PROSITE entry PS50892
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
| Entry name [info] | V_SNARE |
| Accession [info] | PS50892 |
| Entry type [info] | MATRIX |
| Date [info] |
01-DEC-2002 CREATED;
10-MAY-2017 DATA UPDATE; 27-MAR-2024 INFO UPDATE. |
| PROSITE Doc. [info] | PDOC50892 |
| Associated ProRule [info] | PRU00290 |
Name and characterization of the entry
| Description [info] | v-SNARE coiled-coil homology domain profile. |
| Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=61; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=56; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.0112000; R2=0.0137780; TEXT='NScore'; /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=3234.0014648; R2=3.8873038; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=471; H_SCORE=5065; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=326; H_SCORE=4501; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: M0=-7; D=-50; I=-50; B1=-1000; E1=-1000; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='R'; M= -7, 4,-25, 0, 3,-23, -8, -6,-23, 13,-24,-13, 10, -8, 3, 14, 0, -3,-20,-27,-16, 2; /M: SY='L'; M= -9,-25,-22,-30,-22, 3,-28,-19, 24,-24, 27, 20,-21,-25,-17,-20,-20, -7, 15,-20, 0,-21; /M: SY='E'; M= 2, 3,-22, 2, 7,-23,-10, -6,-18, 3,-17, -8, 3,-11, 7, -1, 4, -1,-15,-27,-15, 6; /M: SY='K'; M= -6, 0,-27, -2, 6,-26,-12, -4,-23, 19,-22, -9, 3,-13, 12, 18, -2, -7,-19,-23,-13, 8; /M: SY='V'; M= -1,-23,-12,-27,-21, -2,-27,-23, 17,-20, 17, 11,-21,-24,-19,-19,-12, 1, 19,-25, -7,-21; /M: SY='Q'; M=-12, 4,-28, 2, 9,-28,-14, 7,-25, 18,-24, -8, 9,-14, 23, 19, -3, -9,-25,-23, -9, 15; /M: SY='A'; M= 8, 1,-21, -2, 0,-25, 1, -8,-21, -2,-19,-12, 3,-13, 5, -2, 6, -2,-17,-25,-18, 2; /M: SY='E'; M= -3, 3,-27, 6, 29,-30,-17, 0,-23, 9,-18,-10, -1, -7, 27, 4, 0, -8,-24,-25,-15, 28; /M: SY='V'; M= 4,-26,-16,-29,-23, -1,-26,-24, 22,-22, 20, 12,-25,-25,-21,-21,-14, -5, 25,-24, -7,-23; /M: SY='D'; M= -9, 21,-24, 26, 9,-26, -7, -2,-26, -1,-25,-20, 14,-12, 3, -6, 8, 1,-21,-32,-13, 6; /M: SY='E'; M= -9, 13,-28, 21, 33,-31, -8, -3,-31, 4,-23,-20, 4, -6, 12, -3, 4, -6,-27,-31,-20, 22; /M: SY='V'; M= 1,-23,-11,-26,-25, -2,-27,-27, 21,-18, 7, 8,-23,-25,-24,-18, -5, 9, 36,-29, -9,-25; /M: SY='K'; M= -6, -8,-23,-10, -4,-19,-21, -6,-11, 14,-15, -3, -5,-16, 0, 10, -4, 0, -3,-25, -8, -3; /M: SY='N'; M= -3, 3,-24, 3, -1,-24, 3, -9,-19, -6,-19,-11, 4,-14, 1, -6, 4, -5,-16,-28,-17, -1; /M: SY='I'; M= -5,-25,-22,-30,-20, -3,-33,-25, 32,-22, 14, 14,-21,-21,-18,-23,-14, -6, 28,-24, -5,-22; /M: SY='M'; M= -7,-22,-20,-30,-20, 1,-22, -6, 20,-14, 23, 47,-21,-21, -5,-13,-20, -9, 11,-20, -1,-13; /M: SY='R'; M= -6,-10,-21,-14, -8,-14,-20, 0, -6, -1, -7, 4, -6,-18, 0, 6, -3, 0, -2,-25, -6, -6; /M: SY='E'; M=-10, 9,-26, 11, 17,-26,-16, -3,-24, 15,-22,-14, 7,-12, 9, 14, -2, -6,-19,-28,-15, 12; /M: SY='N'; M= 0, 28,-17, 11, -3,-19, -2, 2,-17, -3,-25,-17, 43,-17, -3, -4, 11, 6,-22,-36,-19, -3; /M: SY='I'; M= -9,-25,-23,-31,-24, 2,-32,-21, 28,-20, 11, 13,-19,-22,-19,-17,-14, -6, 24,-21, -1,-24; /M: SY='E'; M=-12, 16,-29, 24, 31,-29,-16, 0,-26, 4,-19,-17, 6, -8, 16, -2, -1, -8,-26,-30,-16, 23; /M: SY='K'; M= -4, 3,-25, 5, 8,-26,-14, -9,-25, 21,-21,-12, 2,-12, 4, 13, -2, -6,-17,-25,-14, 6; /M: SY='V'; M= 0,-28,-15,-31,-26, 2,-29,-27, 27,-23, 19, 12,-27,-27,-25,-21,-15, -4, 33,-25, -6,-26; /M: SY='L'; M= -8,-19,-21,-21,-16, 1,-25,-12, 13,-22, 30, 18,-19,-25,-13,-16,-21, -9, 5,-23, -3,-15; /M: SY='E'; M= -5, 9,-27, 15, 31,-28,-12, 0,-26, 3,-19,-15, 1, -7, 15, -4, 0, -8,-25,-26,-14, 23; /M: SY='R'; M=-19,-11,-29,-11, -1,-19,-21, -2,-27, 28,-19, -9, -2,-20, 8, 65,-10, -9,-16,-21,-10, -1; /I: I=-11; MD=-23; /M: SY='G'; M= -3, -2,-28, 0,-12,-30, 52,-14,-37,-15,-28,-19, 3,-18,-12,-16, 1,-17,-28,-22,-26,-12; D=-11; /I: I=-11; MI=-23; MD=-23; IM=-23; DM=-23; /M: SY='E'; M= -9, 7,-27, 14, 35,-28,-15, -3,-24, 4,-18,-15, -1, -6, 16, -2, 0, -8,-22,-28,-17, 26; D=-11; /I: I=-11; DM=-23; /M: SY='R'; M= -9, -4,-27, -5, 2,-23,-16, -7,-23, 28,-22, -9, 2,-14, 6, 30, -6, -8,-16,-21,-11, 2; D=-11; /I: I=-11; DM=-23; /M: SY='L'; M= -9,-29,-13,-30,-21, 7,-30,-21, 21,-29, 41, 17,-27,-28,-20,-21,-27, -9, 12,-21, -2,-21; D=-11; /I: I=-11; DM=-23; /M: SY='D'; M= -6, 20,-24, 27, 20,-29, -5, -4,-29, 1,-25,-21, 12, -9, 3, -6, 7, -3,-24,-33,-20, 12; D=-11; /I: I=-11; DM=-23; /M: SY='E'; M= -9, 5,-24, 7, 9,-19,-17, -4,-13, -3, -7, -5, 1,-14, 2, -4, -3, -5,-13,-29,-12, 5; /M: SY='L'; M= -7,-28,-20,-31,-21, 7,-29,-20, 22,-27, 40, 22,-28,-28,-19,-20,-26, -9, 14,-21, -1,-20; /M: SY='V'; M= -4, -5,-20, -1, 3,-18,-16,-14, -5, -7,-10, -7, -8,-16, -5,-10, 0, -2, 4,-30,-15, -1; /M: SY='D'; M=-11, 23,-26, 29, 22,-31,-11, 1,-30, 3,-25,-20, 14, -9, 11, -1, 6, -4,-26,-34,-18, 16; /M: SY='R'; M=-10, -7,-27, -8, 1,-20,-19, -6,-22, 30,-18, -4, -4,-15, 6, 33,-10, -9,-15,-19, -7, 2; /I: I=-6; MD=-12; /M: SY='T'; M= 15, -3,-10, -9, -6,-16, -8,-16,-13, -8,-16,-13, 0,-10, -6,-10, 22, 25, -4,-29,-15, -6; D=-6; /I: I=-6; MD=-12; /M: SY='E'; M= 1, 13,-22, 18, 21,-26,-10, -5,-25, 0,-22,-19, 7, -8, 6, -7, 9, -2,-20,-31,-18, 14; D=-6; /I: I=-6; MD=-12; /M: SY='N'; M= -3, 12,-22, 8, 6,-22, -9, -3,-20, 4,-21,-14, 14,-14, 4, 3, 3, -3,-18,-28,-15, 5; D=-6; /I: I=-6; MD=-12; /M: SY='L'; M=-10,-27,-20,-29,-20, 9,-28,-15, 19,-26, 43, 25,-27,-28,-16,-18,-27,-10, 9,-18, 3,-18; D=-6; /I: I=-6; MD=-12; /M: SY='Q'; M= 0, -4,-21, -6, 4,-21,-12, -7,-13, 0,-14, -5, -1,-13, 11, 0, 5, -1,-11,-26,-13, 7; D=-6; /I: I=-6; MD=-12; /M: SY='S'; M= 1, 7,-19, 6, -1,-16, -5, -8,-17, -8,-17,-13, 7,-14, -4,-10, 9, 3,-12,-28,-12, -3; D=-6; /I: I=-6; MD=-12; /M: SY='S'; M= 0, 2,-19, -2, 1,-21, -3, -6,-16, -6,-16, -7, 6,-13, 7, -7, 11, 4,-15,-29,-15, 4; D=-6; /I: I=-6; MI=0; MD=-12; IM=0; DM=-12; /M: SY='A'; M= 23, -5,-11, -9, -5,-19, -3,-15,-15,-10,-20,-15, 0, -4, -5,-14, 23, 12, -6,-30,-19, -5; D=-6; /I: I=-6; DM=-12; /M: SY='Q'; M= -6, 1,-23, 1, 9,-17,-16, -5,-19, 6,-19,-10, 2,-12, 10, 5, 3, -2,-16,-24,-10, 10; D=-6; /I: I=-6; DM=-12; /M: SY='Q'; M= 0, -3,-23, -6, -2,-22, -9, -4,-15, 3,-16, -4, -1,-11, 5, 2, -1, -5,-12,-24,-12, 1; D=-6; /I: I=-6; DM=-12; /M: SY='F'; M=-18,-26,-21,-33,-26, 64,-28,-11, -1,-24, 6, -1,-18,-28,-31,-17,-17, -8, -2, 12, 37,-26; D=-6; /I: I=-6; DM=-12; /M: SY='R'; M= -5, -7,-25, -8, 1,-12,-18, -1,-17, 10,-17, -9, -4,-16, 5, 13, -2, -5,-14,-13, 7, 1; /M: SY='K'; M= -7, 0,-26, -1, 6,-24,-13, -9,-25, 21,-23,-11, 1,-12, 6, 16, -1, -2,-18,-23,-12, 6; /M: SY='Q'; M= -4, 0,-17, -2, 1,-23,-12, -3,-20, 3,-19, -9, 1,-13, 8, 0, 7, 8,-14,-28,-12, 4; /I: I=-10; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22; /M: SY='A'; M= 34, -6,-12,-14, -9,-20, 2,-17,-14, -9,-15,-12, -4,-11, -8,-15, 14, 5, -5,-24,-20, -9; /M: SY='R'; M=-10, -4,-25, -6, -1,-22,-14, 7,-22, 14,-20, -8, 2,-15, 5, 19, -3, -4,-15,-25, -8, 0; /M: SY='K'; M=-11, 5,-27, 5, 10,-26,-18, -3,-25, 23,-22,-11, 5,-13, 12, 21, -4, -6,-20,-24,-10, 10; /I: I=-10; MD=-21; /M: SY='L'; M= -8,-25,-20,-28,-19, 5,-28,-18, 19,-22, 27, 18,-23,-25,-15,-18,-19, -5, 14,-20, -1,-18; D=-10; /I: I=-10; MD=-21; /M: SY='N'; M= -1, 7,-22, -2, -1,-20,-10, -2,-18, 12,-19, -6, 15,-16, 4, 14, 0, -3,-16,-26,-14, 0; D=-10; /I: I=-10; MD=-21; /M: SY='R'; M=-12, -7,-24, -8, 1,-15,-18, -4,-18, 13,-11, -6, 0,-17, 6, 30, -5, -5,-15,-22, -9, 1; D=-10; /I: I=-10; MI=-21; MD=-21; IM=-21; DM=-21; /M: SY='K'; M= -7, -2,-12, -4, 7,-26,-19, -6,-22, 18,-20, -7, -3,-13, 12, 11, -5, -7,-17,-24,-12, 9; D=-10; /I: I=-10; DM=-21; /M: SY='M'; M= -7,-17, -6,-23,-17, 5,-22, -7, 0,-10, 2, 14,-16,-23,-10,-10,-11, -5, 0,-14, 8,-14; D=-10; /I: I=-10; DM=-21; /M: SY='W'; M=-10,-22,-23,-24,-17, -3,-21,-21,-12,-10,-10, -9,-22,-23,-13,-11,-19,-12,-13, 44, 6,-13; D=-10; /I: I=-10; DM=-21; /M: SY='W'; M=-16,-22,-34,-23,-20, 7,-24,-15, -3,-17, -4, -3,-22,-24,-15,-17,-24,-17,-10, 46, 17,-16; D=-10; /I: I=-10; DM=-21; /M: SY='K'; M= -7, -5,-26, -6, 7,-22,-19, -6,-20, 21,-17, -5, -4,-13, 11, 19, -6, -7,-15,-21, -9, 8; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
| Total number of hits | 104 in 104 different sequences |
| Number of true positive hits | 104 in 104 different sequences |
| Number of 'unknown' hits | 0 |
| Number of false positive hits | 0 |
| Number of false negative sequences | 0 |
| Number of 'partial' sequences | 0 |
| Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
| Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 100.00 % |
Comments [info]
| Matrix type [info] | protein_domain |
| Scaling database [info] | window20_shuffled |
| Author [info] | CJA_Sigrist |
| Taxonomic range [info] | Eukaryotes |
| Maximum number of repetitions [info] | 1 |
| Feature key [info] | DOMAIN |
| Feature description [info] | v-SNARE coiled-coil homology |
| Version [info] | 5 |
Cross-references [info]
| UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
104 sequences
NSYB_DROME (Q9W0C1), NYV1_YEAST (Q12255), S22BA_DANRE (Q7ZV15), S22BB_DANRE (Q7SXP0), SC221_ARATH (Q94AU2), SC22B_CHICK (Q5ZJW4), SC22B_CRIGR (O08595), SC22B_HUMAN (O75396), SC22B_MOUSE (O08547), SC22B_PONAB (Q5RAI9), SC22B_RAT (Q4KM74), SC22B_XENTR (Q6P7L4), SEC22_CANGA (Q6FWT0), SEC22_EREGS (Q74ZD2), SEC22_KLULA (Q6CJA0), SEC22_SCHPO (Q9Y7L0), SEC22_YARLI (Q6C880), SEC22_YEAST (P22214), SNB5_CAEEL (P34351), SNC1_YEAST (P31109), SNC2_YEAST (P33328), STB5L_DANRE (Q5SQE2), STB5L_HUMAN (Q9Y2K9), STB5L_MOUSE (Q5DQR4), STXB5_HUMAN (Q5T5C0), STXB5_MOUSE (Q8K400), STXB5_RAT (Q9WU70), STXB6_BOVIN (Q2YDL1), STXB6_HUMAN (Q8NFX7), STXB6_MOUSE (Q8R3T5), SYB1_CAEBR (Q60WU2), SYB1_CAEEL (O02495), SYB1_SCHPO (Q92356), SYBA_DICDI (Q6TMJ9), SYBB_DICDI (Q54GB3), SYBL_SCHMA (Q27236), SYB_APLCA (P35589), SYB_DORPE (P47194), SYB_DROME (P18489), SYB_TETCF (P13701), VA711_ARATH (O49377), VA712_ARATH (Q9SIQ9), VA713_ARATH (Q9LFP1), VA714_ARATH (Q9FMR5), VA721_ARATH (Q9ZTW3), VA722_ARATH (P47192), VA723_ARATH (Q8VY69), VA724_ARATH (O23429), VA725_ARATH (O48850), VA726_ARATH (Q9MAS5), VA727_ARATH (Q9M376), VAM7A_DICDI (Q54NW7), VAM7B_DICDI (Q86AQ7), VAMP1_BOVIN (Q0V7N0), VAMP1_HUMAN (P23763), VAMP1_MOUSE (Q62442), VAMP1_RAT (Q63666), VAMP2_BOVIN (P63026), VAMP2_HUMAN (P63027), VAMP2_MACMU (Q9N0Y0), VAMP2_MOUSE (P63044), VAMP2_RAT (P63045), VAMP2_XENLA (P47193), VAMP3_BOVIN (Q2KJD2), VAMP3_HUMAN (Q15836), VAMP3_MACFA (Q4R8T0), VAMP3_MOUSE (P63024), VAMP3_RAT (P63025), VAMP4_BOVIN (Q32L97), VAMP4_HUMAN (O75379), VAMP4_MOUSE (O70480), VAMP5_BOVIN (Q2KHY2), VAMP5_HUMAN (O95183), VAMP5_MOUSE (Q9Z2P8), VAMP5_RAT (Q9Z2J5), VAMP7_BOVIN (Q17QI5), VAMP7_CHICK (Q5ZL74), VAMP7_HUMAN (P51809), VAMP7_MOUSE (P70280), VAMP7_PONAB (Q5RF94), VAMP7_RAT (Q9JHW5), VAMP8_BOVIN (Q3T0Y8), VAMP8_HUMAN (Q9BV40), VAMP8_MOUSE (O70404), VAMP8_PONAB (Q5REQ5), VAMP8_RAT (Q9WUF4), YKT61_ARATH (Q9ZRD6), YKT62_ARATH (Q9LVM9), YKT6A_XENLA (Q6DDU7), YKT6B_XENLA (Q32N70), YKT6_BOVIN (Q3T000), YKT6_CANGA (Q6FW27), YKT6_DANRE (Q7ZUN8), YKT6_DEBHA (Q6BSL0), YKT6_DICDI (Q54ES8), YKT6_EREGS (Q757A4), YKT6_HUMAN (O15498), YKT6_KLULA (Q6CSA2), YKT6_MOUSE (Q9CQW1), YKT6_RAT(Q5EGY4), YKT6_SCHPO (O60073), YKT6_XENTR (Q6P816), YKT6_YARLI (Q6C537), YKT6_YEAST (P36015)» more
|
| PDB [Detailed view] |
58 PDB
1GL2; 1KIL; 1L4A; 1N7S; 1SFC; 1URQ; 2KOG; 2N1T; 2NPS; 2NUP; 2NUT; 3B5N; 3EGD; 3EGX; 3FIE; 3FII; 3HD7; 3IPD; 3J96; 3J97; 3J98; 3J99; 3KYQ; 3RK2; 3RK3; 3RL0; 3ZYM; 4B93; 4WY4; 5CCG; 5CCH; 5CCI; 5KJ7; 5KJ8; 5VNE; 5VNF; 5VNG; 5VNH; 5VNI; 5VNJ; 5VNK; 5VNL; 5VNM; 5VNN; 5VNO; 5W5C; 5W5D; 6IP1; 6J74; 6J7F; 6J7X; 6MDM; 6MDN; 6MTI; 6WVW; 7BV6; 7UDB; 7UDC » more |