PROSITE entry PS50175

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

PURL [info]	https://purl.expasy.org/prosite/signature/PS50175
Entry name [info]	ASP_PROT_RETROV
Accession [info]	PS50175
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-DEC-2001 CREATED; 26-FEB-2020 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC00128
Associated ProRule [info]	PRU00275

Name and characterization of the entry

Description [info]

Aspartyl protease, retroviral-type family profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=72;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=67;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=-0.7856000; R2=0.0251893; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2336.9001465; R2=5.5017223; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=369; H_SCORE=4367; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=290; H_SCORE=3932; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-50; E1=-50; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='V';  M= -7,-21,-18,-26,-19,  9,-28,-22,  9,-11,  5,  4,-17,-22,-18,-10,-13, -3, 11,-17,  0,-19;
/M: SY='E';  M= -8,  1,-24,  2, 18,-21,-19, -7,-18,  9,-14,-10,  0,-11,  8,  7, -1,  0,-15,-27,-13, 13;
/M: SY='A';  M= 12,-18,-18,-24,-20,  3,  5,-20, -8,-19, -4, -3,-13,-20,-21,-20, -4, -8, -1,-15, -9,-19;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-20,-31,-21,  9,-31,-21, 22,-30, 47, 20,-29,-29,-20,-21,-29,-10, 13,-20,  0,-21;
/M: SY='L';  M= -7,-30,-17,-31,-24,  9,-30,-23, 23,-27, 36, 16,-29,-30,-24,-20,-23, -7, 22,-22, -2,-24;
/M: SY='D';  M=-20, 50,-30, 70, 20,-40,-10,  0,-40,  0,-30,-30, 20,-10,  0,-10,  0,-10,-30,-40,-20, 10;
/M: SY='T';  M=  0,  0,-10,-10,-10,-10,-19,-20,-10,-10,-11,-10,  0,-10,-10,-10, 21, 49,  0,-30,-10,-10;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='A';  M= 50,-10,-10,-20,-10,-20,  0,-20,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-20, 10,  0,  0,-20,-20,-10;
/M: SY='D';  M=-18, 43,-30, 60, 24,-39,-12,  1,-38,  2,-28,-27, 17, -9,  6, -8,  0,-10,-30,-38,-19, 15;
/M: SY='D';  M=-12,  5,-26,  7,  0,-20,-20,  2,-10, -3,-10, -5,  2,-16, -3, -4, -7, -7, -8,-29, -8, -3;
/M: SY='T';  M=  3, -1,-10, -7, -7,-13,-14,-17,-12,-10,-16,-13,  2,-11, -7,-10, 26, 37, -1,-33,-13, -7;
/M: SY='V';  M= -5,-30,-14,-34,-30, -1,-34,-30, 37,-25, 13, 13,-25,-26,-26,-25,-14, -5, 39,-26, -6,-30;
/M: SY='L';  M= -9,-30,-22,-34,-25,  7,-34,-25, 32,-29, 33, 18,-26,-26,-22,-24,-24, -9, 22,-20,  0,-25;
/M: SY='E';  M=  0,  0,-22, -2,  7,-23,-14,-10,-21,  6,-22,-14,  2,  3,  2,  2,  7,  7,-16,-28,-17,  4;
/M: SY='E';  M=-10,  0,-28,  2, 14,-20,-14, -4,-20,  2,-15,-11, -1,-13, 10,  3, -3, -6,-20,-18, -8, 11;
/M: SY='H';  M= -4, -4,-24, -9, -3,-17,-18,  3, -9, -2,-12, -2,  2, -7, -2, -1, -3, -3,-10,-26, -9, -5;
/M: SY='D';  M=-14, 15,-28, 18,  6,-20,-14, 10,-22, -5,-17,-12, 11,-17,  2, -7, -4, -9,-23,-17, -5,  4;
/M: SY='W';  M=-11,-21,-30,-22,-20,  4, -9,-19, -8,-20, -1, -5,-19,-26,-18,-18,-19,-15,-11, 29,  6,-18;
/M: SY='P';  M= -7, -7,-31, -2,  2,-28,-14,-10,-21,  0,-27,-15, -6, 34,  1, -8, -1, -6,-23,-29,-21, -1;
/I:         I=-7; MI=-5; IM=-5; DM=-15; MD=-15;
/M: SY='G';  M= -2, -8,-24, -8,-10,-21, 15,-16,-23, -5,-17,-12, -4,-15,-10, -4, -1, -6,-15,-24,-19,-10;
/M: SY='N';  M= -6, 11,-23,  6, -1,-22, -7, -5,-19,  2,-23,-15, 18, -9, -2,  2,  6,  0,-19,-32,-17, -3;
/M: SY='W';  M=-16,-23,-37,-24,-20,  3,-21,-16,-12,-13,-15,-13,-22,-16,-14,-13,-22,-15,-18, 63, 21,-16;
/M: SY='P';  M= -9,-10,-31, -7,  3,-27,-19,-11,-23, 13,-25,-13, -7, 24,  4, 12, -5, -5,-22,-25,-18,  1;
/M: SY='P';  M= -6,-16,-26,-17,-13,-15, -8,-20, -5,-11, -7, -5,-12,  2,-13,-12, -6, -1, -5,-24,-15,-15;
/M: SY='R';  M= -7, -5,-23, -8,  0,-20,-20, -2,-15, 11,-15, -4, -3,-14,  5, 12, -1,  3,-10,-24, -8,  1;
/I:         MD=-23;
/M: SY='B';  M= -7,  5,-19,  3,  4,-15,-12, -4, -8,  1,-12, -6,  5,  1,  2, -3, -2, -3,-11,-20,-10,  2; D=-4;
/I:         MD=-23;
/M: SY='A';  M=  7, -5, -9, -9, -7, -7, -5,-10, -4, -4, -6, -4, -4, -8, -6, -7,  3,  6,  0,-12, -4, -7; D=-4;
/I:         I=-4; MI=0; IM=0; DM=-23;
/M: SY='M';  M= -4, -8,-23,-14,-12,-14,-12,-10, -1, -7, -8,  1, -2,-18, -6, -9, -3, -4, -3,-20, -9, -9;
/M: SY='I';  M= -8,-26,-21,-29,-19,  0,-31,-22, 26,-23, 24, 16,-24,-24,-16,-20,-19, -8, 21,-23, -4,-19;
/M: SY='Q';  M= -8,-11,-28,-13, -6,-24,  4, -5,-13, -9,-11, -2, -6,-18,  9, -5, -7,-13,-15,-21,-13,  0;
/M: SY='G';  M=  5,-10,-28,-11,-19,-29, 63,-20,-37,-19,-28,-19, -1,-19,-19,-20,  1,-18,-27,-20,-29,-19;
/M: SY='I';  M=  2,-24,-22,-31,-24, -4,-29,-26, 29,-24, 12, 11,-18,-19,-18,-24,-10, -3, 23,-23, -6,-24;
/M: SY='G';  M=  0, -7,-28, -9,-18,-28, 60,-19,-37,-18,-29,-19,  3,-19,-18,-18,  2,-14,-28,-22,-28,-18;
/M: SY='G';  M= -2, -8,-28, -9,-13,-27, 42,-13,-31,-14,-25,-13, -1,-18, -6,-14,  1,-13,-25,-20,-20, -9;
/M:         M=  0,-10,-21,-16,-13, -6, -4,-15, -8,-10,-11, -6, -4,-18,-10, -9,  0, -2, -4,-21,-10,-11;
/M: SY='I';  M= -5,-10,-15,-16,-14,-10,-23,-18,  7,-10, -3,  0, -3,-19,-12,-12, -2,  3,  7,-29,-10,-14;
/M: SY='N';  M=-11,  4,-20,  1,  7,-19,-13,  0,-20,  5,-19,-10,  8,-11,  3,  7, -2, -5,-19,-27,-11,  4;
/M:         M= -3,-11,-23,-12,-12,-16, -8,-12, -7,-12,-12, -5,-10,  0,-11,-15, -4, -3, -2,-26,-13,-13;
/M: SY='R';  M=-11, -7,-28, -7,  5,-11,-21, -4,-23, 16,-18,-10, -5,-15,  4, 18, -8, -6,-18, -9, -1,  4;
/M: SY='Q';  M=-11, -5,-29, -6,  7,-18,-20, -4,-19, 11,-19, -8, -3,-14, 15, 10, -5, -7,-20, -6, -2, 11;
/M: SY='Y';  M= -7, -9,-22,-12,-10,  0,-17, -6,-12, -6,-13,-10, -5,-19, -7, -7,  3,  7,-11,  2, 14, -9;
/M: SY='D';  M= -7,  3,-24,  4,  0,-19,-15,-10,-16, -2,-15,-10,  2,-10, -2, -4,  1,  0,-14,-21,-12, -1;
/M: SY='N';  M=-10,  9,-24,  8,  7,-24,-13,  3,-19,  3,-18,-10, 11,-16, 10,  5,  0, -5,-18,-29,-13,  7;
/M: SY='V';  M= -4,-20,-18,-23,-17, -6,-25,-18, 11,-12,  4,  8,-18,-18,-12, -8, -7,  1, 17,-24, -7,-16;
/M: SY='L';  M=-10,-15,-26,-14, -1, -9,-21, -2, -2,-13,  7,  2,-14,-12, -5,-10,-14, -9, -7,-23, -4, -5;
/M: SY='V';  M= -8,-18,-24,-19,-11, -9,-26,-15,  2, -7,  1,  1,-17,-10,-12, -8,-12, -3,  4,-16, -6,-12;
/M: SY='W';  M=-12,-12,-25,-12,  2,-16,-22, -6,-14, -1,-13, -7,-11,-18,  5,  0,-13,-13,-15,  6, -3,  3;
/M: SY='L';  M=-10,-18,-25,-20,-12, -1,-19,-14,  4,-12,  7,  4,-15,-21,-10,-11,-14, -7,  0,-15,  3,-12;
/M:         M= -8, -4,-22, -2,  0,-16, -9, -2,-19, -1,-13, -8, -4,-17, -5, -1, -7,-10,-13,-24,-10, -3;
/M: SY='D';  M= -7,  6,-26,  9,  5,-26, -6, -9,-23,  3,-20,-14,  3, -9,  0,  0,  0, -6,-19,-28,-17,  2;
/M: SY='E';  M=-11,  5,-29,  9, 14,-26,-11,  1,-26, 11,-19,-12,  2, -7,  7,  4, -6,-11,-23,-27,-13,  9;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-25; IM=0;
/M:         M= -5,-11,-21,-15,-14, -7, -1,-16, -9, -7,-12, -5, -4,-19,-13, -5, -1, -2, -3,-21,-10,-14; D=-5;
/I:         DM=-25;
/M: SY='T';  M= -7,-15,-23,-19,-13, -9,-21,-12,  1, -9,  0,  1,-11,-13, -8, -4, -7,  3,  1,-21, -4,-13;
/M: SY='R';  M=-12,-11,-26,-13, -2, -6,-25,  1, -7,  1, -8, -2, -7,-17, -4,  5, -9, -6, -5,-21, -1, -4;
/M: SY='G';  M=  0, -7,-22,-10,-10,-21, 10,-11,-19, -8,-20,-11,  0,-15, -6, -7,  8,  3,-13,-26,-16, -9;
/M: SY='P';  M= -9,-10,-27, -9, -5,-10,-20,-16,-16, -9,-18,-14,-10, 29, -9,-11, -1,  7,-17,-24,-14, -9;
/M: SY='I';  M=-10,-28,-15,-32,-26, 14,-31,-19, 22,-24, 18, 15,-24,-27,-22,-21,-19, -8, 19,-14,  9,-25;
/M: SY='I';  M= -7,-29,-19,-32,-26,  4,-32,-24, 30,-25, 24, 17,-27,-27,-23,-22,-19, -6, 29,-22, -1,-26;
/M: SY='I';  M= -7,-26,-18,-31,-25,  9,-31,-25, 24,-24, 20, 11,-23,-25,-23,-21,-14,  1, 23,-21, -1,-25;
/M: SY='P';  M= -2,-15,-27,-14,-11,-16,  3,-19,-15,-17,-15,-12,-10, 16,-14,-19, -1, -5,-16,-25,-20,-14;
/I:         MD=-18;
/M: SY='P';  M= -4,  6,-24, 10,  9,-23,-11, -7,-21, -4,-23,-18,  5, 16, -1,-10,  5, -1,-21,-29,-17,  3; D=-4;
/I:         I=-4; MI=0; IM=0; DM=-18;
/M: SY='T';  M= -6, -7,  2,-13,-14, -9,-21,-18, -2,-18,  1, -4, -5,-21,-14,-16, -1,  9,  1,-32,-12,-15;
/M: SY='P';  M=-11,-15,-37, -9,  0,-28,-20,-17,-18, -2,-27,-17,-14, 64, -7,-10,-10,-10,-26,-28,-25, -8;
/M: SY='V';  M= -5,-27,-23,-30,-25,  3,-23,-22, 13,-20,  3,  3,-25,-26,-20,-19,-16, -9, 16,  6,  5,-22;
/M: SY='N';  M= -5, 15,-23,  8,  6,-23,-10, -3,-20, -3,-25,-17, 21,  5,  2, -6,  7,  4,-24,-34,-20,  3;
/M: SY='I';  M= -9,-30,-23,-34,-25,  5,-34,-25, 34,-29, 33, 19,-26,-26,-21,-24,-24, -9, 23,-21, -1,-25;
/M: SY='L';  M=-13,-32,-29,-36,-26, 14,-30,-25, 16,-28, 23,  9,-29,-28,-22,-22,-29,-15,  5, 21, 10,-23;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='R';  M=-20,-10,-30,-10,  0,-20,-20,  0,-30, 30,-20,-10,  0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10,  0;
/M: SY='D';  M=-16, 45,-27, 56, 15,-35, -8,  1,-35, -1,-30,-28, 27,-12,  0, -8,  4, -6,-29,-40,-20,  8;
/M: SY='I';  M= -4,-17,-15,-25,-21, -1,-26,-20, 19,-23, 16,  8,-11,-24,-18,-21,-15, -7, 11,-24, -6,-21;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2025_02 which contains 573'230 sequence entries.

Total number of hits	160 in 160 different sequences
Number of true positive hits	153 in 153 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	7 in 7 different sequences
Number of false negative sequences	17
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	95.62 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	90.00 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Eukaryotes, Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info]	1
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	K_Hofmann
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	Peptidase A2
Version [info]	6

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences	153 sequences APRV1_HUMAN (Q53RT3), APRV1_MOUSE (Q09PK2), DDI1_ARATH (Q1EBV4), » more Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits: [Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color] [Clustal format, plain text] [Fasta format] Retrieve the sequence logo from the alignment
UniProtKB/Swiss-Prot False negative sequences	17 sequences POL_CSVMV (Q89703), POL_FFV (O93209), POL_FOAMV (P14350), » more
UniProtKB/Swiss-Prot False positive sequences	7 sequences DDI1_CANGA (Q6FQE9), DDI1_CHAGB (Q2H085), DDI1_EREGS (Q754R2), » more
PDB [Detailed view]	776 PDB 1A30; 1A8G; 1A8K; 1A94; 1A9M; 1AAQ; 1AID; 1AJV; 1AJX; 1AXA; 1AZ5; 1B11; » more