PROSITE entry PS51007

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

PURL [info]	https://purl.expasy.org/prosite/signature/PS51007
Entry name [info]	CYTC
Accession [info]	PS51007
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-JUL-2004 CREATED; 01-OCT-2013 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC00169
Associated ProRule [info]	PRU00433

Name and characterization of the entry

Description [info]

Cytochrome c family profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=88;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=83;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=-0.1197873; R2=0.0107271; TEXT='NScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=674; N_SCORE=7.1; MODE=1; TEXT='R';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=571; N_SCORE=6.0; MODE=1; TEXT='R?';
/DEFAULT: M0=-6; D=-20; I=-20; B1=-200; E1=-200; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='G';  M=  9, -1,-27,  0,  1,-24, 14,-14,-10, -2,-11, -7, -4, -1,  2,-11,  0, -4,-13,-20,-21,  0;
/M: SY='D';  M=  2, 21,-21, 40,  6,-29,-11,-16,-21, -1, -5,-13,  2,-11, -1, -7, -1, -4,-12,-31, -8,  2;
/M: SY='A';  M= 15, -8,-21, -9, -8, -8,-12,-16, 11, -6,  2,  5, -7,-12, -5,-13,  0,  8, 13,-36,-12, -9;
/M: SY='A';  M= 15,  0,-21,  3,  8,-20, -8,-16, -9,  6,-10,  2, -1, -7,  6, -2,  3, -1, -3,-31,-21,  6;
/M: SY='R';  M=  5,  1,-21,  4,  2,-17,-11, -8,-14,  5,-12,  1,  2, -7, 10, 12,  0, -5, -9,-30,-15,  3;
/M: SY='G';  M=  1, -1,-39,-10,-18,-30, 73,-28,-10, -9,-20,-19, -1, -8,-17,-19,  1,-18,-29,  7,-30,-18;
/M: SY='E';  M=  4, -5,-19, -1, 17,-13,-11,-13,-17, 14, -9,  0, -7, -1,  7,  0, -1,-10,-12,-16,-11, 13;
/M: SY='Q';  M=  7,  0,-24,  2,  7,-19,-12, -9,-12,  6,-10,  0, -1, -3, 14, -1,  1,  1,-11,-27,-13,  8;
/M: SY='I';  M=  3,-14,-15,-19,-18,  7,-18,-19, 28,-14, 17,  9,-12,-26,-17,-17,-10,  4, 24,-28,  6,-17;
/M: SY='F';  M=-17,-27,-35,-36,-31, 69,-26,-23, -1, -9, 17,-14,-15,-32,-21, -7,-10,-14, 10, 13, 36,-31;
/I:         I=-3; MD=-14;
/M: SY='N';  M=  2,  3,-18,  0,  0, -9,-11, -6, -7,  4, -9,  0,  7, -8,  0, -1,  1,  0, -7,-28,-11, -1; D=-3;
/I:         I=-3; MI=0; MD=-14; IM=0; DM=-14;
/M: SY='A';  M= 10,  0,-24, -5,  1,-19,  3,-14, -8,  4,-13, -1,  4, -2,  7, -4,  1,  1,-12,-28,-22,  1;
/M: SY='N';  M=  4,  7,-22,  1, -4,-14, -5,-10, -7,  1,-14, -2, 16,-14,  1, -2,  3,  3,-10,-33,-18, -4;
/M: SY='C';  M=-28,-19,165,-29, 10,-30,-39,-49,-19,-29,  0,-19,-10,-29,-19,-20,-19,-19,-19,-21,-59,  0;
/M: SY='A';  M= 21, -4,-55, -7, -6,-13, -1,-19,  7, -3, -5,  6, -1,-15, -3,-12,  6,  7,  9,-37,-24, -7;
/M: SY='A';  M= 16, -3,-25, -6, -3,-17,  4,-13, -4, -3,-11, -3,  0,-10,  5, -9, 11,  8, -5,-30,-24, -3;
/M: SY='C';  M=-30,-20,170,-30, 10,-30,-40,-50,-20,-30,  0,-20,-10,-30,-20,-20,-20,-20,-20,-20,-60,  0;
/M: SY='H';  M=-20,-20,-50,-20,  0,-30,-30,140,-20,-20,-10, 20,-10, 10,  0,-10,-10,-20,-30,-50,  0,  0;
/M: SY='G';  M=  9,  1,-27, -3, -9,-21, 15,-19, -5, -3,-11, -5,  3,-11, -4,-12, 11,  4, -8,-24,-20, -8;
/I:         I=-2; MD=-11;
/M: SY='I';  M=  4, -8,-29,-11,-11, -5,-11,-11, 11, -8,  2, -1, -4,-11, -7,-11, -3,  5,  9,-25, -5,-11; D=-2;
/I:         I=-2; MD=-11;
/M: SY='D';  M=  0,  8,-25,  9,  4,-20,  2,-11,-12,  1, -9, -7,  7, -6,  0, -7, -1, -5,-15,-17,-14,  2; D=-2;
/I:         I=-2; MD=-11;
/M: SY='K';  M=  0, -4,-13, -5,  1, -9, -1, -3, -7,  3, -7, -2, -3,  3,  2,  1, -2, -4, -9,-11, -7,  0; D=-2;
/I:         I=-2; MI=0; MD=-11; IM=0; DM=-11;
/M: SY='G';  M=  2, -1,-24, -5, -9,-17, 31,-17, -7, -5,-12,-11,  0, -5, -6,-11,  0, -7,-15,  0,-16, -9; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-11;
/M: SY='G';  M=  4,  3,-22,  3,  0,-20, 17,-10,-10, -2,-10, -6,  1, -7, -3, -9,  1, -7,-15,-15,-17, -2; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-11;
/M: SY='G';  M=  3,  0,-28, -4, -4,-18, 17,-18, -8,  2,-13, -7,  1,  0, -4, -8,  0, -5,-14,-17,-18, -6; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-11;
/M: SY='N';  M=  1,  6,-24, -2, -7,-18,  5, -7, -6, -4,-14, -6, 16, -9, -2,-10,  0,  1,-14,-30,-19, -6;
/M: SY='A';  M=  6, -2,-28, -2, -3,-15,  3,-18, -8,  6,-11,  0, -3, -7, -2,  2,  1, -5, -7,-22,-15, -5;
/M: SY='V';  M=  7,-10,-22,-15,-19, -4,-10,-21, 16,-11,  2,  1, -5,-22,-13,-13, -2,  9, 18,-27, -6,-17;
/M: SY='G';  M=  4, -3,-33,-11,-15,-14, 37,-22, -4, -7, -9, -8,  0,-15,-11,-15, -2,-10,-14, -7,-19,-14;
/M: SY='P';  M= -7,-15,-28, -8,  6,-31, -5,  1,-23,  8,-22,-28,-23, 74, -3, -8, -8, -2,-30,-26,-16, -2;
/M: SY='N';  M=  3, 10,-17,  5,  3,-18, -5, -5, -8,  1,-10, -3, 17,-10, -2,-13,  1,  0,-14,-37,-20,  1;
/M: SY='L';  M= -4, -9,-15,-11, -9,  7,-12,-13, 11,-10, 17,  9,-13,-20,-12,-14,-11, -2,  5,-16, 12,-10;
/M: SY='T';  M=  3, -2,-26, -3, -4,-14, -6,-10, -9, -1,-10, -6,  1, -1,  2, -7,  2,  4, -8,-24,-11, -4;
/M: SY='G';  M= -4,  0,-24, -1, -3,-20, 20,-17,-12, -2,-11,-12, -3,  4,-11,-14, -3, -8,-21, -9,-13, -7;
/M: SY='I';  M=  1, -8,-22,-10, -9, -2,-16, -9,  6, -6,  2,  1, -7,-11, -9,-10, -3,  3,  5,-27, -1,-10;
/M: SY='I';  M= -1,-12,-27,-15,-12,  0, -1,-17,  2, -5,  0, -2, -9,-16,-12,-12, -3, -3,  1, -7,  0,-13;
/M: SY='G';  M=  2,  0,-25,  1,  1,-19, 13,-17,-13,  1,-12,-10, -3, -5, -3, -8,  2, -7,-16,-12,-14, -1;
/M: SY='R';  M=  2, -6,-20, -3, -1,-16,-13,-12,-15,  7,-14,  0, -5, -7, 13, 24, -3, -9, -9,-18,-11,  2;
/M: SY='Y';  M= -5, -8,-25, -5, -4, -5,-15, -7, -5, -2,  2,  0,-11,-10, -4, -6, -5, -2, -2,-11,  7, -5;
/M: SY='A';  M=  5, -1,-20,  1, -1,-14,-10,-12, -5, -2, -4, -4, -4, -9, -4, -8,  5,  5, -2,-28, -8, -4;
/M: SY='G';  M=  3, -4,-28, -5, -6,-17, 14,-18, -8, -2, -9, -8, -6, -5, -4, -7,  0, -6,-11,-14,-14, -6;
/I:         I=-1; MD=-7;
/M: SY='T';  M=  2,  0,-26,  0, -5,-12, -9,-12, -7, -1, -5, -4,  1, -5,  0, -9,  0,  5, -6,-24, -6, -4; D=-1;
/I:         I=-1; MD=-7;
/M: SY='A';  M=  5, -4,-22, -5, -4,-14,  0,-15, -4, -2, -8, -5, -4, -7, -1, -6,  1,  0, -5,-21,-13, -4; D=-1;
/I:         I=-1; MD=-7;
/M: SY='E';  M= -3, -5,-20, -2,  1,-11,-10,-11, -7,  0, -2, -7, -8,  1, -6,-10, -6, -5, -8,-16, -4, -3; D=-1;
/I:         I=-1; MD=-7;
/M: SY='G';  M= -1,  0,-14, -1, -5, -3,  1,-10, -2, -3, -1, -3,  0, -7, -5, -6, -3, -2, -4,-10, -2, -6; D=-1;
/I:         I=-1; MI=0; MD=-7; IM=0; DM=-7;
/M: SY='N';  M=  5,  8,-14,  7, -3,-13, -5,-11, -6, -1, -7, -5, 11, -8, -1,-10,  6, 10, -5,-28,-13, -3; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-7;
/M: SY='E';  M=  1, -3,-14,  0,  9,-16,-10, -6, -9,  4, -6, -5, -5,  2,  1, -7,  1, -3, -9,-17, -9,  5; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-7;
/M: SY='D';  M=  7, 11,-16, 20, 20,-30,-11,-11,-20,  9,-11, -6,  2, -2,  7, -8,  3, -4,-16,-30,-18, 15;
/M: SY='D';  M=  6,  4,-23,  7, -2,-18, -4,-14, -7, -2, -5, -3,  0,-12, -3, -9,  1,  0, -4,-26,-12, -3;
/M: SY='I';  M= -5,-16,-15,-22,-20, 12,-19,-16, 25,-16, 23,  8,-14,-28,-17,-15,-13, -1, 20,-19,  4,-19;
/M: SY='K';  M=  2, -5,-23, -5,  0, -9,-12, -9, -4,  4, -4,  1, -3, -9, -4, -6,  0, -2, -2,-24, -7, -3;
/M: SY='D';  M=  5,  4,-24,  9,  4,-16, -7,-15,-13,  5, -7, -3,  0, -7,  2, -4,  0, -3, -8,-25,-11,  2;
/M: SY='Y';  M=-10,-18,-31,-19,-14, 10,-11,-18,  0, -8,  5, -6,-17,-19, -3, -6, -9, -5,  2, 12, 19,-12;
/M: SY='I';  M=  0,-12,-16,-17,-15,  5,-17,-14, 22,-11, 17, 12,-10,-25,-15,-15,-10,  2, 17,-26,  6,-15;
/M: SY='Q';  M=  1, -7,-21, -5,  1,-13,-12,-11,-12,  6, -8,  3, -8, -6,  7,  7,  1, -1, -7,-17, -5,  2;
/M: SY='N';  M= -1, 16,-25, 12, -5,-21,  6, -6,-12, -2,-13, -8, 23,-13, -6,-12, -1, -2,-18,-34,-19, -6;
/M: SY='P';  M=  0, -7,-31, -8, -3,-30, 25,-10,-16,  0,-21,-19, -8, 29, -6,-13, -3, -8,-27,-14,-24, -6;
/M: SY='K';  M=  3, -2,-19, -3,  3,-16, -9,-14,-11, 10,-11,  5,  1, -2,  2,  0,  0, -1,-10,-27,-14,  1;
/M: SY='G';  M=  5,  2,-26, -3, -2,-18, 10,-16, -8,  5,-16, -4,  6, -2, -3, -5,  1, -3,-14,-25,-21, -4;
/M: SY='K';  M=  1, -5,-31, -4, -6,-12,  0, -9, -6,  2, -4,  0, -5, -6, -7, -8, -4, -4, -7,-18, -5, -8;
/I:         I=-1; MD=-8;
/M: SY='T';  M= -1, -3,-14, -2, -5, -7, -8, -2, -1, -3, -1, -2, -3, -5, -1, -2, -3,  1,  0,-12,  1, -5; D=-1;
/I:         I=-1; MI=0; MD=-8; IM=0; DM=-8;
/M: SY='P';  M=  0, -5,-15, -4,  2,-12, -1, -2, -9,  2,-10,-12, -6, 23,  1, -4, -1,  0,-12,-13, -9, -1; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-8;
/M: SY='G';  M=  2, -1,-18, -4, -7,-13, 19,-12, -4, -2, -7, -4,  1, -6, -6, -8, -1, -5, -9, -5,-13, -7; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-8;
/M: SY='T';  M=  3, -4,-14, -7, -7,-10, -4,-10,  2, -2, -2,  1, -1, -5, -3, -8,  1,  6,  1,-16, -7, -6; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-8;
/M: SY='M';  M=  5,-12,-20,-16, -3,-14,-13,  1,  2, 13,  3, 24, -4,-11, -5, -1, -9, -1, -2,-24, -9, -5; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-8;
/M: SY='P';  M=  1,-12,-20,-11, -1,-21,-11,  0,-10,  7, -7,  1,-10, 19, -1, -5, -6,  2,-13,-24,-12, -3; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-8;
/M: SY='A';  M=  9, -7,-27, -9, -9,-15,  2,-12, -1, -2, -7, -1, -5, -7, -4, -7, -1, -1, -3,-24,-17, -9;
/M: SY='F';  M=-11,-18,-28,-26,-18, 29,-16,-13, -3, -5,  4,-10, -8,-14,-13,-10, -6, -7, -2, -2, 11,-19;
/M: SY='A';  M=  7, -4,-30, -3, -6,-13,  3,-12, -9, -2, -9, -7, -4, -2, -4,-10,  1, -1, -8,-21,-14, -8;
/M: SY='G';  M=  2, -2,-32, -5,-10,-17, 23,-20,-12, -1,-15,-13, -2,  2, -7, -8,  0, -8,-17,-14,-19,-11;
/M: SY='R';  M= -4, -3,-19, -3,  0,-12,-12, -3, -7,  2, -5,  3, -2,-10,  5,  9, -7,-10, -9,-23, -6,  0;
/M: SY='L';  M= -7,-12, -8,-12, -4,  4,-16,-11,  6, -4, 16, 12,-15,-13,-13,-11,-14, -4,  0,-16, 11, -7;
/M: SY='S';  M=  8,  7,-21,  3, -1,-16, -6,-14, -9,  5,-14, -4, 11, -8, -4,-11, 17, 15, -8,-37,-19, -4;
/M: SY='D';  M=  2, 12,-20, 28, 15,-34, -9,-10,-26,  7,-14,-17, -2, 13,  1, -7, -1, -7,-20,-30,-17,  8;
/M: SY='E';  M=  6,  8,-16, 17, 20,-29,-10,-11,-21,  8,-12,-10,  0,  0, 12, -5,  3, -4,-18,-25,-17, 16;
/M: SY='D';  M=  2, 18,-15, 37, 26,-40,-12,-10,-30,  7,-11,-16, -1, -2, 14, -4, -1,-11,-24,-23,-15, 22;
/M: SY='I';  M=  1,-16,-19,-23,-17, -1,-14,-15, 21, -7,  9, 12, -9,-24, -8, -1,-10, -5, 17,-20, -2,-16;
/M: SY='D';  M= 10,  7,-22, 15, 11,-25, -7,-12,-16,  6,-11, -3,  0, -5,  6, -2,  1, -5,-11,-30,-19,  8;
/M: SY='D';  M=  7, 24,-25, 36,  4,-28, -5,-16,-19,  2,-11,-10, 14,-13, -4,-10,  2, -1,-13,-36,-18, -1;
/M: SY='I';  M=  1,-15,-13,-20,-20, 10,-20,-17, 32,-17, 23, 13,-13,-32,-21,-18,-13,  4, 27,-27, 10,-20;
/M: SY='I';  M= 13,-11,-25,-14,-12, -7, -8,-18, 16, -8,  2,  5, -7,-17, -6,-13,  0,  5, 16,-27,-12,-13;
/M: SY='A';  M= 22,  3,-22,  3,  7,-21, -3,-16, -7,  4,-11,  3,  4, -8,  7, -8,  7,  4, -3,-39,-29,  5;
/M: SY='Y';  M=-35,-30,-50,-18,-21, 34,-27, -3,-10,-10, 23,-10,-35,-23,-11,  1,-19,-15,  5, 46, 70,-20;
/M: SY='I';  M= -3,-16,-13,-22,-20, 14,-19,-15, 31,-17, 26, 13,-13,-32,-21,-19,-14,  1, 24,-22, 14,-20;
/M: SY='M';  M=  2, -5,-20, -5,  2, -8,-11,-10, -5,  5, -3,  7, -5,-10,  3,  2, -4, -3, -7,-23, -5,  1;
/M: SY='S';  M=  5,  0,-25,  0, -2,-19, -1, -9,-12, -1,-12, -8, -1, -6,  1, -9, 10,  6,-11,-24,-14, -2;
/M: SY='Q';  M=  1, -6,-16, -7, -3, -4,-16,-11, -1, -6,  5,  2, -7,-15,  9, -2, -6,  3, -3,-21,  3,  1;
/M: SY='P';  M=  6, -3,-24,  0,  6,-19, -8,-12,-13,  7,-13, -4, -5,  8,  0, -7,  5,  3,-11,-24,-15,  1;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2025_02 which contains 573'230 sequence entries.

Total number of hits	500 in 437 different sequences
Number of true positive hits	499 in 436 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	1
Number of false negative sequences	16
Number of 'partial' sequences	5

Precision (true positives / (true positives + false positives))	99.80 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	96.89 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Eukaryotes, Prokaryotes (Bacteria)
Maximum number of repetitions [info]	3
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	window20
Author [info]	N_Hulo
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	Cytochrome c
Version [info]	3

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences	436 sequences ADHA_ACEAC (P18278), ADHA_GLUOX (O05542), ADHA_GLUPO (P28036), » more Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits: [Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color] [Clustal format, plain text] [Fasta format] Retrieve the sequence logo from the alignment
UniProtKB/Swiss-Prot False negative sequences	16 sequences C551_RHOTE (P83170), C553_PARDE (P29967), CY1_EUGGR (P20114), » more
UniProtKB/Swiss-Prot 'Partial' sequences	5 sequences CY550_THAWE (O98448), CY555_SCHAZ (P23037), CYC31_DESAC (P81078), » more
UniProtKB/Swiss-Prot False positive sequences	1 sequence RLMN_AZOC5 (A8IQ73)
PDB [Detailed view]	607 PDB 155C; 1A2S; 1A56; 1A8C; 1AKK; 1AOF; 1AOM; 1AOQ; 1AYG; 1B7V; 1BCC; 1BE3; » more