PROSITE entry PS50845
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
PURL: https://purl.expasy.org/prosite/signature/PS50845
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
| Entry name [info] | RETICULON |
| Accession [info] | PS50845 |
| Entry type [info] | MATRIX |
| Date [info] |
01-JAN-2002 CREATED;
10-MAY-2017 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE. |
| PROSITE Doc. [info] | PDOC50845 |
| Associated ProRule [info] | PRU00170 |
Name and characterization of the entry
| Description [info] | Reticulon domain profile. |
| Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=193; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=188; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=0.5152000; R2=0.0149632; TEXT='NScore'; /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=9790.8427734; R2=15.4684896; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=634; H_SCORE=19598; N_SCORE=10.0; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=400; H_SCORE=15978; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: M0=-8; D=-20; I=-20; B1=-60; E1=-60; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='V'; M= -3,-21,-20,-20,-17,-12,-25,-25, 7,-15, -7, -3,-21, 12,-20,-18, -5, 6, 15,-30,-16,-20; /M: SY='A'; M= 17,-10,-19,-15, -6,-17,-12, 3,-12, -2, -6, -3, -8,-15, -5, -8, -4, -7, -7,-22, -8, -6; /M: SY='D'; M=-20, 50,-30, 70, 20,-40,-10, 0,-40, 0,-30,-30, 20,-10, 0,-10, 0,-10,-30,-40,-20, 10; /M: SY='V'; M= -3,-30,-13,-30,-27, 3,-30,-27, 27,-23, 23, 13,-30,-30,-27,-20,-17, -3, 37,-27, -7,-27; /M: SY='I'; M=-10,-30,-22,-35,-27, 15,-33,-25, 29,-28, 27, 15,-25,-27,-25,-23,-22, -8, 22,-17, 3,-27; /M: SY='Y'; M=-13,-21,-21,-25,-20, 25,-28, -7, 5,-20, 16, 5,-20,-26,-18,-15,-16, 1, 0, 0, 29,-20; /M: SY='W'; M=-20,-40,-50,-40,-30, 10,-20,-30,-20,-20,-20,-20,-40,-30,-20,-20,-40,-30,-30,150, 30,-20; /M: SY='R'; M=-18, -8,-30, -8, 2,-22,-20, -2,-30, 33,-22,-10, 0,-18, 10, 64,-10,-10,-20,-20,-10, 2; /M: SY='D'; M=-18, 37,-28, 47, 13,-33,-10, 2,-35, 5,-28,-25, 24,-14, 2, 6, 0, -8,-28,-36,-18, 6; /M: SY='K'; M= 3,-10,-22,-12, -5,-20,-18,-18,-11, 8,-17, -8,-10, 5, -7, -2, -2, 3, -3,-25,-15, -7; /M: SY='K'; M=-10, -7,-26, -7, 1,-23,-22,-12,-19, 34,-21, -6, -5,-15, 3, 27,-10, -8, -7,-22,-10, 1; /M: SY='K'; M= 2,-12,-22,-17, -8,-14,-21,-18, -2, 4, -3, 0,-10,-15, -7, -3, -6, 1, 0,-22, -9, -8; /M: SY='S'; M= 8, 0,-10, -2, -2,-18, -3,-12,-18,-10,-27,-18, 8,-10, -2,-10, 37, 25, -8,-38,-18, -2; /M: SY='G'; M= 10, -8,-23,-10,-15,-27, 46,-18,-32,-17,-27,-18, 0,-17,-15,-18, 9,-10,-22,-24,-27,-15; /M: SY='V'; M= 2,-22,-17,-27,-20, 9,-22,-21, 12,-22, 9, 3,-17,-22,-20,-20, -5, -2, 13,-20, -3,-20; /M: SY='V'; M= -2,-30,-14,-32,-30, 0,-32,-30, 34,-22, 12, 12,-28,-28,-28,-22,-12, -2, 46,-28, -8,-30; /M: SY='F'; M=-15,-30,-20,-35,-25, 46,-30,-20, 10,-30, 29, 10,-25,-30,-30,-20,-25,-10, 5, -5, 15,-25; /M: SY='G'; M= 12, -5,-16, -8,-10,-22, 19,-17,-23,-13,-23,-17, 2,-13,-10,-15, 19, 9,-13,-28,-22,-10; /I: I=-6; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29; /M: SY='T'; M= -2,-12,-17,-15,-13, -8, -5,-18, -6,-18, 4, -3, -8,-18,-13,-15, 3, 13, -3,-27,-12,-13; /I: I=-6; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29; /M: SY='A'; M= 23,-10,-12,-18,-12,-12,-12,-20, -5,-13, 0, -5,-10,-13,-12,-16, 7, 16, 2,-24,-13,-12; /M: SY='M'; M= -8,-21,-20,-28,-20, 2,-26,-15, 19,-20, 25, 28,-20,-22,-11,-16,-16, 1, 11,-22, -2,-16; /M: SY='W'; M= -1,-30,-28,-33,-25, 1,-23,-27, 8,-22, 5, 0,-28,-25,-20,-22,-21,-13, 5, 34, 5,-22; /M: SY='V'; M= 7,-20,-15,-25,-20, -7,-20,-20, 17,-17, 3, 12,-16,-20,-15,-18, -2, 0, 21,-26,-10,-18; /M: SY='L'; M=-12,-32,-27,-34,-24, 8,-30,-24, 18,-28, 32, 13,-30,-28,-20,-22,-30,-14, 6, 10, 5,-22; /M: SY='F'; M=-13,-30,-18,-35,-27, 42,-30,-22, 12,-28, 23, 8,-25,-30,-32,-20,-22, -8, 12, -7, 13,-27; /M: SY='V'; M= -5,-17, 6,-19,-12, 3,-23,-20, -2,-17, -6, -6,-15,-24,-19,-17, -2, -1, 9,-28, -9,-15; /M: SY='L'; M=-14,-30,-20,-34,-24, 35,-30,-20, 13,-30, 36, 13,-26,-30,-27,-20,-26,-10, 6, -9, 11,-24; /M: SY='A'; M= 22,-13,-15,-16, -2,-14,-13,-18, -3,-11, 1, -4,-14,-14, -9,-16, -1, -3, 3,-23,-15, -6; /M: SY='E'; M= -3, -6,-30, -4, 14,-19,-17, 6,-25, 4,-20,-13, -7,-12, 4, -2, -9,-13,-23, 6, -3, 9; /M: SY='Y'; M=-18,-25,-25,-28,-23, 43,-30, -1, 4,-20, 12, 4,-22,-30,-22,-15,-22,-10, -3, 14, 49,-23; /M: SY='S'; M= -5, 6,-21, 9, 2,-23,-12, 4,-23, -8,-25,-17, 5, 5, -2,-10, 14, 9,-18,-35,-14, -2; /M: SY='L'; M=-10,-28,-22,-30,-23, 10,-32,-16, 23,-25, 29, 15,-27,-28,-20,-20,-23, -8, 17,-13, 13,-23; /M: SY='L'; M= -8,-19,-20,-23,-18, -2,-28, -2, 12,-21, 15, 9,-16,-23,-14,-16,-12, 1, 11,-25, 0,-18; /M: SY='T'; M= 1, -5,-12,-11, -9, 1,-12,-15,-13,-14,-16,-13, 1,-14,-11,-12, 22, 25, -5,-28, -8, -9; /M: SY='V'; M= -7,-30,-15,-32,-27, 18,-30,-25, 21,-25, 23, 11,-28,-30,-29,-20,-18, -5, 28,-20, 0,-27; /M: SY='V'; M= 7,-21,-11,-25,-22, -4,-23,-25, 15,-18, 9, 5,-21,-23,-22,-18, -4, 8, 27,-27,-10,-22; /M: SY='S'; M= 8,-10, 5,-16,-13,-15,-15,-20, -6,-16,-13,-10, -5,-16,-11,-18, 14, 12, 0,-33,-16,-13; /M: SY='H'; M=-16,-14,-26,-14,-12, 0,-25, 32, -9, -5, -8, 0, -9,-25, -4, 6,-13,-11, -7, -8, 29,-12; /M: SY='I'; M= -3,-20,-20,-23,-16, -3,-23,-20, 16,-23, 13, 6,-13,-20,-13,-20, -3, 0, 10,-27, -7,-16; /M: SY='V'; M= 3,-22,-17,-28,-21, 10,-23,-22, 13,-22, 9, 4,-17,-22,-21,-20, -6, -2, 14,-19, -3,-21; /M: SY='L'; M= 4,-21,-18,-24,-16, -2,-21,-20, 12,-23, 20, 7,-18,-21,-15,-20, -9, -3, 7,-24, -7,-16; /M: SY='L'; M= 0,-27,-20,-30,-20, 3,-27,-22, 20,-27, 34, 15,-25,-25,-18,-22,-21, -8, 12,-20, -3,-20; /M: SY='L'; M= 10,-24,-15,-27,-19, -1,-21,-22, 13,-22, 24, 9,-24,-24,-19,-20,-14, -5, 14,-22, -8,-19; /M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20, 0,-20; /M: SY='G'; M= -2,-13, -2,-17,-20,-21, 22,-22,-19,-22,-19,-13, -5,-22,-18,-22, 2,-10,-12,-28,-23,-20; /I: I=-5; MD=-27; /M: SY='A'; M= 15,-14,-14,-19,-15,-12, 3,-15, -1,-12, -3, 6,-12,-15,-12,-15, -2, -5, 6,-19,-13,-14; D=-5; /I: I=-5; MI=-27; MD=-27; IM=-27; DM=-27; /M: SY='T'; M= 8, -9,-12,-14,-14,-12, 1,-19, -7,-12, -9, -7, -7,-14,-14,-14, 7, 13, 4,-22,-14,-14; D=-5; /I: I=-5; DM=-27; /M: SY='I'; M= 14,-19,-15,-26,-19, -7,-19,-22, 19,-17, 5, 5,-15,-15,-15,-20, -5, -3, 19,-19, -9,-19; D=-5; /I: I=-5; DM=-27; /M: SY='G'; M= 11, -5,-20, -7, -4,-27, 18,-11,-24, -9,-25,-15, 2,-13, 3,-11, 15, -1,-18,-27,-21, -1; /M: SY='F'; M= -4,-26,-18,-33,-23, 41,-25,-20, 4,-26, 19, 4,-21,-26,-28,-20,-18, -8, 3, -5, 12,-23; /I: I=-6; MD=-32; /M: SY='R'; M= -4,-11,-20,-14, -6, -2,-14, -6,-17, 9,-10, -7, -5,-16, -3, 28, -6, -6,-10,-12, -4, -6; D=-6; /I: I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32; /M: SY='V'; M= -3,-30,-15,-32,-29, 1,-32,-29, 32,-23, 17, 13,-28,-28,-27,-22,-15, -3, 41,-27, -7,-29; /M: SY='W'; M=-16,-24,-31,-28,-23, 24,-25,-10, -8,-16, -7, -8,-23,-26,-18,-15,-19, -6,-13, 55, 40,-20; /M: SY='K'; M= -5, -2,-24, -2, 5,-25,-14, -8,-27, 27,-28,-13, 3,-12, 7, 24, 6, 0,-17,-26,-13, 5; /M: SY='N'; M= -8, 11,-23, 5, 3,-23,-10, -2,-25, 20,-28,-15, 21,-15, 5, 21, 5, -2,-22,-30,-15, 3; /M: SY='V'; M= 4,-22,-12,-27,-24, 10,-24,-25, 12,-19, 4, 2,-20,-24,-25,-18, -4, 7, 25,-21, -4,-24; /M: SY='I'; M= -8,-14,-25,-16, -4,-10,-25, -1, 8,-17, 4, 3, -9,-17, -6,-16, -6, -6, 1,-27, -4, -7; /M: SY='Q'; M= 7, -7,-17,-10, -2,-22,-15,-10, -8, -5,-13, -5, -5,-14, 12, -7, 10, 7, -3,-27,-13, 5; /M: SY='A'; M= 23, -9,-15,-16, -7,-17,-11,-15, -7,-10, -3, -4, -9,-13, 0,-13, 4, 6, -3,-22,-14, -3; /M: SY='V'; M= -3,-25,-18,-28,-23, -2,-28,-25, 25,-23, 13, 9,-20,-23,-20,-21, -8, -1, 26,-27, -7,-23; /M: SY='H'; M= -8, 2,-27, 1, 5,-27,-14, 12,-23, 5,-27,-12, 8, 5, 12, 1, 4, -5,-25,-30,-12, 7; /M: SY='K'; M=-10, -2,-30, 0, 12,-28, -4, -8,-32, 27,-27,-14, 0,-12, 6, 22, -6,-12,-24,-22,-15, 8; /M: SY='S'; M= 0, 7,-17, 8, -3,-22, 3,-13,-24,-10,-24,-19, 7,-12, -6,-12, 20, 17,-14,-34,-19, -4; /M: SY='D'; M= -9, 9,-25, 19, 11,-26,-16,-10,-19, -5,-21,-18, -1, 6, -4,-12, 2, -4,-13,-35,-20, 3; /M: SY='S'; M= 0, -3,-21, -1, 5,-23, 1,-13,-23, -8,-25,-18, 1, 5, -3,-11, 16, 9,-18,-32,-21, 0; /M: SY='A'; M= 12, -4,-23, -5, 7,-28, 2,-11,-23, 5,-20,-12, -3,-10, 7, -3, 2, -8,-18,-22,-18, 7; /M: SY='H'; M= -8, -3,-21, -8,-10,-14,-18, 24, -4,-13,-12, -2, 7,-20, -5,-10, 1, -5, -3,-32, -2,-10; /M: SY='P'; M=-10,-20,-36,-14, -4,-25,-20,-16,-13,-10,-21, -6,-20, 70, -8,-18,-12,-10,-23,-28,-25,-10; /I: I=-2; MD=-12; /M: SY='F'; M=-14, -6,-15, -7,-11, 32,-17,-10, -7,-15, 0, -5, -6,-17,-20,-12,-10, -7, -5, -2, 11,-13; D=-2; /I: I=-2; MD=-12; /M: SY='R'; M= -5, -2,-17, -2, 5,-18,-10, -2,-17, 14,-17, -7, 2, -9, 13, 18, 3, -2,-14,-17, -8, 8; D=-2; /I: I=-2; MD=-12; /M: SY='A'; M= 24, -4,-10, -7, 5,-15, -3,-10,-10, -4, -8, -8, -5, -5, -2,-10, 5, -2, -5,-15,-14, 1; D=-2; /I: I=-2; MD=-12; /M: SY='Y'; M=-12,-15,-20,-17,-15, 15,-22, 5, 8,-10, 3, 3,-14,-19, -8,-10,-14, -7, 0, 12, 41,-15; D=-2; /I: I=-2; MI=0; MD=-12; IM=0; DM=-12; /M: SY='D'; M=-15, 24,-25, 36, 19,-28,-11, 0,-30, 7,-21,-20, 10, -9, 5, 8, -2, -8,-23,-28,-15, 11; D=-2; /I: I=-2; DM=-12; /M: SY='I'; M= -6,-25,-18,-28,-21, 3,-28,-21, 28,-23, 24, 15,-21,-21,-18,-20,-18, -6, 22,-18, -2,-21; D=-2; /I: I=-2; DM=-12; /M: SY='T'; M= -5, 2,-15, -1, 6,-13,-16, 4,-15, -5,-11, -9, 1, -8, 0, -5, 8, 20,-10,-25, -6, 2; D=-2; /I: I=-2; DM=-12; /M: SY='L'; M= -7,-25,-15,-25,-18, 7,-25,-18, 18,-23, 35, 15,-25,-25,-18,-16,-22, -7, 14,-18, -1,-18; D=-2; /I: I=-2; DM=-12; /M: SY='P'; M= -3,-10,-23, -6, -2,-20,-13,-15,-15, -8,-21,-15, -8, 40, -6,-13, 5, 7,-16,-26,-20, -6; D=-2; /I: I=-2; DM=-12; /M: SY='E'; M= -6, 2,-21, 5, 23,-23,-13, 0,-21, 8,-18,-12, 2, -7, 18, 11, 5, -3,-20,-23,-13, 19; D=-2; /I: I=-2; DM=-12; /M: SY='E'; M= -8, 8,-25, 16, 49,-25,-16, 0,-25, 8,-16,-16, 0, 0, 16, 0, 0, -8,-25,-25,-16, 33; D=-2; /I: I=-2; DM=-12; /M: SY='A'; M= 11, -9,-16,-12, -2,-16,-12,-10, -8, 1, -2, -1, -9,-12, 5, -3, -4, -5, -6,-16,-10, 1; D=-2; /I: I=-2; DM=-12; /M: SY='F'; M=-10,-20,-13,-26,-21, 38,-23,-18, 3,-20, 5, 0,-15,-21,-26,-15, -8, 3, 8, -5, 12,-21; D=-2; /I: I=-2; DM=-12; /M: SY='H'; M=-10, -8,-20, -6, 1,-10,-20, 25, -7,-10, -1, 1, -6,-16, -2, -6, -9,-10, -4,-23, 2, -2; D=-2; /I: I=-2; DM=-12; /M: SY='N'; M= 1, 7,-15, -2, -6,-14, -8, -4, -9, 0,-14, -9, 15,-16, -4, 5, 2, -2, -7,-25,-13, -6; D=-2; /I: I=-2; DM=-12; /M: SY='I'; M= -8,-18,-20,-20,-13, 0,-25, -8, 13,-13, 10, 8,-16,-20, -3,-12,-13, -7, 8, -9, 11,-10; D=-2; /I: I=-2; DM=-12; /M: SY='A'; M= 24, -8,-10,-15, -8,-13, -3,-11, -5, -8, -6, 2, -7,-10, -5,-13, 8, 2, 0,-20,-13, -7; D=-2; /I: I=-2; DM=-12; /M: SY='D'; M= -9, 11,-22, 13, 9,-21,-14, 11,-18, -5,-19,-13, 11,-15, 0, -7, 4, -4,-13,-35,-12, 3; /M: SY='A'; M= 19, -8,-13,-12, -5,-20, -8,-14, -8, -8,-15, -8, -5,-13, 1,-12, 15, 5, 0,-28,-17, -2; /M: SY='V'; M= 2,-27,-16,-32,-25, 11,-26,-25, 20,-23, 14, 8,-23,-25,-25,-22,-13, -5, 24,-19, -2,-25; /M: SY='R'; M= -8,-13,-22,-17,-14,-13, -5,-12,-10, 0, -8, 4, -8,-20, -7, 13, -5, 0, -2,-23,-12,-12; /M: SY='T'; M= -3, -1,-20, -3, 3,-18,-16,-13,-11, -7,-18,-13, 1, 5, -6,-10, 8, 9, -8,-33,-18, -2; /M: SY='H'; M=-15, -4, -3, -4, 7,-25,-22, 30,-28, -1,-20, -8, 0,-19, 13, 8, -7,-13,-25,-30, -5, 8; /M: SY='V'; M= 5,-27,-15,-30,-25, -2,-27,-27, 26,-22, 14, 10,-25,-25,-24,-22,-11, -3, 33,-25, -8,-25; /M: SY='N'; M= -5, 15,-15, 2, -8,-13,-12, -7, -9, -7,-17,-12, 25,-18, -8, -7, 10, 17, -7,-35,-15, -8; /M: SY='K'; M= -8, -5, -3, -7, 2,-26,-18, -9,-27, 18,-25,-12, -2,-17, 9, 18, 0, -5,-18,-28,-15, 5; /M: SY='F'; M= 15,-20,-17,-30,-20, 19,-17,-22, 3,-20, 2, -2,-15,-19,-22,-22, -6, -5, 5, -9, 1,-20; /M: SY='L'; M= 10,-24,-15,-28,-20, 9,-20,-22, 9,-22, 18, 6,-22,-24,-21,-20,-12, -5, 13,-17, -4,-20; /M: SY='B'; M= -5, 11,-19, 10, -1,-21,-13, -9,-17, 2,-21,-14, 11,-14, -4, -3, 9, 8, -8,-33,-15, -2; /M: SY='L'; M=-12,-19, 1,-24,-14, 1,-28,-17, -3,-11, 2, 1,-15,-24, -8,-10,-15,-10, -4,-20, -3,-10; /M: SY='L'; M= -8,-25,-20,-28,-20, 5,-30,-22, 20,-26, 34, 15,-23,-25,-18,-20,-19, 1, 12,-22, -2,-20; /M: SY='R'; M=-13,-14,-30,-17, -5,-18,-27,-10, 0, 8, -7, 2, -7,-17, 8, 17,-12,-10, -4,-20, -6, -2; /M: SY='R'; M= -9, 7,-24, 11, 5,-25,-12, 11,-29, 8,-27,-15, 8,-13, 5, 12, 8, -2,-20,-32,-10, 3; /M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-33,-25, 18,-31,-23, 23,-28, 32, 15,-27,-29,-25,-21,-23, -8, 18,-17, 3,-25; /M: SY='F'; M= 1,-22,-15,-27,-20, 22,-20,-20, 3,-22, 7, 0,-17,-24,-23,-18, -5, -2, 8,-15, 2,-20; /M: SY='L'; M=-10,-23, 7,-28,-22, 12,-28,-22, 2,-26, 20, 4,-21,-28,-23,-20,-16, 1, 3,-22, -2,-22; /M: SY='V'; M= -5,-22,-24,-20,-12, -8,-12,-23, 0,-15, -7, -5,-22,-23,-18,-16,-12,-10, 10, 4, -7,-14; /M: SY='R'; M=-15, 0,-30, 5, 30,-25,-20, 0,-30, 20,-20,-15, 0,-10, 15, 35, -5,-10,-25,-25,-15, 20; /M: SY='D'; M=-13, 40,-25, 50, 13,-33, -7, 0,-33, -2,-30,-27, 26,-12, 0, -8, 8, -3,-27,-40,-20, 7; /M: SY='L'; M=-12,-27,-25,-25,-17, 7,-28,-13, 10,-23, 28, 10,-27,-11,-17,-18,-25,-10, 0,-13, 10,-18; /M: SY='V'; M= 4,-17,-18,-18,-12,-12,-21,-20, 2, 3, 0, 2,-17,-20,-12, -4,-10, -5, 12,-23,-10,-12; /M: SY='D'; M= -4, 17,-26, 23, 16,-30,-13, 13,-30, 5,-23,-17, 7,-10, 5, -3, -1,-10,-23,-30,-11, 9; /M: SY='S'; M= 0,-10,-13,-13,-10, 12,-10,-13,-14,-16,-17,-14, 0,-16,-13,-13, 21, 10, -7,-24, -4,-10; /M: SY='L'; M= 3,-26,-18,-30,-22, 1,-26,-23, 21,-25, 27, 13,-25,-25,-20,-22,-18, -6, 19,-22, -5,-22; /M: SY='K'; M=-10, -8,-27,-10, 0,-18,-22,-10,-14, 27, -8, 5, -8,-15, 3, 15,-15,-10,-10,-20, -7, 2; /M: SY='F'; M= -1,-26,-17,-32,-23, 27,-25,-21, 9,-25, 20, 6,-23,-26,-26,-20,-17, -7, 11,-11, 5,-23; /M: SY='A'; M= 11,-20,-19,-27,-22, 3, -6,-23, 3,-20, -1, -2,-15,-20,-22,-22, -5, -7, 8,-16, -8,-22; /M: SY='V'; M= -5,-28,-15,-30,-25, 3,-28,-21, 25,-21, 25, 22,-28,-28,-21,-18,-18, -5, 30,-25, -5,-23; /M: SY='F'; M= -5,-18,-20,-22,-22, 4, 4,-22, -7,-22, 0, -3,-13,-23,-23,-18, -6, -1, 0,-18, -8,-22; /M: SY='L'; M=-10,-23,-18,-28,-20, 16,-26,-17, 11,-23, 28, 18,-21,-25,-18,-16,-18, 1, 7,-17, 3,-18; /M: SY='W'; M=-18,-35,-41,-35,-27, 13,-23,-20,-10,-20, -4,-10,-35,-30,-18,-18,-35,-23,-20,100, 33,-20; /M: SY='I'; M= 6,-22,-18,-26,-20, -5,-23,-23, 19,-21, 10, 6,-17,-20,-17,-21, -5, -2, 18,-25, -9,-20; /M: SY='M'; M= 1,-23,-20,-30,-20, 0,-23,-14, 19,-19, 24, 29,-21,-21,-11,-18,-18, -8, 11,-20, -4,-16; /M: SY='T'; M= 19, -4,-10,-12, -9,-15,-10,-19,-11,-10,-13,-11, -2,-10, -9,-14, 19, 28, -1,-28,-15, -9; /M: SY='F'; M=-14,-27,-20,-30,-27, 37,-30,-10, 10,-20, 7, 3,-23,-30,-27,-17,-17, -7, 13, 4, 34,-27; /M: SY='V'; M= -5,-30,-19,-33,-28, 2,-33,-28, 35,-25, 21, 15,-27,-27,-25,-23,-17, -5, 36,-25, -5,-28; /M: SY='G'; M= 8,-10,-27,-12,-18,-28, 59,-20,-35,-18,-27,-18, -2,-18,-18,-20, 2,-17,-25,-20,-28,-18; /M: SY='N'; M= 15, 8,-17, -2, -7,-22, 13, -9,-20, -9,-23,-17, 18,-15, -7,-12, 13, 0,-17,-30,-22, -7; /M: SY='W'; M=-15,-37,-40,-38,-30, 7,-25,-30, 0,-22, -8, -8,-35,-28,-22,-22,-32,-22, -6, 91, 18,-23; /M: SY='F'; M=-16,-26, 5,-36,-28, 48,-28,-18, -2,-26, 6, 7,-20,-30,-31,-20,-18,-10, 0, -6, 14,-26; /M: SY='N'; M= -3, 26,-17, 13, 0,-20, 0, 3,-20, -3,-30,-20, 43,-17, 0, -3, 20, 7,-23,-40,-20, 0; /M: SY='G'; M=-10, -6,-27, -5,-16, 4, 23,-16,-27,-20,-17,-15, -3,-21,-23,-18, -6,-15,-20,-14, -9,-18; /M: SY='L'; M=-10,-25,-20,-30,-22, 16,-30,-22, 17,-26, 28, 11,-21,-25,-21,-20,-18, 1, 10,-17, 3,-22; /M: SY='T'; M= 0, 0,-10,-10,-10,-10,-20,-20,-10,-10,-10,-10, 0,-10,-10,-10, 20, 50, 0,-30,-10,-10; /M: SY='L'; M= -8,-30,-18,-30,-22, 8,-30,-22, 22,-28, 43, 18,-30,-30,-22,-20,-26, -8, 17,-22, -2,-22; /M: SY='L'; M= 1,-25,-19,-30,-22, 0,-25,-20, 22,-22, 24, 21,-23,-23,-16,-20,-17, -7, 18,-21, -5,-20; /M: SY='I'; M=-13,-27,-28,-32,-25, 12,-35,-12, 28,-24, 19, 14,-22,-25,-17,-22,-22,-10, 13, -4, 26,-25; /M: SY='L'; M= -8,-30,-21,-33,-25, 5,-33,-25, 32,-28, 33, 18,-27,-27,-22,-23,-23, -8, 24,-22, -2,-25; /M: SY='G'; M= 5,-15, -5,-20,-22,-21, 24,-23,-17,-22,-16,-11, -8,-21,-20,-23, -3,-13,-11,-24,-23,-22; /M: SY='F'; M=-12,-23,-20,-25,-11, 24,-28,-18, 6,-21, 18, 5,-22,-25,-21,-17,-18, -8, 6,-14, 5,-14; /M: SY='I'; M= -7,-30,-20,-33,-27, 3,-33,-27, 33,-27, 27, 17,-27,-27,-23,-23,-20, -7, 30,-23, -3,-27; /M: SY='G'; M= -1,-18,-21,-20,-20,-12, 6,-21, 0,-21, -2, -2,-12,-22,-18,-20, -3, -6, 4,-25,-15,-20; /M: SY='L'; M= 13,-23,-17,-28,-20, -4,-21,-23, 16,-21, 17, 8,-21,-21,-18,-22,-11, -5, 16,-22, -9,-20; /M: SY='F'; M=-20,-20,-23,-27,-20, 48,-27, 19,-10,-24, 0, 0,-10,-27,-24,-14,-17,-13,-10, -3, 27,-20; /M: SY='T'; M= 3, 0,-10, -7, -7,-13,-13,-17,-13,-10,-17,-13, 3,-10, -7,-10, 27, 40, -3,-33,-13, -7; /M: SY='V'; M= 6,-26,-15,-30,-25, -2,-26,-26, 24,-22, 15, 10,-25,-25,-23,-22,-12, -3, 31,-25, -8,-25; /M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10, 0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10; /M: SY='V'; M= -6,-24,-20,-27,-20, -3,-29,-21, 21,-11, 13, 17,-22,-24,-16,-12,-16, -6, 23,-24, -5,-19; /M: SY='L'; M= 4,-26,-15,-28,-22, 1,-25,-23, 18,-23, 26, 11,-26,-26,-22,-20,-16, -5, 22,-23, -7,-22; /M: SY='Y'; M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20, 0,-10, 0, 0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20; /M: SY='E'; M=-12, 7,-30, 15, 50,-28,-20, 0,-30, 13,-20,-18, 0, -3, 18, 11, -2,-10,-28,-28,-18, 34; /M: SY='K'; M= -7, 0,-27, 0, 10,-30,-17, -7,-27, 34,-28,-10, 2,-10, 16, 20, 0, -5,-20,-23,-12, 13; /M: SY='H'; M=-17, -1,-28, -4, -5, -4,-20, 37,-18, 2,-16, -5, 6,-22, 1, 2,-10,-11,-21, -9, 29, -5; /M: SY='Q'; M=-10, 3,-30, 6, 31,-35,-20, 3,-25, 17,-22, -8, 0, -7, 38, 10, -2,-10,-28,-23,-13, 35; /M: SY='D'; M= -2, 23,-22, 25, 13,-26,-10, -5,-25, -2,-22,-20, 16,-10, 0, -8, 7, 4,-20,-33,-18, 6; /M: SY='Q'; M= 0, 0,-27, 0, 21,-34,-17, 0,-22, 13,-20, -7, -2, -8, 34, 6, 0, -8,-24,-22,-13, 28; /M: SY='I'; M= -7,-30,-24,-37,-30, 0,-37,-30, 44,-27, 17, 17,-23,-23,-23,-27,-17, -7, 36,-23, -3,-30; /M: SY='D'; M=-18, 43,-30, 61, 27,-38,-12, 0,-38, 2,-28,-28, 16, -8, 4, -8, 0,-10,-30,-38,-20, 15; /M: SY='H'; M=-15, 3,-33, 9, 7,-30,-18, 31,-27, -5,-25,-11, 1, 17, 10, -6, -7,-14,-30,-30, -7, 5; /M: SY='Y'; M= -6,-18,-23,-22,-17, 19,-23, 13, -4,-16, 4, 1,-15,-25,-14,-13,-14,-10, -7, 1, 32,-17; /M: SY='V'; M= 4,-27,-13,-29,-24, 1,-26,-25, 21,-22, 21, 11,-27,-27,-24,-20,-14, -3, 29,-25, -8,-24; /I: I=-5; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25; /M: SY='G'; M= 5, -5,-27, -5, 0,-30, 29,-12,-30, -9,-24,-15, -2,-14, 2,-12, 2,-14,-25,-21,-23, 1; /M: SY='L'; M= -8,-15,-23,-19, -9,-10,-27,-15, 6, -8, 11, 7,-14,-19, 0, -8,-12, 0, 0,-22, -5, -5; /M: SY='V'; M= 12,-24,-15,-28,-22, -5,-22,-25, 19,-20, 12, 7,-22,-22,-20,-22, -9, -3, 24,-23,-10,-22; /M: SY='R'; M=-10, -8,-22,-11, -4,-16,-17, -5,-18, 11,-14, -2, -1,-17, 4, 33, 1, 5,-11,-25,-10, -3; /M: SY='D'; M= -1, 21,-25, 23, 3,-30, 5, -7,-30, 2,-26,-20, 15,-13, -4, -6, 2, -8,-23,-30,-20, 0; /M: SY='Q'; M=-13, -2,-30, -1, 15,-23,-22, 25,-19, 3,-16, -3, -2,-14, 34, 3, -5,-12,-26,-14, 10, 23; /M: SY='L'; M= 1,-19,-18,-23,-16, 5,-23,-13, 6,-19, 20, 6,-19,-23,-15,-16,-12, 2, 3,-13, 9,-16; /M: SY='Q'; M= -9, 9,-27, 13, 13,-33,-15, -2,-27, 18,-27,-12, 5,-10, 23, 10, 3, -5,-23,-27,-13, 18; /M: SY='K'; M= -8, 6,-25, 3, 5,-25,-13, 11,-27, 22,-28,-12, 13,-13, 7, 13, 2, -5,-22,-28, -8, 5; /M: SY='I'; M=-10,-24,-25,-27,-19, 1,-32,-13, 22,-19, 14, 12,-21,-24, -8,-17,-17, -8, 14,-13, 11,-16; /M: SY='Y'; M=-12, -5,-25, -1, -3,-12,-23, -6, -6, -1, -3, -2,-10,-20, 1, -4,-12, -8, -4,-18, 3, -2; /M: SY='Q'; M= 3, 0,-22, -3, 4,-24, 1, -8,-17, -5,-17,-10, 4,-15, 5, -8, 2, -7,-14,-26,-19, 5; /M: SY='M'; M= -7,-15,-25,-18,-13,-15, -9,-16, -1, 4, -7, 9,-11,-18, -8, -3,-12,-10, 2,-21,-10,-11; /M: SY='I'; M=-10,-30,-25,-38,-30, 12,-37,-29, 39,-28, 17, 15,-22,-23,-25,-27,-18, -8, 29,-17, 3,-30; /M: SY='D'; M=-15, 8,-28, 14, 8,-26,-19, -4,-22, 10,-12, -9, 1,-15, 10, 12, -9,-10,-19,-26,-11, 8; /M: SY='A'; M= 15, 0,-16, -2, 13,-21,-10,-12,-18, -4,-17,-15, -2, -7, 1,-10, 14, 10,-11,-28,-18, 7; /M: SY='K'; M=-12, 0,-30, 0, 8,-28,-20, 10,-30, 39,-28, -8, 2,-12, 10, 25,-10,-12,-22,-22, -5, 8; /M: SY='I'; M= 2,-26,-20,-32,-23, 0,-28,-25, 26,-25, 23, 13,-23,-23,-20,-23,-16, -7, 21,-21, -5,-23; /M: SY='P'; M=-10,-16,-35, -7, 8,-24,-21,-16,-16, -9,-17,-14,-18, 56, -6,-16,-11,-10,-24,-29,-24, -2; /M: SY='G'; M= -2, -8,-22,-10,-10, -9, 15,-15,-25, -6,-24,-15, 0,-17,-11, -8, 8, -4,-17,-22,-13,-10; /M: SY='K'; M= -7,-12,-25,-15,-10,-15, -9,-18, -7, 1, -5, -2, -8,-17, -9, -4, -8, -2, -5,-22,-10,-10; /I: I=-3; MD=-16; /M: SY='R'; M= -5, -3,-15, -3, -1,-13, 4, -5,-17, 11,-13, -7, 0, -8, 0, 13, -3, -7,-12,-10, -8, -1; D=-3; /I: I=-3; MI=0; MD=-16; IM=0; DM=-16; /M: SY='E'; M= 8, 0, -9, 0, 9,-12, -4, -5,-10, -1,-10, -8, 0, -3, 2, -5, 8, 1, -7,-15,-10, 6; D=-3; /I: I=-3; DM=-16; /M: SY='A'; M= 13, -8,-13,-12, -4,-14, -9, -9, 0, -6, -4, 0, -6, -8, 5, -9, 0, -3, -1,-13, -8, 0; D=-3; /I: I=-3; DM=-16; /M: SY='P'; M= 3, -8,-19, -6, 2,-20,-10, -8,-11, -3,-14, -8, -8, 24, 6, -8, -1, -5,-15,-16,-14, 3; D=-3; /I: I=-3; DM=-16; /M: SY='V'; M= -3,-19,-11,-21,-18, 2,-21,-18, 21,-16, 15, 10,-18,-18,-16,-14,-12, -3, 22,-16, -3,-18; D=-3; /I: I=-3; DM=-16; /M: SY='A'; M= 13, 4,-14, -3, 1,-20, -4, -4,-13, -3,-17,-10, 9,-10, 8, -6, 11, 1,-12,-23,-15, 4; D=-3; /I: I=-3; DM=-16; /M: SY='G'; M= 4, 2,-17, 2, -5,-18, 6, -8,-15, -8,-13, -2, 0,-12, -5,-12, 4, -4,-10,-23,-15, -5; D=-3; /I: I=-3; DM=-16; /M: SY='A'; M= 4, -8,-20,-10, 3,-15,-15,-10, -9, 1, -4, 4, -8,-13, 0, -4, -2, -3, -7,-25,-12, 2; /M: SY='K'; M=-12, -2,-28, 0, 20,-10,-22, -8,-25, 22,-19,-12, -4,-10, 4, 11, -8,-10,-20,-18, -6, 13; /M: SY='K'; M= 7, -5,-24, -8, 2,-25,-14,-11,-24, 28,-22,-10, -3,-12, 4, 22, -4, -7,-14,-20,-13, 2; /M: SY='K'; M=-10, 0,-30, 0, 10,-30,-20,-10,-30, 50,-30,-10, 0,-10, 10, 30,-10,-10,-20,-20,-10, 10; /M: SY='A'; M= 32, 1,-13, -2, -3,-23, -2,-15,-17, -8,-17,-15, -2,-10, -7,-17, 14, 2, -7,-27,-20, -5; /M: SY='E'; M=-10, 5,-30, 10, 39,-33,-20, 2,-27, 16,-21,-12, 0, -5, 32, 8, -1,-10,-29,-25,-15, 36; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
| Total number of hits | 47 in 47 different sequences |
| Number of true positive hits | 47 in 47 different sequences |
| Number of 'unknown' hits | 0 |
| Number of false positive hits | 0 |
| Number of false negative sequences | 2 |
| Number of 'partial' sequences | 1 |
| Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
| Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 95.92 % |
Comments [info]
| Taxonomic range [info] | Eukaryotes |
| Maximum number of repetitions [info] | 1 |
| Matrix type [info] | protein_domain |
| Scaling database [info] | reversed |
| Author [info] | CJA_Sigrist |
| Feature key [info] | DOMAIN |
| Feature description [info] | Reticulon |
| Version [info] | 5 |
Cross-references [info]
| UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
47 sequences
HSDD2_ARATH (Q67ZE1), HSDD3_ARATH (A9X4U2), RTN1A_XENLA (Q6IFY7), RTN1B_XENLA (Q5MY90), RTN1_HUMAN (Q16799), RTN1_MOUSE (Q8K0T0), RTN1_PANTR (Q5IS59), RTN1_RAT(Q64548), RTN1_SCHPO (P53694), RTN1_XENTR (A7MC64), RTN1_YEAST (Q04947), RTN2_HUMAN (O75298), RTN2_MOUSE (O70622), RTN2_RAT(Q6WN19), RTN2_XENLA (Q4FZ76), RTN2_XENTR (Q4FZ58), RTN2_YEAST (Q12443), RTN3A_XENLA (Q5J6M8), RTN3B_XENLA (Q68EW1), RTN3_BOVIN (Q08D83), RTN3_HUMAN (O95197), RTN3_MOUSE (Q9ES97), RTN3_PONAB (Q5RBL9), RTN3_RAT(Q6RJR6), RTN3_XENTR (Q28D16), RTN4_HUMAN (Q9NQC3), RTN4_MOUSE (Q99P72), RTN4_RAT(Q9JK11), RTNLA_ARATH (Q9SUR3), RTNLB_ARATH (Q9SUT9), RTNLC_ARATH (Q9SH59), RTNLD_ARATH (Q9FFS0), RTNLE_ARATH (O82352), RTNLF_ARATH (Q6DBN4), RTNLG_ARATH (Q9M145), RTNLH_ARATH (Q9SS37), RTNLI_ARATH (Q9LJQ5), RTNLJ_ARATH (Q6NPD8), RTNLK_ARATH (Q9LT71), RTNLL_ARATH (Q9M392), RTNLM_ARATH (O64837), RTNLN_ARATH (A2RVT6), RTNLO_ARATH (Q9ZU43), RTNLP_ARATH (Q8GYH6), RTNLQ_ARATH (Q6DR04), RTNLR_ARATH (Q8LDS3), RTNLS_ARATH (Q56X72)» more
|
| UniProtKB/Swiss-Prot False negative sequences |
2 sequences
RTNLT_ARATH (Q8GWH5), RTNLU_ARATH (P0C941) |
| UniProtKB/Swiss-Prot 'Partial' sequences |
1 sequence
HSDD1_ARATH (Q9FX01) |
| PDB [Detailed view] |
3 PDB
2G31; 2JV5; 2KO2 |