PROSITE entry PS50808

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
PURL: https://purl.expasy.org/prosite/signature/PS50808

Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	ZF_BED
Accession [info]	PS50808
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-APR-2002 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC50808
Associated ProRule [info]	PRU00027

Name and characterization of the entry

Description [info]

Zinc finger BED-type profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=58;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=53;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.3612000; R2=0.0176589; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2809.9462891; R2=2.4008265; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=433; H_SCORE=3850; N_SCORE=9.0; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=292; H_SCORE=3511; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-20; I=-20; B1=-60; E1=-60; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='R';  M=-11, -5,-27, -6,  1,-18, -6, -6,-24, 12,-18,-10,  1,-17,  4, 19, -5, -9,-20,-22,-12,  1;
/M: SY='K';  M= -8,  0,-29,  3,  2,-21,-12, -4,-23, 14,-21, -8, -3, -8,  4,  7, -7,-10,-19,-17, -2,  2;
/M: SY='R';  M= -8,-11,-24,-12, -5,-15,-19, -9,-12,  1,-12, -4, -8, -2,  1,  7, -1,  3, -9,-23, -7, -4;
/M: SY='D';  M= -3, 18,-19, 24, 14,-27, -6, -4,-27, -4,-29,-23, 15, -9,  3, -8, 21,  6,-20,-39,-20,  9;
/M: SY='K';  M= -6, -2,-27,  1,  4,-24,-18, -4,-17,  7,-20,-11, -3,  0, -1,  2, -4, -7,-13,-27,-13,  0;
/M: SY='V';  M=  6,-21,-20,-25,-20, -7,-16,-20, 12,-17,  0,  4,-17,-12,-17,-20, -5, -4, 14,-21, -7,-20;
/M: SY='W';  M=-14,-32,-40,-33,-25, 10,-21,-21,-13,-18,-11,-13,-32,-27,-17,-18,-29,-19,-21, 99, 30,-19;
/M: SY='E';  M= -7,  0,-15,  1,  6,-23,-11,-10,-22,  2,-18,-12,  0, -7,  1, -3, -1, -6,-19,-30,-17,  3;
/M: SY='H';  M=-16,-13,-26,-15,-13,  9,-25, 38, -7,-14, -7,  1, -7,-24, -7, -9,-11,-11,-10, -8, 32,-13;
/M: SY='F';  M=-10,-24,-22,-28,-24, 31,-14,-13, -1,-22,  7,  0,-19,-27,-25,-18,-16,-10, -1,  0, 21,-24;
/M: SY='T';  M= -4, -8,  0,-11,-14,-15,-16,-18, -9,-11, -7, -7, -9,-21,-14, -6, -4,  2,  0,-30,-15,-15;
/M: SY='E';  M= -7, -1,-28,  3,  7,-17, -8, -7,-21, -6,-15,-12, -5, -1,  3,-10, -4, -7,-21,-21, -9,  4;
/M: SY='V';  M= -7,-17,-21,-20,-11, -4,-25,-17,  7,-11,  0,  1,-12,-19, -8, -5, -4,  0,  8,-24, -6,-11;
/I:         I=-3; MD=-14;
/M: SY='E';  M= -6,  5,-19,  6, 11, -7,-14, -4,-14, -4, -8,-10,  0,-10, -2, -7, -2, -2,-13,-17, -3,  5; D=-3;
/I:         I=-3; MD=-14;
/M: SY='R';  M= -8, -6,-17, -7,  2,  3,-15, -8,-14,  5,-10, -7, -3,-11, -3,  8, -2, -1,-10,-13, -2,  0; D=-3;
/I:         I=-3; MD=-14;
/M:         M= -5,  0,-16,  0, -1,-13, -1, -7,-11, -7, -7, -4,  0, -3, -5, -8, -1,  0,-11,-19,-11, -3; D=-3;
/I:         I=-3; MI=0; MD=-14; IM=0; DM=-14;
/M: SY='D';  M=-10, 21,-18, 31, 17,-22, -8, -1,-22,  5,-17,-16,  8, -5,  4, -2, -1, -6,-18,-22,-12, 10; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-14;
/M: SY='G';  M= -4,  2,-19,  5,  4,-20, 19, -7,-23, -2,-17,-13,  2, -8, -3, -5, -1,-10,-18,-15,-15,  0; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-14;
/M: SY='K';  M= -5, -1,-14,  0,  1,-12,-14, -8, -6,  3, -8, -5, -2, -8, -2,  2, -1,  3, -2,-17, -7, -1; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-14;
/M: SY='K';  M= -5,  2,-14, -1, -1,-11,-10, -5, -8, 10, -9, -4,  5,-10, -1,  5, -4, -3, -6,-15, -7, -1; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-14;
/M: SY='K';  M= -4, -7,-14, -7, -3,-10, -7, -8, -6,  4, -2,  0, -6,-11, -1,  1, -7, -6, -4,-12, -6, -2; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-14;
/M: SY='G';  M=  8, -3,-10, -5, -4,-13, 11, -8,-13, -3,-13, -8,  0, -7, -4, -6,  6, -2, -8,-13,-12, -4; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-14;
/M: SY='R';  M=-10, -8,-28, -9, -5,-15,-21,  5,-17, 11,-16, -6, -6,-18,  0, 14,-12,-11,-12, -7,  3, -5;
/M: SY='F';  M=  4,-21,-18,-26,-19,  8,-19,-17,  3,-18,  5,  3,-19,-22,-17,-17, -8, -2,  5, -3,  4,-18;
/M: SY='K';  M=-12,-10,-27,-12,  0, -4,-24, -9,-13, 12, -9, -4, -8,-17,  0, 11,-11, -6,-11,-14,  2,  0;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='K';  M= -4, -5,-23, -7, -2,-20,-18, -3,-15, 19,-18, -3, -1,-16,  1, 13, -5, -6, -7,-25, -9, -1;
/M: SY='Y';  M=-13,-20,-26,-22,-16, 10,-22, -4,  1,-11,  6,  3,-17,-25,-10, -6,-17,-10, -3, -2, 24,-15;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='H';  M=-12, -3,-28, -3,  0,-21, -4, 28,-24, -3,-14, -5,  3,-18,  4, -2, -8,-15,-23,-25, -3,  0;
/M: SY='K';  M=-11,-12,-27,-13, -5, -7,-23,-12,-13, 16,-16, -6, -8, -9, -5, 10,-10, -8, -9,-16, -1, -5;
/M: SY='I';  M=-10,-14,-26,-14,-13,-12,-28,-20, 11, -7,  1,  3,-14,-14,-12, -8,-14, -8, 11,-25, -8,-15;
/M: SY='M';  M= -8,-16,-24,-21,-17, -5,-12,-13,  7,-15,  9, 11,-10,-22,-12,-14,-13, -9,  0,-20, -3,-15;
/M: SY='K';  M= -3, -4,-16, -5,  2,-25,-14, -1,-25, 12,-25,-12,  1, -8,  6, 12,  6, -2,-18,-28,-13,  3;
/M: SY='N';  M= -7, -5,-17, -8, -5,-14,  0, -4,-22, -5,-19,-12,  3,-18, -6,  0,  2, -4,-17,-26,-12, -7;
/I:         I=-3; MD=-17;
/M: SY='G';  M= -5,-10,-22,-12,-11,-15,  4, -6,-13,-12, -8, -5, -4,-17, -6, -7, -1,  0,-11,-22,-11, -9; D=-3;
/I:         I=-3; MD=-17;
/M: SY='G';  M= -2, -4,-21, -4, -5,-22, 12,  3,-24, -7,-22,-12,  2, -7, -1, -7,  7, -2,-19,-24,-13, -4; D=-3;
/I:         I=-3; MI=0; MD=-17; IM=0; DM=-17;
/M: SY='S';  M= -1,  0,-13, -1,  1,-12,  2, -7,-12, -2,-10, -8,  3, -8, -2, -4,  5,  1,-10,-17,-10, -1; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-17;
/M: SY='S';  M=  5,  0,-10, -4, -5,-12,  5, -7,-11, -7,-13, -6,  5, -9, -4, -8, 12,  6, -7,-21,-12, -4; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-17;
/M: SY='T';  M=  4,-11,-18,-17,-12,-13,-20,-21,  0,-14, -8, -6, -8,  2,-11,-17,  7, 20,  1,-27,-13,-13;
/M: SY='S';  M=  1,  6,-15,  3,  5,-17, -7, -5,-19, -6,-24,-17, 13,-11,  1, -7, 24, 15,-14,-33,-13,  3;
/M: SY='N';  M= -3,  7,-24,  0, -3,-19, -3, -3,-21,  3,-24,-15, 17, -5, -2,  5,  3, -4,-22,-26,-13, -4;
/M: SY='L';  M= -9,-23,-20,-25,-16,  5,-25,-14, 12,-20, 26, 19,-22,-25, -9,-14,-18, -7,  6,-20, -1,-12;
/M: SY='R';  M=-11,-14,-26,-17, -8,-16,-24,-12, -1,  9, -8,  4, -8,-17,  2, 15, -9, -7,  0,-22, -8, -6;
/M: SY='R';  M=-10, -7,-26,-11, -5,-15,-22,  1,-11,  8,-13, -4, -1,-17,  3, 16, -6, -2,-10,-19,  0, -4;
/M: SY='H';  M=-20,  0,-30,  0,  0,-20,-20,100,-30,-10,-20,  0, 10,-20, 10,  0,-10,-20,-30,-30, 20,  0;
/M: SY='L';  M=-10,-23,-22,-25,-16,  0,-28,-12, 13,-16, 28, 16,-22,-25,-14,-12,-23,-10,  8,-21, -1,-15;
/I:         I=-3; MI=0; MD=-17; IM=0; DM=-17;
/M: SY='K';  M= -5, -9,-15,-10, -5, -6,-14,-11, -5,  5, -2, -1, -9,-11, -4,  1, -8, -2, -2, -2, -2, -4; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-17;
/M: SY='R';  M= -6,  3,-20,  1,  2,-20,-13,  4,-21,  8,-18,-10,  5,-13,  7, 17,  2,  1,-16,-23, -9,  2; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-17;
/M:         M= -3,-13,-11,-16, -9,-11,-15,-15, -8, -2, -8,  0,-12,-11, -6, -6, -7, -4, -3,-22,-11, -8; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-17;
/M: SY='H';  M=-16, -8, 28,-12,-12,-20,-24, 49,-30,-18,-20, -8, -2,-28, -6,-12,-10,-16,-22,-38,  1,-12;
/M: SY='K';  M= -3,-11,-27, -9,  0,-21,-15,-15,-15,  7,-13, -8,-11,  6, -4, -1, -7, -7,-12,-25,-16, -3;
/M: SY='N';  M= -6,  5,-23,  1,  4,-18,-15, -6,-13,  2,-12, -7,  8,-15,  0,  3,  0, -1,-13,-29,-13,  1;
/M: SY='Y';  M= -4, -4,-25, -5,  1, -9,-15, -5, -8, -6, -7, -7, -5,-17, -5,-10, -7, -8, -9,-15,  5, -4;
/M:         M=-12,-15,-28,-13,-10, -6,-22,-14, -7, -7, -6, -6,-14,  0,-11, -4,-12, -8, -8,-12, -3,-12;
/M: SY='K';  M= -2,  3,-23,  2,  3,-17,-15,-11,-20,  7,-19,-13,  1, -7, -3,  2,  0, -1,-13,-25,-13, -1;
/M: SY='E';  M= -4,  4,-25,  5, 11,-26, -9, -8,-23,  6,-22,-14,  3, -4,  5,  1,  2, -4,-18,-28,-18,  7;
/M: SY='V';  M= -3, -7,-19,-11,-16, -6,-15,-12,  4,-13, -6, -3, -5,-22,-15,-15, -2,  0,  9,-22,  0,-17;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2025_03 which contains 573'661 sequence entries.

Total number of hits	35 in 24 different sequences
Number of true positive hits	35 in 24 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	3
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	92.11 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info]	4
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	CJA_Sigrist
Feature key [info]	ZN_FING
Feature description [info]	BED-type
Version [info]	5

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

24 sequences

BED3_CAEEL  (Q19787), DPY20_CAEBR (P51558), DPY20_CAEEL (P34807),

DSLE_ARATH  (Q9M2N5), ENV11_YEAST (P53246), GEI13_CAEEL (P34478), 
HOBOT_DROME (P12258), RSLE1_ORYSJ (B9FJG3), RSLE2_ORYSJ (Q6AVI0), 
RSLE3_ORYSJ (Q75HY5), RSLE4_ORYSJ (Q0JMB2), SUF4_ARATH  (Q9C5G0), 
VID22_YEAST (Q05934), YS54_CAEEL  (Q09663), ZBED1_HUMAN (O96006), 
ZBED2_HUMAN (Q9BTP6), ZBED3_HUMAN (Q96IU2), ZBED4_HUMAN (O75132), 
ZBED4_MOUSE (Q80WQ9), ZBED5_BOVIN (A4Z943), ZBED5_CANLF (A4Z944), 
ZBED5_HUMAN (Q49AG3), ZBED6_HUMAN (P86452), ZBED6_MOUSE (D2EAC2)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences

3 sequences

MIG39_CAEEL (P34418), TPED_TALSN  (B8MV65), ZBED3_MOUSE (Q9D0L1)

PDB
[Detailed view]

2 PDB

2CT5; 2DJR