PROSITE entry PS50113

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

PURL [info]	https://purl.expasy.org/prosite/signature/PS50113
Entry name [info]	PAC
Accession [info]	PS50113
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-DEC-2001 CREATED; 07-APR-2021 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC50112
Associated ProRule [info]	PRU00141

Name and characterization of the entry

Description [info]

PAC domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=53;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=48;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.4010999; R2=0.0265788; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=1878.3033447; R2=1.4344569; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=230; H_SCORE=2208; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=155; H_SCORE=2101; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=*; E1=*; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='R';  M=-10, -8,-25,-11, -2, -8,-20,  2,-15,  1,-10, -4, -4,-16,  6,  8, -6, -4,-15,-15,  2,  1;
/M: SY='D';  M= -8,  8,-24, 10,  6,-22,-11, -7,-21, -1,-18,-13,  5, -7,  1, -4,  2,  2,-18,-28,-14,  3;
/M: SY='V';  M= -7,-17,-21,-20,-15, -1,-17,-14,  0,-14, -1, -1,-16,-22,-14,-13,-10, -4,  2, -6,  1,-15;
/M: SY='E';  M=-10, 10,-27, 17, 36,-28,-17, -3,-27,  7,-21,-18,  3, -2, 13,  1,  2, -5,-25,-31,-18, 24;
/M: SY='F';  M= -9,-21,-21,-24,-20,  9,-21,-14,  4,-16,  1,  2,-18,-19,-18,-14,-14, -8,  4, -7,  8,-20;
/M: SY='R';  M= -8, -7,-26, -8,  1,-21,-14, -5,-19, 10,-16, -7, -4,-16,  8, 21, -4, -5,-14,-18,-11,  3;
/M: SY='L';  M= -8,-24,-21,-28,-21, 11,-27,-16, 16,-21, 20, 14,-21,-25,-19,-18,-18, -8, 13,-16,  4,-20;
/M: SY='I';  M= -8,-18,-23,-20,-10, -4,-28,-16,  9,-10,  4,  4,-15,-18, -9, -8,-12, -6,  7,-19, -1,-12;
/M: SY='R';  M= -8,  3,-23, -1,  1,-20,-11,  0,-22,  6,-19,-11,  7,-14,  3, 13, -1, -3,-19,-26,-12,  1;
/I:         I=-8; MI=0; IM=0; DM=-15; MD=-15;
/M: SY='K';  M= -5, -5,-25, -5,  0,-22,-15,-11,-21, 12,-19,-11, -3, -1,  1, 12, -5, -6,-17,-24,-14, -1;
/M: SY='D';  M=-13, 28,-27, 37, 11,-32, -5,  1,-32, -1,-27,-22, 17, -8,  1, -7,  4, -5,-26,-35,-18,  6;
/M: SY='G';  M= -1, -5,-28, -5,-13,-28, 48,-16,-34,-14,-27,-18,  3,-18,-14,-14,  1,-15,-26,-23,-26,-13;
/M: SY='S';  M=  0, -1,-19, -3,  4,-22, -8,-10,-21,  0,-20,-14,  2,-10,  3,  3, 12, 10,-14,-29,-16,  3;
/M:         M= -7,-16,-20,-17, -9,-13,-21,-17, -2, -9, -4, -1,-14, -5, -9, -9, -8, -4, -2,-21,-11,-10;
/M: SY='F';  M=-10,-22,-23,-26,-19, 12,-24,-15,  5,-10,  5,  3,-16,-24,-16, -1,-15, -9,  5,-12,  6,-18;
/M: SY='W';  M=-13,-25,-33,-25,-18,  1,-22,-12,-11,-16,-12,-10,-23,-12,-14,-14,-19,-12,-16, 47, 14,-15;
/M: SY='V';  M= -1,-20, -8,-25,-21,  0,-20,-21, 11,-21, 10,  6,-17,-25,-20,-20,-12, -6, 13,-23, -7,-21;
/M: SY='E';  M=-10, -7,-26, -5,  5,-11,-22,  3, -9, -7,  0, -2, -8,-17,  1, -4,-11,-10,-10,-21, -2,  2;
/M: SY='V';  M= -1,-19,-19,-21,-16,  0,-19,-19,  6,-18,  7,  2,-17,-22,-15,-16, -8, -2,  8,-17, -5,-16;
/I:         I=-8; MI=0; MD=-16; IM=0;
/M: SY='N';  M= -6,  5,-19,  3,  1,-16,-13, -1,-18,  1,-18,-12,  7,-14,  2,  3,  6,  5,-13,-23, -8,  0; D=-3;
/I:         DM=-16;
/M: SY='A';  M=  8,-16,-18,-20,-16,-11, -4,-20,  2,-15, -2, -1,-12,-19,-16,-16, -3, -3,  7,-22,-12,-17; D=-3;
/I:         DM=-16;
/M: SY='S';  M=  0, -9,-12,-12, -6,-16,-13,-10,-11, -6,-13, -7, -5,-16, -3, -5,  5,  4, -5,-27,-11, -5;
/M: SY='P';  M= -2,-19,-27,-15, -6,-18,-17,-20,-10,-13,-13,-11,-18, 35,-13,-18, -8, -8,-12,-27,-21,-12;
/M: SY='I';  M= -9,-20,-23,-25,-17, -1,-28,-14, 17,-16,  9, 12,-16,-21,-12,-13,-12, -4, 12,-18,  2,-17;
/M: SY='R';  M=-15,-16,-23,-18,-10,  1,-23, -2,-10,  1, -4, -1,-10,-21, -5, 16,-13, -7, -8,-14,  5,-10;
/M: SY='D';  M=-13, 27,-27, 33,  7,-26, -4,  1,-30, -4,-26,-22, 19,-15, -2, -8,  2, -6,-26,-26,-12,  2;
/M: SY='E';  M=  0,  3,-24,  6, 14,-26, -7, -6,-22,  1,-20,-14,  1, -7,  8, -3,  4, -4,-18,-27,-17, 10;
/M: SY='D';  M= -4,  7,-25,  8,  5,-26, -4, -5,-25,  4,-22,-15,  6,-14,  4,  4,  2, -5,-20,-26,-16,  4;
/M: SY='G';  M= -6,  6,-29, 10, -3,-32, 35, -8,-37,-10,-28,-20,  6,-16, -6,-12,  0,-15,-30,-26,-24, -5;
/I:         I=-6; MI=-29; MD=-29; IM=-29;
/M: SY='E';  M= -6,  1,-17,  1, 10,-20,-13,  1,-20,  4,-16,-10,  2,-12, 10,  5,  0, -4,-18,-23,-11, 10; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-29; MD=-29; IM=-29; DM=-29;
/M: SY='V';  M= -2,-20,-15,-21,-17,  2,-21,-17, 11,-15,  8,  5,-19,-13,-17,-13,-11, -3, 14,-14, -3,-17; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-29; IM=-29; DM=-29;
/M: SY='I';  M= -6,-12,-23,-14, -7,-15,-23,-13,  1, -5, -4,  0, -9,-14, -1, -2, -6, -3,  1,-23, -9, -6;
/M: SY='G';  M= -8,-10,-27,-11, -7,-11,  4, -2,-18, -6,-12, -7, -5,-19, -6, -3, -8,-13,-16,-14,  0, -8;
/M: SY='F';  M= -9,-25,-22,-30,-22, 21,-29,-17, 13,-21, 11,  7,-21,-25,-21,-18,-16, -6, 10, -4, 15,-22;
/M: SY='I';  M= -7,-22,-16,-26,-19, -2,-28,-19, 18,-21, 16, 11,-19,-23,-14,-17,-13, -4, 15,-24, -5,-18;
/M: SY='G';  M=  2,-16,-13,-19,-20,-13, 19,-21,-15,-20, -9, -8,-11,-23,-20,-19, -5,-11, -7,-23,-18,-20;
/M: SY='V';  M= -3,-16,-17,-22,-19,  2,-21,-19, 11,-17,  3,  6,-12,-21,-16,-16, -4,  5, 14,-23, -5,-18;
/M:         M= -3,-14,-19,-18,-14, -4, -8, -8, -5,-17, -5, -1, -9,-20, -9,-15, -6, -8, -5,-18, -5,-12;
/M: SY='R';  M= -8,-10,-24,-12, -3,-16,-21, -5, -8,  3, -7, -1, -5,-17,  5, 13, -4, -3, -7,-24, -9, -1;
/M: SY='D';  M=-18, 45,-29, 62, 18,-37,-10, -1,-37, -1,-29,-28, 19, -9,  0,-10,  1, -9,-28,-39,-20,  9;
/M: SY='I';  M= -7,-27,-24,-34,-27, -1,-30,-27, 35,-26, 18, 16,-21,-23,-21,-25,-17, -6, 26,-22, -4,-27;
/M: SY='T';  M=  2,  1,-12, -6, -7,-14,-13,-16,-13, -9,-15,-12,  2,-11, -7, -9, 22, 37, -4,-32,-13, -7;
/M: SY='E';  M= -5,  9,-27, 15, 27,-30,-12, -3,-26,  4,-20,-16,  1, -4, 11, -3,  0, -9,-23,-28,-18, 19;
/M: SY='R';  M=-11,-10,-26,-12,  0,-14,-21,  2,-15,  5, -6, -2, -6,-18,  8, 19, -9, -7,-13,-21, -5,  2;
/M: SY='K';  M=-11, -4,-28, -4,  3,-21,-21, -3,-19, 25,-19, -6, -3,-14,  6, 19, -9, -8,-13,-20, -5,  3;
/M: SY='Q';  M= -7, -3,-26, -3, 16,-23,-19, -3,-16,  7,-11, -3, -3,-12, 18, 10, -3, -5,-17,-24,-12, 16;
/M: SY='A';  M= 15,-16,-17,-21,-13, -9,-13,-19, -1,-14,  0, -1,-14, -9,-12,-17, -2,  0,  2,-21,-11,-13;
/M: SY='E';  M= -8, -2,-28,  0, 22,-23,-19, -2,-15,  3,-10, -5, -4,-11, 18,  2, -5, -9,-18,-23,-10, 19;
/M: SY='E';  M= -4,  3,-25,  5, 12,-24,-15, -2,-17,  1,-13, -8,  0,-12, 12,  1, -1, -7,-17,-26,-12, 12;
/M: SY='E';  M=  1, -1,-24, -2, 11,-24,-15, -5,-19,  8,-16, -9,  0,-10,  9, 11, -1, -7,-17,-24,-15,  9;
/M: SY='L';  M= -7,-22,-21,-23,-13,  4,-26,-17,  9,-19, 28, 11,-22,-25,-13,-12,-20, -8,  4,-20, -3,-13;
/M: SY='Q';  M= -5, -1,-25, -3,  7,-24,-17,  1,-16,  6,-15, -7,  2,-13, 14, 10, -1, -4,-16,-25,-11,  9;
/M: SY='E';  M= -5,  2,-23,  2, 13,-23,-15, -4,-22,  8,-17,-12,  2,-11,  9, 12, -2, -5,-19,-25,-14, 10;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2025_02 which contains 573'230 sequence entries.

Total number of hits	149 in 120 different sequences
Number of true positive hits	149 in 120 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	107
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	58.20 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Archaea, Eukaryotes, Prokaryotes (Bacteria)
Maximum number of repetitions [info]	4
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	K_Hofmann
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	PAC
Version [info]	7

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

120 sequences

ARCB_ECO57  (P58363), ARCB_ECOLI  (P0AEC3), ARCB_SHIFL  (P0AEC4),

ATOS_ECOLI  (Q06067), BAT_HALSA   (Q9HPU8), BDLA_PSEAE  (Q9I3S1), 
BVGS_BORBR  (P26762), BVGS_BORPA  (P40330), BVGS_BORPE  (P16575), 
DCRA_NITV2  (P35841), DCTS_RHOCA  (P37739), DGCE_ECOLI  (P38097), 
DGCM_ECO57  (Q8X8Q3), DGCM_ECOLI  (P77302), DGC_VIBC3   (A0A0H3AFM6), 
DHKD_DICDI  (Q54SP4), DHKF_DICDI  (Q551X9), DHKI_DICDI  (Q86AT9), 
DOSP_ECOLI  (P76129), FILI_METH6  (E5KK10), FIXL_AZOC5  (P26489), 
FIXL_BRADU  (P23222), FIXL_RHIME  (P10955), KCNAE_DROME (Q02280), 
KCNH1_BOVIN (O18965), KCNH1_HUMAN (O95259), KCNH1_MOUSE (Q60603), 
KCNH1_RAT   (Q63472), KCNH2_CANLF (Q9TSZ3), KCNH2_CAVPO (O08703), 
KCNH2_HUMAN (Q12809), KCNH2_MOUSE (O35219), KCNH2_PIG   (Q9TUI4), 
KCNH2_RABIT (Q8WNY2), KCNH2_RAT   (O08962), KCNH3_HUMAN (Q9ULD8), 
KCNH3_MOUSE (Q9WVJ0), KCNH3_RAT   (O89047), KCNH4_HUMAN (Q9UQ05), 
KCNH4_RAT   (Q9R1T9), KCNH5_HUMAN (Q8NCM2), KCNH5_MOUSE (Q920E3), 
KCNH5_RAT   (Q9EPI9), KCNH8_HUMAN (Q96L42), KCNH8_MOUSE (P59111), 
KCNH8_RAT   (Q9QWS8), KINC_BACSU  (P39764), LOVHK_BRUA1 (B2SB67), 
LOVHK_BRUA2 (Q2YKK7), LOVHK_BRUA4 (A6X554), LOVHK_BRUAB (Q577Y7), 
LOVHK_BRUC2 (A9MBM8), LOVHK_BRUME (Q8YC53), LOVHK_BRUO2 (A5VUS1), 
LOVHK_BRUSI (A9WYQ7), LOVHK_BRUSU (Q8FW73), LOVHK_PSE14 (Q48IV1), 
LOVHK_PSESM (Q881J7), LOVHK_PSEU2 (Q4ZSY3), LOVHK_RHIJ3 (Q1M667), 
LVHK1_ERYLH (Q2NCA3), LVHK2_ERYLH (Q2NB77), LVHTH_ERYLH (Q2NB98), 
MAK1_SCHPO  (Q9P7Q7), MAK3_SCHPO  (O74539), MSMS_METAC  (Q8THF6), 
MTDRP_MYCTO (P9WLZ6), MTDRP_MYCTU (P9WLZ7), NIFL_AZOVI  (P30663), 
NIFL_KLEOX  (P56267), NIFL_KLEPN  (P06772), NODV_BRADU  (P15939), 
PHOT1_ARATH (O48963), PHOT2_ARATH (P93025), PHOT2_ORYSJ (Q9ST27), 
PHOT_BACSU  (O34627), PHOT_CHLRE  (Q8LPD9), PHOT_LISIN  (Q92DM1), 
PHOT_LISMO  (P58724), PHT1A_ORYSJ (Q2QYY8), PHT1B_ORYSJ (Q2RBR1), 
PHY1_CERPU  (P25848), PHY1_SELMA  (Q01549), PHYA1_TOBAC (P33530), 
PHYA2_SOYBN (B4YB07), PHYA_SOLTU  (P30733), PHYE_IPONI  (P55004), 
PHY_MOUSC   (P33529), PPRA_PSEAE  (Q9HWA7), TCSA_EMENI  (Q9P896), 
TDIS_THAAR  (O87939), TLOV1_ARATH (O64511), TMOS_ECTME  (Q8KIY1), 
TODS_PSEP1  (A5W4E3), TODS_PSEPT  (E0X9C7), WALK_BACSU  (Q45614), 
WALK_STAA1  (A7WWQ7), WALK_STAA2  (A6TXG9), WALK_STAA3  (Q2FKN7), 
WALK_STAA8  (Q2G2U4), WALK_STAA9  (A5INR0), WALK_STAAB  (Q2YUQ2), 
WALK_STAAC  (Q5HJX6), WALK_STAAE  (A6QD58), WALK_STAAM  (Q7A305), 
WALK_STAAN  (Q7A8E0), WALK_STAAR  (Q6GKS6), WALK_STAAS  (Q6GD71), 
WALK_STAAT  (A8YYU2), WALK_STAAU  (Q9RDT3), WALK_STAAW  (Q7A215), 
WALK_STAEQ  (Q5HK19), WALK_STAES  (Q8CU87), WALK_STAHJ  (Q4LAJ8), 
WALK_STAS1  (Q4A159), WALK_STRP2  (A0A0H2ZNH9), WALK_STRR6  (Q8DPL8), 
Y1002_RHIME (Q52969), Y3085_AZOC5 (Q04855), Y4LL_SINFN  (P55552)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences

107 sequences

ADO1_ARATH  (Q94BT6), ADO2_ARATH  (Q8W420), ADO3_ARATH  (Q9C9W9),

AHA1_CAEEL  (O02219), AHR_DELLE   (Q95LD9), AHR_HUMAN   (P35869), 
AHR_MOUSE   (P30561), AHR_MUSCR   (Q8R4S7), AHR_MUSMC   (Q8R4S6), 
AHR_MUSMM   (Q8R4S5), AHR_MUSSI   (Q8R4S4), AHR_MUSSP   (Q8R4S2), 
AHR_RABIT   (O02747), AHR_RAT (P41738), ARNT2_DANRE (Q9DG12), 
ARNT2_HUMAN (Q9HBZ2), ARNT2_MOUSE (Q61324), ARNT2_RAT   (Q78E60), 
ARNT_BOVIN  (Q9BE97), ARNT_DROME  (O15945), ARNT_HUMAN  (P27540), 
ARNT_MOUSE  (P53762), ARNT_ONCMY  (P79832), ARNT_RABIT  (O02748), 
ARNT_RAT(P41739), BMAL1_CHICK (Q9I8T7), BMAL1_HORSE (A0MLS5), 
BMAL1_HUMAN (O00327), BMAL1_MESAU (O88529), BMAL1_MOUSE (Q9WTL8), 
BMAL1_NANGA (Q91YA9), BMAL1_PONAB (Q5R4T2), BMAL1_RAT   (Q9EPW1), 
BMAL1_TYTAL (Q6YGZ5), BMAL2_CHICK (Q8QGQ7), BMAL2_HUMAN (Q8WYA1), 
BMAL2_MOUSE (Q2VPD4), CLOCK_CHICK (Q8QGQ6), CLOCK_HUMAN (O15516), 
CLOCK_MOUSE (O08785), CLOCK_NANGA (Q91YB0), CLOCK_PONAB (Q5RAK8), 
CLOCK_RAT   (Q9WVS9), CLOCK_SPACA (Q91YB2), CLOCK_SPAJD (Q91YA8), 
CLOCK_TYTAL (Q6YGZ4), CYCL_DROME  (O61734), DHKA_DICDI  (Q54U87), 
DHKL_DICDI  (Q54RP6), EPAS1_HUMAN (Q99814), EPAS1_MOUSE (P97481), 
EPAS1_RAT   (Q9JHS1), HIF1A_BOSMU (Q0PGG7), HIF1A_BOVIN (Q9XTA5), 
HIF1A_CHICK (Q9YIB9), HIF1A_EOSFB (Q309Z6), HIF1A_HUMAN (Q16665), 
HIF1A_MOUSE (Q61221), HIF1A_ONCMY (Q98SW2), HIF1A_RAT   (O35800), 
HIF1A_XENLA (Q9I8A9), HIF1_CAEEL  (G5EGD2), KCNH6_CHICK (Q9PT84), 
KCNH6_HUMAN (Q9H252), KCNH6_RAT   (O54853), KCNH7_HUMAN (Q9NS40), 
KCNH7_MOUSE (Q9ER47), KCNH7_RAT   (O54852), KINA_BACSU  (P16497), 
KINB_PSEAI  (O34206), NPAS1_HUMAN (Q99742), NPAS1_MOUSE (P97459), 
NPAS2_CHICK (Q5ZQU2), NPAS2_HUMAN (Q99743), NPAS2_MOUSE (P97460), 
NPAS3_HUMAN (Q8IXF0), NPAS3_MOUSE (Q9QZQ0), NPAS4_HUMAN (Q8IUM7), 
NPAS4_MOUSE (Q8BGD7), NPAS4_RAT   (Q8CJH6), NPS4A_DANRE (Q1ECW2), 
PDE8A_HUMAN (O60658), PDE8A_MOUSE (O88502), PER1_HUMAN  (O15534), 
PER1_MOUSE  (O35973), PER1_RAT(Q8CHI5), PER1_SPAJD  (Q8K3T3), 
PER2_CHICK  (Q8QGQ8), PER2_HUMAN  (O15055), PER2_MOUSE  (O54943), 
PER2_RAT(Q9Z301), PER2_SPAJD  (Q8K3T2), PER3_HUMAN  (P56645), 
PER3_MOUSE  (O70361), PER3_RAT(Q8CJE2), PHYA_ARATH  (P14712), 
SIM1A_DANRE (Q98SJ5), SIM1_HUMAN  (P81133), SIM1_MOUSE  (Q61045), 
SIM1_PANPA  (A1YFY6), SIM1_PANTR  (A2T6X9), SIM2_HUMAN  (Q14190), 
SIM2_MOUSE  (Q61079), SIMA_DROME  (Q24167), TRH_DROME   (Q24119), 
WALK_MAMSC  (A5A2P0), WC1_NEUCR   (Q01371)

» more

PDB
[Detailed view]

152 PDB

1BYW; 1DP6; 1DP8; 1DP9; 1DRM; 1LSV; 1LSW; 1LSX; 1LT0; 1N9L; 1N9N; 1N9O;
» more