PROSITE entry PS50077

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

PURL [info]	https://purl.expasy.org/prosite/signature/PS50077
Entry name [info]	HEAT_REPEAT
Accession [info]	PS50077
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-DEC-2001 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC50077
Associated ProRule [info]	PRU00103

Name and characterization of the entry

Description [info]

HEAT repeat profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=39;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=4; N2=36;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.7219000; R2=0.0281000; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=1173.1881104; R2=1.0396039; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=242; H_SCORE=1425; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=171; H_SCORE=1351; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-100; E1=-100; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='L';  M= -7,-29,-20,-32,-23,  6,-31,-24, 25,-27, 30, 16,-26,-23,-21,-23,-22, -8, 18,-21, -2,-23;
/M: SY='L';  M= -9,-23,-20,-26,-18,  0,-27,-18, 17,-18, 21, 14,-21,-25,-16,-12,-19, -8, 13,-23, -4,-18;
/M: SY='P';  M= -4,-11,-33, -5,  2,-28,-16,-16,-20, -8,-27,-19,-11, 58, -5,-16, -3, -6,-25,-30,-26, -5;
/M: SY='V';  M= -1,-16,-12,-20,-12, -4,-21,-15,  1,-14,  0,  1,-14,-13,-12,-15, -6, -2,  3,-23, -7,-13;
/M: SY='L';  M= -9,-28,-16,-32,-25, 15,-31,-21, 20,-26, 24, 13,-25,-28,-23,-21,-20, -7, 17,-16,  5,-24;
/M: SY='L';  M= -6,-15,-20,-16, -7, -8,-23,-15,  4,-10,  5,  3,-13,-19, -7, -7, -8, -2,  4,-24, -7, -8;
/M: SY='E';  M= -7,  9,-23, 10, 14,-25,-14, -2,-22,  5,-21,-14,  8,-10,  8,  2,  3, -2,-19,-30,-15, 10;
/M: SY='L';  M= -6,-19,-13,-22,-14,  0,-21,-13,  4,-20, 18,  9,-18,-24,-13,-16,-16, -6,  0,-18, -3,-14;
/M: SY='L';  M=  4,-18, -7,-23,-17, -5,-18,-17,  5,-20, 10,  6,-15,-21,-14,-18, -6, -1,  6,-26, -9,-16;
/I:         I=-8; MI=-20; MD=-25; IM=-20;
/M: SY='K';  M= -7,  1,-25, -1,  5,-22, -7, -7,-22,  8,-21,-11,  4,-13,  7,  7,  1, -2,-19,-19,-13,  6; D=-6;
/I:         DM=-25;
/M: SY='D';  M=-18, 43,-28, 57, 15,-34,-11,  1,-34, -1,-27,-26, 20,-12, -1, -8,  0, -9,-26,-38,-17,  6;
/M: SY='E';  M= -8,  7,-25, 12, 15,-28,-14, -6,-26,  6,-24,-17,  3,  5,  5,  0,  2, -3,-23,-30,-18,  9;
/M: SY='D';  M= -8, 11,-21, 13,  9,-22,-14, -2,-19, -1,-19,-13,  7,-14,  2, -5,  4, -2,-13,-31,-14,  5;
/M: SY='P';  M= -7, -9,-29, -7, -4,-15,-17,-11,-13, -7,-15,-11,-11,  4, -6,-11, -8, -6,-13, -7, -5, -6;
/M: SY='E';  M= -9,  4,-22,  6, 10,-20,-17, -2,-17, -1,-12, -8,  2,-12,  3,  1, -1, -4,-15,-29,-12,  6;
/I:         I=-10; MI=-5; IM=-5;
/M: SY='V';  M= -4,-27,-15,-28,-27,  0,-30,-22, 27,-21, 11, 10,-25,-28,-25,-20,-12, -3, 38,-26, -4,-27;
/M: SY='R';  M=-17, -9,-29, -9,  2,-21,-21, -2,-27, 29,-19, -8, -1,-18, 11, 55,-10,-10,-19,-20, -9,  3;
/M: SY='L';  M= -9, -9,-22,-10, -3, -2,-20, -4, -6, -8,  2,  2,-10,-19, -6, -5,-10, -7, -7,-18,  2, -5;
/M: SY='A';  M= 14, -5,-16,-13, -8,-10,-10,-13, -8, -7, -8, -4, -1,-15, -7,-11,  3,  2, -4,-23,-12, -7;
/M: SY='A';  M= 21,-16, -9,-23,-16,-10,-14,-22,  3,-16,  1, -1,-14,-17,-15,-19,  2,  3, 10,-24,-13,-16;
/M: SY='A';  M= 16,-14,-14,-20,-13,-11,-14,-19,  2,-13,  0, -1,-13,-17,-12,-16, -2, -2,  7,-23,-12,-13;
/M: SY='E';  M= -5,  3,-25,  4, 15,-21,-14, -3,-23,  8,-20,-12,  2,-11,  9,  3,  1, -5,-20,-20,-11, 12;
/M: SY='A';  M=  8, -5, -9,-10, -6,-18, -8,-12,-15, -2,-16,-10, -1,-16, -3, -5,  6,  2, -8,-27,-14, -5;
/M: SY='L';  M= -9,-27,-15,-31,-23,  8,-30,-19, 20,-25, 30, 18,-25,-27,-20,-20,-22, -8, 14,-20,  1,-22;
/M: SY='S';  M= -1, -4,-20, -6, -7,-21,  2,-11,-17, -6,-18, -9,  0,-10, -4, -8,  3, -3,-14,-26,-16, -6;
/M: SY='E';  M= -1, -4,-19, -5,  1,-18,-11,-12,-16,  1,-14,-10, -2,-13, -3,  0,  1, -1,-10,-26,-14, -1;
/M: SY='L';  M=-10,-29,-20,-34,-25, 17,-32,-23, 25,-28, 27, 15,-24,-26,-24,-23,-21, -9, 17,-16,  4,-25;
/M: SY='A';  M= 12,-11, -5,-17,-13,-15, -7,-18, -6,-14, -8, -5, -8,-18,-10,-17,  3,  0,  0,-27,-16,-12;
/M: SY='E';  M= -6, -1,-27,  1, 12,-23,-15, -8,-20,  6,-17,-12, -3,  2,  5,  1, -2, -4,-19,-26,-15,  7;
/M: SY='V';  M=  2,-14,-20,-19,-12, -5,-19,-14,  4,-14,  3,  1,-12,-19,-10,-13, -7, -4,  5,-20, -6,-12;
/I:         E1=-90;
/M: SY='L';  M= -7,-26,-16,-30,-22,  7,-29,-19, 18,-24, 23, 14,-24,-24,-21,-20,-19, -6, 16,-21, -2,-22;
/I:         E1=-80;
/M: SY='G';  M= -3,  1,-26,  2, -2,-25, 21,-12,-28, -9,-23,-16,  4,-11, -8,-11,  3, -7,-22,-27,-22, -5;
/I:         E1=-70;
/M: SY='E';  M= -4, -3,-26, -2,  4,-23, -8, -9,-18, -1,-20,-11, -2,  4,  2, -6,  1, -4,-17,-27,-16,  2;
/I:         E1=-60;
/M: SY='E';  M= -6,  9,-25, 14, 19,-25,-14, -6,-23,  2,-21,-16,  4, -3,  6, -4,  3, -3,-20,-30,-16, 12;
/I:         E1=-50;
/M:         M= -5, -3,-22, -4, -3,-15,-18, -8,-10, -6,-10, -6, -4,-14,  0, -6, -4, -6, -9,-20, -9, -2;
/I:         E1=-40;
/M: SY='V';  M= -3,-16,-13,-21,-18,  2,-23,-19,  6,-18,  8,  4,-15,-22,-17,-15, -7,  6,  9,-22, -3,-18;
/I:         E1=-30;
/M: SY='E';  M= -7, -1,-22, -1,  5,-20,-19, -9,-14,  4,-13, -8, -3,-11,  1,  2, -4, -5,-10,-26,-12,  2;
/I:         E1=-20;
/M: SY='E';  M= -3,  4,-23,  2,  6,-22,-11, -4,-20,  5,-21,-12,  5, -9,  5,  1,  5,  1,-17,-27,-12,  5;
/I:         E1=-10;
/M: SY='H';  M=-11, -4,-25, -3,  3, -9,-21,  5,-10, -7, -4, -3, -4,-17, -1, -7, -8, -7,-11,-22,  0,  0;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2025_02 which contains 573'230 sequence entries.

Total number of hits	345 in 142 different sequences
Number of true positive hits	344 in 141 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	1
Number of false negative sequences	370
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	99.71 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	48.18 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Eukaryotes, Prokaryotes (Bacteria)
Maximum number of repetitions [info]	13
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	K_Hofmann
Feature key [info]	REPEAT
Feature description [info]	HEAT
Version [info]	5

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences	141 sequences 2AAA_ARATH (Q38845), 2AAA_BOVIN (Q32PI5), 2AAA_CAEEL (Q09543), » more Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits: [Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color] [Clustal format, plain text] [Fasta format] Retrieve the sequence logo from the alignment
UniProtKB/Swiss-Prot False negative sequences	370 sequences ALP14_SCHPO (O94534), ALP1_SCHPO (Q10197), AP1B_DICDI (Q54X82), » more
UniProtKB/Swiss-Prot False positive sequences	1 sequence DPOL_PYRSD (Q51334)
PDB [Detailed view]	254 PDB 1B3U; 1F59; 1GCJ; 1IBR; 1M5N; 1O6O; 1O6P; 1QBK; 1QGK; 1QGR; 1U6G; 1UKL; » more