PROSITE entry PS50053

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
PURL: https://purl.expasy.org/prosite/signature/PS50053

Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	UBIQUITIN_2
Accession [info]	PS50053
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-NOV-1997 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC00271
Associated ProRule [info]	PRU00214

Name and characterization of the entry

Description [info]

Ubiquitin domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=76;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=71;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=0.1843000; R2=0.0217754; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=3386.7353516; R2=3.7062781; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=382; H_SCORE=4803; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=291; H_SCORE=4465; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-30; E1=-30; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; MM=1; M0=-1;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='M';  M= -5,-24,-21,-28,-20,  0,-25,-18, 18,-18, 15, 22,-23,-23,-14,-17,-17, -6, 16,-11, -2,-17;
/M: SY='Q';  M= -8,  4,-23,  5,  6,-23,-16, 10,-21,  1,-21,-10,  4,-13, 11,  2,  6,  2,-18,-27, -5,  7;
/M: SY='I';  M= -7,-30,-21,-34,-27,  3,-34,-27, 34,-27, 27, 17,-26,-26,-23,-24,-20, -7, 29,-23, -3,-27;
/M: SY='T';  M= -9, -3,-18,-12,-10,  4,-20,-12, -8, -8, -3, -5,  3,-19,-10, -6, -1, 12, -7,-21, -3, -9;
/M: SY='V';  M= -5,-30,-15,-31,-26,  7,-31,-26, 26,-25, 25, 14,-29,-29,-26,-21,-18, -5, 32,-24, -4,-26;
/M: SY='K';  M=-11, -3,-28, -4,  4,-25,-19,  0,-25, 31,-24, -6, -1, -9,  7, 25, -7, -7,-18,-22, -8,  5;
/M: SY='T';  M= -1, -4,-16,-12,-12,-10,-18, -9,  0,-10, -6,  0,  1,-17, -9,-10,  4, 11,  3,-29,-10,-11;
/I:         MD=-17;
/M: SY='L';  M= -9,-16,-24,-17, -8, -6,-23,-14,  2,-10,  7,  5,-13,-11, -6, -7,-12, -6, -2,-23, -7, -8;
/I:         MD=-17;
/M: SY='Q';  M= -7,  7,-23,  6,  3,-26, -3, -3,-23,  4,-20,-10,  7,-13, 10,  5,  2, -2,-20,-25,-14,  6; D=-3;
/I:         MD=-17;
/M: SY='G';  M= -1,  1,-26,  2,  3,-30, 14, -1,-28, -3,-23,-12,  2,-13,  9, -6,  1,-11,-24,-22,-17,  6; D=-3;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-17; IM=0; DM=-17;
/M: SY='Q';  M=-12,  7,-25,  8, 10,-22,-14,  7,-25,  9,-21,-11,  7,-13, 12, 12, -1, -5,-22,-25, -9, 10; D=-3;
/I:         DM=-17;
/M: SY='T';  M= -3, -1,-19, -1,  2,-18,-13,-13,-12, -5,-13,-10, -2,-13, -3, -8,  9, 11, -6,-30,-14, -1;
/I:         DM=-17;
/M: SY='I';  M= -6,-15,-21,-22,-18,  5,-23,-11,  7,-18,  1,  1, -7,-21,-15,-14, -6, -3,  5,-16,  0,-17;
/M: SY='E';  M= -6, -5,-21, -5, 10,-14,-21,-12,-11, -2,-11, -9, -5, -7,  2, -6,  3,  8, -8,-26,-11,  6;
/M: SY='I';  M= -8,-24,-20,-28,-22, 12,-29,-15, 17,-21, 13,  9,-21,-25,-19,-18,-15, -4, 17,-16,  7,-21;
/M: SY='E';  M=-10,  9,-24, 11, 15,-15,-17, -2,-21, -3,-17,-15,  5,-11,  3, -4,  4,  2,-18,-28,-10,  9;
/M: SY='V';  M= -5,-26,-19,-30,-25, 12,-20,-23, 15,-23, 13, 11,-22,-25,-24,-20,-14, -6, 18,-18, -1,-24;
/M: SY='E';  M= -5,  1,-25,  3,  9,-22, -9, -9,-26,  9,-23,-15,  1, -7,  4,  6,  3, -1,-19,-26,-15,  6;
/M: SY='P';  M= -5,-13,-26,-11, -4,-16,-15,-16, -5,-13, -6, -6,-11,  8,-10,-13, -6, -6, -7,-28,-17, -9;
/M: SY='S';  M= -1,  2,-21,  3, 10,-26,-10, -8,-23,  6,-24,-14,  3, -9, 10,  1, 13,  8,-17,-29,-15, 10;
/M: SY='E';  M= -8,  8,-27, 12, 13,-24,-14, -3,-21,  3,-18, -7,  2, -7,  8, -2, -2, -7,-20,-22,-14, 10;
/M: SY='T';  M=  0, -2,-13, -9, -8,-13,-18,-17,-10,-10,-12,-10,  0, -7, -7,-10, 17, 35, -2,-31,-12, -8;
/M: SY='V';  M= -2,-25,-14,-29,-27, -1,-30,-27, 28,-20,  9, 11,-24,-25,-24,-20, -8,  5, 38,-28, -8,-26;
/M: SY='Q';  M=  0, -6,-22, -6,  0,-15,-11, -5,-16, -3,-12, -8, -4,-10,  3, -6,  1, -4,-14,-23, -8,  1;
/M: SY='E';  M= -8, -1,-24,  1, 12,-20,-20,  4,-12, -5, -7, -5, -2,-14,  8, -6, -3, -6,-12,-28, -9,  9;
/M: SY='L';  M=-10,-25,-22,-28,-19,  7,-30,-20, 16,-19, 27, 13,-22,-25,-17,-12,-22, -7, 10,-19,  0,-19;
/M: SY='K';  M= -8, -2,-29, -3,  7,-28,-20,-11,-25, 42,-26, -9, -1,-11,  8, 27,-10,-10,-17,-20,-10,  7;
/M: SY='E';  M= -1, -1,-23,  0, 11,-22,-17, -6,-15,  2, -9, -7, -3,-13, 11,  0, -3, -5,-14,-25,-13, 10;
/M: SY='H';  M=-10, -9,-26,-11, -2,-19,-22, 13,-11,  8, -8,  6, -6,-17, 10,  6,-11,-11,-11,-22, -2,  3;
/I:         MD=-25;
/M: SY='I';  M= -7,-22,-24,-26,-18, -4,-27,-23, 25,-22, 14, 10,-17,-22,-17,-21,-15, -8, 19,-24, -7,-20;
/I:         MD=-25;
/M: SY='E';  M=  8, -1,-20, -3, 12,-22,-12, -3,-17,  0,-16,-11,  0, -9,  8, -1,  6, -1,-14,-25,-15,  9; D=-5;
/I:         I=-6; MI=0; IM=0; DM=-25;
/M: SY='E';  M= -7,  6,-27, 11, 13,-29, -1, -3,-28,  4,-24,-15,  3,-11, 12,  1,  2, -8,-25,-25,-14, 12;
/I:         DM=-25;
/M: SY='R';  M= -5, -7,-24, -7,  4,-19,-18,-10,-14,  8,-13, -8, -4,-10,  1, 13, -3, -5,-10,-25,-13,  1;
/M: SY='E';  M=-10, -2,-26, -2,  8,-18,-19, -7, -6, -4, -7, -2, -4,-13,  6, -7, -6, -5, -9,-23, -7,  6;
/M: SY='G';  M=  5, -4,-24, -7, -9,-26, 33,-15,-30, -9,-26,-17,  3,-16,-10,-10,  7, -7,-22,-24,-24,-10;
/M: SY='V';  M= -7,-23,-15,-27,-22, -1,-28,-22, 17,-15,  3,  9,-18,-19,-18,-14,-10, -4, 19,-24, -6,-21;
/M: SY='P';  M= -9, -9,-33, -2,  7,-27,-19,  1,-21, -5,-23,-14, -9, 40,  2, -9, -7,-10,-26,-29,-18,  1;
/M: SY='P';  M=  0,-13,-23,-12, -4,-17,-18,-15, -2,-10, -9,  0,-13,  9, -6,-14, -2, -2, -1,-28,-16, -6;
/M: SY='D';  M= -2, 13,-22, 15,  9,-21,  2, -7,-26, -6,-23,-20, 11,-12, -3,-10,  8, -4,-21,-30,-18,  3;
/M: SY='Q';  M= -9,  3,-26,  4,  9,-19,-10, -4,-23,  4,-20,-11,  3,-13, 13,  3,  1, -6,-21,-24,-11, 11;
/M: SY='Q';  M=-11, -9,-28,-11,  6,-21,-24,  0, -5, -2, -6,  5, -7,-15, 34,  0, -7,-10,-16,-18, -5, 20;
/M: SY='R';  M=-12,-11,-28,-12, -3,-19,-20, -9,-22, 25,-19, -9, -7,-18,  3, 38,-11,-10,-13, -8, -8, -2;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-19,-31,-23, 19,-30,-21, 18,-29, 40, 16,-29,-30,-24,-20,-26, -9, 13,-17,  3,-23;
/M: SY='I';  M= -5,-24,-24,-30,-21,  0,-30,-19, 25,-23, 21, 15,-19,-22,-13,-21,-16, -6, 14,-18,  1,-19;
/I:         MD=-20;
/M: SY='F';  M=-13,-22,-23,-26,-20, 34,-26, -2, -1,-16,  5,  1,-17,-27,-20,-13,-16, -8, -3,  5, 34,-20;
/I:         I=-8; MI=-15; IM=-15; DM=-15; MD=-15;
/M: SY='E';  M=  4,  9,-23, 13, 14,-29, -6, -7,-26,  5,-23,-17,  4, -9,  8, -4,  7, -4,-20,-29,-18, 11;
/I:         DM=-20;
/M: SY='G';  M= -1, -6,-29, -6,-17,-30, 62,-19,-39,-19,-29,-20,  1,-19,-19,-19,  1,-17,-29,-21,-29,-18;
/M: SY='K';  M= -7, -8,-27,-10,  0,-21,-21, -9,-14, 21,-15, -2, -5,-15,  7, 20, -8, -8,-10,-21, -9,  2;
/M: SY='V';  M= -7,-19,-24,-20,-10, -6,-25,-16,  2,-10, -1,  0,-16, -6, -8, -4,-10, -6,  3,-22, -8,-10;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-21,-32,-22,  7,-31,-21, 25,-29, 42, 21,-28,-28,-20,-21,-27,-10, 15,-20,  0,-22;
/M: SY='E';  M= -8,  7,-27,  9, 19,-29,-16,  3,-25, 13,-21,-11,  5,-10, 18,  9, -1, -8,-23,-27,-13, 18;
/M: SY='D';  M=-11, 40,-27, 55, 18,-37, -9, -2,-36, -1,-28,-27, 16,-10,  0,-11,  3, -8,-26,-38,-20,  9;
/I:         MD=-20;
/M: SY='D';  M= -9, 15,-25, 16,  8,-26, -1,  1,-27,  1,-24,-15, 15,-13,  3, -2,  5, -4,-23,-32,-17,  5;
/I:         I=-8; MI=-15; IM=-15; DM=-15; MD=-15;
/M: SY='Q';  M= -5, -6,-23, -9,  2,-19,-20, -3,-10,  6, -7,  1, -5,-16, 11,  4, -6, -4,-10,-23, -8,  6;
/I:         DM=-20;
/M: SY='T';  M= -1, -7,-11,-12, -9,-11,-19,-19,-12,-10,-13,-11, -5,  2,-11,-12, 11, 26, -6,-29,-13,-10;
/M: SY='L';  M= -7,-27,-21,-26,-18,  0,-27,-20, 15,-23, 26, 13,-26,-11,-18,-19,-20, -7, 11,-24, -7,-19;
/M: SY='S';  M=  4, -1,-21, -1,  3,-26,  5,-10,-25,  0,-23,-15,  2,-12,  3, -1, 10,  0,-18,-27,-19,  2;
/M: SY='D';  M= -6, 16,-26, 24, 24,-24,-14, -2,-27,  0,-21,-19,  5, -8,  7, -7,  3, -6,-23,-28,-13, 16;
/M: SY='Y';  M= -9,-21,  6,-24,-20,  7,-27, -5, -2,-19,  8,  0,-21,-30,-14,-17,-17, -9, -4, -7, 23,-19;
/M: SY='G';  M= -7,  8,-28,  6, -7,-28, 30,  0,-34, -6,-29,-18, 15,-18, -8, -7,  0,-14,-29,-27,-20, -8;
/M: SY='I';  M= -9,-28,-22,-34,-25,  7,-31,-21, 30,-25, 26, 25,-24,-25,-19,-21,-21, -8, 22,-20,  0,-23;
/M: SY='E';  M= -2,  5,-24,  6, 15,-27, -9, -6,-23,  5,-21,-13,  3,-10, 11, -1,  4, -1,-19,-27,-16, 13;
/M: SY='D';  M= -7, 16,-28, 25, 17,-31,-12, -7,-29,  1,-27,-22,  6, 12,  1, -8,  3, -6,-25,-34,-21,  8;
/M: SY='G';  M= -4, -2,-27, -2,  1,-25, 15,-10,-26, -4,-18,-12,  1,-16,  0, -4, -2,-11,-22,-24,-19,  0;
/M: SY='B';  M= -2, 12, -5,  9, -1,-23,-11, -4,-21, -8,-21,-15, 10,-15, -2,-10, 11,  8,-15,-35,-16, -2;
/M: SY='T';  M= -2, -8,-17,-13, -6, -7,-20,-15, -7, -6, -9, -6, -5,-14, -4, -5,  7, 16, -1,-25, -8, -5;
/M: SY='V';  M= -5,-28,-18,-32,-27,  1,-33,-28, 32,-24, 19, 14,-25,-26,-24,-23,-15, -2, 34,-25, -5,-27;
/M: SY='H';  M=-12, -8,-25, -8,  0, -8,-24, 18, -4,-11, -3,  4, -7,-18, -3,-10,-10, -9, -4,-23,  4, -4;
/M: SY='L';  M= -1,-24,-17,-27,-19,  4,-24,-19, 14,-19, 23, 15,-23,-25,-18,-16,-16, -4, 15,-21, -4,-18;
/M: SY='M';  M= -1,-15,-18,-20,-17, -7,-21, -1, 10,-13,  1, 13,-11,-22, -9,-13, -8, -6, 13,-24, -2,-14;
/M: SY='L';  M= -7,-18,-20,-18,-16, -7,-14,-18,  5,-14, 10,  7,-18,-25,-14,-10,-14, -8, 10,-24,-10,-16;
/M: SY='R';  M=-11, -1,-26, -1,  7,-22,-19, -1,-22, 16,-20,-10,  1,-13,  8, 23,  0,  0,-16,-25,-10,  5;
/M: SY='Q';  M= -9, -6,-26, -7,  6,-21,-16, -4,-12,  7, -5,  5, -6,-15, 14,  3,-10,-10,-15,-22, -9, 10;
/M: SY='R';  M= -9,-10,-15,-12, -7,-18,-20,-13,-16,  1,-14,-10, -5,  1, -5, 11, -4,  0,-13,-28,-15, -8;
/M: SY='G';  M= -2, -1,-26, -2, -9,-27, 33,-14,-33, -4,-29,-18,  5,-16, -9, -8,  6, -8,-24,-25,-23, -9;
/M: SY='G';  M=  3, -9,-28, -8, -8,-28, 39,-18,-32,-15,-28,-19, -3, -1,-13,-18,  2,-13,-26,-24,-28,-12;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2025_03 which contains 573'661 sequence entries.

Total number of hits	787 in 505 different sequences
Number of true positive hits	779 in 497 different sequences
Number of 'unknown' hits	2 in 2 different sequences
Number of false positive hits	6 in 6 different sequences
Number of false negative sequences	57
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	99.24 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	93.18 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Eukaryotes, Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info]	11
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	K_Hofmann
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	Ubiquitin-like
Version [info]	5

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences	497 sequences ALP11_SCHPO (Q10235), ANR60_HUMAN (Q9BZ19), BAG1A_SCHPO (O60125), » more Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits: [Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color] [Clustal format, plain text] [Fasta format] Retrieve the sequence logo from the alignment
UniProtKB/Swiss-Prot False negative sequences	57 sequences BIRC6_HUMAN (Q9NR09), BIRC6_MOUSE (O88738), DDI1_CRYNB (P0CS15), » more
UniProtKB/Swiss-Prot 'Unknown' sequences	2 sequences ESC2_EREGS (Q756K3), ESC2_YEAST (Q06340)
UniProtKB/Swiss-Prot False positive sequences	6 sequences ANKUB_HUMAN (A6NFN9), CYSI_BACVZ (A7Z8R5), IKKB_HUMAN (O14920), » more
PDB [Detailed view]	1671 PDB 1A5R; 1AAR; 1BT0; 1C3T; 1CMX; 1D3Z; 1EUV; 1F9J; 1FXT; 1G6J; 1GJZ; 1IYF; » more