PROSITE entry PS50809
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
| Entry name [info] | DM_2 |
| Accession [info] | PS50809 |
| Entry type [info] | MATRIX |
| Date [info] |
01-DEC-2001 CREATED;
26-FEB-2020 DATA UPDATE; 27-MAR-2024 INFO UPDATE. |
| PROSITE Doc. [info] | PDOC50809 |
| Associated ProRule [info] | PRU00070 |
Name and characterization of the entry
| Description [info] | DM DNA-binding domain profile. |
| Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=48; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=5; N2=44; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.1236999; R2=0.0066818; TEXT='NScore'; /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2648.6804199; R2=4.3341494; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=955; H_SCORE=6788; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=655; H_SCORE=5488; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: M0=-9; D=-20; I=-20; B1=*; E1=*; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30; /M: SY='Q'; M= 14, -7,-21,-11, 2,-27,-11, -5,-18, 6,-16, -7, -4,-12, 18, 10, 2, -6,-15,-20,-14, 9; /M: SY='R'; M=-17, -7,-30, -7, 3,-23,-20, -3,-30, 36,-23,-10, 0,-17, 10, 57,-10,-10,-20,-20,-10, 3; /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30; /M: SY='R'; M= -7, -9,-25, -7, 7,-17,-11, -8,-19, 4, -8, -8, -5,-16, 2, 17, -5, -8,-15,-24,-14, 3; /M: SY='N'; M= -3, 18,-23, 7, -2,-25, 12, 1,-24, -4,-27,-16, 31,-18, 4, -5, 6, -6,-27,-31,-21, 1; /M: SY='H'; M=-20, 0,-30, 0, 0,-20,-20,100,-30,-10,-20, 0, 10,-20, 10, 0,-10,-20,-30,-30, 20, 0; /M: SY='G'; M= -2, -3,-29, -1,-15,-30, 57,-17,-39,-17,-30,-21, 3,-18,-17,-18, 2,-17,-29,-23,-28,-16; /M: SY='V'; M= -7,-16,-21,-15, -2,-10,-26,-14, 5, -7, 2, 2,-16,-20, -4, -5, -9, -5, 10,-24, -7, -4; /M: SY='K'; M= -6,-16,-25,-16, -7,-15,-25,-17, 1, 2, -2, 2,-15, -7, -3, -4,-12, -6, 1,-23,-10, -6; /M: SY='S'; M= -1,-10,-16,-12,-11,-13,-16,-15, -1, -5,-13, -6, -3,-19, -9, -2, 9, 5, 8,-32,-14,-11; /M: SY='P'; M= -7,-18,-16,-17, -8,-17,-23,-19, -8, -8,-14, -9,-15, 14,-10, -6, -8, -5, -8,-22,-16,-12; /M: SY='L'; M=-11,-26,-21,-26,-17, 4,-28,-17, 11,-18, 35, 14,-24,-28,-15, -3,-25, -9, 6,-21, -2,-17; /M: SY='K'; M=-12, -2,-30, -2, 8,-28,-20, -8,-30, 47,-28,-10, 0,-12, 10, 36,-10,-10,-20,-20,-10, 8; /M: SY='G'; M= -2, 1,-28, -3,-15,-28, 54,-13,-35,-15,-30,-20, 14,-20,-15,-15, 2,-15,-30,-25,-28,-15; /M: SY='H'; M=-20, 0,-30, 0, 0,-20,-20,100,-30,-10,-20, 0, 10,-20, 10, 0,-10,-20,-30,-30, 20, 0; /M: SY='K'; M= -2, -1,-26, -2, 7,-28,-16,-11,-27, 37,-28,-11, 0,-10, 7, 20, -2, -5,-17,-22,-12, 7; /M: SY='R'; M=-13,-11,-14,-10, -3,-23,-19, -9,-27, 13,-24,-14, -5, 2, 1, 30, -5, -7,-20,-27,-17, -5; /I: I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32; /M: SY='Q'; M= -9, -6,-24, -6, 1, -7,-19, 2,-11, -4, -5, 0, -7,-17, 4, -1, -6, -7,-13,-17, 4, 2; /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30; /M: SY='P'; M=-11,-12,-33, -8, 2,-27,-20,-11,-21, 7,-24,-11,-10, 36, 5, 7, -7, -6,-24,-25,-19, 0; /M: SY='Y'; M=-20,-28,-29,-32,-26, 47,-28, -5, -3,-20, 1, -3,-23,-30,-24,-16,-23,-13, -9, 43, 51,-24; /M: SY='R'; M= -6,-10,-24,-14, -8,-15,-20,-10, -8, 9, -8, -3, -3,-19, -3, 21, -9, -7, -4,-23,-10, -8; /M: SY='D'; M=-13, 17,-25, 20, 13,-19,-16, -3,-21, 0,-14,-15, 10,-14, 0, -5, -3, -3,-20,-29,-10, 6; /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30; /M: SY='T'; M= -4, -2,-15, -6, 1,-16,-16,-11,-16, -4,-19,-11, 1, 4, -2, -8, 4, 6,-15,-29,-15, -1; /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30; /M: SY='K'; M= 8, -3,-23, -4, 12,-24,-14,-11,-22, 13,-19,-13, -4, -3, 3, 6, 1, -2,-15,-24,-16, 7; /M: SY='K'; M= -7, 2,-24, 0, 7,-22,-17, -9,-22, 22,-20,-10, 4,-12, 4, 12, 0, 0,-16,-26,-12, 6; /I: I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32; /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30; /M: SY='T'; M= -5, -3,-19, -7, -1,-17,-11,-12,-12, -5,-11, -8, -1,-15, -1, -3, 4, 11, -6,-27,-14, -1; /M: SY='L'; M=-10,-19,-21,-22,-16, 7,-25,-15, 9,-15, 24, 13,-16,-26,-15,-11,-21, -8, 4,-20, -1,-15; /M: SY='V'; M= -2,-25,-15,-28,-25, -1,-28,-26, 25,-21, 12, 9,-22,-25,-23,-20, -7, 2, 32,-28, -8,-25; /M: SY='E'; M= 3, 1,-19, -4, 6,-11,-14, -8, -8, -5,-10, -4, 3,-15, -3, -9, -1, -4, -6,-27,-13, 2; /M: SY='E'; M=-11, 7,-28, 12, 21,-23,-18, 9,-26, 11,-22,-13, 2,-10, 12, 3, -1, -8,-24,-22, -2, 16; /I: I=-4; MD=-22; /M: SY='R'; M=-16, -8,-23, -8, 0,-16,-16, 0,-23, 23,-16, -8, 0,-16, 8, 55, -8, -8,-16,-16, -8, 0; D=-4; /I: I=-4; MD=-22; /M: SY='Q'; M= -9, -3,-22, -3, 8,-24,-14, 3,-18, 12,-17, -5, 1,-11, 27, 23, 1, -5,-19,-17, -9, 16; D=-4; /I: I=-4; MD=-22; /M: SY='R'; M= -9, -3,-21, -6, -1,-16,-14, -3,-12, 10,-14, -6, 4,-13, 7, 23, -2, -4,-11,-19, -9, 1; D=-4; /I: I=-4; MD=-22; /M: SY='L'; M= -6,-22,-14,-22,-17, 2,-23,-17, 16,-15, 19, 10,-20,-22,-16, -8,-15, -5, 18,-18, -4,-17; D=-4; /I: I=-4; MD=-22; /M: SY='M'; M= -7,-12,-16,-18,-11, -4,-14, -1, 8, 0, 8, 35,-12,-13, 1, -2,-13, -7, 4,-14, -1, -5; D=-4; /I: I=-4; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22; /M: SY='A'; M= 19, 0,-16, -8, -5,-20, -4, -9,-17, 1,-18,-13, 7,-14, -3, 5, 8, 0,-11,-26,-18, -5; /M: SY='A'; M= 12, -9,-19,-14,-10,-12,-15,-15, 1,-15, 7, 1, -8,-18, -6,-16, -6, -5, -1,-23,-11, -9; /M: SY='Q'; M=-11, -1,-28, -3, 11,-26,-21, 0,-14, 9,-13, -3, 2,-14, 25, 11, -6, -9,-19,-23,-10, 17; /M: SY='V'; M= 3,-18,-15,-21,-16, -6,-22,-21, 9,-13, 6, 3,-16,-21,-16,-14, -4, 3, 16,-27,-10,-16; /M: SY='A'; M= 14,-14,-18,-20,-10, -5,-15,-16, -3,-10, -3, -2,-11,-16, -6,-13, -1, -3, -1,-18, -7, -8; /M: SY='L'; M=-11, -8,-23,-14,-11, -5,-22,-11, 4, -9, 13, 4, -1,-24, -9, -3,-15, -8, -3,-25, -7,-11; /M: SY='R'; M=-17, -8,-30, -8, 1,-18,-21, -1,-26, 32,-21, -9, -2,-18, 8, 47,-11,-10,-19,-14, 1, 1; /M: SY='R'; M=-15, -2,-27, -5, 1,-21,-16, -1,-28, 24,-23,-12, 8,-18, 8, 50, -3, -6,-20,-24,-12, 1; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
| Total number of hits | 51 in 48 different sequences |
| Number of true positive hits | 51 in 48 different sequences |
| Number of 'unknown' hits | 0 |
| Number of false positive hits | 0 |
| Number of false negative sequences | 0 |
| Number of 'partial' sequences | 1 |
| Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
| Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 100.00 % |
Comments [info]
| Matrix type [info] | protein_domain |
| Scaling database [info] | window20 |
| Author [info] | N_Hulo |
| Taxonomic range [info] | Eukaryotes |
| Maximum number of repetitions [info] | 2 |
| Feature key [info] | DNA_BIND |
| Feature description [info] | DM |
| Version [info] | 6 |
Cross-references [info]
| UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
48 sequences
DMD10_CAEEL (G5EEJ1), DMD3_CAEEL (Q9XWN9), DMD4_CAEEL (Q18248), DMD5_CAEEL (Q19291), DMR3T_HORSE (J7FCF0), DMRT1_BOVIN (C0LZJ1), DMRT1_CHICK (Q9PTQ7), DMRT1_DANRE (Q71MM5), DMRT1_HUMAN (Q9Y5R6), DMRT1_MOUSE (Q9QZ59), DMRT1_ORYLA (Q801F8), DMRT1_PIG (Q9TT01), DMRT1_TRASC (P57690), DMRT1_XENTR (P85119), DMRT2_HUMAN (Q9Y5R5), DMRT2_MOUSE (Q8BG36), DMRT3_HORSE (F6W2R2), DMRT3_HUMAN (Q9NQL9), DMRT3_MOUSE (Q80WT2), DMRT3_RAT (D4A218), DMRT3_TAKRU (Q90WM5), DMRTA_HUMAN (Q5VZB9), DMRTA_MOUSE (Q8CFG4), DMRTB_HUMAN (Q96MA1), DMRTB_MOUSE (A2A9I7), DMRTD_BOVIN (Q32LE6), DMRTD_HUMAN (Q8IXT2), DMRTD_MOUSE (Q8CGW9), DMT1A_XENLA (Q3LH63), DMT1B_XENLA (B7ZS42), DMT1Y_ORYLA (Q8JIR6), DMT3A_DANRE (P83758), DMT3B_DANRE (Q9DFI0), DMTA2_BOVIN (A6QQ94), DMTA2_DANRE (Q5UU75), DMTA2_HUMAN (Q96SC8), DMTA2_MONAL (A8TSS9), DMTA2_MOUSE (A2A9A2), DMTA2_ORENI (Q6YHU8), DMTA2_ORYLA (Q76L87), DMTA2_TAKRU (Q4AE28), DMTA2_XENLA (Q2MJB4), DMTA2_XENTR (A4QNP7), DMTA2_XIPMA (Q2I327), DMW_XENLA (B0I1G7), DSX_DROME (P23023), MAB23_CAEEL (G5ECK3), MAB3_CAEEL (O18214)» more
|
| UniProtKB/Swiss-Prot 'Partial' sequences |
1 sequence
DMRT1_ALLMI (Q9PUE0) |
| PDB [Detailed view] |
2 PDB
1LPV; 4YJ0 |