PROSITE entry PS50160

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

PURL [info]	https://purl.expasy.org/prosite/signature/PS50160
Entry name [info]	DNA_LIGASE_A3
Accession [info]	PS50160
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-DEC-2001 CREATED; 26-FEB-2020 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC00295

Name and characterization of the entry

Description [info]

ATP-dependent DNA ligase family profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=135;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=130;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=0.4573000; R2=0.0139318; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=6808.7558594; R2=10.2896852; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 0.5%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=578; H_SCORE=12756; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=434; H_SCORE=11274; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-50; E1=-50; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='A';  M= 15,-11,-18,-14, -2,-12,-15,-13, -5, -6, -6, -6,-11,-14, -6,-12,  0, -3, -1,-18, -5, -5;
/M: SY='E';  M=  3,  3,-22,  3, 18,-24, -7, -7,-22,  6,-21,-12,  3, -8,  6, -2,  7, -3,-18,-28,-18, 12;
/M: SY='D';  M=-10,  5,-26,  8,  4, -7,-20, -4,-14, -7,-11,-10, -2,-15, -1,-10, -5, -5,-14,-17,  4,  1;
/M: SY='Q';  M= -9, -1,-26,  0,  0,-23,-21, -4, -8,  4,-14, -4, -3,-15,  6, -1, -4, -7, -6,-27, -9,  2;
/M: SY='N';  M= -7, 13,-22, 13, 10,-26,-11, -4,-25,  8,-26,-17, 14,-11,  7,  5, 10,  5,-20,-32,-16,  8;
/M: SY='A';  M= 11,-16,-14,-19,-15, -7,-15,-17,  4,-15, -3, -3,-12,-19,-13,-17,  6,  4, 11,-24, -6,-15;
/M: SY='Q';  M=-11,  0,-19, -1,  9,-22,-19, -1,-20,  3,-21,-12,  2,  0, 11,  1, -3, -5,-23,-23, -7,  9;
/M: SY='V';  M= -1,-24,-18,-24,-19, -6,-25,-23, 13,-18,  7,  7,-24, -5,-20,-18,-10,  1, 19,-27,-12,-21;
/M: SY='C';  M=-13,-13, 70,-22,-23, -9,-26, -6,-26,-24,-18,-15, -9,-34,-23,-22, -9,-11,-14,-40,-15,-23;
/M: SY='F';  M=-12,-29,-20,-32,-25, 27,-31,-19, 17,-26, 25, 11,-26,-29,-26,-20,-22, -8, 15,-10, 13,-25;
/M: SY='F';  M=-18,-26,-10,-33,-26, 50,-30,-10, -1,-25,  9,  0,-21,-31,-29,-18,-20,-10, -2,  6, 34,-26;
/M: SY='V';  M= 13,-24,-12,-28,-23, -5,-22,-26, 19,-19,  8,  6,-23,-23,-23,-21, -6, -1, 31,-26,-11,-23;
/M: SY='F';  M=-20,-30,-20,-40,-30, 80,-30,-20,  0,-30, 10,  0,-20,-30,-40,-20,-20,-10,  0, 10, 30,-30;
/M: SY='D';  M=-20, 50,-30, 70, 20,-40,-10,  0,-40,  0,-30,-30, 20,-10,  0,-10,  0,-10,-30,-40,-20, 10;
/M: SY='C';  M= -9,-25, 37,-33,-28, -7,-32,-27,  9,-28,  7,  4,-22,-31,-24,-27,-16, -9, 11,-33,-13,-28;
/M: SY='L';  M=-12,-29,-21,-33,-23, 18,-30,-20, 21,-28, 38, 20,-26,-28,-21,-20,-26,-10, 11,-15,  5,-22;
/M: SY='Y';  M=-18,-25,-20,-28,-24, 30,-28,  0, -3,-16, -1,  1,-23,-30,-17,-15,-22,-13, -9, 35, 49,-22;
/I:         I=-5; MI=-27; MD=-27; IM=-27;
/M: SY='F';  M=-12,-23,-18,-26,-21, 30,-25, -9,  8,-20, 17,  6,-21,-25,-21,-15,-19, -8,  5,  1, 25,-21; D=-5;
/I:         I=-5; MI=-27; MD=-27; IM=-27; DM=-27;
/M: SY='N';  M= -9, 32,-19, 21,  7,-19, -2,  7,-19,  1,-25,-18, 43,-15,  2, -1,  7, -2,-25,-33,-17,  4; D=-5;
/I:         I=-5; MI=-27; MD=-27; IM=-27; DM=-27;
/M: SY='G';  M= -6, 12,-25, 15, -5,-27, 32, -9,-32,-10,-25,-20, 11,-14,-10,-13,  1,-13,-25,-24,-22, -7; D=-5;
/I:         I=-5; MI=-27; IM=-27; DM=-27;
/M: SY='E';  M= -7, -1,-24,  1, 19,-18,-18, -8,-21, 12,-20,-12, -2, -9,  7,  4,  2, -1,-15,-25,-12, 13;
/M: SY='D';  M= -9, 16,-25, 26,  7,-29,-12, -8,-27,  2,-27,-21,  7,  0, -1, -3,  6, -2,-18,-35,-19,  2;
/M: SY='L';  M=-11,-22,-23,-23,-11,  0,-27, -9, 10,-18, 29, 17,-22,-25, -1,-12,-22,-10,  0,-16,  5, -6;
/M: SY='L';  M= -5,-19,-18,-24,-20, -2,-19,-21, 11,-21, 16,  9,-17,-22,-17,-18,-10,  6, 11,-24, -7,-19;
/M: SY='D';  M=-13, 13,-27, 14,  7,-27,-10,  8,-24,  5,-22,-13, 13,-16,  9,  8, -2, -9,-21,-30,-13,  7;
/M: SY='K';  M=-10, -8,-26,-10,  4,-13,-23, -6, -8, 11, -9,  4, -9,-15,  4,  6,-10, -6, -7,-17,  0,  2;
/M: SY='P';  M= -7,-16,-33, -9, -2,-26,-19,-19,-18,-10,-27,-18,-15, 68, -9,-18, -2,  1,-24,-31,-26, -9;
/M: SY='L';  M= -8,-25,-18,-27,-18, 14,-25,-18, 12,-27, 33, 12,-23,-27,-19,-18,-18, -5,  6,-20,  0,-18;
/M: SY='N';  M= -6, -3,-13,-10, -9, -4,-16, -7,-10, -4,-14, -8,  5,-20, -5, -1,  1, -2, -9,-22, -3, -8;
/M: SY='E';  M=-12,  0,-29,  3, 27,-18,-21, -5,-26, 20,-20,-12, -2, -9, 12, 13, -6,-10,-23,-21,-10, 20;
/M: SY='R';  M=-20,-10,-30,-10,  0,-20,-20,  0,-30, 30,-20,-10,  0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10,  0;
/M: SY='R';  M=-17, -8,-30, -8,  2,-20,-21,  2,-26, 26,-19, -8, -2,-18, 16, 49, -9,-10,-21,-15, -2,  5;
/M: SY='Q';  M= -5,  8,-25,  5, 16,-29,-14,  7,-23, 12,-24,-11, 11,-11, 21,  6,  3, -6,-24,-27,-13, 18;
/M: SY='L';  M=-12,-27,-24,-32,-23, 19,-32,-20, 19,-21, 21, 11,-22,-26,-22,-18,-22, -9, 12,-11, 10,-23;
/M: SY='L';  M= -9,-30,-20,-31,-21,  9,-31,-21, 23,-29, 45, 19,-29,-29,-21,-21,-28, -9, 14,-21, -1,-21;
/M: SY='H';  M=-10,  1,-24, -2,  5,-16,-16,  6,-21,  3,-20,-12,  5,-14,  2,  5,  2,  4,-19,-16, -3,  2;
/M: SY='N';  M= -4, 17,-21, 15,  7,-24, -8, -3,-25,  4,-26,-19, 18,-13,  2,  4, 12,  4,-20,-34,-18,  4;
/M: SY='I';  M= -3,-11,-21,-21,-20, -7,-24,-19, 21,-18,  3,  7, -3,-20,-14,-19, -5, -1, 15,-27, -8,-19;
/M: SY='F';  M=-13,-27,-20,-35,-26, 38,-29,-19, 13,-25, 16, 13,-21,-26,-27,-19,-18, -5, 11, -7, 13,-25;
/M: SY='K';  M= -8, -8,-22, -8,  1,-18,-22,-13,-12, 15,-13, -5, -7,-15,  1, 12, -5,  1, -3,-24,-10,  0;
/M: SY='E';  M=-10,  0,-32,  8, 26,-30,-20, -7,-22,  1,-22,-16, -7, 24, 11, -7, -4, -9,-25,-29,-21, 17;
/M: SY='I';  M= -7,-15,-24,-22,-17, -8,-28,-21, 18,-11,  3,  6, -8,-18,-12,-14, -8,  0, 12,-25, -6,-17;
/M: SY='P';  M=-10, -3,-32,  5, 17,-29,-19,-12,-24,  0,-25,-19, -8, 39,  0, -9, -3, -3,-26,-30,-23,  6;
/I:         MD=-27;
/M: SY='N';  M= -4, 16,-23, 12, -4,-25, 20,  2,-28, -8,-26,-18, 22,-16, -6, -9,  3, -9,-26,-28,-19, -6; D=-5;
/I:         I=-5; MI=0; IM=0; DM=-27;
/M: SY='R';  M=-13, -6,-27, -5,  8, -7,-21, -3,-22, 11,-15,-10, -4,-16,  4, 23, -8, -9,-18,-15,  0,  4;
/M: SY='F';  M=-14,-31,-26,-39,-30, 31,-34,-26, 25,-28, 13,  9,-22,-25,-28,-25,-21,-11, 16,  3, 13,-29;
/M: SY='H';  M= -6,-11,-22,-11,  1,-13,-22, 12, -4,-10,  0,  6,-10,-18,  0, -9, -8, -7, -2,-27, -4, -1;
/M: SY='F';  M=-13,-25,-23,-31,-21, 25,-31,-17, 15,-22, 12,  8,-19,-25,-16,-18,-17, -9,  9, -8, 13,-18;
/M: SY='A';  M= 23,-13,-11,-18,-13,-13,-10,-20, -1,-14, -5, -5,-11,-16,-13,-17,  9,  5,  9,-27,-16,-13;
/M: SY='E';  M= -9, 12,-24, 17, 29,-27,-18, -5,-25,  5,-19,-17,  3, -6, 11, -2,  5,  7,-21,-30,-16, 20;
/M: SY='H';  M= -7, -2,-21, -7, -6,-13,-18, 10, -8, -6,-10, -1,  4,-17,  0, -5,  2,  4, -8,-27, -2, -5;
/M: SY='Y';  M=-12,-16,-23,-21,-14,  7,-25,-11, -1, -5,  1,  2,-12,-21,-10,  2,-10,  0, -2,-12, 10,-14;
/M: SY='D';  M= -9, 11,-23, 12,  8,-21,-15, -6,-16, -4,-14,-12,  8,-13,  3, -4,  4,  2,-15,-32,-14,  5;
/M: SY='V';  M=  2,-17,-17,-21,-18,-10,-16,-23,  9,-14, -2,  1,-13,-19,-15,-16,  0,  6, 16,-26,-11,-17;
/M: SY='K';  M= -8,  5,-23,  6,  2,-18,-14,  5,-23,  8,-24,-14,  7,-15,  2,  6,  5,  0,-18,-23,  0,  0;
/M: SY='N';  M= -7, 27,-19, 21,  3,-23, -6, -1,-23, -1,-27,-20, 31,-14, -1, -4, 14,  8,-21,-38,-18,  1;
/M: SY='V';  M= -3, -8,-20, -8,  0,-13,-20,-13,  0, -5, -3,  3,-10,-15, -5, -9, -3,  0,  4,-28,-11, -3;
/M: SY='D';  M=-10, 18,-25, 26, 26,-27,-14, -3,-24,  0,-19,-19,  8, -9,  5, -7,  4, -5,-20,-34,-18, 15;
/M: SY='E';  M=-10, 17,-28, 27, 34,-33,-15, -1,-30,  8,-24,-19,  6, -6, 17,  0,  4, -7,-27,-32,-18, 25;
/M: SY='L';  M= -1,-27,-20,-32,-23,  2,-29,-24, 26,-26, 28, 15,-24,-24,-20,-23,-19, -7, 20,-21, -4,-23;
/M: SY='Q';  M=  0, -6,-21, -8,  5,-18,-19,-11, -8, -3, -6, -4, -6,-12,  7, -6,  3,  6, -8,-25,-11,  5;
/M: SY='E';  M=-14, 11,-30, 18, 28,-30,-18, -1,-31, 19,-24,-17,  4, -9, 15, 19, -4,-10,-26,-27,-15, 20;
/M: SY='F';  M=  1,-25,-17,-31,-22, 25,-22,-20,  7,-24, 19,  8,-22,-25,-24,-19,-16, -7,  7,-11,  5,-21;
/M: SY='L';  M=-12,-25,-24,-27,-18, 11,-30,-15, 14,-17, 26, 12,-23,-26,-16,-14,-24,-10,  6,-11, 12,-18;
/M: SY='D';  M= -9, 16,-25, 18, 15,-22,-14,  5,-25,  2,-20,-17, 11,-12,  4,  1,  1, -2,-22,-28, -8,  9;
/M: SY='E';  M=-11,  5,-30, 10, 32,-32,-20,  1,-23, 10,-19,-10,  0, -7, 30,  7, -2,-10,-26,-25,-14, 30;
/M: SY='A';  M= 10,-12,-14,-16,-11, -4,-13,-17, -7, -7,-12, -8, -8,-17,-12,-10,  9,  4,  4,-24,-10,-11;
/M: SY='I';  M= -8,-27,-22,-32,-25, -1,-33,-25, 29,-19, 15, 13,-22,-24,-19,-12,-17, -7, 27,-23, -5,-25;
/M: SY='S';  M=  5,  7,-20,  5,  6,-25, -9, -8,-22,  9,-24,-15,  9,-11,  4,  1, 10,  3,-16,-29,-16,  5;
/M: SY='E';  M=-11, 12,-28, 20, 28,-30,-16,  2,-31, 16,-25,-18,  5, -8, 11,  9,  0, -8,-25,-30,-15, 19;
/M: SY='G';  M= -2, -4,-24, -5, -9,-25, 28,-12,-32, -4,-28,-18,  6,-17, -7,  1,  8, -7,-23,-26,-22, -9;
/M: SY='C';  M= -8,-17, 32,-21,-15, -9,-26, -3,-13,-21, -3, -6,-16,-29,-15,-19,-13,-11, -8,-28, -2,-17;
/M: SY='E';  M=-10, 10,-30, 20, 60,-30,-20,  0,-30, 10,-20,-20,  0,  0, 20,  0,  0,-10,-30,-30,-20, 40;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='L';  M= -3,-28,-19,-30,-21,  9,-27,-21, 18,-27, 36, 15,-26,-27,-20,-21,-23, -8, 12,-19, -2,-21;
/M: SY='M';  M= -8,-25,-20,-32,-25,  0,-27,-15, 30,-17, 18, 38,-22,-22,-12,-17,-18, -8, 25,-22, -2,-20;
/M: SY='V';  M= -3,-30,-13,-30,-27,  3,-30,-27, 27,-23, 21, 13,-30,-30,-27,-20,-16, -3, 39,-27, -7,-27;
/M: SY='K';  M=-11, -1,-30, -1,  9,-29,-20, -9,-30, 48,-29,-10,  0,-11, 10, 34,-10,-10,-20,-20,-10,  9;
/M: SY='B';  M= -9, 22,-21, 19,  2,-23, -6, -2,-21, -4,-21,-12, 21,-14,  1, -6,  7,  6,-20,-34,-16,  2;
/M: SY='L';  M=  1,-24,-23,-25,-18, -7,-20,-23, 11,-22, 13,  5,-22, -3,-18,-22,-15, -8,  7,-23,-11,-19;
/M: SY='E';  M= -8, 13,-26, 13, 15,-26,-15, -1,-21,  9,-18, -9,  9,-12, 11,  2, -3, -8,-21,-28,-14, 13;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-23; IM=0;
/M: SY='D';  M= -6, 14,-14, 20, 14,-17, -6,  0,-17,  1,-14,-12,  6, -4,  6, -3,  3, -3,-14,-18,-10, 10; D=-4;
/I:         DM=-23;
/M: SY='G';  M= 11, -7,-12, -9,-11,-22, 15,-17,-22,-11,-17,-13, -4,-17,-12,-15,  4, -6,-14,-26,-21,-11;
/M: SY='I';  M= -8,-12,-22,-17,-16, -7,-25, -7,  8,-15, -4,  0, -7, -8,-13,-16, -4,  6,  5,-24, -1,-17;
/M: SY='Y';  M=-19,-18,-30,-17,-14, 25,-29, 18, -2, -8, -2, -2,-18,-28, -8, -9,-18,-10,-12, 25, 72,-15;
/M: SY='E';  M=-10,  1,-29,  5, 30,-26,-22, -5,-22, 17,-19,-12, -2, -7, 15, 11, -4, -7,-21,-25,-14, 21;
/M: SY='P';  M= -8,-14,-35, -9, -3,-25,-21,-18,-12, -8,-20,-13,-14, 48, -8,-10, -9, -9,-18,-28,-22,-10;
/M: SY='G';  M= 10, -4,-23, -5,-12,-27, 39,-17,-31,-15,-26,-19,  1,-16,-13,-18,  9, -8,-21,-25,-26,-12;
/M: SY='K';  M=-11, -7,-27, -8,  0,-11,-21, -8,-19, 26,-17, -4, -6,-15,  1, 15,-10, -8,-14,-13,  3,  0;
/M: SY='R';  M=-17, -4,-28, -7, -1,-19,-18,  0,-24, 25,-18, -4,  5,-19,  8, 50, -9, -9,-18,-22,-10,  0;
/I:         MD=-29;
/M: SY='S';  M=  8,  1,-10, -2, -4,-15,  9, -8,-16, -7,-19,-13,  8, -9, -4, -8, 17,  5,-10,-23,-15, -4; D=-6;
/I:         I=-6; MI=0; IM=0; DM=-29;
/M: SY='N';  M=-11, 10,-26,  5, -4,-19,  7,  5,-25, -5,-20,-13, 18,-19,  0,  1, -2,-10,-25,-27,-14, -3;
/M: SY='W';  M=-18,-35,-46,-35,-28,  8,-12,-24,-20,-19,-19,-18,-34,-29,-19,-19,-34,-27,-28,121, 30,-20;
/M: SY='L';  M=-12,-28,-26,-29,-20,  5,-29, -9, 14,-27, 30, 13,-25,-27,-17,-19,-28,-13,  4, -2,  6,-19;
/M: SY='K';  M= -8,  0,-28,  0,  9,-29,-18,-10,-29, 43,-30,-11,  1,-10,  9, 26, -5, -7,-19,-22,-11,  9;
/M: SY='I';  M= -6,-28,-22,-33,-24,  8,-30,-24, 25,-25, 20, 15,-24,-19,-22,-23,-19, -8, 19,-19, -1,-24;
/M: SY='K';  M=-11,  0,-30,  0,  9,-29,-20,  2,-30, 43,-29, -9,  1,-11, 10, 27,-10,-11,-21,-21, -7,  9;
/M: SY='K';  M=-11,-10,-32, -7,  3,-24,-21,-13,-22, 23,-20, -9, -9, 13,  1, 16,-12,-10,-19,-23,-14,  0;
/M: SY='D';  M= -7, 28,-26, 40, 25,-33,-11, -3,-32,  1,-25,-24, 11, -7,  4, -8,  5, -6,-25,-35,-20, 15;
/M: SY='Y';  M=-17,-12,-29,-13,-12,  9,-26, 14, -6,  2, -8, -2, -9,-24, -5, -1,-15,-10,-12,  8, 46,-12;
/M: SY='L';  M=-10,-24,-22,-24,-13,  1,-29,-17, 13,-20, 32, 14,-24,-26,-11,-12,-23, -9,  7,-21, -3,-12;
/M: SY='E';  M= -4, 10,-23, 10, 11,-24,-14, -8,-18,  4,-21,-15,  8,-10,  2, -3,  6,  1,-15,-31,-16,  6;
/M: SY='G';  M= -5, -2,-30,  1,  3,-30, 24,-14,-33, -5,-27,-19, -1, -1, -7,-11, -1,-11,-27,-25,-25, -3;
/I:         I=-5; MI=0; IM=0; DM=-15; MD=-15;
/M: SY='M';  M= -7,-27,-16,-31,-25, 10,-27,-18, 22,-20, 22, 27,-26,-27,-20,-17,-18, -6, 24,-21, -1,-22;
/M: SY='A';  M= 19,-13,-18,-19,-15,-17, 14,-18,-13,-16, -6, -3,-10,-16,-14,-19,  0, -5, -7,-21,-18,-14;
/M: SY='D';  M=-19, 46,-30, 65, 24,-39,-11,  0,-39,  1,-29,-29, 18, -9,  2, -9,  0,-10,-30,-39,-20, 13;
/M: SY='T';  M=  5,  0,-16, -7, -2,-16,-13,-14, -9, -6,-15,-11,  5,-11, -4,-10, 14, 16, -5,-30,-14, -4;
/M: SY='L';  M=  6,-16,-17,-19, -7, -5,-20,-18,  4,-17, 17,  3,-18,-19,-12,-16, -9,  0,  4,-23, -9, -9;
/M: SY='D';  M=-19, 38,-28, 50, 11,-22,-11, -1,-32, -4,-25,-25, 19,-14, -5,-10, -1, -9,-26,-33,-13,  4;
/M: SY='L';  M=-10,-29,-24,-30,-20,  3,-31,-22, 22,-28, 34, 15,-27,-14,-19,-22,-26,-10, 10,-21, -3,-21;
/M: SY='V';  M= -6,-29, -7,-32,-28, 10,-30,-27, 22,-24, 17, 10,-28,-30,-29,-21,-16, -4, 31,-24, -4,-28;
/M: SY='V';  M= -1,-25,-14,-26,-24, -4,-26,-25, 22,-18,  5,  9,-23,-19,-22,-19, -6,  0, 34,-30,-11,-24;
/M: SY='I';  M= -9,-19,-22,-20,-20, -2,-30,-23, 24,-23, 20, 11,-20,-24,-20,-22,-18, -7, 22,-25, -5,-22;
/I:         I=-4; MI=-22; MD=-22; IM=-22;
/M: SY='G';  M=  9, -8,-20, -9,-14,-21, 42,-15,-26,-14,-20,-14, -2,-14,-14,-15,  2,-12,-18,-15,-21,-14; D=-4;
/I:         I=-4; MI=-22; MD=-22; IM=-22; DM=-22;
/M: SY='A';  M= 34, -8, -9,-15, -9,-16,  6,-15,-10, -9, -9, -9, -7, -9, -9,-15,  7, -2, -2,-15,-16, -9; D=-4;
/I:         I=-4; MI=-22; MD=-22; IM=-22; DM=-22;
/M: SY='Y';  M=-15,-18,-20,-21,-18, 38,-23,  3,  0,-14,  3,  0,-15,-23,-17,-11,-15, -8, -5, 17, 47,-18; D=-4;
/I:         I=-4; MI=-22; MD=-22; IM=-22; DM=-22;
/M: SY='Y';  M=-17,-18,-28,-18,-15, 14,-24, 14, -5, -7,  0, -1,-16,-25, -7, -1,-19,-11,-11, 22, 45,-14; D=-4;
/I:         I=-4; MI=-22; MD=-22; IM=-22; DM=-22;
/M: SY='G';  M=  0, -8,-24, -9,-17,-24, 51,-18,-32,-17,-24,-17,  0,-17,-17,-17,  3, -9,-23,-19,-24,-17; D=-4;
/I:         I=-4; MI=-22; MD=-22; IM=-22; DM=-22;
/M: SY='K';  M= -9, -5,-25, -5,  5,-24,-19, -6,-18, 27,-19, -5, -3,-13, 14, 22, -7, -8,-12,-19, -9,  9; D=-4;
/I:         I=-4; MI=-22; IM=-22; DM=-22;
/M: SY='G';  M= -1, -8,-30, -7,-11,-30, 60,-18,-39,-17,-29,-20,  0,-18,-15,-18,  0,-19,-30,-21,-29,-13;
/M: SY='K';  M= -4,  1,-16,  0,  9,-26,-15, -9,-27, 24,-26,-14,  3,-12,  5, 15,  0, -5,-18,-27,-15,  7;
/M: SY='R';  M=-10, -7,-26, -7,  1,-22,-19, -9,-22, 29,-22, -9, -3,-16,  4, 34, -5, -6,-11,-23,-11,  1;
/M: SY='G';  M=  1,-10, -7,-12,-15,-24, 23,-21,-28,-17,-24,-17, -4, -8,-16,-19,  5,  0,-19,-28,-25,-16;
/M: SY='G';  M=  2, -1,-27,  0, -9,-30, 39,-16,-35, -7,-28,-19,  2,-16,-12,-12,  1,-14,-25,-23,-25,-11;
/M: SY='I';  M=-10, -9,-25,-12,-10,-14,-26,-13, 10, -7,  0, 10,-10,-17, -2, -7,-10, -5,  6,-24, -7, -8;
/M: SY='Y';  M=-15,-21,-25,-24,-18, 15,-26,  2,  6, -9, 12, 18,-20,-25, -9, -9,-21,-10, -1,  1, 32,-15;
/M: SY='G';  M=  8, -3,-21, -6,-12,-25, 36,-14,-29,-14,-27,-19,  7,-16,-12,-15, 13, -5,-21,-27,-25,-12;
/M: SY='A';  M=  7,-12,-19,-14,-14,-13,  4, -5,-11,-14,-14, -8, -6,-18,-11,-15,  5, -3, -4,-21, -5,-14;
/M: SY='F';  M=-15,-26,-21,-33,-26, 53,-28,-16,  4,-26,  6,  0,-17,-26,-30,-19,-13, -7,  2,  2, 25,-26;
/M: SY='L';  M=-10,-29,-21,-31,-21,  8,-30,-19, 23,-28, 44, 24,-28,-28,-18,-20,-28,-10, 12,-20,  0,-20;
/M: SY='M';  M=-11,-25,  1,-31,-23,  0,-24,-15,  6,-20, 15, 25,-25,-28,-13,-18,-23,-13,  1, -3, -1,-18;
/M: SY='G';  M= 16,-15,-19,-18,-19,-19, 23,-22,-13,-17,-14, -9,-11,-19,-19,-20,  1, -9, -1,-22,-22,-19;
/M: SY='C';  M= -1,-19, 73,-27,-25,-15,-25,-27,-17,-26,-10,-13,-19,-33,-25,-26, -6, -6, -2,-42,-24,-25;
/M: SY='Y';  M=-11, -6,-27, -8, -3,  6,-22, 10,-10,  0,-10, -7, -5,-21, -3, -4,-10, -8,-15,  5, 38, -6;
/M: SY='D';  M=-11, 24,-23, 30, 10,-24,-12, -5,-23, -5,-16,-18, 14,-13, -2, -9,  4,  1,-19,-35,-16,  4;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2025_02 which contains 573'230 sequence entries.

Total number of hits	179 in 179 different sequences
Number of true positive hits	178 in 178 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	1
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	99.44 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Archaea, Bacteriophages, Eukaryotes, Prokaryotes (Bacteria), Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info]	1
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	K_Hofmann
Version [info]	6

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

178 sequences

DNLI1_ARATH (Q42572), DNLI1_CAEEL (Q27474), DNLI1_DICDI (Q869E1),

DNLI1_DROME (Q9W1H4), DNLI1_HALWD (Q18HT7), DNLI1_HUMAN (P18858), 
DNLI1_KORCO (B1L3K8), DNLI1_METAC (Q8TSR7), DNLI1_METBF (Q46C04), 
DNLI1_METMA (Q8PVR7), DNLI1_MOUSE (P37913), DNLI1_RAT   (Q9JHY8), 
DNLI1_SCHPO (P12000), DNLI1_THEPD (A1RXA6), DNLI1_XENLA (P51892), 
DNLI1_YEAST (P04819), DNLI2_HALWD (Q18GX5), DNLI2_KORCO (B1L3V2), 
DNLI2_METAC (Q8TMT1), DNLI2_METBF (Q46BA3), DNLI2_METMA (Q8PTK1), 
DNLI2_THEPD (A1RY72), DNLI3_DICDI (Q54QM4), DNLI3_HUMAN (P49916), 
DNLI3_MOUSE (P97386), DNLI3_SCHPO (Q9C1W9), DNLI4_ARATH (Q9LL84), 
DNLI4_ASPFU (Q4WVG8), DNLI4_ASPOR (Q2U6A1), DNLI4_CANAL (P52496), 
DNLI4_CANGA (Q6FVD8), DNLI4_CHICK (Q90YB1), DNLI4_COCIM (Q1DKE7), 
DNLI4_COPC7 (A8N936), DNLI4_COPCI (Q7Z7W5), DNLI4_CRIGR (G3GTP0), 
DNLI4_CRYNB (P0CN09), DNLI4_CRYNJ (P0CN08), DNLI4_DICDI (Q54CR9), 
DNLI4_EMENI (Q5BH83), DNLI4_EREGS (Q75CA4), DNLI4_HUMAN (P49917), 
DNLI4_KLULA (Q6CSH0), DNLI4_MOUSE (Q8BTF7), DNLI4_NEUCR (Q7SB49), 
DNLI4_ORYSJ (Q7X7E9), DNLI4_PHANO (Q0UCI9), DNLI4_PONAB (Q5R6L3), 
DNLI4_SCHPO (O74833), DNLI4_YARLI (Q6C8A3), DNLI4_YEAST (Q08387), 
DNLI_ACIAM  (Q02093), DNLI_AERPE  (Q9YD18), DNLI_ANAD2  (B8JBM1), 
DNLI_ANADE  (Q2IH69), DNLI_ANADF  (A7HID3), DNLI_ANASK  (B4UIS1), 
DNLI_AQUAE  (O67398), DNLI_ARCFU  (O29632), DNLI_ASFB7  (P35970), 
DNLI_ASFK5  (P0C992), DNLI_ASFM2  (P26813), DNLI_ASFP4  (P0C990), 
DNLI_ASFWA  (P0C991), DNLI_BEUC1  (C5BW79), DNLI_BPT3   (P07717), 
DNLI_BPT7   (P00969), DNLI_CALMQ  (A8MDU6), DNLI_CENSY  (A0RWD6), 
DNLI_DICT6  (B5YD88), DNLI_DICTD  (B8DZX8), DNLI_FOWPN  (Q67480), 
DNLI_HAEIN  (P44121), DNLI_HALLT  (B9LUZ9), DNLI_HALMA  (Q5V4R0), 
DNLI_HALS3  (B0R4C9), DNLI_HALSA  (Q9HR35), DNLI_HALVD  (D4GYZ4), 
DNLI_HYPBU  (A2BJX6), DNLI_IGNH4  (A8AB20), DNLI_KINRD  (A6WG40), 
DNLI_KORVE  (Q1II25), DNLI_META3  (A6UVC4), DNLI_METAR  (Q0W0X1), 
DNLI_METB6  (A7IAA9), DNLI_METBU  (Q12X08), DNLI_METHJ  (Q2FTH4), 
DNLI_METJA  (Q57635), DNLI_METKA  (Q8TWN3), DNLI_METLZ  (A2SR38), 
DNLI_METM5  (A4FY19), DNLI_METM6  (A9AAX4), DNLI_METM7  (A6VFQ9), 
DNLI_METMJ  (A3CWP1), DNLI_METMP  (Q6LYM1), DNLI_METPE  (B8GGB8), 
DNLI_METS3  (A5UKX2), DNLI_METS5  (A4YD25), DNLI_METST  (Q2NHF9), 
DNLI_METTF  (P54875), DNLI_METTH  (Q50566), DNLI_METTP  (A0B7F9), 
DNLI_METVS  (A6UNY0), DNLI_MONPV  (A0A7H0DNE6), DNLI_MYCA1  (A0QJL0), 
DNLI_MYCBO  (Q7TTR7), DNLI_MYCBP  (A1KN60), DNLI_MYCBT  (C1AGI1), 
DNLI_MYCGI  (A4TDS2), DNLI_MYCMM  (B2HHE1), DNLI_MYCPA  (Q73V97), 
DNLI_MYCS2  (A0QUP1), DNLI_MYCSJ  (A3PXE2), DNLI_MYCSK  (A1UDY9), 
DNLI_MYCSS  (Q1BB26), DNLI_MYCTA  (A5U776), DNLI_MYCTO  (P9WNV4), 
DNLI_MYCTU  (P9WNV5), DNLI_MYCUA  (A0PTC0), DNLI_MYCVP  (A1T6P2), 
DNLI_NANEQ  (Q74M64), DNLI_NATPD  (Q3IPX0), DNLI_NITMS  (A9A3K1), 
DNLI_NOCFA  (Q5YNY7), DNLI_NOCSJ  (A1SKL2), DNLI_NPVLD  (Q9YMV2), 
DNLI_OPITP  (B1ZZL9), DNLI_PERMH  (C0QSL7), DNLI_PICTO  (Q6L195), 
DNLI_PSECP  (B8HCE1), DNLI_PYRAB  (P0CL75), DNLI_PYRAE  (O93723), 
DNLI_PYRAR  (A4WH24), DNLI_PYRAY  (P0CL74), DNLI_PYRCJ  (A3MS62), 
DNLI_PYRFU  (P56709), DNLI_PYRHO  (O59288), DNLI_PYRIL  (A1RTK4), 
DNLI_PYRNV  (B1YA52), DNLI_RHOJR  (Q0SG75), DNLI_RHOOB  (C1AX87), 
DNLI_SACEN  (A4F870), DNLI_SACS2  (Q980T8), DNLI_SACSH  (Q9P9K9), 
DNLI_SORC5  (A9GU24), DNLI_STAMF  (A3DP49), DNLI_STRAW  (Q826P6), 
DNLI_STRCO  (Q9FCB1), DNLI_STRGG  (B1W5J2), DNLI_SULAC  (Q4JAM1), 
DNLI_SULIA  (C3MZR1), DNLI_SULIK  (C4KIZ2), DNLI_SULIL  (C3MJ14), 
DNLI_SULIM  (C3MYD2), DNLI_SULIN  (C3NF77), DNLI_SULIY  (C3N834), 
DNLI_SULTO  (Q976G4), DNLI_SULZI  (D2CJS7), DNLI_THEAC  (Q9HJ26), 
DNLI_THEFM  (Q9HH07), DNLI_THEKO  (Q9HHC4), DNLI_THEON  (B6YTR4), 
DNLI_THEVO  (Q979A1), DNLI_VACCA  (O57250), DNLI_VACCC  (P20492), 
DNLI_VACCW  (P16272), DNLI_VAR67  (P0DOO3), DNLI_VARV   (P0DOO4), 
LIG6_ARATH  (F4HPZ9), LIGB_BACSU  (O31917), LIGC2_MYCS2 (A0R5T3), 
LIGC_MYCTU  (L0TDE1), LIGD_BACSU  (O34398), LIGD_MYCBO  (P59971), 
LIGD_MYCS2  (A0R3R7), LIGD_MYCTO  (P9WNV2), LIGD_MYCTU  (P9WNV3), 
LIGD_PSEAE  (Q9I1X7)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

UniProtKB/Swiss-Prot
False positive sequences

1 sequence

KDGR_BACSU  (P50844)

PDB
[Detailed view]

54 PDB

1A0I; 1VS0; 1X9N; 2CFM; 2HIV; 2HIX; 3GDE; 3L2P; 3VNN; 3W1B; 3W1G; 3W5O;
» more