PROSITE entry PS50858

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

PURL [info]	https://purl.expasy.org/prosite/signature/PS50858
Entry name [info]	BSD
Accession [info]	PS50858
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-MAY-2003 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC50858
Associated ProRule [info]	PRU00036

Name and characterization of the entry

Description [info]

BSD domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=53;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=48;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=0.7419000; R2=0.0212828; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2313.5722656; R2=2.2196531; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=365; H_SCORE=3124; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=271; H_SCORE=2915; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-20; I=-20; B1=-60; E1=-60; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='W';  M=-11,-13,-24,-14,-12, -6,-16,-15,-14,-12,-10,-10,-13,-23, -8, -8,-16,-13,-15, 25,  0, -9;
/M: SY='E';  M= -7,  0,-17,  1,  5,-14,-20,-11,-12, -3, -9, -9, -2,-15, -3, -5, -2,  0, -8,-28,-12,  1;
/M: SY='N';  M= -9, 10,-24, 10,  7,-18,-11, -6,-18, -4,-14,-14, 11, -7, -3, -7,  0, -4,-20,-31,-16,  2;
/M: SY='E';  M=  1, -2,-23, -3,  4,-17, -8, -6,-19,  0,-19,-12,  0, -9,  1, -2,  4, -4,-16,-24,-13,  2;
/M: SY='F';  M=-12,-13,-22,-15, -7, 13,-25,-14, -1,-12,  5,  1,-13,-21,-15,-11,-13, -6, -1,-15,  4,-10;
/M: SY='N';  M= -7,  2,-18,  0, -2,-18,-15, -8,-14,  3,-13, -5,  4,-16,  1,  2,  2,  1,-11,-29,-12, -1;
/M: SY='L';  M= -8,-23,-18,-25,-20, 11,-26,-18, 10,-18, 13,  6,-19,-25,-19,-13,-12, -2, 13,-17,  4,-20;
/M: SY='D';  M=-12, 26,-26, 33, 26,-31,-12, -1,-31,  6,-26,-22, 15, -8,  7, -2,  4, -4,-26,-35,-19, 17;
/M: SY='A';  M=  1,-12,-24,-15, -1,-12,-15,-14, -4, -6, -3, -1,-11,-15, -2,-10, -7, -8, -6,-16, -9, -2;
/M: SY='Q';  M= -8,  7,-25,  6,  6,-25,-16, -1,-20,  9,-18, -7,  7,-13, 16,  6,  0, -2,-19,-25,-10, 11;
/M: SY='R';  M= -7, -5,-17, -6, -1,-16,-16, -5,-16,  3,-15, -9, -2,-17,  0,  7,  0,  0,-11,-24, -7, -3;
/M: SY='E';  M= -6, 10,-27, 15, 28,-25,-12, -5,-27,  5,-21,-18,  3, -4,  8, -3,  0, -7,-24,-28,-17, 18;
/M: SY='E';  M= -9, -6,-26, -6,  9,-15,-23,  9, -7, -5, -2,  1, -6,-16,  7, -6, -9,-10,-11,-23, -3,  7;
/M: SY='I';  M=  1,-20,-23,-25,-14, -9,-26,-18, 17,-15, 10, 11,-16,-18, -5,-15,-12, -7, 11,-21, -7,-11;
/M: SY='E';  M= -6, -3,-18, -3, 13,-17,-19, -5,-16,  1,-11, -9, -4,-13,  5, -1,  0, -2,-13,-27,-12,  9;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22;
/M: SY='A';  M=  3, -7,-21, -8, -3,-17,-10,-13, -9, -5, -8, -6, -4,-15, -4, -6,  1, -3, -6,-26,-14, -4;
/M: SY='L';  M= -9,-26,-23,-30,-23,  3,-32,-21, 29,-26, 31, 22,-24,-25,-18,-22,-23, -9, 19,-22, -2,-22;
/M: SY='L';  M=-11,-22,-22,-23,-10, 12,-27,-15,  8,-22, 26, 11,-21,-24,-13,-16,-20, -9,  2,-17,  1,-11;
/M: SY='E';  M= -5,  5,-19,  5, 13,-27,-16, -5,-24, 13,-21,-13,  3,-12, 11, 10,  0, -5,-19,-27,-15, 12;
/M: SY='E';  M= -8,  5,-26,  6, 14,-24, -4, -3,-23,  1,-17,-13,  5,-12,  5, -3,  0, -6,-22,-28,-16, 10;
/M: SY='N';  M= -7, 14,-23, 12,  1,-17,-12,  7,-19, -1,-20,-14, 15,-17, -2, -2,  2, -4,-17,-26, -3, -2;
/I:         I=-6; MD=-32;
/M: SY='P';  M= -8, -6,-31, -3,  4,-27,-13,-13,-23,  6,-29,-17, -4, 39, -3, -4, -3, -7,-25,-28,-22, -2; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='D';  M= -2,  0,-22,  3,  3,-17, -7,-11,-13,-10, -8,-10, -3,-15, -6,-13, -2, -6, -9,-26,-12, -2;
/M: SY='L';  M= -8,-28,-20,-28,-19,  5,-30,-21, 23,-25, 34, 17,-27,-27,-19,-20,-23, -8, 18,-23, -3,-20;
/M: SY='R';  M= -1, -8,-23,-10,  0,-17,-16, -9,-17, 14,-15, -5, -5,-15,  5, 17, -3, -5,-11,-21,-10,  2;
/M: SY='K';  M=  1, -3,-24, -5,  5,-25,-12, -2,-20, 14,-18, -6, -1,-12, 12,  8, -2, -7,-17,-23,-11,  8;
/M: SY='L';  M= -5,-21,-20,-25,-18,  1,-27,-14, 13,-16, 15, 11,-20,-23,-14,-14,-15, -4, 12,-19,  1,-17;
/M: SY='Y';  M=-17,-15,-27,-18,-13, 13,-24,  8, -8, -1, -5,  3,-10,-24, -4,  8,-15,-10,-10,  0, 29,-11;
/M: SY='N';  M= -6,  6,-23,  1,  3,-11,-16, -6,-14,  1,-14,-10,  8,-15, -1, -3, -2, -3,-15,-23, -7,  1;
/M: SY='E';  M=-11,  9,-28, 13, 20,-26,-17, -1,-25, 11,-19,-13,  4,-11, 13, 10, -3, -8,-23,-25,-11, 16;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-19; IM=0; DM=-19;
/M: SY='L';  M= -7,-19,-18,-22,-19,  1,-25,-13, 17,-21, 18, 11,-15,-25,-17,-17,-14, -5, 15,-23, -2,-19; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-19;
/M: SY='V';  M= -1,-24,  0,-26,-21, -5,-28,-25, 17,-19,  6,  6,-25,-27,-23,-19,-10, -3, 30,-30,-12,-22;
/M: SY='P';  M= -6,-10,-31, -5,  0,-26,-15,-15,-20, -7,-29,-19, -6, 54, -7,-14,  2, -1,-25,-32,-26, -7;
/I:         I=-6; MD=-32;
/M: SY='K';  M=  1,  2,-21,  1,  1,-23, -5,  3,-22,  6,-22,-11,  4,-13,  2,  2,  4, -4,-15,-26,-12,  1; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M:         M= -5,-10,-24,-11, -3,-12,-17, -4, -6, -3, -7, -2, -7,-15, -2, -5, -7, -7, -5,-19, -1, -4;
/M: SY='I';  M= -7,-26,-18,-30,-23,  5,-28,-19, 24,-22, 23, 23,-24,-26,-18,-19,-17, -6, 22,-23, -3,-21;
/M: SY='S';  M= -2,  7,-20,  8,  1,-19,-12,-11,-22,  1,-24,-17,  5, -4, -3, -5, 13, 11,-15,-31,-15, -1;
/M: SY='E';  M= -8,  5,-29,  9, 22,-20,-18,  7,-21, -1,-18,-14,  2, -1,  5, -7, -3, -9,-23,-23, -4, 12;
/M: SY='E';  M= -6, 10,-25, 16, 19,-26,-11, -2,-26,  3,-24,-18,  5, -6,  4, -4,  6, -4,-21,-30,-15, 11;
/M: SY='E';  M=-10, 10,-20, 14, 19,-27,-18,  0,-22,  2,-18,-12,  3,-11, 11, -3,  1, -2,-18,-31,-14, 15;
/M: SY='F';  M=-20,-30,-20,-40,-30, 80,-30,-20,  0,-30, 10,  0,-20,-30,-40,-20,-20,-10,  0, 10, 30,-30;
/M: SY='W';  M=-20,-40,-50,-40,-30, 10,-20,-30,-20,-20,-20,-20,-40,-30,-20,-20,-40,-30,-30,150, 30,-20;
/M: SY='S';  M=  2, -7,-15,-10, -4,-13,-13, -5,-19,  3,-17,-10, -2,-15, -1,  5,  6,  2,-11,-25, -9, -3;
/M: SY='R';  M=-13, -2,-25, -7, -7,-12,-21, -9,-10,  6,-13, -7,  5,-17, -3, 18, -4,  2, -9,-24, -8, -7;
/M: SY='Y';  M=-20,-20,-28,-22,-18, 28,-28,  6, -6, -6,  0, -1,-16,-28,-12,  5,-18,-10, -9, 13, 48,-18;
/M: SY='F';  M=-18,-28,-23,-35,-26, 56,-30,-16,  5,-24, 11,  3,-20,-28,-31,-18,-20,-10,  2,  6, 29,-26;
/M: SY='Y';  M=-11,-11,-26,-14, -9, -2,-21,  0, -7, -7, -7, -3, -7,-16,  0, -5, -8, -6,-12, -3, 12, -5;
/M: SY='L';  M= -2,-12,-20,-14, -7,-11,-18,-10, -6, -3,  3,  0, -8,-19, -4,  0, -5, -3, -4,-25, -9, -6;
/M: SY='V';  M= -9,-15,-22,-16, -8, -8,-25, -8,  3, -5,  6,  4,-13,-22, -9, -1,-14, -8,  7,-25, -6,-10;
/M: SY='H';  M=-11, -6,-27, -6, -3,-10, -8, 12,-17, -4,-10, -5, -2,-20, -2,  3, -8,-11,-17,-16,  7, -5;
/M: SY='A';  M=  1,-14,-10,-17,-10, -7,-16,-18,-10, -4, -9, -7,-11,-11,-11, -8, -3, -2, -4,-23,-11,-10;
/M: SY='H';  M=-11,-10,-25,-12,-11, -5,-24,  5,  0,-10, -1,  1, -6,-21, -8, -6,-11, -9, -2,-20,  5,-12;
/M: SY='E';  M= -1, -8,-23, -8,  6,-15,-14,-10,-16,  5, -9, -7, -6,-14,  1,  6, -3, -5,-11,-23,-12,  3;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2025_02 which contains 573'230 sequence entries.

Total number of hits	32 in 23 different sequences
Number of true positive hits	32 in 23 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info]	2
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	window20_shuffled
Author [info]	CJA_Sigrist
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	BSD
Version [info]	5

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

23 sequences

BSC1A_XENLA (Q6INU2), BSC1B_XENLA (Q6NTW1), BSDC1_BOVIN (Q3SX22),

BSDC1_CHICK (Q5ZIK6), BSDC1_DANRE (A2BIJ3), BSDC1_HUMAN (Q9NW68), 
BSDC1_MOUSE (Q80Y55), BSDC1_XENTR (Q5BJ78), DOS2_YEAST  (P54858), 
RASP3_TOXGG (S7UIF3), SAP47_DROME (Q960T2), SYAP1_HUMAN (Q96A49), 
SYAP1_MOUSE (Q9D5V6), TF2H1_DICDI (Q55FP1), TF2H1_DROME (Q960E8), 
TF2H1_HUMAN (P32780), TF2H1_MOUSE (Q9DBA9), TFB1A_ARATH (Q3ECP0), 
TFB1C_ARATH (Q9M322), TFB1_NEUCR  (Q9P5N7), TFB1_SCHPO  (O13745), 
TFB1_YEAST  (P32776), YF3E_SCHPO  (O13905)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

PDB
[Detailed view]

59 PDB

1X3A; 2DII; 5OQJ; 5OQM; 6GYM; 6NMI; 6O9L; 6O9M; 7AD8; 7BUL; 7EGB; 7EGC;
» more