PROSITE entry PS50105

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

PURL [info]	https://purl.expasy.org/prosite/signature/PS50105
Entry name [info]	SAM_DOMAIN
Accession [info]	PS50105
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-DEC-2001 CREATED; 01-OCT-2013 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC50105
Associated ProRule [info]	PRU00184

Name and characterization of the entry

Description [info]

SAM domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=64;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=59;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=.8493; R2=.01872040; TEXT='NScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=409; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=302; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-50; E1=-50; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='W';  M=-12,-29,-38,-30,-23,  2,-16,-25,-15,-15,-17,-15,-28,-23,-17,-17,-23,-15,-19, 84, 16,-17;
/M: SY='S';  M=  7,  2,-16,  0,  2,-22, -7,-11,-20, -1,-25,-17,  6, -3, -1, -6, 20, 12,-13,-33,-19,  0;
/M: SY='F';  M=-10,-12,-20,-15,-13,  5,-12, -8, -9,-16, -9, -7, -6, -8,-16,-15, -8, -8, -9,-17,  1,-15;
/M: SY='E';  M=-10, 11,-27, 15, 18,-27,-15,  0,-28, 11,-24,-17,  7, -3,  6,  8,  0, -5,-24,-30,-16, 11;
/M: SY='D';  M= -6, 15,-22, 20, 14,-25,-13, -2,-26,  0,-23,-19,  8,-10,  3, -1, 11,  7,-19,-34,-16,  8;
/M: SY='V';  M= -1,-28,-13,-30,-28,  0,-30,-28, 29,-20, 12, 12,-27,-28,-27,-20,-11,  0, 43,-28, -9,-28;
/M: SY='S';  M=  1, -7,-12, -9, -8,-15, -6,-11,-12,-13,-12, -8, -5,-17, -3,-13,  4,  0, -7,-26,-11, -6;
/M: SY='E';  M= -7, 10,-25, 14, 16,-23,-13, -2,-22,  0,-15,-14,  4,-12,  2,  0, -1, -6,-18,-28,-13,  8;
/M: SY='W';  M=-20,-37,-44,-38,-29, 20,-22,-25,-15,-21,-13,-15,-36,-30,-22,-19,-36,-26,-24,120, 32,-21;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-21,-32,-23, 12,-32,-23, 24,-29, 39, 18,-28,-28,-22,-22,-26, -9, 16,-19,  1,-23;
/M: SY='E';  M= -8,  3,-27,  8, 24,-27,-18, -2,-23,  6,-18,-13, -1, -3, 14,  4,  0, -5,-22,-28,-15, 18;
/M: SY='A';  M= 14, -4,-12, -8,  0,-19, -6,-12,-15, -6,-15,-10, -1,-12, -2,-10, 12,  4, -9,-29,-17, -1;
/M: SY='I';  M= -8,-27,-26,-32,-22,  2,-32,-21, 27,-24, 19, 13,-21,-23,-18,-21,-20,-10, 16,-13,  0,-22;
/I:         I=-7; MI=0; IM=0; DM=-20; MD=-20;
/M: SY='G';  M= -5, -5,-30, -5, -7,-30, 31,-10,-35,  5,-29,-15,  2,-17, -4,  1, -3,-16,-27,-21,-21, -6;
/M: SY='M';  M=-12,-24, -8,-30,-22, 13,-26,-10, 10,-19, 19, 27,-22,-26,-14,-14,-21,-10,  4,-14,  6,-18;
/M: SY='E';  M= -6,  3,-28,  6, 10,-29,  3, -9,-27,  0,-24,-17,  1, -2,  3, -4,  1, -8,-23,-28,-21,  5;
/M: SY='Q';  M= -8, -1,-27,  1, 13,-27,-18,  4,-22, 10,-18, -8, -2,-10, 19, 16, -4, -9,-19,-24,-12, 15;
/M: SY='Y';  M=-17,-18,-29,-19,-17, 20,-27, 10, -2, -8, -4, -2,-16,-27, -8, -9,-17, -9, -9, 23, 56,-16;
/I:         MD=-20;
/M: SY='K';  M= -3, -7,-21, -9, -2,-15,-19,-11,-10,  5,-10, -6, -6,-14, -2,  5, -2,  2, -5,-22, -7, -3; D=-5;
/I:         I=-6; MI=0; IM=0; DM=-20;
/M: SY='D';  M= -7, 15,-27, 22, 22,-29, -8, -4,-29,  5,-24,-20,  8, -6,  5, -2,  2, -7,-25,-31,-19, 13;
/M: SY='N';  M=  0,  3,-22, -3, -3,-18, -8,  1,-13, -3,-15, -7, 10,-16, -1, -4,  2, -4,-13,-27,-10, -3;
/M: SY='F';  M=-18,-29,-14,-38,-29, 63,-30,-20,  3,-30, 14,  2,-21,-30,-36,-21,-21,-10,  2,  2, 23,-29;
/M: SY='M';  M= -4,-15,-22,-19,-11,-10,-22,-11,  3, -4,  2,  8,-12,-19, -5,  3, -9, -3,  4,-23, -8,-10;
/M: SY='E';  M=  1,  9,-23, 11, 12,-27, -8, -3,-23,  1,-20,-15,  4,-11,  7, -5,  5, -4,-18,-29,-16,  9;
/I:         I=-6; MI=0; IM=0; DM=-20; MD=-20;
/M: SY='G';  M= -6,  5,-18, -1, -6,-23, 17,  2,-27, -9,-26,-15, 14,-19, -1, -9,  3, -9,-26,-26,-15, -4;
/M: SY='Y';  M=-13,-11,-26,-12, -6,  4,-17, -4, -9, -7, -3, -3, -9,-21, -8, -5,-13,-11,-10, -7,  9, -7;
/M: SY='I';  M= -5,-14,-21,-19,-17, -8,-25,-22, 15,-14,  3,  5,-11,-18,-14,-16, -6,  4, 14,-26, -7,-17;
/M: SY='S';  M= -1,  9,-18, 10,  2,-19,-10, -2,-21, -7,-21,-16,  8,-12, -2, -7, 16, 11,-14,-34,-13, -1;
/M: SY='G';  M= -3,-17,-25,-19,-19, -6, 23,-19,-15,-22, -3, -3,-11,-22,-20,-19,-10,-15,-12,-17,-13,-19;
/M: SY='E';  M= -3,  8,-26, 12, 20,-29,-13, -2,-27, 11,-22,-15,  2, -9, 11,  8,  1, -7,-22,-27,-16, 15;
/M: SY='M';  M= -3,-13,-15,-16,-10, -6,-22, -9,  1,-12,  4,  5,-13,-20, -9,-11,-10, -8,  1,-23, -6,-10;
/M: SY='L';  M= -7,-30,-18,-31,-24,  7,-31,-23, 26,-26, 32, 18,-28,-28,-23,-21,-22, -7, 24,-22, -2,-24;
/M: SY='A';  M=  4, -8,-19, -9, -3,-14,-13,-14, -7,-10, -1, -5, -8,-14, -7,-11, -1, -1, -3,-27,-14, -6;
/M: SY='Q';  M= -7, -5,-26, -5,  6,-18,-15, 11,-16, -5, -7, -3, -4,-16, 13, -2, -6, -9,-18,-21, -4,  9;
/M: SY='L';  M=-10,-22,-18,-24,-19,  1,-27,-16, 16,-22, 27, 24,-23,-25,-14,-18,-23,-10, 10,-18, -2,-17;
/M: SY='T';  M= -3, 11,-17,  9,  7,-20,-13, -9,-20, -1,-20,-16,  9,-10,  0, -5, 15, 20,-13,-33,-15,  3;
/M: SY='E';  M= -4,  2,-23,  4, 11,-21,-17, -5,-16,  0, -9, -8, -1,-12,  5, -3, -1, -2,-14,-27,-13,  8;
/M: SY='E';  M=-10, 12,-26, 16, 24,-21,-16, -3,-25,  4,-20,-17,  6, -7,  8, -1,  0, -6,-22,-28,-15, 16;
/M: SY='D';  M=-16, 26,-28, 36, 11,-29,-15,  9,-27, -3,-21,-17, 12,-13,  1, -5, -2, -8,-22,-35,-12,  5;
/M: SY='L';  M= -8,-29,-20,-31,-22, 12,-30,-21, 21,-29, 40, 17,-27,-28,-21,-21,-26, -9, 13,-18,  1,-22;
/M: SY='R';  M= -5, -7,-23, -9,  1,-17,-19, -9,-11,  8, -7,  0, -5,-15,  4,  9, -5, -2, -8,-24,-10,  2;
/I:         I=-6; MI=0; IM=0; DM=-20; MD=-20;
/M: SY='R';  M=-11,  7,-28, 10, 17,-29,-16,  6,-28, 13,-22,-13,  5,-12, 17, 19, -1, -8,-24,-27,-13, 15;
/M: SY='L';  M= -4,-27,-22,-32,-23,  2,-30,-22, 28,-26, 29, 20,-24,-24,-18,-22,-21, -8, 18,-21, -2,-22;
/M: SY='G';  M= -3, -8,-30, -8,-14,-28, 51,-17,-35,-14,-26,-15, -1,-15,-15,-15, -2,-18,-27,-21,-26,-15;
/M: SY='I';  M= -5,-24,-20,-30,-26, -3,-28,-25, 30,-22, 10, 14,-19,-23,-20,-22,-11, -3, 30,-25, -6,-25;
/M: SY='T';  M= -2,  0,-17, -6, -1,-17,-16, -7,-10, -6,-14, -7,  4,-13,  2, -5, 11, 16, -7,-30,-12,  0;
/M: SY='N';  M= -2,  2,-20,  1, -3,-16,-13,-10,-12, -4, -6, -8,  3,-15, -5, -5,  0, -2,-11,-29,-13, -4;
/M: SY='V';  M=  0,-20,-21,-23,-17, -1,-21,-21,  5,-18,  1,  0,-18, -1,-18,-19, -7,  1,  6,-21, -8,-19;
/M: SY='G';  M=  1,-11,-26,-12,-12,-20, 36,-18,-28,-17,-19,-14, -5,-14,-14,-17, -1,-13,-22,-20,-22,-13;
/M: SY='H';  M= -9, -1,-26, -2, -1,-20,-18, 49,-21, -8,-18, -5,  5,-10,  3, -5, -4,-10,-21,-29,  4, -2;
/M: SY='R';  M=-11, -6,-29, -7,  6,-27,-16,  1,-26, 20,-20, -7, -1,-16, 24, 41, -5,-10,-22,-20,-11, 12;
/M: SY='K';  M= -9, -6,-26, -9,  0,-13,-21,-11,-12, 15, -9, -3, -4,-16,  2,  9,-11, -7,-11,-20, -7,  1;
/M: SY='K';  M=-10, -2,-27, -1,  7,-24,-20, -9,-21, 25,-19, -8, -2,-13,  7, 19, -6, -6,-15,-23,-11,  7;
/M: SY='I';  M=-11,-30,-26,-37,-27,  9,-36,-25, 36,-29, 28, 20,-23,-24,-21,-26,-23,-10, 21,-18,  2,-27;
/M: SY='L';  M= -9,-22,-18,-23,-10,  5,-27,-15,  8,-18, 23, 11,-21,-24,-11,-12,-19, -9,  3,-19, -2,-11;
/M: SY='K';  M= -3,  3,-14,  0,  0,-19,-12, -6,-21,  6,-20,-13,  5,-16,  1,  5,  3, -2,-16,-26,-10,  0;
/M: SY='S';  M=  7, -1,-15, -1,  7,-24, -6,-10,-22,  2,-22,-14,  1,-10,  2, -3, 12,  2,-14,-30,-18,  5;
/M: SY='I';  M= -9,-28,-23,-33,-25,  7,-33,-25, 31,-26, 21, 14,-21,-24,-21,-22,-17, -6, 23,-20,  0,-25;
/M: SY='Q';  M=-10,  2,-26,  0, 11,-27,-17,  6,-17,  5,-16, -3,  5,-13, 27,  8,  0, -7,-21,-25,-10, 18;
/M: SY='S';  M= -4, -2,-14, -4, -3,-19, -4, -9,-18, -4,-16,-11,  1,-17, -4, -5,  2, -1,-13,-28,-13, -4;
/M: SY='L';  M=-10,-26,-21,-31,-22,  8,-28,-15, 23,-23, 31, 30,-23,-25,-14,-18,-22, -9, 12,-19,  1,-19;
/M: SY='R';  M= -7,-12,-25,-13, -4,-17,-21,-11,-11, 16, -8, -1, -8,-17,  1, 19,-11, -8, -6,-21, -9, -3;
/M: SY='E';  M= -3,  1,-22,  2,  7,-20,-16, -7,-15,  0,-15,-11,  0,-12,  3, -2,  2, -1,-10,-26,-12,  5;
/M: SY='Q';  M= -3, -2,-22, -5,  1,-15,-18, -4, -9, -6, -8, -2, -2,-15, 10, -6, -1, -2,-10,-24, -9,  6;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2025_02 which contains 573'230 sequence entries.

Total number of hits	344 in 294 different sequences
Number of true positive hits	343 in 293 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	1
Number of false negative sequences	89
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	99.71 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	79.40 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info]	3
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	K_Hofmann
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	SAM
Version [info]	3

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences	293 sequences ANKS3_HUMAN (Q6ZW76), ANKS3_MOUSE (Q9CZK6), ANKS3_RAT (Q5M9H0), » more Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits: [Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color] [Clustal format, plain text] [Fasta format] Retrieve the sequence logo from the alignment
UniProtKB/Swiss-Prot False negative sequences	89 sequences ANS4B_HUMAN (Q8N8V4), ANS4B_MOUSE (Q8K3X6), ASZ1_AOTNA (Q07DV3), » more
UniProtKB/Swiss-Prot False positive sequences	1 sequence ERG_CHICK (Q90837)
PDB [Detailed view]	127 PDB 1B0X; 1B4F; 1F0M; 1KW4; 1OW5; 1PK1; 1PK3; 1SGG; 1UCV; 1UQV; 1V38; 1V85; » more