PROSITE entry PS50995

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
PURL: https://purl.expasy.org/prosite/signature/PS50995

Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	HTH_MARR_2
Accession [info]	PS50995
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-MAY-2004 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC00861
Associated ProRule [info]	PRU00345

Name and characterization of the entry

Description [info]

MarR-type HTH domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=133;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=128;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.2798102; R2=0.0249925; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=6998.8300781; R2=7.9757175; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=505; H_SCORE=11027; N_SCORE=14.9; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=169; H_SCORE=8347; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-20; I=-20; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='H';  M= -5, -1,-25, -2,  3,-16,-13,  6,-16, -2,-13, -4, -2,-11,  1,  0, -5, -7,-15,-21, -3,  0;
/M: SY='N';  M= -2,  4,-22,  2, -2,-15,-14, -6,-13, -7,-14, -9,  5, -5, -6,-11,  1,  0,-12,-28,-12, -5;
/M: SY='E';  M=-10, -2,-20,  3,  7,-23,-16,-10,-19, -1,-12,-10, -6, -5,  1, -2, -7, -9,-16,-28,-16,  3;
/M: SY='L';  M= -7,-23,-21,-27,-21,  8,-19,-19, 13,-26, 27, 13,-20,-26,-20,-20,-21,-10,  7,-19, -2,-21;
/M: SY='F';  M= -4,-16,-15,-22,-13,  9,-13,-14, -4,-17,  3,  3,-14,-20,-16,-16, -9, -2, -3,-15,  1,-14;
/M: SY='R';  M= -9,-10,-26,-12, -5,-10,-16,  3,-15,  2,-14, -4, -5,-13,  4, 11, -4, -5,-14,-17,  1, -2;
/M: SY='L';  M=  0, -5,-20, -3, -2,-13,-19,-14, -6, -9,  5, -3,-10,-17, -6, -9, -8, -3, -4,-25,-11, -4;
/M: SY='L';  M= -8,-26,-11,-31,-21,  2,-29,-19, 18,-24, 29, 20,-24,-26,-16,-17,-23,-10, 11,-22, -4,-20;
/M: SY='Y';  M= -5,-13,-24,-14, -6, -7,-11, -4, -9, -7, -5,  0, -9,-19, -3, -2, -6, -8, -8,-16,  1, -6;
/M: SY='R';  M= -7,-10,-25,-12, -3,-20,-12, -1,-14,  3, -8,  3, -6,-17, 13, 14, -7, -7,-13,-21, -9,  3;
/M: SY='V';  M=  9,-20,-11,-25,-18, -3,-20,-21,  9,-19,  9,  5,-18,-21,-15,-19, -7, -2, 11,-22, -8,-16;
/M: SY='A';  M=  5, -7,-17,-12,-11, -4,-11,-13, -8,-12, -9, -8, -3,-18,-10,-11,  4,  2, -3,-22, -6,-10;
/I:         I=-2; MD=-12;
/M: SY='R';  M= -3, -7,-20, -7,  4,-16,-14, -4,-13,  8, -7, -2, -5,-12,  9, 18, -6, -7,-11,-17, -9,  5; D=-2;
/I:         I=-2; MD=-12;
/M: SY='A';  M=  9, -7,-17,-10, -2,-17,-12, -6,-10,  7,-10, -3, -6,-11,  3,  2, -3, -5, -6,-17, -9,  0; D=-2;
/I:         I=-2; MD=-12;
/M: SY='L';  M= -6,-19,-18,-20,-14,  3,-21, -7,  6,-15, 16,  7,-17,-21,-12, -9,-17, -8,  4,-10,  1,-14; D=-2;
/I:         I=-2; MD=-12;
/M: SY='D';  M= -9,  4,-22,  7, -2,-15, -1, -6,-22,  0,-16,-11,  1,-14, -4,  6, -5, -8,-16,-12, -9, -4; D=-2;
/I:         I=-2; MI=0; MD=-12; IM=0; DM=-12;
/M: SY='S';  M=  3, -1,-22, -2,  0,-23, -8,-11,-18,  3,-20,-12,  1, -9,  0,  2,  5, -1,-12,-27,-16, -1;
/M:         M= -7, -5,-25, -6, -3,-10,-16, -9, -8, -7, -3, -4, -3,-18, -2, -3, -8, -7,-10,-21, -5, -4;
/M: SY='I';  M= -9,-22,-25,-25,-19,  6,-22,-17,  7,-20,  4,  1,-17,-17,-16,-16,-11, -5,  2, -3,  6,-19;
/M: SY='N';  M=-11, 15,-24, 13,  5,-25,-12,  4,-23,  5,-24,-14, 18,-15,  9, 11,  5, -2,-21,-31,-14,  5;
/M: SY='Q';  M= -5, -4,-26, -4,  5,-19,-18, -2,-15,  1,-16, -8, -3, -4,  6,  0, -1, -4,-15,-25,-10,  4;
/M: SY='E';  M= -3,-13,-25,-15,  1, -9,-23,-13,  0, -7, -2, -1,-13,-15, -3, -7, -8, -6, -1,-14, -5, -2;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-21; IM=0; DM=-21;
/M: SY='L';  M= -8,-19,-11,-23,-16, 13,-23,-10,  5,-20, 17,  6,-16,-24,-16,-15,-16, -8,  3,-15,  2,-15; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-21;
/M: SY='K';  M= -3,  3,-23,  4,  5,-24, -5, -7,-22, 10,-20,-11,  2, -6,  5,  2,  1, -5,-18,-23,-14,  5; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-21;
/M: SY='P';  M=  0, -4,-24, -1,  6,-24,-14, -9,-18,  6,-18,-11, -6, 10,  4,  2, -3, -7,-15,-22,-16,  4; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-21;
/M: SY='Y';  M= -9,-13,-21,-12, -3, -1,-21,  5, -3,-10,  8,  3,-12,-19, -3, -8,-11, -7, -7,-13, 10, -4; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-21;
/M: SY='D';  M= -9, 19,-28, 24,  5,-32, 16, -7,-35, -5,-29,-23, 14, -9, -5,-10,  2,-11,-29,-31,-23,  0;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-23,-32,-23,  8,-31,-21, 24,-28, 34, 16,-28,-28,-20,-22,-26,-10, 14,-10,  5,-23;
/M: SY='T';  M=  1,  2,-15, -6, -8,-12, -5,-15,-16, -8,-17,-13,  7,-13, -9, -9, 16, 25, -9,-29,-13, -8;
/M: SY='P';  M= -5,-11,-27,-10,  3,-17,-20, -7,-13,  1, -9, -7,-10,  4,  0,  3, -8, -7,-14,-22,-10, -1;
/M: SY='S';  M=  5, -3,-21, -7, -5,-23,  1,-13,-20, -7,-21,-14,  1,  3, -3, -9,  8,  7,-16,-27,-20, -5;
/M: SY='Q';  M=-11,  2,-28,  6, 20,-31,-20, 11,-19,  3,-14, -4, -1,-12, 34,  2, -4,-10,-24,-25, -9, 26;
/M: SY='Y';  M=-13,-23,-27,-26,-19, 22,-25,  0, -4,-18,  3, -1,-20,-22,-15,-14,-19,-12, -8, 17, 28,-17;
/M: SY='M';  M= -5,-10,-23,-12, -9,-14,-11,  2, -9, -4, -5,  4, -7,-19, -5, -1, -8, -7, -5,-24, -7, -8;
/M: SY='V';  M=  3,-22,-13,-28,-23, -2,-25,-20, 18,-20,  7,  8,-19,-22,-18,-21, -9, -2, 19,-19,  0,-22;
/M: SY='L';  M= -6,-29,-19,-30,-21,  7,-29,-21, 21,-27, 41, 19,-28,-28,-20,-20,-25, -9, 14,-21, -2,-21;
/M: SY='R';  M= -8,-12,-20,-13,-10,-10,-18, -2,-10, -5, -7, -4, -9,-21, -5,  2, -7, -4, -6,-13,  1, -9;
/M: SY='I';  M= -1,-14,-13,-22,-15, -6,-23,-17,  5,-13,  1,  2,-10,-19,-10, -8, -4,  3,  4,-23, -8,-14;
/M: SY='I';  M= -7,-29,-24,-34,-25,  4,-33,-25, 33,-29, 32, 18,-24,-24,-20,-25,-23, -9, 20,-20, -1,-25;
/M: SY='H';  M= -1, -3,-12, -7, -7,-13, -5,  6,-22, -9,-19,-13,  2,-19, -6, -6,  1, -7,-18,-17, -4, -7;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23;
/M: SY='E';  M= -7,  2,-19,  4, 21,-19,-18, -5,-16,  1,-14,-11, -1, -9, 10, -1, -1, -5,-16,-24,-13, 15; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-23;
/M: SY='N';  M=  4,  5,-21,  0,  4,-23, -4, -2,-19, -3,-21,-14, 11, -5,  3, -7,  8, -2,-19,-30,-18,  3;
/M: SY='P';  M= -9, -2,-32,  2,  7,-27, -6,  0,-25, -4,-25,-16, -1, 20,  3, -7, -4,-11,-28,-26,-16,  2;
/I:         I=-6; MD=-32;
/M: SY='G';  M=  2, -4,-14, -5, -8,-25, 25,-15,-28,-13,-25,-18,  1, -7,-12,-16,  4, -8,-22,-26,-24,-11; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='I';  M= -7,-24,-24,-29,-19, -2,-29,-18, 22,-19, 21, 21,-21,-17,-12,-18,-20, -9, 13,-21, -4,-17;
/M: SY='S';  M=  2,  1,-16, -3, -3,-17,-12,-12,-10, -7,-17,-11,  6,-12, -3, -9, 16, 14, -5,-32,-15, -3;
/M: SY='Q';  M= -5,-14,-24,-15, -6,-15,-21,-12, -1, -9, -8,  1,-12,  2,  3,-11, -6, -6, -2,-25,-12, -2;
/M: SY='S';  M=  1, -5,-21, -5, -1,-22,  5, -9,-20, -6,-21,-13,  0,-13, -3, -9, 10,  2,-13,-28,-17, -2;
/M: SY='E';  M= -1,  8,-25, 12, 22,-24,-15, -6,-25,  8,-19,-15,  1, -8,  9, -1,  0, -5,-20,-26,-15, 16;
/M: SY='L';  M=-11,-30,-22,-33,-23, 13,-32,-21, 25,-29, 39, 20,-27,-27,-21,-22,-27,-10, 13,-18,  2,-23;
/M: SY='A';  M= 27,-13,-15,-20,-14,-17,  1,-21, -5,-13, -7, -6,-10,-15,-13,-19,  4, -3,  2,-22,-17,-14;
/M: SY='K';  M= -7,  1,-21,  2,  8,-22,-17, -7,-20, 10,-20,-12,  0, -9,  4,  7, -1, -6,-16,-26,-11,  5;
/M: SY='R';  M=  3,-14,-22,-18, -9,-10,-19, -8, -5,  0, -4,  1,-11,-18, -2,  5, -8, -7, -2,-18, -4, -7;
/M: SY='L';  M= -1,-21,-15,-25,-16, -3,-16,-19,  8,-22, 20, 11,-20,-23,-15,-19,-16, -7,  4,-22, -8,-16;
/M:         M= -6, -8,-11, -9, -7,-19, -5, -1,-17, -4,-16, -4, -6,-20, -5, -5, -4, -9,-10,-26,-10, -7;
/M: SY='V';  M= -6,-25,-19,-29,-24,  3,-29,-20, 24,-19, 12, 14,-21,-25,-19,-17,-12, -4, 25,-21,  0,-23;
/M: SY='D';  M= -8, 14,-21, 19,  5,-23,-13, -3,-22, -3,-20,-16,  8,-13, -2, -5,  9,  7,-14,-34,-14,  1;
/M: SY='R';  M= -8, -9,-27, -9, -2,-21,-14,-10,-20, 12,-16, -9, -4, -4,  1, 20, -6, -5,-15,-24,-14, -3;
/M: SY='S';  M=  7, -5,-19, -7, -3,-23, -1,-13,-19, -9,-22,-14, -1,  2,  1,-11, 16, 11,-14,-30,-19, -2;
/M: SY='T';  M=  8,  4,-13, -4, -6,-16, -8, -7,-14, -9,-17,-13, 10,-13, -5,-10, 19, 20, -9,-32,-14, -6;
/M: SY='L';  M=  2,-25,-19,-30,-21,  0,-25,-21, 22,-23, 24, 18,-23,-23,-17,-21,-17, -7, 16,-21, -5,-20;
/M: SY='T';  M=  5, -2,-12,-10,-11,-10,-10,-17,-10,-11,-13,-11,  2,-14,-11,-12, 16, 26, -2,-29,-13,-11;
/M: SY='R';  M= -7, -7,-26, -8, -2,-19,-10, -1,-23, 11,-20,-11,  0,-13,  1, 24, -3, -6,-16,-21, -8, -3;
/M: SY='V';  M=  1,-19,-18,-24,-18, -2,-23,-17, 11,-12,  6,  9,-17,-21,-12,-12, -9, -1, 13,-19, -2,-16;
/M: SY='L';  M= -5,-25,-19,-29,-22,  2,-29,-23, 23,-25, 27, 13,-23,-24,-19,-21,-16, -2, 18,-23, -4,-22;
/M: SY='K';  M= -6, 13,-26, 15,  6,-28,-11, -2,-29, 16,-25,-16,  7,-13,  2, 12, -2, -6,-21,-27,-14,  3;
/M: SY='R';  M= -7, -4,-26, -6,  6,-21,-17, -5,-23, 15,-20,-10,  0, -9, 11, 25, -2, -4,-19,-22,-12,  7;
/M: SY='L';  M=-10,-28,-20,-30,-20,  8,-28,-17, 20,-27, 45, 26,-28,-28,-17,-18,-28,-10, 10,-20,  0,-18;
/M: SY='E';  M= -3, -1,-26,  4, 33,-22,-21, -8,-13,  0, -9,-11, -7, -7,  7, -7, -3, -8,-13,-28,-16, 20;
/M: SY='K';  M=-13, 11,-25, 16, 16,-30,-14, -3,-30, 17,-24,-14,  5,-12, 10, 13, -4,-10,-24,-28,-15, 13;
/M: SY='D';  M= -6,  8,-26, 10,  5,-28,-10,  1,-26, 10,-21,-11,  5,-13,  8, 10, -2, -7,-20,-26,-13,  5;
/M: SY='G';  M= -2, -1,-29, -2,-13,-30, 55,-15,-38,-16,-30,-21,  7,-19,-15,-17,  1,-17,-30,-23,-28,-14;
/M: SY='F';  M=-12,-28,-26,-31,-23, 21,-27,-12,  7,-24, 17,  5,-26,-28,-21,-18,-25,-13,  0, 17, 20,-21;
/M: SY='I';  M= -6,-30,-14,-35,-29,  0,-35,-29, 36,-26, 17, 14,-25,-26,-25,-25,-16, -6, 35,-25, -5,-29;
/M: SY='R';  M= -6, -1,-24,  0,  6,-19,-15, -8,-17,  3,-13,-10, -3,-14,  1,  7, -1,  0,-12,-24,-10,  2;
/M: SY='R';  M=-14,-11,-25,-11, -4,-14,-19, -6,-21, 19,-17, -9, -3,-19,  2, 44, -4, -3,-11,-22, -9, -4;
/M: SY='E';  M=-10, -9,-26, -9,  2,-11,-23,-12, -7, -3, -5, -3, -9,-12,  0, -2, -8, -4, -8,-16, -7,  0;
/M: SY='K';  M= -1, -5,-26, -4,  4,-24,-16, -8,-20,  8,-21,-12, -5,  7,  2,  5, -1, -2,-15,-26,-16,  1;
/M: SY='D';  M= -7,  9,-12, 12,  1,-25, -8, -4,-25, -3,-26,-18,  9,-11, -3, -3,  9, -1,-19,-35,-18, -2;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
/M: SY='P';  M= -6, -9,-30, -4,  8,-25,-19,-12,-16,  1,-18,-12,-10, 23,  1, -3, -5, -8,-18,-27,-19,  2;
/M: SY='N';  M= -4,  9,-22,  6,  4,-23,  1, -4,-23,  0,-24,-16, 15,-15,  1,  3,  8, -1,-20,-31,-19,  2;
/M: SY='D';  M=-16, 44,-28, 56, 14,-36, -5,  0,-36, -1,-30,-28, 25,-12, -1, -9,  3, -8,-29,-39,-20,  7;
/M: SY='R';  M=-13, -4,-30, -4,  7,-27,-13, -5,-30, 32,-25,-10,  0,-14, 12, 38, -8,-11,-22,-20,-12,  8;
/M: SY='R';  M=-18, -8,-30, -8,  2,-22,-20, -2,-30, 34,-22,-10,  0,-18, 10, 62,-10,-10,-20,-20,-10,  2;
/M: SY='S';  M=  1, -4,-16, -8, -1,-19,-12,-11,-11, -3,-16,-10,  2,-14,  0, -1,  7, -1, -9,-29,-15, -2;
/M: SY='V';  M= -7,-17,-22,-20,-13, -4,-25,-15,  1,  2,  0,  2,-15,-21,-10,  3,-12, -5,  6,-17,  1,-13;
/M: SY='R';  M=-15,-14,-20,-16, -9, -2,-24,  2,-11, -1, -3, -2, -9,-20, -4, 12,-14,-10,-10,-17,  4, -9;
/M: SY='I';  M= -5,-29,-21,-33,-26,  3,-33,-25, 32,-25, 22, 15,-25,-25,-22,-23,-18, -7, 28,-20,  0,-26;
/M: SY='H';  M=-10, -9,-23,-11, -5, -5,-19,  7,-16, -2,-15, -7, -4,-18,  2,  3,  1,  1,-13,-13,  5, -3;
/M: SY='L';  M= -7,-27,-22,-28,-18,  3,-27,-19, 16,-25, 33, 17,-27,-14,-17,-20,-24, -9,  8,-22, -5,-19;
/M: SY='T';  M=  1, -1,-10,-10, -9,-10,-18,-19,-10,-11, -9,-10,  0,-11, -9,-10, 20, 44, -1,-31,-11, -9;
/M: SY='E';  M= -5,  9,-27, 15, 29,-30,-16, -5,-27,  9,-22,-17,  1, -1, 13,  0,  2, -4,-24,-29,-18, 21;
/M: SY='E';  M= -3,  2,-26,  4, 18,-28,-12, -7,-27, 17,-24,-15,  0, -4, 10, 10,  2, -5,-21,-26,-17, 13;
/M: SY='G';  M=  2,-10,-28,-10,-19,-29, 64,-20,-38,-19,-29,-20,  0,-19,-19,-20,  2,-17,-28,-21,-29,-19;
/M: SY='R';  M= -2, -7,-23, -8,  1,-16,-18, -5,-15,  7, -9, -4, -6,-15,  3, 10, -6, -6,-10,-22, -9,  2;
/M: SY='E';  M=  4, -5,-22, -6,  7,-19,-16, -6,-14,  6,-13, -7, -5,-13,  6, -1, -3, -7,-10,-23,-11,  7;
/M: SY='L';  M= -7,-26,-20,-29,-21,  7,-29,-18, 19,-22, 25, 13,-24,-26,-20,-18,-20, -8, 16,-20,  0,-21;
/M: SY='Y';  M= -5,-21,-12,-25,-17,  3,-26,-11,  5,-18,  8,  3,-19,-24,-15,-17,-16, -9,  2, -8,  9,-17;
/M: SY='E';  M=  1,  2,-27,  2,  8,-26,-13, -7,-23,  7,-22,-14,  1, -1,  7,  3, -2, -8,-21,-18,-16,  7;
/M: SY='R';  M= -6, -5,-25, -4,  6,-19,-14,  0,-17,  1,-10, -7, -4,-15,  2,  8, -4, -8,-13,-26,-11,  2;
/M: SY='L';  M=  8,-22,-14,-27,-19, -1,-21,-15, 11,-21, 17,  9,-20,-22,-17,-20,-13, -7, 10,-21, -5,-18;
/M: SY='E';  M= -7,-10,-23,-11,  2,-10,-22, -8, -3, -5, -3,  0, -7,-16, -1, -1, -6, -4, -2,-25, -8, -1;
/M: SY='E';  M= -7, -1,-28,  2, 19,-27,-18, -3,-23, 10,-18,-11, -3, -3, 18, 13, -3, -6,-22,-25,-15, 17;
/M: SY='A';  M=  4,-13,-24,-13,  2,-17,-20,-15, -3, -7, -3, -4,-13, -2, -3,-10, -7, -7, -4,-24,-14, -2;
/M:         M= -7,-12,-26,-16,-10,-12,-16, -3, -4, -7, -8,  0, -7,-16, -2, -6,-10,-10, -6,-14, -5, -7;
/M: SY='E';  M= -9,  3,-25,  6, 11,-25,-11,  2,-21,  2,-19, -9,  2,-12, 10,  2,  2, -5,-17,-28,-12,  9;
/M: SY='E';  M= -7, -2,-25, -2,  8,-20,-13,  1,-18,  4,-17, -8,  0,-10,  3,  5, -2, -6,-15,-25,-10,  4;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
/M: SY='Y';  M=  0,-12,-15,-16,-11, -7,-18, -8, -6,-10, -7, -5, -9,-20, -4, -9,  0,  1, -4,-10,  5, -9;
/I:         I=-4; MD=-23;
/M: SY='H';  M=-13,  1,-24,  1,  3, -8,-20,  6,-13, -4, -6, -4, -1,-17,  1, -1, -7, -5,-15,-18,  5,  1; D=-4;
/I:         I=-4; MI=-23; MD=-23; IM=-23; DM=-23;
/M: SY='Q';  M= -7, -1,-26, -1,  4,-21,-10, -1,-20,  5,-17, -7,  0, -9,  8,  7, -4, -9,-18,-22,-12,  5; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-23;
/M: SY='E';  M= -2,  2,-24,  6, 16,-25,-17, -7,-16,  4,-15,-10, -3,-10,  9,  1, -2, -7,-12,-26,-15, 12; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-23;
/M: SY='L';  M=  0,-23,-19,-27,-19,  7,-24,-20, 12,-18, 14,  6,-18,-22,-18,-13,-13, -6, 11,-17, -2,-19; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-23;
/M: SY='F';  M=-11,-21,-16,-23,-13, 17,-24,-16, -1,-21, 12,  0,-19,-24,-17,-16,-15, -6, -4, -2,  7,-14; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-23;
/M: SY='A';  M=  4, -2,-22, -4,  0,-23, -2, -4,-21,  4,-18, -9,  1,-14,  1,  2,  2, -6,-16,-25,-14,  0;
/M: SY='G';  M= -3, -6,-20, -6, -4,-23, 11,-12,-25, -6,-21,-15, -3, -9, -6, -5, -2, -9,-19,-23,-18, -6;
/M: SY='F';  M= -7,-21,-20,-25,-19, 25,-25,-15,  6,-24, 19,  5,-19,-26,-22,-19,-17, -8,  2, -9, 12,-20;
/M: SY='T';  M=  2,  1,-14, -4, -4,-19, -3,-12,-18, -9,-21,-14,  6,-11,  0, -9, 23, 24,-11,-32,-16, -2;
/M: SY='E';  M=  1,  1,-25,  4,  8,-25,-12, -8,-18, -2,-20,-14, -2,  3, -1, -9,  2, -3,-16,-29,-17,  2;
/M: SY='E';  M= -4,  6,-25, 11, 18,-25,-16, -6,-20,  3,-16,-13,  0, -7,  7, -2, -1, -5,-16,-29,-17, 12;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-19; IM=0; DM=-19;
/M: SY='E';  M= -6,  9,-27, 14, 37,-28,-17, -3,-27, 12,-22,-17,  4, -5, 15,  2,  2, -5,-25,-29,-18, 26;
/M: SY='M';  M= -5,-17,-23,-19,-10,-14,-21,-14,  4, -3,  2,  7,-14,-20,  1, -1,-11, -8,  5,-22, -8, -5;
/M: SY='E';  M=  6,  6,-21,  6, 18,-25, -9, -8,-22,  0,-18,-16,  2, -8,  5, -5,  7,  1,-17,-28,-18, 11;
/M: SY='T';  M= -5, -5,-21, -8,  0,-16,-17, -7, -9, -7, -3, -1, -6,-14,  4, -5, -1,  7, -9,-25, -9,  1;
/M: SY='L';  M= -8,-27,-20,-32,-22, 21,-28,-20, 15,-27, 32, 15,-24,-27,-22,-20,-23, -7,  8,-14,  5,-22;
/M: SY='R';  M= -9,-15,-23,-18, -7,  1,-24,-13, -2, -3,  0,  3,-11,-18, -8,  4, -9, -3, -1,-19, -3, -8;
/M: SY='Q';  M= -3,  3,-17,  2,  4,-25,-10,  9,-21, -1,-20,-10,  5,-15, 11, -1,  2, -7,-19,-27, -9,  6;
/M: SY='L';  M= -5,-25,-19,-29,-21,  8,-27,-17, 17,-23, 28, 16,-24,-26,-18,-19,-19, -5, 12,-16,  4,-20;
/M: SY='L';  M= -7,-25,-21,-27,-20,  7,-27,-21, 14,-23, 28, 11,-23,-26,-19,-18,-22, -7,  9,-12,  0,-19;
/M: SY='E';  M= -8,  2,-26,  6,  9,-24,-10,  1,-22,  6,-18,-12,  1,-13,  2,  5, -2, -8,-17,-27,-12,  4;
/M: SY='R';  M= -8, -2,-28, -1,  7,-25,-18, -2,-26, 27,-21, -9, -1,-13,  9, 28, -8,-10,-19,-22,-10,  7;
/M: SY='L';  M= -7,-27,-14,-31,-24,  7,-29,-20, 22,-24, 24, 18,-25,-27,-20,-20,-20, -8, 18,-19,  2,-23;
/M: SY='M';  M= -8,-11,-24,-11, -1, -6,-19, -6, -4, -7,  5,  6,-12,-18, -3, -5,-12, -8, -7,-17,  2, -3;
/M: SY='D';  M=  1,  6,-23,  8,  6,-25, -8, -5,-23,  4,-19,-14,  3, -9,  0, -1,  2, -4,-17,-28,-16,  2;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2025_03 which contains 573'661 sequence entries.

Total number of hits	169 in 169 different sequences
Number of true positive hits	168 in 168 different sequences
Number of 'unknown' hits	1
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	25
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	87.05 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Archaea, Prokaryotes (Bacteria)
Maximum number of repetitions [info]	1
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	window20
Author [info]	PS_Langendijk_Genevaux
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	HTH marR-type
Version [info]	5

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences	168 sequences ADCR_STRP2 (Q04I02), ADCR_STRP6 (Q5XEA3), BADR_RHOPA (O07458), » more Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits: [Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color] [Clustal format, plain text] [Fasta format] Retrieve the sequence logo from the alignment
UniProtKB/Swiss-Prot False negative sequences	25 sequences MMPR5_MYCTU (I6Y8F7), SGRR_ECO57 (Q8XA02), SGRR_ECOK1 (A1A7B8), » more
UniProtKB/Swiss-Prot 'Unknown' sequences	1 sequence RIFK_PYRFU (Q8U262)
PDB [Detailed view]	40 PDB 1JGS; 1LNW; 1S3J; 1Z91; 1Z9C; 2BV6; 2FXA; 3DEU; 3ECH; 3MEX; 3Q5F; 3QPT; » more