PROSITE entry PS51030

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

PURL [info]	https://purl.expasy.org/prosite/signature/PS51030
Entry name [info]	NUCLEAR_REC_DBD_2
Accession [info]	PS51030
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-NOV-2004 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC00031
Associated ProRule [info]	PRU00407

Name and characterization of the entry

Description [info]

Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=76;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=71;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.4627326; R2=0.0106523; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=4391.6899414; R2=4.6157479; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=567; H_SCORE=7009; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=380; H_SCORE=6146; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-10; D=-20; I=-20; B1=-100; E1=-100; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M:         M= -8, -4,-23, -4, -4,-20,-12,-10,-18, -7,-19,-12,  0, -4, -4,-10,  0, -2,-14,-28,-17, -5;
/M: SY='E';  M= -7, -5,-26, -5,  6,-23,-12, -4,-21,  3,-19,-11, -2,-10,  3, -3,  1, -6,-15,-27,-16,  5;
/M:         M= -7,-12,-19,-14, -8,-16,-21,-10, -9, -3, -7, -5, -7,-11, -6, -8, -6, -5, -7,-27,-13, -8;
/M: SY='C';  M=  0,-30, 90,-30,-40,-20,-30,-30,-10,-30,-10,-10,-30,-30,-30,-30,-10,-10,-10,-20,-20,-30;
/M: SY='A';  M=  5,-14,-15,-14, -4,-19,-17,-15, -9, -2, -6, -1,-12,-13,  1, -6,  0, -2, -3,-26,-16, -3;
/M: SY='V';  M= -3,-30,-10,-30,-23, -7,-32,-30, 32,-23, 13,  9,-30,-23,-23,-30,-20, -3, 36,-30,-10,-23;
/M: SY='C';  M=  0,-30, 90,-30,-40,-20,-30,-30,-10,-30,-10,-10,-30,-30,-30,-30,-10,-10,-10,-20,-20,-30;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='G';  M= -3, -4,-25, -3, -7,-24, 21, -9,-31,-10,-30,-21,  2,-16, -8,-12,  4,-11,-25,-24,-21, -8;
/M: SY='D';  M= -9, 11,-26, 15,  7,-27, -9, -8,-26,  1,-27,-18,  6,-13,  2, -1,  0, -6,-22,-33,-22,  4;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='P';  M= -7, -9,-25, -8, -2,-26,-14,-11,-22,  2,-20,-13, -6,  7, -2, -3, -2, -6,-17,-30,-20, -2;
/M: SY='A';  M= 18,-14, -8,-14, -9,-20, -3,-16,-13, -7,-14,-11, -9, -9, -9,-11, 10,  1, -6,-28,-18, -9;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='S';  M=  1, -5,-11, -6, -8,-14,-12, -5,-14,-11,-15,-11,  1,-16, -9,-13,  8,  5,-11,-25,-12, -8;
/M: SY='G';  M= -2, -8,-22, -9,-10,-27, 26,-15,-31,-10,-29,-21,  0,-18,-10,-11,  2,-11,-23,-23,-24,-10;
/M: SY='Y';  M=-12,-16,-20,-19,-11, -1,-24, -4,-10, -3, -6, -4,-10,-22, -6, -6, -8,-11,-10,-15,  5,-11;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
/M: SY='H';  M=-19,  4,-30, -8,  0,-14,-17, 28,-29, -5,-28,-19, 17,-20,  1,  3, -7,-16,-29,-23, 11,  0;
/M: SY='Y';  M=-20,-29,-20,-30,-22, 35,-29, 12, -8,-22, -8, -8,-22,-32,-15,-22,-20,-20,-10, 16, 57,-22;
/M: SY='G';  M= -1, -5,-29, -5,-16,-29, 50,-18,-37,-18,-38,-28,  3,-19,-17,-18,  2,-17,-29,-23,-29,-16;
/M: SY='V';  M=  9,-25, -8,-25,-18,-11,-18,-25, 12,-17,  1,  1,-24,-18,-17,-22,-10, -1, 20,-28,-13,-17;
/M: SY='L';  M= -7,-21,-17,-20,-15, -8,-26,-15,  0,-14,  1,  1,-17,-12,-12,-16,-10, -7, -1,-22,-10,-14;
/M: SY='S';  M= 14,-12, -2,-12, -9,-18, -9,-17,-10, -8,-10, -7, -6,-13, -8,-13, 18, 10, -6,-28,-19, -9;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
/M: SY='C';  M=  0,-30, 90,-30,-40,-20,-30,-30,-10,-30,-10,-10,-30,-30,-30,-30,-10,-10,-10,-20,-20,-30;
/M: SY='N';  M=-12,  2,-25, -2,  0,-18,-12, -1,-22, -1,-20,-13, 11,-18, -2, -1,  0, -7,-21,-27,-12, -2;
/M: SY='G';  M= 18,-14,-16,-14,-14,-25, 29,-19,-25,-14,-25,-20, -8,-15,-14,-14,  6, -9,-16,-25,-25,-14;
/M: SY='C';  M=  0,-30, 90,-30,-40,-20,-30,-30,-10,-30,-10,-10,-30,-30,-30,-30,-10,-10,-10,-20,-20,-30;
/M: SY='K';  M= -1, -4,-18,-11,  2,-26,-16,-13,-22, 27,-17,-10, -3,-12,  2,  7,  4, -5,-15,-30,-20,  2;
/M: SY='A';  M=  8,-18,-12,-18,-15,-17,  1,-20, -9,-13, -9, -1,-11,-16,-10,-14,  3, -1, -4,-23,-19,-13;
/M: SY='F';  M=-20,-30,-20,-30,-30, 60,-30,-10,  0,-30,  0,  0,-30,-40,-30,-30,-20,-20,-10, 10, 30,-30;
/M: SY='F';  M=-20,-30,-20,-30,-30, 60,-30,-10,  0,-30,  0,  0,-30,-40,-30,-30,-20,-20,-10, 10, 30,-30;
/M: SY='R';  M= -9, -9,-29,-19,  0,-29,-19, -1,-30, 21,-20,-10,  0,-19,  9, 44, -8,-10,-29,-29,-19,  0;
/M: SY='R';  M=-10, -9,-30,-19,  1,-30,-20,  0,-30, 20,-20,-10,  1,-20, 10, 48, -9,-10,-30,-30,-20,  1;
/M: SY='T';  M=  5,-13, -8,-14,-10,-17,-15,-18, -6, -9, -7, -3, -5,-13, -9,-12,  9, 21,  0,-24,-17,-10;
/M: SY='V';  M= -5,-29,-11,-29,-22, -4,-32,-25, 22,-20, 12,  9,-26,-24,-20,-25,-17, -4, 24,-24, -7,-21;
/M: SY='M';  M= -5,-21,-14,-22,-14,-10,-26,-15,  1,-11,  1,  2,-16,-21, -9,-10, -9, -2,  2,-19,-10,-13;
/M: SY='N';  M= -7, -2,-24, -4,  2,-22,-10, -8,-19,  2,-16, -8,  5,-15,  1, -3,  3, -4,-16,-28,-18,  1;
/M: SY='K';  M=-12,  7,-29, -2,  5,-28, -8, -3,-30, 19,-25,-15, 15,-14,  4,  9,  2, -7,-24,-29,-19,  4;
/M: SY='K';  M= -8,-13,-21,-18, -6,-16,-23, -9,-12,  6, -5, -2, -7,-18,  0,  5, -5, -6,-11,-24,-10, -6;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
/M: SY='K';  M= -9, -3,-22, -7,  0,-19,-16, -6,-17,  3,-16, -9,  2,-16,  1,  0,  0, -1,-13,-26,-13,  0;
/M: SY='Y';  M=-17,-27,-20,-27,-20, 24,-28,  7, -7,-19, -7, -7,-20,-27,-14,-20,-17,-17, -9,  8, 44,-20;
/M: SY='K';  M= -3, -9,-18,-11, -2,-19,-18,-10,-13,  2,-13, -7, -5,-14, -2, -3, -1,  2, -7,-26,-14, -2;
/M: SY='C';  M=  1,-29, 85,-29,-38,-20,-29,-29,-10,-29,-10,-10,-29,-29,-29,-29, -9,-10,-10,-21,-20,-29;
/M: SY='K';  M= -8,-10,-24,-15, -2,-21,-19, -8,-19, 12,-14, -6, -4,-14,  4, 11, -2, -7,-17,-24,-14, -1;
/M:         M= -7,-11,-20,-15, -8, -7,-12, -4,-19,  0,-15, -9, -6,-21, -5,  0, -5,-11,-17,-18, -4, -7;
/M: SY='N';  M=-11,  8,-27,  5,  2,-24, -1, -4,-27, -2,-26,-16, 15,-17, -1, -6,  4, -6,-24,-25,-19,  0;
/M: SY='N';  M=-10,  6,-30,  0,  0,-29,  8, -7,-32,  3,-30,-20, 15,-13, -1, -2,  2, -9,-26,-28,-23, -1;
/M: SY='N';  M=-13, 10,-28,  6,  5,-24,-11, -1,-25,  4,-24,-14, 16,-14,  4,  0,  2, -5,-22,-31,-18,  4;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25;
/M: SY='C';  M= -1,-30, 86,-30,-40,-17,-30,-29,-10,-30,-10,-10,-30,-30,-30,-30,-10,-10,-10,-19,-18,-30;
/M:         M= -9,-11,-22, -9, -2,-12,-22,-10,-10, -8,-11, -8, -9,-12, -5,-12, -6, -5, -7,-23, -7, -4;
/I:         I=-3; MD=-13;
/M: SY='I';  M= -7,-19,-15,-18,-14, -9,-29,-22, 16,-17,  6,  4,-19,-22,-16,-21,-13, -4, 16,-28,-13,-15; D=-3;
/I:         I=-3; MI=0; MD=-13; IM=0; DM=-13;
/M: SY='N';  M= -9, 11,-19, 12,  3,-23, -9, -7,-21, -5,-24,-16, 13,-15, -3,-10,  6,  1,-19,-31,-21,  0; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-13;
/M: SY='K';  M= -7, -6,-20,-11, -1,-18,-17, -6,-19, 13,-16, -9, -3,-14,  0,  2,  0, -4,-14,-24,-11, -1; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-13;
/M:         M= -6, -5,-22, -5, -2,-17,-12, -6,-16, -5,-17,-11, -2,-10, -4, -9,  0, -4,-12,-25,-12, -3; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-13;
/M:         M= -6, -9,-20,-11, -8,-11, -9, -7,-14, -7,-14, -8, -3,-17, -6, -9,  0, -3,-12,-20, -9, -8; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-13;
/M: SY='R';  M= -9, -9,-26,-16, -1,-26,-18, -1,-23, 13,-17, -9, -1,-15,  5, 27, -7, -7,-21,-28,-16, -1; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-13;
/M: SY='N';  M= -9, -7,-10,-12,-11,-19,-17, -7,-16, -6,-16,-10,  4,-11, -7, -6, -3, -4,-14,-28,-13, -9;
/M: SY='K';  M= -3,-14,-18,-18, -8,-12,-19,-12,-11,  2, -8, -4, -8,-17, -4,  0, -4, -5, -8,-23,-10, -7;
/M: SY='C';  M=  0,-29, 84,-29,-38,-20,-30,-29,-11,-26,-10,-10,-29,-29,-28,-28,-10,-10,-10,-20,-20,-28;
/M: SY='R';  M= -9, -6,-29,-14,  5,-30,-20, -3,-30, 22,-20, -8,  0,-14, 17, 34, -5, -9,-26,-28,-18,  7;
/M: SY='A';  M=  4,-15,-14,-16, -8, -7, -9, -1,-17, -6,-15,-11,-10,-17, -6,-10,  2, -8,-13,-16,  4, -8;
/M: SY='C';  M= -1,-30, 85,-30,-40,-19,-30,-30,-11,-30,-10,-10,-30,-30,-40,-30,-11,-10,-11,-14,-18,-30;
/M: SY='R';  M=-10,-11,-29,-20, -1,-29,-21, -1,-27, 18,-18, -9, -1,-20,  8, 46,-10,-10,-27,-30,-20, -1;
/M: SY='F';  M=-17,-31,-18,-31,-25, 33,-32, -8,  1,-23,  6,  4,-26,-33,-18,-23,-19,-17, -6,  5, 26,-24;
/M: SY='Q';  M= -8,  0,-27, -3, 11,-26,-18, -3,-25, 15,-19, -8,  1,-13, 16,  9,  0, -7,-18,-27,-16, 12;
/M: SY='K';  M=-10, -1,-30,-10,  9,-29,-20, -8,-29, 41,-19, -9,  1,-12, 12, 20, -1,-10,-20,-29,-19, 10;
/M: SY='C';  M=  0,-29, 85,-29,-38,-20,-29,-39,-10,-29,-10,-10,-28,-29,-29,-29, -8, -9,-10,-20,-20,-29;
/M: SY='L';  M= -9,-33,-13,-33,-26,  2,-32,-23, 17,-22, 21, 11,-27,-28,-21,-23,-19,-10, 12,-19, -3,-26;
/M: SY='E';  M= -7,  2,-27,  2, 13,-25,-17, -5,-23, 10,-20,-11,  1,-14, 10,  4,  0, -7,-18,-29,-18, 11;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='V';  M=  4,-24,-11,-24,-14,-11,-22,-24, 12,-14,  5,  7,-22,-18,-13,-20, -9, -3, 18,-27,-13,-14;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 58,-20,-40,-19,-40,-30,  0,-20,-19,-19,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='M';  M=-10,-31,-10,-31,-21,  0,-31,-21, 12,-12, 21, 46,-21,-21, -3,-12,-11,-10, 11,-12,-10,-12;
/M: SY='K';  M=-12,  6,-26,  1,  2,-24,-16, -6,-21, 10,-19,-12, 10,-16,  2,  5,  0, -3,-18,-31,-19,  1;
/M: SY='P';  M= -5,-17,-21,-16, -7,-21,-22,-14,-16, -1,-12, -8,-14,  5, -3, -4, -6, -7,-11,-27,-15, -6;
/M: SY='E';  M= -9,  4,-29,  6, 13,-26,-12, -6,-24,  3,-24,-16,  4, -9,  4, -4,  0, -6,-18,-30,-19, 10;
/M: SY='A';  M= 11,-12,-12,-13, -7,-20, -7,-14,-13, -6,-13, -9, -7, -8, -7,-11,  6, -1, -7,-28,-17, -8;
/M: SY='V';  M= -4,-24,-13,-26,-19, -7,-29,-23, 16,-16,  6,  5,-21,-21,-17,-18,-13,  0, 18,-26,-10,-19;
/M: SY='Q';  M=-10, -2,-28, -3,  8,-25,-15, -4,-26,  8,-20, -7,  0,-14, 20,  9, -2, -8,-20,-24,-14, 11;
/M:         M= -8, -8,-21,-10, -4,-16,-15, -3,-19, -4,-17, -9, -3, -9, -2, -6, -3, -6,-15,-23,-11, -3;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2025_02 which contains 573'230 sequence entries.

Total number of hits	479 in 479 different sequences
Number of true positive hits	477 in 477 different sequences
Number of 'unknown' hits	2 in 2 different sequences
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	7

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Eukaryotes, Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info]	1
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	window20
Author [info]	N_Hulo
Feature key [info]	DNA_BIND
Feature description [info]	Nuclear receptor
Version [info]	5

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences	477 sequences 7UP1_DROME (P16375), 7UP2_DROME (P16376), ANDR_AQUCT (Q7T1K4), » more Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits: [Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color] [Clustal format, plain text] [Fasta format] Retrieve the sequence logo from the alignment
UniProtKB/Swiss-Prot 'Partial' sequences	7 sequences ESR1_ANOCA (Q9YHT3), ESR1_MACMU (P49886), ESR2_MACMU (Q9TTE5), » more
UniProtKB/Swiss-Prot 'Unknown' sequences	2 sequences TRX_DROME (P20659), TRX_DROVI (Q24742)
PDB [Detailed view]	112 PDB 1A6Y; 1BY4; 1CIT; 1DSZ; 1GA5; 1GDC; 1GLU; 1HCP; 1HCQ; 1HLZ; 1HRA; 1KB2; » more