PROSITE entry PS50137

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

PURL [info]	https://purl.expasy.org/prosite/signature/PS50137
Entry name [info]	DS_RBD
Accession [info]	PS50137
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-DEC-2001 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC50137
Associated ProRule [info]	PRU00266

Name and characterization of the entry

Description [info]

Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=69;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=64;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.5994000; R2=0.0242763; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2441.8774414; R2=4.2387094; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=285; H_SCORE=3650; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=202; H_SCORE=3298; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-60; E1=-60; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='N';  M= -9, 24,-22, 20,  4,-20, -9,  7,-24, -2,-24,-18, 27,-15,  0, -3,  7,  2,-23,-34,-13,  2;
/M: SY='P';  M= -2,-19,-26,-17,-10,-14,-17,-14,-11,-12,-17,-11,-18, 31,-12,-18, -8, -8,-15,-15, -7,-14;
/M: SY='V';  M= -7,-17,-20,-20,-13,-12,-27,-20,  7,  3, -2,  6,-15,-16,-10, -4,-13, -5, 10,-24, -8,-13;
/M: SY='S';  M= -4,  1,-19,  1,  2,-23, -4,-10,-21,  0,-20,-12,  3,-14,  0,  0,  6,  1,-15,-29,-17,  0;
/M:         M= -1,-13,-22,-14, -3,-10,-15,-13, -9, -1, -4, -2,-11,-14, -3,  0, -7, -6, -6,-20,-10, -3;
/M: SY='L';  M= -9,-30,-19,-30,-22,  8,-30,-21, 23,-28, 42, 21,-29,-29,-20,-20,-27, -9, 16,-21, -1,-21;
/M: SY='N';  M= -8,  6,-23, -2, -1,-14,-15,  9,-10, -4,-10, -1, 13,-19,  8, -3, -3, -6,-17,-23, -2,  2;
/M: SY='E';  M= -2,  5,-26,  9, 28,-26,-16, -4,-23,  7,-18,-13, -1, -7, 14,  0,  2, -6,-21,-26,-14, 20;
/M: SY='F';  M=-13,-26,-16,-30,-23, 23,-28,-14,  4,-22, 13,  3,-23,-29,-21,-18,-21,-10,  0,  8, 22,-22;
/M: SY='A';  M=  6,-13, -2,-19,-12,-10,-12,-16, -8,-11, -5, -2, -9,-19,-11,-12, -3, -4, -4,-25,-13,-11;
/I:         MD=-25;
/M: SY='Q';  M= -8, -1,-25, -1, 13,-27,-12,  2,-21,  8,-17, -6,  1,-11, 26, 11, -1, -5,-22,-21,-11, 18; D=-4;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-15; IM=0; DM=-15;
/M: SY='K';  M= -9, -5,-25, -7,  2,-16,-15, -4,-16, 14,-15, -3, -2,-15,  4, 12, -5, -6,-13,-20, -5,  2; D=-4;
/I:         DM=-15;
/M: SY='R';  M= -8, -6,-25, -8, -1,-15,-16,  1,-13,  2, -8, -4, -3,-17,  1,  5, -7, -5,-12,-22, -4, -1;
/M: SY='R';  M= -7, -4,-27, -4, -3,-19, -3, -9,-21,  4,-14,-10, -2,-18, -1,  6, -7,-10,-18,-14,-10, -3;
/M: SY='M';  M=-11,-17,-24,-20,-11, -1,-21,-14, -1, -9, -3,  1,-12, -7, -8, -5,-13, -9, -4,-19, -6,-11;
/M: SY='T';  M= -4, -2,-23, -4,  0,-19,-11, -4,-15, -5,-12, -8,  0,-11,  0, -4,  1,  2,-13,-27,-12, -1;
/M: SY='P';  M= -7,-21,-14,-20,-15,-13,-22,-19, -1,-17, -2, -2,-21, 10,-17,-19,-14, -8, -1,-24,-15,-18;
/M: SY='E';  M= -8,  6,-22,  4,  9,-19,-17, -1,-15,  0,-16,-10,  8,-12,  5, -2,  4,  4,-14,-29,-12,  6;
/M: SY='Y';  M=-19,-23,-27,-25,-21, 42,-29,  5, -1,-16,  3, -1,-20,-29,-19,-13,-19,-10, -8, 23, 58,-21;
/M: SY='E';  M=-11,  1,-27,  4, 13,-22,-15, -7,-22, 13,-15,-11, -1,-13,  4, 11, -5, -6,-17,-24,-11,  8;
/M: SY='L';  M=-10,-15,-22,-15,-11, -2,-27,-16,  8,-17, 13,  5,-17,-22,-12,-16,-14, -3,  6,-18, -1,-12;
/M: SY='V';  M= -6,-15,-12,-18,-13, -8,-26,-19,  7,-12,  3,  1,-13,-21,-13,-11, -7,  0, 10,-26, -7,-14;
/I:         MD=-21;
/M: SY='E';  M= -2,  0,-24,  3, 10,-24,-15, -6,-17,  1,-18,-12, -1,  0,  6, -4,  3, -3,-15,-28,-15,  7; D=-4;
/I:         MD=-21;
/M: SY='E';  M= -6,  4,-20,  6, 15,-20,-12, -3,-16,  6,-13, -9,  1, -7, 10,  2, -1, -3,-15,-20,-11, 12; D=-4;
/I:         I=-2; MI=0; MD=-21; IM=0; DM=-21;
/M: SY='T';  M= -2, -6,-15, -6,  0,-14,-11,-11, -9, -6,-11, -8, -3, -1, -3, -6,  7,  8, -5,-24,-13, -2; D=-4;
/I:         DM=-21;
/M: SY='G';  M=  0, -3,-22, -5,-11,-22, 38,-13,-28,-13,-23,-16,  5,-15,-12,-12,  4, -8,-21,-21,-22,-12; D=-4;
/I:         DM=-21;
/M: SY='P';  M= -5, -8,-26, -5,  1,-21,-11,-12,-14, -7,-16,-11, -7, 24, -4,-11, -3, -4,-16,-26,-19, -3; D=-4;
/I:         DM=-21;
/M: SY='A';  M=  5, -3,-22, -1,  1,-23, -4,-12,-17, -6,-20,-14, -3,  1, -5,-12,  5, -3,-11,-29,-20, -3;
/M: SY='H';  M=-13,  2,-27, -1, -4,-20, -3, 41,-25, -6,-18, -5, 10,-19,  2, -1, -5,-13,-25,-28,  0, -3;
/M: SY='E';  M= -3,  0,-18,  1,  3,-24,-13, -6,-22,  1,-19,-12,  0, -3,  3,  2,  2, -1,-18,-29,-16,  1;
/M: SY='P';  M=-11, -7,-26, -6,  5,-24,-20, -2,-18,  6,-20, -8, -5, 10,  8,  5, -7, -9,-19,-25,-13,  4;
/M: SY='R';  M= -9, -6,-25, -6,  2,-19,-11, -6,-17,  6,-16, -8, -1,-13,  3, 12, -1, -3,-13,-24,-11,  1;
/M: SY='F';  M=-18,-27,-14,-35,-27, 59,-29,-16, -2,-27,  5, -2,-19,-29,-33,-19,-17, -8, -1,  8, 26,-27;
/M: SY='T';  M= -5,-15,-19,-20,-13, -6,-26,-16,  8,-12,  7,  6,-14,-19,-10,-12, -5,  9,  9,-24, -4,-13;
/M: SY='V';  M= -1,-21,  7,-28,-22,  5,-24,-18,  4,-19,  1,  5,-19,-25,-20,-19,-10, -4,  9,-20, -1,-21;
/M: SY='E';  M= -5, -3,-10, -4, 10,-21,-20, -4,-18,  1,-17,-10, -2,-13,  7, -1,  2,  0,-15,-27,-10,  8;
/M: SY='V';  M= -3,-26, 13,-29,-25, -4,-28,-25, 12,-22, 11,  7,-25,-30,-24,-20,-14, -5, 21,-30,-12,-25;
/M: SY='R';  M= -7, -9,-23,-11, -3, -8,-22,-13, -6, -1, -8, -4, -8,-16, -5,  1, -4, -1, -3,-19, -6, -4;
/M: SY='V';  M= -4,-24,-18,-29,-25,  1,-27,-25, 25,-22, 14, 12,-21,-24,-22,-21,-11, -1, 27,-25, -6,-24;
/M: SY='G';  M= -8, 10,-24, 12,  2,-26, 13, -7,-30, -6,-27,-20, 10, -9, -4,-10,  2, -9,-26,-28,-18, -2;
/M: SY='G';  M= -4, -2,-26,  0, -2,-27, 14,-12,-24, -8,-22,-14,  0, -7, -3,-11,  2, -8,-19,-26,-21, -3;
/M: SY='Q';  M= -5, -9,-24,-12, -2,-12,-21, -8, -7,  0, -9, -4, -5,-13,  2,  2, -4, -2, -7,-21, -6, -2;
/M: SY='T';  M= -4, -4,-22, -6,  5,-16,-17,-13,-12, -2,-14, -9, -4, -6, -1, -6,  2,  6, -9,-23,-13,  1;
/I:         MD=-17;
/M: SY='Y';  M=-12,-17,-19,-18,-15, 22,-23, -4,  2,-13,  5,  1,-15,-19,-16,-11,-14, -7,  0,  0, 23,-16; D=-3;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-17; IM=0; DM=-17;
/M: SY='G';  M=  5, -7, -6, -9, -8,-18,  6,-16,-19,-11,-18,-14, -6, -1,-11,-14,  3, -3,-13,-23,-19,-10; D=-3;
/I:         DM=-17;
/M: SY='E';  M= -5, -6,-22, -7,  4,-16,-19, -3,-13,  1,-13, -6, -5,-11,  0,  3,  1,  3, -7,-26,-10,  1;
/M: SY='G';  M=  9,-10,-24,-12,-14,-24, 41,-19,-28,-16,-22,-16, -4,-17,-17,-19,  2,-12,-18,-21,-25,-15;
/M: SY='S';  M= -3, -1,-14, -4, -2,-15,-16, -8,-11, -6,-15, -9,  1,-16, -4, -8,  5,  4, -7,-26,-10, -3;
/M: SY='G';  M=  7, -8,-25, -9,-15,-27, 49,-18,-33,-16,-27,-19,  1,-18,-15,-16,  6,-12,-24,-23,-27,-15;
/M: SY='T';  M= -3, -6,-18, -8, -5,-16,-13,-10,-17, -2,-20,-12,  0, -1, -4,  1,  8,  9,-12,-28,-13, -6;
/M: SY='S';  M=  1, 12,-15,  4, -2,-19, -2, -5,-19, -5,-27,-18, 23,-13, -1, -5, 24, 15,-15,-37,-18, -2;
/M: SY='K';  M=-11, -4,-26, -5,  4,-24,-21, -8,-23, 34,-22, -7, -3,-13,  7, 24,-10, -9,-16,-20, -7,  5;
/M: SY='K';  M=-11, -1,-30,  0, 12,-30,-18, -7,-29, 39,-27,-10,  0,-11, 15, 29, -8,-10,-22,-21,-11, 13;
/M: SY='E';  M= -5,  3,-23,  7, 11,-21,-19, -8,-12, -2,-11,-10, -2,-13,  1, -6, -1, -3, -8,-29,-14,  5;
/M: SY='A';  M= 44, -9,-11,-18, -9,-20,  1,-19,-12,-10,-13,-11, -8, -9, -9,-19, 12,  1, -2,-22,-20, -9;
/M: SY='K';  M= -7,  0,-29,  0, 14,-29,-14, -4,-28, 29,-25,-11,  0,-10, 14, 21, -5,-10,-22,-22,-12, 14;
/M: SY='Q';  M= -2,  0,-24, -5,  2,-24,-12,  3,-15,  3,-16, -6,  6,-15, 16,  5,  1, -5,-17,-25,-11,  8;
/M: SY='N';  M= -4,  4,-22,  1, -1,-17,-15, -1,-13, -2,-10, -7,  6,-17, -1,  1, -2, -3,-12,-27, -9, -2;
/M: SY='A';  M= 41,-12,  4,-22,-13,-19, -5,-22,-10,-13,-10,-10,-12,-14,-13,-21,  7, -1,  1,-24,-21,-13;
/M: SY='A';  M= 48,-10, -7,-20,-11,-20, -1,-20,-11,-11,-10,-10,-10,-11,-11,-20,  9,  0,  0,-21,-20,-11;
/M: SY='K';  M= -7, -7,-24, -7,  5,-17,-20, -7,-12,  8, -9, -2, -8,-15,  3,  6, -7, -5, -8,-21, -9,  3;
/M: SY='B';  M= -7,  7,-24,  7,  6,-21,-15, -6,-18,  5,-14,-10,  5,-15,  3,  4, -2, -5,-16,-28,-13,  4;
/M: SY='A';  M= 24,-18,-15,-26,-17, -3,-13,-19,  4,-16,  3,  2,-16,-17,-15,-20, -3, -3,  7,-17, -8,-16;
/M: SY='L';  M= -9,-28,-13,-30,-23,  9,-30,-19, 17,-25, 30, 15,-28,-30,-21,-19,-24, -8, 15,-15,  4,-22;
/M: SY='Q';  M=-12,  5,-28,  7, 15,-28,-18, -1,-23, 14,-19, -9,  4,-12, 19, 16, -4, -7,-21,-25,-13, 16;
/M: SY='Q';  M= -7, -7,-26, -7,  1,-14,-23, -5, -6,  3, -8, -3, -8,-16,  4, -2, -9, -9, -7,-16,  3,  1;
/M: SY='L';  M=-10,-28,-21,-30,-20,  9,-29,-19, 18,-25, 38, 21,-27,-28,-18,-18,-26, -9, 10,-16,  1,-19;
/M:         M= -7, -7,-24, -7, -6, -8,-11, -7,-10, -6, -6, -4, -7,-19, -7, -7, -8, -9, -7,-20, -4, -7;
/M:         M= -8, -5,-22, -7, -3,-17,-12, -1,-14, -2,-10, -4, -3,-14, -1,  0, -5, -4,-13,-23, -7, -3;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2025_02 which contains 573'230 sequence entries.

Total number of hits	756 in 638 different sequences
Number of true positive hits	755 in 637 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	1
Number of false negative sequences	59
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	99.87 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	92.75 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Eukaryotes, Prokaryotes (Bacteria), Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info]	5
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	K_Hofmann
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	DRBM
Version [info]	5

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences	637 sequences 340R_IIV6 (Q91FI4), A464_PBCV1 (Q98514), ADAD1_HUMAN (Q96M93), » more Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits: [Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color] [Clustal format, plain text] [Fasta format] Retrieve the sequence logo from the alignment
UniProtKB/Swiss-Prot False negative sequences	59 sequences DCL1_ASPCL (A1CBC9), DCL1_ASPFU (Q4WVE3), DCL1_ASPNC (A2RAF3), » more
UniProtKB/Swiss-Prot False positive sequences	1 sequence DNPEP_BOVIN (Q2HJH1)
PDB [Detailed view]	220 PDB 1DI2; 1EKZ; 1O0W; 1QU6; 1RC7; 1STU; 1T4L; 1T4N; 1T4O; 1UHZ; 1UIL; 1WHN; » more