PROSITE entry PS50217

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
PURL: https://purl.expasy.org/prosite/signature/PS50217

Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	BZIP
Accession [info]	PS50217
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-FEB-2003 CREATED; 13-FEB-2019 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC00036
Associated ProRule [info]	PRU00978

Name and characterization of the entry

Description [info]

Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=64;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=57;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.8190863; R2=0.0114923; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2335.8620605; R2=5.9655170; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=582; H_SCORE=5808; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=408; H_SCORE=4770; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-30; E1=-30; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='D';  M= -9, 12,-24, 18, 13,-24,-14, -6,-21, -1,-16,-15,  3,-11,  2, -3,  1, -4,-17,-31,-15,  7;
/M: SY='E';  M= -7, -2,-26,  2, 12,-19,-18, -9,-11, -5, -7, -8, -7, -6,  1, -9, -6, -7,-12,-25,-13,  6;
/M: SY='K';  M= -8, -2,-28, -1, 10,-26,-19, -5,-26, 29,-24,-10, -1, -9,  9, 25, -5, -7,-18,-23,-12,  8;
/M: SY='R';  M=-13, -7,-28, -7, -1,-12,-21, -1,-18, 14,-13, -6, -5,-18,  5, 24, -9, -7,-14,-13,  7, -1;
/M: SY='R';  M= -7, -8,-27, -8,  5,-18,-20, -8,-13,  5,-11, -6, -7,-16,  6, 10, -7, -8,-11,-13, -8,  4;
/M: SY='R';  M=-13, -3,-28, -3,  6,-22,-20, -3,-22, 21,-18, -8,  0,-15,  8, 33, -7, -8,-16,-23,-11,  5;
/M: SY='R';  M=-17,-10,-29,-10,  0,-17,-21, -4,-26, 28,-18, -8, -2,-18,  6, 53,-11,-10,-17,-19, -8,  0;
/M: SY='R';  M=-13,-11,-26,-13, -4,-16,-22, -7,-15, 18, -8,  1, -7,-18,  3, 31,-11, -6,-10,-21, -8, -2;
/M: SY='E';  M= -3, -9,-25, -8,  8,-17,-17, -9, -9, -2, -3, -2, -9,-14,  5, -2, -7, -8,-10,-21,-11,  6;
/M: SY='R';  M= -8, -5,-26, -5,  4,-25,-14, -5,-26, 25,-24,-11,  1,-14, 11, 33,  0, -5,-18,-23,-12,  6;
/M: SY='N';  M=-10, 38,-20, 19,  0,-21,  1,  9,-20,  0,-30,-20, 58,-20,  1,  0, 10, -1,-30,-39,-20,  0;
/M: SY='R';  M=-15,  2,-24, -3,  0,-21,-16,  1,-27, 23,-23,-12, 12,-18,  6, 43, -5, -5,-21,-25,-12,  0;
/M: SY='E';  M= -2, -8,-24, -7,  7,-17,-18,-13, -3, -8, -3, -2, -9,-12, -1,-11, -6, -7, -3,-26,-13,  2;
/M: SY='A';  M= 35, -8,-12,-15, -8,-17, -2,-15,-12,-10,-15,-12, -6, -9, -7,-17, 16,  4, -4,-22,-15, -8;
/M: SY='A';  M= 39,-10,-11,-18, -9,-19, -4,-18, -8, -9,-11, -9, -9,-12, -7,-16, 10,  1,  2,-22,-19, -8;
/M: SY='R';  M= -4, -7,-22, -9,  1,-24,-15, -4,-22, 14,-19, -8, -2,-15, 13, 25, -1, -4,-16,-23,-12,  5;
/M: SY='R';  M= -8, -3,-27, -4,  6,-24,-17, -5,-26, 26,-22,-11,  2,-14,  9, 36, -4, -6,-19,-22,-12,  6;
/M: SY='C';  M=  0,-10, 23,-14,-13, -8,-11,-15,-20,-17,-21,-16, -4,-22,-14,-15, 14,  5,-10,-32,-12,-13;
/M: SY='R';  M=-19,-10,-30,-10,  0,-20,-20, -1,-29, 30,-20,-10,  0,-19, 10, 66,-10,-10,-19,-20,-10,  0;
/M: SY='E';  M= -9,  2,-26,  3, 10,-21,-19, -5,-15,  6,-11, -6, -1,-14,  9,  4, -6, -8,-15,-24,-10,  9;
/M: SY='R';  M=-11, -5,-28, -6,  3,-24,-18, -5,-29, 34,-23,-10,  0,-15,  9, 47, -8, -9,-19,-20,-11,  3;
/M: SY='K';  M= -8, -4,-28, -5,  5,-26,-19, -7,-26, 37,-24, -7, -1,-13, 10, 34, -8, -9,-18,-20,-10,  7;
/M: SY='K';  M= -9, -6,-26, -6,  6,-23,-21, -7,-19, 22,-15, -5, -5,-14, 12, 21, -8, -6,-14,-21,-10,  8;
/M: SY='E';  M=  3, -1,-22,  1, 14,-25,-15, -4,-17,  1,-12, -8, -4,-11, 11, -2, -2, -7,-15,-25,-14, 12;
/M: SY='R';  M=-13, -7,-27, -7,  3,-13,-21,  5,-19, 11,-15, -7, -4,-17,  6, 14,-10,-10,-18, -8,  7,  3;
/M: SY='M';  M= -6,-10,-17,-13, -5,-11,-23,-13,  2, -9,  1,  3, -9,-18, -5,-10, -7, -3,  1,-25, -9, -6;
/M: SY='E';  M= -9,  5,-26,  8, 13,-23,-18, -3,-19,  6,-14, -9,  1,-13, 11,  3, -3, -7,-17,-27,-12, 12;
/M: SY='E';  M= -6,  5,-21,  8, 23,-25,-13, -2,-24,  4,-20,-14,  1,-10, 11, -1,  0, -6,-22,-27,-15, 17;
/M: SY='L';  M= -9,-23,-20,-26,-19,  4,-27,-18, 17,-24, 34, 16,-20,-26,-17,-17,-21, -6,  9,-22, -3,-18;
/M: SY='E';  M= -4,  3,-26,  6, 32,-28,-18,  1,-22,  6,-17,-10, -2, -6, 20,  0,  1, -6,-22,-27,-15, 26;
/M: SY='Q';  M= -4,  2,-23,  1,  6,-24,-11, -4,-20,  5,-18,-10,  3,-13,  7,  7,  1, -3,-16,-26,-14,  5;
/M: SY='K';  M=-11,  0,-27,  3, 18,-27,-19, -4,-27, 24,-22,-12,  0,-11, 15, 24, -4, -7,-21,-24,-13, 15;
/M: SY='V';  M=  3,-22, -9,-25,-21, -3,-24,-23, 13,-15,  6,  4,-20,-24,-20,-15, -8, -1, 23,-26,-10,-21;
/M: SY='E';  M=  0,  3,-23,  3, 13,-23,-15, -3,-17,  3,-13, -9,  1,-12,  9, -1,  0, -5,-16,-26,-14, 11;
/M: SY='E';  M= -5, -2,-23, -1, 10,-17,-18, -4,-15,  1,-11, -8, -4,-14,  7, -1, -3, -5,-13,-24, -9,  8;
/M: SY='L';  M= -9,-28,-20,-29,-19,  9,-29,-18, 18,-27, 42, 18,-28,-28,-19,-19,-26, -9, 10,-18,  2,-19;
/M: SY='E';  M= -3, -2,-22, -2, 15,-21,-17, -8,-16,  3,-13, -9, -3,-11,  7, -1,  2,  1,-13,-27,-14, 11;
/M: SY='E';  M=  1,  2,-21,  2, 10,-24,-11, -6,-21,  6,-20,-13,  2,-11,  6,  3,  4, -2,-16,-26,-15,  8;
/M: SY='E';  M= -9,  6,-28, 11, 35,-28,-19, -2,-24, 10,-17,-13,  0, -6, 19,  5, -2, -8,-24,-27,-16, 27;
/M: SY='N';  M= -9, 24,-21, 10, -1,-19, -6,  3,-17,  3,-24,-15, 37,-19, -1,  2,  4, -2,-21,-34,-16, -1;
/M: SY='E';  M=  1,  4,-22,  4, 12,-24,-12, -6,-20,  2,-18,-12,  2,-10,  6, -2,  6,  1,-15,-28,-15,  9;
/M: SY='Q';  M= -2, -3,-22, -4,  4,-23,-15, -4,-18,  6,-17, -8, -1,-13,  8,  8,  2, -1,-14,-26,-12,  5;
/M: SY='L';  M=-10,-27,-20,-28,-20,  8,-29,-18, 19,-28, 44, 20,-27,-29,-19,-19,-27, -8, 10,-20,  0,-19;
/M: SY='R';  M= -9, -7,-26, -7,  4,-18,-20, -5,-16, 12,-10, -4, -4,-16,  7, 17, -7, -7,-13,-22, -9,  4;
/M: SY='K';  M=  0,  0,-21, -2,  5,-23,-13, -8,-19,  8,-18,-10,  1,-12,  7,  6,  3,  1,-14,-26,-14,  6;
/M: SY='E';  M=-10,  3,-28,  7, 31,-27,-18, -1,-25, 13,-19,-12,  0, -8, 18, 12, -2, -7,-23,-26,-15, 24;
/M: SY='I';  M= -4,-20,-20,-25,-20, -3,-27,-21, 20,-18, 14,  9,-15,-24,-17,-16,-13, -5, 19,-25, -7,-20;
/M: SY='E';  M=  1,  6,-22,  8, 13,-25, -8, -6,-23,  1,-19,-15,  3,-11,  4, -3,  5, -2,-18,-29,-17,  8;
/M: SY='Q';  M= -5, -1,-23, -1,  7,-19,-17, -3,-16,  1,-12, -7, -2,-14,  8,  4, -1, -4,-14,-24,-10,  6;
/M: SY='L';  M= -8,-28,-20,-29,-20,  8,-29,-19, 19,-27, 40, 18,-27,-28,-18,-19,-25, -8, 11,-19,  1,-19;
/I:         I=-9; MI=-32; MD=-32; IM=-32;
/M: SY='R';  M= -6,  0,-23, -2,  8,-21,-17, -6,-19, 12,-16, -9,  1,-13,  8, 15,  1,  2,-15,-25,-12,  7; D=-6;
/I:         DM=-29;
/M: SY='R';  M=-10,  1,-22,  1, 10,-25,-17, -4,-24, 17,-20,-10,  2,-14, 12, 20, -3, -6,-19,-25,-13, 10;
/M: SY='E';  M= -7,  7,-27, 12, 36,-28,-17,  0,-25,  8,-18,-15,  1, -6, 17,  2,  1, -6,-24,-28,-16, 26;
/M: SY='L';  M= -8,-16,-14,-20,-17, -1,-24,-14,  7,-15, 10,  4,-11,-25,-15,-11,-13, -5,  6,-22, -2,-17;
/M: SY='E';  M= -1,  4,-23,  5, 10,-22,-12, -6,-19,  2,-16,-12,  3,-12,  3, -1,  1, -3,-15,-27,-14,  6;
/M: SY='Q';  M= -4, -2,-22, -3,  3,-18,-14, -1,-18,  2,-16, -9, -1,-15,  5,  2,  0, -2,-15,-19, -6,  3;
/M: SY='L';  M= -9,-26,-18,-28,-21, 11,-28,-15, 14,-23, 29, 16,-24,-27,-18,-17,-22, -6,  9,-15,  5,-20;
/M: SY='K';  M=-10, -3,-26, -4,  7,-22,-20, -8,-21, 23,-18, -8, -1,-13,  6, 23, -5, -3,-14,-23,-11,  5;
/M: SY='S';  M=  0, -1,-21, -3,  1,-18, -7, -6,-17, -2,-17,-10,  3,-15,  3, -3,  5, -1,-13,-25,-12,  2;
/M: SY='E';  M= -7, -9,-24, -9,  5,-12,-23,-11, -4, -2,  1,  1,-10,-16,  2, -4,-10, -6, -6,-22, -8,  3;
/M: SY='L';  M=-10,-13,-17,-19,-17,  6,-23,-13,  9,-19, 15,  6, -7,-26,-16,-15,-14, -6,  4,-22,  0,-17;
/M: SY='R';  M= -2, -4,-21, -7,  0,-14,-16, -6,-12,  1,-10, -4, -1,-15,  0,  5,  0,  1, -9,-26,-10, -1;
/M: SY='E';  M=  0, -1,-21, -1,  7,-22,-15, -7,-16,  3,-15, -8, -2,-10,  5, -1,  1, -3,-12,-27,-14,  6;
/M: SY='L';  M=-12,-18,-23,-20,-14,  0,-26, 12,  2,-15, 14, 10,-14,-24, -9, -8,-17, -9, -1,-19,  9,-13;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2025_03 which contains 573'661 sequence entries.

Total number of hits	442 in 440 different sequences
Number of true positive hits	442 in 440 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	45
Number of 'partial' sequences	1

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	90.76 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Bacteriophages, Eukaryotes, Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info]	2
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	window20
Author [info]	K_Hofmann, N_Hulo
Version [info]	6

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences	440 sequences ABI5_ARATH (Q9SJN0), ABI5_ORYSJ (Q8RZ35), ACA1_YEAST (P39970), » more Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits: [Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color] [Clustal format, plain text] [Fasta format] Retrieve the sequence logo from the alignment
UniProtKB/Swiss-Prot False negative sequences	45 sequences ACTC_BPMU (P06022), ARR1_YEAST (Q06596), ATF7_CAEEL (Q86MD3), » more
UniProtKB/Swiss-Prot 'Partial' sequences	1 sequence BZIP_PSEMZ (P85926)
PDB [Detailed view]	68 PDB 1A02; 1CI6; 1DGC; 1DH3; 1FOS; 1GD2; 1GTW; 1GU4; 1GU5; 1H88; 1H89; 1H8A; » more