PROSITE entry PS50172

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
PURL: https://purl.expasy.org/prosite/signature/PS50172

Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	BRCT
Accession [info]	PS50172
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-DEC-2001 CREATED; 08-NOV-2023 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC50172
Associated ProRule [info]	PRU00033

Name and characterization of the entry

Description [info]

BRCT domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=92;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=87;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.0987999; R2=0.0278200; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=3158.5390625; R2=3.6469345; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=245; H_SCORE=4052; N_SCORE=7.9; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=195; H_SCORE=3870; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: D=-6; I=-20; B1=-50; E1=-50; MM=1; DI=-50; ID=-50; MI=-50; MD=-50; IM=-50; DM=-50; M0=-5; I0=-5;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-50; BD=-50;
/M:         M= -5, -5,-24, -6,  0,-17, -9, -5,-16, -3,-16,-10, -1, -5,  0, -1, -1, -6,-14,-26,-14, -1;
/M:         M= -4, -9,-24, -9, -3,-16,-15, -8, -7, -5, -9, -4, -7, -9, -3, -5, -2, -5, -7,-24, -8, -4;
/M: SY='E';  M= -4, -4,-19, -3,  2,-17,-11,-10,-14, -5,-14, -8, -3, -7, -3, -7,  2, -2,-11,-28,-14, -1;
/M: SY='K';  M= -8,  3,-25,  1,  0,-22,-10, -7,-18,  6,-20,-10,  6, -7, -1,  2,  0, -3,-15,-29,-15, -1;
/M: SY='I';  M= -8,-22,-20,-23,-17, -5,-25,-21,  9,-18,  7,  5,-20, -2,-17,-19,-16, -8,  4,-23, -8,-19;
/M: SY='F';  M=-15,-29,-19,-36,-26, 49,-29,-19,  9,-28, 23, 11,-23,-29,-30,-19,-22, -9,  6, -3, 17,-25;
/M: SY='Q';  M= -3,  1,-22,  0, 10,-23,-14, -6,-21, 10,-20,-12,  3,-11, 11,  7,  7,  4,-17,-27,-13, 10;
/M: SY='G';  M= -6, 10,-26,  9, -6,-25, 30, -9,-33,-10,-28,-20, 16,-18,-10,-11,  3,-10,-27,-28,-23, -8;
/M: SY='L';  M=-10,-22, -7,-25,-18,  2,-28,-13,  6,-15, 13,  8,-20,-26,-15,-12,-18, -8,  6,-19,  3,-17;
/M: SY='T';  M= -4, -8,-18,-11, -4,-11,-22,-13, -4, -4, -8, -4, -7,-15, -6, -6,  2, 11,  3,-26, -8, -5;
/I:         MD=-15;
/M: SY='F';  M= -8,-23,-18,-29,-23, 22,-27,-20, 17,-22, 13,  8,-18,-25,-23,-18,-15, -6, 17,-13,  5,-23; D=-4;
/I:         MD=-20;
/M: SY='Y';  M=-10,-21, -4,-24,-21, 19,-26, -8,  2,-18,  3,  0,-18,-27,-20,-15,-13, -5,  4, -6, 20,-21; D=-4;
/I:         MD=-20;
/M: SY='L';  M= -8,-26,-11,-29,-23, 10,-28,-22, 19,-24, 22, 10,-23,-23,-22,-20,-18, -6, 17,-19, -1,-23; D=-4;
/I:         MD=-20;
/M: SY='T';  M= -4, -4,-15, -9,-10, -8,-15, -7, -6,-10, -5, -2, -2,-12, -8, -9,  1,  9, -4,-23, -4,-10; D=-4;
/I:         MD=-20;
/M: SY='G';  M= -1, -5,-24, -4, -4,-23, 21, -7,-26, -8,-23,-15,  1, -5, -6, -8,  4, -8,-22,-22,-18, -6; D=-4;
/I:         MD=-20;
/M:         M= -8, -7,-21, -7, -5, -1,-15, -9, -8, -5, -6, -6, -6,-12, -8, -4, -5, -4, -7,-15,  0, -7; D=-4;
/I:         MD=-20;
/M: SY='L';  M= -5, -7,-16,-10, -7, -1,-15, -9, -2, -3,  1,  0, -5,-15, -7, -2, -7, -2, -2,-14, -2, -7; D=-4;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-20; IM=0; DM=-20;
/M: SY='S';  M= -2, -1,-17, -1,  2,-15, -7, -8,-13, -3,-15,-10,  1,  1,  0, -5,  5,  4,-11,-21,-12,  0; D=-4;
/I:         DM=-20;
/M: SY='D';  M= -6,  4,-22,  5,  5,-23, -4, -4,-20,  0,-19,-11,  5, -6,  5, -2,  4, -2,-18,-27,-15,  5; D=-4;
/I:         DM=-20;
/M: SY='T';  M= -7, -5,-18, -8, -2,-14,-18,-11, -7, -6, -9, -3, -3, -1, -4, -7, -2,  1, -9,-26,-12, -4; D=-4;
/I:         DM=-20;
/M: SY='E';  M= -9,  5,-26,  7, 15,-22,-13, -3,-23,  3,-20,-15,  4,  2,  7,  2,  0, -5,-23,-27,-15, 10; D=-4;
/I:         DM=-20;
/M: SY='R';  M=-11, -9,-26,-10, -5,-12,-21, -8,-13, 11,-10, -4, -6,-16, -2, 21, -9, -6, -8,-20, -5, -6;
/M: SY='E';  M= -5,  2,-24,  4,  6,-18,-15, -5,-17, -4,-14,-10, -1, -4, -1, -6,  1, -3,-14,-28,-13,  1;
/M: SY='E';  M= -7, -3,-26,  0, 11,-15,-20, -5,-14,  0,-11, -8, -5,-11,  5, -1, -5, -7,-13,-21, -6,  7;
/M: SY='L';  M= -3,-24,-21,-28,-20,  0,-25,-20, 18,-20, 22, 15,-22,-24,-17,-18,-18, -7, 14,-18, -3,-19;
/M: SY='E';  M= -5, -3,-24, -2,  9,-18,-15, -5,-16,  5,-14, -7, -3,-13,  4,  3, -1, -5,-12,-24,-10,  6;
/M: SY='K';  M= -4,  4,-24,  4,  8,-22,-14, -7,-22, 10,-20,-12,  4,-12,  4,  9,  1, -3,-17,-24,-13,  6;
/M: SY='L';  M= -6,-20,-17,-24,-14,  1,-25,-14,  5,-12, 12, 10,-17,-22,-10,-10,-15, -7,  2,-15,  1,-13;
/M: SY='I';  M=  3,-25,-18,-30,-22,  0,-27,-24, 22,-22, 19, 11,-22,-23,-19,-21,-14, -4, 21,-22, -6,-22;
/M: SY='R';  M= -8, -8,-20, -8,  5,-18,-21, -5,-13,  5,-11, -5, -6,-16,  3,  9, -4, -4, -7,-26,-10,  2;
/M: SY='N';  M= -3, -2,-19, -6,  0,-15,-15, -4,-13,  0, -9, -6,  1,-16,  0,  0, -2, -3,-12,-25, -9,  0;
/M: SY='Y';  M=-11,-11,-12,-16,-14,  3,-18,  1, -8,-14,  1,  0, -6,-24,-12,-10,-12, -9, -9,-19,  4,-13;
/M: SY='G';  M=  1, -8,-29, -9,-18,-29, 59,-16,-37,-18,-28,-18,  1,-19,-17,-17,  0,-18,-28,-21,-27,-18;
/M: SY='G';  M= 11,-10,-24,-14,-17,-20, 41,-19,-27,-18,-21,-15, -3,-18,-18,-20,  2,-13,-19,-19,-23,-17;
/M: SY='K';  M= -5, -5,-23, -6,  2,-18,-19,-10,-15, 12,-16, -8, -3,-13,  2, 11,  0,  3, -9,-23, -8,  1;
/M: SY='V';  M= -8,-23,-16,-26,-23,  9,-28,-18, 16,-21, 11,  8,-21,-24,-21,-19,-13, -3, 18,-17,  6,-23;
/M: SY='T';  M=  0,-10,-15,-13, -6,-11,-18,-12, -4,-11, -2, -3, -8,-17, -9, -8,  1,  7,  2,-28,-11, -8;
/M: SY='N';  M= -8,  2,-24,  2,  2,-23,-10, -8,-20,  1,-22,-14,  4, -1,  0, -5,  1, -2,-18,-26,-15,  0;
/I:         MD=-20;
/M: SY='D';  M= -7,  5,-19,  8,  8,-15,-13, -5,-17, -3,-15,-13,  2,-13,  1, -5,  3, -2,-14,-25, -7,  4; D=-4;
/I:         MD=-20;
/M: SY='L';  M= -7,-17,-17,-18,-15,  2,-20,-11,  7,-16, 11,  5,-15,-19,-15,-14,-14, -7,  6,-14,  0,-15; D=-4;
/I:         I=-4; MI=0; IM=0; DM=-20;
/M: SY='S';  M=  5, -4,-17, -6, -5,-16, -9, -9,-13, -7,-15, -9, -1,-10, -4, -8, 12, 11, -7,-28,-11, -5;
/M: SY='K';  M= -5,  1,-25,  2,  5,-23, -9, -8,-22,  7,-21,-13,  2, -9,  1,  5,  1, -3,-18,-23,-13,  3;
/M: SY='K';  M= -9,  2,-25,  3,  4,-19,-14, -6,-19,  7,-16,-11,  2,-12,  0,  5, -2, -4,-15,-26,-11,  1;
/M: SY='T';  M=  4, -7, -8,-14,-13,-11,-16,-13, -5,-11, -9, -5, -5,-18,-10,-13,  4, 11,  3,-27,-10,-12;
/M: SY='T';  M= -5,  5,-15,  1, -5,-14,-16,-11,-13, -7,-15,-12,  6,-13, -6, -8, 10, 17, -8,-29,-10, -6;
/M: SY='H';  M=-14,-16,-19,-18,-15,  2,-26, 30, -4,-17,  2,  4,-11,-26,-10,-10,-15,-12, -4,-18, 17,-15;
/M: SY='V';  M= -7,-28,-13,-31,-25,  6,-31,-23, 23,-24, 22, 13,-25,-28,-23,-19,-18, -6, 24,-23, -3,-25;
/M: SY='I';  M= -7,-30,-21,-35,-29,  6,-35,-28, 36,-25, 16, 14,-24,-25,-25,-24,-16, -6, 34,-21,  0,-29;
/M: SY='A';  M= 14,-14, -9,-20,-16,-11,-14,-20,  2,-15, -5, -2,-11,-15,-14,-18,  4,  6,  9,-26,-13,-16;
/I:         MD=-20;
/M: SY='N';  M= -3,  2,-14,  1, -1,-24,  3,-10,-25, -4,-23,-16,  4, -7, -3, -9,  4, -1,-20,-28,-18, -2; D=-4;
/I:         MD=-20;
/M: SY='E';  M= -8,  5,-17,  5,  9,-18,-14, -2,-20, -1,-19,-14,  6, -3,  3, -1,  3, -1,-20,-26,-10,  5; D=-4;
/I:         MD=-20;
/M: SY='N';  M= -5,  7,-20,  4,  2,-16,-11, -4,-12, -4,-14,-10,  8, -9, -1, -7,  2,  0,-13,-25,-11,  0; D=-4;
/I:         MD=-20;
/M: SY='S';  M=  3,  1,-13, -1,  1,-16,-10, -4,-15, -6,-15,-10,  0, -5, -1,-10,  4,  0,-12,-20,-11,  0; D=-4;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-20; IM=0; DM=-20;
/M:         M=  0, -6,-21, -7, -3,-15, -3,-13,-15, -4,-13,-10, -5, -9, -6, -7, -1, -3,-10,-16,-13, -5; D=-4;
/I:         DM=-20;
/M: SY='R';  M= -9,  2,-26,  3,  9,-24,-16, -3,-25, 13,-23,-14,  3, -4,  6, 16,  2, -1,-20,-27,-13,  6;
/M: SY='K';  M= -6, -6,-19, -7,  0,-19,-21,-10,-12,  9,-15, -5, -5,-13,  0,  5, -1,  2, -4,-27,-11, -1;
/M: SY='L';  M= -9,-16,-20,-19,-14,  6,-23,-12,  3,-15, 10,  5,-13,-22,-14,-12,-14, -7, -1,-13,  5,-15;
/M: SY='K';  M= -4,  6,-26,  8, 13,-28,-13, -7,-27, 17,-25,-16,  5, -2,  5,  8,  0, -5,-21,-27,-17,  8;
/M: SY='Y';  M= -9,-14,-19,-17,-10,  3,-22,-13, -6, -4, -6, -4,-12,-21,-12, -6,-12, -8, -4, -6,  6,-11;
/M: SY='A';  M=  9,-17,-15,-21,-13,  0,-17,-18,  1,-16,  6,  2,-15,-17,-14,-17, -6, -4,  2,-20, -7,-13;
/M: SY='E';  M= -6, -6,-20, -5,  6,-20,-19, -5,-14,  1, -9, -6, -6,-10,  5,  0, -5, -7,-13,-25,-11,  5;
/M: SY='E';  M=  0, -2,-19, -2,  6,-21,-11, -9,-19,  4,-17,-10, -2,-13,  3,  3,  3, -1,-13,-26,-15,  4;
/M: SY='L';  M= -9,-17,-25,-21,-16, -3,-26,-15, 10,-17, 11,  6,-13,-21,-11,-14,-16, -8,  3,-12, -1,-14;
/M: SY='G';  M=  1, -3,-25, -4, -2,-25,  5,-12,-24,  4,-21,-13,  0,-10, -3,  2,  0, -7,-17,-24,-18, -3;
/I:         MD=-20;
/M:         M= -5, -8,-17, -9, -6, -6,-12, -4, -6, -8, -3, -3, -6, -8, -5, -6, -3,  0, -5,-15, -3, -6; D=-4;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-20; IM=0; DM=-20;
/M: SY='N';  M= -2,  4,-11,  1,  0,-13, -1, -4,-11,  0,-13, -8,  8, -9,  0, -1,  3, -1,-10,-17,-10,  0; D=-4;
/I:         DM=-20;
/M: SY='I';  M= -6,-21,-22,-25,-19,  4,-24,-20, 16,-17,  8,  6,-17,-15,-16,-17,-14, -7, 10, -8,  2,-19; D=-4;
/I:         DM=-20;
/M: SY='P';  M=-11, -6,-26, -3,  1,-18,-16, -5,-20,  3,-19,-12, -6, 15, -3,  1, -8, -9,-20,-17,-12, -3; D=-4;
/I:         DM=-20;
/M: SY='I';  M= -6,-23,-16,-28,-23,  5,-29,-24, 22,-22, 13,  9,-19,-23,-21,-20,-11,  2, 22,-21, -2,-23; D=-4;
/I:         DM=-20;
/M: SY='V';  M= -4,-26,-16,-27,-23,  0,-30,-24, 25,-21, 17, 14,-26,-27,-21,-19,-14, -3, 32,-26, -7,-23;
/M: SY='N';  M= -6,  5,-19,  5,  1,-21,-12,  6,-23,  3,-23,-13,  8,-12,  2,  3,  8,  4,-17,-30, -9,  0;
/M: SY='P';  M= -9,-10,-31, -6,  6,-20,-21, -5,-14, -3,-16, -9,-12, 17,  0, -8, -9,-10,-17,-17, -9,  1;
/M: SY='E';  M= -7, 10,-25, 16, 20,-22,-15, -6,-22,  0,-18,-15,  3,-10,  5, -4,  2, -4,-19,-27,-15, 12;
/M: SY='W';  M=-18,-34,-44,-35,-25, 15,-16,-25,-18,-19,-16,-17,-33,-28,-20,-19,-33,-25,-26,112, 26,-19;
/M: SY='I';  M= -8,-30,-20,-34,-26, 11,-33,-25, 29,-27, 28, 16,-26,-27,-24,-23,-21, -8, 24,-20,  0,-26;
/M: SY='Y';  M=-11,-15,-25,-17,-11,  1,-24, -9, -1,-12,  4,  0,-13,-21,-10,-10,-13, -4, -4, -2,  7,-11;
/M: SY='D';  M= -4, 12,-25, 16, 16,-29,-12, -1,-26,  5,-22,-16,  6,-10, 11,  4,  3, -5,-21,-29,-16, 13;
/M: SY='C';  M= -2,-13, 49,-19,-18,-17,-18,-22,-19,-22,-15,-14,-10,-27,-17,-21,  5,  2, -7,-41,-22,-17;
/M: SY='I';  M=-10,-26,-18,-31,-23,  4,-32,-20, 25,-24, 19, 14,-20,-25,-19,-21,-20, -9, 16,-17,  1,-23;
/M: SY='Q';  M= -6, -3,-26, -3,  6,-20,-15, -1,-15,  5,-13, -5, -2,-15,  7,  3, -5, -8,-14,-22, -7,  5;
/M: SY='R';  M= -1, -2,-22, -6,  3,-14,-15, -5,-15,  5,-14, -6,  0,-14,  1,  6,  0, -2,-12,-22, -7,  1;
/M: SY='R';  M= -9, -1,-25, -3, -2,-23,  5, -3,-27,  6,-23,-13,  5,-18,  3,  8, -5,-12,-24,-18,-12,  0;
/M: SY='R';  M= -8, -2,-15, -2,  9,-23,-17, -7,-26, 14,-22,-13,  0,-14,  8, 19,  1, -3,-18,-26,-14,  7;
/M: SY='L';  M= -8,-21,-14,-24,-16, -3,-24,-19,  3,-14,  8,  4,-18,-13,-14,-10,-14, -7,  1,-22, -7,-16;
/M: SY='L';  M= -5,-21,-20,-22,-16, -4,-24,-19, 12,-16, 15,  8,-20,-24,-11,-13,-15, -7, 12,-22, -6,-14;
/M: SY='P';  M= -8,  6,-29,  9,  5,-23, -6, -9,-21, -7,-22,-17,  4, 11, -5,-12, -3, -9,-22,-30,-20, -1;
/M: SY='E';  M=-11,-12,-27,-12,  1, -6,-24, -1, -4,-11, -3, -1,-11, -8, -5,-12,-11, -8, -7,-14,  0, -3;
/M: SY='E';  M=-11, 11,-23, 16, 17,-28,-17,  4,-27,  7,-20,-14,  5,-11, 11,  6, -2, -6,-23,-29,-13, 13;
/M: SY='D';  M=-11,  7,-28, 10,  4,-21,-11, -6,-21, -2,-19,-13,  5,  2,  0, -3, -3, -6,-21,-27,-14,  1;
/M: SY='Y';  M=-17,-19,-26,-22,-19, 26,-28,  6, -1,-11,  0,  0,-14,-26,-14, -7,-16, -9, -5,  7, 41,-19;
/M: SY='L';  M= -4,-17,-22,-18, -9, -2,-20, -7, -2,-15,  9,  3,-16,-12, -8,-12,-12, -5, -5,-17,  0,-10;
/M: SY='L';  M= -9,-18,-18,-19,-17,  0,-24,-14,  9,-18, 10,  7,-18,-22,-16,-16,-13, -7, 10,-21,  0,-17;
/I:         E1=0; IE=-50; DE=-50;

» more

Post-processing [info]

COMPETES_HIT_WITH

PS52032

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2025_03 which contains 573'661 sequence entries.

Total number of hits	1'141 in 1'020 different sequences
Number of true positive hits	1'140 in 1'019 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	1
Number of false negative sequences	49
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	99.91 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	95.88 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Archaea, Eukaryotes, Prokaryotes (Bacteria), Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info]	7
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	P_Bucher
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	BRCT
Version [info]	7

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences	1019 sequences BARD1_ARATH (F4I443), BARD1_CAEEL (Q21209), BARD1_HUMAN (Q99728), » more Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits: [Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color] [Clustal format, plain text] [Fasta format] Retrieve the sequence logo from the alignment
UniProtKB/Swiss-Prot False negative sequences	49 sequences DBF4A_CRIGR (Q99MU0), DBF4A_HUMAN (Q9UBU7), DBF4A_MOUSE (Q9QZ41), » more
UniProtKB/Swiss-Prot False positive sequences	1 sequence VSP1_BOTAN (P0DJG3)
PDB [Detailed view]	238 PDB 1CDZ; 1DGS; 1GZH; 1IMO; 1IN1; 1JNX; 1KZY; 1L0B; 1L7B; 1N5O; 1OQA; 1T15; » more