PROSITE entry PS50112

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

PURL [info]	https://purl.expasy.org/prosite/signature/PS50112
Entry name [info]	PAS
Accession [info]	PS50112
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-DEC-2001 CREATED; 07-APR-2021 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC50112
Associated ProRule [info]	PRU00140

Name and characterization of the entry

Description [info]

PAS repeat profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=72;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=67;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.1544000; R2=0.0321907; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2227.3801270; R2=2.8413284; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=229; H_SCORE=2878; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=167; H_SCORE=2702; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-40; E1=-40; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; MM=1; M0=-1;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='S';  M= -2,  0,-20,  0,  0,-17,-13, -8,-14, -3,-15,-10,  2,-15,  0, -1,  6,  1, -9,-29,-13, -1;
/M: SY='E';  M= -7, -4,-25, -2, 13,-15,-17, -4,-17,  1,-12,-10, -6, -9,  4,  1, -4, -5,-16,-20, -4,  7;
/M: SY='E';  M=  2,  1,-22,  0,  8,-21,-14, -7,-19,  5,-17,-11,  1,-10,  4,  2,  2, -1,-15,-25,-13,  5;
/M: SY='R';  M= -7, -5,-24, -6,  1, -9,-19, -3,-15,  0, -8, -6, -4,-15, -1,  4, -6, -4,-13,-17, -4, -1;
/M: SY='L';  M=-12,-22,-24,-26,-20, 10,-24,-12, 11,-19, 15, 13,-19,-22,-16,-15,-19, -9,  4,-10,  8,-19;
/M: SY='R';  M= -3, -8,-22, -8,  0,-18,-18,-10,-12,  4,-14, -7, -6,-11, -1, 10, -3, -4, -5,-26,-13, -2;
/M: SY='Q';  M= -6, -5,-22, -5,  3,-17,-17,  1,-15,  0,-11, -5, -3,-14,  6,  5, -3, -4,-14,-23, -8,  3;
/M: SY='I';  M=  1,-18,-20,-23,-17, -4,-21,-19, 12,-19, 10,  6,-14,-18,-14,-16, -9, -2,  9,-23, -7,-17;
/M: SY='L';  M= -7,-25,-22,-28,-19,  5,-27,-19, 16,-22, 18, 12,-22,-16,-16,-19,-17, -8, 11,-20, -2,-19;
/M: SY='E';  M= -8, 14,-24, 17, 24,-28,-13,  2,-26,  4,-22,-17, 10,-10, 12,  1,  3, -6,-24,-31,-17, 18;
/I:         I=-7; MI=-8; MD=-21; IM=-8;
/M: SY='S';  M=  2,  0,-19, -4, -4,-19, -7, -7,-16, -7,-17,-12,  5, -5, -3, -8, 10, 10,-13,-29,-15, -4; D=-4;
/I:         DM=-21;
/M: SY='L';  M=  5,-15,-16,-20,-13, -6,-19,-17,  5,-16,  8,  3,-12,-17,-11,-16, -4,  2,  5,-23, -8,-12; D=-4;
/I:         DM=-21;
/M: SY='P';  M= -6, -1,-25, -1, -3,-19,-14, -8,-11, -7,-16,-10, -1,  3, -5, -9,  0,  0,-11,-28,-14, -6; D=-4;
/I:         DM=-21;
/M: SY='D';  M= -3,  4,-21,  8, -1,-23, -7,-13,-18, -8,-19,-15, -1, -1, -8,-13,  2, -2,-12,-31,-19, -5;
/M: SY='P';  M= -1,-14,-25,-16,-13, -5, -1,-18,-14,-16,-14,-10, -9,  8,-17,-18, -4, -6,-13,-20,-14,-16;
/M: SY='I';  M= -6,-24,-22,-30,-23,  4,-28,-21, 22,-21, 10, 12,-18,-21,-18,-20,-12, -4, 18,-15,  1,-22;
/M: SY='F';  M=-11,-27,-22,-33,-25, 31,-26,-19,  6,-24,  9,  4,-22,-27,-25,-19,-18, -9,  3, 10, 15,-23;
/M: SY='V';  M=  2,-17,-18,-20,-16, -8,-13,-19,  4,-13,  0,  2,-15,-21,-14,-11, -7, -6, 10,-23,-10,-16;
/M: SY='V';  M= -2,-20,-19,-23,-18, -3,-22,-15,  6,-16,  4,  2,-17,-22,-15,-14, -8, -1,  9,-10, -2,-17;
/M: SY='D';  M= -9, 31,-24, 39, 10,-31, -8, -2,-31, -1,-26,-23, 17,-12,  0, -5,  6, -2,-23,-36,-18,  5;
/M:         M=  0, -6,-20, -7,  0,-16,-16, -9, -8, -9, -7, -6, -6, -9, -4,-10, -1, -3, -7,-27,-13, -3;
/M: SY='B';  M= -7, 13,-24, 13,  6,-19,-13, -3,-21,  1,-19,-14, 10,-14,  2, -1,  2, -2,-18,-28,-11,  4;
/M: SY='G';  M=  1, -8,-25,-10,-13,-22, 34,-17,-28,-13,-21,-13, -2,-16,-13,-14,  1, -8,-20,-22,-22,-13;
/I:         I=-7; MI=-8; IM=-8; DM=-15; MD=-15;
/M: SY='R';  M= -9, -7,-21, -8, -4,-15,-17,-10,-13,  0,-13, -7, -5,-12, -4,  2, -9, -8,-12,-15, -8, -5;
/M: SY='I';  M= -8,-25, -9,-31,-24,  4,-30,-24, 20,-24, 10,  9,-20,-24,-20,-23,-15, -7, 17,-21, -3,-23;
/M: SY='I';  M= -4,-13,-16,-19,-14, -3,-22,-16,  7,-17,  5,  4, -9,-20,-12,-15, -4,  2,  7,-26, -7,-14;
/M: SY='Y';  M=-12,-11,-26,-11, -7, 10,-17,  3, -9,-11, -5, -4,-11,-22, -9,-11,-11, -8,-11, -1, 26,-10;
/M: SY='W';  M= -4,-27,-13,-31,-25,  2,-23,-26,  3,-21, -2, -3,-24,-26,-21,-20,-17,-10,  4, 22,  1,-22;
/M: SY='N';  M= -4, 26,-16, 17,  2,-22, -3,  1,-22, -4,-29,-20, 36,-16, -1, -5, 18,  6,-22,-39,-20,  1;
/M: SY='P';  M= -1,  2,-26,  6,  8,-26,-12, -7,-22, -1,-22,-16, -1,  9,  1, -5,  2, -2,-19,-28,-18,  3;
/M: SY='A';  M= 10, -1,-19, -6,  0,-21, -4,-11,-19,  1,-18,-12,  2,-12,  0, -2,  8,  2,-12,-25,-16,  0;
/M: SY='V';  M=  5,-20,-10,-27,-21,  4,-18,-19,  6,-19,  4,  6,-17,-21,-18,-19, -7, -3,  9,-17, -3,-19;
/M: SY='E';  M=  1, -6,-13, -7,  3,-15,-17,-10,-12, -5, -9, -8, -6,-15, -3, -5,  0,  0, -6,-26,-12,  0;
/M: SY='E';  M= -6,  2,-25,  4, 11,-24,-15, -6,-21,  9,-19,-12,  1, -8,  6,  8,  0, -4,-16,-27,-15,  7;
/M: SY='L';  M= -8,-24,-21,-27,-20,  7,-28,-12, 17,-22, 25, 17,-22,-25,-15,-18,-20, -7, 10,-17,  6,-19;
/M: SY='L';  M= -6,-18,-15,-23,-17, 12,-25,-18,  5,-21, 15,  5,-16,-22,-18,-16, -8,  9,  5,-18,  3,-17;
/M: SY='G';  M=  0, -6,-29, -6,-14,-30, 59,-17,-38,-16,-29,-20,  2,-18,-15,-17,  1,-18,-29,-21,-28,-15;
/M: SY='Y';  M=-14,-25,-25,-27,-20, 17,-28, -6,  3,-16,  9,  3,-23,-28,-15,-11,-22,-11, -3, 18, 31,-19;
/M: SY='S';  M= -1, -2,-20, -3,  2,-20,-12, -8,-17, -3,-16,-12,  1, -5,  0, -3,  9,  8,-13,-30,-15,  0;
/M: SY='P';  M= -7,-12,-28, -9,  1,-22,-17,-10,-16,  2,-17, -9, -9, 11,  2,  5, -6, -8,-15,-23,-15, -1;
/M: SY='E';  M= -5,  6,-25, 11, 19,-26,-12,  0,-23,  2,-20,-14,  1, -8,  9, -4,  1, -8,-20,-27,-15, 14;
/M: SY='E';  M=-10, 14,-28, 23, 38,-30,-16, -2,-27,  5,-20,-17,  3, -4, 14, -3,  0, -8,-25,-31,-18, 26;
/M: SY='V';  M= -1,-25,-16,-27,-22,  1,-25,-23, 16,-21, 16,  9,-24,-23,-20,-20,-16, -6, 18,-16, -4,-22;
/M: SY='I';  M= -7,-20,-21,-24,-18, -3,-28,-18, 19,-18, 13, 13,-17,-18,-14,-17,-14, -4, 14,-23, -4,-18;
/M: SY='G';  M= -3, -1,-27,  0, -7,-28, 34,-10,-31,-12,-25,-17,  4,-15, -9,-14,  1,-12,-25,-25,-23, -8;
/M: SY='R';  M=-10, -2,-26, -3,  3,-23,-15, -3,-22, 17,-19, -7,  2,-13,  8, 19, -4, -5,-17,-24,-10,  4;
/M: SY='S';  M= -3,  2,-21, -1, -2,-17,-10, -3,-15, -5,-17, -7,  6, -8,  0, -7,  7,  2,-14,-27,-11, -2;
/I:         MD=-15;
/M: SY='L';  M= -4, -7, -7, -8, -7, -2,-12, -8, -1,-10,  4,  0, -8,-12, -8, -8, -7, -3, -1,-11, -2, -8; D=-1;
/I:         I=-4; MI=-8; MD=-15; IM=-8; DM=-15;
/M: SY='I';  M= -4,-23,-14,-26,-21,  6,-25,-20, 14,-20, 13,  7,-20,-21,-19,-18,-14, -6, 14,-15, -1,-20; D=-1;
/I:         DM=-15;
/M: SY='Y';  M= -8,-16,-22,-18,-14,  1,-14, -9, -5,-11,  0,  0,-13,-23,-11, -8,-12, -8, -5, -9,  6,-14;
/M: SY='E';  M= -8,  9,-24, 14, 17,-21,-15, -3,-22, -1,-17,-14,  3, -9,  5, -5,  1, -5,-19,-29,-14, 11;
/M: SY='F';  M=-12,-21,-19,-25,-18, 13,-27,-10,  7,-17, 12,  7,-17,-25,-15,-10,-16, -6,  5,-14,  8,-17;
/M: SY='I';  M=-10,-24,-14,-28,-22,  9,-29,-16, 12,-20, 10,  7,-20,-24,-17,-16,-15, -5, 10,-13,  6,-20;
/M: SY='H';  M=-12, -2,-27, -1, -1,-17,-10, 31,-22, -7,-15, -5,  1,-13,  1, -4, -6,-12,-21,-25,  1, -2;
/M: SY='P';  M= -8, -9,-32, -4,  3,-26,-16,-11,-18, -5,-22,-15, -9, 38, -4,-11, -5, -6,-22,-29,-21, -4;
/M: SY='E';  M= -8, 12,-18, 18, 24,-28,-12, -3,-28,  3,-21,-18,  4,-10,  7, -3,  1, -7,-24,-31,-18, 15;
/M: SY='D';  M=-10, 17,-22, 24,  5,-23, -9, -6,-25, -6,-21,-19,  6, -9, -5,-10,  2, -3,-19,-30,-13, -1;
/M: SY='R';  M= -7, -9,-23, -9, -4,-14,-19,  1,-10,  0, -6, -2, -7,-19,  1,  7, -7, -6, -6,-23, -4, -3;
/M: SY='E';  M= -1,  2,-23,  4, 10,-22,-10, -8,-21, -1,-18,-14,  0, -4,  1, -4,  0, -6,-18,-27,-16,  5;
/M:         M= -5, -7,-19, -8,  0,-14,-15, -7,-14, -2,-11, -7, -6,-13, -4, -2, -3, -3, -9,-23, -9, -3;
/M: SY='V';  M= -7,-20,-18,-23,-17,  3,-23,-15, 11,-18, 11,  9,-18,-22,-16,-15,-13, -5, 12,-22, -3,-17;
/M: SY='R';  M= -7, -7,-24, -8,  2,-17,-19, -4,-13,  5, -9, -3, -5,-15,  5,  9, -5, -4,-10,-23, -8,  3;
/M: SY='E';  M= -3,  5,-23,  6, 14,-26,-11, -4,-25,  9,-22,-14,  4,-10,  8,  6,  2, -5,-20,-26,-14, 10;
/M:         M= -1,-11,-19,-14, -6,-11,-16,-12, -5, -6, -5, -1, -8,-16, -3, -5, -3, -1, -2,-23, -9, -5;
/I:         I=-5; MI=-8; IM=-8; DM=-15; MD=-15;
/M: SY='L';  M= -9,-20,-22,-23,-16,  4,-27,-12, 12,-20, 18,  9,-18,-23,-13,-15,-16, -6,  7,-18,  3,-16;
/M: SY='Q';  M=-10,  4,-25,  4, 10,-22,-14,  7,-23,  5,-20,-11,  6,-11, 12,  9, -1, -7,-22,-23, -8,  9;
/M: SY='R';  M= -9,  0,-24, -2,  2,-18,-15, -2,-17,  3,-13, -7,  2,-16,  5,  7, -4, -4,-16,-22, -8,  3;
/M: SY='A';  M= 11,-14,-13,-18,-14, -9,-14,-17,  1,-15, -1, -2,-13,-17,-14,-18,  0,  1,  6,-24,-10,-14;
/M: SY='L';  M= -4,-24,-19,-28,-19,  0,-26,-18, 18,-20, 21, 17,-21,-23,-14,-16,-17, -6, 14,-20, -4,-18;
/M: SY='E';  M= -5,  5,-25,  5, 13,-24,-15, -2,-21,  8,-19,-11,  6, -9,  9,  5,  1, -2,-19,-27,-13, 10;
/M: SY='N';  M= -6,  2,-25, -1, -1,-23,  4, -3,-23,  0,-20,-12,  7,-15, -1,  1, -1, -6,-20,-26,-15, -2;
/M: SY='G';  M= -6,  2,-26,  4,  5,-26,  7, -3,-27, -1,-22,-14,  3,-12,  3, -3,  0, -9,-23,-25,-16,  3;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2025_02 which contains 573'230 sequence entries.

Total number of hits	497 in 355 different sequences
Number of true positive hits	496 in 354 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	1
Number of false negative sequences	87
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	99.80 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	85.08 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Archaea, Eukaryotes, Prokaryotes (Bacteria)
Maximum number of repetitions [info]	3
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	K_Hofmann
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	PAS
Version [info]	6

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences	354 sequences ADO1_ARATH (Q94BT6), ADO1_ORYSJ (Q5Z8K3), ADO2_ARATH (Q8W420), » more Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits: [Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color] [Clustal format, plain text] [Fasta format] Retrieve the sequence logo from the alignment
UniProtKB/Swiss-Prot False negative sequences	87 sequences ACUK_CHAGB (Q2GSA4), ACUK_FUSV7 (C7YM38), ACUK_NEUCR (Q7RUA4), » more
UniProtKB/Swiss-Prot False positive sequences	1 sequence PPK18_SCHPO (Q8TFG6)
PDB [Detailed view]	359 PDB 1BYW; 1D06; 1D7E; 1DP6; 1DP8; 1DP9; 1DRM; 1EW0; 1F98; 1F9I; 1GSV; 1GSW; » more