PROSITE entry PS50192

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

PURL [info]	https://purl.expasy.org/prosite/signature/PS50192
Entry name [info]	T_SNARE
Accession [info]	PS50192
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-APR-2002 CREATED; 13-FEB-2019 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC50192
Associated ProRule [info]	PRU00202

Name and characterization of the entry

Description [info]

t-SNARE coiled-coil homology domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=63; TOPOLOGY=LINEAR;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=58;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.8449000; R2=0.0289058; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=1075.6915283; R2=0.6478149; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=231; H_SCORE=1225; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=162; H_SCORE=1181; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-50; E1=-50; MM=5; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; M0=-5;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='D';  M=-12, -1,-25,  7,-11,-20,-18, -2,-19, -8,-12,-10, -5,-15, -5, -8, -8,-10,-17,-26, -9, -2;
/M: SY='A';  M=  1,-10,-23,-12, -9,-20,-13,-10,-14, -9,-17,-11, -8,-10, -3,-14,  1, -5,-14,-25,-14, -6;
/M: SY='M';  M=-15,-19,-21,-19,-18, -7,-26,-10,  1,-17,  1,  4,-20,-17,-12,-15,-12, -5, -4,-19,  2,-13;
/M: SY='E';  M=-11,-10,-28, -9,  2,-16,-25,-12, -8,-10,-11, -8,-16,-15, -6,-13,-11, -8, -4,-26,-14, -3;
/M: SY='Q';  M=-16, -4,-27,  2,  0,-27,-18, -2,-22, -3,-18,-12, -2,-13, 10,  2, -3, -8,-23,-28,-13,  8;
/M: SY='E';  M= -8,  0,-27,  8, 20,-31,-15, -5,-28,  0,-24,-19, -5, -6,  6, -8,  1, -7,-26,-30,-18, 15;
/M: SY='R';  M=-18, -7,-26, -9, -4,-21,-16, -6,-18,  4,-30,-10,  3,-17,  7, 21,  0, -6,-17,-29,-17,  0;
/M: SY='D';  M=-12,  0,-25, 12,-11,-19,-19,  6,-19,-14,-11,-12, -7,-15,-11,-16, -9,-13,-15,-28, -7, -5;
/M: SY='E';  M=-13, -1,-29,  5,  8,-29,-13, -5,-29,  4,-25,-16, -6,-11,  5,  3, -3,-10,-25,-27,-16,  7;
/M: SY='E';  M= -8,  1,-22,  1, -2,-24, -9, -3,-22, -6,-23,-15,  3,-11, -1, -9,  5, -2,-23,-30,-16,  2;
/M: SY='L';  M= -9,-23,-23,-27,-21, -1,-27,-22,  8,-27, 13,  7,-25,-22,-17,-23,-14,  1,  8,-23, -9,-20;
/M: SY='E';  M=-14, -8,-26, -2, -1,-24,-13, -8,-20, -5,-16,-10, -8,-12, -4, -2, -6, -8,-18,-27,-15,  0;
/M: SY='Q';  M= -7, -8,-26, -8, -6,-26,-12, -6,-21, -1,-18, -9, -5,-14,  3,  1, -3, -5,-20,-25,-14, -1;
/M: SY='I';  M=-16,-28,-23,-32,-26,  0,-30,-25, 24,-26, 10, 15,-24,-24,-21,-21,-20, -7, 17,-26, -9,-24;
/M: SY='E';  M= -5, -8,-23, -2, -8,-21,-10, -2,-21,-11,-15,-13, -5,-12, -7,-10, -1, -8,-18,-28,-15, -1;
/M: SY='R';  M= -7, -7,-24, -8, -9,-24, -6, -8,-25,  0,-24,-13, -4,-13, -2,  2,  4, -1,-20,-27,-16, -5;
/M: SY='S';  M= -7,-12,-21,-13,-22,-17,-10,-12,-10,-12,-14, -7, -8,-15,-13,-12,  2,  0, -8,-28,-12,-15;
/M: SY='I';  M= -8,-27,-23,-32,-25, -3,-30,-26, 20,-30,  9,  8,-26,-22,-19,-28,-16, -7, 16,-23, -9,-25;
/M: SY='Q';  M= -8,-17,-24,-15,-14,-21, -6,-12,-17, -9,-14, -9,-10,-15, -5, -4, -4, -6,-15,-24,-14, -7;
/M: SY='E';  M=-10,  2,-26,  8, 10,-27,-17, -5,-25, -2,-21,-17, -1,-10, -2, -4, -2, -5,-22,-30,-17,  5;
/M: SY='L';  M=-13,-27,-21,-28,-21,  2,-26,-22, 12,-25, 12,  8,-24,-25,-18,-18,-19, -9,  7,-25, -9,-19;
/M: SY='K';  M=-12, -5,-27, -2,-14,-25,-12,  6,-28, 10,-26,-13,  1,-14, -3, 11, -6,-12,-22,-25,-11, -3;
/M: SY='N';  M=-12,  1,-22,  2, -6,-26, -7, -4,-24, -8,-24,-16,  0,-14, -5,-10,  1, -6,-21,-31,-16, -5;
/M: SY='M';  M= -9,-30,-22,-34,-35, -1,-26,-18, 22,-28, 19, 24,-28,-21,-21,-26,-19,-10, 12,-21, -3,-26;
/M: SY='F';  M=  2,-15,-22,-21,-17, 11,  2,-19,-24,-23,-20,-19,-11,-19,-20,-21,  0, -6,-15,-13, -9,-17;
/M: SY='M';  M=-12,-23,-23,-23,-22,-12,-21, -5,  0,-18,  4,  6,-15,-20, -6,-12,-13, -8, -5,-24, -5,-11;
/M: SY='D';  M=-16, 10,-29, 20,  5,-31,-15, -3,-31, -1,-25,-19,  0,-11,  1, -2, -4, -8,-26,-30,-16,  4;
/M: SY='M';  M=-17,-24,-22,-30,-24,  1,-27,-20, 16,-23,  6, 18,-21,-22,-17,-17,-17, -2, 10,-25, -8,-20;
/M: SY='G';  M=  5,-14,-23,-11,-26,-23, 17,-11,-24,-21,-17,-13, -9,-16,-16,-21, -2,-13,-18,-23,-20,-15;
/M: SY='B';  M=-11, -4,-25, -2, -8,-21,-13,  0,-18, -9,-17, -8, -6,-15, -7,-11, -2, -5,-14,-29,-12, -8;
/M: SY='E';  M=-12,-13,-25, -9,  2,-16,-21, -3,-10,-10, -2,  4,-17,-12, -1,-10,-11,-13,-14,-25,-10,  4;
/M: SY='L';  M= -9,-29,-21,-30,-25,  3,-30,-27, 14,-30, 16,  4,-31,-27,-24,-25,-19, -4, 19,-23, -9,-25;
/M: SY='E';  M=-15, -2,-26,  7,  6,-26,-17, -6,-22, -4,-19,-16, -5,-11, -2, -6, -4, -8,-19,-30,-15,  5;
/M: SY='E';  M= -8, -1,-20,  4,  4,-26,-13, -3,-25, -9,-21,-17, -3,-11, -4,-12,  2, -3,-21,-32,-16,  1;
/M: SY='Q';  M=-19,  0,-31,  2, 16,-41,-19,  6,-25,  7,-37, -8,  0,-10, 53,  9, -1,-12,-33,-24,-17, 36;
/M: SY='G';  M= -4,  3,-24,  5,-21,-27, 18, -7,-31,-14,-30,-21, 10,-15,-13,-14,  5,-10,-26,-30,-23,-10;
/M: SY='E';  M=-12, -3,-28,  2, 16,-26,-20, -7,-24,  0,-21,-16, -8, -4,  3, -5, -1, -5,-22,-29,-17, 10;
/M: SY='M';  M=-12,-20,-23,-23,-23,-12,-23, -8,  4,-13,  1, 14,-18,-19, -3,-10,-12, -8, -2,-21, -4,-10;
/M: SY='L';  M=-13,-31,-26,-33,-26,  3,-33,-26, 21,-32, 22, 11,-31,-26,-22,-27,-24, -9, 17,-22, -7,-25;
/M: SY='D';  M=-18, 23,-25, 32, -1,-28,-12, -3,-31, -9,-26,-25, 14,-12, -8,-13,  1, -3,-27,-35,-17, -1;
/M: SY='R';  M=-14, -2,-27,  0, -8,-26,-11, -4,-27,  3,-23,-15,  2,-16, -3, 13, -4, -7,-22,-27,-15, -6;
/M: SY='I';  M=-19,-30,-28,-37,-30,  3,-35,-27, 34,-28,  6, 18,-22,-22,-21,-25,-22,-11, 19,-22, -5,-27;
/M: SY='E';  M= -9,  6,-25, 18,  5,-27,-12, -6,-28, -8,-21,-20, -3, -8, -5,-14,  0, -6,-22,-31,-19,  7;
/M: SY='E';  M= -9,  0,-25,  2, -1,-20,-13,  0,-23, -6,-22,-16, -3,-13, -5,-10,  1, -4,-20,-25, -7, -3;
/M: SY='N';  M=-11, 11,-22,  5,-11,-22, -2,  1,-23, -7,-26,-18, 20,-16, -9, -8,  4, -5,-26,-33,-17, -7;
/M: SY='V';  M= -8,-26,-16,-29,-24,  3,-25,-24,  7,-26,  5,  4,-28,-26,-22,-23,-15, -4, 16,-22, -9,-23;
/M: SY='D';  M=-17,  9,-28, 22, 10,-29,-13, -1,-28,-10,-21,-20, -1, -9, -3,-13, -3, -9,-26,-32,-15,  6;
/M: SY='N';  M=-13,  5,-24,  5, -9,-24,-10,  6,-24, -8,-24,-14,  9,-15, -3, -7,  3, -2,-24,-31,-11, -5;
/M: SY='T';  M= -2,-11,-18,-18,-17,-12,-15,-20, -1,-16,-17, -5, -5,-17,-15,-16,  1,  7,  1,-30,-17,-16;
/M: SY='D';  M= -9, -3,-23,  3,-15,-19,-16, -2,-19,-10,-18,-12, -4,-14, -8,-11, -1, -4,-14,-29,-12, -4;
/M:         M=-10,-10,-24, -7,-15,-14,-15,-13,-10,-16, -8, -8,-13,-18,-17,-16, -7, -5, -6,-27,-12,-16;
/M: SY='N';  M=-16,  1,-26,  1,-14,-16,-16,  2,-20, -3,-19,-13,  2,-17, -7,  2, -6, -9,-20,-22, -2, -8;
/M: SY='I';  M=-10,-25,-22,-28,-24, -1,-28,-24, 14,-27, 11,  7,-26,-24,-20,-23,-15, -3, 16,-25,-10,-23;
/M: SY='E';  M=-12, -2,-27,  3,  1,-29,-14, -3,-28,  6,-25,-16, -1,-10,  5,  4, -3, -7,-25,-27,-14,  6;
/M: SY='Q';  M= -8,-11,-25,-11,-12,-23,-12, -9,-15, -5,-16, -6, -9,-16, -6, -5, -6, -6,-12,-26,-13, -8;
/M: SY='A';  M= 13,-10,-17,-15,-12,-22,  2,-21,-17,-11,-30,-16, -7,-13,-11,-14,  7,  1, -7,-27,-24,-10;
/M: SY='N';  M= -9, -2,-21,  0,-19,-16,-15,  0,-16,-10,-17, -9,  2,-16, -9, -7,  0, -5,-13,-30,-12, -7;
/M: SY='R';  M=-12, -7,-29, -5, -6,-25, -7, -5,-29,  7,-26,-15, -7,-14, -3,  8, -4,-10,-23,-24,-12, -4;
/M: SY='R';  M=-17,  0,-28,  2,  1,-27,-16,  3,-28, 11,-26,-15,  3,-13,  5, 16, -5,-11,-27,-27,-13,  5;
/M: SY='L';  M= -8,-26,-22,-29,-22,  4,-26,-22,  9,-28, 15,  7,-28,-25,-20,-23,-18, -4, 11,-21, -8,-21;
/M: SY='K';  M= -8,-12,-22,-11,-12,-18,-15, -9,-19, -1,-16,-10, -6,-14, -8,  2, -2,  1,-15,-25,-12, -7;
/M: SY='K';  M=-12,-11,-29, -8, -2,-27,-18, -8,-26, 14,-23,-12,-11,-11, -1,  9, -8, -7,-20,-19,-11,  0;
/M: SY='L';  M=  1,-22,-18,-26,-20, -3,-18,-19,  5,-20, -3,  4,-20,-21,-17,-18,-11, -7,  5,-21, -8,-18;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2025_02 which contains 573'230 sequence entries.

Total number of hits	226 in 201 different sequences
Number of true positive hits	214 in 189 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	12 in 12 different sequences
Number of false negative sequences	6
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	94.69 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	97.27 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Eukaryotes, Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info]	2
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	window20_shuffled
Author [info]	K_Hofmann
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	t-SNARE coiled-coil homology
Version [info]	6

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences	189 sequences ABI1_HUMAN (Q8IZP0), ABI1_MOUSE (Q8CBW3), ABI1_RAT(Q9QZM5), » more Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits: [Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color] [Clustal format, plain text] [Fasta format] Retrieve the sequence logo from the alignment
UniProtKB/Swiss-Prot False negative sequences	6 sequences STX18_DANRE (Q4VBI7), STX18_HUMAN (Q9P2W9), STX18_MOUSE (Q8VDS8), » more
UniProtKB/Swiss-Prot False positive sequences	12 sequences AER_PSEAE (Q9I3F6), CSS1_YEAST (P40442), CTPM_PSEAE (Q9I0I6), » more
PDB [Detailed view]	60 PDB 1FIO; 1GL2; 1HVV; 1JTH; 1KIL; 1N7S; 1NHL; 1SFC; 1URQ; 1XTG; 2M8R; 2N1T; » more