PROSITE entry PS50163

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

PURL [info]	https://purl.expasy.org/prosite/signature/PS50163
Entry name [info]	RECA_3
Accession [info]	PS50163
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-DEC-2001 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC00131

Name and characterization of the entry

Description [info]

RecA family profile 2.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=74;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=69;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=-0.2684000; R2=0.0182430; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=3572.6193848; R2=6.9172578; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=481; H_SCORE=6900; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=372; H_SCORE=6146; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-30; E1=-30; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='G';  M=  5, -8,-24, -9,-15,-27, 50,-18,-34,-17,-28,-19,  1,-17,-15,-18,  9, -9,-24,-24,-27,-15;
/M: SY='V';  M=  8,-23,-14,-26,-24, -7,-11,-24, 13,-17,  3,  8,-21,-24,-21,-19, -6, -4, 26,-26,-13,-23;
/M: SY='M';  M= -5,-20,-19,-26,-19, -2,-19, -9, 13,-14, 14, 31,-19,-17, -8,-14,-13, -4, 10,-21, -2,-14;
/M: SY='F';  M=-19,-28,-22,-36,-28, 67,-26,-14, -1,-26,  7, -1,-19,-30,-34,-18,-19,-10, -2, 12, 35,-28;
/M: SY='G';  M=  5, -8,-25,-12,-16,-24, 37,-15,-24,-16,-18,-11,  0,-19,-13,-17, -1,-14,-19,-22,-22,-15;
/I:         I=-6; MI=0; IM=0; DM=-15; MD=-15;
/M: SY='N';  M= -9, 23,-21, 20,  2,-16, -7, -2,-23, -5,-25,-20, 25,-11, -4, -6, 10,  1,-22,-34,-15, -1;
/M: SY='P';  M= -5,-13,-34, -7,  0,-29,-10,-16,-22, -7,-29,-18,-10, 56, -5,-15, -3, -7,-27,-29,-26, -6;
/M: SY='E';  M=-11,  4,-30,  9, 37,-28,-21, -4,-26, 21,-21,-15, -1, -5, 15, 12, -5,-10,-24,-26,-15, 25;
/M: SY='T';  M= -3, -2,-16, -8, -5,-16,-21,-18,-13,  8,-15, -9, -2,-11, -5,  2,  9, 27, -3,-27,-10, -5;
/M: SY='T';  M= -3, -9,-19,-12, -9,-15,-21,-21, -9,-11,-14,-11, -9, 19,-12,-14,  8, 27, -5,-30,-16,-12;
/M: SY='T';  M= -3,-14,-21,-20,-14,-10,-23,-20,  6,-15, -4,  2,-11,  3,-12,-17,  1, 15,  4,-27,-11,-15;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='N';  M=-12,  9,-26,  2, -2,-21, -5, 15,-23,  6,-23,-11, 20,-18,  2, 12, -1, -8,-23,-29,-10, -2;
/M: SY='A';  M= 28,-15,-14,-24,-16,-13,-13,-23,  6,-15, -2, -2,-13,-14,-14,-21,  3,  3, 11,-22,-14,-16;
/M: SY='L';  M= -9,-27,-21,-28,-20,  5,-20,-18, 15,-27, 38, 21,-26,-28,-18,-19,-26,-11,  7,-20, -3,-19;
/M: SY='K';  M=  8, -5,-25, -8,  2,-27,-14,-14,-23, 25,-23,-11, -5, -1,  2, 11, -4, -7,-15,-21,-15,  2;
/M: SY='F';  M=-19,-20,-23,-27,-20, 40,-26, 19, -6,-22,  2,  6,-11,-26,-20,-13,-17,-13, -8, -6, 23,-19;
/M: SY='Y';  M= -2,-17,-23,-20,-17, 20,-21,  4, -4,-12, -4, -4,-15,-24,-12,-13, -8, -5, -7, 11, 44,-17;
/M: SY='S';  M= 25, -4, -6, -8, -5,-20, -1,-14,-16,-11,-22,-16,  2,-11, -5,-14, 27, 12, -6,-33,-20, -5;
/M: SY='S';  M= 13,  0,-10, -4, -4,-18, -6,-14,-16,-10,-21,-16,  4,-10, -4,-12, 29, 24, -6,-34,-17, -4;
/M: SY='V';  M= -4,-14,-15,-16,-19, -6,-26,-22, 13,-16,  3,  4,-16,-21,-18,-16, -3, 11, 23,-29, -9,-19;
/M: SY='R';  M=-18, -9,-28,-10, -1,-19,-20, -2,-28, 26,-19,-10,  0,-19,  8, 62, -7, -4,-18,-21,-10, -1;
/M: SY='L';  M= -9,-28,-19,-32,-23,  6,-30,-20, 26,-26, 36, 24,-27,-27,-18,-20,-25, -9, 17,-21, -1,-21;
/M: SY='D';  M=-11, 12,-26, 20, 14,-15,-13, -5,-22, -5,-13,-14,  1,-13, -2,-10, -3, -8,-19,-25, -8,  6;
/M: SY='I';  M= -5,-29,-20,-33,-27,  5,-32,-27, 31,-26, 23, 15,-25,-26,-23,-23,-18, -7, 28,-22, -3,-27;
/M: SY='R';  M=-18,-11,-30,-12, -2,-19,-22, -4,-22, 27,-17, -7, -2,-19,  7, 55,-11,-10,-15,-20, -9, -2;
/M: SY='R';  M=-11, -5,-28, -5,  2,-26, -8, -8,-30, 30,-27,-12,  1,-15,  6, 35, -5, -9,-20,-22,-13,  2;
/M: SY='G';  M=  2,-14,-23,-18,-17,-17, 12,-21, -7,-13,-11, -5, -8,-18,-15,-16, -2, -8, -3,-23,-17,-17;
/M: SY='R';  M= -9, -3,-29, -1, 12,-26,  1, -7,-30, 12,-23,-15,  0,-13,  6, 19, -3, -9,-24,-23,-17,  8;
/M: SY='G';  M=  2, -2,-23, -5, -4,-25,  8,-11,-22, -3,-20,-11,  2,-12,  3, -6,  4, -1,-19,-24,-18,  0;
/M: SY='I';  M=-10,-16,-21,-17, -3, -9,-30,-19, 13,-17,  9,  5,-16,-12,-10,-19,-14, -8,  6,-25, -9, -9;
/I:         MD=-15;
/M: SY='K';  M= -6, -2,-19, -2,  4,-17,-15, -8,-16, 26,-15, -4, -2, -8,  4, 15, -6, -4,-10,-15, -6,  4; D=-3;
/I:         MD=-15;
/M: SY='D';  M= -9, 17,-19, 24, 15,-23, -8, -1,-22,  5,-17,-14,  8, -7,  6, -1,  0, -6,-18,-23,-12, 10; D=-3;
/I:         MD=-15;
/M: SY='G';  M= -1, -3,-18, -4, -9,-18, 25,-10,-21, -4,-19,-11,  3,-13, -8, -6,  1, -8,-15,-17,-16, -9; D=-3;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-15; IM=0; DM=-15;
/M: SY='N';  M= -5,  9,-15,  8,  3,-14, -7, -4,-12, -2,-14,-11, 10, -9, -1, -4,  6,  3,-11,-22, -9,  1; D=-3;
/I:         DM=-15;
/M: SY='D';  M= -9, 18,-19, 23, 19,-20, -9,  0,-21,  4,-17,-15, 10, -6,  5, -1,  1, -5,-19,-23,-12, 12; D=-3;
/I:         DM=-15;
/M: SY='V';  M=  1, -9,-14,-10, -8, -6,-15,-12,  4, -9,  2,  1,-10, -9, -8,-11, -4, -1,  5,-15, -4, -9; D=-3;
/I:         DM=-15;
/M: SY='I';  M= -5,-15,-12,-19,-14, -4,-21,-14, 15,-12,  4,  6,-12,-15, -7,-12, -7, -3, 13,-16, -2,-12; D=-3;
/I:         DM=-15;
/M: SY='G';  M=  0, -5,-20, -5,-12,-20, 42,-13,-27,-12,-20,-14,  0,-13,-12,-11,  0,-13,-20,-14,-20,-12; D=-3;
/I:         DM=-15;
/M: SY='N';  M= -7,  6,-17, -1, -6, -5,-10,  1, -5, -2,-10, -6, 13,-14, -3, -3, -2, -3,-10,-11,  2, -5; D=-3;
/I:         DM=-15;
/M: SY='R';  M= -7, -4,-19, -4,  5,-18,-13, -2,-15, 16,-13, -5, -1,-10, 12, 21, -4, -6,-12,-15, -7,  7; D=-3;
/I:         DM=-15;
/M: SY='T';  M= -3, -8,-18,-12, -4, -6,-23,-16, -2,-11, -4, -4, -8,-15, -5,-11,  2, 13,  1,-24, -7, -5;
/M: SY='R';  M=-13, -7,-27, -8,  1,-21,-20, -6,-23, 27,-20, -9, -1,-17,  5, 42, -7, -6,-13,-22,-11,  0;
/M: SY='V';  M= -4,-29,-17,-32,-27,  1,-32,-28, 32,-24, 19, 14,-26,-27,-25,-22,-15, -4, 36,-26, -6,-27;
/M: SY='K';  M= -5, -2,  5, -8, -4,-23,-18, -7,-25, 15,-23,-10,  2,-19, -2,  8, -6, -8,-16,-29,-15, -3;
/M: SY='V';  M= -3,-19,-17,-20,-16,-10,-27,-23,  9,  2, -3,  3,-18,-22,-16, -4, -8,  0, 24,-27,-10,-16;
/M: SY='V';  M= -2,-23,-16,-24,-17, -5,-28,-24, 22,-18,  8,  7,-22,-23,-18,-18, -9, -3, 30,-27, -9,-18;
/M: SY='K';  M=-11, -6,-28, -6,  2,-17,-22, -7,-20, 31,-21, -6, -6,-15,  6, 18,-11, -9,-13,-14,  1,  4;
/M: SY='N';  M= -9, 35,-21, 29,  5,-25, -3,  3,-25, -2,-30,-23, 40,-15,  0, -5, 13,  1,-26,-40,-20,  3;
/M: SY='K';  M= -3, -1,-24, -2,  6,-26,-14, -9,-27, 30,-28,-13,  2,-11,  7, 21,  4, -1,-17,-25,-13,  6;
/M: SY='P';  M= -5,-22,-14,-21,-16,-11,-25,-24,  5,-17, -4, -2,-21, 10,-19,-19, -7,  1,  9,-30,-16,-19;
/M: SY='A';  M= 18, -7, 13,-14,-11,-18,-11,-18,-12,-14,-12,-12, -6,-19,-13,-18,  5, -1, -2,-32,-20,-12;
/M: SY='P';  M= -5,-18,-28,-16, -6,-16,-20,-16, -7, -5, -5,  0,-16, 21, -7, -9,-12, -8,-11,-25,-15, -9;
/I:         I=-6; MI=0; IM=0; DM=-15; MD=-15;
/M: SY='P';  M= -7,-17,-38, -8,  5,-30,-19,-18,-20, -8,-28,-20,-18, 76, -7,-18, -8,-10,-29,-30,-29, -5;
/M: SY='F';  M=-16,-13,-25,-15,  4, 28,-26, -9,-12, -7, -4, -7,-12,-18,-13, -8,-13,-10,-12, -5, 13, -2;
/M: SY='K';  M=  0, -2,-23, -4,  3,-25, -9, -8,-25, 22,-26,-12,  3,-13,  6, 19,  4, -3,-17,-25,-14,  3;
/M: SY='E';  M= -8,  0,-27,  3, 26,-26,-22, -6,-18,  9,-17,-10, -4, -5, 15,  2, -1, -3,-17,-27,-15, 20;
/M: SY='A';  M= 29,-15,  3,-23,-15, -9,-10,-22, -9,-15, -9, -9,-14,-12,-17,-21,  3, -1,  0,-22,-16,-16;
/M: SY='E';  M= -9, -8,-23, -7, 11, -7,-24,-12, -5, -5, -5, -3,-10,-14, -2, -6, -4, -1, -3,-24, -9,  4;
/M: SY='F';  M=-15,-28,-21,-35,-27, 45,-31,-19, 12,-27, 15,  6,-21,-28,-30,-20,-19, -7,  9, -2, 21,-27;
/M: SY='D';  M=  0, 14,-24, 20, 11,-27,-13, -7,-19, -3,-17,-15,  2,-11,  3,-10,  1, -6,-14,-29,-15,  7;
/M: SY='I';  M= -8,-27,-26,-35,-28,  0,-36,-27, 42,-27, 18, 17,-18,-22,-21,-26,-18, -8, 29,-22, -2,-28;
/M: SY='M';  M= -8,-15,-23,-21,-16, -4,-17,-10,  8,-10,  6, 16,-11,-20, -9,-11,-11, -4,  3,-19,  1,-14;
/M: SY='F';  M=-12,-20,-24,-22,-12, 32,-26, -6, -5,-16, -2, -4,-17,-16,-19,-14,-13, -8, -6,  3, 28,-15;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-29; IM=0;
/M: SY='G';  M= -3,  4,-19,  4, -7,-20, 28, -5,-24, -9,-20,-14,  8,-12, -8,-10,  2,-10,-20,-18,-17, -8; D=-6;
/I:         DM=-29;
/M: SY='E';  M= -8,  9,-28, 14, 17,-30,  2, -7,-32,  9,-26,-19,  4,-10,  3,  3, -1, -9,-25,-27,-19, 10;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='I';  M= -9,-30,-23,-37,-30, 10,-36,-28, 38,-28, 18, 15,-23,-24,-25,-26,-18, -8, 30,-19,  1,-30;
/M: SY='S';  M= -1,  8,-16,  9, -3,-23,  4, -9,-24, -8,-25,-18,  8,-14, -6,-11, 14,  4,-15,-32,-17, -5;
/M: SY='D';  M=-16, 14,-29, 22, 10,-30,-16,  4,-31, 13,-25,-16,  7,-11, 10, 17, -3, -9,-25,-27,-12,  9;
/M: SY='E';  M=  3,-10,-21, -9,  6,-13,-16,-15, -7,-10, -4, -7,-11, -6, -6,-13, -1, -1, -4,-26,-14, -1;
/M: SY='G';  M= -6, -6,-23, -6, -8,-24, 15, -8,-27,  0,-24,-12,  0,-17, -6, -1,  0,-10,-19,-24,-15, -8;
/M: SY='E';  M=-11, 19,-16, 29, 36,-31,-16, -3,-32,  2,-24,-23,  5, -7,  8, -6,  2, -8,-27,-35,-21, 22;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2025_02 which contains 573'230 sequence entries.

Total number of hits	750 in 747 different sequences
Number of true positive hits	749 in 746 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	1
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	5

Precision (true positives / (true positives + false positives))	99.87 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Archaea, Bacteriophages, Eukaryotes, Prokaryotes (Bacteria)
Maximum number of repetitions [info]	2
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	K_Hofmann
Version [info]	5

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences	746 sequences DLH1_CANAX (P50265), DMC1A_ORYSI (B8BM09), DMC1A_ORYSJ (Q7GBF8), » more Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits: [Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color] [Clustal format, plain text] [Fasta format] Retrieve the sequence logo from the alignment
UniProtKB/Swiss-Prot 'Partial' sequences	5 sequences RECA_LACHE (Q02348), RECA_LEUME (Q02349), RECA_SPIME (Q54428), » more
UniProtKB/Swiss-Prot False positive sequences	1 sequence MY18A_HUMAN (Q92614)
PDB [Detailed view]	210 PDB 1G18; 1G19; 1MO3; 1MO4; 1MO5; 1MO6; 1N03; 1N0W; 1PZN; 1REA; 1SZP; 1T4G; » more