PROSITE entry PS50987

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

PURL [info]	https://purl.expasy.org/prosite/signature/PS50987
Entry name [info]	HTH_ARSR_2
Accession [info]	PS50987
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-MAY-2004 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC00661
Associated ProRule [info]	PRU00340

Name and characterization of the entry

Description [info]

ArsR-type HTH domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=95;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=90;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.5284152; R2=0.0144047; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=5880.1357422; R2=5.3587360; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 0.5%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=491; H_SCORE=8511; N_SCORE=9.6; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=276; H_SCORE=7359; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-20; I=-20; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='L';  M= -9,-26,-24,-29,-20,  1,-30,-21, 21,-25, 28, 17,-24,-13,-17,-21,-21, -6, 10,-22, -4,-20;
/M: SY='D';  M=  0,  8,-24,  9,  8,-26, -7, -6,-22,  4,-21,-10,  6, -7,  3, -3,  2, -5,-18,-29,-17,  5;
/I:         I=-6; MD=-29;
/M: SY='E';  M= -3,  3,-20,  2, 13,-19,-12,-10,-19, -2,-17,-14,  3, -4,  1, -6, 10, 12,-15,-29,-16,  7; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-29; MD=-29; IM=-29; DM=-29;
/M: SY='E';  M= -8,  1,-24,  4, 16,-16,-19, -5,-11, -2, -8, -1, -5,-11,  6, -7, -4, -6,-10,-25,-11, 11; D=-6;
/I:         I=-6; DM=-29;
/M: SY='B';  M=  0,  4,-20,  3,  4,-21,-14, -6,-17,  0,-14,-11,  3,-10,  0, -5,  4,  3,-12,-29,-13,  1;
/M: SY='L';  M=  1,-17,-20,-21,-12, -1,-22,-16,  3,-13,  7,  2,-15,-15,-12,-14, -8, -1,  2,-17, -1,-13;
/M: SY='Q';  M= -2,-10,-23,-12, -1,-11,-19, -9,-11,  2,-10, -3, -8,-10,  4,  0, -3, -3,-10,-19, -5,  1;
/M: SY='Q';  M= -3, -2,-22, -1,  4,-22,-10, -9,-18,  1,-12, -9, -2,-14,  5,  2,  2, -1,-15,-26,-14,  4;
/M: SY='V';  M= -3,-26,-18,-28,-23,  0,-27,-20, 22,-20, 14, 15,-24,-19,-20,-19,-14, -5, 25,-22, -2,-23;
/M: SY='A';  M= 19, -8,-15,-13, -4,-16,-11,-17, -6,-11, -8, -8, -6,-11, -7,-16, 11,  8, -1,-26,-15, -6;
/M: SY='Q';  M= -8,  5,-27,  8, 26,-31,-14,  0,-24,  6,-21,-11,  1, -7, 27,  2,  4, -2,-25,-26,-15, 27;
/M: SY='I';  M=-11,-25,-22,-31,-22, 16,-30,-21, 19,-21, 19, 14,-20,-23,-20,-18,-18, -4, 12,-15,  4,-22;
/M: SY='F';  M=-18,-30,-20,-38,-28, 63,-30,-20,  5,-30, 20,  5,-22,-30,-35,-20,-22,-10,  2,  3, 23,-28;
/M: SY='K';  M= -4, -1,-26, -1,  7,-29,-12,-10,-28, 33,-29,-11,  1,-10,  9, 19,  0, -5,-19,-23,-13,  8;
/M: SY='A';  M= 19,-16,-17,-22,-12, -9,-16,-21,  7,-15,  1, -1,-13,-16,-14,-20, -3, -4, 11,-22,-12,-14;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-21,-31,-21,  9,-31,-21, 22,-30, 48, 20,-29,-29,-20,-21,-29,-10, 11,-20,  0,-21;
/M: SY='A';  M= 27, -7,-14,-11, -8,-22, 13,-17,-19,-12,-20,-15, -1,-12, -8,-17, 18,  3, -9,-27,-22, -8;
/M: SY='D';  M=-18, 43,-29, 60, 18,-38,-11, -2,-38,  3,-29,-27, 17,-10,  0, -7,  0, -7,-28,-38,-19,  9;
/M: SY='P';  M= -5,  0,-28,  4, 17,-24,-16, -7,-21, -2,-22,-16, -2, 20,  4, -9,  1, -2,-23,-27,-16,  9;
/M: SY='T';  M= -3, 12,-16,  2, -3,-17,-11, -8,-17,  1,-22,-15, 19,-13, -3, -1, 16, 22,-13,-33,-15, -3;
/M: SY='R';  M=-18, -9,-28, -9,  0,-20,-18, -1,-29, 27,-21,-11,  1,-19,  9, 64, -6, -8,-19,-22,-11,  0;
/M: SY='L';  M= -3,-29,-19,-31,-23,  4,-30,-24, 26,-26, 31, 16,-27,-27,-22,-22,-21, -7, 22,-22, -4,-23;
/M: SY='R';  M=-11, -2,-29, -2,  8,-26, -4, -6,-28, 21,-23, -9,  1,-14,  7, 23, -6,-11,-22,-22,-15,  6;
/M: SY='I';  M= -5,-28,-27,-37,-27,  0,-35,-28, 41,-28, 22, 18,-21,-21,-19,-28,-19, -9, 24,-20, -2,-27;
/M: SY='L';  M= -2,-24,-16,-27,-21,  2,-25,-20, 17,-21, 24, 18,-24,-25,-18,-17,-15,  0, 19,-24, -5,-19;
/M: SY='Y';  M=-11, -5,-24, -4, -6,  1,-19, 12,-11,-10, -8, -7, -4,-21, -4, -9, -2, -1,-13, -8, 26, -8;
/M: SY='A';  M= 19,-16,-16,-21, -9, -7,-15,-17,  0,-15, 10,  1,-17,-18, -9,-17, -6, -5,  2,-20,-10, -9;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-21,-31,-21,  9,-31,-21, 22,-30, 48, 20,-29,-29,-20,-21,-29,-10, 12,-20,  0,-21;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='Q';  M=  4, -5,-19, -6,  5,-18,-12, -2,-16, -4,-15, -9, -1,-13, 10, -3, 10,  2,-14,-26,-11,  7;
/M: SY='E';  M=-12,  6,-15,  9, 13,-24,-18, -4,-22,  3,-16,-11,  2,-14,  6,  6, -2, -5,-17,-31,-16,  9;
/M: SY='G';  M= -4,  1,-25,  2,  2,-27, 16,-10,-31,  1,-27,-17,  5,-13, -1, -2,  6, -5,-23,-27,-21,  0;
/M: SY='E';  M=-10,  5,-31, 15, 49,-30,-20, -3,-29, 10,-22,-19, -3, 12, 15, -1, -2,-10,-29,-29,-21, 31;
/M: SY='L';  M= -6,-24,-19,-26,-17,  6,-26,-13, 13,-25, 35, 15,-24,-26,-16,-17,-21, -5,  6,-19,  2,-17;
/M: SY='C';  M= -5,-16, 84,-24,-23,-20,-25,-26,-26,-25,-20,-19,-15,-26,-24,-26, -2, -2,-10,-45,-27,-24;
/M: SY='V';  M=  3,-29,-12,-30,-29, -1,-29,-29, 29,-20,  9,  9,-28,-28,-28,-21, -9, -1, 45,-28,-10,-29;
/M: SY='C';  M= -6,-11, 72,-20,-22,-20,-14,-23,-28,-23,-22,-19, -7,-31,-22,-23,  0, -3,-13,-44,-27,-22;
/M: SY='D';  M=-19, 43,-30, 61, 19,-38, -8,  5,-39, -1,-29,-28, 18,-10,  1, -9, -1,-11,-30,-38,-18, 10;
/M: SY='I';  M= -9,-30,-23,-34,-25,  5,-34,-25, 34,-29, 33, 19,-26,-26,-21,-24,-24, -9, 23,-21, -1,-25;
/M: SY='A';  M= 31,-12,  0,-21,-13,-16, -8,-19, -8,-13, -5, -4,-11,-15,-11,-19,  5,  2,  0,-24,-17,-12;
/M: SY='E';  M=  0,  8,-22,  4, 15,-22,-13,  5,-20,  1,-18,-12, 11,-11,  7, -2,  4,  1,-20,-29,-14, 10;
/M: SY='I';  M=  3,-16,-23,-22,-10,-11,-24,-12, 11,-15,  6,  5,-13,-17, -7,-16, -9, -6,  7,-22, -6,-11;
/M: SY='L';  M=-10,-28,-22,-33,-25, 14,-32,-23, 26,-28, 29, 17,-24,-26,-22,-22,-22, -7, 17,-17,  3,-24;
/M: SY='G';  M= -6,  8,-28, 10, 11,-30, 12, -7,-32,  4,-26,-18,  7,-12,  3, -3,  0,-11,-27,-26,-21,  7;
/M: SY='M';  M= -1,-22,-14,-27,-19,  3,-23,-17, 12,-18, 10, 15,-19,-22,-12,-17,-11, -6, 12,-20, -4,-15;
/M: SY='S';  M=  5,  1,-12, -2,  0,-17, -7,-11,-17, -9,-22,-16,  8,-11, -2, -9, 29, 24, -9,-36,-17, -1;
/M: SY='Q';  M= -6, -3,-25, -3, 16,-28,-21, -3,-13,  6,-14, -4, -5,-11, 26,  2, -1, -4,-13,-24,-12, 21;
/M: SY='S';  M= 17, -7,-16, -8, -5,-22,  2,-16,-18,-11,-24,-17, -1,  5, -6,-15, 20,  8,-12,-31,-22, -6;
/M: SY='A';  M= 14,  5,-15, -6, -5,-18, -9,-12,-15,  1,-17,-12,  9,-12, -5, -5, 10, 14, -9,-27,-15, -5;
/M: SY='V';  M=  7,-23,-13,-26,-23, -3,-24,-26, 18,-19, 10,  6,-22,-23,-22,-19, -6,  4, 29,-26,-10,-23;
/M: SY='S';  M=  9, -1, -5, -1, -1,-20, -1,-11,-20,-11,-30,-20,  9,-11, -1,-11, 38, 19,-10,-40,-20, -1;
/M: SY='H';  M=-19, -4,-29, -4, -3,-15,-21, 79,-24, -7,-16,  4,  5,-21,  8,  5,-11,-18,-25,-25, 19, -2;
/M: SY='H';  M=-13,  0,-28,  0,  9,-29,-18, 53,-25, -1,-21, -2,  6,-15, 31,  3, -2,-13,-28,-27,  4, 17;
/M: SY='L';  M=-10,-29,-20,-30,-20,  9,-29,-19, 20,-29, 48, 23,-29,-29,-19,-19,-29,-10, 10,-20,  0,-19;
/M: SY='R';  M=-11, -5,-28, -7,  2,-23,-17, -4,-28, 30,-22,-11,  2,-16,  8, 48, -7, -9,-19,-21,-11,  2;
/M: SY='L';  M= -7,-17,-20,-21,-16,  5,-23,-12,  7,-15,  8,  7,-11,-21,-14,-13, -8, -2,  5,-22, -1,-15;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='R';  M=-14, -8,-28, -7,  4,-19,-22, -3,-22, 25,-16, -7, -4,-17,  5, 35,-11,-10,-14,-20, -6,  2;
/M: SY='B';  M= -5, 19,-23, 18, 15,-27,-10, -2,-25,  8,-25,-18, 18,-11,  6,  1,  6, -1,-23,-32,-17, 10;
/M: SY='L';  M= -4,-12,-20,-16,-10, -9,-15, -9,  2,-14, 11, 10, -8,-21, -2,-11, -9, -6, -2,-25, -9, -6;
/M: SY='G';  M= -8, -5,-29, -5, -5,-26, 26, -4,-34,  1,-26,-16,  4,-18, -5, 11, -3,-15,-27,-22,-20, -7;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-21,-33,-24, 13,-32,-23, 26,-29, 37, 18,-27,-28,-22,-22,-25, -9, 17,-18,  2,-24;
/M: SY='V';  M=  6,-27,-12,-29,-26, -2,-26,-28, 24,-20, 11,  8,-26,-26,-25,-21, -9, -1, 38,-27,-10,-26;
/M: SY='K';  M= -5,  0,-21, -2, -1,-19,-16,-10,-17, 13,-16, -9,  2,-15, -1, 11,  1,  3,-10,-27,-12, -1;
/M: SY='Y';  M= -8, -6,-24, -7, -8,  3,-14,  0,-16, -2,-14, -9, -5,-19, -8, -3, -3, -2,-13, -8, 16, -9;
/M: SY='R';  M=-17, -6,-28, -4,  3,-21,-20,  2,-26, 22,-19,-10, -1,-18,  7, 48, -9,-10,-16,-23,-10,  1;
/M: SY='K';  M=-12, -3,-29, -3,  6,-26,-20, -8,-29, 41,-26,-10,  0,-13,  9, 38, -8, -6,-19,-21,-10,  6;
/M: SY='E';  M= -7,  9,-28, 15, 27,-32,-10, -2,-26,  6,-21,-15,  3, -8, 18, -1,  0,-10,-25,-28,-18, 23;
/M: SY='G';  M= -1, -8,-30, -8,-14,-30, 63,-18,-39,-18,-29,-20,  0,-18,-17,-18,  0,-19,-30,-21,-29,-15;
/M: SY='R';  M=-12,  0,-26, -3,  4,-24,-19, -6,-26, 29,-23,-10,  4,-14,  9, 34, -4, -1,-18,-23,-11,  5;
/M:         M= -8,-14,-24,-16,-11, -7,-19, -8, -7, -8, -2, -3,-10,-22, -9, -7,-10, -5, -7, -1, -1,-10;
/M: SY='V';  M=  0,-19,-15,-23,-22, -6,-24,-14, 18,-17,  3,  8,-14,-24,-19,-17, -6, -2, 26,-29, -8,-21;
/M: SY='Y';  M=-18,-22,-27,-24,-21, 27,-29, 12,  2,-16,  3,  4,-19,-28,-15,-13,-20,-11, -4, 17, 51,-20;
/M: SY='Y';  M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20,  0,-10,  0,  0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20;
/M: SY='S';  M= -3,  0,-19,  1,  6,-18,-10, -5,-21,  0,-22,-12,  4,-12,  8,  6, 16,  5,-15,-30,-14,  6;
/M: SY='L';  M= -5,-27,-21,-28,-17,  4,-27,-19, 16,-26, 38, 15,-26,-23,-15,-19,-24, -9,  7,-20, -3,-17;
/M: SY='B';  M=  2, 11,-21, 11,  2,-22, -9, -2,-19, -1,-20,-14,  8,-14, -1, -7,  4, -4,-14,-28,-11,  0;
/M: SY='D';  M=-18, 39,-30, 53, 15,-36,-11,  6,-36, -2,-29,-26, 20, -3,  0, -9, -1,-10,-30,-38,-18,  7;
/I:         I=-6; MD=-32;
/M: SY='E';  M= -6,  9,-24, 11, 16,-22, -8, -2,-18, -3,-17,-14,  8, -9,  2, -8,  2, -4,-18,-28,-15,  9; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='H';  M=-19, -4,-29, -5,  0, -9,-22, 65,-24, -7,-16, -1,  4,-19,  4,  1,-11,-17,-23,-24, 15, -2;
/M: SY='V';  M= -3,-28,-16,-30,-27, -1,-30,-28, 31,-23, 13, 11,-24,-26,-24,-22,-10, -2, 37,-27, -7,-27;
/M:         M= -3, -6,-23, -7, -4,-16,-15,-12,-10, -3, -6, -5, -5, -8, -5,  0, -4, -3, -8,-26,-13, -6;
/M: SY='Q';  M= -4,  7,-24,  5,  5,-24,-10, -5,-17, -2,-18,-11,  8,-13,  9, -5,  4,  1,-17,-26,-12,  7;
/M: SY='L';  M=-11,-27,-26,-30,-20,  2,-30,-21, 17,-19, 25, 15,-24,-25,-16,-14,-25,-11,  9, -6,  1,-19;
/M: SY='L';  M= -7,-17,-22,-20,-18,  5,-25,-11, 12,-19, 16, 12,-17,-24,-15,-17,-17, -8,  6,-14,  9,-17;
/M: SY='Q';  M= -2, -2,-24, -3,  8,-24,-17, -6,-15,  6,-15, -4, -2,-11, 13,  6,  1, -3,-13,-25,-13, 10;
/M: SY='Q';  M= -1, -3,-23, -6,  7,-20,-17, -6, -9, -2, -6, -2, -1,-14, 10, -5, -2, -5,-12,-25,-12,  8;
/M: SY='A';  M= 15,-15,-18,-20,-11,-13, -9,-20,  1,-11,  0,  0,-14,-17,-12,-15, -5, -6,  5,-22,-14,-12;
/M: SY='I';  M= -6,-22,-22,-26,-20,  4,-28,-21, 18,-20, 18,  9,-17,-24,-18,-15,-17, -8, 14,-20, -3,-21;
/M: SY='D';  M=-11,  3,-17,  6,  5,-18,-20,  1,-15, -3,-11, -9, -1,-17, -2, -5, -8, -9,-12,-27, -6,  0;
/M: SY='H';  M=-17, -1,-19, -4, -3,-15,-21, 61,-21,-11,-16, -2,  8,-21,  5, -4, -9,-16,-23,-29, 10, -2;
/M: SY='A';  M=  4, -3,-20, -8, -8,-13,-12,-14, -6, -6, -7, -5, -1,-17, -7,-10, -2, -3, -4,-24,-11, -8;
/M: SY='E';  M=-12, -1,-27, -2,  6,-14,-19, -3,-19,  5,-14,-10,  0,-15,  5,  5, -6, -4,-19, -9, -5,  6;
/M: SY='E';  M=-11, -2,-28,  2, 20,-19,-17, 15,-19, -1,-13, -9, -1,-12,  7,  1, -4,-10,-20,-26, -5, 12;
/M: SY='A';  M=  2, -8, -9, -8,-10,-18,-10,-12,-11, -8,-12, -8, -7,-14,-12,-12, -1, -4, -1,-30,-16,-12;
/M: SY='K';  M= -8,  4,-27,  5, 10,-27,-13,  1,-25, 15,-20,-10,  3,-12, 12, 10, -4, -7,-21,-25,-11, 10;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2025_02 which contains 573'230 sequence entries.

Total number of hits	53 in 53 different sequences
Number of true positive hits	51 in 51 different sequences
Number of 'unknown' hits	2 in 2 different sequences
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	2
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	96.23 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Archaea, Prokaryotes (Bacteria), Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info]	1
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	window20
Author [info]	PS_Langendijk_Genevaux
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	HTH arsR-type
Version [info]	5

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences	51 sequences ARSR1_ECOLX (P15905), ARSR1_PSEPK (Q88LK1), ARSR2_ECOLX (P52144), » more Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits: [Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color] [Clustal format, plain text] [Fasta format] Retrieve the sequence logo from the alignment
UniProtKB/Swiss-Prot False negative sequences	2 sequences Y229_METJA (Q57682), Y361_METJA (Q57807)
UniProtKB/Swiss-Prot 'Unknown' sequences	2 sequences RIFK_CENSY (A0RTV6), Y529_ARCFU (O29721)
PDB [Detailed view]	15 PDB 1KU9; 1R1T; 1R22; 1R23; 1SMT; 1U2W; 2JSC; 2ZKZ; 3CUO; 3F72; 3PQJ; 3PQK; 4K2E; 4OOI; 6JMI » more