PROSITE entry PS50056

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

PURL [info]	https://purl.expasy.org/prosite/signature/PS50056
Entry name [info]	TYR_PHOSPHATASE_2
Accession [info]	PS50056
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-NOV-1997 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC00323

Name and characterization of the entry

Description [info]

Tyrosine specific protein phosphatases domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=68;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=63;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=0.7969000; R2=0.0165700; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2939.9223633; R2=3.8252428; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=465; H_SCORE=4719; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=345; H_SCORE=4260; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-50; E1=-50; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; MM=1; M0=-1;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='E';  M= -9, -3,-21,  0,  5,-18,-20, -6,-15,  1, -6, -7, -6,-13,  1,  2, -8, -7,-13,-25,-10,  2;
/M: SY='D';  M= -9, 10,-25, 13, 10,-22,-12,  0,-24,  5,-20,-15,  8,-12,  3,  2,  2, -4,-20,-28,-11,  6;
/M: SY='F';  M=-14,-27,-24,-34,-26, 39,-27,-18,  6,-25,  9,  2,-21,-25,-28,-20,-19,-10,  2, 10, 19,-25;
/M: SY='L';  M= -6,-22,-21,-24,-16,  2,-26,-18, 13,-19, 14,  8,-19,-20,-15,-16,-14, -6, 11,-20, -3,-16;
/M: SY='E';  M= -7,  5,-26,  7, 10,-24,-10, -2,-24,  7,-22,-13,  5, -8,  8,  6,  1, -5,-21,-27,-14,  8;
/M: SY='M';  M= -4,-13,-21,-15, -5, -2,-19,-12, -4, -7,  1,  3,-12,-17, -6, -6, -9, -6, -3,-19, -4, -5;
/M: SY='V';  M=  1,-24,-12,-27,-23, -2,-27,-24, 19,-19, 11,  8,-22,-24,-21,-19,-10, -1, 24,-25, -7,-22;
/M: SY='R';  M=-10,  5,-25,  4,  7,-23,-17,  2,-22, 13,-20, -9,  6,-14,  9, 14, -2, -6,-19,-26,-10,  7;
/M: SY='E';  M= -4,  1,-22, -2,  3,-12,-17, -3,-14, -2,-13, -7,  2,-13,  2, -4,  2,  3,-12,-23, -6,  2;
/I:         MD=-15;
/M: SY='I';  M= -6,-19,-13,-23,-17,  4,-24,-14,  7,-15,  5,  4,-16,-21,-15,-13,-10, -4,  7,-16,  1,-16; D=-2;
/I:         MD=-15;
/M: SY='Y';  M=-10, -7,-22, -9, -6, -4,-19, -5, -5, -5, -3, -2, -5,-17, -5, -2, -8, -4, -5,-18,  1, -7; D=-2;
/I:         MD=-15;
/M: SY='E';  M= -6,  3,-19,  4,  9,-22,-12, -5,-20,  6,-19,-12,  2, -1,  5,  4,  0, -4,-18,-24,-15,  6; D=-2;
/I:         MD=-15;
/M: SY='E';  M= -3, -3,-19, -3,  5,-16,-14, -3,-13,  4,-12, -6, -4, -7,  4,  0, -2, -5,-10,-19, -9,  4; D=-2;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-11; IM=0; DM=-11;
/M: SY='K';  M= -3, -2,-14, -2,  2,-11, -6, -4,-12,  3, -9, -5, -2, -5,  1,  2, -1, -2, -9,-13, -7,  1; D=-2;
/I:         DM=-15;
/M: SY='S';  M= -4,  2,-19,  1,  3,-21, -9, -1,-21, -1,-19,-11,  3,-12,  4, -2,  5, -1,-17,-28,-11,  3;
/M: SY='E';  M= -4, -1,-25,  0,  5,-24,-14, -3,-20,  5,-21,-12,  1,  4,  4,  2,  0, -4,-19,-27,-15,  3;
/M: SY='G';  M= -3,  0,-27,  0,-10,-27, 40,-11,-34,-13,-28,-19,  7,-18,-11,-13,  4,-12,-27,-24,-23,-11;
/M: SY='P';  M= -5,-10,-14,-10, -5,-24,  0,-13,-24, -4,-22,-14, -6,  4, -7, -5, -3, -8,-19,-28,-21, -8;
/I:         MD=-21;
/M: SY='P';  M= -6, -7,-17, -6,  0,-17,-10, -9,-14,  2,-14, -8, -6,  8, -2,  1, -5, -6,-13,-20,-13, -3; D=-4;
/I:         I=-5; MI=0; IM=0; DM=-21;
/M: SY='I';  M= -4,-27,-18,-32,-26, -1,-32,-27, 30,-24, 15, 13,-22,-21,-22,-23,-14, -3, 28,-24, -5,-26;
/M: SY='V';  M= -2,-25,-13,-28,-23,  0,-24,-22, 18,-23, 17,  9,-23,-26,-22,-21,-14, -3, 21,-24, -6,-23;
/M: SY='V';  M= -1,-29,-14,-31,-29,  1,-31,-29, 32,-22, 12, 11,-28,-28,-28,-22,-11, -1, 44,-28, -8,-29;
/M: SY='H';  M=-19, -1,-29, -1, -1,-19,-20, 94,-28,-10,-20,  0,  9,-20,  9, -1, -9,-18,-28,-29, 19, -1;
/M: SY='C';  M=-10,-20,117,-30,-30,-20,-28,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-49,-30,-30;
/M: SY='S';  M=  3, -6,-15, -8, -4,-15, -9,-11,-12, -7,-15, -9,  0,-15, -1, -4, 16,  8, -6,-31,-13, -3;
/M: SY='A';  M= 30, -4,-11,-11, -8,-20, -1,-13,-13,-10,-12, -9, -4,-13, -9,-17,  6, -2, -5,-24,-18, -9;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='V';  M= -3,-24,-14,-28,-22, -4,-27,-21, 19,-20, 10,  8,-20,-24,-18,-18,-12, -4, 21,-25, -6,-22;
/M: SY='G';  M=  1, -4,-25, -5,-13,-27, 46,-15,-34,-15,-29,-19,  6,-17,-12,-15,  9,-10,-25,-25,-26,-13;
/M: SY='R';  M=-18,-10,-29,-10,  1,-20,-20, -1,-28, 28,-19,-10,  0,-19, 10, 64, -9, -9,-19,-20,-10,  1;
/M: SY='T';  M=  6, -1, -8, -7, -6,-15,-11,-16,-14,-10,-18,-14,  3,-10, -6,-11, 27, 35, -4,-34,-15, -6;
/M: SY='G';  M=  8,-11,-23,-12,-16,-26, 42,-20,-30,-16,-25,-17, -4,-12,-17,-19,  3,-12,-20,-22,-26,-17;
/M: SY='T';  M=  0,-11, -3,-18,-16, -7,-22,-20,  0,-15, -3, -3,-10,-18,-14,-15,  6, 22,  8,-28, -8,-16;
/M: SY='F';  M=-12,-29,-20,-34,-26, 35,-30,-19, 15,-26, 20, 11,-24,-28,-28,-20,-20, -8, 13, -7, 15,-26;
/M: SY='I';  M= -2,-24,  0,-31,-26, -5,-30,-27, 22,-24,  8,  7,-20,-24,-21,-24,-11, -3, 22,-27, -9,-26;
/M: SY='A';  M= 16,-18, -8,-24,-19,-10,-12,-22,  4,-18,  3,  1,-16,-20,-17,-20, -3, -1, 11,-24,-14,-18;
/M: SY='I';  M=  8,-21,-12,-27,-19, -5,-22,-21, 13,-19, 11,  8,-18,-21,-16,-19, -9, -4, 12,-23, -9,-19;
/M: SY='Y';  M=-12,  1,-25,  5,  0, -4,-18,  3,-17, -8,-11,-10, -5,-19, -6,-10, -8, -9,-16, -4, 14, -4;
/M: SY='L';  M= -6,-20,-17,-25,-19,  1,-27,-17, 15,-21, 17, 11,-17,-23,-16,-17,-14, -4, 10,-20,  0,-19;
/M: SY='M';  M= -6,-23,-15,-29,-22, -1,-22,-16, 19,-20, 18, 27,-20,-23,-14,-18,-17, -7, 14,-23, -5,-19;
/I:         I=-5; MI=0; IM=0; DM=-15; MD=-15;
/M: SY='E';  M= -6,  4,-25,  4, 14,-21,-12, -4,-20,  2,-18,-13,  3, -8,  4, -2,  1, -2,-19,-25,-11,  8;
/M: SY='E';  M= -8, -3,-20, -3,  1,-15,-10, -4,-18, -2,-11, -7, -3,-15, -1, -2, -6, -8,-16,-23, -8, -1;
/M:         M= -6, -3,-18, -5, -5,-19, -3,-10,-15, -6,-16, -9,  0,-14, -5, -6, -1, -4,-10,-27,-15, -6;
/M: SY='I';  M= -8,-26,-16,-29,-22,  6,-29,-21, 19,-20, 16, 14,-23,-25,-20,-17,-17, -7, 19,-17, -1,-21;
/M: SY='D';  M= -9, 20,-24, 25,  8,-27, -8, -4,-27,  2,-26,-20, 13,-10,  1, -2,  8,  1,-21,-33,-15,  4;
/M: SY='I';  M= -3,-24,-22,-26,-19, -1,-27,-21, 16,-20,  9,  6,-21,-11,-18,-20,-12, -5, 15,-19, -2,-20;
/M:         M= -9, -4,-23, -6, -1,  0,-16, -6,-15, -5,-10, -9, -3,-13, -7, -4, -7, -8,-15,-17, -1, -4;
/M: SY='D';  M= -9, 14,-27, 20, 16,-29, -8,  1,-28,  3,-23,-16,  8, -9, 10, -1,  1, -8,-25,-29,-16, 13;
/M: SY='A';  M= 17,-16, -9,-23,-17, -7,-16,-20,  3,-16,  1,  0,-14,-17,-15,-19,  0,  4,  9,-23,-11,-16;
/M: SY='V';  M= -7,-27,-19,-31,-26,  8,-31,-21, 24,-21, 15, 12,-24,-27,-22,-18,-16, -5, 26,-15,  6,-26;
/M: SY='K';  M= -9,  2,-21,  5,  8,-23,-16, -3,-22,  9,-16,-11, -1,-14,  6,  8, -3, -7,-18,-26,-11,  6;
/M: SY='Y';  M= -7,-11,-22,-14, -5, -1,-20, -6, -7, -6, -3,  0, -8,-18, -4, -4, -7, -4, -7,-15,  3, -5;
/M: SY='L';  M= -8,-28,-19,-31,-23,  7,-29,-20, 24,-24, 29, 23,-26,-27,-18,-19,-21, -8, 20,-21, -1,-21;
/M: SY='R';  M=-17, -7,-29, -7,  4,-22,-20,  0,-28, 29,-21, -9,  0,-17, 12, 53, -9,-10,-20,-20, -9,  4;
/M: SY='Q';  M= -5,  1,-23,  1,  5,-21,-16, -1,-17,  4,-15, -7,  1,-14,  8,  3,  1, -1,-14,-26,-10,  6;
/M: SY='Q';  M= -7, -5,-22, -6,  3,-21,-19,  2,-18,  8,-15, -4, -3,-16, 17, 11, -4, -8,-17,-20, -5,  9;
/M: SY='R';  M=-19, -8,-30, -8,  1,-21,-20, -1,-30, 31,-21,-10,  1,-19, 10, 65,-10,-10,-20,-20,-10,  1;
/M: SY='P';  M= -7,-12,-27,-11, -6,-20,-12, -9,-15, -8,-17, -8, -7, 26, -7, -8, -6, -7,-18,-28,-19, -9;
/M: SY='G';  M= -3, -4,-25, -8,-13,-18, 27, -6,-23,-14,-19, -9,  5,-20,-10,-13,  0,-11,-21,-22,-15,-12;
/M: SY='M';  M=  0,-19,-19,-25,-17, -4,-16,-11, 11,-14, 14, 27,-17,-20, -8,-13,-11, -6,  7,-22, -6,-13;
/M: SY='V';  M= -2,-28,-16,-31,-28,  2,-28,-28, 28,-22, 10, 11,-24,-26,-26,-22,-11, -3, 36,-25, -7,-28;
/M: SY='Q';  M= -9, -2,-25, -5,  9,-28,-19,  1,-11,  1,-12, -1,  0,-14, 32,  2, -2, -7,-18,-24,-11, 20;
/M: SY='T';  M=  0,  0,-14, -5, -4,-17,-13,-12,-14, -7,-15, -9,  1,-11,  0, -7, 17, 29, -7,-30,-12, -2;
/M: SY='E';  M=-10,  0,-26,  4, 11,-16,-19, -9,-20,  1,-16,-13, -4,  6,  0, -5, -5, -6,-20,-24,-11,  5;
/M: SY='E';  M= -3, 10,-23, 13, 23,-27,-13, -1,-23,  1,-19,-14,  4, -9, 11, -5,  3, -5,-21,-30,-16, 17;
/M: SY='Q';  M=-11, -2,-29, -2, 16,-34,-21, 11,-18,  8,-15,  1, -2,-12, 47,  8, -4,-11,-26,-21, -8, 31;
/M: SY='Y';  M=-17,-14,-29,-13,-12, 14,-27, 11, -6, -5, -2, -2,-15,-23, -5, -5,-16, -9,-12, 11, 48,-12;
/M: SY='Y';  M= -9,-15,-25,-17, -6, -2,-25, -7,  0, -6, -1,  0,-13,-20, -4, -3,-11, -6, -1,-12,  6, -7;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2025_02 which contains 573'230 sequence entries.

Total number of hits	443 in 402 different sequences
Number of true positive hits	442 in 401 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	1
Number of false negative sequences	46
Number of 'partial' sequences	27

Precision (true positives / (true positives + false positives))	99.77 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	90.57 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Eukaryotes, Prokaryotes (Bacteria), Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info]	2
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	K_Hofmann
Version [info]	5

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences	401 sequences 123R_IIV6 (O55737), AUXI_BOVIN (Q27974), AUXI_HUMAN (O75061), » more Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits: [Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color] [Clustal format, plain text] [Fasta format] Retrieve the sequence logo from the alignment
UniProtKB/Swiss-Prot False negative sequences	46 sequences D1060_DICDI (Q1ZXG8), DSP1_ARATH (Q9ZVN4), DSP2_ORYSJ (Q0DX67), » more
UniProtKB/Swiss-Prot 'Partial' sequences	27 sequences PTP10_STYPL (P28202), PTP11_STYPL (P28203), PTP12_STYPL (P28204), » more
UniProtKB/Swiss-Prot False positive sequences	1 sequence Y3520_METJA (Q60280)
PDB [Detailed view]	861 PDB 1A5Y; 1AAX; 1BZC; 1BZH; 1BZJ; 1C83; 1C84; 1C85; 1C86; 1C87; 1C88; 1D5R; » more