PROSITE entry PS50864

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	SAND
Accession [info]	PS50864
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-JUL-2002 CREATED; 07-APR-2021 DATA UPDATE; 27-MAR-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC50864
Associated ProRule [info]	PRU00185

Name and characterization of the entry

Description [info]

SAND domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=81;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=76;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=0.8735000; R2=0.0131619; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=3970.2526855; R2=6.6714802; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=580; H_SCORE=7840; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=428; H_SCORE=6826; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-9; D=-20; I=-20; B1=-60; E1=-60; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='E';  M= -7,  2,-25,  2,  6,-20,-13,-10, -9, -8,-13, -7,  1, -5, -2,-12,  2, -2,-11,-30,-15,  1;
/M: SY='E';  M= -7, -4,-31,  0, 18,-24,-20, -8,-16, -3,-13,-10, -9,  4, 11, -8, -7,-11,-20,-14,-13, 14;
/M: SY='N';  M= -4, 11,-18,  1, -5,-11,-13, -7,-11, -7,-15,-11, 18,-16, -4, -8,  7, 13,-12,-29,-11, -5;
/M: SY='I';  M= -4,-16,-22,-17,-12,-10,-24,-17, 11,-14,  3, 10,-18, -5,-13,-17,-12, -7, 11,-26,-11,-14;
/M: SY='D';  M= -1, 14,-22, 17, 10,-29,-10, -5,-24, -3,-24,-18,  8, -3,  8, -8, 12,  3,-20,-33,-18,  9;
/M: SY='F';  M=  5,-20,-16,-28,-20, 15,-21,-20,  6,-20,  9,  5,-17,-21,-20,-19, -7,  2,  8,-15,  0,-19;
/M: SY='E';  M= -7, -4,-26, -4,  4,-18,-11, -1,-15, -2,-16, -9,  0, -7,  3, -5,  0, -5,-16,-24, -7,  2;
/I:         I=-4; MD=-23;
/M: SY='A';  M=  1, -5,-11, -5, -2,-19,-10, -5,-13,  0,-13, -7, -6,-15, -3, -5, -3, -7, -5,-24,-12, -3; D=-4;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23;
/M: SY='R';  M= -3,-11,-25,-12, -2,-18,-19,-14, -7, -1,-14, -8, -6,  1, -3,  2,  1,  0, -7,-26,-14, -5;
/M: SY='A';  M=  7,-10,-19,-13, -1,-11,-19,-15, -2, -7, -3, -4,-12,-14, -7,-12, -2,  2,  2,-21, -7, -5;
/M: SY='L';  M=-10,-28,-18,-30,-25, 19,-29,-17, 18,-23, 22, 14,-26,-29,-24,-18,-20, -7, 19,-12, 12,-24;
/M: SY='P';  M= -4,-12,-32, -7,  5,-29,-18,-14,-19, -6,-24,-15,-13, 50,  3,-13, -3, -3,-24,-28,-23,  1;
/M: SY='V';  M= -4,-29,-16,-32,-28,  1,-31,-27, 33,-22, 16, 17,-27,-27,-25,-21,-14, -4, 40,-26, -6,-28;
/M: SY='T';  M=  2, -5,-16, -9, -5,-16,-16,-15,-15,  4,-16,-10, -2,-13, -4,  6, 11, 19, -4,-28,-13, -5;
/M: SY='C';  M= -6,-16, 96,-24,-24,-20,-24,-26,-28,-26,-22,-20,-14,-34,-24,-26, -1, -4,-10,-48,-28,-24;
/M: SY='G';  M= -2, -9,-30, -9,-16,-29, 57,-18,-39,-11,-29,-19,  0,-19,-16,-10, -1,-19,-29,-20,-27,-16;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-21; IM=0; DM=-21;
/M: SY='A';  M=  7,  4,-19,  0,  3,-17, -7, -9,-15, -6,-15,-13,  3,-13, -5,-11,  5,  3,-10,-25,-11, -1;
/M: SY='V';  M=  6,-21,-13,-24,-20, -5,-22,-24, 15,-19,  7,  4,-19,-23,-20,-19, -2,  4, 24,-28,-10,-20;
/M: SY='K';  M= -8,  0,-14, -1, 10,-24,-19, -8,-22, 15,-22,-12,  1,-13,  7,  9,  0, -2,-15,-28,-15,  8;
/M: SY='G';  M= 18,-10,-23,-14,-16,-26, 45,-20,-29,-16,-23,-16, -4,-16,-16,-20,  4,-13,-19,-20,-26,-16;
/M: SY='I';  M=-10,-13,-26,-20,-11, -5,-28,-18, 11, -6, -1,  3, -7,-16, -9, -7,-10, -2,  5,-21, -4,-12;
/M: SY='L';  M=-10,-28,-20,-30,-20,  8,-28,-16, 20,-26, 43, 29,-28,-28,-16,-18,-28,-10, 10,-20,  0,-18;
/M: SY='Y';  M=-15,-13,-28,-14,-15,  0,-28, 22,  5,-16,  1,  5,-10,-23, -8,-14,-16,-12, -1,-12, 24,-16;
/M: SY='K';  M=-11,-10,-28,-12, -1,-17,-21,-11,-17, 12,-12, -5,-10,-16,  8, 10,-10, -4,-16,  1, -3,  4;
/M: SY='K';  M= -9,  7,-27,  6, 19,-29,-16, -1,-26, 22,-26,-12,  9,-10, 19, 16,  0, -6,-24,-26,-14, 19;
/M: SY='K';  M= -9,-15,-23,-15, -7,-12,-25,-16, -4, 13,  1,  2,-14,-20, -6,  8,-16, -8,  2,-22, -7, -7;
/M: SY='F';  M=-17,-29,-20,-37,-27, 60,-29,-19,  5,-29, 19,  8,-22,-29,-33,-19,-22,-10,  3,  2, 22,-27;
/M: SY='K';  M= -7, -8,-25, -8,  3,-20,-10,-12,-12,  5,-13, -3, -7,-14,  1,  2, -5, -6, -8,-24,-13,  1;
/M: SY='C';  M= -4, -8, 40,-13, -9,-24,-18, -8,-25,-15,-23,-15, -5,-23, -1,-14,  8, -1,-15,-40,-20, -5;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='I';  M= -7,-20,-28,-26,-22,-11, -9,-23, 14,-20,  0,  4,-11,-19,-15,-16, -9, -7,  7,-22,-10,-22;
/M: SY='R';  M= -9, -1,-22, -4, -3,-14,-13, 13,-20,  1,-18,-10,  9,-18,  2, 15,  6, -1,-17,-26, -3, -3;
/M: SY='K';  M= -5,-11,-23,-10, -2,-22,-10,-13,-10,  5,-14, -3,-10,-17,  4,  0, -6, -8, -1,-24,-14,  1;
/M: SY='K';  M= -8, -1,-29, -3,  5,-26,-17, -8,-27, 33,-26,-11,  2, -6,  6, 29, -7, -9,-20,-22,-13,  4;
/M: SY='C';  M= -9,-19,111,-28,-28,-20,-28,-29,-29,-29,-21,-20,-18,-38,-28,-29, -6, -8,-10,-49,-29,-28;
/M: SY='I';  M= -8,-30,-26,-38,-30,  0,-38,-30, 46,-28, 18, 18,-22,-22,-22,-28,-18, -8, 34,-22, -2,-30;
/M: SY='Q';  M=-11, -1,-29,  1, 21,-29,-21,  0,-23, 18,-17, -6, -2,-11, 28, 18, -6,-10,-23,-22,-11, 24;
/M: SY='V';  M= -7,-17,-20,-20,-19,  4,-19,-11,  7,-15, -2,  0,-13,-24,-14,-14, -6, -1, 10,-14, 10,-18;
/M: SY='D';  M= -8,  7,-29, 11, 11,-28, 11, -9,-30,  1,-22,-17,  5,-13, -1, -5, -3,-13,-26,-27,-20,  5;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
/M: SY='G';  M= -5,  7,-26,  9,  1,-28, 25,-11,-33, -7,-27,-20,  8,-14, -7,-10,  5, -7,-26,-28,-23, -3;
/M: SY='E';  M=-11,  9,-28, 12, 25,-29,-18,  5,-27, 15,-23,-13,  6, -9, 18, 11, -1, -6,-26,-27,-13, 21;
/M: SY='W';  M=-16,-32,-31,-34,-26, 25,-27,-18,  1,-23, 10,  0,-30,-30,-23,-19,-29,-16, -5, 47, 26,-22;
/M: SY='Y';  M=-15,-25,-25,-29,-22, 24,-31, -3, 14,-23, 18, 10,-20,-27,-19,-18,-22,-11,  4, -2, 27,-22;
/M: SY='T';  M=  3,  0,-10, -7, -7,-13,-13,-17,-13,-10,-17,-13,  3,-10, -7,-10, 27, 40, -3,-33,-13, -7;
/M: SY='P';  M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='K';  M= -5,  2,-20, -3, -1,-19,-14, -8,-16, 14,-20, -7,  8,-14,  1,  9,  5,  5,-10,-28,-13, -1;
/M: SY='E';  M=-11,  9,-30, 16, 38,-31,-19,  6,-29, 15,-23,-15,  2, -5, 22,  6, -3,-11,-28,-27,-14, 30;
/M: SY='F';  M=-20,-30,-20,-40,-30, 80,-30,-20,  0,-30, 10,  0,-20,-30,-40,-20,-20,-10,  0, 10, 30,-30;
/M: SY='E';  M= -6,  2,-22,  5, 28,-20,-21,-10,-16,  0,-13,-13, -4, -7,  5, -6,  5,  9,-11,-30,-16, 16;
/M: SY='H';  M= -8, -5,-26, -5, -7,-15,-25,  5,  4,-15, -4,  0, -6,-17, -8,-16, -9,-10,  3,-28, -4,-10;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='R';  M= -7, -9,-22, -8,  5,-14,-19, -9,-10,  3, -4, -1, -8,-16,  0,  7, -4, -4, -7,-26,-11,  2;
/M: SY='G';  M= 17,-11,-12,-15,-17,-26, 38,-21,-29,-17,-22,-17, -5,-18,-17,-21,  3,-12,-18,-22,-27,-17;
/M: SY='G';  M= -5, 13,-26, 11, -1,-28, 25, -7,-32, -5,-29,-21, 18,-16, -6, -8,  5, -9,-28,-30,-23, -3;
/M: SY='R';  M=-11, -8,-18, -9, -3,-23, -8, -5,-27, 18,-19, -9, -4,-18,  0, 19,-10,-12,-18,-23,-11, -3;
/M: SY='E';  M=  3,  1,-23,  3,  7,-27,  5,-10,-28,  5,-25,-17,  2,-11,  0,  0,  7, -5,-20,-27,-20,  3;
/M: SY='R';  M= -5,  7,-21,  0,  0,-21,-11, -5,-22, 14,-24,-14, 16,-15,  2, 17,  7,  5,-17,-29,-14,  0;
/M: SY='Q';  M=  3, -5,-21, -7,  4,-24,-13, -7,-15,  4,-14, -6, -3,-13, 15,  1,  6, -1,-14,-25,-13, 10;
/M: SY='K';  M=  1, -2,-26, -4,  6,-28,-16,-12,-26, 39,-26,-10, -2,-10,  6, 21, -6, -8,-16,-20,-12,  6;
/M: SY='D';  M=-17, 36,-27, 43, 11,-31, -9,  3,-33,  6,-28,-24, 26,-14,  2,  7,  1, -7,-28,-36,-18,  6;
/M: SY='W';  M=-14,-33,-43,-33,-24,  4,-16,-26,-20,-18,-22,-20,-31,-26,-16,-18,-25,-21,-26,115, 21,-16;
/M: SY='K';  M= -9, -2,-28, -2,  5,-28, -9,-10,-30, 35,-29,-12,  1,-12,  6, 27, -5, -8,-20,-22,-13,  5;
/M: SY='R';  M=  0,-10,-22,-11, -5,-19, -1, -9,-20,  1,-14, -9, -3,-17,  1, 14,  2, -5,-14,-24,-15, -4;
/M: SY='S';  M= 14, -2, -3, -6, -7,-20,  3,-14,-20,-12,-24,-17,  5,-14, -7,-14, 24, 11,-10,-34,-21, -7;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23;
/M: SY='I';  M=-11,-26,-29,-34,-24, -4,-36,-24, 34,-18, 12, 14,-17,-21,-15,-11,-18, -9, 22,-21, -2,-24;
/M: SY='R';  M= -6, -9,-26,-10,  0,-21,-16, -5,-26, 26,-20,-10, -2,-17,  6, 47, -6, -8,-16,-20,-12,  0;
/M: SY='C';  M=-11,-18, 12,-22,-18, -7,-28, -7, -4, -8, -4,  1,-16,-27,-14,-11,-14, -9,  1,-22,  2,-17;
/M: SY='G';  M=  0,  0,-27, -2, -4,-28, 38,-13,-33, -8,-27,-19,  7,-16, -9,-11,  1,-14,-27,-24,-25, -7;
/M: SY='G';  M=  6, -6,-26, -9,-13,-27, 39,-16,-32, -8,-26,-17,  2,-17,-12, -8,  1,-13,-23,-21,-24,-13;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22;
/M: SY='R';  M= -9,-16,-27,-18,-13,-10,-13,-14,-11, -2,-14, -8,-10,-20, -7,  6, -6, -5, -8,  2, -2,-11;
/M: SY='S';  M= -4,  0,-20, -2, -6,-18, -5,-10,-14, -9,-16, -3,  2,  0, -5,-11,  8,  8,-12,-31,-16, -6;
/M: SY='L';  M=-10,-23,-22,-21, -5,  3,-28,-16, 11,-23, 37, 13,-24,-24,-13,-16,-24,-10,  3,-22, -4, -9;
/M: SY='R';  M=-10, -7,-28, -8,  3,-26,-13, -1,-26, 20,-20, -8, -1,-16, 18, 40, -5,-10,-21,-20,-12,  8;
/M: SY='K';  M= -8, -6,-14, -8,  1,-15,-20,-12,-19,  7,-18,-12, -6,-15, -2,  5, -1,  5,-12,-13, -4, -1;
/M: SY='L';  M= -5,-26,-20,-28,-19,  3,-27,-11, 17,-25, 33, 18,-24,-27,-17,-19,-22, -9, 12,-22, -1,-19;
/M: SY='M';  M= -7,-20,-23,-26,-21, -6, -8,-13, 13,-19, 11, 26,-15,-21,-11,-17,-13,-10,  5,-21, -7,-17;
/M: SY='E';  M=-12, 12,-19, 19, 29,-35,-19,  0,-29,  8,-23,-15,  3, -9, 25,  1, -1,-10,-28,-30,-17, 27;
/M: SY='N';  M= -1,  9,-21,  6,  8,-25, -9, -1,-19,  2,-22, -9, 13,-12, 13, -2, 11,  0,-19,-31,-16, 10;
/M: SY='G';  M= -6,-12,-14,-14,-16,-18, 29,-17,-30, -9,-22,-11, -5,-21,-15, -7, -6,-16,-21,-21,-20,-16;
/M: SY='T';  M= -4,-10,-19,-13, -6, -6,-12,-14, -7,-13, -8, -5, -6,-16, -4,-11,  5,  8, -4,-23, -8, -5;
/M: SY='L';  M= -8,-29,-12,-32,-25,  4,-32,-25, 25,-28, 32, 16,-27,-29,-22,-23,-23, -8, 20,-24, -4,-25;
/M: SY='D';  M=-12, 12,-29, 20,  6,-29,-15, -8,-23, -6,-22,-18,  4, 18, -1,-12, -1, -3,-24,-33,-20,  1;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_02 which contains 571'282 sequence entries.

Total number of hits	29 in 29 different sequences
Number of true positive hits	29 in 29 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	CJA_Sigrist
Taxonomic range [info]	Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info]	1
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	SAND
Version [info]	6

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

29 sequences

AIRE_HUMAN  (O43918), AIRE_MOUSE  (Q9Z0E3), DEAF1_DROME (Q24180),

DEAF1_HUMAN (O75398), DEAF1_MOUSE (Q9Z1T5), DEAF1_PANTR (O77562), 
DEAF1_RAT   (O88450), GMEB1_BOVIN (Q2HJ87), GMEB1_HUMAN (Q9Y692), 
GMEB1_MOUSE (Q9JL60), GMEB1_RAT   (Q9QUZ8), GMEB2_HUMAN (Q9UKD1), 
GMEB2_MOUSE (P58929), GMEB2_RAT   (O88873), IFI75_MUSCR (Q921C6), 
SP100_GORGO (Q9N1Q6), SP100_HUMAN (P23497), SP100_HYLLA (Q9N1Q5), 
SP100_MOUSE (O35892), SP100_MUSCR (O35893), SP100_PANTR (Q9N1Q7), 
SP110_HUMAN (Q9HB58), SP110_MOUSE (Q8BVK9), SP110_RAT   (Q3KRF1), 
SP140_HUMAN (Q13342), SP14L_HUMAN (Q9H930), SPE44_CAEEL (Q18171), 
ULT1_ARATH  (Q8GZA8), ULT2_ARATH  (Q8S8I2)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

PDB
[Detailed view]

3 PDB

1H5P; 1OQJ; 1UFN