PROSITE entry PS51085

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

PURL [info]	https://purl.expasy.org/prosite/signature/PS51085
Entry name [info]	2FE2S_FER_2
Accession [info]	PS51085
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-MAR-2005 CREATED; 13-FEB-2019 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC00175
Associated ProRule [info]	PRU00465

Name and characterization of the entry

Description [info]

2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=89;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=84;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.8041449; R2=0.0109195; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2220.8164062; R2=6.3996887; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=614; H_SCORE=6150; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=431; H_SCORE=4979; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-40; I=-40; B1=-200; E1=-200; MI=-35; MD=-35; IM=-35; DM=-35;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-35; BD=-35;
/M:         M= -6,-10,-23,-11, -7, -8,-16, -2,-10, -7,-10, -2, -8, -4, -5, -8, -6, -5,-10,-18,  0, -8;
/M: SY='K';  M= -7,  0,-24, -1,  6,-22,-16, -6,-19, 11,-18, -9,  1, -8,  6,  7, -1, -1,-15,-26,-12,  5;
/M: SY='I';  M= -5,-28,-19,-33,-27,  3,-32,-27, 31,-24, 17, 13,-24,-24,-24,-23,-16, -5, 31,-22, -3,-27;
/M: SY='T';  M= -4, -3,-18, -7, -2,-14,-19,-10,-12,  1,-13, -8, -1,-14, -3,  2,  4, 12, -6,-26, -8, -3;
/M: SY='F';  M=-10,-28,-20,-33,-25, 21,-31,-22, 20,-25, 20, 11,-23,-26,-25,-19,-19, -8, 17,-13,  7,-25;
/M:         M= -7, -8,-22,-11, -5, -8,-21, -9, -4, -6, -5, -3, -6,-16, -5, -6, -5, -1, -4,-18, -3, -6;
/M: SY='I';  M= -8,-13,-24,-15,-12, -7,-20,-14,  1,-13, -4, -2,-10, -8,-12,-11, -8, -4,  1,-22, -8,-14;
/I:         I=-5; MD=-4;
/M: SY='N';  M= -9, 11,-24,  9,  6,-19,-10,  3,-20,  2,-21,-14, 13, -4,  3,  1, -1, -6,-22,-22,-10,  3; D=-5;
/I:         I=-5; MD=-4;
/M: SY='D';  M= -6, 11,-20, 15,  3,-22,  7, -5,-23, -2,-19,-14,  7, -8, -2, -4,  1, -7,-18,-22,-15,  1; D=-5;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-4; IM=0; DM=-4;
/M: SY='E';  M= -4, -2,-17, -1,  5,-14,-10, -4,-12,  3,-11, -6, -1, -8,  4,  3,  0, -1,-10,-17, -8,  4; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-4;
/M: SY='G';  M= -4, -3,-21, -2, -2,-18,  7,-11,-19, -6,-16,-11, -1,-11, -5, -6,  0, -4,-14,-21,-15, -4; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-4;
/M: SY='R';  M= -9, -9,-25, -9, -2,-11,-20, -2,-10,  3,-10, -4, -7,-17,  0,  5, -8, -6, -8,-18,  1, -2;
/M: SY='T';  M= -4, -3,-20, -4,  5,-16,-18,-11,-13, -3,-13,-10, -4, -8,  0, -4,  4,  8, -8,-27,-12,  2;
/M: SY='I';  M= -7,-24,-19,-29,-23, 14,-28,-19, 16,-21, 12,  8,-21,-25,-22,-18,-15, -5, 16,-14,  7,-23;
/M: SY='E';  M= -7,  8,-25, 12, 18,-23,-15, -4,-22,  2,-19,-15,  2, -5,  5, -2,  2, -2,-19,-29,-14, 11;
/M: SY='V';  M=  7,-21,  1,-25,-22, -7,-18,-24,  7,-19,  1,  0,-20,-23,-21,-20, -5, -2, 18,-27,-13,-22;
/M: SY='E';  M= -5,  5,-27,  9, 10,-26,-12, -7,-22,  0,-22,-16,  1,  8,  2, -4,  0, -5,-21,-29,-18,  4;
/M: SY='P';  M= -2, -2,-26,  2,  8,-24,-13,-11,-19, -3,-19,-14, -4, 11, -2, -8, -1, -5,-17,-28,-19,  2;
/M: SY='G';  M= -5,  6,-26,  8, -4,-28, 25, -9,-33, -8,-27,-19,  7,-15, -8, -9,  2,-11,-25,-26,-22, -6;
/M: SY='E';  M= -6,  4,-23,  6, 13,-23,-14, -6,-19,  1,-15,-10,  0, -9,  6, -2,  1,  0,-16,-28,-14,  9;
/I:         I=-7; MI=0; MD=-6; IM=0; DM=-6;
/M: SY='T';  M= -3, -2,-17, -7, -6,-10,-15, -9,-10, -7,-11, -6,  1,-11, -5, -7, 10, 17, -7,-26, -6, -6;
/M: SY='I';  M= -7,-29,-20,-32,-25,  5,-32,-24, 29,-26, 29, 18,-27,-27,-22,-22,-22, -7, 24,-21, -2,-25;
/M: SY='L';  M= -7,-27,-18,-29,-20,  6,-28,-19, 18,-26, 38, 19,-26,-28,-18,-18,-25, -9, 10,-20, -2,-19;
/M: SY='D';  M=-11, 19,-27, 27, 19,-29,-13,  1,-28,  2,-23,-18,  8,-10,  8, -1,  1, -6,-24,-28,-13, 13;
/M: SY='A';  M= 20,-15,-13,-21,-15, -7,-10,-18, -2,-14, -3, -4,-13,-17,-14,-17,  0, -1,  5,-18, -8,-14;
/M: SY='L';  M= 12,-21,-11,-26,-17, -4,-16,-20,  6,-21, 16,  7,-19,-21,-16,-20,-11, -6,  6,-21, -9,-17;
/M: SY='R';  M=-10, -9,-25,-10,  1,-13,-21, -4, -8, -1, -2, -1, -6,-18,  0,  8,-10, -8, -8,-23, -7, -1;
/M: SY='E';  M= -6,  3,-26,  5, 13,-23,-14, -3,-24, 11,-19,-13,  2,-12,  8, 13, -1, -7,-20,-24,-12,  9;
/M: SY='N';  M=  1, -1,-22, -6, -1,-18,-15,  0, -8, -5, -9, -5,  4,-16,  3, -6, -2, -5,-10,-26,-10,  0;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-5; IM=0; DM=-5;
/M: SY='G';  M= -3,  1,-26,  0, -8,-27, 35,-10,-33,-10,-28,-19,  7,-16, -9,-10,  4,-11,-26,-26,-23, -9;
/M: SY='I';  M= -8,-26,-21,-30,-22,  4,-31,-21, 24,-23, 23, 14,-23,-25,-19,-19,-19, -7, 19,-20, -1,-22;
/M: SY='D';  M= -6,  7,-23,  9,  7,-20,-14, -7,-21, -2,-19,-15,  2, -4, -2, -5,  2,  1,-17,-26,-12,  2;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-6; IM=0; DM=-6;
/M: SY='I';  M= -9,-23,-21,-29,-22,  9,-28,-19, 16,-22, 15,  9,-19,-21,-19,-18,-15, -2, 12,-17,  3,-21;
/M: SY='P';  M=-10, -9,-31, -4,  5,-23,-18, -9,-21,  6,-21,-12, -9, 23, -1,  5, -7, -9,-21,-26,-17,  0;
/M: SY='Y';  M= -7,-12,-23,-14,-10, -2,-14,  4,-12, -7, -9, -5, -8,-19, -7, -2, -6, -6,-10,-12,  8,-10;
/M: SY='S';  M=  4, -3,-20, -4, -5,-16,  7,-13,-18,-12,-17,-13,  1,-14, -8,-13,  9, -2,-13,-27,-17, -7;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='R';  M= -9, -5,-27, -4,  0,-20,  2, -3,-27,  5,-19,-12, -1,-18,  0, 15, -5,-11,-21,-19,-10, -2;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-5; IM=0; DM=-5;
/M: SY='E';  M=  1,  0,-19, -1,  6,-17, -7, -3,-14, -3,-12, -7,  0,-11,  1, -5,  1, -4,-12,-23,-11,  3; D=-6;
/I:         I=-6; DM=-5;
/M: SY='G';  M=  3, -9,-28,-10,-18,-29, 61,-19,-37,-19,-29,-19,  0,-18,-18,-19,  3,-16,-27,-21,-29,-18;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-4; IM=0; DM=-4;
/M: SY='A';  M=  9, -8,-17,-12, -9,-17, -5,-15, -6,-11,-11, -6, -4,-16, -7,-13,  4,  0, -2,-26,-15, -9;
/I:         I=-10; MI=0; MD=-8; IM=0; DM=-8;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='G';  M=  2, -7,-24, -8,-12,-24, 33,-14,-30,-11,-25,-16,  1,-17,-12, -9,  6, -7,-20,-24,-22,-13;
/M: SY='T';  M= 11, -5,-12,-11, -7,-15,-12,-16, -9,-10,-11, -7, -3,-12, -5,-11, 15, 20, -1,-29,-14, -6;
/M: SY='C';  M=-10,-17,114,-26,-28,-21,-29,-29,-30,-29,-20,-20,-18,-39,-29,-29,-10,-10,-11,-50,-30,-28;
/I:         I=-8; MI=0; MD=-7; IM=0; DM=-7;
/M: SY='A';  M=  3, -9,-20,-13, -8,-15,-10, -1,-12, -4, -9, -4, -6,-16, -5, -2, -1,  0, -7,-23, -8, -8;
/M: SY='V';  M= -2,-24, -7,-27,-25, -3,-23,-23, 17,-18,  7, 11,-23,-26,-22,-18,-11, -4, 28,-27,-10,-24;
/M: SY='R';  M=-11, -7,-24, -8,  0,-11,-22, -4, -6,  0, -4,  0, -5,-18, -1,  2, -9, -7, -7,-22, -3, -2;
/M: SY='V';  M= -5,-28,-16,-33,-28,  1,-32,-27, 32,-24, 16, 14,-25,-26,-24,-23,-15, -5, 34,-25, -5,-27;
/M: SY='D';  M= -8, 11,-22, 12,  6,-21,-12, -6,-17, -3,-15,-13,  9,-14, -1, -4,  1, -2,-14,-31,-15,  2;
/M: SY='G';  M= -2,  1,-27,  3,  1,-28, 23,-10,-32, -5,-26,-18,  3,-11, -5, -8,  3,-10,-25,-26,-22, -2;
/I:         I=-3; MD=-2;
/M: SY='G';  M= -1, -4,-17, -4, -5,-13, 16, -8,-16, -8,-12, -9, -1, -9, -7, -8, -1, -7,-13,-12,-10, -6; D=-3;
/I:         I=-3; MD=-2;
/M:         M= -4, -1,-15,  0,  0, -7, -8, -4, -9, -4, -8, -6, -2, -9, -2, -5, -2, -3, -8, -9, -4, -1; D=-3;
/I:         I=-3; MD=-2;
/M:         M= -4, -5,-13, -4, -4, -5,-10, -6, -2, -6, -4, -3, -6, -7, -6, -7, -5, -4, -1,-11, -1, -6; D=-3;
/I:         I=-3; MD=-2;
/M: SY='D';  M= -4,  6,-12,  8,  7,-13, -7,  0,-12,  0,-10, -7,  3, -5,  3, -1,  1, -2,-10,-16, -7,  4; D=-3;
/I:         I=-3; MD=-2;
/M: SY='Q';  M= -3, -4,-11, -5, -1, -8, -9, -3, -4, -2, -2, -1, -4, -7,  1, -2, -3, -3, -5,-12, -4, -1; D=-3;
/I:         I=-3; MI=0; MD=-2; IM=0; DM=-2;
/M:         M= -1, -5,-10, -5, -2, -4, -7, -5, -3, -5, -1,  0, -4, -7, -3, -5, -1, -1, -3,-12, -4, -3; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-2;
/M:         M= -2, -3,-11, -4, -4, -1, -6, -3, -6, -7, -2, -3, -4, -9, -6, -7, -3, -3, -4,-10, -2, -5; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-2;
/M: SY='L';  M= -4, -8,-11, -7, -6, -2, -9, -8,  1, -8,  7,  2, -8,-11, -7, -6, -8, -5,  0,-11, -4, -6; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-2;
/M: SY='S';  M=  1, -1,-11, -2, -1, -8, -6, -7, -8, -4, -8, -5, -1, -5, -3, -5,  4,  2, -5,-15, -8, -2; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-2;
/M: SY='D';  M= -1,  0,-14,  1,  0, -9, -8, -5,-10, -3, -8, -7, -3, -6, -4, -5, -2, -3, -8,-11, -6, -2; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-2;
/M: SY='D';  M= -3,  3,-17,  4,  3,-15,  2, -5,-17,  0,-14,-10,  1, -6, -1, -2, -1, -6,-14,-15,-10,  1; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-2;
/M: SY='E';  M= -5,  3,-15,  5, 12,-15, -8,  0,-13,  3, -9, -7,  0, -4,  7,  1, -1, -5,-12,-15, -8,  9; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-2;
/M: SY='L';  M= -3,-10,-14,-11, -6, -4,-13, -8,  2, -5,  4,  3, -9,-12, -5, -1, -8, -4,  2,-13, -4, -7; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-2;
/M: SY='E';  M=  0,  0,-15,  1,  7,-16, -9, -5,-14,  2,-12, -9, -1, -2,  3,  0,  2, -1,-11,-17,-11,  5; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-2;
/M: SY='E';  M= -3,  1,-19,  3,  9,-18,-10, -1,-16,  2,-14, -9, -1,  1,  6,  1, -1, -5,-15,-18,-10,  7; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-2;
/M: SY='G';  M= -6, -3,-24, -5, -4,-21,  9, -9,-26,  1,-22,-13,  2,-16, -4,  2, -1, -7,-20,-22,-15, -5;
/M:         M= -4, -8,-22,-10, -8, -6,-14, -8,-10, -9,-12, -9, -3, -9, -8, -9, -1, -2,-11,-14, -1, -9;
/M: SY='R';  M= -4,-16,-18,-18,-12,-12,-19,-15, -3,  0, -6, -1,-12,-20, -8, 10, -6, -2,  6,-24,-10,-12;
/I:         I=-9; MI=0; MD=-8; IM=0; DM=-8;
/M: SY='L';  M= -8,-19,-18,-22,-15,  0,-24,-15,  7,-18, 26, 10,-17,-22,-13,-10,-19, -7,  1,-23, -5,-15;
/M: SY='A';  M= 23, -8,-12,-13, -9,-17,  0,-17,-13,-12,-13,-11, -4,-11, -9,-16, 15,  8, -5,-27,-18, -9;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='Q';  M= -5,-12,-19,-15, -4,-17,-22, -9, -2, -5, -2,  3,-10,-18, 10, -3, -6, -3, -3,-24, -9,  2;
/M: SY='T';  M=  5,-12, -9,-19,-14, -9,-19,-18,  1,-13, -2,  0,-10,-17,-11,-14,  3, 12,  6,-26,-10,-13;
/M: SY='Y';  M=-10,-14,-25,-15, -8, -5,-22, -8, -7, -3, -5, -3,-11, -6, -7,  0,-11, -6, -8,-16,  1, -9;
/M: SY='V';  M=  3,-23,-20,-24,-18, -9,-23,-23, 10,-18,  4,  4,-22,  2,-18,-20,-10, -4, 12,-25,-13,-19;
/M: SY='R';  M= -4, -5,-16, -7, -3,-17,-14,-10,-15,  0,-14, -8, -3,-14, -2,  2,  1,  2, -9,-25,-11, -3;
/M: SY='S';  M= -1,  7,-21,  9,  8,-26, -4, -6,-24, -2,-24,-16,  6, -7,  3, -6, 11,  3,-19,-31,-18,  5;
/I:         I=-7; MD=-6;
/M:         M= -1, -5, -6, -5, -2, -4, -9, -6, -3, -6,  0, -2, -6, -9, -5, -7, -4, -3, -1,-12, -4, -4; D=-7;
/I:         I=-7; MI=0; MD=-6; IM=0; DM=-6;
/M: SY='D';  M= -8, 15,-28, 21,  1,-31, 20, -8,-35, -7,-28,-22, 10,-10, -7,-12,  1,-12,-28,-30,-23, -3;
/M: SY='M';  M= -3,-18, -5,-23,-17, -6,-22,-16,  6,-16,  9, 11,-17,-23,-13,-14,-12, -5,  7,-25, -9,-16;
/M: SY='T';  M= -2, -6,-18, -7,  0,-15,-19,-11, -8,  0,-11, -7, -5,-15, -4, -1,  1,  4, -1,-27,-11, -3;
/M: SY='I';  M= -6,-29,-20,-34,-28,  3,-34,-28, 35,-25, 19, 15,-25,-25,-24,-24,-17, -6, 34,-23, -3,-28;
/M: SY='E';  M= -8, -1,-24,  1, 12,-18,-20, -3,-17,  3,-13, -9, -3,-12,  4,  3, -1,  1,-13,-25, -8,  7;
/M: SY='T';  M= -3,-14,-17,-19,-15, -5,-24,-21,  4,-15,  1, -1,-13, -9,-15,-15,  0, 15,  7,-24, -8,-16;
/M: SY='P';  M= -8,-10,-26,-10, -5,-14,-20, -6, -5,-10, -6, -3, -9,  1, -6,-10, -8, -6, -7,-26,-10, -7;
/M: SY='E';  M= -5,  0,-26,  3, 14,-22,-14, -7,-21,  1,-19,-14, -2,  4,  3, -4,  0, -4,-19,-26,-14,  7;
/M: SY='E';  M= -6, -3,-27, -1,  4,-19, -1, -4,-21, -5,-17,-11, -2, -8, -2, -7, -3, -7,-19,-20,-10,  0;
/M:         M= -7, -9,-23, -9, -3,-12,-19,-11, -6, -8, -3, -1, -9, -8, -5, -6, -6, -3, -6,-24, -9, -5;
/I:         E1=0; IE=-35; DE=-35;

» more

Post-processing [info]

COMPETES_HIT_WITH

PS51379

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2025_02 which contains 573'230 sequence entries.

Total number of hits	456 in 456 different sequences
Number of true positive hits	456 in 456 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	14
Number of 'partial' sequences	10

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	97.02 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Archaea, Eukaryotes, Prokaryotes (Bacteria)
Maximum number of repetitions [info]	1
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	window20
Author [info]	N_Hulo
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	2Fe-2S ferredoxin-type
Version [info]	6

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences	456 sequences ADRX_ENCCU (Q8SV19), ADRX_YEAST (Q12184), ADXH1_DROME (P37193), » more Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits: [Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color] [Clustal format, plain text] [Fasta format] Retrieve the sequence logo from the alignment
UniProtKB/Swiss-Prot False negative sequences	14 sequences ETP1_SCHPO (Q10361), FER1_AQUAE (O67065), FER2_PEA(Q7M258), » more
UniProtKB/Swiss-Prot 'Partial' sequences	10 sequences FER_ANASL (P83156), FER_PORAE (P18820), FER_PORPP (P18821), » more
PDB [Detailed view]	476 PDB 1A70; 1AWD; 1AYF; 1B9R; 1C4A; 1C4C; 1CJE; 1CZP; 1DOI; 1DOX; 1DOY; 1E0Z; » more