PROSITE entry PS50948

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

PURL [info]	https://purl.expasy.org/prosite/signature/PS50948
Entry name [info]	PAN
Accession [info]	PS50948
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-DEC-2003 CREATED; 01-OCT-2013 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC00376
Associated ProRule [info]	PRU00315

Name and characterization of the entry

Description [info]

PAN/Apple domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=78;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=1; N2=78;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.8818192; R2=0.0101030; TEXT='NScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=428; N_SCORE=7.2000; MODE=1; TEXT='R';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=260; N_SCORE=5.5000; MODE=1; TEXT='R?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B0=-10; B1=-300; E0=-10; E1=-300; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B0=0; B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='C';  M= -7,-18,102,-28,-27,-20,-26,-28,-28,-28,-19,-19,-18,-37,-27,-28, -7, -8, -9,-47,-28,-27;
/I:         I=-6; MD=-12;
/M: SY='E';  M= -5, -1,-22, -1,  3,-18, -8, -4,-17, -2,-16,-10,  0, -4,  2, -3,  2, -1,-15,-23,-11,  2; D=-6;
/I:         I=-6; MD=-12;
/M: SY='N';  M= -5,  1,-20,  2,  2,-18, -3, -6,-18,  0,-17,-11,  3, -8, -1,  1,  2, -3,-15,-23,-13,  0; D=-6;
/I:         I=-6; MD=-12;
/M: SY='D';  M= -4,  4,-14,  5,  0,-13,  1, -4,-15, -2,-14,-10,  5, -6, -2, -2,  2, -3,-12,-17, -9, -1; D=-6;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-12; IM=0; DM=-12;
/M:         M= -2, -5,-13, -7, -6,-12, -4, -4,-11, -6,-10, -5, -3,-14, -4, -5, -2, -5, -8,-18, -7, -6; D=-6;
/I:         I=-6; DM=-12;
/M: SY='F';  M=-15,-23,-19,-29,-23, 50,-24,-12,  0,-21,  6,  1,-16,-24,-27,-15,-16, -8, -1,  7, 26,-23; D=-6;
/I:         I=-6; DM=-12;
/M:         M= -9, -8,-22, -7, -1, -9,-21, -8, -5, -5, -4, -3, -9,-15, -4, -6, -7, -5, -2,-19, -4, -3; D=-6;
/I:         I=-6; DM=-12;
/M: SY='R';  M= -6,-11,-22,-13, -5,-12,-19, -9, -8,  1, -7, -3, -7,-12, -2,  7, -6, -2, -5,-21, -6, -5; D=-6;
/I:         I=-6; DM=-12;
/M: SY='M';  M= -8,-19,-20,-23,-18,  6,-23, -9,  8,-17,  7,  9,-16,-21,-14,-15,-10, -2,  7,-14,  7,-17; D=-6;
/I:         I=-6; DM=-12;
/M: SY='P';  M= -3, -3,-26, -2,  3,-23,-13, -9,-18,  2,-20,-12, -1,  7,  2,  0,  1, -2,-17,-27,-17,  1;
/M: SY='N';  M= -6,  8,-24,  5, -3,-24, 10, -1,-26, -4,-24,-15, 13,-16, -2, -4,  1, -9,-24,-27,-16, -3;
/M: SY='V';  M= -3,-13,-19,-17,-13, -6,-19,-10,  0, -6, -3,  4,-11,-19, -9, -4, -5,  1,  5,-21, -2,-12;
/M: SY='K';  M= -7, -3,-24, -3,  2,-18,-17, -9,-15,  9,-16, -8, -2,-13,  1,  8, -2, -3,-10,-24,-10,  0;
/M: SY='L';  M=-10,-27,-20,-29,-21, 13,-28,-19, 16,-25, 29, 15,-25,-25,-20,-19,-22, -8, 10,-16,  3,-20;
/M: SY='P';  M= -5, -9,-25, -7, -3,-17,-15,-11,-12, -6,-15, -9, -7, 10, -6, -7, -2, -3,-12,-26,-14, -6;
/M: SY='G';  M= -4,  5,-24,  6,  0,-25, 10, -9,-27, -5,-23,-17,  4,-10, -5, -8,  3, -5,-21,-26,-18, -3;
/I:         I=-7; MI=0; MD=-14; IM=0; DM=-14;
/M: SY='N';  M= -4, -1,-18, -4, -2, -8,-12, -3,-11, -3,-12, -7,  2,-12, -4, -4,  1,  2, -9,-20, -4, -4; D=-7;
/I:         I=-7; DM=-14;
/M: SY='A';  M=  1, -1,-20, -3, -3,-13,-12,-10,-11, -6,-12, -9, -1, -9, -7, -8,  1,  0, -7,-24,-11, -5; D=-7;
/I:         I=-7; DM=-14;
/M: SY='M';  M= -6,-11,-22,-13, -9, -5,-20,-10,  0, -9, -2,  1, -9,-15, -8, -8, -7, -3,  0,-19, -2, -9; D=-7;
/I:         I=-7; DM=-14;
/M: SY='K';  M= -1, -1,-22, -3,  2,-18,-13, -9,-16,  4,-17,-11,  1,-12,  1,  2,  1, -2,-13,-19,-11,  1; D=-7;
/I:         I=-7; DM=-14;
/M: SY='T';  M= -3,-10,-20,-12, -6,-10,-20,-13, -2, -9, -7, -4, -9,-14, -7,-10,  0,  4,  1,-22, -7, -7;
/M: SY='V';  M= -3,-18,-20,-21,-14, -4,-23,-15, 10,-15,  6,  6,-16,-21,-12,-15, -9, -3, 11,-19, -3,-14;
/I:         I=-14; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
/M: SY='N';  M= -3,  1,-22, -2,  0,-18, -9, -8,-17, -1,-17,-10,  3,-10, -1, -1,  3,  1,-13,-26,-13, -1;
/M: SY='V';  M=  7,-12,-14,-16,-14,-10,-12,-17,  0,-13, -4, -3, -9,-19,-14,-13,  1,  3,  8,-26,-12,-15;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M:         M=  0, -6,-22, -7, -5,-17,-11,-14, -9, -6,-11, -6, -5, -6, -6, -8,  0, -1, -5,-26,-14, -6; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='S';  M=  0,  9,-17,  6, -1,-21, -2, -6,-21, -8,-24,-16, 13,-12, -2, -9, 19, 13,-15,-34,-17, -2;
/M: SY='L';  M= -1,-17,-21,-19, -9, -6,-22,-16,  4,-13,  8,  4,-16,-15, -9,-11,-10, -5,  3,-21, -8, -9;
/M: SY='E';  M= -7,  8,-25, 11, 17,-24,-12, -4,-23,  4,-20,-14,  5,-10,  9,  1,  3, -3,-20,-28,-14, 12;
/M: SY='E';  M= -8,  9,-27, 15, 25,-26,-15, -2,-22,  2,-17,-14,  1, -9, 11, -4,  0, -7,-20,-28,-14, 18;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='Q';  M=  0,-10,-21,-12,  1,-16,-18, -9, -9,  0, -4,  0, -9,-15,  5,  1, -6, -6, -9,-20, -9,  3;
/M: SY='E';  M= -1,  0,-20,  0,  9,-22,-14, -7,-19,  5,-16, -9, -1,-12,  8,  3,  2, -3,-15,-26,-13,  8;
/M: SY='R';  M= -1,-10,-23,-12, -1,-12,-19, -9, -8,  1, -3,  0, -9,-17,  0,  3, -7, -6, -6,-20, -7, -2;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='L';  M= -2,-15,-19,-18, -9, -4,-20,-15,  0,-13, 17,  1,-13,-20, -8,-10, -6,  0,  0,-20, -5, -9;
/M: SY='N';  M= -5,  2,-23,  0,  5,-20, -8, -2,-20,  2,-18,-11,  6,-14,  3,  3,  1, -4,-18,-26,-13,  3;
/M: SY='N';  M= -6, 17,-21, 14,  9,-22, -9,  2,-21, -1,-21,-15, 19,-13,  2, -3,  6, -1,-21,-34,-16,  5;
/M: SY='C';  M= -6,-10, 14,-13, -8,-19,-19,-15,-20, -7,-17,-13, -9, -8, -9, -7, -4, -4,-14,-32,-18,-10;
/I:         I=-8; MD=-17;
/M: SY='S';  M= -3,  4,-19,  3,  3,-19, -6, -6,-20, -1,-21,-14,  7,-11,  1,  0, 10,  3,-16,-29,-14,  1; D=-8;
/I:         I=-8; MI=0; MD=-17; IM=0; DM=-17;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='R';  M= -7, -7,-22, -9, -2,-17,-19, -7,-14,  7,-11, -5, -4,-16,  3, 13, -2,  4, -9,-23, -9, -1;
/M: SY='A';  M= 20, -9,-13,-14, -9,-12, -1,-14,-13,-12,-15,-12, -3,-13, -9,-14, 16,  6, -5,-25,-15, -9;
/M: SY='F';  M= -7,-25,-21,-30,-24, 57,-26,-12,  4,-20,  5,  0,-20,-27,-25,-18,-14, -7,  4, 15, 44,-24;
/M: SY='S';  M=  8,  2,-15, -4, -4,-17, -8, -8,-12, -8,-14, -8,  6,-14, -4,-10, 12, 10, -7,-30,-15, -4;
/M: SY='Y';  M=-17,-20,-26,-24,-21, 37,-27,  5, -3,-16,  0, -2,-15,-27,-18,-12,-17, -9, -8, 18, 49,-21;
/M: SY='N';  M= -5,  5,-21,  2, -2,-13,-11, -1,-15, -5,-14,-10,  6,-17, -4, -6,  1, -3,-14,-23, -4, -4;
/M: SY='N';  M= -6,  4,-24,  3,  0,-17,-11, -3,-18, -2,-18,-13,  6, -7, -3, -3,  1, -2,-16,-25, -8, -3;
/M: SY='N';  M= -2, -1,-22, -3, -4,-19, -6, -9,-14, -4,-15, -9,  3,-14, -4, -5,  3,  0,-10,-28,-14, -5;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-10; IM=0; DM=-10;
/M: SY='S';  M= -2,  0,-18, -1,  2,-17, -1, -8,-18, -2,-16,-11,  2,-10,  1, -1,  7,  3,-13,-22,-13,  1; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-10;
/M: SY='K';  M= -6, -4,-21, -5, -2,-17, -5, -5,-17,  3,-16, -8,  0,-10,  1,  3, -1, -4,-15,-21,-10, -1; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-10;
/M:         M= -4, -4,-23, -6, -4,-17, -1,-11,-15, -3,-12, -8,  0,-17, -4, -2, -2, -4,-12,-24,-13, -4; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-10;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='L';  M= -8,-15,-22,-16, -8, -3,-23, -7,  2,-11,  3,  2,-12,-20, -6, -8, -8, -4,  1,-18,  2, -9;
/M: SY='L';  M= -9,-27,-20,-30,-22,  7,-29,-18, 21,-26, 33, 20,-26,-26,-19,-19,-23, -7, 14,-19,  0,-21;
/M: SY='W';  M=-10,-15,-27,-18,-13,  2,-17, -8,-15, -7,-14, -9,-10,-22, -9, -7,-10, -8,-16, 25, 10,-10;
/M: SY='N';  M= -5,  4,-22,  4, -1,-18, -9,  2,-20, -4,-19,-12,  5,-12, -3, -4,  5,  2,-15,-27, -8, -3;
/M: SY='E';  M= -3, -2,-23, -1,  1,-20,  0, -9,-20, -5,-17,-12, -2,-14, -3, -7,  1, -5,-15,-22,-14, -1;
/M: SY='D';  M= -7, 12,-24, 16, 10,-25, -9, -5,-23, -2,-21,-16,  7, -6,  0, -6,  4, -1,-18,-31,-16,  4;
/M: SY='L';  M= -3,-14,-22,-15,-10,-10,-12,-12, -5,-11,  1, -1,-10,-16, -6, -6, -6, -4, -5,-23, -9, -9;
/I:         I=-8; MD=-20;
/M:         M= -4, -7,-20,-10, -8, -7,-11, -6, -7, -8, -5, -2, -4,-16, -7, -5, -4, -4, -5,-20, -5, -8; D=-8;
/I:         I=-8; MD=-8;
/M: SY='D';  M= -5,  9,-16, 11,  3,-19, -9, -7,-17, -4,-17,-13,  6, -7, -2, -7,  6,  3,-13,-27,-14,  0; D=-8;
/I:         I=-8; MD=-20;
/M:         M= -8, -5,-12, -6, -4, -7, -9, -5, -4, -4, -1,  0, -4, -5, -3, -4, -5, -2, -4,-13, -5, -4; D=-8;
/I:         I=-8; MI=0; MD=-20; IM=0; DM=-8;
/M:         M=  0, -6,-16, -7, -5, -8,-10, -9, -6, -6, -6, -4, -5, -9, -6, -6, -1, -2, -4,-17, -6, -6; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-20;
/M: SY='R';  M= -5, -2,-20, -3,  1,-15,-11, -4,-13,  3,-13, -6,  1,-10,  3,  4,  0, -2,-11,-20, -8,  1; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-20;
/M: SY='I';  M= -4,-13,-18,-16,-10, -2,-20,-14,  5,-11,  5,  3,-12,-13,-10,-11, -8, -1,  4,-18, -3,-11; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-20;
/M:         M= -5, -6,-21, -7, -2,-11,-15, -6, -8, -2, -9, -5, -4,-12, -1, -4, -3, -3, -7,-19, -4, -2; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-8;
/M:         M= -1, -6,-21, -6, -2,-14, -9, -8,-13, -5,-12, -8, -4, -2, -3, -5, -1, -4,-11,-21,-11, -3; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-8;
/M: SY='D';  M= -5, 11,-20, 12,  4,-20, -6, -2,-19, -3,-19,-14, 11,-11, -1, -5,  6,  0,-16,-28,-13,  1; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-8;
/M:         M= -8, -1,-22,  0,  0,-16, -5, -7,-15, -5,-14,-10,  0, -8, -3, -5, -1, -5,-13,-22,-11, -2; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-8;
/M: SY='G';  M= -2,  2,-22,  1, -2,-20,  9, -8,-23, -3,-20,-14,  5,-11, -4, -5,  4, -3,-18,-24,-16, -3; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-8;
/M: SY='V';  M= -2,-11,-15,-14,-11, -7,-16,-12, -1,-11, -6, -2, -9,-17, -9,-11, -1,  1,  3,-21, -5,-11; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-8;
/M: SY='D';  M= -9, 11,-22, 15,  2,-19,-14, -7,-15, -6,-14,-11,  4,-14, -5, -8,  1,  0,-10,-29,-13, -2; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-8;
/M: SY='Y';  M=-10,-19,-22,-21,-18, 14,-20, -4,  2,-17,  7,  3,-16,-24,-15,-13,-13, -5, -1, -3, 24,-18; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-8;
/M: SY='Y';  M=-11,-20,-23,-24,-20, 21,-18, -3,  0,-17,  4,  2,-16,-26,-17,-14,-15, -9, -3,  1, 27,-20; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-8;
/M: SY='E';  M= -7,  0,-24,  3, 14,-22,-16, -7,-17,  0,-15,-11, -3, -6,  6, -2,  0, -3,-15,-27,-14,  9;
/M: SY='R';  M=-11, -3,-26, -6, -2,-15,-16, -6,-16, 10,-13, -6,  3,-16,  0, 16, -7, -7,-14,-22, -9, -2;
/I:         I=-20; MI=-10; MD=-10; IM=0; DM=-23;
/M: SY='T';  M= -5, -5,-20, -8, -7,-10,-13, -9, -8, -8, -7, -5, -1,-17, -6, -6,  1,  3, -7,-25, -8, -7;
/M: SY='C';  M= -1,-18, 49,-26,-24,-16,-23,-25,-18,-23,-13,-13,-17,-31,-23,-24, -6, -6, -3,-40,-23,-24;
/I:         E0=0; E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2025_02 which contains 573'230 sequence entries.

Total number of hits	120 in 87 different sequences
Number of true positive hits	119 in 86 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	1
Number of false negative sequences	15
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	99.17 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	88.81 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Eukaryotes, Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info]	5
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	N_Hulo
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	PAN
Version [info]	3

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences	86 sequences B120_ARATH (O81906), CE101_ARATH (Q9LW83), EP1L1_ARATH (Q9ZVA1), » more Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits: [Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color] [Clustal format, plain text] [Fasta format] Retrieve the sequence logo from the alignment
UniProtKB/Swiss-Prot False negative sequences	15 sequences EP1L2_ARATH (Q9ZVA2), LERK1_ORYSI (A0A075F7E9), LERK1_ORYSJ (Q7FAZ3), » more
UniProtKB/Swiss-Prot False positive sequences	1 sequence AGRV1_DANRE (Q6JAN0)
PDB [Detailed view]	52 PDB 1BHT; 1GMN; 1GMO; 1GP9; 1NK1; 2HGF; 2J8J; 2J8L; 2LL3; 2LL4; 2QJ2; 2QJ4; » more