PROSITE entry PS50160
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
| Entry name [info] | DNA_LIGASE_A3 |
| Accession [info] | PS50160 |
| Entry type [info] | MATRIX |
| Date [info] |
01-DEC-2001 CREATED;
26-FEB-2020 DATA UPDATE; 27-MAR-2024 INFO UPDATE. |
| PROSITE Doc. [info] | PDOC00295 |
Name and characterization of the entry
| Description [info] | ATP-dependent DNA ligase family profile. |
| Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=135; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=130; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=0.4573000; R2=0.0139318; TEXT='NScore'; /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=6808.7558594; R2=10.2896852; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 0.5%'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=578; H_SCORE=12756; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=434; H_SCORE=11274; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-50; E1=-50; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='A'; M= 15,-11,-18,-14, -2,-12,-15,-13, -5, -6, -6, -6,-11,-14, -6,-12, 0, -3, -1,-18, -5, -5; /M: SY='E'; M= 3, 3,-22, 3, 18,-24, -7, -7,-22, 6,-21,-12, 3, -8, 6, -2, 7, -3,-18,-28,-18, 12; /M: SY='D'; M=-10, 5,-26, 8, 4, -7,-20, -4,-14, -7,-11,-10, -2,-15, -1,-10, -5, -5,-14,-17, 4, 1; /M: SY='Q'; M= -9, -1,-26, 0, 0,-23,-21, -4, -8, 4,-14, -4, -3,-15, 6, -1, -4, -7, -6,-27, -9, 2; /M: SY='N'; M= -7, 13,-22, 13, 10,-26,-11, -4,-25, 8,-26,-17, 14,-11, 7, 5, 10, 5,-20,-32,-16, 8; /M: SY='A'; M= 11,-16,-14,-19,-15, -7,-15,-17, 4,-15, -3, -3,-12,-19,-13,-17, 6, 4, 11,-24, -6,-15; /M: SY='Q'; M=-11, 0,-19, -1, 9,-22,-19, -1,-20, 3,-21,-12, 2, 0, 11, 1, -3, -5,-23,-23, -7, 9; /M: SY='V'; M= -1,-24,-18,-24,-19, -6,-25,-23, 13,-18, 7, 7,-24, -5,-20,-18,-10, 1, 19,-27,-12,-21; /M: SY='C'; M=-13,-13, 70,-22,-23, -9,-26, -6,-26,-24,-18,-15, -9,-34,-23,-22, -9,-11,-14,-40,-15,-23; /M: SY='F'; M=-12,-29,-20,-32,-25, 27,-31,-19, 17,-26, 25, 11,-26,-29,-26,-20,-22, -8, 15,-10, 13,-25; /M: SY='F'; M=-18,-26,-10,-33,-26, 50,-30,-10, -1,-25, 9, 0,-21,-31,-29,-18,-20,-10, -2, 6, 34,-26; /M: SY='V'; M= 13,-24,-12,-28,-23, -5,-22,-26, 19,-19, 8, 6,-23,-23,-23,-21, -6, -1, 31,-26,-11,-23; /M: SY='F'; M=-20,-30,-20,-40,-30, 80,-30,-20, 0,-30, 10, 0,-20,-30,-40,-20,-20,-10, 0, 10, 30,-30; /M: SY='D'; M=-20, 50,-30, 70, 20,-40,-10, 0,-40, 0,-30,-30, 20,-10, 0,-10, 0,-10,-30,-40,-20, 10; /M: SY='C'; M= -9,-25, 37,-33,-28, -7,-32,-27, 9,-28, 7, 4,-22,-31,-24,-27,-16, -9, 11,-33,-13,-28; /M: SY='L'; M=-12,-29,-21,-33,-23, 18,-30,-20, 21,-28, 38, 20,-26,-28,-21,-20,-26,-10, 11,-15, 5,-22; /M: SY='Y'; M=-18,-25,-20,-28,-24, 30,-28, 0, -3,-16, -1, 1,-23,-30,-17,-15,-22,-13, -9, 35, 49,-22; /I: I=-5; MI=-27; MD=-27; IM=-27; /M: SY='F'; M=-12,-23,-18,-26,-21, 30,-25, -9, 8,-20, 17, 6,-21,-25,-21,-15,-19, -8, 5, 1, 25,-21; D=-5; /I: I=-5; MI=-27; MD=-27; IM=-27; DM=-27; /M: SY='N'; M= -9, 32,-19, 21, 7,-19, -2, 7,-19, 1,-25,-18, 43,-15, 2, -1, 7, -2,-25,-33,-17, 4; D=-5; /I: I=-5; MI=-27; MD=-27; IM=-27; DM=-27; /M: SY='G'; M= -6, 12,-25, 15, -5,-27, 32, -9,-32,-10,-25,-20, 11,-14,-10,-13, 1,-13,-25,-24,-22, -7; D=-5; /I: I=-5; MI=-27; IM=-27; DM=-27; /M: SY='E'; M= -7, -1,-24, 1, 19,-18,-18, -8,-21, 12,-20,-12, -2, -9, 7, 4, 2, -1,-15,-25,-12, 13; /M: SY='D'; M= -9, 16,-25, 26, 7,-29,-12, -8,-27, 2,-27,-21, 7, 0, -1, -3, 6, -2,-18,-35,-19, 2; /M: SY='L'; M=-11,-22,-23,-23,-11, 0,-27, -9, 10,-18, 29, 17,-22,-25, -1,-12,-22,-10, 0,-16, 5, -6; /M: SY='L'; M= -5,-19,-18,-24,-20, -2,-19,-21, 11,-21, 16, 9,-17,-22,-17,-18,-10, 6, 11,-24, -7,-19; /M: SY='D'; M=-13, 13,-27, 14, 7,-27,-10, 8,-24, 5,-22,-13, 13,-16, 9, 8, -2, -9,-21,-30,-13, 7; /M: SY='K'; M=-10, -8,-26,-10, 4,-13,-23, -6, -8, 11, -9, 4, -9,-15, 4, 6,-10, -6, -7,-17, 0, 2; /M: SY='P'; M= -7,-16,-33, -9, -2,-26,-19,-19,-18,-10,-27,-18,-15, 68, -9,-18, -2, 1,-24,-31,-26, -9; /M: SY='L'; M= -8,-25,-18,-27,-18, 14,-25,-18, 12,-27, 33, 12,-23,-27,-19,-18,-18, -5, 6,-20, 0,-18; /M: SY='N'; M= -6, -3,-13,-10, -9, -4,-16, -7,-10, -4,-14, -8, 5,-20, -5, -1, 1, -2, -9,-22, -3, -8; /M: SY='E'; M=-12, 0,-29, 3, 27,-18,-21, -5,-26, 20,-20,-12, -2, -9, 12, 13, -6,-10,-23,-21,-10, 20; /M: SY='R'; M=-20,-10,-30,-10, 0,-20,-20, 0,-30, 30,-20,-10, 0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10, 0; /M: SY='R'; M=-17, -8,-30, -8, 2,-20,-21, 2,-26, 26,-19, -8, -2,-18, 16, 49, -9,-10,-21,-15, -2, 5; /M: SY='Q'; M= -5, 8,-25, 5, 16,-29,-14, 7,-23, 12,-24,-11, 11,-11, 21, 6, 3, -6,-24,-27,-13, 18; /M: SY='L'; M=-12,-27,-24,-32,-23, 19,-32,-20, 19,-21, 21, 11,-22,-26,-22,-18,-22, -9, 12,-11, 10,-23; /M: SY='L'; M= -9,-30,-20,-31,-21, 9,-31,-21, 23,-29, 45, 19,-29,-29,-21,-21,-28, -9, 14,-21, -1,-21; /M: SY='H'; M=-10, 1,-24, -2, 5,-16,-16, 6,-21, 3,-20,-12, 5,-14, 2, 5, 2, 4,-19,-16, -3, 2; /M: SY='N'; M= -4, 17,-21, 15, 7,-24, -8, -3,-25, 4,-26,-19, 18,-13, 2, 4, 12, 4,-20,-34,-18, 4; /M: SY='I'; M= -3,-11,-21,-21,-20, -7,-24,-19, 21,-18, 3, 7, -3,-20,-14,-19, -5, -1, 15,-27, -8,-19; /M: SY='F'; M=-13,-27,-20,-35,-26, 38,-29,-19, 13,-25, 16, 13,-21,-26,-27,-19,-18, -5, 11, -7, 13,-25; /M: SY='K'; M= -8, -8,-22, -8, 1,-18,-22,-13,-12, 15,-13, -5, -7,-15, 1, 12, -5, 1, -3,-24,-10, 0; /M: SY='E'; M=-10, 0,-32, 8, 26,-30,-20, -7,-22, 1,-22,-16, -7, 24, 11, -7, -4, -9,-25,-29,-21, 17; /M: SY='I'; M= -7,-15,-24,-22,-17, -8,-28,-21, 18,-11, 3, 6, -8,-18,-12,-14, -8, 0, 12,-25, -6,-17; /M: SY='P'; M=-10, -3,-32, 5, 17,-29,-19,-12,-24, 0,-25,-19, -8, 39, 0, -9, -3, -3,-26,-30,-23, 6; /I: MD=-27; /M: SY='N'; M= -4, 16,-23, 12, -4,-25, 20, 2,-28, -8,-26,-18, 22,-16, -6, -9, 3, -9,-26,-28,-19, -6; D=-5; /I: I=-5; MI=0; IM=0; DM=-27; /M: SY='R'; M=-13, -6,-27, -5, 8, -7,-21, -3,-22, 11,-15,-10, -4,-16, 4, 23, -8, -9,-18,-15, 0, 4; /M: SY='F'; M=-14,-31,-26,-39,-30, 31,-34,-26, 25,-28, 13, 9,-22,-25,-28,-25,-21,-11, 16, 3, 13,-29; /M: SY='H'; M= -6,-11,-22,-11, 1,-13,-22, 12, -4,-10, 0, 6,-10,-18, 0, -9, -8, -7, -2,-27, -4, -1; /M: SY='F'; M=-13,-25,-23,-31,-21, 25,-31,-17, 15,-22, 12, 8,-19,-25,-16,-18,-17, -9, 9, -8, 13,-18; /M: SY='A'; M= 23,-13,-11,-18,-13,-13,-10,-20, -1,-14, -5, -5,-11,-16,-13,-17, 9, 5, 9,-27,-16,-13; /M: SY='E'; M= -9, 12,-24, 17, 29,-27,-18, -5,-25, 5,-19,-17, 3, -6, 11, -2, 5, 7,-21,-30,-16, 20; /M: SY='H'; M= -7, -2,-21, -7, -6,-13,-18, 10, -8, -6,-10, -1, 4,-17, 0, -5, 2, 4, -8,-27, -2, -5; /M: SY='Y'; M=-12,-16,-23,-21,-14, 7,-25,-11, -1, -5, 1, 2,-12,-21,-10, 2,-10, 0, -2,-12, 10,-14; /M: SY='D'; M= -9, 11,-23, 12, 8,-21,-15, -6,-16, -4,-14,-12, 8,-13, 3, -4, 4, 2,-15,-32,-14, 5; /M: SY='V'; M= 2,-17,-17,-21,-18,-10,-16,-23, 9,-14, -2, 1,-13,-19,-15,-16, 0, 6, 16,-26,-11,-17; /M: SY='K'; M= -8, 5,-23, 6, 2,-18,-14, 5,-23, 8,-24,-14, 7,-15, 2, 6, 5, 0,-18,-23, 0, 0; /M: SY='N'; M= -7, 27,-19, 21, 3,-23, -6, -1,-23, -1,-27,-20, 31,-14, -1, -4, 14, 8,-21,-38,-18, 1; /M: SY='V'; M= -3, -8,-20, -8, 0,-13,-20,-13, 0, -5, -3, 3,-10,-15, -5, -9, -3, 0, 4,-28,-11, -3; /M: SY='D'; M=-10, 18,-25, 26, 26,-27,-14, -3,-24, 0,-19,-19, 8, -9, 5, -7, 4, -5,-20,-34,-18, 15; /M: SY='E'; M=-10, 17,-28, 27, 34,-33,-15, -1,-30, 8,-24,-19, 6, -6, 17, 0, 4, -7,-27,-32,-18, 25; /M: SY='L'; M= -1,-27,-20,-32,-23, 2,-29,-24, 26,-26, 28, 15,-24,-24,-20,-23,-19, -7, 20,-21, -4,-23; /M: SY='Q'; M= 0, -6,-21, -8, 5,-18,-19,-11, -8, -3, -6, -4, -6,-12, 7, -6, 3, 6, -8,-25,-11, 5; /M: SY='E'; M=-14, 11,-30, 18, 28,-30,-18, -1,-31, 19,-24,-17, 4, -9, 15, 19, -4,-10,-26,-27,-15, 20; /M: SY='F'; M= 1,-25,-17,-31,-22, 25,-22,-20, 7,-24, 19, 8,-22,-25,-24,-19,-16, -7, 7,-11, 5,-21; /M: SY='L'; M=-12,-25,-24,-27,-18, 11,-30,-15, 14,-17, 26, 12,-23,-26,-16,-14,-24,-10, 6,-11, 12,-18; /M: SY='D'; M= -9, 16,-25, 18, 15,-22,-14, 5,-25, 2,-20,-17, 11,-12, 4, 1, 1, -2,-22,-28, -8, 9; /M: SY='E'; M=-11, 5,-30, 10, 32,-32,-20, 1,-23, 10,-19,-10, 0, -7, 30, 7, -2,-10,-26,-25,-14, 30; /M: SY='A'; M= 10,-12,-14,-16,-11, -4,-13,-17, -7, -7,-12, -8, -8,-17,-12,-10, 9, 4, 4,-24,-10,-11; /M: SY='I'; M= -8,-27,-22,-32,-25, -1,-33,-25, 29,-19, 15, 13,-22,-24,-19,-12,-17, -7, 27,-23, -5,-25; /M: SY='S'; M= 5, 7,-20, 5, 6,-25, -9, -8,-22, 9,-24,-15, 9,-11, 4, 1, 10, 3,-16,-29,-16, 5; /M: SY='E'; M=-11, 12,-28, 20, 28,-30,-16, 2,-31, 16,-25,-18, 5, -8, 11, 9, 0, -8,-25,-30,-15, 19; /M: SY='G'; M= -2, -4,-24, -5, -9,-25, 28,-12,-32, -4,-28,-18, 6,-17, -7, 1, 8, -7,-23,-26,-22, -9; /M: SY='C'; M= -8,-17, 32,-21,-15, -9,-26, -3,-13,-21, -3, -6,-16,-29,-15,-19,-13,-11, -8,-28, -2,-17; /M: SY='E'; M=-10, 10,-30, 20, 60,-30,-20, 0,-30, 10,-20,-20, 0, 0, 20, 0, 0,-10,-30,-30,-20, 40; /M: SY='G'; M= 0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20, 0,-20,-20,-20, 0,-20,-30,-20,-30,-20; /M: SY='L'; M= -3,-28,-19,-30,-21, 9,-27,-21, 18,-27, 36, 15,-26,-27,-20,-21,-23, -8, 12,-19, -2,-21; /M: SY='M'; M= -8,-25,-20,-32,-25, 0,-27,-15, 30,-17, 18, 38,-22,-22,-12,-17,-18, -8, 25,-22, -2,-20; /M: SY='V'; M= -3,-30,-13,-30,-27, 3,-30,-27, 27,-23, 21, 13,-30,-30,-27,-20,-16, -3, 39,-27, -7,-27; /M: SY='K'; M=-11, -1,-30, -1, 9,-29,-20, -9,-30, 48,-29,-10, 0,-11, 10, 34,-10,-10,-20,-20,-10, 9; /M: SY='B'; M= -9, 22,-21, 19, 2,-23, -6, -2,-21, -4,-21,-12, 21,-14, 1, -6, 7, 6,-20,-34,-16, 2; /M: SY='L'; M= 1,-24,-23,-25,-18, -7,-20,-23, 11,-22, 13, 5,-22, -3,-18,-22,-15, -8, 7,-23,-11,-19; /M: SY='E'; M= -8, 13,-26, 13, 15,-26,-15, -1,-21, 9,-18, -9, 9,-12, 11, 2, -3, -8,-21,-28,-14, 13; /I: I=-5; MI=0; MD=-23; IM=0; /M: SY='D'; M= -6, 14,-14, 20, 14,-17, -6, 0,-17, 1,-14,-12, 6, -4, 6, -3, 3, -3,-14,-18,-10, 10; D=-4; /I: DM=-23; /M: SY='G'; M= 11, -7,-12, -9,-11,-22, 15,-17,-22,-11,-17,-13, -4,-17,-12,-15, 4, -6,-14,-26,-21,-11; /M: SY='I'; M= -8,-12,-22,-17,-16, -7,-25, -7, 8,-15, -4, 0, -7, -8,-13,-16, -4, 6, 5,-24, -1,-17; /M: SY='Y'; M=-19,-18,-30,-17,-14, 25,-29, 18, -2, -8, -2, -2,-18,-28, -8, -9,-18,-10,-12, 25, 72,-15; /M: SY='E'; M=-10, 1,-29, 5, 30,-26,-22, -5,-22, 17,-19,-12, -2, -7, 15, 11, -4, -7,-21,-25,-14, 21; /M: SY='P'; M= -8,-14,-35, -9, -3,-25,-21,-18,-12, -8,-20,-13,-14, 48, -8,-10, -9, -9,-18,-28,-22,-10; /M: SY='G'; M= 10, -4,-23, -5,-12,-27, 39,-17,-31,-15,-26,-19, 1,-16,-13,-18, 9, -8,-21,-25,-26,-12; /M: SY='K'; M=-11, -7,-27, -8, 0,-11,-21, -8,-19, 26,-17, -4, -6,-15, 1, 15,-10, -8,-14,-13, 3, 0; /M: SY='R'; M=-17, -4,-28, -7, -1,-19,-18, 0,-24, 25,-18, -4, 5,-19, 8, 50, -9, -9,-18,-22,-10, 0; /I: MD=-29; /M: SY='S'; M= 8, 1,-10, -2, -4,-15, 9, -8,-16, -7,-19,-13, 8, -9, -4, -8, 17, 5,-10,-23,-15, -4; D=-6; /I: I=-6; MI=0; IM=0; DM=-29; /M: SY='N'; M=-11, 10,-26, 5, -4,-19, 7, 5,-25, -5,-20,-13, 18,-19, 0, 1, -2,-10,-25,-27,-14, -3; /M: SY='W'; M=-18,-35,-46,-35,-28, 8,-12,-24,-20,-19,-19,-18,-34,-29,-19,-19,-34,-27,-28,121, 30,-20; /M: SY='L'; M=-12,-28,-26,-29,-20, 5,-29, -9, 14,-27, 30, 13,-25,-27,-17,-19,-28,-13, 4, -2, 6,-19; /M: SY='K'; M= -8, 0,-28, 0, 9,-29,-18,-10,-29, 43,-30,-11, 1,-10, 9, 26, -5, -7,-19,-22,-11, 9; /M: SY='I'; M= -6,-28,-22,-33,-24, 8,-30,-24, 25,-25, 20, 15,-24,-19,-22,-23,-19, -8, 19,-19, -1,-24; /M: SY='K'; M=-11, 0,-30, 0, 9,-29,-20, 2,-30, 43,-29, -9, 1,-11, 10, 27,-10,-11,-21,-21, -7, 9; /M: SY='K'; M=-11,-10,-32, -7, 3,-24,-21,-13,-22, 23,-20, -9, -9, 13, 1, 16,-12,-10,-19,-23,-14, 0; /M: SY='D'; M= -7, 28,-26, 40, 25,-33,-11, -3,-32, 1,-25,-24, 11, -7, 4, -8, 5, -6,-25,-35,-20, 15; /M: SY='Y'; M=-17,-12,-29,-13,-12, 9,-26, 14, -6, 2, -8, -2, -9,-24, -5, -1,-15,-10,-12, 8, 46,-12; /M: SY='L'; M=-10,-24,-22,-24,-13, 1,-29,-17, 13,-20, 32, 14,-24,-26,-11,-12,-23, -9, 7,-21, -3,-12; /M: SY='E'; M= -4, 10,-23, 10, 11,-24,-14, -8,-18, 4,-21,-15, 8,-10, 2, -3, 6, 1,-15,-31,-16, 6; /M: SY='G'; M= -5, -2,-30, 1, 3,-30, 24,-14,-33, -5,-27,-19, -1, -1, -7,-11, -1,-11,-27,-25,-25, -3; /I: I=-5; MI=0; IM=0; DM=-15; MD=-15; /M: SY='M'; M= -7,-27,-16,-31,-25, 10,-27,-18, 22,-20, 22, 27,-26,-27,-20,-17,-18, -6, 24,-21, -1,-22; /M: SY='A'; M= 19,-13,-18,-19,-15,-17, 14,-18,-13,-16, -6, -3,-10,-16,-14,-19, 0, -5, -7,-21,-18,-14; /M: SY='D'; M=-19, 46,-30, 65, 24,-39,-11, 0,-39, 1,-29,-29, 18, -9, 2, -9, 0,-10,-30,-39,-20, 13; /M: SY='T'; M= 5, 0,-16, -7, -2,-16,-13,-14, -9, -6,-15,-11, 5,-11, -4,-10, 14, 16, -5,-30,-14, -4; /M: SY='L'; M= 6,-16,-17,-19, -7, -5,-20,-18, 4,-17, 17, 3,-18,-19,-12,-16, -9, 0, 4,-23, -9, -9; /M: SY='D'; M=-19, 38,-28, 50, 11,-22,-11, -1,-32, -4,-25,-25, 19,-14, -5,-10, -1, -9,-26,-33,-13, 4; /M: SY='L'; M=-10,-29,-24,-30,-20, 3,-31,-22, 22,-28, 34, 15,-27,-14,-19,-22,-26,-10, 10,-21, -3,-21; /M: SY='V'; M= -6,-29, -7,-32,-28, 10,-30,-27, 22,-24, 17, 10,-28,-30,-29,-21,-16, -4, 31,-24, -4,-28; /M: SY='V'; M= -1,-25,-14,-26,-24, -4,-26,-25, 22,-18, 5, 9,-23,-19,-22,-19, -6, 0, 34,-30,-11,-24; /M: SY='I'; M= -9,-19,-22,-20,-20, -2,-30,-23, 24,-23, 20, 11,-20,-24,-20,-22,-18, -7, 22,-25, -5,-22; /I: I=-4; MI=-22; MD=-22; IM=-22; /M: SY='G'; M= 9, -8,-20, -9,-14,-21, 42,-15,-26,-14,-20,-14, -2,-14,-14,-15, 2,-12,-18,-15,-21,-14; D=-4; /I: I=-4; MI=-22; MD=-22; IM=-22; DM=-22; /M: SY='A'; M= 34, -8, -9,-15, -9,-16, 6,-15,-10, -9, -9, -9, -7, -9, -9,-15, 7, -2, -2,-15,-16, -9; D=-4; /I: I=-4; MI=-22; MD=-22; IM=-22; DM=-22; /M: SY='Y'; M=-15,-18,-20,-21,-18, 38,-23, 3, 0,-14, 3, 0,-15,-23,-17,-11,-15, -8, -5, 17, 47,-18; D=-4; /I: I=-4; MI=-22; MD=-22; IM=-22; DM=-22; /M: SY='Y'; M=-17,-18,-28,-18,-15, 14,-24, 14, -5, -7, 0, -1,-16,-25, -7, -1,-19,-11,-11, 22, 45,-14; D=-4; /I: I=-4; MI=-22; MD=-22; IM=-22; DM=-22; /M: SY='G'; M= 0, -8,-24, -9,-17,-24, 51,-18,-32,-17,-24,-17, 0,-17,-17,-17, 3, -9,-23,-19,-24,-17; D=-4; /I: I=-4; MI=-22; MD=-22; IM=-22; DM=-22; /M: SY='K'; M= -9, -5,-25, -5, 5,-24,-19, -6,-18, 27,-19, -5, -3,-13, 14, 22, -7, -8,-12,-19, -9, 9; D=-4; /I: I=-4; MI=-22; IM=-22; DM=-22; /M: SY='G'; M= -1, -8,-30, -7,-11,-30, 60,-18,-39,-17,-29,-20, 0,-18,-15,-18, 0,-19,-30,-21,-29,-13; /M: SY='K'; M= -4, 1,-16, 0, 9,-26,-15, -9,-27, 24,-26,-14, 3,-12, 5, 15, 0, -5,-18,-27,-15, 7; /M: SY='R'; M=-10, -7,-26, -7, 1,-22,-19, -9,-22, 29,-22, -9, -3,-16, 4, 34, -5, -6,-11,-23,-11, 1; /M: SY='G'; M= 1,-10, -7,-12,-15,-24, 23,-21,-28,-17,-24,-17, -4, -8,-16,-19, 5, 0,-19,-28,-25,-16; /M: SY='G'; M= 2, -1,-27, 0, -9,-30, 39,-16,-35, -7,-28,-19, 2,-16,-12,-12, 1,-14,-25,-23,-25,-11; /M: SY='I'; M=-10, -9,-25,-12,-10,-14,-26,-13, 10, -7, 0, 10,-10,-17, -2, -7,-10, -5, 6,-24, -7, -8; /M: SY='Y'; M=-15,-21,-25,-24,-18, 15,-26, 2, 6, -9, 12, 18,-20,-25, -9, -9,-21,-10, -1, 1, 32,-15; /M: SY='G'; M= 8, -3,-21, -6,-12,-25, 36,-14,-29,-14,-27,-19, 7,-16,-12,-15, 13, -5,-21,-27,-25,-12; /M: SY='A'; M= 7,-12,-19,-14,-14,-13, 4, -5,-11,-14,-14, -8, -6,-18,-11,-15, 5, -3, -4,-21, -5,-14; /M: SY='F'; M=-15,-26,-21,-33,-26, 53,-28,-16, 4,-26, 6, 0,-17,-26,-30,-19,-13, -7, 2, 2, 25,-26; /M: SY='L'; M=-10,-29,-21,-31,-21, 8,-30,-19, 23,-28, 44, 24,-28,-28,-18,-20,-28,-10, 12,-20, 0,-20; /M: SY='M'; M=-11,-25, 1,-31,-23, 0,-24,-15, 6,-20, 15, 25,-25,-28,-13,-18,-23,-13, 1, -3, -1,-18; /M: SY='G'; M= 16,-15,-19,-18,-19,-19, 23,-22,-13,-17,-14, -9,-11,-19,-19,-20, 1, -9, -1,-22,-22,-19; /M: SY='C'; M= -1,-19, 73,-27,-25,-15,-25,-27,-17,-26,-10,-13,-19,-33,-25,-26, -6, -6, -2,-42,-24,-25; /M: SY='Y'; M=-11, -6,-27, -8, -3, 6,-22, 10,-10, 0,-10, -7, -5,-21, -3, -4,-10, -8,-15, 5, 38, -6; /M: SY='D'; M=-11, 24,-23, 30, 10,-24,-12, -5,-23, -5,-16,-18, 14,-13, -2, -9, 4, 1,-19,-35,-16, 4; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
| Total number of hits | 179 in 179 different sequences |
| Number of true positive hits | 178 in 178 different sequences |
| Number of 'unknown' hits | 0 |
| Number of false positive hits | 1 |
| Number of false negative sequences | 0 |
| Number of 'partial' sequences | 0 |
| Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 99.44 % |
| Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 100.00 % |
Comments [info]
| Matrix type [info] | protein_domain |
| Scaling database [info] | reversed |
| Author [info] | K_Hofmann |
| Taxonomic range [info] | Archaea, Bacteriophages, Eukaryotes, Prokaryotes (Bacteria), Eukaryotic viruses |
| Maximum number of repetitions [info] | 1 |
| Version [info] | 6 |
Cross-references [info]
| UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
178 sequences
DNLI1_ARATH (Q42572), DNLI1_CAEEL (Q27474), DNLI1_DICDI (Q869E1), DNLI1_DROME (Q9W1H4), DNLI1_HALWD (Q18HT7), DNLI1_HUMAN (P18858), DNLI1_KORCO (B1L3K8), DNLI1_METAC (Q8TSR7), DNLI1_METBF (Q46C04), DNLI1_METMA (Q8PVR7), DNLI1_MOUSE (P37913), DNLI1_RAT (Q9JHY8), DNLI1_SCHPO (P12000), DNLI1_THEPD (A1RXA6), DNLI1_XENLA (P51892), DNLI1_YEAST (P04819), DNLI2_HALWD (Q18GX5), DNLI2_KORCO (B1L3V2), DNLI2_METAC (Q8TMT1), DNLI2_METBF (Q46BA3), DNLI2_METMA (Q8PTK1), DNLI2_THEPD (A1RY72), DNLI3_DICDI (Q54QM4), DNLI3_HUMAN (P49916), DNLI3_MOUSE (P97386), DNLI3_SCHPO (Q9C1W9), DNLI4_ARATH (Q9LL84), DNLI4_ASPFU (Q4WVG8), DNLI4_ASPOR (Q2U6A1), DNLI4_CANAL (P52496), DNLI4_CANGA (Q6FVD8), DNLI4_CHICK (Q90YB1), DNLI4_COCIM (Q1DKE7), DNLI4_COPC7 (A8N936), DNLI4_COPCI (Q7Z7W5), DNLI4_CRIGR (G3GTP0), DNLI4_CRYNB (P0CN09), DNLI4_CRYNJ (P0CN08), DNLI4_DICDI (Q54CR9), DNLI4_EMENI (Q5BH83), DNLI4_EREGS (Q75CA4), DNLI4_HUMAN (P49917), DNLI4_KLULA (Q6CSH0), DNLI4_MOUSE (Q8BTF7), DNLI4_NEUCR (Q7SB49), DNLI4_ORYSJ (Q7X7E9), DNLI4_PHANO (Q0UCI9), DNLI4_PONAB (Q5R6L3), DNLI4_SCHPO (O74833), DNLI4_YARLI (Q6C8A3), DNLI4_YEAST (Q08387), DNLI_ACIAM (Q02093), DNLI_AERPE (Q9YD18), DNLI_ANAD2 (B8JBM1), DNLI_ANADE (Q2IH69), DNLI_ANADF (A7HID3), DNLI_ANASK (B4UIS1), DNLI_AQUAE (O67398), DNLI_ARCFU (O29632), DNLI_ASFB7 (P35970), DNLI_ASFK5 (P0C992), DNLI_ASFM2 (P26813), DNLI_ASFP4 (P0C990), DNLI_ASFWA (P0C991), DNLI_BEUC1 (C5BW79), DNLI_BPT3 (P07717), DNLI_BPT7 (P00969), DNLI_CALMQ (A8MDU6), DNLI_CENSY (A0RWD6), DNLI_DICT6 (B5YD88), DNLI_DICTD (B8DZX8), DNLI_FOWPN (Q67480), DNLI_HAEIN (P44121), DNLI_HALLT (B9LUZ9), DNLI_HALMA (Q5V4R0), DNLI_HALS3 (B0R4C9), DNLI_HALSA (Q9HR35), DNLI_HALVD (D4GYZ4), DNLI_HYPBU (A2BJX6), DNLI_IGNH4 (A8AB20), DNLI_KINRD (A6WG40), DNLI_KORVE (Q1II25), DNLI_META3 (A6UVC4), DNLI_METAR (Q0W0X1), DNLI_METB6 (A7IAA9), DNLI_METBU (Q12X08), DNLI_METHJ (Q2FTH4), DNLI_METJA (Q57635), DNLI_METKA (Q8TWN3), DNLI_METLZ (A2SR38), DNLI_METM5 (A4FY19), DNLI_METM6 (A9AAX4), DNLI_METM7 (A6VFQ9), DNLI_METMJ (A3CWP1), DNLI_METMP (Q6LYM1), DNLI_METPE (B8GGB8), DNLI_METS3 (A5UKX2), DNLI_METS5 (A4YD25), DNLI_METST (Q2NHF9), DNLI_METTF (P54875), DNLI_METTH (Q50566), DNLI_METTP (A0B7F9), DNLI_METVS (A6UNY0), DNLI_MONPV (A0A7H0DNE6), DNLI_MYCA1 (A0QJL0), DNLI_MYCBO (Q7TTR7), DNLI_MYCBP (A1KN60), DNLI_MYCBT (C1AGI1), DNLI_MYCGI (A4TDS2), DNLI_MYCMM (B2HHE1), DNLI_MYCPA (Q73V97), DNLI_MYCS2 (A0QUP1), DNLI_MYCSJ (A3PXE2), DNLI_MYCSK (A1UDY9), DNLI_MYCSS (Q1BB26), DNLI_MYCTA (A5U776), DNLI_MYCTO (P9WNV4), DNLI_MYCTU (P9WNV5), DNLI_MYCUA (A0PTC0), DNLI_MYCVP (A1T6P2), DNLI_NANEQ (Q74M64), DNLI_NATPD (Q3IPX0), DNLI_NITMS (A9A3K1), DNLI_NOCFA (Q5YNY7), DNLI_NOCSJ (A1SKL2), DNLI_NPVLD (Q9YMV2), DNLI_OPITP (B1ZZL9), DNLI_PERMH (C0QSL7), DNLI_PICTO (Q6L195), DNLI_PSECP (B8HCE1), DNLI_PYRAB (P0CL75), DNLI_PYRAE (O93723), DNLI_PYRAR (A4WH24), DNLI_PYRAY (P0CL74), DNLI_PYRCJ (A3MS62), DNLI_PYRFU (P56709), DNLI_PYRHO (O59288), DNLI_PYRIL (A1RTK4), DNLI_PYRNV (B1YA52), DNLI_RHOJR (Q0SG75), DNLI_RHOOB (C1AX87), DNLI_SACEN (A4F870), DNLI_SACS2 (Q980T8), DNLI_SACSH (Q9P9K9), DNLI_SORC5 (A9GU24), DNLI_STAMF (A3DP49), DNLI_STRAW (Q826P6), DNLI_STRCO (Q9FCB1), DNLI_STRGG (B1W5J2), DNLI_SULAC (Q4JAM1), DNLI_SULIA (C3MZR1), DNLI_SULIK (C4KIZ2), DNLI_SULIL (C3MJ14), DNLI_SULIM (C3MYD2), DNLI_SULIN (C3NF77), DNLI_SULIY (C3N834), DNLI_SULTO (Q976G4), DNLI_SULZI (D2CJS7), DNLI_THEAC (Q9HJ26), DNLI_THEFM (Q9HH07), DNLI_THEKO (Q9HHC4), DNLI_THEON (B6YTR4), DNLI_THEVO (Q979A1), DNLI_VACCA (O57250), DNLI_VACCC (P20492), DNLI_VACCW (P16272), DNLI_VAR67 (P0DOO3), DNLI_VARV (P0DOO4), LIG6_ARATH (F4HPZ9), LIGB_BACSU (O31917), LIGC2_MYCS2 (A0R5T3), LIGC_MYCTU (L0TDE1), LIGD_BACSU (O34398), LIGD_MYCBO (P59971), LIGD_MYCS2 (A0R3R7), LIGD_MYCTO (P9WNV2), LIGD_MYCTU (P9WNV3), LIGD_PSEAE (Q9I1X7)» more
|
| UniProtKB/Swiss-Prot False positive sequences |
1 sequence
KDGR_BACSU (P50844) |
| PDB [Detailed view] |
47 PDB
1A0I; 1VS0; 1X9N; 2CFM; 2HIV; 2HIX; 3GDE; 3L2P; 3VNN; 3W1B; 3W1G; 3W5O; 6BKF; 6BKG; 6IMJ; 6IMK; 6IML; 6IMN; 6P09; 6P0A; 6P0B; 6P0C; 6P0D; 6P0E; 6Q1V; 7KR3; 7KR4; 7L34; 7L35; 7LSY; 7LT3; 7NFC; 7NFE; 7QNZ; 7QO1; 7RPO; 7RPW; 7RPX; 7SUM; 7SX5; 7SXE; 8BH3; 8BHV; 8BHY; 8BOT; 8EZA; 8EZB » more |