PROSITE entry PS50181

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
PURL: https://purl.expasy.org/prosite/signature/PS50181

Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	FBOX
Accession [info]	PS50181
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-DEC-2001 CREATED; 13-FEB-2019 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC50181
Associated ProRule [info]	PRU00080

Name and characterization of the entry

Description [info]

F-box domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=47;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=5; N2=43;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=0.8338000; R2=0.0264944; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=1530.4213867; R2=2.3578596; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=290; H_SCORE=2214; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=214; H_SCORE=2035; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-80; E1=-50; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; MM=1;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='P';  M= -3,-10,-20,-11, -6,-16,-13,-14,-10,-10,-15,-10, -6,  4, -9,-10,  1, -2, -9,-28,-16, -9;
/M: SY='F';  M=-13,-14,-17,-16,-13, 16,-24,-14, -4,-14,  2,  1,-12,-21,-17, -9,-12, -7, -1,-16,  2,-14;
/M: SY='N';  M= -7, -3,-23, -5, -3,-11,-12, -6,-13, -6,-14, -8,  2, -8, -4, -4,  1, -1,-13,-25, -9, -4;
/M: SY='L';  M= -9,-28,-22,-32,-23, 12,-30,-21, 20,-25, 28, 14,-25,-27,-21,-20,-23,-10, 13,-10,  4,-22;
/M: SY='T';  M= -4, -7,-20, -8, -5,-12,-12, -8, -8,-11, -1, -2, -5,-18, -6, -9,  0,  2, -6,-27, -9, -6;
/M: SY='N';  M= -6,  7,-21,  5,  4,-22,-11, -3,-19,  4,-19,-11,  9,-15,  6,  3,  3, -2,-17,-29,-14,  4;
/M: SY='L';  M= -9,-29,-19,-31,-22, 10,-30,-20, 21,-27, 41, 21,-29,-29,-20,-20,-26, -9, 15,-20,  0,-21;
/M: SY='P';  M=-10,-20,-39,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-19, 88,-10,-20, -9, -9,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='D';  M= -8,  3,-24,  4,  2,-14,-16, -4,-14, -7,-14,-11,  2, -7, -2, -9,  2,  0,-14,-26, -7, -1;
/M: SY='E';  M=-10,  2,-27,  7, 22,-23,-19, -1,-21,  8,-14,-11, -2, -9,  6,  4, -5, -7,-18,-28,-13, 14;
/M: SY='I';  M=  2,-24,-17,-27,-21, -4,-26,-24, 20,-22, 14,  9,-21,-19,-19,-22,-12, -5, 20,-25, -8,-22;
/M: SY='L';  M= -8,-24,-22,-26,-17,  4,-26,-14, 11,-22, 23, 12,-21,-25,-13,-15,-19, -7,  4,-12,  2,-15;
/M: SY='R';  M=-11, -6,-20, -7,  0,-11,-20, -4,-14,  1, -9, -5, -4,-18,  1,  6, -7, -7,-13,-21, -4,  0;
/M: SY='K';  M=-12, -1,-22, -1,  5,-23,-19,  1,-21, 13,-19, -9,  1, -9,  7, 10, -7,-10,-19,-25, -9,  4;
/M: SY='I';  M= -6,-27,-22,-33,-27,  1,-33,-28, 35,-25, 16, 14,-21,-22,-21,-24,-14, -3, 29,-23, -3,-27;
/M: SY='L';  M=-11,-28,-19,-32,-23, 27,-29,-20, 14,-27, 29, 13,-24,-28,-25,-20,-22, -7, 10,-12,  8,-23;
/M: SY='Q';  M= -5,  2,-20,  2,  5,-20,-13, -6,-20,  5,-19,-12,  3,-14,  6,  3,  4, -2,-17,-24,-10,  5;
/M: SY='Y';  M=-15, -8,-23,-13, -9,  1,-20, 13,-12, -4,-10, -3, -2,-22, -3,  0,-10, -8,-15, -7, 16, -8;
/M: SY='L';  M= -7,-27,-11,-30,-22,  7,-28,-19, 17,-26, 33, 18,-27,-28,-20,-20,-23, -9, 13,-21, -1,-21;
/M: SY='D';  M= -9, 16,-24, 22,  6,-28,-11, -8,-26, -1,-27,-21,  9,  7, -2, -8,  6,  1,-22,-35,-20,  1;
/M: SY='P';  M= -2,-16,-21,-17,-10,-10,-21,-15, -3,-12, -7, -3,-14,  8, -8,-15, -4, -1, -5,-22, -8,-11;
/M:         M= -9, -4,-23, -5, -1,-16,-18, -8,-12,  0,-14, -6, -3, -5, -1, -4, -5, -4,-12,-22, -9, -2;
/M: SY='D';  M= -8, 23,-24, 31, 18,-30,-11,  0,-28,  0,-24,-20, 12,-10,  7, -6,  7, -2,-23,-34,-16, 12;
/M: SY='L';  M=-11,-24,-20,-27,-19,  5,-30,-19, 16,-21, 28, 13,-22,-26,-16,-14,-22, -7,  9,-20,  0,-19;
/M: SY='F';  M=-10,-22,-10,-27,-21, 15,-26,-15,  4,-20, 11,  4,-17,-25,-20,-14,-17, -8,  2,-15,  5,-20;
/I:         I=-8; MI=-8; IM=-8; DM=-15; MD=-15;
/M: SY='R';  M= -5,  2,-22, -1,  3,-19,-13, -5,-18,  7,-20,-11,  8,-15,  2, 10,  5,  2,-13,-28,-13,  2;
/M: SY='L';  M= -3,-25, -8,-30,-21,  6,-27,-21, 14,-25, 22, 10,-22,-26,-20,-21,-17, -6, 10,-21, -2,-21;
/M: SY='S';  M=  2, -6,-11, -7,  2,-19,-12,-10,-18, -2,-17,-11, -2,-13,  0,  2, 10,  4,-10,-30,-16,  0;
/M: SY='L';  M= -9,-11,-22,-12, -3, -8,-20, -9, -9, -3,  2,  0,-10,-19,  2,  2,-11, -8,-10,-19, -3, -1;
/M: SY='V';  M=  0,-23,  1,-26,-24, -4,-26,-26, 14,-20,  4,  3,-21,-24,-24,-20, -7,  2, 26,-29,-11,-25;
/M: SY='C';  M= -1, -4, 26,-10,-12,-15,-13,-13,-21,-16,-23,-17,  4,-18,-12,-16, 12,  3,-12,-39,-20,-12;
/M: SY='R';  M= -9, -6,-25, -7,  1,-21,-18, -2,-20, 16,-17, -6, -3,-11,  6, 18, -4, -2,-15,-24, -9,  2;
/I:         MD=-15;
/M: SY='R';  M=-10, -2,-25, -4,  6,-21,-17, -1,-21, 17,-16, -7,  2,-14,  9, 23, -5, -6,-17,-23,-10,  6;D=-4;
/I:         MD=-15;
/M: SY='W';  M=-10,-23,-22,-27,-20, 15,-22,-18, -1,-18,  4,  0,-20,-22,-18,-13,-17, -7, -4, 19,  9,-18; D=-4;
/I:         MD=-15;
/M: SY='R';  M= -8,  0,-21, -4, -1,-13,-15,  2,-17, 10,-17, -9,  6,-16,  2, 12, -3, -4,-16,-18,  1, -1; D=-4;
/I:         I=-8; MI=-8; IM=-8; DM=-15;
/M: SY='N';  M= -4,  2,-18,  0,  0,-21,-10, -8,-17, -2,-16, -9,  3,-14,  1, -1,  3,  1,-13,-28,-14,  0;
/M: SY='I';  M= -4,-26,-20,-30,-23,  3,-28,-22, 23,-24, 23, 12,-23,-25,-19,-21,-17, -5, 19,-20,  0,-22;
/M: SY='I';  M= -2,-22,-19,-27,-20, -3,-26,-20, 18,-19,  9,  8,-18,-20,-17,-16,-12, -6, 17,-23, -6,-20;
/M: SY='D';  M= -9,  6,-25,  7,  7,-18,-16, -2,-19,  5,-17,-10,  5,-10,  1,  2, -1, -4,-17,-27,-10,  3;
/I:         MD=-17;
/M: SY='D';  M= -6,  9,-19, 11,  5,-21,-10, -2,-22,  3,-20,-13,  7,-10,  2,  2,  5,  0,-17,-26,-11,  3; D=-3;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-17; IM=0; DM=-17;
/M: SY='D';  M= -8, 11,-20, 13,  2,-18, -7, -1,-20, -4,-17,-14,  8,-13, -4, -7,  1, -3,-16,-27,-11, -1; D=-3;
/I:         DM=-17;
/M: SY='E';  M= -6, -4,-23, -4,  3,-15,-17, -5,-13, -2, -9, -6, -2,-12,  1,  0, -2, -3,-12,-25, -9,  1;
/M: SY='L';  M= -7,-12,-18,-16,-14,  1,-22, -8,  0,-11,  3,  2, -9,-22,-13,-10, -8, -2,  2,-21,  0,-14;
/M: SY='W';  M=-15,-28,-32,-32,-26, 27,-22,-16, -3,-20, -2, -4,-24,-28,-23,-18,-24,-16, -9, 49, 29,-22;
/M: SY='R';  M= -8, -5,-25, -5,  1,-20,-21, -6,-12,  9,-12, -5, -4,-15,  5, 10, -5, -5, -9,-24, -9,  2;
/M: SY='R';  M=-10,  0,-24,  0,  2,-20,-15, -4,-19,  8,-19,-10,  2,-10,  2,  9, -2, -3,-15,-26,-10,  0;
/M: SY='L';  M= -7,-16,-21,-20,-14, -1,-24,-10,  7,-14, 12, 10,-14,-22,-11, -8,-14, -6,  5,-21, -1,-14;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2025_03 which contains 573'661 sequence entries.

Total number of hits	655 in 655 different sequences
Number of true positive hits	654 in 654 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	1
Number of false negative sequences	467
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	99.85 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	58.34 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Eukaryotes, Prokaryotes (Bacteria), Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info]	1
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	K_Hofmann
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	F-box
Version [info]	6

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences	654 sequences AARA_DICDI (Q54I71), ADLO2_ARATH (Q9M224), ADO1_ARATH (Q94BT6), » more Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits: [Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color] [Clustal format, plain text] [Fasta format] Retrieve the sequence logo from the alignment
UniProtKB/Swiss-Prot False negative sequences	467 sequences ADLO1_ARATH (O22161), ADO1_ORYSJ (Q5Z8K3), ADO2_ARATH (Q8W420), » more
UniProtKB/Swiss-Prot False positive sequences	1 sequence FLIG_AQUAE (O66891)
PDB [Detailed view]	86 PDB 1FQV; 1FS1; 1FS2; 1LDK; 1NEX; 1P22; 2ASS; 2AST; 2E31; 2E32; 2OVP; 2OVQ; » more