66, -9, -9,-20,-21,-10,  1;
/M: SY='L';  M=-10,-29,-20,-31,-21, 10,-30,-20, 21,-28, 44, 22,-29,-29,-20,-20,-28,-10, 12,-20,  0,-20;
/M: SY='R';  M=-19, -9,-29,-10,  0,-20,-20,  1,-29, 29,-20,-10,  0,-19,  9, 65, -9, -8,-19,-21, -9,  0;
/M: SY='F';  M=-12,-30,-19,-35,-27, 27,-32,-22, 21,-28, 24, 12,-25,-28,-27,-22,-21, -8, 17,-12,  9,-26;
/M: SY='T';  M= -3,  1,-20, -1, -1,-19,-13, -6,-14, -2,-15, -9,  1,-14,  0, -6,  5,  7, -8,-28,-10, -1;
/M: SY='V';  M= -6,-29,-17,-31,-25,  5,-30,-24, 27,-25, 27, 17,-28,-27,-23,-20,-20, -6, 28,-24, -4,-25;
/M: SY='K';  M= -8, -2,-25, -6, -1,-19,-20,  1,-14, 16,-18, -5,  3,-16,  2,  9, -7, -7,-10,-23, -5, -1;
/M: SY='D';  M=-18, 43,-28, 58, 16,-36,-10,  3,-37,  0,-29,-27, 21,-11,  0, -7,  2, -8,-28,-39,-18,  8;
/M: SY='E';  M= -5,  1,-23,  0,  5,-20,-17, -8,-15,  0,-17, -9,  0, -3,  1, -5,  1,  0,-14,-26,-13,  2;
/M: SY='S';  M=  3,  4,-18,  3,  8,-21, -7, -8,-19, -3,-21,-15,  7,-10,  2, -6, 16,  8,-14,-32,-17,  4;
/I:         I=-14; MD=-29;
/M: SY='K';  M= -8,-11,-26,-11, -2,-17,-23,-14, -9, 15, -4,  0,-10,-12,  0,  7,-14, -8, -8,-21, -8, -1; D=-14;
/I:         I=-14; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
/M: SY='V';  M=  8,-24,-15,-28,-23, -6,-22,-26, 20,-19,  7,  6,-22,-22,-22,-21, -7, -2, 29,-26,-11,-23;
/M: SY='D';  M=-14, 38,-26, 42, 12,-31, -8,  2,-30,  2,-29,-24, 30,-12,  3, -4,  4, -4,-28,-38,-19,  7;
/M: SY='E';  M= -5,  1,-23,  2,  8,-19,-18, -9,-13,  1,-11, -9, -2,-12,  2, -4, -2,  0,-11,-26,-11,  5;
/M: SY='E';  M=  1, 11,-24, 11, 14,-27, -8, -4,-24,  4,-22,-16,  9, -6,  4, -4,  3, -5,-21,-29,-18,  9;
/M: SY='K';  M=  2, -4,-23, -5,  7,-21,-14,-11,-17,  9,-15, -9, -5,-11,  3,  4, -3, -6,-12,-23,-13,  4;
/M: SY='L';  M= -9,-29,-22,-34,-25,  8,-33,-25, 28,-27, 29, 16,-25,-26,-21,-23,-23, -9, 19,-17,  0,-24;
/M: SY='K';  M= -9,  2,-28,  3, 15,-28,-15, -7,-28, 28,-25,-12,  2,-10, 10, 19, -4, -6,-21,-24,-13, 12;
/M: SY='K';  M=  1,  1,-23,  0,  7,-25,-10, -5,-21,  9,-19,-10,  3,-12,  8,  3,  3, -1,-17,-26,-14,  7;
/I:         I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='L';  M= -4,-22,-22,-26,-18, -2,-24,-18, 17,-21, 20, 14,-18,-20,-13,-18,-15, -6,  9,-22, -5,-17;
/I:         I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='G';  M= -2, -6,-29, -5,-12,-28, 41,-16,-34,-11,-28,-18,  1,-13,-13,-13,  1,-14,-26,-19,-24,-12;
/M: SY='V';  M= 14,-21,-11,-25,-20, -7,-20,-24, 13,-17,  4,  3,-20,-21,-19,-20, -3,  0, 23,-25,-11,-20;
/I:         I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='M';  M= -2,-13,-23,-17, -8,-14,-21,-10, -1,  3, -3,  4,-11,-15, -4, -1, -9, -6,  1,-23, -7, -7;
/M: SY='G';  M=  1, -7,-27, -8,-16,-28, 54,-18,-36,-15,-29,-19,  1,-18,-16,-16,  3,-14,-26,-22,-27,-16;
/M: SY='V';  M=  2,-22,-11,-25,-22, -3,-26,-25, 17,-18,  5,  5,-21,-23,-21,-18, -5,  6, 28,-26, -8,-22;
/M: SY='V';  M= -8,-14,-19,-19,-19,  6,-22,-15, 10,-15,  5,  6, -9,-24,-18,-13,-10, -5, 11,-22, -2,-18;
/I:         I=-13; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
/M: SY='K';  M= -9,-11,-24,-12, -3, -8,-21, -8, -6,  1, -5, -3, -9,-16, -4,  1,-10, -7, -5,-13, -3, -4; D=-13;
/I:         I=-13; DM=-27;
/M: SY='N';  M= -3,  3,-20,  1,  1,-20,-13, -6,-14,  1,-18,-10,  7,-11,  1, -2,  5,  2,-10,-31,-15,  1;
/M: SY='G';  M=  0,  5,-24,  6, -4,-27, 26,-11,-30,-10,-26,-19,  8,-15, -7,-13,  7, -8,-23,-28,-23, -6;
/M: SY='G';  M= -6,  9,-26, 10,  2,-27, 14, -2,-30, -4,-27,-18, 12,-11, -4, -8,  4, -7,-25,-30,-20, -2;
/M: SY='Q';  M= -4,  2,-24, -1, 12,-26,-11,  1,-19,  1,-19, -8,  5,-11, 24,  0,  5, -2,-22,-25,-13, 18;
/I:         I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='I';  M=-11,-27,-19,-30,-25, 17,-31,-13, 18,-23, 17, 10,-23,-28,-22,-20,-20, -9, 14, -7, 15,-24;
/M: SY='Q';  M=-10, -2,-29, -2, 15,-35,-21, 13,-18,  8,-18,  0, -1,-12, 50,  9, -2,-10,-25,-20, -7, 32;
/M: SY='I';  M=  0,-27,-15,-33,-27, -2,-30,-28, 31,-24, 13, 11,-23,-24,-23,-24,-13, -5, 31,-25, -7,-27;
/M: SY='I';  M= -6,-30,-21,-35,-30,  2,-35,-29, 40,-26, 17, 16,-25,-25,-24,-25,-16, -6, 37,-24, -4,-30;
/M: SY='I';  M=-12,-29,-23,-35,-28, 22,-34,-22, 27,-27, 19, 13,-23,-26,-25,-23,-20, -9, 20,-10, 12,-27;
/M: SY='G';  M= -1, -7,-29, -8,-19,-29, 66,-18,-39,-19,-30,-20,  4,-20,-19,-19,  1,-19,-30,-21,-29,-19;
/M: SY='P';  M= -2, -2,-24, -3, -1,-22, -5,-12,-18, -8,-20,-13,  1, 11, -3,-12,  5,  4,-18,-29,-20, -3;
/M: SY='D';  M= -9,  9,-27, 13, 10,-25,  4, -4,-29,  0,-22,-16,  6,-13,  0, -4, -1,-10,-24,-27,-17,  5;
/M: SY='V';  M=  9,-17,-12,-20,-18, -8,-20,-22,  8,-13, -2,  0,-16,-21,-17,-16,  0,  3, 20,-27,-12,-18;
/I:         I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='D';  M= -5, 12,-25, 14, 13,-25,-12, -2,-22,  1,-22,-16,  9, -5,  5, -5,  2, -4,-21,-28,-13,  8;
/M: SY='K';  M= -9, -4,-25, -5,  1,-15,-20, -6,-10,  6,-11, -5, -2,-16,  3,  4, -6, -6,-10,-21, -5,  1;
/M: SY='V';  M= -4,-27,-17,-30,-26,  7,-29,-22, 24,-22, 16, 11,-25,-27,-23,-20,-15, -4, 27,-19,  3,-25;
/M: SY='Y';  M= -7,-11,-25,-14,-10,  4,-18,  0,-13,  4,-11, -6, -8,-20, -6,  3, -9, -5,-11, -3, 22,-10;
/M: SY='D';  M= -8, 14,-27, 19, 16,-30,-10, -3,-27,  7,-24,-17,  8, -8, 11,  1,  2, -6,-24,-30,-17, 13;
/M: SY='E';  M=  5,  3,-23,  3, 18,-23,-14, -5,-18,  2,-14, -9, -1,-10,  8, -3,  0, -6,-15,-25,-15, 13;
/M: SY='L';  M=-11,-28,-22,-34,-25, 17,-31,-19, 24,-25, 27, 23,-24,-26,-20,-20,-22, -9, 16,-15,  5,-23;
/M: SY='Q';  M= -7, -3,-22, -4,  2,-20,-18, -8, -8,  0, -8, -2, -3,-16,  6,  0, -4, -5, -8,-26,-12,  3;
/M: SY='E';  M= -2,  6,-23,  6, 10,-24,-13, -5,-21,  8,-19,-13,  5,-10,  4,  2,  2, -1,-17,-28,-15,  7;
/M: SY='L';  M= -7,-19,-21,-21,-12, -1,-25,-13,  9,-17, 15, 10,-18,-22, -7,-14,-13, -4,  5,-18,  1,-10;
/M: SY='L';  M= -7,-18,-22,-22,-17,  0,-22,-16, 11,-18, 13, 11,-15,-20,-14,-15,-13, -4,  6,-18, -1,-16;
/M: SY='N';  M= -3,  7,-26,  7,  7,-27,  7, -6,-27, -2,-25,-17,  9, -7,  0, -6,  3, -7,-24,-29,-21,  3;
/M: SY='N';  M= -5,  0,-23, -1, -1,-16,-11, -6,-12, -4,-13, -7,  2,-14, -2, -5,  0, -3,-11,-26,-11, -3;
/M: SY='N';  M=  0,  4,-23,  3,  3,-23, -7, -7,-19,  2,-19,-11,  5,-10,  2, -2,  4, -2,-16,-27,-16,  2;
/M: SY='E';  M= -4, -4,-24, -5,  1,-18,-12, -5,-14,  0,-13, -7, -3,-11,  0, -2, -3, -5,-12,-23, -9, -1;
/M: SY='S';  M= -1, -1,-21, -2, -2,-17, -9, -6,-14, -8,-17,-11,  1, -8, -5,-11,  6,  1, -9,-29,-13, -4;
/M: SY='E';  M=  2, -1,-22, -1,  6,-23, -7,-10,-17, -2,-18,-12, -1, -9,  4, -7,  6, -1,-14,-25,-16,  5;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2025_02 which contains 573'230 sequence entries.

Total number of hits	110 in 110 different sequences
Number of true positive hits	110 in 110 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Prokaryotes (Bacteria)
Maximum number of repetitions [info]	1
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	V_Lesaux
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	PTS EIIB type-1
Version [info]	5

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

110 sequences

PTG3B_CORGT (Q45298), PTG3C_BACSU (P20166), PTG3C_GEOSE (P42015),

PTG3C_MYCGE (P47315), PTG3C_MYCPN (P75569), PTG3C_STAA1 (A7WXI2), 
PTG3C_STAA2 (A6TXX3), PTG3C_STAA3 (Q2FK73), PTG3C_STAA8 (Q2G1G8), 
PTG3C_STAA9 (A5IP58), PTG3C_STAAB (Q2YUZ1), PTG3C_STAAC (Q5HJI3), 
PTG3C_STAAE (A6QDH3), PTG3C_STAAM (Q99X32), PTG3C_STAAN (Q7A807), 
PTG3C_STAAR (Q6GKB7), PTG3C_STAAS (Q6GCT7), PTG3C_STAAT (A8Z0F5), 
PTG3C_STAAW (Q8NYM1), PTG3C_STACT (Q57071), PTG3C_STAEP (Q8VRH0), 
PTG3C_STAEQ (Q5HL73), PTG3C_STAES (Q7CCJ4), PTG3C_STAHJ (Q4L945), 
PTG3C_STAS1 (Q4A0C4), PTG3C_STRPN (P35595), PTGCB_BUCAI (P57437), 
PTGCB_BUCAP (Q8K9J0), PTGCB_BUCBP (Q89AG6), PTGCB_ECO57 (P69788), 
PTGCB_ECOL6 (P69787), PTGCB_ECOLI (P69786), PTGCB_SALTY (P37439), 
PTIBC_ECOLI (P24241), PTN3B_CORGL (Q46072), PTOCB_BACSU (P54715), 
PTOCB_ECOLI (P19642), PTS3B_PEDPE (P43470), PTS3B_STRMU (P12655), 
PTSBC_BACSU (P05306), PTSBC_KLEPN (P27219), PTSBC_PASMU (Q9CJZ2), 
PTSBC_SALTM (P08470), PTSBC_STAXY (P51184), PTSBC_VIBAL (P22825), 
PTSB_LACLL  (Q04938), PTTBC_BACSU (P39794), PTTBC_ECOLI (P36672), 
PTU3C_STAA1 (A7X6P1), PTU3C_STAA2 (A6U4R9), PTU3C_STAA3 (Q2FDW8), 
PTU3C_STAA8 (Q2FV87), PTU3C_STAA9 (A5IVW5), PTU3C_STAAB (Q2YWC1), 
PTU3C_STAAC (Q5HD13), PTU3C_STAAE (A6QK27), PTU3C_STAAM (Q99R97), 
PTU3C_STAAN (Q7A3G4), PTU3C_STAAR (Q6GDR0), PTU3C_STAAS (Q6G6D6), 
PTU3C_STAAT (A8Z3D6), PTU3C_STAAW (Q8NUS2), PTU3C_STACT (Q53922), 
PTUCB_FUSMR (O06900), PTUCB_KLEPN (Q9AGA7), PTUCB_LEPBD (C7NB69), 
PTV3B_BACSU (P40739), PTV3B_DICCH (P26207), PTV3B_ECOLI (P08722), 
PTV3B_HALH5 (Q9KF90), PTW3C_BACSU (P39816), PTW3C_ECOLI (P09323), 
PTW3C_KLEPN (P45604), PTWB_STRCO  (Q9S2H6), PTWCB_BACSU (O34521), 
PTXBC_BACSU (Q797S1), PTXBC_STAA3 (Q2FK70), PTXBC_STAA8 (Q2G1G5), 
PTXBC_STAAB (Q2YV12), PTXBC_STAAC (Q5HJI0), PTXBC_STAAM (Q99X29), 
PTXBC_STAAN (Q7A804), PTXBC_STAAR (Q6GKB4), PTXBC_STAAS (Q6GCT4), 
PTXBC_STAAW (Q7A1Y1), PTXBC_STAEQ (Q5HLT2), PTXBC_STAES (Q8CNB2), 
PTXBC_STAHJ (Q4L8H5), PTXBC_STAS1 (Q49ZN7), PTXB_ECOLI  (P69789), 
PTXB_SHIFL  (P69790), PTYBC_ALIF1 (Q5E5T6), PTYBC_ECO57 (Q8XBJ1), 
PTYBC_ECOL6 (Q8FFA9), PTYBC_ECOLI (P77272), PTYBC_ECOUT (Q1R8U3), 
PTYBC_PASMU (Q9CKN5), PTYBC_PHOLL (Q7N9D9), PTYBC_SHIBS (Q31Y50), 
PTYBC_SHIDS (Q32DC5), PTYBC_SHIFL (Q83QN3), PTYBC_VIBCH (Q9KVD9), 
PTYBC_VIBPA (Q87FD5), PTYBC_VIBVU (Q8D4Z3), PTYBC_VIBVY (Q7MBS2), 
SACX_BACSU  (P15400), Y129_MYCGE  (Q49397), Y178_UREPA  (Q9PQW5), 
Y268_MYCPN  (P75507), Y367_BORBU  (O51340)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

PDB
[Detailed view]

6 PDB

1IBA; 1O2F; 3BP3; 3BP8; 8QSR; 8QST