PROSITE entry PS50977

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

PURL [info]	https://purl.expasy.org/prosite/signature/PS50977
Entry name [info]	HTH_TETR_2
Accession [info]	PS50977
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-APR-2004 CREATED; 26-FEB-2020 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC00830
Associated ProRule [info]	PRU00335

Name and characterization of the entry

Description [info]

TetR-type HTH domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=61;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=56;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.6312854; R2=0.0271566; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2490.1689453; R2=3.6023810; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=382; H_SCORE=3866; N_SCORE=13.0; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=143; H_SCORE=3005; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='E';  M= -1, -5,-24, -4,  7,-22,-11, -8,-18,  0,-16,-11, -4, -2,  3, -1,  0, -4,-15,-25,-15,  3;
/M: SY='E';  M= -5,  0,-24, -1,  3,-16,-15, -6,-16,  0,-13, -9,  0,-12,  3,  3, -2, -4,-13,-24,-11,  2;
/M: SY='T';  M= -2, -2,-18, -7, -7,-15,-16,-12,-11, -2,-10, -8,  0,-16, -6,  4,  4, 13, -4,-27,-11, -8;
/M: SY='R';  M=-11, -7,-27, -7,  2,-16,-19, -5,-20, 12,-15, -8, -4,-12,  4, 22, -8, -7,-15,-19, -9,  1;
/M: SY='E';  M=  0,  5,-25,  7, 18,-28,-12, -4,-25,  9,-21,-15,  2, -7, 10,  5,  1, -6,-21,-26,-16, 13;
/M: SY='R';  M= -1, -7,-23, -8,  0,-21,-16, -3,-17,  9,-14, -7, -4,-15,  7, 12, -2, -6,-13,-20,-10,  3;
/M: SY='I';  M= -6,-28,-20,-34,-25,  3,-32,-25, 30,-26, 23, 15,-23,-24,-20,-22,-19, -8, 21,-21, -2,-25;
/M: SY='L';  M= -8,-23,-23,-26,-16,  2,-28,-16, 15,-18, 20, 11,-20,-23,-15,-14,-18, -8, 10,-18,  0,-17;
/M: SY='D';  M= -5, 10,-24, 14, 13,-25,-11, -2,-23, -1,-17,-15,  5,-12,  5, -1,  3, -3,-19,-30,-15,  8;
/M: SY='A';  M= 24, -9,-15,-15, -6,-18, -6,-15, -9, -9,-10, -8, -8,-13, -6,-13,  7,  2, -2,-24,-16, -6;
/M: SY='A';  M= 26,-13,-14,-20,-14,-12, -4,-21, -5,-15, -4, -6,-11,-13,-14,-19,  4,  3,  1,-21,-15,-14;
/M: SY='L';  M= -6,-18,-22,-20,-10, -2,-22,-14,  3,-13, 11,  6,-17,-21,-10,-10,-13, -5,  2,-14, -4,-10;
/M: SY='E';  M= -5,  4,-25,  7, 13,-25,-15, -2,-22,  6,-17,-11,  1,-12,  8,  8, -1, -6,-18,-27,-14, 10;
/M: SY='L';  M= -5,-23,-17,-24,-14,  1,-27,-19, 13,-23, 30, 12,-23,-24,-14,-18,-19, -5,  8,-23, -5,-14;
/M: SY='F';  M= -9,-26,-14,-31,-23, 24,-27,-18,  9,-25, 18,  8,-22,-27,-24,-19,-18, -8,  7,-10,  7,-23;
/M: SY='A';  M=  1, -5,-23, -7, -2,-17, -7,-10,-13, -6,-10, -8, -5,-16, -3, -7, -2, -4,-10,-19,-11, -3;
/M: SY='E';  M= -7,  7,-24, 11, 23,-27,-17, -2,-25,  7,-18,-14,  1, -9, 14,  5,  1, -4,-22,-28,-15, 18;
/M: SY='R';  M=-11,  1,-26,  0,  2,-16,-16,  7,-21,  9,-19, -9,  4,-17,  4, 12, -4, -5,-17,-21, -2,  1;
/M: SY='G';  M=  1, -7,-28, -6,-12,-28, 38,-15,-32,-12,-27,-18, -1, -9,-13,-13,  2,-13,-24,-23,-25,-13;
/M: SY='Y';  M=-12,-20,-26,-22,-16, 13,-25, -8,  3,-16,  1,  2,-17,-13,-15,-14,-14, -7, -1, -4, 17,-17;
/M: SY='E';  M=  0,  6,-23,  6,  7,-20,-11,  0,-20, -3,-16,-12,  3,-12,  1, -5,  1, -4,-16,-27,-12,  3;
/I:         I=-13; MD=-27;
/M: SY='A';  M=  5, -2,-21, -3, -1,-21,  1, -4,-21, -1,-18,-12,  0,-10, -1,  2,  1, -7,-15,-22,-14, -3; D=-13;
/I:         I=-13; MD=-27;
/M: SY='V';  M=  1,-14,-15,-18,-16, -4,-20,-19,  9,-17, 10,  5,-13,-18,-15,-16, -5,  7, 11,-23, -7,-16; D=-13;
/I:         I=-13; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
/M: SY='T';  M=  5, -1,-12, -6, -6,-16, -6,-15,-16,-10,-20,-15,  4, -9, -6,-10, 27, 31, -7,-34,-16, -6;
/M: SY='I';  M= -6,-23,-19,-28,-21, -1,-27,-16, 22,-20, 17, 21,-20,-22,-15,-18,-15, -4, 19,-24, -4,-19;
/M: SY='R';  M=  0,  4,-24,  3,  7,-24,-10, -5,-23,  6,-20,-14,  5, -8,  4, 10,  2, -5,-19,-27,-17,  4;
/M: SY='E';  M=  2,  5,-24,  9, 19,-27,-14, -5,-21,  4,-16,-11, -1, -9, 12, -2,  1, -6,-18,-27,-16, 15;
/M: SY='I';  M= -6,-29,-21,-35,-27,  1,-35,-28, 37,-27, 22, 17,-24,-24,-22,-26,-19, -8, 29,-22, -3,-27;
/M: SY='A';  M= 28,-11, -4,-18,-13,-16, -6,-20, -8,-13, -8, -8, -9,-15,-13,-18,  8,  4,  2,-26,-18,-13;
/M: SY='R';  M= -5,  0,-26,  1, 14,-25,-16, -4,-25, 18,-21,-12,  1,-11, 10, 19, -1, -5,-19,-25,-14, 11;
/M: SY='R';  M= -2, -5,-24, -7,  3,-18,-14, -2,-17,  4,-12, -8, -2,-15,  3, 11, -2, -4,-14,-23, -9,  1;
/M: SY='A';  M= 33,-12, -6,-19,-12,-16, -5,-20, -8,-13, -6, -8,-11,-14,-12,-19,  8,  2,  1,-24,-18,-12;
/M: SY='G';  M= -1, -5,-29, -5, -9,-29, 43,-15,-34, -9,-26,-17,  1,-17,-10,-12, -1,-16,-27,-22,-25,-10;
/M: SY='V';  M= -2,-27,-12,-30,-26, -2,-30,-25, 27,-21, 11, 11,-24,-26,-22,-21,-12, -3, 33,-25, -5,-25;
/M: SY='S';  M=  5,  0,-18, -3, -5,-21,  6, -9,-20, -9,-24,-16,  8, -9, -6,-10, 16,  6,-14,-32,-19, -6;
/M: SY='R';  M= -7, -9,-26, -9, -1,-21,-19, -6,-17, 14,-17, -7, -6, -2,  2, 16, -6, -6,-12,-24,-12, -2;
/M: SY='G';  M= 13,-10,-22,-13,-10,-24, 15,-16,-23, -8,-20,-13, -5, -5, -8, -8,  4, -4,-16,-23,-21,-10;
/M: SY='T';  M= 11, -3,-12,-11, -8,-14,-12,-14,-10,-10,-11, -9,  0,-12, -6,-12, 16, 23, -4,-28,-12, -7;
/M: SY='F';  M= -8,-29,-21,-34,-25, 22,-30,-23, 20,-27, 22, 12,-24,-23,-25,-22,-20, -8, 15,-14,  5,-25;
/M: SY='Y';  M=-17,-18,-27,-20,-18, 26,-25, 16, -4,-12, -2, -1,-16,-27,-11,-11,-15, -8,-10, 17, 59,-18;
/M: SY='R';  M=-12, -9,-27,-11, -6, -8,-18,  7,-18,  4,-12, -7, -4,-21, -1, 19,-10, -9,-15, -7,  8, -7;
/M: SY='H';  M=-16,-10,-29,-11, -7,  2,-23, 37,-16, -4,-11, -3, -5,-23,  0,  5,-12,-11,-18, -2, 34, -7;
/M: SY='F';  M=-18,-30,-24,-37,-29, 59,-29,-18,  0,-26,  5, -2,-24,-30,-33,-19,-22,-12, -1, 28, 31,-28;
/M: SY='P';  M= -2, -5,-27, -3,  2,-26,  0,-11,-25,  3,-24,-15, -2,  5, -3,  0,  0, -6,-20,-26,-20, -2;
/M: SY='S';  M= -1, 13,-18, 13,  0,-24,  5, -8,-25, -7,-28,-21, 16,-13, -4, -9, 20, 10,-18,-36,-20, -2;
/M: SY='K';  M=-11, -8,-27, -9,  1,-19,-21,-11,-17, 27,-13, -3, -7,-16,  2, 22,-12, -9,-11,-20, -8,  0;
/M: SY='E';  M= -8, 12,-27, 19, 24,-26,-13, -3,-27,  5,-21,-18,  4, -7,  8,  1,  1, -6,-23,-28,-15, 16;
/M: SY='D';  M=  5, 11,-23, 15, 12,-28, -4, -7,-25, -2,-20,-17,  3,-10,  2, -9,  4, -6,-18,-29,-19,  7;
/M: SY='L';  M= -7,-29,-19,-30,-21, 12,-29,-21, 20,-27, 36, 16,-27,-28,-21,-20,-24, -8, 14,-19,  0,-21;
/M: SY='L';  M= -7,-26,-17,-30,-23, 14,-25,-19, 14,-22, 20, 12,-23,-26,-21,-15,-19, -8, 12,-16,  2,-22;
/M: SY='A';  M=  4, -7,-19, -9, -4,-14,-15,-14, -5, -9, -1, -3, -8,-16, -7, -9, -2,  1, -1,-26,-12, -6;
/M: SY='A';  M= 12,  1,-20,  0,  6,-19, -9, -7,-18, -5,-15,-13, -1,-11, -1,-10,  5, -2,-13,-22,-13,  3;
/M: SY='V';  M=  1,-22,-15,-26,-20, -1,-23,-20, 14,-19, 12, 10,-21,-19,-18,-19,-12, -3, 15,-21, -4,-20;
/M: SY='L';  M=  1,-22,-15,-27,-19,  7,-19,-17,  7,-21, 11,  6,-19,-23,-19,-19,-13, -7,  6,-14,  1,-19;
/M: SY='D';  M= -9,  3,-25,  6,  6,-19,-18, -4,-14, -2,-11, -9,  0,-13,  0, -2, -4, -6,-12,-27,-10,  2;
/M: SY='E';  M= -7,  3,-26,  6, 11,-21,-15,  0,-23,  4,-17,-13,  2,-13,  7,  8, -1, -6,-20,-21, -9,  8;
/M: SY='Y';  M= -2,-14,-23,-16,-11, -6,-14, -4, -2,-12, -2,  0,-11,-19, -8,-10, -8, -8, -1,-17,  2,-11;
/M: SY='I';  M= -7,-15,-20,-17,-12, -1,-22,-14,  5,-15,  4,  2,-13,-19,-12,-14, -9, -3,  5,-20, -1,-13;
/M: SY='E';  M= -2,  1,-24,  3, 10,-22,-10, -7,-22,  2,-18,-12,  0, -8,  6,  2,  3, -3,-18,-26,-15,  7;
/M: SY='Q';  M= -6, -4,-26, -4,  3,-19,-14, -6,-16,  4,-14, -6, -4,-11,  5,  4, -5, -6,-14,-20, -9,  3;
/M: SY='L';  M= -7,-19,-16,-21,-16,  2,-25,-14,  4,-16,  6,  4,-19,-22,-15,-14,-15, -8,  4, -9,  3,-16;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2025_02 which contains 573'230 sequence entries.

Total number of hits	386 in 384 different sequences
Number of true positive hits	385 in 383 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	1
Number of false negative sequences	2
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	99.74 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	99.48 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Prokaryotes (Bacteria)
Maximum number of repetitions [info]	2
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	window20
Author [info]	PS_Langendijk_Genevaux
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	HTH tetR-type
Version [info]	6

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences	383 sequences ABRTH_SACEN (A4FLS1), ABRT_STRLN (P0DXG2), ACNR_CORDI (Q6NH62), » more Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits: [Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color] [Clustal format, plain text] [Fasta format] Retrieve the sequence logo from the alignment
UniProtKB/Swiss-Prot False negative sequences	2 sequences Y196_MYCTO (P9WME0), Y196_MYCTU (P9WME1)
UniProtKB/Swiss-Prot False positive sequences	1 sequence PTXS_PSEDL (A0A167V873)
PDB [Detailed view]	266 PDB 1A6I; 1BJZ; 1JT0; 1JT6; 1JTX; 1JTY; 1JUM; 1JUP; 1JUS; 1ORK; 1QPI; 1QVT; » more