PROSITE entry PS50106

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

PURL [info]	https://purl.expasy.org/prosite/signature/PS50106
Entry name [info]	PDZ
Accession [info]	PS50106
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-DEC-2001 CREATED; 26-FEB-2020 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC50106
Associated ProRule [info]	PRU00143

Name and characterization of the entry

Description [info]

PDZ domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=86;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=81;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.1898000; R2=0.0201000; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=3249.1350098; R2=5.8276424; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=364; H_SCORE=5370; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=265; H_SCORE=4793; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-50; E1=-50; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='E';  M= -7, -5,-22, -6,  1,-12,-17, -9, -7, -7,  0, -2, -6,-15, -5, -7, -6, -1, -7,-26, -9, -3;
/M: SY='V';  M= -3,-28,-16,-31,-27, -1,-30,-27, 29,-22, 14, 13,-24,-26,-23,-20,-14, -4, 33,-25, -7,-26;
/M: SY='E';  M= -4,  0,-20, -1,  6,-19,-17, -7,-16,  1,-13,-10, -1,-11,  2, -2,  3,  6,-11,-28,-12,  3;
/M: SY='L';  M= -9,-28,-20,-31,-23, 10,-30,-20, 22,-26, 30, 17,-25,-26,-20,-20,-23, -9, 16,-19,  2,-22;
/M: SY='Q';  M= -8, -5,-25, -4,  6,-20,-17, -2,-13, -1,-14, -6, -4, -7,  7, -2, -5, -7,-13,-25,-11,  5;
/M: SY='K';  M= -8, -5,-24, -6,  3,-24,-19, -9,-22, 25,-20, -7, -4,-10,  6, 22, -8, -7,-14,-23,-12,  3;
/M: SY='S';  M= -4,  3,-23,  3,  1,-21, -3, -8,-18, -5,-20,-12,  4,-10, -2, -7,  5, -2,-14,-29,-17, -1;
/M: SY='S';  M= -1,  2,-23,  4,  5,-24, -8,-11,-22,  3,-22,-15,  1, -1, -1, -2,  6,  2,-16,-29,-18,  1;
/M: SY='K';  M= -4,  1,-24,  0,  5,-24, -5, -4,-23,  7,-21,-12,  4,-13,  6,  6,  1, -5,-18,-26,-14,  5;
/M: SY='G';  M= -3, -3,-27, -4, -5,-24, 26,-11,-30, -6,-25,-16,  3,-12, -7, -8,  1,-11,-25,-23,-21, -6;
/I:         MD=-17;
/M: SY='E';  M= -4, -6,-20, -4,  2,-12, -5, -7,-12, -4,-11, -8, -4, -3, -2, -6, -1, -5,-12,-17, -8, -1; D=-3;
/I:         I=-5; MI=0; IM=0; DM=-17;
/M: SY='L';  M=-12,-26,-22,-28,-20, 15,-28,-15, 12,-23, 28, 14,-24,-28,-18,-15,-24,-10,  6, -7,  9,-19;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='F';  M= -9,-28,-20,-35,-26, 31,-30,-23, 18,-27, 19,  9,-22,-26,-28,-22,-18, -7, 15,-10,  9,-26;
/M: SY='S';  M=  0, -2,-16, -4,  0,-18,-10, -9,-15, -4,-18,-11,  3,-13,  0, -3, 14, 11, -9,-30,-13,  0;
/M: SY='I';  M= -7,-28,-21,-31,-24,  4,-28,-25, 27,-26, 23, 13,-24,-25,-22,-22,-18, -7, 23,-22, -4,-25;
/M: SY='A';  M=  4, -5,-16, -8, -4,-19,-11,-11,-11, -1,-15, -8, -2,-16, -2, -3,  4,  2, -4,-28,-14, -4;
/M: SY='G';  M=  0, -6,-26, -6, -6,-23, 20,-15,-23,-10,-20,-13, -2,-11,-10,-12,  1, -9,-18,-23,-20, -9;
/I:         MD=-15;
/M: SY='G';  M= -4, -2,-25, -3, -3,-21, 16, -7,-23, -8,-19,-12,  2,-16, -5, -7,  0, -9,-19,-23,-15, -5; D=-2;
/I:         MD=-15;
/M: SY='K';  M= -7,  1,-23,  2,  4,-19,-10, -7,-17,  5,-17,-11,  2,-10,  0,  3,  0, -3,-13,-25,-12,  1; D=-2;
/I:         MD=-15;
/M: SY='D';  M= -7, 12,-24, 16,  5,-25, -1, -3,-24, -2,-22,-17,  8, -9, -1, -6,  1, -7,-20,-25,-16,  2; D=-2;
/I:         MD=-15;
/M: SY='K';  M= -5,  2,-19,  0,  1,-17, -8, -3,-18,  4,-17,-10,  4,-13,  1,  2,  0, -4,-14,-22, -9,  1; D=-2;
/I:         MD=-15;
/M:         M= -4, -4,-19, -4, -2,-17, -3, -9,-13, -4,-12, -7, -3, -5, -3, -5, -2, -5,-11,-21,-13, -4; D=-2;
/I:         MD=-15;
/M: SY='H';  M= -3, -7,-17, -8, -3,-12, -8,  3, -7, -4, -8,  0, -4, -5,  0, -4, -3, -5, -6,-18, -6, -3; D=-2;
/I:         MD=-15;
/M: SY='E';  M= -7, -2,-18,  0,  2,-13, -7, -6,-11, -1,-10, -7, -2,  2, -1, -2, -4, -5,-12,-16, -9,  0; D=-2;
/I:         MD=-15;
/M: SY='A';  M=  1, -2,-12, -2, -2,-12, -2, -5, -9, -1, -9, -5, -2, -3, -1, -3,  0, -2, -6,-14, -9, -2; D=-2;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-15; IM=0; DM=-15;
/M: SY='G';  M=  0, -7,-17, -8,-12,-17, 30,-11,-21,-14,-17,-11, -1,-13,-12,-13,  2, -8,-16,-17,-17,-13; D=-2;
/I:         DM=-15;
/M: SY='I';  M= -2,-24, -9,-29,-23, -3,-29,-22, 22,-22, 11,  9,-20,-23,-18,-22,-12, -5, 22,-24, -6,-23; D=-2;
/I:         DM=-15;
/M: SY='F';  M=-11,-22,-21,-26,-19, 23,-28,-12,  7,-16,  7,  4,-18,-25,-18,-13,-13, -4,  7, -6, 19,-19;
/M: SY='I';  M= -6,-30,-19,-35,-30,  1,-35,-30, 39,-25, 15, 15,-25,-25,-25,-25,-15, -5, 38,-24, -4,-30;
/M: SY='S';  M=  3, -1,-14, -5, -2,-19,-10, -9,-17,  1,-20,-11,  3,-13, -1, -2, 11,  8,-10,-28,-14, -2;
/M: SY='D';  M= -5,  7,-23,  9,  8,-23, -7, -3,-26,  5,-23,-16,  7,-12,  3,  4,  6, -2,-20,-29,-15,  5;
/M: SY='V';  M= -5,-29,-19,-32,-27,  1,-32,-27, 31,-23, 17, 15,-26,-21,-24,-22,-16, -5, 33,-25, -6,-27;
/M: SY='M';  M= -9, -9,-21,-11, -7, -6,-22,-11,  0, -9,  1,  3, -8,-19, -6, -8, -9, -5,  0,-23, -4, -7;
/M: SY='P';  M= -6, -5,-31,  0,  8,-27,-16, -6,-23,  3,-24,-14, -6, 27,  2, -2, -4, -8,-23,-28,-19,  2;
/M: SY='G';  M= -6,  5,-28,  6, -8,-27, 35,-12,-34,-10,-27,-19,  8,-16,-11,-11,  1,-12,-27,-25,-23,-10;
/I:         I=-6; MI=-32; MD=-32; IM=-32;
/M: SY='G';  M=  3, -6,-15, -7,-10,-23, 24,-14,-26,-14,-25,-17,  2,-15, -9,-14, 14,  1,-17,-29,-22,-10; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='P';  M=  4,-15,-27,-13, -6,-19,-15,-17,-10, -9,-13, -7,-14, 28, -9,-15, -6, -6,-12,-25,-19,-10;
/M: SY='A';  M= 39,-12,-12,-20,-11,-18, -3,-20, -6,-12, -8, -8,-11,-11,-11,-19,  8,  0,  2,-22,-18,-11;
/M: SY='A';  M= 13,  3,-21,  4, 10,-25, -8, -5,-21, -3,-17,-14, -2, -6,  1,-11,  4, -5,-15,-26,-17,  5;
/I:         MD=-23;
/M: SY='K';  M= -4, -3,-21, -4,  4,-21,-17, -7,-15,  9,-12, -5, -3,-14,  7,  8, -4, -5,-12,-23,-11,  5; D=-4;
/I:         MD=-23;
/M: SY='D';  M= -6,  8,-11, 12,  4,-17, -9, -5,-15, -2,-14,-12,  3, -8, -1, -4,  4,  0, -9,-23,-11,  1; D=-4;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23;
/M: SY='G';  M= 10, -5,-19, -8, -8,-21, 25,-13,-23, -8,-18,-13, -1,-11, -9,-12,  2, -9,-16,-18,-19, -9; D=-4;
/I:         DM=-23;
/M: SY='G';  M= -3, -6,-22, -7, -8,-24, 18,-12,-27, -1,-22,-13,  0,-18, -6,  3, -1,-10,-19,-23,-19, -8; D=-4;
/I:         DM=-23;
/M: SY='L';  M= -9,-30,-22,-33,-24,  6,-33,-24, 30,-29, 37, 20,-27,-27,-21,-23,-25, -9, 20,-21, -1,-24;
/M: SY='R';  M=-10,  0,-26, -1,  7,-25,-18,  7,-23, 16,-20, -7,  2,-14, 16, 18, -4, -8,-20,-23, -7, 10;
/M: SY='A';  M=  5,-15,-22,-15, -5,-17,-19,-18, -2, -7, -9, -5,-14,  3, -9,-12, -4, -4,  3,-27,-16, -8;
/M: SY='G';  M= -1, -7,-29, -8,-17,-27, 56,-15,-36,-18,-27,-18,  2,-20,-17,-18, -1,-18,-28,-21,-26,-17;
/M: SY='D';  M=-19, 47,-29, 66, 19,-39,-10,  1,-39,  0,-29,-29, 19,-10,  0,-10,  1, -9,-29,-39,-19,  9;
/M: SY='R';  M=-10,-13,-23,-13,  0,-14,-24, -9, -5,  2, -7, -1,-11,-17,  3,  9, -9, -7, -2,-21, -8,  0;
/M: SY='I';  M= -9,-30,-25,-36,-28,  2,-36,-28, 41,-29, 25, 18,-23,-23,-21,-27,-20, -9, 27,-21, -1,-28;
/M: SY='L';  M= -6,-24,-16,-27,-20,  2,-29,-19, 18,-23, 25, 13,-22,-25,-18,-18,-17, -2, 14,-23, -3,-20;
/M: SY='E';  M=  4, -2,-21, -3,  7,-21, -4, -7,-21,  1,-20,-12,  0,-11,  3, -2,  7, -2,-16,-25,-13,  5;
/M: SY='V';  M= -3,-29,-18,-33,-28,  1,-32,-28, 34,-23, 15, 13,-26,-26,-25,-23,-14, -4, 37,-25, -6,-28;
/M: SY='N';  M=-10, 36,-20, 22,  2,-23,  0,  7,-23,  0,-29,-20, 49,-19,  0,  0,  8, -2,-29,-38,-20,  1;
/M: SY='G';  M= -3,  2,-27,  2, -9,-29, 38,-11,-34,-12,-28,-19,  8,-17, -9,-12,  3,-12,-27,-26,-24, -9;
/I:         MD=-12;
/M: SY='T';  M= -5, -6,-21, -8, -1,-17,-21,-11, -6,  2,-10, -4, -6,-15,  2,  1, -1,  3,  0,-26,-11,  0; D=-2;
/I:         MD=-12;
/M: SY='D';  M= -3,  4,-20,  7,  1,-23, -8,-10,-20, -5,-22,-16,  2,  7, -4,-10,  7,  2,-15,-31,-18, -2; D=-2;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-12; IM=0; DM=-12;
/M: SY='L';  M= -6,-22,-16,-25,-20,  5,-26,-20, 18,-20, 20, 12,-20,-23,-19,-17,-14,  0, 18,-20, -3,-19; D=-2;
/I:         DM=-12;
/M: SY='E';  M= -6, -2,-23, -1,  9,-20,-15, -6,-17,  6,-16, -9, -1,-11,  4,  8,  1, -2,-12,-26,-13,  6; D=-2;
/I:         DM=-12;
/M: SY='G';  M= -4,  8,-24,  6, -3,-25, 13, -5,-25, -7,-23,-15, 12,-15, -5, -9,  3, -7,-21,-29,-19, -4; D=-2;
/I:         DM=-12;
/M: SY='M';  M= -4,-20,-18,-24,-17,  0,-21,-14,  6,-14,  8, 10,-17,-22,-13,-13,-12, -5,  7,-15, -3,-15;
/M: SY='T';  M=  0,  0,-15, -4, -4,-16,-11,-13,-15, -8,-17,-12,  2, -6, -5, -9, 14, 18, -9,-31,-15, -5;
/M: SY='H';  M=-11, -9,-26,-11, -5,-10,-22, 27, -9,-10, -3,  2, -4,-18,  1, -4,-11,-11,-11,-22,  7, -5;
/M: SY='E';  M= -6,  8,-24, 11, 14,-23,-16, -2,-20,  0,-15,-12,  2,-11,  6, -1,  1, -3,-17,-29,-13,  9;
/M: SY='E';  M= -8,  9,-27, 15, 23,-28,-16, -3,-25,  6,-20,-15,  3, -7, 14,  3,  1, -6,-22,-28,-16, 18;
/M: SY='A';  M= 25,-17, -8,-23,-16,-12,-12,-21,  3,-15,  0, -1,-15,-18,-14,-20,  1, -1, 11,-24,-15,-15;
/M: SY='V';  M= -1,-16,-18,-18,-14,-10,-23,-17,  8, -9,  0,  3,-15,-22, -9, -8, -6, -2, 16,-24, -9,-12;
/M: SY='E';  M= -1,  2,-22,  1,  7,-23,-12, -7,-18,  3,-15,-10,  1,-13,  5,  1,  0, -3,-15,-27,-14,  5;
/M: SY='L';  M=  3,-19,-20,-24,-15, -2,-21,-18,  7,-14,  9,  6,-17,-20,-12,-11,-10, -4,  7,-19, -4,-14;
/M: SY='L';  M= -8,-28,-21,-32,-23,  6,-31,-22, 26,-27, 33, 19,-25,-25,-19,-22,-22, -7, 17,-20, -1,-22;
/M: SY='R';  M=-10, -3,-27, -2,  6,-24,-19, -6,-22, 24,-19, -7, -2,-14,  9, 26, -6, -7,-15,-23,-11,  6;
/M: SY='N';  M= -2,  5,-24,  3,  8,-24, -3, -4,-24,  6,-22,-14,  9,-11,  3,  5,  3, -5,-21,-28,-17,  5;
/M: SY='T';  M= 12, -8,-11,-13, -9,-14,-11,-17, -8,-10,-11, -9, -5,-12, -9,-13, 12, 13, -1,-28,-14, -9;
/M: SY='G';  M= -3, -8,-27, -6, -6,-23, 13,-12,-24, -8,-21,-14, -3,  1, -8,-11,  0, -8,-20,-25,-19, -8;
/M: SY='N';  M= -4,  4,-27,  5,  4,-27,  2, -8,-27,  4,-27,-16,  6, -2,  2,  0,  3, -6,-23,-27,-19,  2;
/M: SY='E';  M= -5, -3,-23, -3,  5,-19,-16,-10,-12,  2,-13, -7, -4,-11, -1, -2, -2, -2, -7,-27,-13,  1;
/M: SY='V';  M= -2,-24,-14,-25,-21, -3,-27,-25, 20,-20, 14,  8,-23,-23,-21,-19,-12, -2, 26,-27, -9,-22;
/M: SY='T';  M= -3, -7,-20,-10, -4,-14,-17, -3,-12,  0,-12, -5, -4,-16,  0,  1,  3,  7, -6,-24, -5, -3;
/M: SY='L';  M= -9,-27,-20,-30,-21,  7,-30,-20, 22,-26, 36, 21,-26,-27,-18,-19,-24, -7, 15,-21, -1,-20;
/M:         M= -7,-10,-23,-12, -4,-14,-17,-12, -3, -2, -4,  0, -8,-18, -4, -5, -7, -3, -1,-24, -9, -5;
/M: SY='I';  M= -3,-26,-18,-29,-24,  1,-30,-24, 25,-23, 19, 12,-23,-24,-20,-21,-14, -2, 25,-23, -3,-23;
/M: SY='T';  M= -2, -9,-18,-12, -4,-14,-17,-13, -5, -7, -3, -1, -7,-15, -2, -8, -2,  1, -4,-25,-11, -3;
/M: SY='R';  M=-13, -8,-28, -8, -2,-17,-20, -1,-19, 12,-16, -8, -3, -7,  4, 25, -7, -6,-16,-21, -6, -2;
/M:         M= -8, -3,-26, -1, -4,-17,-10,-11,-16, -4,-13, -9, -3, -3, -5, -2, -6, -8,-13,-26,-15, -6;
/M: SY='E';  M= -8,  1,-28,  4,  6,-26, -6, -2,-26,  5,-23,-14,  2, -2,  5,  4, -1, -7,-22,-26,-15,  4;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Post-processing [info]

COMPETES_HIT_WITH

PS51865

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2025_02 which contains 573'230 sequence entries.

Total number of hits	1'062 in 643 different sequences
Number of true positive hits	1'062 in 643 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	99
Number of 'partial' sequences	1

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	91.47 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Eukaryotes, Prokaryotes (Bacteria)
Maximum number of repetitions [info]	13
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	K_Hofmann
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	PDZ
Version [info]	7

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences	643 sequences AFAD_HUMAN (P55196), AFAD_MOUSE (Q9QZQ1), AFAD_RAT(O35889), » more Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits: [Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color] [Clustal format, plain text] [Fasta format] Retrieve the sequence logo from the alignment
UniProtKB/Swiss-Prot False negative sequences	99 sequences CAR11_HUMAN (Q9BXL7), CAR11_MOUSE (Q8CIS0), DEGP2_ARATH (O82261), » more
UniProtKB/Swiss-Prot 'Partial' sequences	1 sequence NOS_SQUAC (Q9I9M2)
PDB [Detailed view]	741 PDB 1B8Q; 1BE9; 1BFE; 1D5G; 1FC6; 1FC7; 1FC9; 1FCF; 1G9O; 1GM1; 1GQ4; 1GQ5; » more