PROSITE entry PS50994

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
PURL: https://purl.expasy.org/prosite/signature/PS50994

Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	INTEGRASE
Accession [info]	PS50994
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-OCT-2004 CREATED; 13-FEB-2019 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC50994
Associated ProRule [info]	PRU00457

Name and characterization of the entry

Description [info]

Integrase catalytic domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=161;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=156;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.0267998; R2=0.0160468; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=4805.0327148; R2=16.0532780; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 0.5%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=466; H_SCORE=12286; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=342; H_SCORE=10295; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-6; D=-30; I=-30; B1=-100; E1=-100; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='R';  M= -4,-11,-22, -8, -6, -5,-19, -6, -5, -2,  0,  1,-12,-10,  3, 10, -6, -6,  1,-18,  4, -5;
/M: SY='P';  M=  3, -2,-27, -1,  1,-22,  5, -9,-14,  3,-13, -9, -4,  7,  0, -6,  1, -4,-17,-20,-16, -2;
/M: SY='E';  M= -1, -6,-14, -4,  7,-17,-16,  5,-10, -2, -2, -1, -7, -1,  1,-11,  4,  4,-10,-24, -5,  5;
/M: SY='R';  M=  4, -6,-17, -9, -7,-13, -9,-14,-10,  0, -8,  2, -1,-12,  9, 11,  0,  1, -5,-24,-13, -3;
/M: SY='P';  M= -8,-18,-30,-10,  9,-37, -9,  7,-26,  9,-28,-35,-27, 98,  0,-10, -8,  1,-35,-30,-20, -1;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-19; IM=0; DM=-19;
/M: SY='N';  M= -6,  3,-18, -8,-14, -2, 11,-18,  1, -7, -4, -4, 13,-21,-12, -9, -6, -8, -9,-13, -9,-14; D=-6;
/I:         I=-6; DM=-19;
/M: SY='E';  M= -1,  2,-19,  9, 19,-25, -7, -4,-23,  7,-12,-12, -5,  4, 10, -3, -1,-11,-22,-16,-12, 15;
/M: SY='M';  M= -3,-11,-22,-13, -5, -5,-17,  4,  6, -5,  3,  7, -7,-13, -2, -4, -5, -2,  2,-24,  2, -5;
/M: SY='W';  M=-26,-34,-22,-30,-15, 13, -6,-34, -6,-16, -2,-12,-43,-30,-13, -3,-21,-26, -4, 93, 33,-15;
/M: SY='Q';  M=  3,-13,-17,-13,  6,-13,-21, -1, -9, -4, -7, -6,-12, -7, 29,  7, -6, -1,-11,-16, -4, 13;
/M: SY='M';  M=  9,-11,-16,-18,-13,-16,  1, -9, 10, -5,  2, 12, -3,-22,-11,-14, -4,  1,  4,-28,-19,-13;
/M: SY='D';  M=  0, 47,-28, 85, 13,-49,-11,-19,-39,  1,-10,-29,  9, -9, -8,-10,  0,-11,-21,-38,-11,  3;
/M: SY='F';  M=-11,-21,-11,-29,-21, 23,-18,-19, 11,-14, 13, -2,-15,-30,-20,-14,-12, -8, 11,  3, 12,-22;
/M: SY='T';  M=  4, -7,-13,-14,-13,-10,-11,-20,  6, -7,  1,  0, -1,-12, -8,-19,  6, 17,  7,-30, -9,-11;
/M: SY='H';  M= -9, -9,-30, -7,  3,-18,  0, 23,-14, -5, -5, -4,-10, -1, -5,-12, -4,-13,-19,-13, -1,  1;
/M: SY='P';  M= -6,-13,-27,-11, -9, -4,-13, -2,  1, -7,  0, -9,-16,  4,-13,-12, -7, -4,  0,-17,  4,-13;
/M: SY='D';  M=  3,  0,-19,  4,  1,-16, -8,-15, -8,  0, -4, -4, -5, -6, -3, -8,  0, -1, -6,-20, -9, -1;
/I:         I=-5; MD=-16;
/M: SY='I';  M= -4,-13,-16,-13, -7, -8,-12,-11,  4, -6, -1, -7,-13,  4, -6, -9, -3,  3,  3, -8,  1, -8; D=-5;
/I:         I=-5; MD=-16;
/M: SY='F';  M= -5,-10,-20,-13, -5,  9,-11,-12, -6,  2, -3, -8, -8, -1, -7, -6, -4, -7, -6, -6,  1, -8; D=-5;
/I:         I=-5; MD=-16;
/M: SY='A';  M=  5, -3,-11, -5, -4, -6, -1,-11,  5, -4, -3, -4, -3,-11, -7, -8,  4,  2,  4,-15, -8, -6; D=-5;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-16; IM=0; DM=-16;
/M: SY='G';  M=  1,  2,-17,  1,  2,-17,  6,-11, -8,  1, -9, -7,  3, -4,  2, -5,  0, -4,-13,-16,-13,  1; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-16;
/M: SY='G';  M= -3,  1,-17, -1, -7,-14, 11,-14,-11, -3,-10,-10,  2, -8, -8, -6, -2, -8,-13,-13,-13, -8; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-16;
/M: SY='K';  M= -7, -4,-26, -4, -1, -8, -5,-16,-16,  9,-11, -2, -1, -5,  2,  6, -5, -8,-15, -5, -1, -1;
/M: SY='M';  M= -3, -8, -6, -9, -3, -6,-14,-17, -2,  0, -2,  1, -7,-11, -7, -1, -3, -2, -2,-21, -5, -5;
/M: SY='Y';  M=-16,-16,-34,-13,-12,  7,-18,  7, -2,-10,  9, -1,-15,-18, -9, -9,-10, -7,  1,  5, 27,-13;
/M: SY='I';  M= -6,-18,-13,-24,-21, 22,-21,-17, 23,-16, 23,  6,-15,-29,-21,-17,-14, -2, 20,-17, 16,-21;
/M: SY='L';  M=  1,-12,-20,-16,-13, 11,-15, -2, 10,-14, 13,  7,-12,-22,-13,-15, -7, -1,  9,-24,  6,-13;
/M: SY='V';  M=  8,-13,-21,-18,-23,  1,-20,-24, 24,-15,  5, -1, -9,-23,-19,-17,  0, 17, 29,-33,  0,-22;
/M: SY='I';  M= -2,-14, -3,-23,-18, 10,-16,-24, 15,-14, 10,  1, -6,-28,-17,-17, -8, -1, 14,-18, -4,-19;
/M: SY='I';  M=  5,-16,-19,-25,-26,  3,-20,-23, 40,-16, 13,  7, -7,-32,-22,-18, -8,  8, 37,-32,  0,-26;
/M: SY='D';  M= -3, 31,-16, 59, 11,-37,-14,-11,-29, -3, -2,-18,  2,-11, -9,-12, -4,-10,-17,-34, -6,  3;
/M: SY='D';  M=  3,  5,-23,  9, -9,-17, -7,-19, -6, -4, -5, -6,  0,-13, -5, -5,  3,  6, -1,-29, -8, -8;
/M: SY='F';  M= -8,-15,-31,-20,-16, 30,-19,-13, -4, -3,  8, -2, -7,-24,-10, -5, -8, -9,  2, -2, 16,-17;
/M: SY='S';  M= 11,  1,-20, -2, -6,-13, -5,-13, -7, -3,-14,-13,  5, -8, -7,-16, 33, 27, -4,-37,-18,-10;
/M: SY='R';  M= -5, -6,-24, -7, -6,-17, 12,-12,-19,  6,-19, -3, -3, -7,  3, 21, -2,-18,-19, -9,-15, -5;
/M: SY='Y';  M=-12,-18,-33,-15,-10, 21,-20,-11, -8,  0, 10, -2,-17,-19, -6,  0,-10,-10,  1,  8, 27,-11;
/M: SY='I';  M=  5,-12,-11,-20,-16, -1,-14,-23, 23,-11,  7,  4, -6,-23,-15,-17, -3,  5, 20,-30, -9,-17;
/M: SY='Y';  M= -7,-20,-21,-22,-12,  5,-18, -8,  9,-10,  7,  2,-18,-23,-13,-12,-10, -6,  9,  4, 12,-13;
/M: SY='A';  M= 12, -7,-19,-10,-12, -8, -1,-21,  9,-10,  2,  1, -6,-19, -7,-12, -1,  3, 10,-28,-13,-12;
/M: SY='Y';  M=-10,-18,-20,-17, -8,  5,-20, -8, -2, -9,  5, -5,-18,-17, -4, -6, -7, -4,  1,  4, 15, -8;
/M: SY='P';  M=  0,-13,-16,-13, -4, -5,-15, -8, -7, -1, -5, -6,-13,  6, -1, -1, -3, -3, -6,-23, -8, -6;
/M: SY='I';  M=  1,-13,-16,-21,-15, -1,-19, -4, 16, -9, 10, 11, -4,-22,-10,-15, -6,  5, 11,-30, -2,-14;
/M: SY='S';  M=  2, -5,-21, -4, -2,-14, -8,-15,-13,  5,-14, -9, -7,  5,  0,  3,  6,  1,-10,-24,-13, -5;
/M: SY='S';  M=  0,  0,-24, -1, -1,-15,  0,-11,-15,  4,-14, -7,  1, -4,  0,  1,  7, -1,-14,-21,-13, -2;
/M: SY='E';  M=  1, -3,-18,  2, 18,-21,-12,-11,-19, 15,-15, -3, -8,  6, 12,  9,  0,-10,-18,-17,-12, 14;
/M: SY='T';  M=  7,  4,-19,  4, -1,-19,-12,-11, -7,  1, -5, -2,  6, -8, -4,-15,  9, 12, -4,-36,-15, -3;
/M: SY='A';  M= 14, -2,-24, -2, -2,-20, -5,-15, -7, -2,-10, -4, -3, -6,  7, -8,  9, 11, -3,-28,-19, -1;
/M: SY='A';  M=  7, -4,-15, -4,  0,-13,-13,-16,  1,  0, -3,  1, -4,-14, -2, -6,  0,  2,  3,-28,-12, -2;
/M: SY='E';  M=  2, -2,-12, -3,  6,-16,-18,  2,-12, -2, -7, -5,  1, -4,  2,-12,  2,  2,-10,-32,-15,  5;
/M: SY='V';  M=  1,-13,-13,-17,-16,  2,-20,-19, 12,-13, 10,  2,-10,-22, -8,-14, -4, 11, 14,-21,  5,-12;
/M: SY='V';  M=  6,-10,-24,-13,-13, -3,-16,-14, 12, -5,  5,  8, -5,-22, -7, -7, -4,  6, 14,-26,  0,-13;
/M: SY='K';  M=  1, -5,-16, -6,  4, -6,-10,-13, -8,  5, -5,  0, -4, -9, -1, -5, -1, -5, -7,-20, -9,  1;
/M: SY='Q';  M=  5, -4,-20, -2,  1,-16,-10, -2,-12, -2, -9, -3, -4, -6,  8, -2,  0, -3,-10,-27,-14,  1;
/M: SY='L';  M=  2,-11,-11,-13,-11,  6,-17,-16, 14,-11, 17, 12,-12,-26,-12,-14,-11,  1, 12,-22,  5,-11;
/M: SY='L';  M= -5,-13, -8,-19,-15, 15,-22,-11, 13,-13, 20,  9,-10,-27,-16,-14,-11,  2, 11,-23, 11,-15;
/M: SY='E';  M= -1, -1,-14,  6, 19,-23,-15, -4,-19,  6, -8, -6, -9, -4, 13,  2, -4,-11,-18,-12, -7, 17;
/M: SY='A';  M=  8, -9,-13,-12,  0,-12,-11,-10,  0, -4, -3,  5, -6,-15,  8, -4, -3, -1, -3,-20,-13,  1;
/M: SY='F';  M= -1,-16,-23,-23,-18, 22,-16,-19, 13,-10, 14,  3,-11,-25,-10,-12, -8, -3, 13,-13,  8,-17;
/M: SY='A';  M=  4, -8,-14,-11, -5,  2,-15,-11,  0, -5,  0,  0, -4,-18,  0, -2, -1, -1,  0,-25, -7, -5;
/M: SY='Y';  M= -7,-16,-19,-15, -4, -2,-15,-10,  0, -3,  3,  1,-15,-14, -2, -3, -8, -7, -1, -1,  7, -5;
/I:         I=-5; MD=-17;
/M: SY='F';  M= -4,-13,-20,-16,-12, 15,-13,-13,  2, -3,  5,  2, -9,-19, -8, -1, -7, -7,  4, -8,  6,-13; D=-5;
/I:         I=-5; MD=-17;
/M: SY='H';  M= -7, -8,-19, -7, -1, -4, -3,  4, -9, -1, -3, -4, -7, -4,  0,  1, -5,-10, -9, -4,  2, -1; D=-5;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-17; IM=0; DM=-17;
/M: SY='G';  M= -4, -7,-33,-12,-11,-20, 33,-12,-14, -5,-16,-16, -7,  5, -8, -8, -4,-14,-24, -2,-17,-11;
/M: SY='M';  M=  0, -8,-15,-10, -5, -7,-14,-14,  2,  1, -2,  3, -5, -7, -5, -1, -5, -2,  1,-25, -7, -7;
/M: SY='P';  M= -5,-17,-27,-14, -3,-25, -7,  1, -9,  1,-16,-20,-19, 51, -6, -8,-10, -2,-17,-27,-14, -8;
/M: SY='K';  M= -1, -5,-19, -2, 12,-13,-17, -7,-11, 13, -7,  8, -7,  1,  3,  2, -4, -5,-11,-22, -4,  8;
/M: SY='T';  M=  5, -8,-21,-10, -4,-10,-17,-11,  2,  0, -2,  4, -6,-10, -1, -7,  2,  8,  5,-28, -5, -3;
/M: SY='I';  M= -5,-17,-14,-24,-20, 17,-21, -8, 29,-17, 25, 13,-13,-31,-21,-18,-15, -1, 21,-23, 14,-20;
/M: SY='H';  M= -8,-11,-30,-14, -9, -7,-18, 17,  2, -7,  2,  7, -5,-11, -3, -6, -7, -2, -1,-25,  6, -8;
/M: SY='T';  M=  5, -7,-19,-10,-12, -9,-13,-16, -3, -6, -4, -7, -2, -7, -6,-17, 16, 23,  3,-28, -8,-11;
/M: SY='D';  M=  0, 50,-30, 90, 10,-50,-10,-20,-40,  0,-10,-30, 10,-10,-10,-10,  0,-10,-20,-40,-10,  0;
/M: SY='N';  M=  0, 16,-16,  1, -2,-14, -9, -4, -9,  5,-18,  3, 39,-18, 12,  5, -4,  0,-20,-44,-25,  2;
/M: SY='G';  M=  0,  1,-34, -1, -9,-32, 50,-17,-15, -5,-17,-15, -2, -6,-10,-13, -2,-17,-27, -1,-24,-10;
/M: SY='P';  M=  0, -9,-27, -8,  0,-20, -3, -8,-17,  7,-18, -9, -9, 19,  0,  1,  6,  2,-17,-20,-14, -4;
/M: SY='E';  M= 10,  0, -9, -1, 12,-25, -8,-14, -8,  0,-10, -5,  1, -6, 12, -8, -1, -1,-10,-28,-23, 12;
/M: SY='F';  M=-20,-26,-33,-30,-27, 56,-26,-18,  2,-11, 23, -8,-21,-32,-21, -8,-14,-12, 11, 16, 42,-27;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-14; IM=0; DM=-14;
/M: SY='T';  M= -1, -8, -3,-13,-12, -4,-15,-21,  3, -9,  3, -1, -5,-14, -9,-15,  3, 14,  5,-22, -4,-11; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-14;
/M: SY='S';  M=  5,  4,-13, -2, -3,-12,  0,-11, -6, -1,-13, -7, 13,-15, -7,-12, 15,  9,-10,-28,-20, -7; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-14;
/M: SY='Q';  M=  4, -3,-24, -3,  1,-18, -8, -2,-12,  1,-11, -2, -1, -2, 10,  0,  4,  4,-12,-27,-11,  3;
/M: SY='Q';  M=  5, -3,-21, -2,  2,-18,-11,-10,-10,  3, -9,  0, -4, -4,  9,  4,  1,  0, -6,-26,-12,  3;
/M: SY='F';  M=-13,-23,-30,-31,-25, 37,-25, -6,  6,-11, 15, -2,-12,-27,-18,-12, -9, -5, 10, -3, 23,-25;
/M: SY='Q';  M=  8, -6,-16, -5, 10,-19,-10,-11, -9,  2, -8, -2, -8, -6, 21,  4, -1, -1,-10,-20,-12, 14;
/M: SY='Q';  M=  3,  5,-15, 10, 12,-22,-12, -9,-15,  4, -8, -5,  0, -9, 13,  2, -1, -5,-14,-23,-11, 12;
/M: SY='F';  M=-14,-24,-23,-29,-21, 33,-19,-21,  6,-12, 15, -3,-21,-30,-15, -8,-14,-11,  8, 18, 25,-20;
/M: SY='C';  M=  0,-10, 26,-15, -4, -5,-20,-23,  4,-13, 10,  5, -9,-22, -9,-16, -8,  1,  3,-28,-14, -6;
/M: SY='Q';  M=  1, -2,-18, -3,  6,-18,-14, -4,-11,  6,-12,  2,  1, -7,  9,  3, -2, -4,-12,-24,-13,  5;
/M: SY='Q';  M= -4, -8,-24, -1,  9,-13,-15,  1,-18,  4, -8, -5,-11, -6, 11,  6,  1, -6,-15, -8,  2,  8;
/M: SY='Y';  M=-12,-15,-24,-14, -7,  9,-18,  5, -1, -9, 13,  6,-17,-17, -8, -9,-11, -6, -2, -4, 22, -8;
/M: SY='G';  M= -1,  5,-32, -2, -6,-26, 42,-17,-13,  1,-19,-10,  8, -7,-10,-11, -1,-15,-27, -9,-25, -8;
/M: SY='I';  M= -1,-20,-20,-35,-29, 16,-16,-22, 43,-18, 19,  5, -5,-31,-21,-23, -9,  0, 33,-25,  1,-29;
/M: SY='E';  M=  2,  0,-17,  4, 13,-18,-14, -8,-14, 10, -9,  1, -4, -4,  9,  5, -1, -7,-13,-23,-10, 11;
/M: SY='H';  M= -8,-15,-28,-17, -8, -9,-18, 32,  0,-11,  2,  7,-11, -3, -8,-12,-10, -5, -6,-27,  3, -9;
/M: SY='T';  M= -1,-10,-23,-11, -4, -7,-14, -9,  1, -1,  0,  1, -8,-12, -3, -7,  2,  5,  2,-18,  2, -5;
/M: SY='F';  M= -3,-12,-17,-21,-17, 11,-22, -9,  1, -7,  9,  3, -4,-13,-11,-16, -3, 10,  3,-26,  4,-15;
/M: SY='C';  M=  1, -4, 11,-11, -5,-21,  3,-15, -8,-11,-11,-10,  1,-13,-10,-17,  9,  4,-11,-28,-30, -9;
/M: SY='V';  M=  2, -8,-17, -9, -8,-12,-14,-16,  2, -1, -5, -1, -5, -8, -2,  3,  0,  0,  5,-27,-11, -8;
/I:         I=-8; MD=-29;
/M: SY='P';  M= -1,-13,-26, -8,  3,-27, -9, -2,-18,  8,-20,-19,-17, 57,  0, -6, -4,  3,-21,-28,-16, -2; D=-8;
/I:         I=-8; MI=-29; MD=-29; IM=-29; DM=-29;
/M: SY='Y';  M=-16,-15,-39,-10,-12, -4,  6,  2,-12, -8,  0, -9,-18,-11, -2,  0, -9,-13,-11, 17, 22,-10; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-29;
/M: SY='N';  M= -3,  8,-19,  3, -5,-17,-13, 10,-11, -2,-12,  0, 18,-13, -3, -2,  1,  0,-12,-41,-16, -6;
/M: SY='P';  M= -5,-14,-14, -9,  7,-30,-11,  7,-22,  3,-23,-26,-18, 58, -3,-10,  1,  2,-28,-31,-23, -2;
/M: SY='Q';  M= -3,-13,-21,-10,  8,-16,-17, -8,-18, -1,-10, -8,-14, -7, 37, 16, -7, -4,-17,  6,  4, 17;
/M: SY='S';  M=  9,  6,-24,  9, -2,-23,  1,-13,-11, -4,-11,-11,  1, -8, -1,-12, 13, 10, -9,-30,-17, -4;
/M: SY='N';  M=  2,  9,-19,  1,  2,-13,-10,-12,-10,  8,-18,  0, 21,-13, 12,  8,  0,  0,-15,-34,-18,  3;
/M: SY='G';  M= 12,  0,-37, -7,-14,-27, 56,-27, -7, -7,-17,-11,  0,-10,-11,-17,  3,-11,-18, -8,-33,-14;
/M: SY='M';  M=  3, -9,-18, -9, -2,-10,-17,-14, -1,  5, -2,  8, -9,-11,  2,  4, -6, -1,  1,-23, -4, -2;
/M: SY='V';  M= 10,-12,-15,-16,-22,  0,-22,-24, 29,-14,  7,  4, -8,-33,-21,-13, -6,  8, 32,-34, -4,-22;
/M: SY='E';  M=  0,  0, 10, 10, 60,-40,-20,  0,-30, 20,-10,-10,-10, 10, 20,-10,  0,-20,-30,-10,-20, 50;
/M: SY='R';  M= -4, -9,-14, -6, -8,-10,-15,-12,-20,  5,-18, -3, -3,-14, 15, 46, -1,-15, -9,-16,-10, -4;
/M: SY='F';  M=  1,-15,-25,-24,-20, 19,-17,-15,  4, -4,  9,  4, -5,-21,-13,-13, -2,  5,  8,-21,  3,-19;
/M: SY='N';  M= -6,  5,-23,-11,-15, -1,-14, 16,  5, -9, -6,  4, 28,-24,-13,-15, -7, -2, -5,-41,-12,-15;
/M: SY='R';  M= -1, -7,-28, -6,  1,-20,  5, -7,-20,  7,-19, -4, -7, -4, 17, 23, -2,-14,-21, -9,-12,  4;
/M: SY='T';  M=  1, -4,-21, -6,-15, -8,-19,-16,  2,-10,  8,  1, -2, -9, -5,-21,  7, 27,  8,-31,  6,-10;
/M: SY='I';  M= -6,-15,-11,-21,-20, 18,-19,-16, 31,-19, 30, 12,-15,-31,-21,-20,-16,  0, 23,-20, 18,-20;
/M: SY='K';  M=  1,  0,-22, -2,  9,-13,-12,-14,-13, 21,-13, 12,  4, -4,  5,  9, -3, -7,-13,-25,-11,  6;
/M: SY='E';  M=  3,  5,-12, 11, 19,-26,-16, -6,-19,  6,-11, -7,  1, -5, 14,  2,  0, -6,-16,-25,-15, 17;
/M: SY='Y';  M= -8, -8,-21, -7,  1, -8,-13, -9, -6,  1, -1,  1, -7,-11,  0, -2, -7, -7, -6, -5,  5,  0;
/M: SY='I';  M= -5,-17, -4,-24,-18, 17,-20,-16, 20,-16, 19,  5,-12,-29,-19,-17,-11, -3, 16,-20,  6,-19;
/M: SY='R';  M= -4,-12,-19,-14, -9, -2,-15,-12, -2, -3,  0, -2,-10, -4,  2,  6, -6, -3, -1,-19,  0, -7;
/M: SY='K';  M= -1, -6,-11, -9,  1,-10,-16,-11, -4,  6, -8,  4, -2, -9, -5, -4,  1, -1, -4,-26,-10, -3;
/M: SY='L';  M= -5, -9,-23, -8, -6, -6, -6, -5, -2, -5,  6,  3,-12,-16, -2, -2,-10, -9, -4,-11,  6, -5;
/M: SY='M';  M= -3, -8,-17, -7, -3, -5,-15, -9, -1,  0,  4,  8, -9,-11, -4, -4, -5, -1, -1,-22,  3, -4;
/M: SY='R';  M= -4, -5,-16,  3,  1,-19,-11, -7,-16, -1, -9, -9,-12, -2,  1,  7, -2,-10,-12,-12, -7,  0;
/M: SY='F';  M= -5, -7,-22, -9,-10,  8, -7,-13, -8, -5,  2, -7, -6,-19, -9, -6, -4, -9, -7, -9,  1,-11;
/M: SY='E';  M=  0, -1,-13,  0,  2,-13,-11,-12,-12, -1, -6, -8, -1, -6, -1, -9,  2,  0, -9,-24,-11, -1;
/I:         I=-4; MD=-15;
/M: SY='D';  M= -1,  8,-18, 10,  1,-17, -2, -9,-12,  5,-12, -8,  5,  7, -4, -5,  1, -1,-13,-23,-12, -3; D=-4;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-15; IM=0; DM=-15;
/M: SY='L';  M= -1, -6, -8,-10, -5,  2,-12, -7,  3, -2,  4,  3, -2,-12, -6, -7, -3,  0,  2,-17, -2, -6; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-15;
/M: SY='E';  M=  7,  0,-16, -2,  8,-18, -9,-11, -9,  2, -8, -5,  2, -4,  8, -9,  5,  4,-10,-28,-16,  7;
/M: SY='E';  M=  0, -2,-22,  1,  6,-13,-14, -7,-13,  3, -5, -6, -4, -3,  1, -9,  0, -1, -9,-21, -5,  4;
/M: SY='W';  M= -9,-17,-18,-18,-11,  3,-10,-20, -1, -9,  2, -4,-20,-13, -8, -8, -9, -4, -2, 15, 10,-10;
/M: SY='N';  M=  2,  9,-17,  9,  7,-21, -7, -8,-12,  1,-11, -7, 11,-12,  8, -3, -2, -4,-15,-28,-15,  7;
/M: SY='E';  M=  2,  2,-15,  7, 13,-20,-15, -8,-15,  4, -7, -5, -2, -7,  7, -5,  0, -3,-12,-20, -9, 11;
/M: SY='A';  M=  9,-10,-20,-12, -1, -2,-13,-14,  3, -4,  1,  4,-10,-15,  4, -7, -4, -2,  3,-20, -7,  0;
/M: SY='I';  M= -2,-15,-12,-20,-19, 16,-20,-17, 26,-16, 25, 12,-14,-31,-20,-16,-13,  1, 22,-23, 15,-19;
/M: SY='Q';  M=  3,  0,-19,  2,  5,-17,-14,  1,-11,  0, -7, -2, -2, -3,  7, -2,  0,  0,-11,-30,-10,  5;
/M: SY='Y';  M= -8,-11,-25, -7, -4, -4,-16, -6, -7, -1,  3,  2,-14,-11,  0,  1, -5, -3, -3, -6, 13, -4;
/M: SY='W';  M=  1,-19,-26,-21,-15,  9, -9,-25,  7,-11,  2, -3,-18,-21, -9,-11, -7, -6, 10, 11,  4,-15;
/M: SY='L';  M=  0,-12,  1,-15, -5, -4,-21,-15, 12,-10, 13,  8,-11,-22, -7,-11,-10,  1,  9,-24,  0, -5;
/M: SY='Y';  M= -4, -4,-21, -2, -4,-10,-15, -9, -3, -6,  1, -4, -4,-16, -1, -9, -6, -4, -1,-13,  2, -4;
/M: SY='Q';  M= -1, -6,-15, -3, -3,-11,-16,-12, -7, -4, -3, -5, -8,-12,  3, -1,  1,  0, -3,-17, -4, -2;
/M: SY='Y';  M=-20,-19,-28,-13,-17, 19,-25, -5,  5,-14, 24,  1,-23,-24,-14, -9,-15, -5, 11,  5, 42,-17;
/M: SY='N';  M=  1, 32,-14,  7,-10,-10,  1,-11, -2,  0,-18,  0, 65,-27, -7,-15,  0,  7,-17,-60,-34,-10;
/M: SY='N';  M= -2,  3,-21, -4, -5, -6,-12, -5,-10,  0,-10, -2, 15,-14,  7,  3, -2, -1,-12,-30,-11, -2;
/M: SY='R';  M= -2,-10,-17,-11, -2, -9,-10,-16, -9,  3, -8,  0, -8, -9,  9, 11, -2, -4, -8,-12, -6,  0;
/M: SY='R';  M= -6,-12,-22,-11, -3, -7,-17,-10,-15,  6,-13, -8, -9,  8,  8, 20, -7,-10,-11,-16, -5, -2;
/I:         I=-7; MD=-25;
/M: SY='R';  M= -1, -9,-16, -9, -2, -7,-10, -6, -6,  3, -6, -2, -9, -1,  0,  7, -1, -5, -5,-16, -5, -3; D=-7;
/I:         I=-7; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25;
/M: SY='H';  M= -7,-10,-32,-10, -2,-18,-10, 40,-10, -5, -5, 10, -6,  0, -5, -8, -6, -8,-16,-30, -4, -4;
/M: SY='S';  M=  5, -2,-22,  1,  1,-19,  0,-13,-15,  3,-16,-11, -4, -2,  2,  4, 11,  0,-12,-22,-17, -2;
/I:         I=-9; MD=-32;
/M: SY='I';  M=  2, -7,-15,-11,-10, -5, -8,-12,  6, -7,  4,  3, -6,-13, -5, -8, -4,  4,  3,-19, -2, -8; D=-9;
/I:         I=-9; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='T';  M=  1, -2,-16, -9, -5,-14, -3, -8, -5, -5, -5, -3,  3, -6, -3,-16,  5,  8, -9,-29,-13, -4;
/M: SY='G';  M= -2,  0,-32, -5,-12,-16, 33,-23,-12, -4,-14,-13,  1,-12, -7, -7, -1,-12,-20, -1,-15,-11;
/M: SY='H';  M= -6,-11,-22,-10,  3,-10,-18,  9, -6,  2,  1,  8,-11, -5,  2,  0, -6, -6, -8,-18,  4,  2;
/M: SY='T';  M=  6, -3,-12, -9, -9,-16,-15,-17, -2, -5, -5, -4,  3, -5, -1,-14, 14, 24,  2,-37,-13, -7;
/M: SY='P';  M=-10,-20,-29,-10,  9,-37, -9,  7,-29,  9,-29,-38,-30, 99,  0, -8, -9, -1,-38,-23,-18, -1;
/M: SY='L';  M=  0,-12,-24,-12, -3, -2,-13, -8,  0, -2,  2,  1,-11,-11, -3, -9, -4, -3,  0,-11,  2, -5;
/M: SY='E';  M=  3,  3, -9,  9, 29,-26,-17, -2,-22,  9,-10, -8, -2, -1, 21, -1, -2,-11,-22,-20,-15, 27;
/M: SY='V';  M= -2,-16,-15,-18,-11,  6,-19,-16,  7, -4,  6,  4,-12,-22, -4,  6, -9, -9, 10,-16,  3,-10;
/M: SY='F';  M= -9,-19,-21,-23,-14, 18,-18, -7,  3,-11,  8,  0,-16,-25,-11, -6,-12,-11,  3,  4, 13,-13;
/M: SY='H';  M= -2, -8,-24,-11, -4,  0,-14,  1, -3, -4,  0,  1, -3,-11, -6,-12, -4, -5, -4,-19, -3, -6;
/M: SY='Q';  M= -1, -2,-24, -2, -1,-14, -3,-10,-11,  0,-10, -7,  0, -7,  8,  3, -1, -4,-13,-17, -7,  0;
/M: SY='Q';  M= -1, -5,-21, -5,  2,-16, -6,-10,-10,  3,-10, -5, -2, -1,  5,  3, -4, -6,-11,-19,-10,  2;
/M: SY='E';  M=  0, -5,-24, -3,  2,-14,-10, -4, -8,  2, -6, -2, -6,  0,  1, -5,  0,  0, -9,-23, -5,  0;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2025_03 which contains 573'661 sequence entries.

Total number of hits	290 in 290 different sequences
Number of true positive hits	290 in 290 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Eukaryotes, Prokaryotes (Bacteria), Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info]	1
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	N_Hulo
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	Integrase catalytic
Version [info]	6

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

290 sequences

ADPR_LACLL  (Q06715), COPIA_DROME (P04146), GIN1_BOVIN  (A4FUB7),

GIN1_HUMAN  (Q9NXP7), GIN1_MACFA  (Q4R6I1), GIN1_MOUSE  (Q8K259), 
GIN1_PONAB  (Q5RBK0), GIN1_RAT(Q66H30), IGEB_MOUSE  (P03975), 
IND10_ECOLI (P0CF62), IND11_ECOLI (P0CF63), IND12_ECOLI (P0CF64), 
INSD1_ECOLI (P0CF53), INSD2_ECOLI (P0CF54), INSD3_ECOLI (P0CF55), 
INSD4_ECOLI (P0CF56), INSD5_ECOLI (P0CF57), INSD6_ECOLI (P0CF58), 
INSD7_ECOLI (P0CF59), INSD8_ECOLI (P0CF60), INSD9_ECOLI (P0CF61), 
INSD_ECOLX  (P0C5W5), INSF1_ECOLI (P0CF79), INSF2_ECOLI (P0CF80), 
INSF3_ECOLI (P0CF81), INSF4_ECOLI (P0CF82), INSF5_ECOLI (P0CF83), 
INSF6_ECOLI (P0CF84), INSF7_ECOLI (Q9JMT3), INSF_ECO11  (P0CF85), 
INSI1_ECOLI (P0CF88), INSI3_ECOLI (P0CF89), INSI4_ECOLI (P0CF90), 
INSK_ECOLI  (P19769), INSO2_ECOLI (Q47718), INTG_SPV1C  (Q88419), 
INTG_SPV1R  (P15894), ISTA_PSEAI  (P15025), ISTA_SHISO  (P16944), 
KRBA2_HUMAN (Q6ZNG9), NYNRI_HUMAN (Q9P2P1), NYNRI_MOUSE (Q5DTZ0), 
PO113_HUMAN (P63132), POK10_HUMAN (P10266), POK11_HUMAN (Q9UQG0), 
POK18_HUMAN (Q9QC07), POK19_HUMAN (Q9WJR5), POK25_HUMAN (P63136), 
POK6_HUMAN  (Q9BXR3), POK7_HUMAN  (P63135), POK8_HUMAN  (P63133), 
POL1_CHICK  (P10399), POL2_DROME  (P20825), POL3_DROME  (P04323), 
POL4_DROME  (P10394), POL5_DROME  (Q8I7P9), POLR1_ARATH (Q94HW2), 
POLR2_ARATH (Q9ZT94), POLX_TOBAC  (P10978), POLY_DROME  (P10401), 
POL_ALV (Q7SQ98), POL_ALVA(Q04095), POL_AVIRE   (P03360), 
POL_BAEVM   (P10272), POL_BIV29   (P19560), POL_BLVAU   (P25059), 
POL_BLVJ(P03361), POL_CAEVC   (P33459), POL_EIAV9   (P11204), 
POL_EIAVC   (P32542), POL_EIAVY   (P03371), POL_FENV1   (P31792), 
POL_FFV (O93209), POL_FIVPE   (P16088), POL_FIVSD   (P19028), 
POL_FIVT2   (P31822), POL_FLV (P10273), POL_FOAMV   (P14350), 
POL_GALV(P21414), POL_HTL1A   (P03362), POL_HTL1C   (P14078), 
POL_HTL1L   (P0C211), POL_HTL32   (Q0R5R2), POL_HTL3P   (Q4U0X6), 
POL_HTLV2   (P03363), POL_HV190   (O93215), POL_HV192   (O12158), 
POL_HV193   (O89290), POL_HV196   (Q9QBY3), POL_HV197   (Q9QBZ9), 
POL_HV19N   (O41798), POL_HV1A2   (P03369), POL_HV1AN   (Q77373), 
POL_HV1B1   (P03366), POL_HV1B5   (P04587), POL_HV1B9   (Q73368), 
POL_HV1BR   (P03367), POL_HV1EL   (P04589), POL_HV1ET   (Q75002), 
POL_HV1H2   (P04585), POL_HV1JR   (P20875), POL_HV1LW   (P0C6F2), 
POL_HV1M2   (Q9QBZ1), POL_HV1MA   (P04588), POL_HV1MN   (P05961), 
POL_HV1MP   (Q9QBZ5), POL_HV1MV   (Q79666), POL_HV1N5   (P12497), 
POL_HV1ND   (P18802), POL_HV1OY   (P20892), POL_HV1RH   (P05959), 
POL_HV1S2   (Q9WC54), POL_HV1S9   (Q9WC63), POL_HV1SE   (O89940), 
POL_HV1U4   (P24740), POL_HV1V9   (Q9Q720), POL_HV1VI   (Q9QSR3), 
POL_HV1Y2   (P35963), POL_HV1YB   (Q9IDV9), POL_HV1YF   (O91080), 
POL_HV1Z2   (P12499), POL_HV1Z6   (P04586), POL_HV2BE   (P18096), 
POL_HV2CA   (P24107), POL_HV2D1   (P17757), POL_HV2D2   (P15833), 
POL_HV2EH   (Q89928), POL_HV2G1   (P18042), POL_HV2KR   (Q74120), 
POL_HV2NZ   (P05962), POL_HV2RO   (P04584), POL_HV2SB   (P12451), 
POL_HV2ST   (P20876), POL_HV2UC   (Q76634), POL_IPHA(P04026), 
POL_IPMA(P11368), POL_IPMAI   (P12894), POL_JEMBR   (Q82851), 
POL_JSRV(P31623), POL_KORV(Q9TTC1), POL_MLVAV   (P03356), 
POL_MLVBM   (Q7SVK7), POL_MLVCB   (P08361), POL_MLVF5   (P26810), 
POL_MLVFF   (P26809), POL_MLVFP   (P26808), POL_MLVMS   (P03355), 
POL_MLVRD   (P11227), POL_MLVRK   (P31795), POL_MMTVB   (P03365), 
POL_MMTVC   (P11283), POL_MPMV(P07572), POL_OMVVS   (P16901), 
POL_RSVP(P03354), POL_RSVSB   (O92956), POL_SFV1(P23074), 
POL_SFV3L   (P27401), POL_SFVCP   (Q87040), POL_SIVCZ   (P17283), 
POL_SIVEK   (Q1A249), POL_SIVG1   (Q02836), POL_SIVGB   (P22382), 
POL_SIVM1   (P05896), POL_SIVM2   (P05897), POL_SIVMB   (Q1A267), 
POL_SIVS4   (P12502), POL_SIVSP   (P19505), POL_SIVTN   (Q8AII1), 
POL_SIVV1   (P27973), POL_SIVVG   (P27980), POL_SIVVT   (P05895), 
POL_SMRVH   (P03364), POL_SRV1(P04025), POL_SRV2(P51517), 
POL_VILV(P03370), POL_VILV1   (P23426), POL_VILV2   (P23427), 
POL_VILVK   (P35956), POL_WDSV(O92815), POL_WMSV(P03359), 
POL_XMRV3   (Q2F7J3), POL_XMRV4   (Q2F7J0), POL_XMRV6   (A1Z651), 
SCND3_HUMAN (Q6R2W3), T1353_SHIFL (Q79CE8), T232_BACTB  (Q99335), 
T257_STAAU  (P14506), T341_ECOLX  (P11257), T408_BURM1  (Q51649), 
T431_STAA8  (P0C1L0), T431_STAAM  (P0A043), T431_STAAN  (P0A044), 
T431_STAAW  (P0A045), T629_SHISO  (P16942), T904_LACLA  (P35878), 
TF211_SCHPO (Q9UR07), TF212_SCHPO (P0CT41), TF21_SCHPO  (P0CT34), 
TF22_SCHPO  (P0CT35), TF23_SCHPO  (P0CT36), TF24_SCHPO  (P0CT37), 
TF25_SCHPO  (P0CT38), TF26_SCHPO  (P0CT39), TF27_SCHPO  (P0CT42), 
TF28_SCHPO  (P0CT43), TF29_SCHPO  (P0CT40), TNPA_BACFG  (Q45119), 
TNPA_BACFR  (Q64NF0), TNSB_ECOLX  (P13989), TRA1_STRSL  (P37245), 
TRA2_PSEFL  (Q51761), TRA2_STREE  (Q54513), TRA3_STAAU  (P18416), 
TRA4_BACFG  (P37247), TRA6_GEOSE  (Q45618), TRA6_PSEAI  (P0A134), 
TRA6_SHIFL  (P0A135), TRA8_CUPMC  (P37248), TRA9_MYCBO  (P59800), 
TRA9_MYCTA  (A5TY79), TRA9_MYCTO  (P9WKH8), TRA9_MYCTU  (P9WKH9), 
TRAT_AMIAI  (Q46087), TY1AB_YEASX (Q07163), Y1280_HAEIN (P44151), 
Y1721_HAEIN (O05086), Y3428_MYCTU (Q50700), Y4601_AGRFC (P0A3L3), 
Y4601_AGRT7 (P0A3L4), Y4BF_SINFN  (P55373), Y4BL_SINFN  (P55379), 
Y4JA_SINFN  (P55501), Y4RM_SINFN  (P55646), Y4UI_SINFN  (Q53201), 
YA11B_YEAST (O13527), YAGA_ECOLI  (P37007), YB11B_YEAST (Q12490), 
YB12B_YEAST (Q12193), YB21B_YEAST (Q12491), YC21B_YEAST (P25384), 
YD11B_YEAST (Q03855), YD12B_YEAST (Q99231), YD13B_YEAST (Q07793), 
YD14B_YEAST (P0C2I2), YD15B_YEAST (P0C2I3), YD21B_YEAST (Q12472), 
YD22B_YEAST (Q03494), YD23B_YEAST (Q07791), YE11B_YEAST (Q03612), 
YE12B_YEAST (Q03619), YF21B_YEAST (P0CX63), YG11B_YEAST (Q12141), 
YG12B_YEAST (Q12269), YG13B_YEAST (Q12316), YG21B_YEAST (Q12337), 
YG22B_YEAST (P0CX64), YG31B_YEAST (Q99315), YH11B_YEAST (O13535), 
YH41B_YEAST (P0C2J7), YI2A_ECOLX  (P51026), YI31B_YEAST (Q7LHG5), 
YI61_XANEU  (P25438), YI71_BURM1  (P24577), YIS2_SHISO  (P16940), 
YJ11B_YEAST (P47098), YJ12B_YEAST (P47100), YJ41B_YEAST (P47024), 
YL11B_YEAST (Q12088), YL12B_YEAST (P0C2I5), YL13B_YEAST (P0C2I6), 
YL14B_YEAST (P0C2I7), YL21B_YEAST (P0C2J3), YL22B_YEAST (P0C2J5), 
YM11B_YEAST (Q04711), YM12B_YEAST (Q03434), YM13B_YEAST (Q04214), 
YM14B_YEAST (Q04670), YMD3_CAEEL  (P34457), YN11B_YEAST (Q12112), 
YN12B_YEAST (Q99337), YO11B_YEAST (Q12273), YO12B_YEAST (Q92393), 
YO21B_YEAST (Q12113), YO22B_YEAST (Q12501), YP11B_YEAST (Q12414), 
YP12B_YEAST (P0C2I9), YP13B_YEAST (P0C2J0), YP14B_YEAST (P0C2J1), 
YP41B_YEAST (A0A0B7P3V8), YRD6_CAEEL  (Q09575)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

PDB
[Detailed view]

343 PDB

1A5V; 1A5W; 1A5X; 1ASU; 1ASV; 1ASW; 1B92; 1B9D; 1B9F; 1BHL; 1BI4; 1BIS;
» more