PROSITE entry PS50090

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

PURL [info]	https://purl.expasy.org/prosite/signature/PS50090
Entry name [info]	MYB_LIKE
Accession [info]	PS50090
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-DEC-2001 CREATED; 01-FEB-2007 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC00037
Associated ProRule [info]	PRU00133

Name and characterization of the entry

Description [info]

Myb-like domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=52;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=1; N2=52;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=0.3846165; R2=0.0116124; TEXT='NScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=483; N_SCORE=5.9875995; MODE=1; TEXT='R';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=301; N_SCORE=3.8741427; MODE=1; TEXT='R?';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-40; E1=-40; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='R';  M= -7,  1,-24, -2, -1,-21, -6, -2,-22,  7,-19,-11,  7,-15,  0, 12,  0, -4,-17,-27,-13, -2;
/M: SY='P';  M= -5, -9,-28, -6,  2,-24,-14,-13,-15, -4,-21,-12, -8, 23, -2, -8, -1, -4,-15,-28,-20, -3;
/M: SY='N';  M= -9,  7,-26,  8,  6,-22, -6, -2,-24,  3,-23,-15,  9, -8,  0,  2,  1, -6,-21,-28,-14,  2;
/M: SY='L';  M= -7,-14,-23,-15, -9,-11,-22, -8, -2, -4,  1,  1,-11,-17, -7,  0,-11, -7,  0,-22, -6, -9;
/M: SY='K';  M= -5,  2,-22, -3,  0,-22,-11, -8,-19, 13,-21,-11,  7,-15,  1, 11, -1, -4,-14,-26,-14,  0;
/M: SY='R';  M= -9, -6,-28, -6,  3,-23,-12, -8,-27, 24,-23,-11, -2,-10,  5, 30, -5, -7,-19,-21,-13,  2;
/M: SY='G';  M= -2, -2,-23, -3, -7,-23, 21,-13,-26, -6,-23,-14,  4,-16, -9, -6,  5, -4,-18,-27,-21, -8;
/M: SY='P';  M=  0, -3,-22, -4,  0,-21,-13,-10,-18,  2,-20,-13,  2,  5, -3,  1,  3, -1,-16,-28,-16, -3;
/M: SY='W';  M=-19,-38,-43,-40,-30, 21,-23,-28,-13,-22,-13,-15,-36,-30,-23,-21,-36,-26,-22,117, 28,-22;
/M: SY='T';  M=  1, -1,-13, -5, -5,-15,-13,-16,-14, -8,-17,-13,  1, -6, -7,-10, 21, 31, -5,-33,-14, -6;
/M: SY='E';  M= -7,  0,-27,  2, 10,-24,-18, -4,-20, 10,-19,-10, -2, -3,  6,  5, -4, -7,-16,-26,-13,  7;
/M: SY='E';  M= -6, 10,-26, 17, 34,-29,-16, -3,-26,  5,-21,-18,  1, -2, 12, -3,  3, -5,-23,-31,-19, 23;
/M: SY='E';  M=-11, 14,-30, 24, 55,-31,-19,  0,-31,  9,-21,-21,  2, -1, 19, -1,  0,-10,-30,-31,-20, 37;
/M: SY='D';  M=-14, 25,-27, 36, 19,-30,-14, -2,-27,  0,-20,-18,  8,-10,  4, -7,  0, -5,-21,-34,-16, 11;
/M: SY='E';  M= -9,  1,-27,  3, 16,-21,-20, -4,-16,  4,-10, -7, -2,-12, 13,  4, -5, -8,-17,-24,-11, 14;
/M: SY='M';  M=  0,-13,-23,-17, -6,-11,-21,-13, -1, -1,  0,  3,-11,-16, -3, -3, -9, -6, -2,-21, -8, -5;
/M: SY='L';  M= -9,-30,-22,-33,-23, 12,-32,-23, 25,-29, 38, 18,-27,-27,-22,-22,-26, -9, 15,-18,  1,-23;
/M: SY='I';  M= -7,-21,-23,-24,-14, -4,-29,-18, 14,-11, 10,  8,-18,-19,-12,-10,-15, -7, 11,-20, -1,-15;
/M: SY='E';  M= -5,  4,-24,  4, 10,-24,-15, -2,-22, 10,-18,-11,  3,-12,  7,  8,  1, -2,-18,-27,-12,  8;
/M: SY='L';  M=  2,-20,-20,-24,-18,  1,-14,-14,  4,-20, 15,  5,-18,-23,-16,-18,-14, -7,  2,-14,  1,-17;
/M: SY='V';  M= -5,-21,-17,-24,-19, -6,-28, -4, 13,-16,  6,  7,-17,-24,-15,-11,-13, -7, 17,-25, -2,-19;
/M: SY='E';  M= -4,  1,-25, -1, 12,-24,-14, -1,-21, 11,-19, -8,  3,-12, 12, 11,  0, -6,-18,-26,-13, 11;
/I:         MD=-15;
/M: SY='E';  M= -7,  0,-25, -1, 13,-21,-18, -5,-16,  9,-14, -7,  0,-12,  8,  5, -3, -4,-15,-25,-12, 10; D=-1;
/I:         MD=-15;
/M: SY='H';  M=-13,-12,-23,-15,-12,  4,-22, 13, -3,-13,  5,  6, -7,-24, -8, -9,-14, -9, -7,-13, 13,-11; D=-1;
/I:         MD=-15;
/M: SY='G';  M= -2, -7,-27, -5,-13,-25, 39,-16,-29,-14,-24,-16, -2, -8,-14,-16, -1,-15,-23,-20,-23,-14; D=-1;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-15; IM=0; DM=-15;
/M: SY='E';  M= -4, -1,-14, -1,  3,-14, -8, -1,-13, -1,-11, -6, -1, -3,  1, -3,  0,  0,-11,-18, -8,  1; D=-1;
/I:         DM=-15;
/M: SY='N';  M= -7,  5,-25,  0, -4,-21,  3, -5,-18, -6,-19,-12, 11,-10, -5, -7,  0, -5,-19,-28,-16, -6;
/M: SY='R';  M=-10,  4,-18,  2,  0,-20,-13, -2,-21,  5,-16,-10,  8,-18,  4, 13, -3, -7,-19,-28,-13,  1;
/M: SY='W';  M=-20,-39,-49,-39,-30, 11,-20,-28,-19,-20,-19,-19,-39,-30,-20,-20,-39,-29,-29,146, 32,-20;
/M: SY='S';  M=  0,  2,-21,  2,  5,-22,-10, -6,-21,  5,-20,-14,  4,-13,  2,  6,  7,  2,-14,-28,-14,  3;
/M: SY='E';  M= -2, -3,-22, -2,  8,-17,-17,-11,-14,  2,-11, -9, -5,-13,  0, -1, -1, -3, -9,-26,-13,  4;
/M: SY='I';  M= -8,-30,-25,-37,-29,  1,-37,-28, 43,-28, 21, 19,-23,-23,-21,-27,-19, -8, 31,-22, -2,-29;
/M: SY='A';  M= 27, -8,-15,-12, -5,-21, -1,-16,-15, -8,-18,-14, -5, -2, -6,-15, 15,  3, -7,-27,-20, -6;
/M: SY='K';  M= -4,  0,-25,  1,  8,-24,-13, -3,-22, 12,-20,-10,  1,-10,  6, 10,  0, -5,-17,-26,-13,  6;
/I:         MD=-18;
/M: SY='H';  M=-11, -6,-22, -8, -4,-12,-17, 12,-15,  2,-10, -2, -1,-19,  1,  7, -8, -9,-15,-20,  2, -3; D=-3;
/I:         MD=-18;
/M: SY='L';  M= -2,-24,-18,-29,-21,  9,-24,-17, 16,-22, 23, 17,-22,-24,-18,-18,-17, -6, 13,-18,  1,-19; D=-3;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-18; IM=0; DM=-18;
/M: SY='P';  M= -8,-14,-29,-11, -6,-16, -2,-13,-15,-10,-13, -9,-11, 16, -9,-13, -9,-10,-18,-19,-12,-10; D=-3;
/I:         DM=-18;
/M: SY='N';  M= -6,  3,-23, -1, -6,-20,  8, -4,-23, -4,-20,-13, 10,-17, -5, -2,  3, -2,-19,-27,-15, -6;
/M: SY='R';  M=-18, -8,-30, -8,  2,-22,-20,  1,-30, 32,-22,-10,  0,-18, 10, 60,-10, -9,-20,-20, -9,  2;
/M: SY='T';  M= -1, -2,  0, -9, -9,-15,-14,-16,-13,-11,-16,-11,  1,-13, -9,-10, 16, 24, -6,-34,-15, -9;
/M: SY='D';  M= -6,  4,-29, 10,  2,-27,  3,-11,-28, -4,-26,-20,  0,  4, -6, -9,  0, -7,-23,-24,-18, -3;
/M: SY='K';  M= -8,  6,-24,  1,  5,-20,-16, -4,-16, 11,-19, -9, 11,-15,  4,  6, -2, -3,-15,-25,-12,  4;
/M: SY='Q';  M= -2,  6,-23,  8, 16,-29,-13, -1,-21,  3,-21,-10,  4,-10, 22,  0,  8, -2,-21,-28,-15, 19;
/M: SY='C';  M= -9,-23, 67,-32,-29,-12,-32,-29, -5,-29, -6, -7,-21,-34,-27,-28,-12, -8,  6,-40,-20,-29;
/M: SY='R';  M=-12, -7,-28, -8,  3,-22,-21, -3,-21, 26,-18, -4, -3,-15, 11, 32, -9, -9,-16,-20, -8,  5;
/M: SY='N';  M=-10,  9,-24,  7,  5,-13,-15,  6,-15, -5,-10, -9, 10,-17, -1, -6, -3, -6,-17,-27, -5,  2;
/M: SY='R';  M=-18,-10,-30,-10, -2,-12,-22,  8,-24, 21,-18, -7, -3,-20,  7, 39,-12,-11,-19,-11,  7, -1;
/M: SY='W';  M=-19,-34,-41,-36,-28, 23,-23,-21,-14,-20,-12,-14,-33,-29,-21,-18,-32,-22,-21,104, 36,-21;
/M: SY='N';  M=-10,  3,-23, -2,  2,-17,-17,  2,-14,  3,-12, -6,  9,-17,  5,  8, -4, -4,-16,-26, -9,  2;
/M: SY='N';  M= -6,  7,-21,  0,  1,-19,-11, -6,-18,  7,-20,-12, 14,-15,  2,  7,  4,  3,-15,-29,-14,  1;
/M: SY='Y';  M=-11,-17,-22,-19,-16,  3,-26,  7,  4,-16,  8,  6,-14,-25,-10,-11,-14, -5,  1,-11, 18,-15;
/M: SY='L';  M= -8,-23,-21,-26,-19,  5,-27,-16, 15,-20, 24, 13,-21,-23,-17,-16,-20, -8, 10,-19,  1,-19;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Post-processing [info]

COMPETES_HIT_WITH

PS51294(4); PS51293

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2025_02 which contains 573'230 sequence entries.

Total number of hits	120 in 96 different sequences
Number of true positive hits	114 in 90 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	6 in 6 different sequences
Number of false negative sequences	48
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	95.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	70.37 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Eukaryotes, Prokaryotes (Bacteria), Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info]	3
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	K_Hofmann, PS_Langendijk_Genevaux
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	myb-like
Version [info]	2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences	90 sequences ASR3_ARATH (Q8VZ20), AZPA6_ASPTN (Q0CRP6), BAS1_YEAST (P22035), » more Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits: [Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color] [Clustal format, plain text] [Fasta format] Retrieve the sequence logo from the alignment
UniProtKB/Swiss-Prot False negative sequences	48 sequences ASIL1_ARATH (Q9SYG2), ASIL2_ARATH (Q9LJG8), BDP1_HUMAN (A6H8Y1), » more
UniProtKB/Swiss-Prot False positive sequences	6 sequences DNJC1_MOUSE (Q61712), DNJC2_BOVIN (Q1RMH9), MYB_DROME (P04197), » more
PDB [Detailed view]	33 PDB 1FEX; 1H8A; 1UG2; 1X58; 2EBI; 2JMW; 2LLK; 5N9G; 5Y81; 7FDO; 7VVY; 7VVZ; » more