PROSITE logo

PROSITE entry PS50114


View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry

Entry name [info] GATA_ZN_FINGER_2
Accession [info] PS50114
Entry type [info] MATRIX
Date [info] 01-DEC-2001 CREATED;
10-MAY-2017 DATA UPDATE;
24-JAN-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info] PDOC00300
Associated ProRule [info] PRU00094

Name and characterization of the entry

Description [info] GATA-type zinc finger domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=54;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=49;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=0.6125000; R2=0.0131851; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=4579.0708008; R2=3.0117648; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=599; H_SCORE=6383; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=447; H_SCORE=5925; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-50; E1=-50; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='R';  M=-10,-10,-19,-10, -4,-12,-19, -2,-19,  6,-17, -9, -5, -7, -2,  9, -3, -4,-14,-24, -7, -4;
/M: SY='R';  M= -9, -2,-15, -6, -5,-19,-11,  0,-23,  5,-20,-12,  4,-18, -1, 18,  3,  4,-15,-29,-12, -5;
/M: SY='E';  M=  6, -1,-24,  1, 18,-25,-10,-10,-20, -2,-17,-13, -6,  5,  4,-10,  1, -4,-17,-27,-20, 10;
/M: SY='G';  M=  2, -5,-28, -3,-13,-28, 45,-18,-33,-17,-25,-19,  0,-14,-16,-19,  1,-15,-25,-23,-26,-15;
/M: SY='R';  M=-12,-14,-24,-18, -9,-11,-24,-10, -4,  1,  2,  5, -9,-19,  1, 18,-10,  0, -4,-22, -6, -6;
/M: SY='E';  M= -7, -1,-15,  2, 22,-24,-18, -6,-21,  5,-18,-12, -2,-11, 10,  5,  4, -2,-16,-30,-17, 15;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='T';  M=  4,-12,-12,-15,-12,-10,-17,-18,  0,-11, -9, -5, -9,-18, -9,-12, 11, 13, 12,-30,-12,-11;
/M: SY='N';  M=-10, 40,-20, 20,  0,-20,  0, 10,-20,  0,-30,-20, 60,-20,  0,  0, 10,  0,-30,-40,-20,  0;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='G';  M= -5, -6,-27, -9, -8,-19, 17,  5,-27,-10,-20,-10,  1,-18, -1, -7, -3,-12,-23,-20,-11, -5;
/M: SY='T';  M= 13, -6,-12,-13,-10,-14,-12,-20, -9, -7,-11, -9, -5,-12,-10,-11, 12, 24,  2,-27,-14,-10;
/M: SY='T';  M= -3, -6,-16,-13,-10, -9,-20,-12, -4,-10, -8, -3, -2,-14, -6, -8, 10, 25,  0,-28, -8, -9;
/M: SY='T';  M=  3,  3,-15, -4, -4,-17,-12, -4,-15, -4,-18,-11,  8,-12, -2, -6, 16, 21, -9,-31,-12, -4;
/M: SY='T';  M=  0,  0,-10,-10,-10,-10,-20,-20,-10,-10,-10,-10,  0,-10,-10,-10, 20, 50,  0,-30,-10,-10;
/M: SY='P';  M= -5,-13,-30, -9, -2,-25,-18,-19,-18,-10,-26,-18,-12, 57, -9,-17,  2,  6,-21,-31,-25, -9;
/M: SY='L';  M=-10,-29,-20,-29,-19,  8,-30,-20, 18,-26, 46, 19,-29,-29,-19,-18,-29,-10,  9,-20,  0,-19;
/M: SY='W';  M=-20,-40,-50,-40,-30, 10,-20,-30,-20,-20,-20,-20,-40,-30,-20,-20,-40,-30,-30,150, 30,-20;
/M: SY='R';  M=-20, -9,-30, -9,  0,-20,-20,  5,-30, 28,-20, -9,  1,-20, 10, 66,-10,-11,-21,-21, -8,  0;
/M: SY='R';  M=-19, -9,-30, -9,  1,-21,-20, -1,-30, 31,-21,-10,  0,-19, 10, 67,-10,-10,-20,-20,-10,  1;
/M: SY='D';  M= -9, 35,-24, 38,  8,-31,  0, -1,-31, -3,-29,-24, 27,-14, -2, -9,  7, -5,-26,-37,-21,  3;
/M: SY='P';  M=  2,-11,-29, -8, -1,-27, 11,-16,-24,-10,-23,-16, -8, 20, -9,-15, -2,-11,-23,-25,-26, -7;
/M: SY='D';  M= -6, 14,-21, 16, 13,-24,-13, -1,-24, -1,-21,-16,  7, -9,  3, -6, 10, 10,-18,-33,-14,  8;
/M: SY='G';  M= -1, -6,-29, -8,-19,-29, 65,-18,-39,-19,-30,-20,  4,-20,-19,-19,  1,-19,-30,-21,-29,-19;
/M: SY='H';  M= -9, 12,-24, 12,  9,-24,-13, 29,-24, -4,-21,-12, 15,-14,  8, -3,  4, -5,-24,-33, -6,  7;
/M: SY='P';  M=-12,-17,-30,-15,-11, -3,-24, -6, -7,-11, -9, -6,-16, 20,-11,-15,-11, -2,-13,-10, 12,-14;
/M: SY='L';  M= -7,-30,-19,-31,-24,  6,-31,-24, 27,-27, 35, 17,-29,-29,-23,-21,-23, -7, 23,-23, -3,-24;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='N';  M=-10, 38,-20, 19,  0,-20, -1, 10,-20,  1,-30,-20, 58,-20,  0,  2,  9,  0,-30,-39,-20,  0;
/M: SY='A';  M= 48,-10,-11,-20,-10,-20, -1,-19,-11, -9,-10,-10,-10,-10, -9,-17,  9,  0, -1,-20,-20,-10;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-20,-30,-20, 12,-30,-20, 19,-30, 49, 19,-30,-30,-21,-20,-30,-10, 10,-19,  1,-20;
/M: SY='Y';  M=-20,-22,-28,-24,-22, 40,-30, 12,  0,-14,  2,  0,-20,-30,-16,-12,-20,-10, -8, 26, 70,-22;
/M: SY='H';  M=-15,-13,-25,-17,-11,  6,-24, 20, -3,-14,  2,  7, -7,-23, -2, -9,-14,-10, -9,-12, 18, -8;
/M: SY='K';  M=-10,  0,-30,  0, 10,-30,-20,-10,-30, 49,-30,-10,  0,-10, 10, 31,-10,-10,-20,-20,-10, 10;
/M: SY='L';  M= -9,-23,-21,-27,-18,  2,-25, -5, 16,-21, 29, 28,-21,-24,-11,-16,-20, -9,  7,-22,  0,-15;
/M: SY='H';  M=-17, 12,-27,  6,  0,-20,-14, 61,-27, -2,-23, -7, 25,-20,  7,  6, -4,-13,-29,-32,  4,  0;
/M: SY='G';  M= -3, -4,-28, -5,-11,-28, 41, -7,-34, -9,-29,-17,  6,-18, -9,-10,  3,-14,-27,-24,-22,-10;
/M: SY='V';  M= -6,-16,-19,-19,-13,-10,-26, -6,  9,-11,  1,  8,-14,-20, -5,-11, -7,  0, 14,-26, -5,-10;
/M: SY='N';  M= -3,  8,-23,  1, -3,-19,-10,  9,-15, -6,-21,-11, 17,  0, -3, -8,  2, -2,-18,-33,-14, -5;
/M: SY='R';  M=-20,-10,-30,-10,  0,-20,-20,  0,-30, 30,-20,-10,  0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10,  0;
/M: SY='P';  M= -9,-19,-38, -9,  0,-29,-19,-19,-20,-10,-30,-20,-18, 83, -9,-19, -7, -8,-29,-31,-29, -9;
/M: SY='L';  M= -4,-28,-19,-30,-21,  5,-29,-22, 21,-27, 36, 16,-26,-27,-20,-21,-22, -6, 16,-22, -3,-21;
/I:         I=-6; MI=-32; MD=-32; IM=-32;
/M: SY='T';  M=  4, -9,-17,-14,-10,-13,-14,-18, -2,-10,-12, -6, -3,-13, -8,-12, 13, 14,  2,-29,-12,-10;
/I:         DM=-32;
/M: SY='M';  M=-10,-12,-22,-17, -9, -9,-20, -5,  1,  2,  8, 22,-10,-19,  2,  3,-16, -9, -3,-21, -5, -4; D=-6;
/M: SY='K';  M=-12, -8,-33, -5,  5,-28,-20,-12,-27, 26,-28,-13, -7, 23,  3, 19,-10,-10,-23,-23,-17,  2;
/M: SY='K';  M= -8, -3,-25, -5,  4,-23,-20,-10,-21, 25,-19, -7, -2,-12,  9, 17, -2,  3,-15,-23,-10,  6;
/M: SY='D';  M=-10, 17,-27, 25, 17,-31,-13, -4,-32, 14,-26,-20,  8,-10,  6, 11,  1, -6,-23,-31,-17, 11;
/I:         I=-10; MI=0; IM=0; DM=-25; MD=-25;
/M: SY='V';  M=  0,-19,-18,-22,-19, -8, -8,-20,  6,-20,  6,  4,-16,-22,-16,-18, -5, -2, 10,-25,-11,-18;
/M: SY='I';  M= -6,-18,-26,-22,-17, -8,-28,-22, 23,-21,  6,  7,-12,-14,-12,-20, -9, -5, 13,-25, -7,-18;
/M: SY='Q';  M=  4, -3,-23, -5,  5,-28,-14, -7,-17, 14,-20, -7, -1,-12, 18,  6,  2, -4,-14,-23,-13, 11;
/M: SY='T';  M=  5, -2,-16, -6, -2,-20,-12,-13,-19,  7,-21,-13,  2,-11, -1,  6, 15, 16, -9,-29,-14, -2;
/M: SY='R';  M=-20,-10,-30,-10,  0,-20,-20,  0,-30, 30,-20,-10,  0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10,  0;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_01 which contains 570'830 sequence entries.


Total number of hits 210 in 160 different sequences
Number of true positive hits 209 in 159 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 1
Number of false negative sequences 18
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 99.52 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 92.07 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] K_Hofmann
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 2
Feature key [info] ZN_FING
Feature description [info] GATA-type
Version [info] 5

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
159 sequences

AMS2_SCHPO  (Q9URT4), AREA_ASPNG  (O13412), AREA_ASPOR  (O13415), 
AREA_EMENI  (P17429), AREA_GIBFU  (P78688), AREA_PENCH  (Q01582), 
AREA_PENRO  (O13508), ASD4_NEUCR  (Q9HEV5), ASH1_CANAL  (Q5A5Q6), 
ASH1_YEAST  (P34233), BRG1_CANAL  (Q59LY1), CGA1_ORYSJ  (Q6YW48), 
CGPB_FUSVN  (Q00858), DAL80_YEAST (P26343), ECM23_YEAST (Q02710), 
EGL18_CAEEL (G5EGF4), EGL27_CAEEL (Q09228), ELT1_CAEEL  (P28515), 
ELT2_CAEEL  (Q10655), ELT3_CAEEL  (B7WN96), ELT4_CAEEL  (Q8MQA7), 
ELT6_CAEEL  (G5EGN3), ELT7_CAEEL  (O61924), FEP1_SCHPO  (Q10134), 
FIL1_SCHPO  (O94720), GAF1_SCHPO  (Q10280), GAT10_ARATH (Q8VZP4), 
GAT11_ARATH (Q6DBP8), GAT12_ARATH (P69781), GAT13_ARATH (Q9SKN6), 
GAT14_ARATH (Q9M1U2), GAT15_ARATH (Q8LG10), GAT15_ORYSI (B8AX51), 
GAT15_ORYSJ (Q6L5E5), GAT16_ARATH (Q9FJ10), GAT17_ARATH (Q9LIB5), 
GAT17_ORYSJ (Q6Z433), GAT18_ARATH (Q8LC79), GAT18_ORYSI (A2XKR7), 
GAT18_ORYSJ (Q10F25), GAT19_ARATH (Q6QPM2), GAT1A_XENLA (P23767), 
GAT1B_XENLA (P23768), GAT1_CANAL  (Q5A432), GAT1_YEAST  (P43574), 
GAT20_ARATH (Q9ZPX0), GAT20_ORYSJ (Q5Z4U5), GAT21_ARATH (Q5HZ36), 
GAT22_ARATH (Q9SZI6), GAT23_ARATH (Q8LC59), GAT24_ARATH (Q8GXL7), 
GAT25_ARATH (Q9LRH6), GAT26_ARATH (Q8W4H1), GAT27_ARATH (Q5PP38), 
GAT28_ARATH (Q8H1G0), GAT29_ARATH (Q9LT45), GAT2_YEAST  (P40209), 
GAT3_YEAST  (Q07928), GAT4_YEAST  (P40569), GAT5A_XENLA (P43695), 
GAT5B_XENLA (P43696), GAT6A_XENLA (Q91678), GAT6B_XENLA (P70005), 
GATA1_ARATH (Q8LAU9), GATA1_BOVIN (A2VDY6), GATA1_CHICK (P17678), 
GATA1_HUMAN (P15976), GATA1_MOUSE (P17679), GATA1_RAT   (P43429), 
GATA2_ARATH (O49741), GATA2_CHICK (P23824), GATA2_HUMAN (P23769), 
GATA2_MOUSE (O09100), GATA2_RAT   (Q924Y4), GATA2_XENLA (P23770), 
GATA3_ARATH (Q8L4M6), GATA3_BOVIN (Q08DV0), GATA3_CHICK (P23825), 
GATA3_DANRE (Q91428), GATA3_HUMAN (P23771), GATA3_MOUSE (P23772), 
GATA3_XENLA (P23773), GATA4_ARATH (O49743), GATA4_CANLF (Q0Q0E4), 
GATA4_CHICK (P43691), GATA4_HUMAN (P43694), GATA4_MOUSE (Q08369), 
GATA4_RAT   (P46152), GATA4_XENLA (Q91677), GATA5_ARATH (Q9FH57), 
GATA5_BOVIN (Q3SZJ5), GATA5_CHICK (P43692), GATA5_HUMAN (Q9BWX5), 
GATA5_MOUSE (P97489), GATA6_ARATH (Q9SD38), GATA6_CHICK (P43693), 
GATA6_HUMAN (Q92908), GATA6_MOUSE (Q61169), GATA6_PIG   (Q95JA5), 
GATA6_RAT   (P46153), GATA7_ARATH (O65515), GATA8_ARATH (Q9SV30), 
GATA9_ARATH (O82632), GATAB_BOMMO (P52167), GATAC_DROME (P91623), 
GATD1_DANRE (Q1L8G7), GATD1_HUMAN (Q8WUU5), GATD1_MOUSE (Q920S3), 
GATD1_XENLA (Q7ZXY4), GLN3_YEAST  (P18494), GTAA_DICDI  (Q550D5), 
GTAB_DICDI  (Q54V32), GTAC_DICDI  (Q75JZ1), GTAD_DICDI  (Q54L72), 
GTAE_DICDI  (Q55GK0), GTAF_DICDI  (Q55EQ0), GTAG_DICDI  (Q55C49), 
GTAH_DICDI  (Q75JZ0), GTAI_DICDI  (Q54TM6), GTAJ_DICDI  (Q54TE3), 
GTAK_DICDI  (Q5KSV0), GTAL_DICDI  (Q54NM5), GTAN_DICDI  (Q54KX0), 
GTAO_DICDI  (Q54HA4), GTAP_DICDI  (B0G188), GTAQ_DICDI  (Q54L80), 
GTAR_DICDI  (Q54WY0), GTAT_DICDI  (Q54V37), GTAU_DICDI  (Q54US7), 
GTAW_DICDI  (Q54L82), GTAX_DICDI  (Q54FV1), GZF3_CANAL  (Q5A201), 
GZF3_YEAST  (P42944), NIT2_NEUCR  (P19212), NRFA_PENUR  (Q92269), 
NUT1_PYRO7  (Q01168), P66A_HUMAN  (Q86YP4), P66B_HUMAN  (Q8WXI9), 
P66B_MOUSE  (Q8VHR5), PNR_DROME   (P52168), RCORA_CAEEL (Q95Y41), 
RCORB_CAEEL (Q18919), SFU1_CANAL  (Q5AP95), SREA_AJECA  (B4XXY3), 
SREA_ARTBC  (D4B3J8), SREA_ASPFU  (Q4WV91), SREA_COCH4  (N4XMB0), 
SREA_EMENI  (G5EB20), SREA_NEUCR  (Q1K8E7), SREP_PENCH  (Q92259), 
SRP_DROME   (P52172), TRPS1_HUMAN (Q9UHF7), TRPS1_MOUSE (Q925H1), 
TRPS1_XENLA (Q90ZS6), URB1_USTMA  (P40349), WC1_NEUCR   (Q01371), 
WC2_NEUCR   (P78714), ZGLP1_HUMAN (P0C6A0), ZGLP1_MOUSE (Q1WG82)
» more

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
18 sequences

GAT19_ORYSI (B8AR30), GAT19_ORYSJ (Q0DNU1), GTAM_DICDI  (Q54L83), 
GTAV_DICDI  (Q54UG8), GTAY_DICDI  (Q54X31), MTA1_HUMAN  (Q13330), 
MTA1_MOUSE  (Q8K4B0), MTA1_RAT(Q62599), MTA2_HUMAN  (O94776), 
MTA2_MOUSE  (Q9R190), MTA3_BOVIN  (A6QL72), MTA3_HUMAN  (Q9BTC8), 
MTA3_MOUSE  (Q924K8), P66A_MOUSE  (Q8CHY6), RERE_HUMAN  (Q9P2R6), 
RERE_MOUSE  (Q80TZ9), RERE_RAT(Q62901), SRD1_YEAST  (P09007)
» more

UniProtKB/Swiss-Prot
False positive sequences
1 sequence

IF2B_THEAC  (Q9HKJ3)

		
PDB
[Detailed view]
28 PDB

1GAT; 1GAU; 1GNF; 1Y0J; 2GAT; 2L6Y; 2L6Z; 2M9W; 2VUS; 2VUT; 2VUU; 3DFV; 3DFX; 3GAT; 3VD6; 3VEK; 4GAT; 4HC7; 4HC9; 4HCA; 5GAT; 5O9B; 6GAT; 6ZFV; 7AO8; 7AO9; 7AOA; 7GAT
» more