PROSITE entry PS50982

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	MBD
Accession [info]	PS50982
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-APR-2004 CREATED; 01-OCT-2013 DATA UPDATE; 27-MAR-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC50982
Associated ProRule [info]	PRU00338

Name and characterization of the entry

Description [info]

Methyl-CpG-binding domain (MBD) profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=72;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=1; N2=72;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=3.0709381; R2=0.0165134; TEXT='NScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=360; N_SCORE=9.0; MODE=1; TEXT='R';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=148; N_SCORE=5.5; MODE=1; TEXT='RR';
/DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M:         M= -9,-11,-26,-11,-12, -7,-18,-14, -3,-10, -2,  0,-12,-21,-11,-10,-13, -9, -2, -4, -2,-12;
/M: SY='A';  M=  2, -3,-18, -5,  1,-19,-15, -7,-14, -1,-13, -9, -3,-13, -3, -1,  0, -2, -8,-26,-12, -2;
/M: SY='N';  M= -7,  2,-24,  0,  2,-16,-13, -8,-12, -3,-12, -9,  5,-15, -3, -1, -1, -2,-11,-27,-12, -1;
/M:         M= -4, -5,-24, -3, -4,-16,-12,-13, -9, -5, -7, -6, -8,-11, -9, -9, -7, -6, -5,-24,-10, -7;
/M: SY='K';  M= -5, -3,-22, -4,  3,-20,-13, -7,-19,  4,-18,-10, -2,-12,  1,  3, -1, -3,-15,-17,-11,  1;
/M: SY='P';  M= -8, -8,-26, -4,  7,-14,-17,-10,-16, -5,-15,-10, -9,  9, -3, -6, -2, -3,-15,-23,-13,  1;
/M: SY='N';  M= -8,  2,-21,  0, -5,-13,-13, -8,-11, -7, -7, -7,  3,-16, -7, -6, -5, -4,-11,-25, -9, -6;
/M:         M= -7, -7,-11, -6, -4,-21,-15, -2,-18, -9,-15,-11, -6, -3, -7, -7, -8,-11,-16,-26,-14, -8;
/M:         M= -5, -9,-25, -9, -5,-15, -8,-13,-13, -9,-11, -7, -8, -2, -8,-10, -5, -5,-11,-20,-14, -7;
/M: SY='P';  M= -5,-16,-29,-15, -8,-18, -8,-16,-20, -5,-21,-14,-13,  9, -6, -4, -8,-10,-20,  1,-11, -9;
/M: SY='L';  M= -5,-27,-20,-28,-19,  4,-27,-21, 15,-26, 34, 14,-26,-19,-19,-20,-23, -7,  9,-21, -4,-19;
/M: SY='P';  M= -8,-16,-36, -9,  2,-26,-16,-17,-17,-10,-21,-14,-17, 59, -7,-17, -9,-10,-25,-28,-25, -6;
/M: SY='E';  M= -8, -1,-21,  3,  4,-23,-16, -4,-21,  2,-19,-13, -4,  0,  1, -2, -4, -7,-18,-25,-10,  1;
/M: SY='G';  M= -1, -7,-29, -5,-15,-30, 58,-18,-39,-16,-30,-20,  1,-17,-17,-17,  1,-18,-29,-22,-28,-16;
/M: SY='W';  M=-19,-38,-44,-39,-29, 12,-21,-29,-19,-20,-18,-19,-38,-28,-21,-20,-37,-27,-27,133, 27,-20;
/M: SY='R';  M= -9, -9,-26,-11,  2,-19,-23, -8, -8,  7,-10, -3, -6,-14,  7, 11, -6, -4, -7,-23, -9,  2;
/M: SY='R';  M=-14,-12,-26,-13, -4,-15,-22, -8,-15, 21,-13, -1, -6,-19,  2, 37,-11, -8, -7,-21, -8, -4;
/M: SY='E';  M=-10, -2,-25,  2, 23,-20,-21, -1,-16,  4, -8, -5, -6,-11,  9,  1, -6, -9,-15,-27,-12, 16;
/M: SY='V';  M= -8,-15,-20,-17, -8,  0,-26,-16,  8,-14,  7,  4,-15,-20,-13,-13, -9,  0, 10,-22, -3,-11;
/M: SY='R';  M=-10,-14,-21,-15,-10, -6,-23, -7, -5,  4, -8, -2,-11,-22, -7, 13, -9, -5,  2,-16,  4,-11;
/M: SY='I';  M= -7,-18,-24,-22,-12, -5,-24,-14,  5,-13, -1,  2,-13, -5, -6,-11,-10, -7,  0,-20, -6,-11;
/M: SY='R';  M=-12, -7,-25, -9, -3,-22, -7, -5,-28, 17,-21,-10,  1,-17,  4, 37, -6, -8,-20,-22,-14, -3;
/I:         I=-4; MD=-9;
/M: SY='K';  M= -7, -1,-21, -3,  0,-19, -4, -7,-21, 16,-19, -9,  3, -9,  1, 16, -2, -5,-15,-18,-11,  0; D=-4;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-9; IM=0; DM=-9;
/M: SY='G';  M= -2, -5,-15, -7, -6,-14, 12,-10,-17, -6,-16,-10,  1,-14, -8, -7,  1, -7,-12,-19,-14, -7; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-9;
/M: SY='G';  M=  0,  0,-17, -3, -5,-16,  6, -9,-17, -4,-13,-10,  5,-13, -5, -4,  4,  1,-13,-22,-14, -5; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-9;
/M: SY='N';  M= -5,  7,-20,  5, -4,-19,  7, -2,-23, -6,-22,-14, 11,-15, -4, -4,  8,  0,-18,-28,-15, -4; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-9;
/M: SY='A';  M=  2, -5,-15, -9, -6,-15, -6, -8,-15, -3,-13, -7, -2,-14, -4, -3,  0, -1,-10,-21, -9, -6; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-9;
/M: SY='G';  M= -6,-10,-25,-12,-14,-15,  9,-13,-13, -9,-12, -5, -5,-19,-11, -8, -5, -8,-10,-15,-11,-13; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-9;
/M: SY='R';  M=-10, -6,-26, -8,  0,-15,-17, -4,-21, 20,-18, -6, -3,-13,  6, 21, -7, -6,-15,-18, -5,  2; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-9;
/M: SY='M';  M= -1,-15,-20,-18,-14, -5, -8,-15, -4, -9, -6,  1,-10,-16,-11, -8, -4, -4, -1,-17, -6,-13; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-9;
/M: SY='D';  M=-15, 27,-23, 38, 19,-28,-14,  4,-32, -1,-24,-22, 10,-12,  2, -8, -2,-10,-26,-31,-10,  9;
/M: SY='V';  M= -3,-20,-18,-22,-18, -7,-26,-22, 10, -8, -1,  3,-18,-15,-16, -6, -7,  2, 20,-26,-10,-18;
/M: SY='Y';  M=-11,-21,-25,-23,-18, 19,-27,  0,  3,-15,  3,  1,-18,-26,-15,-13,-14, -7, -1,  8, 36,-18;
/M: SY='Y';  M=-19,-22,-27,-24,-21, 33,-30,  9,  2,-13,  4,  1,-20,-30,-15,-11,-20,-10, -5, 20, 62,-21;
/M: SY='Y';  M=-10,-20,-20,-25,-20,  8,-30,-12, 12,-13,  3,  4,-16,-23,-16,-13,-12, -2, 12,-11, 15,-20;
/M: SY='S';  M=  5,  2,-14,  2,  1,-19, -5,-10,-19, -8,-19,-15,  3,-10, -3,-10, 14,  6,-13,-31,-15, -2;
/M: SY='P';  M=-10,-20,-39,-11, -1,-27,-20,-19,-20, -9,-29,-19,-19, 83,-10,-17,-10,-10,-29,-29,-28,-10;
/M: SY='T';  M= -2, -5,  5, -9,-10,-19,-13,-17,-14,-11,-17,-12, -2,-14, -9,-12,  7,  8, -6,-34,-18,-10;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-12; IM=0; DM=-12;
/M: SY='G';  M= -2, -8,-29, -9,-16,-27, 54,-16,-35,-16,-27,-16,  1,-19,-16,-14,  0,-16,-26,-21,-26,-16;
/M: SY='K';  M=-10, -4,-26, -4,  4,-17,-20, -4,-18, 19,-15, -6, -2,-15,  4, 17, -8, -6,-14,-19, -2,  3;
/M: SY='K';  M= -6, -5,-21, -6,  4,-22,-19,-10,-20, 17,-19, -9, -2,-12,  4, 17, -2, -2,-12,-25,-13,  3;
/M: SY='F';  M=-12,-27,-21,-33,-24, 36,-29,-20, 13,-28, 24, 11,-22,-27,-27,-21,-22,-10,  7, -8, 12,-24;
/M: SY='R';  M=-13, -7,-26, -7,  2,-17,-18, -1,-25, 18,-19,-10,  0,-16,  7, 38, -2, -2,-17,-23, -8,  2;
/M: SY='S';  M=  3,  1,-10, -3, -2,-20, -5, -9,-18, -8,-24,-14,  8,-12,  2, -7, 25, 17,-12,-35,-17,  0;
/M: SY='K';  M=-10,-11,-20,-14, -5,-10,-23,-10,-11, 12, -7,  1, -8,-18, -1, 12,-12, -7, -8,-19, -4, -4;
/M: SY='P';  M= -5, -5,-26, -4,  3,-21,-14, -9,-16,  2,-19,-10, -3,  4,  0, -1, -1, -5,-13,-27,-16,  0;
/M: SY='E';  M= -7, 11,-27, 18, 33,-32,-15,  1,-27,  5,-23,-16,  4, -4, 23, -1,  5, -6,-27,-30,-18, 28;
/M: SY='V';  M= -2,-26,-17,-28,-24,  0,-28,-25, 22,-22, 18, 11,-26,-24,-23,-20,-15, -4, 27,-21, -6,-24;
/M: SY='A';  M=  3,-11,-20,-13, -4,-11,-19,-10, -2, -9,  0,  0,-10,-16, -5,-11, -4, -3, -1,-24, -8, -5;
/M: SY='R';  M= -7, -7,-23, -8, -1,-18,-18, -2,-18,  9,-12, -7, -3,-15,  5, 20, -6, -6,-15,-22, -8,  0;
/M: SY='Y';  M=-18,-20,-29,-21,-19, 27,-27, 14, -1,-11, -1,  0,-18,-28,-11,-11,-18,-11, -9, 20, 62,-19;
/M: SY='L';  M= -9,-28,-20,-29,-21,  7,-28,-21, 20,-28, 37, 16,-27,-26,-20,-20,-24, -8, 13,-21, -2,-21;
/M: SY='E';  M= -6, -1,-26, -1,  7,-17, -4, -5,-22,  0,-15,-11,  0,-14,  2, -1, -3, -9,-19,-23,-12,  4;
/M: SY='S';  M=  0,  0,-21, -2,  6,-19,-10, -6,-19,  0,-19,-13,  2,-10,  1, -3,  7,  3,-14,-24,-13,  3;
/M: SY='N';  M= -2,  1,-17, -4, -4,-19, -1, -2,-17,-10,-17, -9,  7,-16, -3,-10,  5,  1,-14,-29,-14, -4;
/M:         M= -8,-10,-23,-11, -6,-16, -6,-14,-13, -5,-12, -4, -8, -1, -7, -7, -7, -8,-11,-25,-15, -8;
/M: SY='D';  M= -9,  6,-18,  9,  2,-21,-12,-12,-13, -9,-14,-12,  2,-12, -7,-13, -1, -5,-10,-32,-17, -3;
/M:         M= -8, -5,-16, -7, -5,-12,-13, -5,-12, -8, -8, -6, -3,-16, -5, -8, -2,  0,-11,-25, -6, -6;
/M:         M= -8, -9,-23,-10, -5,-11,-15, -9,-13, -2,-13, -8, -4, -6, -6,  0, -2, -2,-11,-23, -7, -7;
/I:         I=-7; MD=-15;
/M:         M= -6,-10, -7,-13,-10, -2,-18,-10, -7,-11, -3, -5, -8,-19,-12, -8, -6, -3, -4,-21, -3,-12; D=-7;
/I:         I=-7; MD=-15;
/M:         M=  0, -3,-18, -3, -3,-12,-10,-11,-10, -4, -9, -7, -4,-10, -5, -5,  0, -1, -6,-21,-10, -4; D=-7;
/I:         I=-7; MD=-15;
/M:         M= -6, -5,-16, -5, -2,-11,-12, -9, -9, -5, -7, -6, -4, -8, -5, -3, -2, -1, -6,-21, -9, -4; D=-7;
/I:         I=-7; MD=-15;
/M: SY='E';  M= -6, -1,-13,  0,  2,-13,-14, -8, -6, -1, -7, -4, -2, -9, -2, -3, -3, -4, -4,-21, -9,  0; D=-7;
/I:         I=-7; MI=0; MD=-15; IM=0; DM=-15;
/M: SY='N';  M= -4,  9,-19,  8,  6,-19,-10,  6,-15, -4,-14, -8, 10,-12,  4, -5,  3, -4,-14,-28,-11,  5; D=-7;
/I:         I=-7; DM=-15;
/M: SY='F';  M=-15,-24, -7,-31,-24, 46,-24,-16, -6,-24,  2, -2,-17,-26,-30,-18,-15, -9, -4, -2, 18,-24;
/M: SY='D';  M= -8, 25,-19, 33,  9,-28,-10, -4,-27, -4,-24,-22, 14,-13, -1,-10,  7, -3,-20,-35,-16,  4;
/M: SY='F';  M=-13,-22,-22,-30,-23, 39,-22,-17, -2,-23,  4, -2,-14,-26,-26,-16,-14, -7, -3,  5, 14,-22;
/M: SY='R';  M= -6,  3,-19,  1,  2,-22, -8, -4,-25,  4,-22,-14,  6,-13,  3, 10,  5,  2,-19,-28,-14,  1;
/M: SY='T';  M=  0, -7,-18,-10, -7,-16,-18,-16, -7, -8,-12, -8, -5,  0, -6, -9,  6, 12, -4,-29,-15, -8;
/M: SY='D';  M= -7,  2,-28,  5,  1,-25,  4, -4,-27, -4,-22,-15,  1, -4, -2, -5, -1, -9,-23,-25,-14, -2;
/M: SY='K';  M= -5, -4,-23, -5, -3,-18,-15, -7,-12,  4,-10, -4, -4,-16, -3,  3, -6, -6, -6,-26,-11, -4;
/M: SY='P';  M= -6, -9,-24,-12, -8,-14,-19,-10, -6, -4,-10, -1, -5,  1, -5, -4, -3,  0, -6,-26,-11, -8;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_02 which contains 571'282 sequence entries.

Total number of hits	47 in 45 different sequences
Number of true positive hits	47 in 45 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	4
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	92.16 %

Comments [info]

Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	CJA_Sigrist
Taxonomic range [info]	Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info]	3
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	MBD
Version [info]	4

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

45 sequences

BAZ2A_HUMAN (Q9UIF9), BAZ2A_MOUSE (Q91YE5), BAZ2A_XENLA (B7ZS37),

BAZ2B_CHICK (Q9DE13), BAZ2B_HUMAN (Q9UIF8), BAZ2B_MOUSE (A2AUY4), 
BAZ2_CAEEL  (Q23590), MBD10_ARATH (Q9XI36), MBD11_ARATH (Q9LW00), 
MBD12_ARATH (Q9FZP6), MBD13_ARATH (Q9LTJ8), MBD1_ARATH  (Q5XEN5), 
MBD1_HUMAN  (Q9UIS9), MBD1_MOUSE  (Q9Z2E2), MBD2_ARATH  (Q8LA53), 
MBD2_HUMAN  (Q9UBB5), MBD2_MOUSE  (Q9Z2E1), MBD3_ARATH  (Q4PSK1), 
MBD3_HUMAN  (O95983), MBD3_MOUSE  (Q9Z2D8), MBD4_ARATH  (Q9LYB9), 
MBD4_HUMAN  (O95243), MBD4_MOUSE  (Q9Z2D7), MBD5_ARATH  (Q9SNC0), 
MBD5_HUMAN  (Q9P267), MBD5_MOUSE  (B1AYB6), MBD6_ARATH  (Q9LTJ1), 
MBD6_HUMAN  (Q96DN6), MBD6_MOUSE  (Q3TY92), MBD7_ARATH  (Q9FJF4), 
MBD8_ARATH  (Q9LME6), MBD9_ARATH  (Q9SGH2), MECP2_HUMAN (P51608), 
MECP2_MACFA (Q95LG8), MECP2_MOUSE (Q9Z2D6), MECP2_RAT   (Q00566), 
MET2_CAEEL  (P34544), SETB1_DROME (Q32KD2), SETB1_DROPS (Q28Z18), 
SETB1_HUMAN (Q15047), SETB1_MOUSE (O88974), SETB1_XENLA (Q6INA9), 
SETB2_HUMAN (Q96T68), SETB2_MOUSE (Q8C267), SETB2_XENTR (A4IGY9)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences

4 sequences

SETB2_DANRE (Q06ZW3), SETB2_XENLA (Q6YI93), STB1A_DANRE (Q1L8U8),

STB1B_DANRE (Q08BR4)

» more

PDB
[Detailed view]

47 PDB

1D9N; 1IG4; 1QK9; 2MB7; 2MOE; 3C2I; 3VXV; 3VXX; 3VYB; 3VYQ; 4LG7; 5AGQ; 5BT2; 6ACV; 6C1A; 6C1T; 6C1U; 6C1V; 6C1Y; 6C2F; 6CC8; 6CCG; 6CEU; 6CEV; 6CNP; 6CNQ; 6D1T; 6OGJ; 6OGK; 6YWW; 7AO8; 7AO9; 7AOA; 7D8K; 7FEF; 7FEO; 7FHJ; 7MWH; 7MWI; 7MWK; 7MWL; 7MWM; 7RAY; 7WIN; 8AJR; 8ALQ; 8HFP
» more