PROSITE entry PS50082

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
PURL: https://purl.expasy.org/prosite/signature/PS50082

Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	WD_REPEATS_2
Accession [info]	PS50082
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-DEC-2001 CREATED; 07-APR-2021 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC00574
Associated ProRule [info]	PRU00221

Name and characterization of the entry

Description [info]

Trp-Asp (WD) repeats profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=42;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=5; N2=38;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.0511000; R2=0.0334182; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=1113.7017822; R2=1.6596491; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=223; H_SCORE=1484; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=164; H_SCORE=1386; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-50; E1=-50; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; M0=-10;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='L';  M= -9,-18,-20,-21,-14,  6,-23,-12,  4,-18, 10,  4,-15,-20,-14,-14,-14, -6,  1,-16,  3,-15;
/M:         M= -5, -2,-21, -2,  0,-17,-13, -6,-16, -1,-15, -9,  0,-11,  0, -1,  0, -1,-13,-25,-10, -1;
/M: SY='G';  M=  2, -5,-22, -6, -7,-22, 18,-12,-24,-10,-20,-13, -1,-14, -9,-12,  2, -7,-17,-24,-19, -9;
/M: SY='H';  M=-14,  0,-27,  0,  0,-19,-16, 57,-25, -7,-19, -5,  6,-15,  5, -2, -6,-13,-24,-27,  8, -1;
/M: SY='S';  M= -4,  1,-21,  0,  3,-20,-11, -8,-18,  0,-17,-11,  2, -9,  1, -1,  4,  3,-14,-28,-13,  1;
/M: SY='B';  M= -2,  4,-21,  4,  1,-22, -1, -6,-22, -3,-20,-13,  4,-13, -1, -6,  3, -4,-17,-27,-15, -1;
/M:         M= -2, -7,-23, -7, -3,-16, -9,-11,-16, -6,-17,-12, -5, -5, -5, -7, -1, -3,-14,-17,-11, -5;
/M: SY='V';  M= -3,-26,-12,-30,-26, -1,-29,-26, 25,-21, 11,  9,-23,-25,-23,-21,-12, -3, 30,-26, -7,-26;
/M: SY='T';  M= -7, -5,-17,-10, -9, -7,-16, -8,-11, -7,-10, -7,  0,-19, -7, -4, -1,  4, -9,-16, -4, -8;
/M: SY='S';  M=  2, -2,  0, -4, -6,-19, -7,-12,-20,-10,-19,-14, -1,-17, -7,-11,  8,  2,-11,-31,-17, -7;
/M: SY='V';  M= -3,-25,-10,-29,-23,  2,-27,-23, 18,-23, 17, 11,-23,-26,-21,-20,-14, -5, 20,-24, -6,-23;
/M: SY='A';  M=  5, -1,-15, -3, -2,-20,-11,-10,-17, -2,-16,-11, -2,-14, -2, -4,  4, -1,-10,-25,-14, -2;
/M: SY='F';  M=-12,-26,-24,-31,-24, 25,-24,-19,  0,-22,  1, -2,-22,-25,-23,-18,-19,-11, -3, 25, 16,-22;
/M: SY='S';  M= -2,  3,-16,  1, -3,-17, -9,  3,-17, -8,-18,-12,  8,-15, -3, -8,  9,  2,-14,-31,-11, -3;
/M: SY='P';  M= -6, -6,-28, -3,  1,-23,-12, -8,-20, -4,-22,-15, -5, 24, -3, -8, -2, -6,-21,-27,-18, -3;
/M: SY='D';  M= -8, 14,-22, 16,  4,-21,-10, -2,-22, -3,-20,-16, 10,-12, -2, -6,  3, -1,-18,-30,-13,  1;
/I:         I=-12; MI=-15; MD=-25; IM=-15; DM=-25;
/M: SY='G';  M= -2, -1,-19, -1, -3,-19, 13, -8,-20, -7,-18,-12,  2, -8, -5, -8,  2, -6,-16,-21,-15, -4; D=-5;
/I:         DM=-25;
/M: SY='N';  M= -6,  1,-20, -1,  0,-17, -9, -4,-17,  0,-16,-10,  4, -8,  1,  1,  1, -2,-15,-22,-10,  0; D=-5;
/I:         DM=-25;
/M: SY='Y';  M= -9,-15,-21,-18,-13,  1,-23, -7,  0,-10,  3,  2,-12,-22, -9, -6,-12, -5, -1,-11,  6,-12; D=-5;
/I:         DM=-25;
/M: SY='L';  M= -8,-27,-18,-31,-23, 13,-29,-21, 19,-25, 23, 13,-23,-26,-22,-20,-19, -7, 15,-16,  2,-23;
/M: SY='V';  M=  8,-21,-13,-27,-21,  0,-19,-21, 10,-20,  8,  4,-19,-22,-19,-20, -8, -3, 14,-19, -6,-20;
/M: SY='T';  M=  8, -6, -8,-10, -9,-13, -9,-15,-11,-12,-15,-11, -1,-13, -9,-13, 20, 21, -1,-32,-15, -9;
/M: SY='G';  M= 10,-10, -9,-14,-16,-21, 22,-20,-22,-16,-19,-14, -5,-18,-16,-18,  6, -5,-11,-26,-23,-16;
/M: SY='S';  M=  5, -3,-13, -5, -8,-19, 11,-12,-23,-13,-23,-16,  2,-15, -8,-14, 16,  3,-14,-29,-17, -8;
/M:         M= -4, -2,-21, -2, -1,-16,-10, -7,-17, -4,-14, -9, -2,-14, -3, -4, -1, -4,-14,-18, -8, -2;
/M: SY='D';  M=-16, 39,-28, 52, 16,-35, -8,  0,-35,  0,-28,-26, 19,-11,  1, -8,  2, -7,-27,-37,-19,  9;
/M: SY='G';  M= -5, -1,-22, -4, -6,-22, 11, -5,-27, -1,-23,-13,  6,-16, -4,  1,  1, -8,-22,-24,-16, -6;
/M: SY='T';  M= -3, -2,-17, -6, -4,-14,-16, -8,-11, -4,-12, -7,  0,-15, -2, -4,  6, 11, -7,-27, -9, -3;
/M: SY='I';  M= -2,-27,-14,-32,-25,  0,-30,-26, 27,-24, 17, 12,-23,-24,-22,-23,-15, -5, 26,-23, -6,-25;
/M: SY='R';  M=-10, -7,-23,-10, -3,-15,-19, -5,-16, 13,-14, -5, -3,-17,  2, 18, -7, -6,-12,-20, -5, -2;
/M: SY='I';  M= -7,-27,-18,-31,-24,  6,-30,-22, 23,-24, 19, 13,-23,-26,-21,-20,-17, -6, 22,-20, -1,-24;
/M: SY='W';  M=-19,-35,-42,-36,-28, 17,-22,-21,-13,-20,-12,-14,-34,-29,-20,-18,-33,-24,-22,109, 32,-21;
/M: SY='D';  M=-11, 26,-24, 32, 12,-29, -9, -1,-29,  2,-26,-21, 16,-11,  3, -3,  4, -4,-24,-34,-17,  7;
/M: SY='L';  M= -5,-20,-19,-24,-18,  0,-23,-18,  9,-18, 10,  6,-18,-18,-16,-16,-12, -3,  8,-17, -3,-17;
/M: SY='R';  M= -6,  1,-23,  1,  4,-20,-13, -5,-19,  3,-17,-11,  2, -9,  3,  5,  1, -2,-15,-26,-13,  2;
/M: SY='S';  M= -3,  3,-19,  0,  0,-18,-10, -8,-18, -2,-18,-12,  5,-11, -1, -3,  8,  8,-13,-28,-13, -1;
/M: SY='G';  M= -4, -4,-23, -5, -5,-19,  4,-10,-20, -7,-17,-10, -1,-11, -6, -7, -1, -7,-17,-23,-15, -6;
/M: SY='E';  M= -5,  1,-22,  0,  6,-21,-13, -6,-19,  4,-18,-11,  1,-10,  4,  3,  1, -2,-16,-25,-12,  4;
/M:         M= -6, -9,-10,-11, -5,-14,-18,-11,-11, -7, -9, -6, -8,-11, -6, -6, -6, -4, -9,-25,-11, -6;
/M: SY='V';  M= -5,-13,-20,-15, -9, -9,-21,-15,  2,-11,  1,  1,-11,-14, -9,-10, -7, -2,  3,-24, -9,-10;
/M:         M= -6, -8,-21, -9, -5,-13,-15, -3,-12, -3,-10, -4, -5,-15, -2, -1, -5, -5,-10,-20, -5, -4;
/M: SY='T';  M= -4, -6,-18, -8, -4,-13,-17,-11, -9, -5,-10, -6, -4,-13, -4, -5,  2,  5, -4,-26,-10, -5;
/I:         E1=0;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2025_03 which contains 573'661 sequence entries.

Total number of hits	7'274 in 2'104 different sequences
Number of true positive hits	7'272 in 2'102 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	2 in 2 different sequences
Number of false negative sequences	524
Number of 'partial' sequences	1

Precision (true positives / (true positives + false positives))	99.97 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	93.28 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Eukaryotes, Prokaryotes (Bacteria), Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info]	15
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	K_Hofmann
Feature key [info]	REPEAT
Feature description [info]	WD
Version [info]	8

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences	2102 sequences A16L1_CAEEL (Q19124), A16L1_HUMAN (Q676U5), A16L1_MOUSE (Q8C0J2), » more Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits: [Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color] [Clustal format, plain text] [Fasta format] Retrieve the sequence logo from the alignment
UniProtKB/Swiss-Prot False negative sequences	524 sequences 2AB1_CAEEL (G5EDR3), 2ABA_ARATH (Q38821), 2ABA_CANTR (P53031), » more
UniProtKB/Swiss-Prot 'Partial' sequences	1 sequence NBEA_CHICK (Q9DDD5)
UniProtKB/Swiss-Prot False positive sequences	2 sequences APC4_DICDI (Q54NI1), NCAP_LASSJ (P13699)
PDB [Detailed view]	2723 PDB 1A0R; 1B9X; 1B9Y; 1ERJ; 1GG2; 1GOT; 1GP2; 1GXR; 1K8K; 1NEX; 1NR0; 1OMW; » more