PROSITE entry PS50178

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

PURL [info]	https://purl.expasy.org/prosite/signature/PS50178
Entry name [info]	ZF_FYVE
Accession [info]	PS50178
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-DEC-2001 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC50178
Associated ProRule [info]	PRU00091

Name and characterization of the entry

Description [info]

Zinc finger FYVE/FYVE-related type profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=61;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=56;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.9551001; R2=0.0082987; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=4153.7788086; R2=3.1326315; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=789; H_SCORE=6625; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=548; H_SCORE=5870; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-50; E1=-50; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='D';  M=-12,  7,-32, 13,  4,-23, -4,-12,-31,  0,-26,-21, -2,-15, -4, -7, -6,-10,-26,  7, -9,  1;
/M: SY='D';  M= -8,  7,-26,  8,  4,-25,-10, -9,-16,  4,-19,-11,  6,-14,  1, -1, -2, -7,-14,-28,-15,  2;
/M: SY='D';  M= -6, 13,-27, 21, 15,-31,  4, -8,-32, -1,-26,-21,  5, -5, -1, -8,  4, -6,-25,-31,-22,  7;
/M: SY='V';  M=  5, -7,-16, -7,-10,-16,-12,-17, -5, -6,-13, -8, -7,-18,-11, -8,  6,  2,  8,-30,-15,-11;
/M: SY='B';  M= -3,  7,-22,  7,  2,-23, -8, -9,-20, -2,-21,-15,  7, -4, -2, -7,  7,  3,-16,-32,-18,  0;
/M: SY='H';  M= -8, -5, -7, -8,  3,-16,-20,  7,-18, -2,-15, -6, -2,-17,  2, -1, -3, -6,-15,-28, -8,  1;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='M';  M= -4,-11,-23,-15, -9,-10,-14,  3, -6, -9, -5,  7, -6,-13,  0, -6, -6, -6, -9,-21, -3, -6;
/M: SY='I';  M= -8, -8,-23,-12,-11, -7,-22,-10,  2, -8, -1, -1, -3,-20, -8, -4, -6, -1, -1,-21,  0,-12;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='H';  M= -8,  3,-26,  3, -2,-27, 10, 11,-29, -4,-24,-11,  7,-16,  3, -2,  2,-10,-24,-27,-13, -1;
/M: SY='K';  M= -6, -3,-24, -5,  8,-21,-20,-11,-17, 16,-16, -8, -3,-11,  5, 10, -2,  2,-11,-24,-11,  6;
/M: SY='E';  M= -7, -2,-25, -1, 10,-20,-16,-11,-19, -3,-19,-13, -4,  9,  3, -7,  4,  7,-17,-27,-16,  6;
/M: SY='F';  M=-16,-24,-21,-31,-21, 49,-28,-18, -2,-19,  9,  1,-17,-26,-27,-13,-18, -7, -2,  0, 18,-21;
/M: SY='G';  M= -3,  0,-21, -9,-14, -2, 11,-12,-18,-15,-18,-13, 11,-20,-16,-14,  4, -3,-16,-22,-12,-14;
/M: SY='I';  M=  0,-14,-20,-21,-16, -2,-19,-16,  5,-13,  5,  4,-10,-21,-13,-11, -9, -4,  4,-15, -5,-15;
/M: SY='L';  M=-11,-11,-22,-14,-16,  5,-24,-17,  6,-20, 12,  2,-10,-24,-18,-17,-15, -4,  2,-14, -1,-16;
/I:         MD=-16;
/M: SY='S';  M= -1, -6,-19,-10, -9,-15, -1,-15, -9, -9,-10, -7, -1,-17,-10, -9,  2,  1, -4,-26,-15,-10; D=-3;
/I:         I=-5; MI=0; IM=0; DM=-16;
/M: SY='R';  M=-12,-13,-19,-15, -8,-16,-15, -7,-20, 12,-15, -8, -6,-22, -1, 37, -9,-10,-12,-19, -7, -8;
/M: SY='R';  M= -3, -7,-17, -9, -2,-26, -3,-10,-28, 17,-23,-11, -3,-16,  4, 20, -5,-10,-19,-22,-16,  0;
/M: SY='H';  M=-12, -6,-27, -7, -5,-18,-20, 63,-18,-12,-16, -1,  2,-14,  2, -6, -7,-14,-17,-29, 10, -5;
/M: SY='H';  M=-16, -2,-27, -4, -3,-17,-20, 60,-20, -4,-14,  3,  6,-20,  4,  0,-10,-15,-19,-28, 10, -3;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='R';  M=-14,-12,-26,-12, -2,-12,-21, -7,-18, 15,-12, -7, -5,-20,  1, 39, -8, -7,-10,-21, -8, -3;
/M: SY='B';  M= -3,  6,-23,  6, -1,-18,-14,  6,-17, -1,-16,-10,  4,-15,  0, -5,  0, -4,-15,-23, -1, -2;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='G';  M= -3, -8,-29, -8,-12,-29, 45,-15,-36, -7,-28,-17,  1,-18, -9, -4,  0,-15,-27,-21,-25,-11;
/M: SY='R';  M=-12, -2,-28, -1,  1,-21,-14, -1,-23, 12,-18, -8,  0,-16,  7, 17, -6, -7,-19,-14, -8,  3;
/M: SY='I';  M= -6,-20,-22,-24,-20, -3,-28,-18, 17,-12,  8,  7,-15,-23,-15, -8,-14, -6, 16,-21, -2,-20;
/M: SY='F';  M=-10,-28,-17,-32,-27, 32,-29,-21, 14,-24, 12,  5,-23,-28,-29,-19,-14, -5, 18,-10, 13,-27;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='Q';  M=  0,  1,-24,  1,  2,-27,  3, -8,-24,  3,-21,-10,  0,-13,  6,  0,  2, -5,-19,-24,-17,  3;
/M: SY='R';  M=-10,  5,-26,  7,  8,-20,-15, -5,-27, 18,-24,-15,  6,-13,  4, 20,  0, -5,-19,-25,-12,  5;
/I:         I=-7; MI=-8; IM=-8; DM=-15; MD=-15;
/M: SY='C';  M=-12,-17, 95,-25,-25,-20,-28, -8,-30,-27,-20,-17,-15,-37,-23,-25,-10,-12,-13,-47,-22,-25;
/M: SY='S';  M= -1,-11, -6,-13,-13,-12,  4,-17,-17,-15,-11,-10, -5,-20,-13,-14,  6,  1,-11,-28,-16,-13;
/M: SY='G';  M= -3, -3,-23, -3, -4,-22,  4,-12,-19, -4,-20,-13,  1, -9, -5, -5,  2, -6,-13,-28,-19, -5;
/M: SY='R';  M=-14,  7,-27,  6, 13,-20,-13,  5,-25,  9,-19,-13, 11,-15,  8, 16, -4, -9,-24,-26,-11,  9;
/M: SY='T';  M= -3,-11,-22,-17,-10,-10,-19,-14, -7, -2,-10, -3, -8,-17, -6,  2, -3,  4, -4, -6, -4, -9;
/M: SY='T';  M=  1,-12,-19,-15,-10, -7,-18,-16, -1,-13, -5, -4, -8,-10, -8,-12,  2,  4,  0,-25, -9,-10;
/M:         M= -5, -4,-23, -7, -7,-10,-13,-10,-11, -6, -9, -8,  0, -9, -8, -4, -2, -1,-11,-23, -7, -9;
/I:         MD=-15;
/M: SY='L';  M= -6,-17,-14,-17,-13,  2,-15,-11, 10,-14, 17,  8,-15,-18,-12, -8,-14, -6,  7,-11,  1,-13; D=-2;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-15; IM=0; DM=-15;
/M: SY='P';  M= -5, -2,-18,  1,  1,-12, -7, -5,-10, -4,-12, -8, -3,  7,  0, -7, -1, -3,-12,-13, -5, -1; D=-2;
/I:         DM=-15;
/M: SY='D';  M= -4,  5,-19,  6,  4,-18,-13, -8,-11, -3,-12,-10,  3, -6,  0, -5,  3,  2,-10,-25,-12,  1; D=-2;
/I:         DM=-15;
/M: SY='N';  M= -9, -2,-21, -5, -5, -3, -7, -7,-11, -7, -9, -6,  1, -5, -8, -8, -5, -4,-13,-17, -5, -7; D=-2;
/I:         DM=-15;
/M: SY='G';  M= -7, -1,-25,  0, -2,-20, 15, -4,-25, -4,-21,-14,  2,-10, -6, -4, -2,-11,-21,-20,-13, -5; D=-2;
/I:         DM=-15;
/M: SY='N';  M=-11,  7,-21,  4,  0,-20,-13, -2,-16,  5,-19,-11, 11,-17, -2,  2, -4, -8,-16,-27, -9, -2;
/M:         M= -6, -4,-25, -5,  0,-14, -6, -1,-19, -3,-18,-11,  0, -5, -5, -6, -2, -7,-17,-24, -9, -3;
/M: SY='K';  M= -7, -5,-24, -6,  5,-21,-21, -4,-16, 15,-17, -6, -3,-13,  6, 12, -3,  0,-10,-24, -9,  4;
/M: SY='P';  M= -2,-12,-27,-10,  0,-21,-17,-16,-16,  2,-18,-12,-12, 14, -3, -6, -4, -4,-15,-14,-14, -2;
/M: SY='V';  M= -4,-19,-12,-23,-20, -6,-26,-11, 13,-14,  2,  9,-16,-24,-13,-14,-11, -6, 18,-23, -2,-18;
/M: SY='R';  M=-18, -7,-31,-11, -7, -9,-17, -5,-25, 13,-21,-13,  3,-22,  0, 34,-12,-12,-22,  9, -2, -5;
/M: SY='V';  M=  1,-27, -5,-31,-26, -2,-29,-27, 23,-23, 14,  9,-26,-27,-25,-22,-13, -4, 31,-27, -9,-26;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='D';  M=-10, 19,-25, 23, 11,-26,-12,  4,-28,  9,-27,-18, 14,-12,  3,  1,  4, -2,-22,-31,-11,  7;
/M: SY='D';  M= -8,  2,-24,  5, -1,-18,-19, -4, -9,-10, -9, -8, -1, -8, -6,-11, -3, -2, -8,-30,-11, -5;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='Y';  M=-13,-15,-23,-20,-15, 18,-24, -1, -2,-14,  1,  1, -9,-23,-11, -8, -9, -4, -5, -7, 19,-14;
/M: SY='E';  M= -2,  6,-23, 10, 14,-24,-17,-10,-17,  6,-17,-13, -1,-11,  0, -3, -1, -4, -9,-29,-16,  7;
/M: SY='Q';  M= -4,  1,-23,  0,  6,-22,-15,  0,-17,  4,-14, -4,  2,-14, 11,  8,  0, -2,-16,-26,-11,  7;
/M: SY='M';  M=-10,-16,-24,-18, -9, -6,-23,  0, -2, -3,  8, 12,-14,-22,  1,  3,-16,-10, -5,-16,  4, -5;
/M: SY='E';  M= -9,  7,-26, 10, 15,-20,-16,  6,-22,  0,-20,-14,  4, -5,  7, -4,  0, -7,-22,-26, -8, 10;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2025_02 which contains 573'230 sequence entries.

Total number of hits	170 in 165 different sequences
Number of true positive hits	169 in 164 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	1
Number of false negative sequences	23
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	99.41 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	88.02 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Eukaryotes, Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info]	2
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	K_Hofmann
Feature key [info]	ZN_FING
Feature description [info]	FYVE-type
Version [info]	5

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences	164 sequences ADCA_DICDI (Q54CH1), ADCD_DICDI (Q54LD5), ANCHR_HUMAN (Q96K21), » more Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits: [Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color] [Clustal format, plain text] [Fasta format] Retrieve the sequence logo from the alignment
UniProtKB/Swiss-Prot False negative sequences	23 sequences BPH1_SCHPO (Q7LKZ7), MELPH_FELCA (M3WHG5), MELPH_HUMAN (Q9BV36), » more
UniProtKB/Swiss-Prot False positive sequences	1 sequence ZNF12_MOUSE (Q7TSI0)
PDB [Detailed view]	23 PDB 1DVP; 1HYI; 1HYJ; 1JOC; 1VFY; 1WFK; 1X4U; 1Y02; 1ZBD; 2A20; 2CJS; 2CSZ; » more