PROSITE entry PS50808
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
| Entry name [info] | ZF_BED |
| Accession [info] | PS50808 |
| Entry type [info] | MATRIX |
| Date [info] |
01-APR-2002 CREATED;
10-MAY-2017 DATA UPDATE; 27-MAR-2024 INFO UPDATE. |
| PROSITE Doc. [info] | PDOC50808 |
| Associated ProRule [info] | PRU00027 |
Name and characterization of the entry
| Description [info] | Zinc finger BED-type profile. |
| Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=58; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=53; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.3612000; R2=0.0176589; TEXT='NScore'; /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2809.9462891; R2=2.4008265; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=433; H_SCORE=3850; N_SCORE=9.0; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=292; H_SCORE=3511; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: M0=-8; D=-20; I=-20; B1=-60; E1=-60; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='R'; M=-11, -5,-27, -6, 1,-18, -6, -6,-24, 12,-18,-10, 1,-17, 4, 19, -5, -9,-20,-22,-12, 1; /M: SY='K'; M= -8, 0,-29, 3, 2,-21,-12, -4,-23, 14,-21, -8, -3, -8, 4, 7, -7,-10,-19,-17, -2, 2; /M: SY='R'; M= -8,-11,-24,-12, -5,-15,-19, -9,-12, 1,-12, -4, -8, -2, 1, 7, -1, 3, -9,-23, -7, -4; /M: SY='D'; M= -3, 18,-19, 24, 14,-27, -6, -4,-27, -4,-29,-23, 15, -9, 3, -8, 21, 6,-20,-39,-20, 9; /M: SY='K'; M= -6, -2,-27, 1, 4,-24,-18, -4,-17, 7,-20,-11, -3, 0, -1, 2, -4, -7,-13,-27,-13, 0; /M: SY='V'; M= 6,-21,-20,-25,-20, -7,-16,-20, 12,-17, 0, 4,-17,-12,-17,-20, -5, -4, 14,-21, -7,-20; /M: SY='W'; M=-14,-32,-40,-33,-25, 10,-21,-21,-13,-18,-11,-13,-32,-27,-17,-18,-29,-19,-21, 99, 30,-19; /M: SY='E'; M= -7, 0,-15, 1, 6,-23,-11,-10,-22, 2,-18,-12, 0, -7, 1, -3, -1, -6,-19,-30,-17, 3; /M: SY='H'; M=-16,-13,-26,-15,-13, 9,-25, 38, -7,-14, -7, 1, -7,-24, -7, -9,-11,-11,-10, -8, 32,-13; /M: SY='F'; M=-10,-24,-22,-28,-24, 31,-14,-13, -1,-22, 7, 0,-19,-27,-25,-18,-16,-10, -1, 0, 21,-24; /M: SY='T'; M= -4, -8, 0,-11,-14,-15,-16,-18, -9,-11, -7, -7, -9,-21,-14, -6, -4, 2, 0,-30,-15,-15; /M: SY='E'; M= -7, -1,-28, 3, 7,-17, -8, -7,-21, -6,-15,-12, -5, -1, 3,-10, -4, -7,-21,-21, -9, 4; /M: SY='V'; M= -7,-17,-21,-20,-11, -4,-25,-17, 7,-11, 0, 1,-12,-19, -8, -5, -4, 0, 8,-24, -6,-11; /I: I=-3; MD=-14; /M: SY='E'; M= -6, 5,-19, 6, 11, -7,-14, -4,-14, -4, -8,-10, 0,-10, -2, -7, -2, -2,-13,-17, -3, 5; D=-3; /I: I=-3; MD=-14; /M: SY='R'; M= -8, -6,-17, -7, 2, 3,-15, -8,-14, 5,-10, -7, -3,-11, -3, 8, -2, -1,-10,-13, -2, 0; D=-3; /I: I=-3; MD=-14; /M: M= -5, 0,-16, 0, -1,-13, -1, -7,-11, -7, -7, -4, 0, -3, -5, -8, -1, 0,-11,-19,-11, -3; D=-3; /I: I=-3; MI=0; MD=-14; IM=0; DM=-14; /M: SY='D'; M=-10, 21,-18, 31, 17,-22, -8, -1,-22, 5,-17,-16, 8, -5, 4, -2, -1, -6,-18,-22,-12, 10; D=-3; /I: I=-3; DM=-14; /M: SY='G'; M= -4, 2,-19, 5, 4,-20, 19, -7,-23, -2,-17,-13, 2, -8, -3, -5, -1,-10,-18,-15,-15, 0; D=-3; /I: I=-3; DM=-14; /M: SY='K'; M= -5, -1,-14, 0, 1,-12,-14, -8, -6, 3, -8, -5, -2, -8, -2, 2, -1, 3, -2,-17, -7, -1; D=-3; /I: I=-3; DM=-14; /M: SY='K'; M= -5, 2,-14, -1, -1,-11,-10, -5, -8, 10, -9, -4, 5,-10, -1, 5, -4, -3, -6,-15, -7, -1; D=-3; /I: I=-3; DM=-14; /M: SY='K'; M= -4, -7,-14, -7, -3,-10, -7, -8, -6, 4, -2, 0, -6,-11, -1, 1, -7, -6, -4,-12, -6, -2; D=-3; /I: I=-3; DM=-14; /M: SY='G'; M= 8, -3,-10, -5, -4,-13, 11, -8,-13, -3,-13, -8, 0, -7, -4, -6, 6, -2, -8,-13,-12, -4; D=-3; /I: I=-3; DM=-14; /M: SY='R'; M=-10, -8,-28, -9, -5,-15,-21, 5,-17, 11,-16, -6, -6,-18, 0, 14,-12,-11,-12, -7, 3, -5; /M: SY='F'; M= 4,-21,-18,-26,-19, 8,-19,-17, 3,-18, 5, 3,-19,-22,-17,-17, -8, -2, 5, -3, 4,-18; /M: SY='K'; M=-12,-10,-27,-12, 0, -4,-24, -9,-13, 12, -9, -4, -8,-17, 0, 11,-11, -6,-11,-14, 2, 0; /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30; /M: SY='K'; M= -4, -5,-23, -7, -2,-20,-18, -3,-15, 19,-18, -3, -1,-16, 1, 13, -5, -6, -7,-25, -9, -1; /M: SY='Y'; M=-13,-20,-26,-22,-16, 10,-22, -4, 1,-11, 6, 3,-17,-25,-10, -6,-17,-10, -3, -2, 24,-15; /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30; /M: SY='H'; M=-12, -3,-28, -3, 0,-21, -4, 28,-24, -3,-14, -5, 3,-18, 4, -2, -8,-15,-23,-25, -3, 0; /M: SY='K'; M=-11,-12,-27,-13, -5, -7,-23,-12,-13, 16,-16, -6, -8, -9, -5, 10,-10, -8, -9,-16, -1, -5; /M: SY='I'; M=-10,-14,-26,-14,-13,-12,-28,-20, 11, -7, 1, 3,-14,-14,-12, -8,-14, -8, 11,-25, -8,-15; /M: SY='M'; M= -8,-16,-24,-21,-17, -5,-12,-13, 7,-15, 9, 11,-10,-22,-12,-14,-13, -9, 0,-20, -3,-15; /M: SY='K'; M= -3, -4,-16, -5, 2,-25,-14, -1,-25, 12,-25,-12, 1, -8, 6, 12, 6, -2,-18,-28,-13, 3; /M: SY='N'; M= -7, -5,-17, -8, -5,-14, 0, -4,-22, -5,-19,-12, 3,-18, -6, 0, 2, -4,-17,-26,-12, -7; /I: I=-3; MD=-17; /M: SY='G'; M= -5,-10,-22,-12,-11,-15, 4, -6,-13,-12, -8, -5, -4,-17, -6, -7, -1, 0,-11,-22,-11, -9; D=-3; /I: I=-3; MD=-17; /M: SY='G'; M= -2, -4,-21, -4, -5,-22, 12, 3,-24, -7,-22,-12, 2, -7, -1, -7, 7, -2,-19,-24,-13, -4; D=-3; /I: I=-3; MI=0; MD=-17; IM=0; DM=-17; /M: SY='S'; M= -1, 0,-13, -1, 1,-12, 2, -7,-12, -2,-10, -8, 3, -8, -2, -4, 5, 1,-10,-17,-10, -1; D=-3; /I: I=-3; DM=-17; /M: SY='S'; M= 5, 0,-10, -4, -5,-12, 5, -7,-11, -7,-13, -6, 5, -9, -4, -8, 12, 6, -7,-21,-12, -4; D=-3; /I: I=-3; DM=-17; /M: SY='T'; M= 4,-11,-18,-17,-12,-13,-20,-21, 0,-14, -8, -6, -8, 2,-11,-17, 7, 20, 1,-27,-13,-13; /M: SY='S'; M= 1, 6,-15, 3, 5,-17, -7, -5,-19, -6,-24,-17, 13,-11, 1, -7, 24, 15,-14,-33,-13, 3; /M: SY='N'; M= -3, 7,-24, 0, -3,-19, -3, -3,-21, 3,-24,-15, 17, -5, -2, 5, 3, -4,-22,-26,-13, -4; /M: SY='L'; M= -9,-23,-20,-25,-16, 5,-25,-14, 12,-20, 26, 19,-22,-25, -9,-14,-18, -7, 6,-20, -1,-12; /M: SY='R'; M=-11,-14,-26,-17, -8,-16,-24,-12, -1, 9, -8, 4, -8,-17, 2, 15, -9, -7, 0,-22, -8, -6; /M: SY='R'; M=-10, -7,-26,-11, -5,-15,-22, 1,-11, 8,-13, -4, -1,-17, 3, 16, -6, -2,-10,-19, 0, -4; /M: SY='H'; M=-20, 0,-30, 0, 0,-20,-20,100,-30,-10,-20, 0, 10,-20, 10, 0,-10,-20,-30,-30, 20, 0; /M: SY='L'; M=-10,-23,-22,-25,-16, 0,-28,-12, 13,-16, 28, 16,-22,-25,-14,-12,-23,-10, 8,-21, -1,-15; /I: I=-3; MI=0; MD=-17; IM=0; DM=-17; /M: SY='K'; M= -5, -9,-15,-10, -5, -6,-14,-11, -5, 5, -2, -1, -9,-11, -4, 1, -8, -2, -2, -2, -2, -4; D=-3; /I: I=-3; DM=-17; /M: SY='R'; M= -6, 3,-20, 1, 2,-20,-13, 4,-21, 8,-18,-10, 5,-13, 7, 17, 2, 1,-16,-23, -9, 2; D=-3; /I: I=-3; DM=-17; /M: M= -3,-13,-11,-16, -9,-11,-15,-15, -8, -2, -8, 0,-12,-11, -6, -6, -7, -4, -3,-22,-11, -8; D=-3; /I: I=-3; DM=-17; /M: SY='H'; M=-16, -8, 28,-12,-12,-20,-24, 49,-30,-18,-20, -8, -2,-28, -6,-12,-10,-16,-22,-38, 1,-12; /M: SY='K'; M= -3,-11,-27, -9, 0,-21,-15,-15,-15, 7,-13, -8,-11, 6, -4, -1, -7, -7,-12,-25,-16, -3; /M: SY='N'; M= -6, 5,-23, 1, 4,-18,-15, -6,-13, 2,-12, -7, 8,-15, 0, 3, 0, -1,-13,-29,-13, 1; /M: SY='Y'; M= -4, -4,-25, -5, 1, -9,-15, -5, -8, -6, -7, -7, -5,-17, -5,-10, -7, -8, -9,-15, 5, -4; /M: M=-12,-15,-28,-13,-10, -6,-22,-14, -7, -7, -6, -6,-14, 0,-11, -4,-12, -8, -8,-12, -3,-12; /M: SY='K'; M= -2, 3,-23, 2, 3,-17,-15,-11,-20, 7,-19,-13, 1, -7, -3, 2, 0, -1,-13,-25,-13, -1; /M: SY='E'; M= -4, 4,-25, 5, 11,-26, -9, -8,-23, 6,-22,-14, 3, -4, 5, 1, 2, -4,-18,-28,-18, 7; /M: SY='V'; M= -3, -7,-19,-11,-16, -6,-15,-12, 4,-13, -6, -3, -5,-22,-15,-15, -2, 0, 9,-22, 0,-17; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
| Total number of hits | 35 in 24 different sequences |
| Number of true positive hits | 35 in 24 different sequences |
| Number of 'unknown' hits | 0 |
| Number of false positive hits | 0 |
| Number of false negative sequences | 3 |
| Number of 'partial' sequences | 0 |
| Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
| Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 92.11 % |
Comments [info]
| Matrix type [info] | protein_domain |
| Scaling database [info] | reversed |
| Author [info] | CJA_Sigrist |
| Taxonomic range [info] | Eukaryotes |
| Maximum number of repetitions [info] | 4 |
| Feature key [info] | ZN_FING |
| Feature description [info] | BED-type |
| Version [info] | 5 |
Cross-references [info]
| UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
24 sequences
BED3_CAEEL (Q19787), DPY20_CAEBR (P51558), DPY20_CAEEL (P34807), DSLE_ARATH (Q9M2N5), ENV11_YEAST (P53246), GEI13_CAEEL (P34478), HOBOT_DROME (P12258), RSLE1_ORYSJ (B9FJG3), RSLE2_ORYSJ (Q6AVI0), RSLE3_ORYSJ (Q75HY5), RSLE4_ORYSJ (Q0JMB2), SUF4_ARATH (Q9C5G0), VID22_YEAST (Q05934), YS54_CAEEL (Q09663), ZBED1_HUMAN (O96006), ZBED2_HUMAN (Q9BTP6), ZBED3_HUMAN (Q96IU2), ZBED4_HUMAN (O75132), ZBED4_MOUSE (Q80WQ9), ZBED5_BOVIN (A4Z943), ZBED5_CANLF (A4Z944), ZBED5_HUMAN (Q49AG3), ZBED6_HUMAN (P86452), ZBED6_MOUSE (D2EAC2)» more
|
| UniProtKB/Swiss-Prot False negative sequences |
3 sequences
MIG39_CAEEL (P34418), TPED_TALSN (B8MV65), ZBED3_MOUSE (Q9D0L1) |
| PDB [Detailed view] |
2 PDB
2CT5; 2DJR |