PROSITE entry PS50898

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	RBD
Accession [info]	PS50898
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-FEB-2003 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 27-MAR-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC50898
Associated ProRule [info]	PRU00262

Name and characterization of the entry

Description [info]

Ras-binding domain (RBD) profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=71;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=66;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.0632534; R2=0.0273644; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=3298.3598633; R2=3.4391534; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=364; H_SCORE=4550; N_SCORE=12.0; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=163; H_SCORE=3859; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='K';  M= -5, -9,-21,-12, -8,-15,-16,-17, -6,  4,-10, -4, -6,-12, -8, -2, -3,  3,  0,-26,-12, -9;
/M: SY='F';  M= -6,-15,-22,-20,-12,  5,-23, -4, -2,-15,  2,  3,-12,-12, -8,-13, -8,  2, -5,-15,  5,-11;
/M: SY='C';  M= -9,-18, 11,-23,-16,  4,-26,-20, -4,-18, -3, -5,-14,-25,-19,-13, -7, -1,  2,-25, -7,-18;
/M: SY='R';  M=-14,-16, -7,-18,-11, -9,-24,-10,-15,  6, -7, -2,-14,-24, -5, 12,-17,-11,-12, -7,  1, -9;
/M: SY='V';  M= -3,-19,-16,-19,-17,  0,-27,-23, 16,-18,  8,  4,-21,-24,-22,-18,-11, -4, 25,-26, -7,-19;
/M: SY='H';  M=-11,-10,-14,-12,-12,  0,-23, 21, -9,-17, -1,  0, -8,-23,-10,-13,-13,-12,-10,-18, 13,-13;
/M: SY='L';  M= -9,-27,-18,-29,-21, 13,-28,-19, 17,-26, 36, 19,-26,-28,-20,-18,-23, -5, 12,-19,  1,-20;
/M: SY='P';  M= -5,-16,-35,-10,  0,-29,-18,-17,-19, -8,-26,-17,-16, 66, -4,-17, -5, -5,-26,-28,-26, -5;
/M: SY='D';  M=-16, 29,-26, 32,  4,-19,-12, -2,-20, -7,-17,-17, 22,-17, -6,-10, -2, -7,-20,-33,-13, -1;
/M: SY='N';  M= -8, 14,-28, 10,  4,-28,  7, -4,-28,  4,-29,-18, 20, -6,  1, -2,  1, -9,-29,-30,-21,  2;
/M: SY='Q';  M=  0, -2,-24, -4, 10,-27,-17, -4,-20, 10,-18, -7, -2,-11, 22, 12,  2,  0,-18,-22,-13, 16;
/M: SY='R';  M= -3,-12,-21,-13,-10,-13,-10, -4,-13, -4,-15, -8, -7,-11, -7,  4,  2,  0, -6,-23, -5,-11;
/M: SY='T';  M=  4,-12, -1,-18,-16,-10,-19,-22,  1,-16, -8, -5, -9,-18,-15,-17, 10, 17, 12,-32,-14,-16;
/M: SY='V';  M= -4,-16,-17,-18,-15, -9,-15,-19,  1,-12, -1, -1,-11,-20,-13, -4,  0,  7,  8,-27,-11,-15;
/M: SY='V';  M=  2,-26,-12,-29,-26, -1,-28,-28, 25,-20, 11,  9,-26,-26,-26,-20, -9,  2, 38,-28, -9,-26;
/M: SY='E';  M= -2, -5,-22, -6,  3,-15,-18, -9,-13,  3,-12, -8, -4, -9,  1, -3,  1,  3, -9,-22, -6,  2;
/M: SY='V';  M= 13,-20,-13,-24,-20, -7,-19,-24, 13,-18,  4,  2,-18,-21,-19,-19, -1,  4, 22,-26,-12,-20;
/M: SY='R';  M=-15, -7,-30, -8,  2,-23,-21, -6,-25, 35,-22, -8, -1,-16,  8, 47,-11,-10,-17,-20, -9,  2;
/M: SY='P';  M= -5, -5,-26,  2,  1,-29,-15,-15,-23, -9,-28,-21, -8, 50, -8,-17, -3, -7,-25,-33,-27, -7;
/M: SY='G';  M=  3, -6,-25, -7, -8,-26, 33,-17,-31, -9,-24,-17, -1,-15,-11,-12,  3, -5,-22,-22,-23, -9;
/M: SY='M';  M=-11, -6,-24, -6,  2, -9,-22,  1, -9,  4, -5,  7, -8,-17, -2,  0,-12,-10, -6,-22, -4,  0;
/M: SY='T';  M= -3, -4,-19, -6, -2,-19,-14,-10,-19,  1,-20,-13,  1, -4,  3,  9, 14, 18,-12,-30,-14, -1;
/M: SY='V';  M=  3,-27,-16,-30,-24,  0,-27,-26, 24,-23, 20, 11,-26,-26,-23,-21,-14, -4, 29,-24, -7,-24;
/M: SY='R';  M=-13, -4,-19, -3,  8,-21,-15, 10,-27,  8,-20,-10, -1,-16,  8, 16, -5, -7,-22,-23, -5,  6;
/M: SY='D';  M=-16, 34,-30, 50, 36,-36,-14,  0,-36,  4,-26,-26, 12, -6,  8, -6,  0,-10,-30,-36,-20, 22;
/M: SY='V';  M=  6,-19, -9,-26,-20,  0,-21,-22, 10,-19,  4,  5,-16,-20,-18,-20, -3,  1, 14,-23, -7,-19;
/M: SY='L';  M= -9,-30,-21,-32,-22,  8,-32,-22, 25,-29, 42, 19,-28,-28,-21,-22,-27, -9, 16,-21, -1,-22;
/M: SY='E';  M=  6, -2,-21, -3,  7,-22,-11, -6,-18,  5,-16, -6, -2,-11,  7,  6,  4, -3,-13,-26,-15,  6;
/M: SY='P';  M= -7,-12,-29,-10, -3,-22, -7,-15,-20,  5,-16,-10, -9,  9, -5,  1, -7, -9,-18,-24,-17, -6;
/M: SY='I';  M= 14,-22,-18,-29,-20, -6,-21,-24, 18,-21, 14,  7,-19,-19,-17,-23,-10, -5, 15,-21, -9,-20;
/M: SY='C';  M= -9,-26, 37,-30,-25, -3,-30,-25,  1,-29, 18,  3,-26,-34,-25,-24,-20, -9,  5,-33,-13,-25;
/M: SY='K';  M=  2,  0,-24,  1, 19,-26,-15, -8,-23, 20,-21,-11, -2, -7,  8,  7,  0, -6,-17,-25,-15, 14;
/M: SY='R';  M=-11,-10,-24,-12, -4,-16,-22,-10,-12, 20,-10,  3, -8,-17,  1, 23,-10, -4, -5,-22, -8, -3;
/M: SY='R';  M=-20, -9,-30, -9, -3,-12,-22, 27,-25, 14,-17, -6, -1,-22,  7, 40,-12,-12,-21,-14, 12, -3;
/I:         I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='G';  M= -5,  3,-27, -2, -6,-27, 25, -6,-26, -9,-22,-13, 13,-18,  3, -8,  0,-12,-27,-25,-21, -1;
/M: SY='L';  M= -9,-27,-21,-29,-21,  8,-30,-18, 21,-26, 33, 15,-25,-27,-19,-20,-22, -7, 13,-18,  5,-21;
/M: SY='B';  M= -9, 13,-23, 11,  5,-18,-15, -3,-16,  0,-16,-13, 13,-15,  1, -4,  3,  2,-17,-28, -8,  3;
/M: SY='P';  M=-11,-17,-34,-13, -5,-20,-14, -5,-14,-11,-16, -6,-16, 40, -5,-15,-12,-12,-22,-23,-13, -9;
/M: SY='E';  M= -3, -1,-21,  1,  7,-15,-16, -6,-12, -7, -6, -4, -4,-13,  2, -9,  1,  1,-11,-25, -7,  4;
/M:         M= -1, -8, -2,-11, -1,-17,-12, -1,-17,-10,-10, -5, -8,-18, -1,-12, -4, -6,-14,-24, -7, -2;
/M: SY='C';  M= -5,-12, 19,-14,-16,-11,-22,  1,-12,-18, -8, -7,-12,-27,-15,-17, -7, -7, -2,-30, -4,-17;
/M:         M= -4,-10,-22,-10, -8, -6,-13, -5, -6,-13, -5, -3, -9,-19, -7,-13, -6, -7, -4,-19, -1, -8;
/M: SY='V';  M= -4,-30,-14,-30,-26,  4,-30,-26, 26,-24, 26, 14,-30,-30,-26,-20,-18, -4, 34,-26, -6,-26;
/M: SY='R';  M=-15,-12,-27,-15, -9,  5,-22,  3,-11, -3,-10, -5, -4,-14, -3,  9, -9, -8,-13,-13,  8, -8;
/I:         I=-8; MD=-17;
/M: SY='R';  M= -5,-13,-19,-15, -8, -9,-12, -8, -5, -4,  5,  5,-10,-17, -1,  7,-10, -5, -5,-17, -7, -6; D=-8;
/I:         I=-8; MD=-17;
/M: SY='R';  M= -4,-12,-19,-12, -9,-13, -4,-13, -9, -6, -8, -6, -7, -8, -8,  1,  0, -1, -5,-22,-13,-10; D=-8;
/I:         I=-8; MD=-17;
/M: SY='G';  M= -5,  2,-20,  1, -4,-19,  8, -2,-17, -4,-15, -9,  4,-13, -3, -6, -1, -8,-15,-20,-12, -4; D=-8;
/I:         I=-8; MI=0; MD=-17; IM=0; DM=-17;
/M: SY='E';  M= -4, -7,-21, -6,  5,-17, -7,-13,-10, -3,-12, -8, -6,-13, -4, -5,  0, -1, -4,-25,-15,  0; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-17;
/M: SY='K';  M=-12,  6,-28, 10, 12,-28,-19, -5,-25, 21,-20,-10,  1,-11, 13, 14, -5, -6,-20,-25,-12, 12;
/M: SY='K';  M= -6, -4,-25, -5,  7,-23,-21, -4,-18, 22,-17, -6, -5,-13,  7, 12, -7, -6,-12,-23, -9,  6;
/M: SY='P';  M= -3,-15,-26,-14, -6,-14,-17,-16,-12, -8,-19,-12,-10, 23, -9, -6,  2, -2,-12,-27,-17,-10;
/M: SY='L';  M= -9,-27,-22,-30,-21,  3,-31,-22, 23,-23, 29, 15,-23,-25,-18,-14,-21, -6, 16,-21, -2,-21;
/M: SY='D';  M= -9, 15,-24, 24,  6,-26,-12, -9,-19, -6,-17,-13,  1, -7, -5,-12, -2, -4,-11,-33,-17,  0;
/M: SY='W';  M=-12,-28,-29,-29,-18,  5,-25,-19,  5,-20, 16, 11,-29,-26,-15,-17,-28,-15, -2, 30,  7,-15;
/M: SY='N';  M=-12, 15,-14, 15,  8,-28, -1, 11,-30, -5,-25,-17, 16,-16,  3, -7,  0,-11,-28,-33,-16,  5;
/M: SY='Q';  M= -4,  1,-22,  0,  7,-25,-18, -6,-17,  5,-16, -8, -2,-12, 16,  4,  3,  4,-12,-26,-12, 11;
/M: SY='P';  M=-10,  1,-30,  9,  0,-24,-19, -5,-15,-11,-15,-13, -6, 19, -8,-16, -8,-10,-15,-31,-16, -7;
/M: SY='V';  M=  7,-12, -9,-19,-15,-13,-18,-18,  7,-15, -6, -2, -6,-19, -9,-18,  2, -1,  8,-28,-13,-13;
/M: SY='S';  M=  4, -8,-16,-12, -8, -6, -8,-11,-12,-12,-11, -9, -4,-16, -5,-12, 12, 10, -7,-22, -4, -7;
/M: SY='Y';  M= -8,-18,-23,-21,-16,  5,-22,-11,  3,-13, -4,  2,-13,-15,-12,-10, -4,  0,  1, -7, 10,-16;
/M: SY='L';  M= -3,-25,-19,-25,-14,  1,-27,-21, 17,-23, 29, 12,-25,-25,-17,-19,-20, -7, 14,-23, -5,-16;
/M: SY='P';  M=  0,  2,-27,  7,  4,-22,-15, -3,-18, -7,-18,-15, -4, 11, -5,-14, -3, -6,-18,-24, -9, -3;
/M: SY='G';  M=  0, -6,-25, -6,-11,-24, 25, -4,-24,-13,-20, -7, -1,-18, -6,-14,  1,-12,-18,-24,-18, -9;
/I:         I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='Q';  M=-12,  4,-29,  5, 26,-32,-19,  4,-25, 16,-21,-10,  4,-10, 32, 18, -2, -9,-28,-24,-14, 28;
/M: SY='E';  M=-13, 11,-29, 17, 37,-27,-17,  1,-30, 13,-22,-18,  7, -8, 14, 16, -2, -9,-28,-29,-18, 24;
/M: SY='L';  M= -9,-14,-21,-11,-13, -6,-26,-17, 10,-19, 20,  8,-18,-24,-12,-16,-17, -8, 10,-25, -6,-12;
/M: SY='V';  M=-11,-23,-23,-25,-18, -1,-27,-14,  7, -9,  3,  4,-18,-25,-12,  2,-15, -9, 11,-10, -1,-17;
/M: SY='I';  M= -9,-28,-21,-31,-25,  8,-32,-19, 27,-24, 23, 14,-26,-28,-21,-21,-20, -7, 23,-14, 11,-25;
/M: SY='E';  M=-13, 13,-28, 23, 36,-28,-19,  4,-27,  5,-20,-18,  2, -7, 10,  0, -2,-10,-22,-32,-16, 22;
/M: SY='E';  M= -8, -3,-21, -7,  1, -9,-18, -8, -8, -2, -5, -1,  0,-17, -3, -1, -4, -1, -6,-27,-10, -1;
/M: SY='L';  M=-12,-20,-25,-20, -9, -3,-27,-12,  3, -5, 13,  6,-17,-23, -8,  5,-18, -9,  2,-17,  2,-11;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_02 which contains 571'282 sequence entries.

Total number of hits	38 in 31 different sequences
Number of true positive hits	38 in 31 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	1
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	97.44 %

Comments [info]

Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	CJA_Sigrist
Taxonomic range [info]	Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info]	2
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	RBD
Version [info]	5

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

31 sequences

ARAF_HUMAN  (P10398), ARAF_MOUSE  (P04627), ARAF_PIG(O19004),

ARAF_RAT(P14056), BRAF_CHICK  (Q04982), BRAF_COTJA  (P34908), 
BRAF_HUMAN  (P15056), BRAF_MOUSE  (P28028), KRAF1_CAEBR (Q61UC4), 
KRAF1_CAEEL (Q07292), KRAF1_DROME (P11346), RAF1_BOVIN  (A7E3S4), 
RAF1_CHICK  (P05625), RAF1_HUMAN  (P04049), RAF1_MOUSE  (Q99N57), 
RAF1_PONAB  (Q5R5M7), RAF1_RAT(P11345), RAF1_XENLA  (P09560), 
RGS12_HUMAN (O14924), RGS12_MOUSE (Q8CGE9), RGS12_RAT   (O08774), 
RGS14_HUMAN (O43566), RGS14_MOUSE (P97492), RGS14_RAT   (O08773), 
RGS_DROME   (Q9VCX1), SIF1_DROME  (P91621), SIF2_DROME  (P91620), 
TIAM1_HUMAN (Q13009), TIAM1_MOUSE (Q60610), TIAM2_HUMAN (Q8IVF5), 
TIAM2_MOUSE (Q6ZPF3)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences

1 sequence

RIP3_DICDI  (Q9Y0C9)

PDB
[Detailed view]

43 PDB

1C1Y; 1GUA; 1RFA; 1RRB; 1WFY; 1WXM; 2L05; 2MSE; 3KUC; 3KUD; 3NY5; 4G0N; 4G3X; 5J17; 5J18; 5J2R; 6NTC; 6NTD; 6NYB; 6PTS; 6PTW; 6Q0J; 6Q0K; 6Q0T; 6UAN; 6VJJ; 6XGU; 6XGV; 6XHA; 6XHB; 6XI7; 7JHP; 7MFD; 7MFE; 7MFF; 7Z37; 7Z38; 7ZR0; 7ZR5; 7ZR6; 8DGS; 8DGT; 8EPW
» more