PROSITE entry PS50858

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
PURL: https://purl.expasy.org/prosite/signature/PS50858

Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	BSD
Accession [info]	PS50858
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-MAY-2003 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC50858
Associated ProRule [info]	PRU00036

Name and characterization of the entry

Description [info]

BSD domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=53;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=48;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=0.7419000; R2=0.0212828; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2313.5722656; R2=2.2196531; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=365; H_SCORE=3124; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=271; H_SCORE=2915; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-20; I=-20; B1=-60; E1=-60; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='W';  M=-11,-13,-24,-14,-12, -6,-16,-15,-14,-12,-10,-10,-13,-23, -8, -8,-16,-13,-15, 25,  0, -9;
/M: SY='E';  M= -7,  0,-17,  1,  5,-14,-20,-11,-12, -3, -9, -9, -2,-15, -3, -5, -2,  0, -8,-28,-12,  1;
/M: SY='N';  M= -9, 10,-24, 10,  7,-18,-11, -6,-18, -4,-14,-14, 11, -7, -3, -7,  0, -4,-20,-31,-16,  2;
/M: SY='E';  M=  1, -2,-23, -3,  4,-17, -8, -6,-19,  0,-19,-12,  0, -9,  1, -2,  4, -4,-16,-24,-13,  2;
/M: SY='F';  M=-12,-13,-22,-15, -7, 13,-25,-14, -1,-12,  5,  1,-13,-21,-15,-11,-13, -6, -1,-15,  4,-10;
/M: SY='N';  M= -7,  2,-18,  0, -2,-18,-15, -8,-14,  3,-13, -5,  4,-16,  1,  2,  2,  1,-11,-29,-12, -1;
/M: SY='L';  M= -8,-23,-18,-25,-20, 11,-26,-18, 10,-18, 13,  6,-19,-25,-19,-13,-12, -2, 13,-17,  4,-20;
/M: SY='D';  M=-12, 26,-26, 33, 26,-31,-12, -1,-31,  6,-26,-22, 15, -8,  7, -2,  4, -4,-26,-35,-19, 17;
/M: SY='A';  M=  1,-12,-24,-15, -1,-12,-15,-14, -4, -6, -3, -1,-11,-15, -2,-10, -7, -8, -6,-16, -9, -2;
/M: SY='Q';  M= -8,  7,-25,  6,  6,-25,-16, -1,-20,  9,-18, -7,  7,-13, 16,  6,  0, -2,-19,-25,-10, 11;
/M: SY='R';  M= -7, -5,-17, -6, -1,-16,-16, -5,-16,  3,-15, -9, -2,-17,  0,  7,  0,  0,-11,-24, -7, -3;
/M: SY='E';  M= -6, 10,-27, 15, 28,-25,-12, -5,-27,  5,-21,-18,  3, -4,  8, -3,  0, -7,-24,-28,-17, 18;
/M: SY='E';  M= -9, -6,-26, -6,  9,-15,-23,  9, -7, -5, -2,  1, -6,-16,  7, -6, -9,-10,-11,-23, -3,  7;
/M: SY='I';  M=  1,-20,-23,-25,-14, -9,-26,-18, 17,-15, 10, 11,-16,-18, -5,-15,-12, -7, 11,-21, -7,-11;
/M: SY='E';  M= -6, -3,-18, -3, 13,-17,-19, -5,-16,  1,-11, -9, -4,-13,  5, -1,  0, -2,-13,-27,-12,  9;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22;
/M: SY='A';  M=  3, -7,-21, -8, -3,-17,-10,-13, -9, -5, -8, -6, -4,-15, -4, -6,  1, -3, -6,-26,-14, -4;
/M: SY='L';  M= -9,-26,-23,-30,-23,  3,-32,-21, 29,-26, 31, 22,-24,-25,-18,-22,-23, -9, 19,-22, -2,-22;
/M: SY='L';  M=-11,-22,-22,-23,-10, 12,-27,-15,  8,-22, 26, 11,-21,-24,-13,-16,-20, -9,  2,-17,  1,-11;
/M: SY='E';  M= -5,  5,-19,  5, 13,-27,-16, -5,-24, 13,-21,-13,  3,-12, 11, 10,  0, -5,-19,-27,-15, 12;
/M: SY='E';  M= -8,  5,-26,  6, 14,-24, -4, -3,-23,  1,-17,-13,  5,-12,  5, -3,  0, -6,-22,-28,-16, 10;
/M: SY='N';  M= -7, 14,-23, 12,  1,-17,-12,  7,-19, -1,-20,-14, 15,-17, -2, -2,  2, -4,-17,-26, -3, -2;
/I:         I=-6; MD=-32;
/M: SY='P';  M= -8, -6,-31, -3,  4,-27,-13,-13,-23,  6,-29,-17, -4, 39, -3, -4, -3, -7,-25,-28,-22, -2; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='D';  M= -2,  0,-22,  3,  3,-17, -7,-11,-13,-10, -8,-10, -3,-15, -6,-13, -2, -6, -9,-26,-12, -2;
/M: SY='L';  M= -8,-28,-20,-28,-19,  5,-30,-21, 23,-25, 34, 17,-27,-27,-19,-20,-23, -8, 18,-23, -3,-20;
/M: SY='R';  M= -1, -8,-23,-10,  0,-17,-16, -9,-17, 14,-15, -5, -5,-15,  5, 17, -3, -5,-11,-21,-10,  2;
/M: SY='K';  M=  1, -3,-24, -5,  5,-25,-12, -2,-20, 14,-18, -6, -1,-12, 12,  8, -2, -7,-17,-23,-11,  8;
/M: SY='L';  M= -5,-21,-20,-25,-18,  1,-27,-14, 13,-16, 15, 11,-20,-23,-14,-14,-15, -4, 12,-19,  1,-17;
/M: SY='Y';  M=-17,-15,-27,-18,-13, 13,-24,  8, -8, -1, -5,  3,-10,-24, -4,  8,-15,-10,-10,  0, 29,-11;
/M: SY='N';  M= -6,  6,-23,  1,  3,-11,-16, -6,-14,  1,-14,-10,  8,-15, -1, -3, -2, -3,-15,-23, -7,  1;
/M: SY='E';  M=-11,  9,-28, 13, 20,-26,-17, -1,-25, 11,-19,-13,  4,-11, 13, 10, -3, -8,-23,-25,-11, 16;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-19; IM=0; DM=-19;
/M: SY='L';  M= -7,-19,-18,-22,-19,  1,-25,-13, 17,-21, 18, 11,-15,-25,-17,-17,-14, -5, 15,-23, -2,-19; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-19;
/M: SY='V';  M= -1,-24,  0,-26,-21, -5,-28,-25, 17,-19,  6,  6,-25,-27,-23,-19,-10, -3, 30,-30,-12,-22;
/M: SY='P';  M= -6,-10,-31, -5,  0,-26,-15,-15,-20, -7,-29,-19, -6, 54, -7,-14,  2, -1,-25,-32,-26, -7;
/I:         I=-6; MD=-32;
/M: SY='K';  M=  1,  2,-21,  1,  1,-23, -5,  3,-22,  6,-22,-11,  4,-13,  2,  2,  4, -4,-15,-26,-12,  1; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M:         M= -5,-10,-24,-11, -3,-12,-17, -4, -6, -3, -7, -2, -7,-15, -2, -5, -7, -7, -5,-19, -1, -4;
/M: SY='I';  M= -7,-26,-18,-30,-23,  5,-28,-19, 24,-22, 23, 23,-24,-26,-18,-19,-17, -6, 22,-23, -3,-21;
/M: SY='S';  M= -2,  7,-20,  8,  1,-19,-12,-11,-22,  1,-24,-17,  5, -4, -3, -5, 13, 11,-15,-31,-15, -1;
/M: SY='E';  M= -8,  5,-29,  9, 22,-20,-18,  7,-21, -1,-18,-14,  2, -1,  5, -7, -3, -9,-23,-23, -4, 12;
/M: SY='E';  M= -6, 10,-25, 16, 19,-26,-11, -2,-26,  3,-24,-18,  5, -6,  4, -4,  6, -4,-21,-30,-15, 11;
/M: SY='E';  M=-10, 10,-20, 14, 19,-27,-18,  0,-22,  2,-18,-12,  3,-11, 11, -3,  1, -2,-18,-31,-14, 15;
/M: SY='F';  M=-20,-30,-20,-40,-30, 80,-30,-20,  0,-30, 10,  0,-20,-30,-40,-20,-20,-10,  0, 10, 30,-30;
/M: SY='W';  M=-20,-40,-50,-40,-30, 10,-20,-30,-20,-20,-20,-20,-40,-30,-20,-20,-40,-30,-30,150, 30,-20;
/M: SY='S';  M=  2, -7,-15,-10, -4,-13,-13, -5,-19,  3,-17,-10, -2,-15, -1,  5,  6,  2,-11,-25, -9, -3;
/M: SY='R';  M=-13, -2,-25, -7, -7,-12,-21, -9,-10,  6,-13, -7,  5,-17, -3, 18, -4,  2, -9,-24, -8, -7;
/M: SY='Y';  M=-20,-20,-28,-22,-18, 28,-28,  6, -6, -6,  0, -1,-16,-28,-12,  5,-18,-10, -9, 13, 48,-18;
/M: SY='F';  M=-18,-28,-23,-35,-26, 56,-30,-16,  5,-24, 11,  3,-20,-28,-31,-18,-20,-10,  2,  6, 29,-26;
/M: SY='Y';  M=-11,-11,-26,-14, -9, -2,-21,  0, -7, -7, -7, -3, -7,-16,  0, -5, -8, -6,-12, -3, 12, -5;
/M: SY='L';  M= -2,-12,-20,-14, -7,-11,-18,-10, -6, -3,  3,  0, -8,-19, -4,  0, -5, -3, -4,-25, -9, -6;
/M: SY='V';  M= -9,-15,-22,-16, -8, -8,-25, -8,  3, -5,  6,  4,-13,-22, -9, -1,-14, -8,  7,-25, -6,-10;
/M: SY='H';  M=-11, -6,-27, -6, -3,-10, -8, 12,-17, -4,-10, -5, -2,-20, -2,  3, -8,-11,-17,-16,  7, -5;
/M: SY='A';  M=  1,-14,-10,-17,-10, -7,-16,-18,-10, -4, -9, -7,-11,-11,-11, -8, -3, -2, -4,-23,-11,-10;
/M: SY='H';  M=-11,-10,-25,-12,-11, -5,-24,  5,  0,-10, -1,  1, -6,-21, -8, -6,-11, -9, -2,-20,  5,-12;
/M: SY='E';  M= -1, -8,-23, -8,  6,-15,-14,-10,-16,  5, -9, -7, -6,-14,  1,  6, -3, -5,-11,-23,-12,  3;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2025_03 which contains 573'661 sequence entries.

Total number of hits	32 in 23 different sequences
Number of true positive hits	32 in 23 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info]	2
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	window20_shuffled
Author [info]	CJA_Sigrist
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	BSD
Version [info]	5

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

23 sequences

BSC1A_XENLA (Q6INU2), BSC1B_XENLA (Q6NTW1), BSDC1_BOVIN (Q3SX22),

BSDC1_CHICK (Q5ZIK6), BSDC1_DANRE (A2BIJ3), BSDC1_HUMAN (Q9NW68), 
BSDC1_MOUSE (Q80Y55), BSDC1_XENTR (Q5BJ78), DOS2_YEAST  (P54858), 
RASP3_TOXGG (S7UIF3), SAP47_DROME (Q960T2), SYAP1_HUMAN (Q96A49), 
SYAP1_MOUSE (Q9D5V6), TF2H1_DICDI (Q55FP1), TF2H1_DROME (Q960E8), 
TF2H1_HUMAN (P32780), TF2H1_MOUSE (Q9DBA9), TFB1A_ARATH (Q3ECP0), 
TFB1C_ARATH (Q9M322), TFB1_NEUCR  (Q9P5N7), TFB1_SCHPO  (O13745), 
TFB1_YEAST  (P32776), YF3E_SCHPO  (O13905)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

PDB
[Detailed view]

64 PDB

1X3A; 2DII; 5OQJ; 5OQM; 6GYM; 6NMI; 6O9L; 6O9M; 7AD8; 7BUL; 7EGB; 7EGC;
» more