PROSITE entry PS50064

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

PURL [info]	https://purl.expasy.org/prosite/signature/PS50064
Entry name [info]	ZF_PARP_2
Accession [info]	PS50064
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-NOV-1997 CREATED; 26-FEB-2020 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC00360
Associated ProRule [info]	PRU00264

Name and characterization of the entry

Description [info]

Zinc finger poly(ADP-ribose) polymerase (PARP)-type profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=89;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=84;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=0.1357000; R2=0.0150670; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=7214.8769531; R2=3.4561403; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 0.5%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=556; H_SCORE=9136; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=423; H_SCORE=8677; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-40; E1=-40; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='F';  M=-20,-27,-23,-34,-27, 64,-30, -7,  0,-24,  7,  0,-20,-30,-30,-17,-20,-10, -3, 16, 46,-27;
/M: SY='A';  M=  3,-13, -4,-16,-12,-20,  3,-16,-22, -3,-13,-10, -8,-21,-10,  2, -6,-10,-13,-24,-18,-12;
/M: SY='V';  M= 20,-21,-13,-27,-21, -9,-19,-26, 16,-17,  3,  3,-20,-20,-20,-22, -3, -2, 25,-24,-13,-21;
/M: SY='E';  M=-11, 14,-30, 24, 48,-32,-12, -1,-32,  7,-22,-21,  3, -3, 16, -2,  0,-11,-30,-30,-20, 32;
/M: SY='Y';  M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20,  0,-10,  0,  0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20;
/M: SY='A';  M= 46, -9,-10,-18, -9,-20,  0,-19,-11,-10,-12,-11, -8,-10, -9,-19, 13,  2, -1,-22,-20, -9;
/M: SY='K';  M=-11, -1,-30, -1,  9,-29,-20, -9,-30, 48,-29,-10,  0,-11, 10, 34,-10,-10,-20,-20,-10,  9;
/M: SY='S';  M=  5, -1,-13, -2, -1,-19, -5,-10,-20, -5,-27,-18,  8,-11,  0,  0, 32, 19,-10,-36,-18, -1;
/M: SY='G';  M= -1,  5,-24,  0, -9,-26, 38,-10,-31,-12,-30,-20, 17,-18,-10,-13, 10, -8,-26,-29,-25,-10;
/M: SY='R';  M=-17, -9,-27,-10, -1,-19,-20, -3,-27, 25,-19,-10,  0,-19,  7, 60, -6, -2,-17,-21,-10, -1;
/M: SY='A';  M= 37, -7,-10,-13, -7,-20,  0,-17,-13,-10,-17,-13, -3,-10, -7,-17, 20,  7, -3,-27,-20, -7;
/M: SY='S';  M=  7, -3,-13, -7, -7,-17,  1,-15,-17,-11,-20,-13,  3,-12, -6,-12, 24, 23, -8,-32,-17, -7;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='K';  M=-12, -2,-30, -2,  8,-28,-20, -8,-30, 47,-28,-10,  0,-12, 10, 36,-10,-10,-20,-20,-10,  8;
/M: SY='G';  M= -3, -5,-29, -5, -7,-29, 30,-15,-35,  8,-30,-16,  1,-15, -7,  0, -1,-14,-25,-21,-22, -7;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='K';  M= -7, -2,-27,  0, 14,-24, -7, -8,-23, 16,-19, -6, -2,-11,  6,  6, -3, -8,-19,-24,-15, 10;
/M: SY='E';  M= -9, 12,-27, 17, 34,-31,-15,  2,-26,  6,-23,-16,  8, -6, 25,  1,  5, -6,-28,-30,-17, 29;
/M: SY='K';  M= -5,  3,-23,  1,  5,-25,-15, -9,-25, 28,-28,-13,  7,-11,  5, 16,  4,  3,-17,-26,-13,  5;
/M: SY='I';  M=-10,-30,-30,-40,-30,  0,-40,-30, 50,-30, 20, 20,-20,-20,-20,-30,-20,-10, 30,-20,  0,-30;
/M: SY='E';  M=  0, -1,-23,  2, 12,-21,-15,-11,-14, -6,-14,-13, -3,  2, -2,-11,  2, -3,-11,-31,-19,  4;
/M: SY='K';  M= -4, -1,-28, -2,  8,-29,-18,-11,-28, 44,-28,-10, -1,-10,  8, 25, -8, -9,-18,-20,-11,  8;
/M: SY='D';  M=-10, 18,-30, 28,  4,-34, 27, -9,-39, -9,-29,-24,  9,-14, -8,-14,  0,-15,-30,-30,-25, -2;
/M: SY='Q';  M= -2, -9,-19,-11, -3,-18,-19,-10, -3, -8, -8, -2, -5,-15, 11, -8,  7,  6, -2,-28,-11,  4;
/M: SY='L';  M= -8,-28, -3,-32,-25,  2,-32,-25, 22,-27, 26, 15,-26,-29,-22,-23,-21, -8, 19,-26, -6,-25;
/M: SY='R';  M=-18,-10,-30,-10, -2,-21,-13, -2,-31, 26,-21,-11,  0,-20,  8, 63, -9,-11,-21,-20,-12, -2;
/M: SY='I';  M=-10,-29,-25,-35,-25,  4,-34,-22, 35,-27, 31, 26,-24,-24,-17,-24,-24,-10, 20,-20,  0,-24;
/M: SY='A';  M= 23, -7,-16,-12, -7,-21,  6,-14,-19, -5,-19,-14, -2,-13, -6, -4, 13,  1, -9,-25,-20, -7;
/M: SY='K';  M= -4,-12,-25,-15, -6,-14,-24,-18, -4, 15,-10, -1,-10,-16, -5,  5,-11, -8,  0,-20, -7, -6;
/M: SY='M';  M= -7,-13,-20,-19,-12, -9,-21, -9,  4,  4,  2, 25,-13,-17, -3, -1,-10,  1,  6,-23, -5, -8;
/M: SY='V';  M= -1,-27,-11,-28,-27, -1,-27,-25, 26,-18,  9, 15,-26,-28,-24,-18, -8,  0, 41,-29, -9,-26;
/M: SY='Q';  M= -9,-13,-26,-12,  0,-14,-24, -6, -5, -5,-10, -1,-13, -5, 14, -6, -7, -7, -6,-18, -3,  6;
/M: SY='D';  M= -5, 18,-19, 22,  5,-23, -6,  3,-25, -6,-28,-21, 17,-13,  0, -8, 18,  5,-19,-35,-12,  2;
/M: SY='P';  M=  4,-15,-28,-13, -5,-23,-16,-21,-14,-11,-21,-15,-15, 47,-11,-18, -1,  2,-15,-28,-24,-11;
/M: SY='F';  M=-14, -9,-24,-10,  7, 14,-23, -7, -7, -9,  0,  7,-11,-16, -6,-10,-12,-10,-10,-15,  2,  2;
/M: SY='F';  M=-11,-13,-22,-16,-11,  8,-22,  7,-11, -3,-11, -3, -7,-21,-11,  0, -6, -7, -5,-18,  5,-11;
/I:         I=-7; MI=-5; MD=-27; IM=-5;
/M: SY='P';  M= -5, -7,-17, -5,  4,-11,-11, -5, -6, -3, -7,  2, -8, 19,  0, -7, -6, -5,-10,-14,-10,  1; D=-5;
/I:         DM=-27;
/M: SY='Q';  M= -3,  0,-13,  0,  7,-17, -8,  0,-12,  9,-13, -4,  1, -5, 17,  6,  3, -2,-12,-13, -7, 12; D=-5;
/I:         DM=-27;
/M: SY='D';  M=-15, 12,-27, 21, -1,-15, -8, -4,-19,-12, -5,-12, -1,-19, -9,-14,-11,-11,-17,-22, -1, -6;
/M: SY='G';  M=  5,-10,-28,-11,-19,-29, 62,-20,-37,-19,-28,-19, -1,-19,-19,-20,  1,-18,-27,-20,-29,-19;
/M: SY='K';  M=-10,  0,-27,  0, -1,-24, -5, -8,-20, 18,-17,  3, -2,-14,  2,  7,-10,-12,-15,-23,-12,  0;
/M: SY='I';  M= -6,-21,-21,-25,-16,-10,-29,-16, 21,-14,  6, 16,-19,-21, -1,-14,-11, -6, 20,-24, -6,-10;
/M: SY='P';  M=-13,  0,-36, 11,  6,-33,-17,-14,-26,  0,-30,-21, -7, 52, -5,-11, -7,-10,-29,-31,-25, -2;
/M: SY='H';  M=-14,  4,-16,  0,  2,-17,-17, 24,-20, -4,-12, -7, 12,-20,  2,  5, -7,-10,-21,-31, -6,  0;
/M: SY='W';  M=-20,-40,-50,-40,-30, 10,-20,-30,-20,-20,-20,-20,-40,-30,-20,-20,-40,-30,-30,150, 30,-20;
/M: SY='Y';  M=-20,-16,-28,-18,-16, 26,-27, 34, -8,-14, -4,  0,-12,-27,-11, -9,-17,-13,-14,  9, 53,-16;
/M: SY='H';  M=-20,  0,-30,  0,  0,-20,-20,100,-30,-10,-20,  0, 10,-20, 10,  0,-10,-20,-30,-30, 20,  0;
/M: SY='P';  M=-11,-19,-29,-18, -7, -1,-27,-14,  0, -9, -2, -2,-18,  6,-12,-13,-15, -9, -5,-15,  2,-11;
/M: SY='E';  M= -4,  6,-22,  8, 13,-26,-10, -7,-25,  7,-25,-16,  5, -9,  8,  1, 12,  7,-18,-30,-16, 11;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='F';  M=-19,-29,-20,-39,-29, 70,-29,-17,  3,-27, 11,  8,-20,-29,-35,-19,-20,-10,  1,  6, 26,-27;
/M: SY='W';  M= -4,-30,-24,-34,-27, 26,-23,-25,  1,-22, -1, -4,-26,-27,-28,-20,-18,-11,  5, 33, 12,-24;
/M: SY='K';  M= -8,  1,-28,  3, 18,-32,-18, -2,-26, 26,-26, -9,  1, -9, 26, 16,  0, -7,-23,-23,-12, 22;
/I:         MD=-27;
/M: SY='K';  M= -5, -4,-13, -4, -1, -8,-10, -6, -7,  8, -3, -2, -2, -9,  0,  7, -5, -3, -6,-13, -5, -1; D=-5;
/I:         I=-7; MI=0; IM=0; DM=-27;
/M: SY='R';  M=-15, -6,-26, -9, -3,-18,-19, -4,-20, 22,-18, -8,  2,-20,  3, 46, -8, -8,-11,-24,-11, -3;
/M: SY='A';  M= 11, -1,-22, -2,  7,-29,  7, -9,-24, -4,-20,-13, -1,-11,  8, -9,  6, -7,-19,-24,-20,  8;
/M: SY='R';  M=-16, -2,-30,  2, 23,-20,-20,  6,-28, 16,-19,-13,  0,-12, 13, 31, -6,-11,-24,-23,-10, 16;
/M: SY='L';  M=  1,-21,-21,-21,-13, -7,-20,-20,  5,-20, 10,  2,-19,  0,-15,-19, -9, -4,  2,-26,-12,-15;
/M: SY='G';  M= -2, -9,-22,-11,-15,-16, 10,-20,-11,-18,-10, -8, -4,-17,-15,-18,  3,  3, -6,-26,-16,-16;
/M: SY='W';  M= -8,-17,-22,-20,-15, 12,-16,-17,-15,-13,-15,-13,-10,-20,-14, -7,  2,  3,-11, 14,  5,-13;
/M: SY='H';  M= -7,-13,-23,-15, -7, -7,-22,  8, -9, -1, -2,  1, -9,-21, -2,  6,-12,-10, -6,-20,  0, -6;
/M: SY='P';  M= -3, -8,-31, -4, -4,-29,  8,-17,-27, -5,-28,-18, -7, 26,-10,-13, -3, -9,-25,-26,-25, -9;
/I:         MD=-23;
/M: SY='E';  M= -2,  4,-15,  6,  7,-15,-11, -8, -8, -5,-10, -9,  1, -7, -1, -8,  5,  2, -6,-21,-10,  2; D=-4;
/I:         MD=-23;
/M: SY='Y';  M= -6,-10,-17,-10, -5,  2, -3, -5, -6, -8, -5, -4, -9,-15, -9, -9, -6, -7, -3, -5,  8, -8; D=-4;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23;
/M: SY='T';  M=  0,  2, -8,  1,  7,-10, -8, -6,-10, -2,-10, -8,  1, -4,  1, -4, 10, 13, -6,-17, -8,  4; D=-4;
/I:         DM=-23;
/M: SY='D';  M=-15, 26,-29, 35, 27,-35,-14,  9,-31,  4,-25,-19, 13, -9, 18, -2,  0,-10,-30,-33,-15, 22;
/M: SY='L';  M= -9,-29,-22,-33,-25,  4,-32,-23, 31,-27, 32, 22,-26,-26,-20,-22,-23, -9, 22,-21, -1,-24;
/M: SY='E';  M=-12,  2,-30,  8, 19,-24,-20, -3,-21,  6,-17, -9, -5,  5, 10, -2, -7,-10,-23,-23, -9, 13;
/M: SY='G';  M= -2,  0,-28, -4,-16,-28, 56,-14,-36,-16,-30,-20, 12,-20,-16,-16,  2,-16,-30,-24,-28,-16;
/M: SY='F';  M=-19,-30,-26,-38,-29, 59,-30,-19,  3,-27,  6,  0,-23,-29,-33,-20,-23,-13, -1, 26, 31,-28;
/M: SY='S';  M= -1,  0,-21,  2, 13,-25, -4, -8,-23, -4,-23,-16,  2, -5, 10, -6, 16,  7,-19,-31,-19, 11;
/M: SY='E';  M= -7,  5,-23,  3, 16,-17,-18, -7, -9, -4,-10,-10,  7,-12,  1, -8,  2,  0,-12,-31,-15,  8;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-21,-31,-21,  9,-31,-21, 23,-30, 47, 20,-29,-29,-20,-21,-29,-10, 12,-20,  0,-21;
/M: SY='R';  M= -5, -5,-24, -5,  7,-22,-16, -6,-25, 18,-20,-12,  0,-13,  7, 32,  1, -2,-17,-24,-13,  4;
/M: SY='W';  M= -2, -8,-27, -9,-12,  5,-14,-18,-18,-15,-14,-16,-12,-19,-16,-17, -9, -9,-15, 25,  4,-12;
/M: SY='E';  M= -7, 23,-27, 31, 33,-31,-12, -1,-30,  4,-23,-22, 12, -7,  8, -5,  2, -8,-27,-33,-20, 21;
/M: SY='D';  M=-19, 45,-30, 64, 25,-39,-11,  0,-39,  1,-29,-29, 17, -9,  3, -9,  0,-10,-30,-39,-20, 14;
/M: SY='Q';  M=-10,  0,-30,  0, 16,-36,-20,  2,-24, 25,-24, -4,  0,-10, 41, 18, -4,-10,-26,-20,-10, 28;
/M: SY='E';  M= -1,  7,-27, 12, 36,-30,-16, -3,-26, 11,-20,-15,  0, -5, 19,  1,  0, -8,-24,-27,-18, 27;
/M: SY='K';  M= -4,  1,-23,  1,  9,-24,-16, -6,-20, 12,-18, -6,  0,-11, 10,  9,  1,  2,-15,-25,-12,  9;
/M: SY='I';  M= -8,-30,-21,-34,-26,  4,-34,-26, 34,-28, 28, 18,-26,-26,-22,-24,-21, -8, 28,-22, -2,-26;
/M: SY='K';  M= -8,  0,-25, -2,  5,-25,-20,-12,-25, 36,-25,-10,  0,-10,  5, 21, -3,  4,-15,-22,-10,  5;
/M: SY='K';  M=-11,  9,-29,  9, 12,-32,-17, -5,-29, 35,-29,-12,  7,-11, 14, 21, -6, -9,-23,-24,-12, 13;
/M: SY='A';  M=  8, -8,-20,-12, -3,-19,-15,  5,-11, -4, -6,  1, -6,-14,  8, -6, -1, -2,-10,-22, -7,  2;
/M: SY='I';  M=  1,-27,-21,-32,-23,  0,-29,-25, 27,-26, 25, 14,-23,-23,-20,-24,-18, -7, 21,-21, -4,-23;
/M: SY='P';  M= -2, -6,-32,  1, 23,-29,-17,-12,-23, -2,-23,-19,-10, 39,  2,-12, -3, -9,-26,-29,-24, 11;
/M: SY='A';  M= 12,  4,-18,  0, -6,-21, -6,-14,-14, -9,-16,-14,  2, -4, -9,-14,  7,  6, -8,-29,-19, -8;
/M: SY='I';  M= -5,-23,-25,-27,-25, -8, -4,-25, 14,-25,  7,  6,-16,-22,-21,-24,-12, -9, 10,-22,-10,-25;
/M: SY='K';  M= -2, -3,-26, -3,  1,-29,  6,-11,-29, 17,-28,-13,  1,-12,  6,  7,  2, -8,-21,-23,-17,  4;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2025_02 which contains 573'230 sequence entries.

Total number of hits	35 in 20 different sequences
Number of true positive hits	34 in 19 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	1
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	1

Precision (true positives / (true positives + false positives))	97.14 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info]	3
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	K_Hofmann
Feature key [info]	ZN_FING
Feature description [info]	PARP-type
Version [info]	6

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences	19 sequences DNLI3_HUMAN (P49916), DNLI3_MOUSE (P97386), PARP1_ARATH (Q9ZP54), » more Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits: [Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color] [Clustal format, plain text] [Fasta format] Retrieve the sequence logo from the alignment
UniProtKB/Swiss-Prot 'Partial' sequences	1 sequence PARP1_ONCMA (Q08824)
UniProtKB/Swiss-Prot False positive sequences	1 sequence MCSA_STAA8 (Q2G0P7)
PDB [Detailed view]	21 PDB 1UW0; 1V9X; 2CS2; 2DMJ; 2L30; 2L31; 2N8A; 3OD8; 3ODA; 3ODC; 3ODE; 4AV1; » more