PROSITE entry PS50245
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
Entry name [info] | CAP_GLY_2 |
Accession [info] | PS50245 |
Entry type [info] | MATRIX |
Date [info] |
01-DEC-2001 CREATED;
10-MAY-2017 DATA UPDATE; 27-MAR-2024 INFO UPDATE. |
PROSITE Doc. [info] | PDOC00660 |
Associated ProRule [info] | PRU00045 |
Name and characterization of the entry
Description [info] | CAP-Gly domain profile. |
Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=44; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=5; N2=40; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=0.3912000; R2=0.0139045; TEXT='NScore'; /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2675.9406738; R2=1.5437037; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=584; H_SCORE=3577; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=440; H_SCORE=3355; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: M0=-9; D=-20; I=-20; B1=-60; E1=-60; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='G'; M= -3,-10,-30,-10,-17,-28, 54,-17,-38,-11,-28,-18, 0,-20,-15, -4, -2,-18,-28,-20,-27,-17; /M: SY='P'; M= 3, -9,-24, -6, 9,-22,-18,-16,-13, -6,-16,-13,-12, 20, -5,-13, 0, 0,-10,-28,-20, 1; /M: SY='V'; M= -3,-16,-16,-18,-10, -8,-27,-22, 13,-14, 1, 1,-16,-18,-15,-16, -2, 9, 21,-29,-10,-13; /M: SY='E'; M=-10, 8,-28, 15, 22,-30,-15, 11,-27, -1,-25,-16, 3, 5, 13, -5, 4, -6,-27,-32,-14, 16; /M: SY='F'; M= -9,-11,-23,-16,-15, 8, -8,-16,-10,-18, -3, -7, -4, -7,-19,-16, -7, -1,-11,-19, -6,-17; /M: SY='K'; M= -1, -9,-25,-10, -3,-24, -3,-12,-20, 13,-19, -8, -5,-16, 3, 12, -5, -9,-11,-21,-15, -1; /M: SY='P'; M= 6, -1,-27, 1, 3,-29,-13,-14,-23, 8,-24,-16, -6, 19, -3, -5, -3, -7,-19,-26,-20, -2; /M: SY='G'; M= 0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20, 0,-20,-20,-20, 0,-20,-30,-20,-30,-20; /M: SY='M'; M= -3,-21,-23,-26,-19, -1,-23,-10, 13,-14, 5, 18,-20, -7,-11,-17,-14, -7, 8,-14, 6,-17; /M: SY='W'; M=-20,-34,-38,-37,-29, 34,-24,-20,-11,-22, -8,-11,-31,-30,-24,-19,-31,-21,-18, 91, 37,-23; /M: SY='V'; M= 1,-24, 3,-28,-24, -1,-27,-21, 12,-21, 8, 4,-23,-27,-22,-21,-12, -5, 18,-21, -1,-24; /M: SY='G'; M= 0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20, 0,-20,-20,-20, 0,-20,-30,-20,-30,-20; /M: SY='I'; M= -6,-30,-20,-34,-29, 1,-34,-29, 37,-26, 20, 16,-26,-26,-24,-24,-17, -6, 35,-24, -4,-29; /M: SY='E'; M=-12, 14,-30, 24, 47,-33,-18, 2,-30, 8,-22,-18, 3, -3, 24, 0, 0,-10,-30,-30,-18, 35; /M: SY='L'; M=-13,-30,-26,-30,-21, 13,-29,-14, 11,-25, 32, 11,-30,-30,-18,-18,-30,-13, 1, 12, 18,-20; /M: SY='D'; M=-16, 14,-26, 25, 2,-18,-19, -9,-13,-13, 6, -8, -2,-19, -9,-14,-13,-10,-12,-31,-11, -3; /I: I=-5; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27; /M: SY='E'; M= 9, 6,-20, 2, 16,-23,-11, -8,-20, 5,-18,-15, 5, -8, 3, -3, 6, 2,-16,-27,-18, 10; /M: SY='P'; M=-10, -6,-35, -1, 9,-28,-17,-12,-21, -6,-29,-20, -5, 60, -4,-14, -5, -8,-30,-32,-27, -1; /I: I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32; /M: SY='L'; M=-12,-13,-22,-21,-16, 8,-25,-14, 5,-15, 11, 3, -6,-23,-15, -5,-12, -1, 0,-20, -1,-16; /M: SY='G'; M= 0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20, 0,-20,-20,-20, 0,-20,-30,-20,-30,-20; /M: SY='K'; M=-10, 0,-30, 0, 10,-30,-20,-10,-30, 50,-30,-10, 0,-10, 10, 30,-10,-10,-20,-20,-10, 10; /M: SY='H'; M=-15, 22,-25, 11, 0,-20, -9, 51,-25, -5,-25,-11, 37,-20, 5, 0, 1, -9,-30,-35, -2, 0; /M: SY='D'; M=-20, 41,-30, 58, 17,-37,-11, 0,-39, 4,-29,-27, 17,-11, 1, 2, -1,-10,-29,-37,-19, 9; /M: SY='G'; M= 0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20, 0,-20,-20,-20, 0,-20,-30,-20,-30,-20; /M: SY='S'; M= 4, -8,-12,-11, -9,-12,-11,-13, -4,-11,-13, 0, -3,-15, -6,-11, 19, 16, 4,-34,-14, -8; /M: SY='F'; M= -3,-23,-16,-28,-23, 19,-25, -8, 8,-20, 3, 3,-19,-26,-25,-17,-11, -6, 18,-17, 5,-23; /M: SY='K'; M=-11, 11,-27, 11, 14,-27,-16, 0,-21, 16,-20, -3, 7,-11, 14, 7, -5, -9,-21,-27,-13, 14; /M: SY='G'; M= 0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20, 0,-20,-20,-20, 0,-20,-30,-20,-30,-20; /M: SY='T'; M= -6,-13,-18,-18,-13,-11,-25,-19, 2, 0, -5, -1,-10,-18,-11, 3, -2, 11, 11,-26, -9,-13; /M: SY='R'; M= -9, -6,-24, -4, 9,-23,-18, -6,-19, 15,-19, -9, -3,-14, 11, 22, 0, -4,-12,-26,-13, 8; /M: SY='Y'; M=-20,-22,-28,-23,-22, 39,-30, 13, 0,-13, 2, 0,-20,-30,-15,-12,-20,-10, -8, 27, 71,-22; /M: SY='F'; M=-20,-30,-20,-40,-30, 80,-30,-20, 0,-30, 10, 0,-20,-30,-40,-20,-20,-10, 0, 10, 30,-30; /M: SY='Q'; M=-11, 4,-30, 6, 17,-30,-22, -4,-17, 14,-18, -7, 0,-10, 20, 6, -6,-10,-18,-24,-12, 18; /M: SY='C'; M= 2,-14, 44,-24,-21,-15,-24,-26,-11,-21,-11,-11,-13,-24,-20,-23, 1, 9, -1,-36,-19,-21; /M: SY='K'; M=-11, 3,-29, 7, 13,-27,-19, -9,-27, 16,-24,-16, -1, 7, 4, 12, -3, -1,-22,-27,-16, 7; /I: I=-4; MD=-19; /M: SY='H'; M= -9, -1,-14, -4, -6, 0,-11, 16, -5, -7, -1, 0, 3,-14, -3, -4, -7, -6, -9, -8, 12, -6; D=-4; /I: I=-4; MI=0; MD=-19; IM=0; DM=-19; /M: SY='P'; M=-10,-13,-36, -6, 6,-28, -9,-14,-26, -1,-27,-18,-11, 44, -3, -2, -7,-11,-28,-27,-25, -2; /M: SY='Y'; M=-11,-11,-26,-12, -4, -6,-24, -2, -9, 6, -4, -1,-11,-19, 4, 2,-10, -2,-11, -8, 16, -1; /M: SY='H'; M= -8, -4,-24, -5, -3,-17, -6, 24,-21, -8,-19, -7, 2,-17, 8, -5, 4, -1,-20,-21, 5, 0; /M: SY='G'; M= 0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20, 0,-20,-20,-20, 0,-20,-30,-20,-30,-20; /M: SY='I'; M= -6,-21,-23,-25,-20, -5,-10,-19, 13,-23, 13, 12,-15,-21,-15,-20,-11, -8, 6,-23, -8,-19; /M: SY='F'; M=-18,-28,-20,-38,-28, 66,-28,-17, 3,-27, 12, 10,-20,-28,-33,-18,-20,-10, 2, 5, 25,-27; /M: SY='V'; M= 3,-26, 0,-31,-27, -5,-29,-29, 23,-23, 6, 6,-23,-25,-24,-24,-10, -4, 30,-28,-11,-27; /M: SY='R'; M=-14,-10,-33, -7, 4,-27,-20, -6,-26, 18,-24,-11, -6, 15, 12, 30, -8,-10,-24,-23,-16, 4; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
Total number of hits | 77 in 55 different sequences |
Number of true positive hits | 77 in 55 different sequences |
Number of 'unknown' hits | 0 |
Number of false positive hits | 0 |
Number of false negative sequences | 0 |
Number of 'partial' sequences | 0 |
Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 100.00 % |
Comments [info]
Matrix type [info] | protein_domain |
Scaling database [info] | reversed |
Author [info] | K_Hofmann, CJA_Sigrist |
Taxonomic range [info] | Eukaryotes |
Maximum number of repetitions [info] | 3 |
Feature key [info] | DOMAIN |
Feature description [info] | CAP-Gly |
Version [info] | 5 |
Cross-references [info]
UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
55 sequences
ALP11_SCHPO (Q10235), BIK1_YEAST (P11709), CE350_HUMAN (Q5VT06), CE350_MOUSE (E9Q309), CL190_DROME (Q9VJE5), CLIP1_CHICK (O42184), CLIP1_HUMAN (P30622), CLIP1_MOUSE (Q922J3), CLIP1_RAT (Q9JK25), CLIP2_HUMAN (Q9UDT6), CLIP2_MOUSE (Q9Z0H8), CLIP2_RAT (O55156), CLIP3_HUMAN (Q96DZ5), CLIP3_MOUSE (B9EHT4), CLIP3_PONAB (Q5R686), CLIP3_XENLA (Q5U243), CLIP4_HUMAN (Q8N3C7), CLIP4_MOUSE (Q8CI96), CLIP4_RAT (Q66HD5), CLP1H_CAEEL (P34531), CYLD_BOVIN (Q1RMU2), CYLD_HUMAN (Q9NQC7), CYLD_MOUSE (Q80TQ2), CYLD_PONAB (Q5RED8), CYLD_RAT(Q66H62), DCTN1_CHICK (P35458), DCTN1_DROME (P13496), DCTN1_HUMAN (Q14203), DCTN1_MOUSE (O08788), DCTN1_PIG (A0A287B8J2), DCTN1_RAT (P28023), DCTN1_XENLA (Q6PCJ1), DYNA_NEUCR (Q01397), KI13B_HUMAN (Q9NQT8), NIP80_YEAST (P33420), PAC2_YEAST (P39937), SSM4_SCHPO (O42667), TBCB_ARATH (Q67Z52), TBCB_BOVIN (Q5E951), TBCB_CAEEL (Q20728), TBCB_DICDI (Q54Z01), TBCB_HUMAN (Q99426), TBCB_MOUSE (Q9D1E6), TBCB_YEAST (P53904), TBCE_ARATH (Q8GRL7), TBCE_BOVIN (Q32KS0), TBCE_DANRE (Q5U378), TBCE_DICDI (Q55CN0), TBCE_DROME (A1Z6J5), TBCE_HUMAN (Q15813), TBCE_MOUSE (Q8CIV8), TBCE_PONAB (Q5RBD9), TBCE_RAT(Q5FVQ9), TBCE_XENLA (Q5U508), TIP1_SCHPO (P79065)» more
|
PDB [Detailed view] |
40 PDB
1IXD; 1LPL; 1TOV; 1TXQ; 1WHG; 1WHH; 1WHJ; 1WHK; 1WHL; 1WHM; 2COW; 2COY; 2COZ; 2CP0; 2CP2; 2CP3; 2CP5; 2CP6; 2CP7; 2E3H; 2E3I; 2E4H; 2HKN; 2HKQ; 2HL3; 2HL5; 2HQH; 2M02; 2MPX; 2QK0; 2Z0W; 3E2U; 3RDV; 3TQ7; 6FC5; 6FC6; 6ZNL; 7OWC; 7OWD; 7Z8F » more |