PROSITE entry PS50145

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

PURL [info]	https://purl.expasy.org/prosite/signature/PS50145
Entry name [info]	ZF_TRAF
Accession [info]	PS50145
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-JAN-2002 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC50145
Associated ProRule [info]	PRU00207

Name and characterization of the entry

Description [info]

Zinc finger TRAF-type profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=58;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=53;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=0.2380000; R2=0.0103698; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=4021.1279297; R2=4.4351535; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=797; H_SCORE=7556; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=604; H_SCORE=6700; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=0; E1=0; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='S';  M=  6, -9,-15,-11,-11,-17, -2,-18,-10, -6,-16,-10, -5,-16,-11,-10, 12,  8,  2,-29,-17,-11;
/M: SY='H';  M=-20,  0,-30,  0,  0,-20,-20,100,-30,-10,-20,  0, 10,-20, 10,  0,-10,-20,-30,-30, 20,  0;
/M: SY='Y';  M=-13,-10,-27, -7, 10, -7,-25,  9, -8, -7,  4,  0,-12,-18,  8, -6,-13,-11,-15,-13, 11,  7;
/M: SY='K';  M=-11,  9,-29, 10, 10,-21, -4, -1,-27, 11,-24,-16,  8,-14,  2,  2, -4,-10,-24,-19, -4,  5;
/I:         I=-8; MI=0; MD=-15; IM=0; DM=-15;
/M: SY='T';  M= -7,  1,-19,  3,  0,-19,-21,-11, -6, -6, -9, -3, -5,-15,  0, -9,  1,  8,  1,-30,-12,  0;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='P';  M= -8,-14,-35, -7,  1,-29,-17, -8,-21, -9,-29,-17,-12, 61, -2,-15, -3, -7,-27,-31,-24, -4;
/M: SY='R';  M=-14,-15, -8,-20,-10,  6,-24,-10,-14,  2, -9,  1,-10,-22, -3,  7,-13,-10,-11,-15,  0, -6;
/M: SY='F';  M= -9, -9,-21,-10,  2,  4,-23,-13, -1,-12,  2, -3, -7,-20,-12,-11, -9, -6,  1,-23, -6, -4;
/M: SY='P';  M= -4,-15,-26, -9,  1,-21,-20,-18, -9,-10,-18,-12,-15, 31, -9,-16, -1, -3, -6,-31,-22, -6;
/M: SY='V';  M= -5,-30,-17,-32,-27,  3,-32,-27, 31,-25, 25, 15,-28,-28,-25,-22,-18, -5, 33,-25, -5,-27;
/M: SY='P';  M= -4, -6,-25, -3, -4,-13,-16,-13,-17,-10,-20,-16, -7, 22,-10,-15,  3,  5,-16,-24,-10, -9;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='P';  M= -9, -2,-29,  7,  9,-25,-17,-13,-19, -7,-20,-17, -8, 29, -5,-14, -2, -6,-19,-32,-22,  0;
/I:         I=-6; MI=-29; MD=-20; IM=-29;
/M: SY='N';  M=-11, 16,-20,  7,  2,-19, -8, 18,-19,  4,-21,-10, 27,-15, 10, 11,  2, -5,-23,-26, -9,  5; D=-6;
/I:         I=-8; MI=0; IM=0; DM=-20;
/M: SY='K';  M=-10,  3,-30,  6,  3,-32,  8, -7,-33, 13,-27,-14,  3,-14,  7, 12, -4,-13,-26,-23,-17,  4;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='G';  M=  0, -7,-26, -6, -8,-28, 28,-16,-31, -6,-30,-19,  0, -1, -9,-10,  7, -7,-24,-26,-25, -9;
/M: SY='V';  M=  7,-14,-17,-15, -5,-14,-20,-18,  1,  0, -5,  1,-15,-17, -9, -7, -5, -4, 12,-25,-13, -7;
/I:         I=-8; MI=-5; MD=-15; IM=-5; DM=-15;
/M: SY='K';  M= -9, -1,-25, -4,  3,-23,-20,-11,-25, 31,-23,-10,  0,-11,  5, 25, -2,  6,-15,-23,-10,  3;
/M: SY='I';  M= -7,-29,-20,-33,-26,  3,-31,-23, 32,-24, 25, 23,-26,-26,-20,-21,-20, -7, 28,-23, -3,-24;
/M: SY='M';  M=  2,-15,-22,-15, -3,-12,-17,-13, -3,-13,  3,  4,-15,  2, -6,-15, -6, -4, -6,-26,-13, -5;
/M: SY='R';  M=-20,-10,-30,-10,  0,-20,-20,  0,-30, 30,-20,-10,  0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10,  0;
/M: SY='E';  M= -9,  0,-28,  4, 21,-27,-11, -5,-30, 20,-25,-15,  1,-10, 10, 20,  0, -7,-23,-26,-16, 14;
/M: SY='D';  M=-11, 18,-24, 27, 13,-25,-15, -7,-24, -1,-15,-17,  5,-12,  0, -7,  1, -1,-18,-33,-15,  6;
/M: SY='L';  M=-12,-30,-21,-33,-23, 21,-31,-21, 20,-30, 39, 16,-27,-29,-24,-21,-27,-10, 11,-15,  5,-23;
/M: SY='P';  M=  0,-12,-27,-12, -2,-24,-17,-12,-12, -3,-18, -9, -8, 16,  5, -1,  0, -5,-14,-25,-17, -1;
/M: SY='D';  M=  2, 19,-23, 24,  7,-32, -3, -7,-27, -3,-22,-18,  6,-11,  4,-10,  4, -4,-20,-30,-19,  6;
/M: SY='H';  M=-20,  0,-30,  0,  0,-20,-20,100,-30,-10,-20,  0, 10,-20, 10,  0,-10,-20,-30,-30, 20,  0;
/M: SY='L';  M=  2,-27,-16,-30,-23,  1,-27,-24, 22,-24, 24, 12,-26,-26,-22,-21,-16, -5, 24,-23, -6,-23;
/M: SY='E';  M= -7,  2,-25,  3, 20,-26,-18, -5,-24, 16,-22,-13,  1, -8, 15, 12,  5,  3,-20,-27,-14, 17;
/I:         I=-6; MI=-32; MD=-32; IM=-32;
/M: SY='D';  M= -7, 12,-17, 13,  4,-18, -7, 12,-20,  4,-20,-11, 13,-10,  3,  1,  4, -3,-16,-24, -7,  3; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='D';  M=  5, 13,-21, 18, 18,-27,-10, -8,-25, -2,-21,-19,  4, -7,  2,-10, 10,  2,-17,-32,-19, 10;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='P';  M= -7,-10,-10,-10, -8,-23,-11,-16,-19, -2,-23,-14, -6, 10,-10, -5, -3, -6,-14,-31,-22,-10;
/M: SY='K';  M=-10,  7,-25,  0,  0,-16,-17, -2,-20, 20,-23,-11, 12,-15,  2, 11, -2,  1,-18,-19,  1,  0;
/M: SY='R';  M=  3,-11,  5,-16, -9,-19,-16,-13,-22,  4,-16,-12, -6,-20, -5, 18, -1,  0,-10,-27,-16, -9;
/M: SY='R';  M=-12, -9,-27, -8,  6,-14,-21, -7,-19,  5,-12, -8, -6, -2,  6, 16, -5, -1,-17,-22,-10,  4;
/M: SY='V';  M=  4,-19,-17,-22,-15,-10,-22,-19, 12,-15,  4,  4,-16,-20, -7,-15, -3, -2, 16,-26,-10,-12;
/M: SY='P';  M= -7,-14,-26,-13, -6,-15,-22,-19, -9, -7, -6, -7,-14, 21,-10,-11, -7,  6,-11,-26,-15,-10;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='S';  M= -1, -4,-23, -3,  8,-23,-13,-10,-23,  7,-24,-16, -1,  4,  3,  8,  9,  3,-17,-29,-18,  4;
/M: SY='F';  M=-20,-23,-24,-29,-23, 52,-29,  8, -4,-22,  3,  0,-16,-29,-25,-14,-19,-11, -7, 10, 42,-23;
/I:         I=-5; MI=-25; MD=-25; IM=-25;
/M: SY='H';  M= -9, -4,-16, -5, -1, -2,-13, 13,-14,  8,-11, -3, -1,-10,  0,  6, -7, -7,-11,-10,  4, -1; D=-5;
/I:         I=-5; MI=-25; MD=-25; IM=-25; DM=-25;
/M: SY='E';  M= -1,  4,-14,  5, 11,-14, -9, -4,-14,  4,-10, -9,  1, -5,  3,  5,  1,  0,-11,-16, -9,  7; D=-5;
/I:         I=-5; MI=-25; MD=-25; IM=-25; DM=-25;
/M: SY='Y';  M= -3, -8,-12, -9, -5, -4,-12, -3,  2, -6, -4,  0, -5,-11,  2, -6,  1,  0,  1, -9,  5, -3; D=-5;
/I:         I=-5; MI=-25; MD=-25; IM=-25; DM=-25;
/M: SY='G';  M=  0, -6,-17, -6,-11,-17, 40,-11,-23,-11,-17,-11,  0,-11,-11,-11,  0,-11,-17,-11,-17,-11; D=-5;
/I:         I=-5; MI=-25; IM=-25; DM=-25;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='K';  M= -4, -8,-22, -9, -6,-19, -8,-16,-16, 10,-15, -7, -6,-16, -6,  3, -2,  1, -6,-24,-13, -6;
/M: SY='H';  M= -9, -8, -3, -9,  1, -9,-21,  2,-18, -4,-16, -9, -6,-19, -6, -6, -2, -6,-10,-28, -7, -3;
/M: SY='E';  M=-12,  6,-27, 10, 22,-28,-19,  1,-22,  8,-17, -7,  1,-10, 22, 10, -1, -5,-22,-26,-13, 21;
/M: SY='F';  M= -8,-25,  3,-30,-28, 16,-16,-22,  3,-23,  2,  5,-21,-29,-28,-20,-13, -8, 12,-19, -3,-26;
/M: SY='P';  M= -5, -9,-25, -5,  6,-22,-19,-15,-14, -1,-20,-13, -9, 18, -4, -8,  2,  3,-10,-30,-19,  0;
/M: SY='R';  M=-10, -5,-25,-11,-11, -9,  1, -7,-18,  1,-15, -2,  2,-19, -6,  4, -6, -6,-15,-17, -5, -9;
/M: SY='E';  M= -9,  2,-26,  6, 17,-21,-21, -7,-10, -6, -6, -7, -3,-11,  8, -9, -3, -6,-13,-29,-13, 12;
/M: SY='A';  M= 13,  1,-19, -4,  6,-24,-11,-10,-18,  6,-18,-11,  2,-10,  6, -2,  6,  3,-13,-24,-16,  6;
/M: SY='L';  M=-11,-24,-25,-29,-19,  4,-30,-12, 22,-21, 24, 21,-22,-24, -8,-17,-22,-10,  9,-13, 10,-16;
/M: SY='Q';  M= -5,  0,-28,  0, 19,-35,-12,  2,-23, 11,-21, -6, -1, -9, 37,  7,  0,-10,-26,-21,-14, 28;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2025_02 which contains 573'230 sequence entries.

Total number of hits	86 in 59 different sequences
Number of true positive hits	86 in 59 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	9
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	90.53 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info]	3
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	K_Hofmann
Feature key [info]	ZN_FING
Feature description [info]	TRAF-type
Version [info]	5

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

59 sequences

CYHR1_DROME (Q9VZV5), DG17_DICDI  (P11467), FBX30_HUMAN (Q8TB52),

FBX30_MOUSE (Q8BJL1), FBX30_RAT   (Q5XI67), FBX40_HUMAN (Q9UH90), 
FBX40_MOUSE (P62932), PZRN3_HUMAN (Q9UPQ7), PZRN3_MOUSE (Q69ZS0), 
PZRN3_RAT   (P68907), RN151_BOVIN (Q2TBT8), RN151_HUMAN (Q2KHN1), 
RN151_MOUSE (Q9CQ29), TRAD1_MOUSE (Q3UDK1), TRAD1_RAT   (Q99MM4), 
TRAF2_HUMAN (Q12933), TRAF2_MOUSE (P39429), TRAF3_HUMAN (Q13114), 
TRAF3_MOUSE (Q60803), TRAF4_HUMAN (Q9BUZ4), TRAF4_MOUSE (Q61382), 
TRAF5_HUMAN (O00463), TRAF5_MOUSE (P70191), TRAF6_BOVIN (Q3ZCC3), 
TRAF6_CERAT (B6CJY4), TRAF6_DANRE (Q6IWL4), TRAF6_HUMAN (Q9Y4K3), 
TRAF6_MACMU (B6CJY5), TRAF6_MOUSE (P70196), TRAF6_PIG   (A7XUJ6), 
TRAF6_RAT   (B5DF45), TRAF6_XENTR (Q28DL4), TRAF7_HUMAN (Q6Q0C0), 
TRAF7_MOUSE (Q922B6), TRF6A_XENLA (Q3MV19), TRF6B_XENLA (Q6DJN2), 
XAF1_HUMAN  (Q6GPH4), Y0883_DICDI (Q54FG0), Y0931_DICDI (Q54FD5), 
Y0965_DICDI (Q54FC5), Y0971_DICDI (Q54FB9), Y2098_DICDI (Q55A66), 
Y2340_DICDI (Q86AY4), Y2348_DICDI (Q86KX6), Y2829_DICDI (Q86L54), 
Y3202_DICDI (Q54C11), Y3435_DICDI (Q557K2), Y3509_DICDI (Q557K0), 
Y7243_DICDI (Q86K46), Y7744_DICDI (Q55GA8), Y7754_DICDI (Q55GA0), 
Y7813_DICDI (Q54YP8), Y8444_DICDI (Q1ZXR0), Y8514_DICDI (Q54NN4), 
ZFT1A_XENLA (Q6GNX1), ZFT1B_XENLA (Q2TAD9), ZTRF1_HUMAN (P0DTL6), 
ZTRF1_MOUSE (P0DW87), ZTRF1_RAT   (P0DW89)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences

9 sequences

PZR3B_DANRE (E7FDW2), TRAD1_BOVIN (Q58D05), TRAD1_HUMAN (O14545),

TRAD1_MACFA (Q4R970), XAF1_BOVIN  (Q58DH1), XAF1_MOUSE  (Q5NBU8), 
Y9745_DICDI (Q54WD3), ZTRF1_BOVIN (P0DW91), ZTRF1_DANRE (Q08CH8)

» more

PDB
[Detailed view]

8 PDB

2D9K; 2EOD; 2YRE; 2YUC; 3HCS; 5VO0; 7L3L; 8HZ2