PROSITE entry PS50843

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	EXPANSIN_CBD
Accession [info]	PS50843
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-JAN-2002 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 27-MAR-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC50842
Associated ProRule [info]	PRU00078

Name and characterization of the entry

Description [info]

Expansin, Cellulose-binding-like domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=82;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=77;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=0.9064000; R2=0.0129824; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=6029.1855469; R2=4.6393919; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=585; H_SCORE=8743; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=431; H_SCORE=8029; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-9; D=-20; I=-20; B1=-60; E1=-60; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='Y';  M=-14, -2,-25, -7,-10,  2,-15, 14,-12, -2,-14, -7,  6,-23, -6, -1, -7, -7,-15, -8, 23,-10;
/M: SY='Y';  M=-17,-20,-29,-23,-19, 30,-25, -1, -6,-15, -4, -6,-17,-27,-17,-13,-18, -9,-12, 35, 45,-18;
/M: SY='L';  M=-11,-21,-21,-25,-16, 14,-27,-16, 14,-24, 29, 13,-18,-26,-18,-18,-22, -9,  5,-18,  2,-17;
/M: SY='A';  M= 19,-14,-14,-19,-11,-11,-11,-16, -1,-14,  2,  1,-12,-16, -8,-16,  4,  2,  3,-25,-13,-10;
/M: SY='V';  M= -6,-29,-12,-32,-27,  7,-31,-26, 26,-25, 18, 11,-25,-28,-26,-22,-15, -4, 30,-24, -4,-27;
/M: SY='L';  M= -6,-20,-20,-22,-15,  2,-24,-15,  8,-16, 22, 10,-17,-25,-14,-11,-17, -5,  5,-20, -1,-15;
/M: SY='V';  M= -6,-30,-18,-34,-29,  7,-33,-29, 34,-25, 16, 13,-26,-27,-27,-23,-16, -5, 37,-23, -3,-29;
/M: SY='E';  M= -7, -7,-23, -8,  7, -9,-21,-10,-11,  2, -3, -2, -8,-14,  0, -2, -5, -1,-10,-22, -6,  4;
/M: SY='Y';  M=-16,  2,-25, -7,-13, 16,-18, 12, -8, -8,-11, -8, 11,-26, -9, -7, -8, -6,-17,  0, 35,-13;
/M: SY='V';  M=  3,-10,-16,-12, -5,-13,-20,-16,  4, -9, -5, -3,-10,-19, -8,-12, -1,  2, 13,-29,-14, -7;
/M: SY='G';  M=  0,  7,-25,  3, -9,-27, 30,-10,-31, -7,-27,-19, 15,-18,-10, -7,  3,-11,-26,-26,-24, -9;
/M: SY='G';  M= -2,-10,-30,-10,-15,-28, 52,-19,-34,-16,-26,-18, -3,-14,-17,-18, -2,-18,-26,-21,-27,-16;
/M: SY='D';  M=  0,  9,-23, 14,  2,-25, -2, -8,-21, -7,-17,-14,  1,-14, -1,-12,  1, -7,-14,-27,-14,  0;
/M: SY='G';  M= -1, -1,-27, -1,-13,-28, 44,-16,-34,-14,-27,-19,  4,-18,-15,-14,  3,-10,-25,-24,-25,-14;
/I:         I=-6; MD=-32;
/M: SY='D';  M=-10, 31,-23, 39, 14,-30, -9, -3,-29, -2,-25,-23, 18,-10,  0, -8,  8,  2,-23,-36,-18,  7; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='I';  M= -7,-30,-20,-34,-28,  5,-33,-27, 34,-25, 20, 17,-25,-26,-24,-23,-18, -6, 33,-23, -3,-28;
/M: SY='V';  M=  8,-13,-16,-14,-11,-14,-11,-19, -3, -8, -6, -4,-12,-19,-12, -9,  0, -1,  9,-27,-14,-12;
/M: SY='S';  M=  8, -1,-13, -5,  1,-22, -4, -9,-18, -4,-20,-13,  4,-13,  2, -6, 10,  0,-14,-28,-16,  1;
/M: SY='V';  M= -2,-29,-14,-31,-28,  0,-30,-26, 30,-21, 15, 16,-27,-27,-25,-20,-13, -3, 40,-27, -7,-27;
/M: SY='E';  M= -8,  9,-27, 15, 25,-25,-16,  2,-28,  8,-23,-16,  2, -8, 11,  0,  1, -8,-24,-24,-12, 18;
/M: SY='I';  M= -6,-30,-19,-33,-28,  2,-33,-28, 34,-26, 23, 16,-27,-27,-24,-23,-18, -6, 34,-24, -4,-28;
/M: SY='K';  M= -4, -5,-27, -7,  3,-24,-17, -7,-22, 26,-21, -4, -4,-13, 11, 20, -7, -8,-16,-15, -9,  7;
/M: SY='E';  M= -6, -4,-29, -2, 10,-29,  4, -9,-27, -2,-23,-14, -3,  3,  9, -4,  0, -5,-26,-25,-20,  9;
/M: SY='S';  M=  8, -5,-15, -8, -4,-17,-12,  0,-12, -7,-16, -9, -1,-14, -3, -8, 12,  7, -4,-30,-11, -4;
/I:         I=-4; MD=-22;
/M: SY='G';  M= -3, -3,-17, -4, -8,-15, 21, -9,-18, -5,-12, -7,  1,-12, -7, -5, -3, -9,-14,-14,-13, -8; D=-4;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22;
/M: SY='S';  M=  1, -1,-14, -3, -4,-23, 10,-11,-26, -4,-27,-17,  7,-14, -3, -5, 17,  6,-17,-31,-20, -4;
/M: SY='G';  M= -5,  3,-23,  2, -1,-22,  6, -8,-27, -3,-23,-16,  5,-14, -5, -5,  6,  5,-19,-23,-15, -3;
/M: SY='E';  M= -4,  1,-26,  1, 16,-26, -6, -4,-24,  6,-20,-12,  2,-11, 13,  5,  1, -7,-21,-24,-14, 14;
/M: SY='W';  M=-20,-38,-47,-39,-30, 15,-21,-27,-18,-20,-17,-18,-38,-30,-21,-20,-38,-28,-27,136, 32,-21;
/M: SY='I';  M= -9,-20,-24,-24,-14, -4,-29,-17, 16,-13, 14, 13,-17,-20, -9,-12,-15, -5,  9,-20, -1,-13;
/M: SY='P';  M=  0, -8,-25, -6,  1,-21,-14,-10,-19, -3,-23,-14, -6, 18,  3, -7,  6,  0,-18,-26,-15,  0;
/M: SY='M';  M= -7,-21,-20,-30,-20,  0,-20, -3, 19,-12, 22, 52,-21,-21, -3,-12,-20,-10, 10,-20, -1,-11;
/M: SY='R';  M=  0, -1,-20, -3,  4,-23,-10, -8,-22, 10,-23,-13,  3,-12,  8, 12, 11,  6,-15,-28,-15,  5;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='R';  M=-16, -4,-29, -2, 11,-25,-19, 10,-29, 22,-22, -9,  1,-15, 17, 40, -6,-10,-23,-23, -8, 11;
/M: SY='N';  M= -4, 13,-18,  5, -3,-18, -7, -3,-13, -2,-20, -9, 23,-17, -2, -4, 11,  3,-14,-35,-16, -2;
/I:         I=-6; MD=-32;
/M: SY='W';  M=-18,-30,-41,-31,-23,  9,-16,-15,-18,-14,-16,-14,-28,-27,-15,-10,-30,-23,-24, 96, 28,-17; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='G';  M=  0, -6,-28, -5,-16,-29, 58,-18,-38,-18,-30,-20,  2,-18,-17,-18,  5,-15,-28,-23,-28,-16;
/M: SY='A';  M= 21, -6,-18,-11, -1,-23, -5,-14,-12, -7,-15,-10, -4, -4,  0,-14,  7, -2, -9,-25,-19, -1;
/M: SY='V';  M= -3, -6,-16,-14,-18, -7,-20,-16, 12,-15, -2,  0,  2,-23,-16,-14, -2,  2, 15,-31,-12,-18;
/M: SY='W';  M=-20,-37,-47,-37,-28, 13,-21,-21,-18,-19,-17,-17,-36,-30,-19,-19,-37,-27,-27,129, 33,-20;
/M: SY='Q';  M=-10,  4,-22,  6, 16,-29,-17,  5,-26, 11,-22,-11,  4,-12, 21, 16, -1, -7,-24,-27,-13, 17;
/M: SY='I';  M= -4,-22,-14,-26,-21,  0,-24,-22, 16,-23, 13,  8,-17,-23,-18,-20, -8,  1, 14,-25, -6,-21;
/M: SY='B';  M= -5, 14,-21, 14,  2,-18,-10, -1,-21, -1,-22,-14, 13,-15, -1, -5,  6, -2,-16,-31,-12,  1;
/M: SY='S';  M=  8, -1,-17, -5, -2,-19, -6,-11,-15, -7,-17,-13,  4, -5, -2,-10, 13,  7,-11,-31,-18, -3;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='B';  M=  2,  6,-24,  6, -4,-23,  2,-10,-21, -7,-22,-17,  6, -1, -9,-13,  2, -6,-17,-27,-17, -7;
/M: SY='P';  M= -9,-17,-26,-15, -8,-11,-19,-11, -7, -7,  0, -2,-15,  5,-10, -7,-12, -7, -9,-24,-10,-10;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
/M: SY='P';  M= -4, -7,-27, -8, -3,-20,-18,-12,-15, -1,-15,-10, -5, 14, -3,  0, -4, -1,-15,-25,-15, -6;
/M: SY='G';  M= -2,-16,-24,-17,-17,-14, 19,-15,-14,-20,  1, -3,-11,-23,-17,-17, -9,-13,-11,-22,-15,-17;
/M: SY='Q';  M= -7,  1,-27,  0,  7,-30,-14, -3,-23, 10,-22, -9,  2, -4, 20,  9,  1, -1,-22,-25,-14, 13;
/I:         I=-4; MD=-23;
/M: SY='G';  M=  5,-10,-23,-10,-10,-22, 24,-15,-23,-12,-19,-13, -5, -2,-10,-13,  2, -9,-18,-20,-22,-11; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-23;
/M: SY='P';  M= -5, -8,-19, -4,  1,-15,-10, -9,-11, -2,-15, -9, -8, 37, -2, -7, -5, -5,-15,-14,-13, -2; D=-4;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23;
/M: SY='F';  M=-14,-29,-20,-34,-24, 36,-29,-19, 12,-29, 33, 15,-26,-29,-27,-19,-26,-10,  6, -9, 11,-23;
/M: SY='S';  M=  2,  8,-14,  3,  1,-21, -5, -6,-19, -4,-27,-17, 17,-12,  4, -5, 26, 16,-15,-36,-17,  2;
/M: SY='F';  M=-14,-30,-22,-37,-28, 37,-33,-24, 21,-29, 20, 10,-23,-27,-30,-23,-21, -9, 15, -8, 12,-28;
/M: SY='R';  M=-16, -6,-29, -5,  7,-24,-19, -1,-29, 30,-22,-10,  0,-16, 14, 51, -7, -9,-21,-21,-11,  7;
/M: SY='L';  M= -9,-30,-18,-33,-26, 18,-31,-24, 23,-26, 26, 15,-26,-28,-26,-21,-21, -7, 23,-18,  2,-26;
/M: SY='T';  M= -3, -9,-14,-15,-12, -8,-23,-19, -2, -8, -1, -3, -9,-16,-10, -6,  5, 26,  6,-27, -9,-12;
/M: SY='S';  M=  7, -7,-12, -8, -3,-14,-12,-15, -8,-11,-13,-10, -3,-13, -7,-12, 18, 16,  1,-33,-15, -5;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23;
/M: SY='E';  M= -4,  7,-23, 10, 12,-24,-10, -8,-23,  3,-21,-15,  2,-10,  2, -3,  6,  4,-16,-28,-13,  7;
/M: SY='S';  M= -2,  8,-22, 11, -1,-26, 10,-11,-28, -7,-28,-21,  9, -8, -6,-10, 15,  4,-20,-33,-21, -3;
/M: SY='G';  M= -4, -6,-30, -7,-12,-27, 37,-12,-32, -8,-27,-16,  1,-18, -9,-11, -2,-16,-26,-16,-20,-11;
/M: SY='K';  M=-10, -5,-29, -6,  1,-22,-17, -8,-18, 18,-18, -2, -4,-15,  9, 11,-10,-11,-16, -7, -7,  5;
/M: SY='T';  M= -5, -8,-17,-13,-11,-10,-21,-16, -8, -3,-11, -7, -6,-16,-10, -3,  4, 21,  1,-15, -7,-11;
/M: SY='I';  M= -9,-18,-24,-23,-16, -5,-27,-17, 16,-18, 12,  8,-12,-23, -8,-16,-15, -8,  8,-17, -4,-14;
/M: SY='V';  M=  3,-17,-16,-20,-18, -7,-22,-22, 10,-16, -1,  0,-15,-20,-15,-17,  0,  7, 18,-21, -8,-17;
/M: SY='A';  M= 15, -7,-11,-12,-11, -4, -7,-16,-11,-14,-10,-10, -6,-17,-13,-17,  5, -1, -4,-22,-11,-11;
/M: SY='D';  M=-11,  2,-27,  4,  1,-16,-13,  0,-22,  3,-20,-14,  2,-10,  0,  1, -3, -5,-20,-13,  0, -1;
/M: SY='B';  M=-12, 33,-25, 31, 11,-28, -4,  3,-28,  1,-27,-22, 32,-14,  3, -2,  5, -3,-28,-36,-19,  7;
/M: SY='V';  M=  5,-28,-11,-29,-27, -2,-27,-28, 25,-19,  9,  8,-27,-27,-27,-20, -9, -1, 42,-28,-11,-27;
/M: SY='I';  M= -2,-27,-24,-35,-26, -1,-32,-27, 36,-26, 19, 16,-21,-21,-20,-26,-16, -8, 26,-21, -4,-26;
/M: SY='P';  M= -9,-19,-38, -9,  0,-29,-19,-19,-20,-10,-30,-20,-18, 85, -9,-19, -7, -8,-29,-31,-29, -9;
/M: SY='A';  M= 17, -3,-18, -5, -1,-22, -9,-14,-16, -2,-16,-13, -3, -3, -5, -8,  6,  1, -9,-26,-18, -4;
/M: SY='N';  M= -8, 15,-26, 10, -2,-20,  3,  3,-25, -2,-25,-18, 21,-18, -3, -3,  1, -8,-26,-19,-10, -3;
/M: SY='W';  M=-20,-39,-47,-40,-30, 17,-21,-29,-18,-21,-17,-18,-38,-30,-22,-20,-38,-28,-27,135, 30,-21;
/M: SY='K';  M= -5, -2,-23, -6, -1,-21,-15, -9,-15,  8,-17, -8,  1,-14,  7,  5,  1,  2,-12,-20,-10,  3;
/M: SY='P';  M=  3,-19,-22,-21,-13,  1,-17,-19, -6,-15,-10, -8,-16, 10,-16,-18, -4, -3, -4,-18, -7,-15;
/M: SY='G';  M= -3,  0,-29,  1,-13,-30, 53,-15,-38,-14,-30,-21,  7,-19,-15,-15,  0,-17,-30,-24,-27,-14;
/M: SY='Q';  M=  2, -3,-21, -5,  3,-22,-16, -5,-16,  5,-13, -5, -3,-13, 10,  3,  2,  2,-13,-24,-11,  6;
/M: SY='T';  M=  2, -8, -6,-17,-15, -7,-21,-21,  0,-15, -5, -5, -6,-16,-14,-15,  9, 24,  7,-29,-10,-15;
/M: SY='Y';  M=-20,-22,-28,-23,-22, 38,-30, 14,  0,-13,  2,  0,-20,-30,-15,-12,-20,-10, -8, 27, 72,-22;
/M: SY='R';  M=-11,  6,-26,  8,  7,-25,-14,  0,-25,  9,-21,-12,  3,-13,  9, 11,  0, -1,-20,-22,-11,  7;
/M: SY='S';  M=  8, -5,-17, -5, -5,-22, 10,-15,-22,-12,-27,-18,  3, -1, -6,-14, 23, 10,-14,-33,-22, -6;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_02 which contains 571'282 sequence entries.

Total number of hits	107 in 107 different sequences
Number of true positive hits	107 in 107 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	2

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	N_Hulo
Taxonomic range [info]	Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info]	1
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	Expansin-like CBD
Version [info]	5

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

107 sequences

EXB10_MAIZE (Q1ZYQ8), EXB10_ORYSJ (Q8H7T4), EXB11_MAIZE (P0C1Y5),

EXB11_ORYSJ (Q6H676), EXB12_ORYSJ (Q10G40), EXB13_ORYSJ (Q946J4), 
EXB14_ORYSJ (Q6H677), EXB15_ORYSJ (Q7XT40), EXB16_ORYSJ (Q0DZ85), 
EXB17_ORYSJ (Q7X6J9), EXB18_ORYSJ (Q5W6Z9), EXB6L_ARATH (F4IBJ3), 
EXLA1_ARATH (Q9LZT4), EXLA1_ORYSJ (Q10S70), EXLA2_ARATH (Q9SVE5), 
EXLA2_ORYSJ (Q7XCL0), EXLA3_ARATH (Q9LZT5), EXLA3_ORYSJ (Q8H274), 
EXLA4_ORYSJ (Q5Z980), EXLB1_ARATH (O23547), EXLB1_ORYSJ (Q850K7), 
EXP10_ARATH (Q9LDR9), EXP10_ORYSJ (Q7XUD0), EXP11_ARATH (Q9LNU3), 
EXP11_ORYSJ (Q4PNY1), EXP12_ARATH (Q9LDJ3), EXP12_ORYSJ (Q7G6Z2), 
EXP13_ARATH (Q9M9P0), EXP13_ORYSJ (Q4PR52), EXP14_ARATH (Q9FMA0), 
EXP14_ORYSJ (Q4PR51), EXP15_ARATH (O80622), EXP15_ORYSJ (Q4PR50), 
EXP16_ARATH (Q9M2S9), EXP16_ORYSJ (Q69XV9), EXP17_ARATH (Q9ZSI1), 
EXP17_ORYSJ (Q4PR49), EXP18_ARATH (Q9LQ07), EXP18_ORYSJ (Q4PR48), 
EXP19_ORYSJ (Q7G6Z5), EXP20_ARATH (Q9SZM1), EXP20_ORYSJ (Q10RK1), 
EXP21_ARATH (Q9FL81), EXP21_ORYSJ (Q10KN4), EXP22_ARATH (Q9FL80), 
EXP22_ORYSJ (Q4PR44), EXP23_ARATH (Q9FL79), EXP23_ORYSJ (Q4PR43), 
EXP24_ARATH (Q9FL76), EXP24_ORYSJ (Q4PR42), EXP25_ARATH (Q9FL77), 
EXP25_ORYSJ (Q4PR41), EXP26_ARATH (Q9FL78), EXP26_ORYSJ (Q2QP13), 
EXP27_ORYSJ (Q7XE35), EXP28_ORYSJ (Q4PR40), EXP29_ORYSJ (Q4PR39), 
EXP30_ORYSJ (Q8W2X8), EXP31_ORYSJ (Q75I75), EXP32_ORYSJ (Q6YYW5), 
EXP33_ORYSJ (P0C1Y4), EXPA1_ARATH (Q9C554), EXPA1_ORYSJ (Q7XWU8), 
EXPA2_ARATH (Q38866), EXPA2_ORYSJ (Q40636), EXPA3_ARATH (O80932), 
EXPA3_ORYSJ (Q40637), EXPA4_ARATH (O48818), EXPA4_ORYSI (A2Y5R6), 
EXPA4_ORYSJ (Q0DHB7), EXPA5_ARATH (Q38864), EXPA5_ORYSJ (Q6ZGU9), 
EXPA6_ARATH (Q38865), EXPA6_ORYSJ (Q9M4X7), EXPA7_ARATH (Q9LN94), 
EXPA7_ORYSJ (Q852A1), EXPA8_ARATH (O22874), EXPA8_ORYSJ (Q9XHX0), 
EXPA9_ARATH (Q9LZ99), EXPA9_ORYSJ (Q4PR53), EXPB1_ARATH (Q9SKU2), 
EXPB1_MAIZE (P58738), EXPB1_ORYSJ (Q40638), EXPB1_PASNO (B8PYF3), 
EXPB2_ARATH (Q9SHY6), EXPB2_ORYSJ (O24230), EXPB3_ARATH (Q9M0I2), 
EXPB3_ORYSJ (Q336T5), EXPB4_ARATH (Q9SHD1), EXPB4_ORYSJ (Q94LR4), 
EXPB5_ARATH (Q9M203), EXPB5_ORYSJ (Q7XT39), EXPB6_ARATH (Q6IVU7), 
EXPB6_ORYSJ (Q7XCA7), EXPB7_ORYSJ (Q9LD07), EXPB8_ORYSJ (Q10T32), 
EXPB9_MAIZE (Q07154), EXPB9_ORYSJ (Q7XCG7), MPAC1_CYNDA (O04701), 
MPAG3_DACGL (P93124), MPAH1_HOLLA (P43216), MPAL1_LOLPR (P14946), 
MPAL2_LOLPR (P14947), MPAL3_LOLPR (P14948), MPAP1_PHAAQ (Q41260), 
MPAP1_PHLPR (P43213), MPAP2_PHLPR (P43214)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

UniProtKB/Swiss-Prot
'Partial' sequences

2 sequences

EXPB1_PSEMZ (P85909), EXPB_PASNO  (P85293)

PDB
[Detailed view]

6 PDB

1BMW; 1N10; 1WHO; 1WHP; 2HCZ; 2VXQ