PROSITE entry PS50163

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
PURL: https://purl.expasy.org/prosite/signature/PS50163

Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	RECA_3
Accession [info]	PS50163
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-DEC-2001 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC00131

Name and characterization of the entry

Description [info]

RecA family profile 2.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=74;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=69;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=-0.2684000; R2=0.0182430; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=3572.6193848; R2=6.9172578; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=481; H_SCORE=6900; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=372; H_SCORE=6146; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-30; E1=-30; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='G';  M=  5, -8,-24, -9,-15,-27, 50,-18,-34,-17,-28,-19,  1,-17,-15,-18,  9, -9,-24,-24,-27,-15;
/M: SY='V';  M=  8,-23,-14,-26,-24, -7,-11,-24, 13,-17,  3,  8,-21,-24,-21,-19, -6, -4, 26,-26,-13,-23;
/M: SY='M';  M= -5,-20,-19,-26,-19, -2,-19, -9, 13,-14, 14, 31,-19,-17, -8,-14,-13, -4, 10,-21, -2,-14;
/M: SY='F';  M=-19,-28,-22,-36,-28, 67,-26,-14, -1,-26,  7, -1,-19,-30,-34,-18,-19,-10, -2, 12, 35,-28;
/M: SY='G';  M=  5, -8,-25,-12,-16,-24, 37,-15,-24,-16,-18,-11,  0,-19,-13,-17, -1,-14,-19,-22,-22,-15;
/I:         I=-6; MI=0; IM=0; DM=-15; MD=-15;
/M: SY='N';  M= -9, 23,-21, 20,  2,-16, -7, -2,-23, -5,-25,-20, 25,-11, -4, -6, 10,  1,-22,-34,-15, -1;
/M: SY='P';  M= -5,-13,-34, -7,  0,-29,-10,-16,-22, -7,-29,-18,-10, 56, -5,-15, -3, -7,-27,-29,-26, -6;
/M: SY='E';  M=-11,  4,-30,  9, 37,-28,-21, -4,-26, 21,-21,-15, -1, -5, 15, 12, -5,-10,-24,-26,-15, 25;
/M: SY='T';  M= -3, -2,-16, -8, -5,-16,-21,-18,-13,  8,-15, -9, -2,-11, -5,  2,  9, 27, -3,-27,-10, -5;
/M: SY='T';  M= -3, -9,-19,-12, -9,-15,-21,-21, -9,-11,-14,-11, -9, 19,-12,-14,  8, 27, -5,-30,-16,-12;
/M: SY='T';  M= -3,-14,-21,-20,-14,-10,-23,-20,  6,-15, -4,  2,-11,  3,-12,-17,  1, 15,  4,-27,-11,-15;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='N';  M=-12,  9,-26,  2, -2,-21, -5, 15,-23,  6,-23,-11, 20,-18,  2, 12, -1, -8,-23,-29,-10, -2;
/M: SY='A';  M= 28,-15,-14,-24,-16,-13,-13,-23,  6,-15, -2, -2,-13,-14,-14,-21,  3,  3, 11,-22,-14,-16;
/M: SY='L';  M= -9,-27,-21,-28,-20,  5,-20,-18, 15,-27, 38, 21,-26,-28,-18,-19,-26,-11,  7,-20, -3,-19;
/M: SY='K';  M=  8, -5,-25, -8,  2,-27,-14,-14,-23, 25,-23,-11, -5, -1,  2, 11, -4, -7,-15,-21,-15,  2;
/M: SY='F';  M=-19,-20,-23,-27,-20, 40,-26, 19, -6,-22,  2,  6,-11,-26,-20,-13,-17,-13, -8, -6, 23,-19;
/M: SY='Y';  M= -2,-17,-23,-20,-17, 20,-21,  4, -4,-12, -4, -4,-15,-24,-12,-13, -8, -5, -7, 11, 44,-17;
/M: SY='S';  M= 25, -4, -6, -8, -5,-20, -1,-14,-16,-11,-22,-16,  2,-11, -5,-14, 27, 12, -6,-33,-20, -5;
/M: SY='S';  M= 13,  0,-10, -4, -4,-18, -6,-14,-16,-10,-21,-16,  4,-10, -4,-12, 29, 24, -6,-34,-17, -4;
/M: SY='V';  M= -4,-14,-15,-16,-19, -6,-26,-22, 13,-16,  3,  4,-16,-21,-18,-16, -3, 11, 23,-29, -9,-19;
/M: SY='R';  M=-18, -9,-28,-10, -1,-19,-20, -2,-28, 26,-19,-10,  0,-19,  8, 62, -7, -4,-18,-21,-10, -1;
/M: SY='L';  M= -9,-28,-19,-32,-23,  6,-30,-20, 26,-26, 36, 24,-27,-27,-18,-20,-25, -9, 17,-21, -1,-21;
/M: SY='D';  M=-11, 12,-26, 20, 14,-15,-13, -5,-22, -5,-13,-14,  1,-13, -2,-10, -3, -8,-19,-25, -8,  6;
/M: SY='I';  M= -5,-29,-20,-33,-27,  5,-32,-27, 31,-26, 23, 15,-25,-26,-23,-23,-18, -7, 28,-22, -3,-27;
/M: SY='R';  M=-18,-11,-30,-12, -2,-19,-22, -4,-22, 27,-17, -7, -2,-19,  7, 55,-11,-10,-15,-20, -9, -2;
/M: SY='R';  M=-11, -5,-28, -5,  2,-26, -8, -8,-30, 30,-27,-12,  1,-15,  6, 35, -5, -9,-20,-22,-13,  2;
/M: SY='G';  M=  2,-14,-23,-18,-17,-17, 12,-21, -7,-13,-11, -5, -8,-18,-15,-16, -2, -8, -3,-23,-17,-17;
/M: SY='R';  M= -9, -3,-29, -1, 12,-26,  1, -7,-30, 12,-23,-15,  0,-13,  6, 19, -3, -9,-24,-23,-17,  8;
/M: SY='G';  M=  2, -2,-23, -5, -4,-25,  8,-11,-22, -3,-20,-11,  2,-12,  3, -6,  4, -1,-19,-24,-18,  0;
/M: SY='I';  M=-10,-16,-21,-17, -3, -9,-30,-19, 13,-17,  9,  5,-16,-12,-10,-19,-14, -8,  6,-25, -9, -9;
/I:         MD=-15;
/M: SY='K';  M= -6, -2,-19, -2,  4,-17,-15, -8,-16, 26,-15, -4, -2, -8,  4, 15, -6, -4,-10,-15, -6,  4; D=-3;
/I:         MD=-15;
/M: SY='D';  M= -9, 17,-19, 24, 15,-23, -8, -1,-22,  5,-17,-14,  8, -7,  6, -1,  0, -6,-18,-23,-12, 10; D=-3;
/I:         MD=-15;
/M: SY='G';  M= -1, -3,-18, -4, -9,-18, 25,-10,-21, -4,-19,-11,  3,-13, -8, -6,  1, -8,-15,-17,-16, -9; D=-3;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-15; IM=0; DM=-15;
/M: SY='N';  M= -5,  9,-15,  8,  3,-14, -7, -4,-12, -2,-14,-11, 10, -9, -1, -4,  6,  3,-11,-22, -9,  1; D=-3;
/I:         DM=-15;
/M: SY='D';  M= -9, 18,-19, 23, 19,-20, -9,  0,-21,  4,-17,-15, 10, -6,  5, -1,  1, -5,-19,-23,-12, 12; D=-3;
/I:         DM=-15;
/M: SY='V';  M=  1, -9,-14,-10, -8, -6,-15,-12,  4, -9,  2,  1,-10, -9, -8,-11, -4, -1,  5,-15, -4, -9; D=-3;
/I:         DM=-15;
/M: SY='I';  M= -5,-15,-12,-19,-14, -4,-21,-14, 15,-12,  4,  6,-12,-15, -7,-12, -7, -3, 13,-16, -2,-12; D=-3;
/I:         DM=-15;
/M: SY='G';  M=  0, -5,-20, -5,-12,-20, 42,-13,-27,-12,-20,-14,  0,-13,-12,-11,  0,-13,-20,-14,-20,-12; D=-3;
/I:         DM=-15;
/M: SY='N';  M= -7,  6,-17, -1, -6, -5,-10,  1, -5, -2,-10, -6, 13,-14, -3, -3, -2, -3,-10,-11,  2, -5; D=-3;
/I:         DM=-15;
/M: SY='R';  M= -7, -4,-19, -4,  5,-18,-13, -2,-15, 16,-13, -5, -1,-10, 12, 21, -4, -6,-12,-15, -7,  7; D=-3;
/I:         DM=-15;
/M: SY='T';  M= -3, -8,-18,-12, -4, -6,-23,-16, -2,-11, -4, -4, -8,-15, -5,-11,  2, 13,  1,-24, -7, -5;
/M: SY='R';  M=-13, -7,-27, -8,  1,-21,-20, -6,-23, 27,-20, -9, -1,-17,  5, 42, -7, -6,-13,-22,-11,  0;
/M: SY='V';  M= -4,-29,-17,-32,-27,  1,-32,-28, 32,-24, 19, 14,-26,-27,-25,-22,-15, -4, 36,-26, -6,-27;
/M: SY='K';  M= -5, -2,  5, -8, -4,-23,-18, -7,-25, 15,-23,-10,  2,-19, -2,  8, -6, -8,-16,-29,-15, -3;
/M: SY='V';  M= -3,-19,-17,-20,-16,-10,-27,-23,  9,  2, -3,  3,-18,-22,-16, -4, -8,  0, 24,-27,-10,-16;
/M: SY='V';  M= -2,-23,-16,-24,-17, -5,-28,-24, 22,-18,  8,  7,-22,-23,-18,-18, -9, -3, 30,-27, -9,-18;
/M: SY='K';  M=-11, -6,-28, -6,  2,-17,-22, -7,-20, 31,-21, -6, -6,-15,  6, 18,-11, -9,-13,-14,  1,  4;
/M: SY='N';  M= -9, 35,-21, 29,  5,-25, -3,  3,-25, -2,-30,-23, 40,-15,  0, -5, 13,  1,-26,-40,-20,  3;
/M: SY='K';  M= -3, -1,-24, -2,  6,-26,-14, -9,-27, 30,-28,-13,  2,-11,  7, 21,  4, -1,-17,-25,-13,  6;
/M: SY='P';  M= -5,-22,-14,-21,-16,-11,-25,-24,  5,-17, -4, -2,-21, 10,-19,-19, -7,  1,  9,-30,-16,-19;
/M: SY='A';  M= 18, -7, 13,-14,-11,-18,-11,-18,-12,-14,-12,-12, -6,-19,-13,-18,  5, -1, -2,-32,-20,-12;
/M: SY='P';  M= -5,-18,-28,-16, -6,-16,-20,-16, -7, -5, -5,  0,-16, 21, -7, -9,-12, -8,-11,-25,-15, -9;
/I:         I=-6; MI=0; IM=0; DM=-15; MD=-15;
/M: SY='P';  M= -7,-17,-38, -8,  5,-30,-19,-18,-20, -8,-28,-20,-18, 76, -7,-18, -8,-10,-29,-30,-29, -5;
/M: SY='F';  M=-16,-13,-25,-15,  4, 28,-26, -9,-12, -7, -4, -7,-12,-18,-13, -8,-13,-10,-12, -5, 13, -2;
/M: SY='K';  M=  0, -2,-23, -4,  3,-25, -9, -8,-25, 22,-26,-12,  3,-13,  6, 19,  4, -3,-17,-25,-14,  3;
/M: SY='E';  M= -8,  0,-27,  3, 26,-26,-22, -6,-18,  9,-17,-10, -4, -5, 15,  2, -1, -3,-17,-27,-15, 20;
/M: SY='A';  M= 29,-15,  3,-23,-15, -9,-10,-22, -9,-15, -9, -9,-14,-12,-17,-21,  3, -1,  0,-22,-16,-16;
/M: SY='E';  M= -9, -8,-23, -7, 11, -7,-24,-12, -5, -5, -5, -3,-10,-14, -2, -6, -4, -1, -3,-24, -9,  4;
/M: SY='F';  M=-15,-28,-21,-35,-27, 45,-31,-19, 12,-27, 15,  6,-21,-28,-30,-20,-19, -7,  9, -2, 21,-27;
/M: SY='D';  M=  0, 14,-24, 20, 11,-27,-13, -7,-19, -3,-17,-15,  2,-11,  3,-10,  1, -6,-14,-29,-15,  7;
/M: SY='I';  M= -8,-27,-26,-35,-28,  0,-36,-27, 42,-27, 18, 17,-18,-22,-21,-26,-18, -8, 29,-22, -2,-28;
/M: SY='M';  M= -8,-15,-23,-21,-16, -4,-17,-10,  8,-10,  6, 16,-11,-20, -9,-11,-11, -4,  3,-19,  1,-14;
/M: SY='F';  M=-12,-20,-24,-22,-12, 32,-26, -6, -5,-16, -2, -4,-17,-16,-19,-14,-13, -8, -6,  3, 28,-15;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-29; IM=0;
/M: SY='G';  M= -3,  4,-19,  4, -7,-20, 28, -5,-24, -9,-20,-14,  8,-12, -8,-10,  2,-10,-20,-18,-17, -8; D=-6;
/I:         DM=-29;
/M: SY='E';  M= -8,  9,-28, 14, 17,-30,  2, -7,-32,  9,-26,-19,  4,-10,  3,  3, -1, -9,-25,-27,-19, 10;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='I';  M= -9,-30,-23,-37,-30, 10,-36,-28, 38,-28, 18, 15,-23,-24,-25,-26,-18, -8, 30,-19,  1,-30;
/M: SY='S';  M= -1,  8,-16,  9, -3,-23,  4, -9,-24, -8,-25,-18,  8,-14, -6,-11, 14,  4,-15,-32,-17, -5;
/M: SY='D';  M=-16, 14,-29, 22, 10,-30,-16,  4,-31, 13,-25,-16,  7,-11, 10, 17, -3, -9,-25,-27,-12,  9;
/M: SY='E';  M=  3,-10,-21, -9,  6,-13,-16,-15, -7,-10, -4, -7,-11, -6, -6,-13, -1, -1, -4,-26,-14, -1;
/M: SY='G';  M= -6, -6,-23, -6, -8,-24, 15, -8,-27,  0,-24,-12,  0,-17, -6, -1,  0,-10,-19,-24,-15, -8;
/M: SY='E';  M=-11, 19,-16, 29, 36,-31,-16, -3,-32,  2,-24,-23,  5, -7,  8, -6,  2, -8,-27,-35,-21, 22;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2025_03 which contains 573'661 sequence entries.

Total number of hits	750 in 747 different sequences
Number of true positive hits	749 in 746 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	1
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	5

Precision (true positives / (true positives + false positives))	99.87 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Archaea, Bacteriophages, Eukaryotes, Prokaryotes (Bacteria)
Maximum number of repetitions [info]	2
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	K_Hofmann
Version [info]	5

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences	746 sequences DLH1_CANAX (P50265), DMC1A_ORYSI (B8BM09), DMC1A_ORYSJ (Q7GBF8), » more Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits: [Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color] [Clustal format, plain text] [Fasta format] Retrieve the sequence logo from the alignment
UniProtKB/Swiss-Prot 'Partial' sequences	5 sequences RECA_LACHE (Q02348), RECA_LEUME (Q02349), RECA_SPIME (Q54428), » more
UniProtKB/Swiss-Prot False positive sequences	1 sequence MY18A_HUMAN (Q92614)
PDB [Detailed view]	218 PDB 1G18; 1G19; 1MO3; 1MO4; 1MO5; 1MO6; 1N03; 1N0W; 1PZN; 1REA; 1SZP; 1T4G; » more