PROSITE entry PS50089

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

PURL [info]	https://purl.expasy.org/prosite/signature/PS50089
Entry name [info]	ZF_RING_2
Accession [info]	PS50089
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-DEC-2001 CREATED; 26-FEB-2020 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC00449
Associated ProRule [info]	PRU00175

Name and characterization of the entry

Description [info]

Zinc finger RING-type profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=43;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=5; N2=39;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=-1.1720001; R2=0.0147530; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=909.1719971; R2=4.7309294; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=656; H_SCORE=4013; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=521; H_SCORE=3374; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=0; E1=-10; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; M0=-5;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='C';  M=-10,-20,119, 10,  0,-20,-30, 10,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='P';  M= -1, -9,-21,-10, -4,-17,-14,-10,-11, -8,-14, -8, -6,  4, -5,-10,  0, -1,-10,-27,-14, -6;
/M: SY='I';  M= -7,-27,-24,-32,-25, -1,-32,-25, 32,-22, 16, 15,-21,-23,-19,-21,-17, -7, 25,-21, -3,-24;
/M: SY='C';  M=-10,-20,119,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-19,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='L';  M=-10,-12,-17,-14, -9, -1,-19, -7, -7, -9,  2,  2,-11,-21, -8, -7,-12, -8, -7,-17,  1, -9;
/M: SY='E';  M= -8,  9,-22, 12, 17,-24,-13, -3,-23,  2,-20,-15,  5,-11,  6, -2,  3, -2,-19,-29,-15, 11;
/M: SY='E';  M= -7, -4,-23, -4,  1,-16,-17, -8,-12, -2,-12, -8, -2, -5, -3, -3, -3, -2,-11,-25,-10, -2;
/M: SY='F';  M=-10,-19,-24,-21,-13,  7,-24,-11,  4,-15,  6,  7,-16,-13,-12,-13,-15, -9, -2,-12,  6,-13;
/M: SY='K';  M= -5, -1,-22, -2,  0,-17,-15, -8,-13,  1,-13, -8, -2,-13, -2, -2, -1, -1, -9,-24, -9, -2;
/M: SY='D';  M= -7,  6,-24,  8,  6,-22,-12, -7,-18, -4,-17,-13,  4, -5, -1, -6,  1, -2,-16,-30,-15,  1;
/M: SY='P';  M= -3, -6,-21, -6, -1,-21,-11,-12,-16, -6,-18,-12, -5,  9, -4, -9,  0, -2,-14,-28,-17, -4;
/I:         II=-4; MI=0; MD=-10; IM=0; I=0,0,-20,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0;
/M:         M= -2, -6, -9, -8, -5, -4,-11, -8, -4, -3, -4, -2, -4, -7, -6, -3, -3, -1, -2,-13, -5, -6; D=-3;
/I:         DM=-10;
/M: SY='V';  M= -4,-15,-14,-16,-12, -4,-15,-14,  3,-10,  0,  1,-13, -3,-11, -9, -8, -3,  4,-14, -6,-12; D=-3;
/I:         DM=-10;
/M: SY='V';  M= -4,-16,-14,-19,-13, -9,-21,-14,  1, -7, -3,  1,-13,-19,-11, -5, -6, -2,  7,-24, -8,-13; D=-3;
/I:         DM=-10;
/M: SY='L';  M= -6,-19, -9,-22,-15, -5,-22,-17,  3,-16,  4,  3,-16,-19,-12,-14,-11, -5,  3,-21, -7,-14;
/M: SY='L';  M= -6,-14,-18,-16,-11, -6,-17,-15, -2,-14,  4,  1,-11,-15,-11,-12, -7,  0, -2,-24, -8,-11;
/M: SY='P';  M= -8, -3,-24, -1,  3,-23,-13, -7,-20, -3,-21,-14, -2, 14, -3, -6, -2, -3,-20,-30,-18, -2;
/M: SY='C';  M=-10,-19,117,-29,-29,-20,-29,-30,-30,-30,-20,-20,-19,-39,-29,-30, -9,-10,-10,-50,-30,-29;
/M: SY='G';  M= -5, -5,-24, -7, -9,-21, 22, -8,-26, -8,-20,-12,  1,-19, -7, -7, -2,-12,-22,-22,-16, -9;
/M: SY='H';  M=-19, -1,  0, -1, -1,-18,-20, 88,-28, -8,-19, -1,  9,-20,  9,  1,-10,-18,-28,-28, 19, -1;
/M: SY='T';  M= -1,-11,-17,-15,-10,-10,-19,-15, -1, -8, -3, -1, -8,-17, -8, -7,  0,  5,  3,-26,-10,-10;
/I:         I=-8; MI=-10; MD=-20; IM=-10; DM=-20;
/M: SY='F';  M=-13,-26,-20,-33,-26, 42,-26,-16,  7,-25, 11,  5,-20,-27,-28,-19,-17, -8,  4,  0, 21,-25;
/M: SY='C';  M=-10,-10, 70,  0,-10,-10,-10, 40,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10;
/M: SY='R';  M=-10, -8,-23, -9, -3, -7,-19, -1,-13, -2, -9, -5, -5,-18, -2,  2, -7, -5,-12,-14,  2, -4;
/M: SY='E';  M= -3, -1,-23, -2,  3,-18,-10, -2,-19, -1,-17,-10,  1, -8,  1, -3,  2, -3,-16,-25,-11,  1;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='I';  M= -5,-24,-20,-29,-23,  3,-29,-22, 22,-23, 17, 11,-20,-23,-19,-21,-16, -7, 16,-16,  1,-23;
/M: SY='R';  M= -7, -2,-22, -3,  0,-15,-17, -6,-13,  0,-11, -7, -1,-15, -1,  2, -3, -3,-10,-25, -8, -1;
/M: SY='K';  M= -6,  1,-24, -1,  4,-22,-11, -5,-20,  7,-19,-10,  4,-11,  5,  6,  2, -1,-16,-25,-13,  4;
/M: SY='W';  M=-12,-24,-25,-26,-19,  4,-23,-14, -3,-17, -3, -2,-21,-23,-14,-15,-20,-13, -8, 34, 13,-16;
/I:         II=-5; MI=0; MD=-10; IM=0; I=0,0,-20,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0;
/M:         M= -3, -3,-12, -4, -3, -4, -7, -2, -7, -1, -6, -3, -2, -7, -2,  0, -3, -3, -6, -9, -2, -3; D=-2;
/I:         DM=-11;
/M:         M= -5, -6,-15, -8, -4, -5,-10, -6, -5, -5, -3, -2, -4,-13, -4, -4, -3, -2, -4,-15, -4, -4; D=-2;
/I:         DM=-11;
/M:         M= -5, -4,-19, -5, -2,-12,-11, -5,-10, -4, -8, -5, -1,-12, -2, -3, -1, -1, -8,-23, -9, -2; D=-2;
/I:         DM=-11;
/M: SY='N';  M= -4,  2,-19,  0,  0,-18, -6, -5,-17,  1,-17,-10,  5,-12,  0,  2,  4,  0,-13,-25,-12,  0; D=-2;
/I:         DM=-11;
/M: SY='S';  M= -3, -3,-21, -4, -2,-17, -4,-10,-15, -3,-13, -8,  0,-11, -3, -3,  1, -2,-11,-24,-13, -3; D=-2;
/I:         DM=-11;
/M: SY='N';  M= -4, -1,-21, -3, -1,-15, -6, -5,-16, -2,-17,-10,  4,-11, -3, -2,  2, -2,-14,-24,-11, -3; D=-2;
/I:         DM=-11;
/M:         M= -6, -8,-24,-11, -8,-12,-15,-10, -9, -5,-11, -5, -4, -9, -5, -5, -5, -5, -8,-18, -8, -7;
/M: SY='T';  M= -5, -4,-20, -7,  0,-16,-15, -8,-15,  2,-15, -8, -1,-11,  1,  2,  2,  3,-11,-25,-10,  0;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='P';  M= -8,-18,-36,-11, -2,-26,-20,-19,-17, -9,-26,-17,-18, 72,-10,-18, -8, -8,-25,-29,-26,-10;
/M: SY='I';  M= -3,-15,-19,-20,-12, -1,-23,-16,  7,-14,  7,  5,-13,-20,-11,-13, -8, -1,  7,-22, -4,-12;
/M: SY='C';  M=-10,-10, 80, 30,  0,-10,-10, 30,-10,-10,-10,-10,  0,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10;
/M: SY='R';  M=-13, -1,-28, -2,  3,-23,-12,  1,-28, 21,-23,-11,  6,-17, 10, 37, -4, -8,-22,-23,-10,  4;
/I:         E1=0;

» more

Post-processing [info]

COMPETES_HIT_WITH

PS51867; PS51872

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2025_03 which contains 573'661 sequence entries.

Total number of hits	1'675 in 1'640 different sequences
Number of true positive hits	1'664 in 1'629 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	11 in 11 different sequences
Number of false negative sequences	216
Number of 'partial' sequences	1

Precision (true positives / (true positives + false positives))	99.34 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	88.51 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Eukaryotes, Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info]	3
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	K_Hofmann
Feature key [info]	ZN_FING
Feature description [info]	RING-type
Version [info]	7

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences	1629 sequences 121R_IIV6 (O55735), 175R_IIV6 (O55765), 332L_IIV6 (Q91FJ2), » more Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits: [Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color] [Clustal format, plain text] [Fasta format] Retrieve the sequence logo from the alignment
UniProtKB/Swiss-Prot False negative sequences	216 sequences 095L_IIV6 (O55718), ADCD_DICDI (Q54LD5), ARI11_CAEEL (O01965), » more
UniProtKB/Swiss-Prot 'Partial' sequences	1 sequence RAG1_GINCI (Q90523)
UniProtKB/Swiss-Prot False positive sequences	11 sequences BAZ1B_DANRE (A2BIL7), BAZ1B_HUMAN (Q9UIG0), BAZ1B_MOUSE (Q9Z277), » more
PDB [Detailed view]	578 PDB 1BOR; 1CHC; 1E4U; 1FBV; 1G25; 1IYM; 1JM7; 1LDJ; 1LDK; 1RMD; 1U6G; 1UR6; » more