PROSITE entry PS50044

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
PURL: https://purl.expasy.org/prosite/signature/PS50044

Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	SIGMA54_3
Accession [info]	PS50044
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-NOV-1997 CREATED; 07-APR-2021 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC00593

Name and characterization of the entry

Description [info]

Sigma-54 factors family profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=127;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=122;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=0.2102000; R2=0.0123554; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=5750.9355469; R2=13.4510736; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 0.5%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=671; H_SCORE=14777; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=510; H_SCORE=12611; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-50; E1=-50; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='W';  M=-17,-33,-46,-34,-27,  4, -9,-27,-22,-19,-22,-20,-31,-28,-19,-19,-33,-27,-30,122, 21,-19;
/M: SY='L';  M= -5,-28,-19,-31,-21, 20,-27,-20, 13,-28, 36, 13,-26,-28,-23,-20,-24, -9,  7,-14,  3,-21;
/M: SY='I';  M= -4,-16,-21,-20,-13, -9,-17,-22, 11,-18,  2,  2,-12,-18,-14,-19, -3,  3, 11,-26,-10,-15;
/M: SY='R';  M=-14, -3,-30, -2, 11,-26,-20, -5,-30, 37,-25,-11,  0,-13, 11, 43, -9,-10,-21,-21,-11,  9;
/M: SY='S';  M= 23, -1,-11, -7, -4,-19, -1,-13,-16, -9,-21,-16,  5,-11, -4,-13, 26, 14, -7,-32,-19, -4;
/M: SY='L';  M= -9,-30,-19,-31,-22,  8,-31,-22, 23,-29, 42, 19,-29,-29,-21,-21,-26, -9, 17,-21, -1,-22;
/M: SY='E';  M=-15, 18,-30, 28, 31,-34,-17,  7,-31,  8,-23,-17,  7, -8, 20,  6, -1,-10,-29,-30,-15, 25;
/M: SY='Q';  M= -4, -2,-24, -2, 12,-30,-14,  1,-22,  9,-21, -8,  1,-12, 30, 16,  7, -3,-22,-25,-13, 20;
/M: SY='R';  M=-20,-10,-30,-10,  0,-20,-20,  0,-30, 30,-20,-10,  0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10,  0;
/M: SY='A';  M=  7, -1,-22, -7, -2,-19, -5, -2,-20,  3,-18, -9,  5,-15,  5,  3,  1, -7,-17,-22,-12,  1;
/M: SY='D';  M= -8, 14,-27, 20, 17,-30,-15, -3,-29, 13,-23,-17,  5,-10, 10, 12, -1, -6,-23,-28,-15, 13;
/M: SY='T';  M= -1,  0,-11, -9, -9,-11,-20,-19,-11, -6,-11,-10,  0,-10, -9, -8, 18, 46, -1,-29,-10, -9;
/M: SY='I';  M=-10,-30,-25,-35,-25,  5,-35,-25, 36,-30, 34, 20,-25,-25,-20,-25,-25,-10, 21,-20,  0,-25;
/M: SY='L';  M= -9,-25,-19,-28,-19,  6,-27,-17, 17,-25, 39, 24,-25,-26,-16,-17,-24, -4,  9,-21, -1,-17;
/M: SY='R';  M=-15, -5,-30, -5,  5,-25,-20, -5,-30, 40,-25,-10,  0,-15, 10, 50,-10,-10,-20,-20,-10,  5;
/M: SY='V';  M= -1,-24,-12,-27,-26, -2,-29,-28, 24,-19,  7,  7,-23,-25,-25,-19, -5,  9, 38,-29, -9,-26;
/M: SY='A';  M= 35,-12,-12,-20,-12,-17, -6,-20, -3,-13, -9, -7, -9,-12,-11,-19, 10,  2,  5,-24,-17,-12;
/M: SY='S';  M=  3, -2,-16, -7, -4,-18,-11, -9,-15, -1,-19,-11,  5,-15,  0,  6, 14, 10, -7,-30,-15, -3;
/M: SY='C';  M= -2, -6, 18, -7, 12,-23,-22,-14,-21, -7,-16,-14,-10,-17, -2,-11, -3, -8,-12,-34,-21,  5;
/M: SY='I';  M=-10,-30,-26,-36,-26,  4,-36,-26, 39,-30, 31, 20,-24,-24,-20,-26,-24,-10, 23,-20,  0,-26;
/M: SY='V';  M= -2,-30,-14,-31,-29,  1,-31,-29, 32,-22, 14, 12,-29,-29,-28,-21,-13, -2, 44,-28, -8,-29;
/M: SY='R';  M= -7, -2,-26,  0, 19,-23,-18, -4,-25, 14,-18,-13, -1,-11, 12, 26, -1, -3,-20,-24,-14, 13;
/M: SY='H';  M=-16, -3,-30, -3,  8,-28,-20, 33,-26, 11,-20, -3,  3,-16, 29, 27, -6,-13,-27,-23, -1, 15;
/M: SY='Q';  M=-10,  0,-30,  0, 20,-40,-20, 10,-20, 10,-20,  0,  0,-10, 60, 10,  0,-10,-30,-20,-10, 40;
/M: SY='D';  M= -2, 13,-24, 17,  8,-30,-11, -6,-28, 13,-25,-17,  6,-11,  6,  9,  3, -5,-19,-28,-16,  6;
/M: SY='G';  M= 13,  9,-22, 10, -1,-28, 14,-12,-27, -8,-22,-19,  5,-13, -8,-15,  4, -8,-19,-27,-23, -4;
/M: SY='F';  M=-20,-30,-20,-40,-30, 80,-30,-20,  0,-30, 10,  0,-20,-30,-40,-20,-20,-10,  0, 10, 30,-30;
/M: SY='F';  M=-14,-30,-20,-34,-24, 38,-30,-20, 12,-30, 34, 12,-26,-30,-28,-20,-26,-10,  6, -8, 12,-24;
/M: SY='D';  M= -4,  6,-22, 11,  8,-20,-17,-11,-11, -8, -6, -9, -3,-13, -4,-13, -2, -3, -8,-30,-14,  2;
/M: SY='H';  M=-14, -3,-28, -7, -1, -9,-21, 25,-17,  3,-14, -2,  4,-18,  8,  3, -9,-12,-19,-19,  7,  2;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='P';  M= -1,-14,-24,-10,  1,-19,-20,-17, -7, -5,-12, -9,-15, 11, -9, -7, -6, -6, -1,-28,-19, -6;
/M: SY='E';  M=  2,  1,-24,  3, 17,-25,-10, -7,-21,  2,-18,-14,  0, -9,  8,  2,  5, -4,-17,-27,-17, 11;
/M: SY='H';  M= 11, -6,-21,-11, -7,-15, -7, 32,-20,-11,-15, -6, -1,-16, -3,-11,  1, -9,-15,-22,  2, -7;
/M: SY='L';  M=-10,-26,-20,-30,-20,  6,-26,-12, 20,-22, 38, 37,-26,-26,-12,-16,-26,-10, 10,-20,  0,-16;
/M: SY='R';  M=-14, -9,-28, -9,  0,-21,-21, -7,-23, 31,-20, -8, -3,-18,  6, 47,-10, -9,-12,-21,-10,  0;
/M: SY='P';  M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='L';  M=-10,-29,-20,-30,-20,  9,-29,-17, 20,-27, 46, 25,-29,-29,-17,-19,-29,-10, 10,-20,  0,-19;
/M: SY='T';  M= -2,  0,-14, -9,-14,-10,-17,-15,  2,-12, -9, -6,  6,-19,-13,-12,  8, 15,  9,-33,-13,-14;
/M: SY='L';  M=-10,-29,-20,-30,-20,  9,-29,-18, 20,-28, 47, 24,-29,-29,-18,-19,-29,-10, 10,-20,  0,-19;
/M: SY='R';  M=-12, -4,-29, -3, 13,-23,-19,  5,-29, 23,-21,-11,  0,-14, 11, 39, -6,-10,-21,-23,-11,  9;
/M: SY='D';  M= -9, 19,-26, 27, 23,-28,-16,  1,-26,  0,-20,-18,  6, -8,  4, -6,  2, -2,-21,-32,-15, 13;
/M: SY='V';  M= -4,-30,-18,-34,-30,  0,-34,-30, 38,-24, 14, 14,-26,-26,-26,-24,-14, -4, 42,-26, -6,-30;
/M: SY='A';  M= 50,-10,-10,-20,-10,-20,  0,-20,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-20, 10,  0,  0,-20,-20,-10;
/M: SY='D';  M=-11, 19,-27, 30, 21,-30, -9, -4,-28, -2,-19,-19,  6,-10,  6, -8,  1, -7,-24,-33,-18, 13;
/M: SY='A';  M= 22, -4, -4, -7, 11,-23,-11,-14,-18, -5,-14,-14, -7,-10, -2,-14,  5, -1,-11,-27,-20,  4;
/M: SY='I';  M= -7,-30,-21,-33,-26,  4,-33,-26, 32,-27, 30, 17,-27,-27,-23,-23,-22, -7, 27,-23, -3,-26;
/M: SY='G';  M= -5,  2,-28,  6,  6,-31, 23,-10,-34, -2,-28,-19,  3,-13,  0, -7,  3,-12,-27,-26,-23,  3;
/M: SY='M';  M=-10,-25,-20,-30,-20,  5,-25,-10, 20,-20, 34, 41,-25,-25,-10,-15,-25,-10, 10,-20,  0,-15;
/M: SY='H';  M=-20,  0,-30,  0,  0,-20,-20,100,-30,-10,-20,  0, 10,-20, 10,  0,-10,-20,-30,-30, 20,  0;
/M: SY='E';  M= -3,  5,-29, 13, 47,-29,-18, -4,-27,  6,-20,-19, -3,  8, 14, -4,  0, -9,-27,-29,-21, 30;
/M: SY='S';  M= 10,  0,-10,  0,  0,-20,  0,-10,-20,-10,-30,-20, 10,-10,  0,-10, 40, 20,-10,-40,-20,  0;
/M: SY='T';  M=  0,  0,-10,-10,-10,-10,-20,-20,-10,-10,-10,-10,  0,-10,-10,-10, 20, 50,  0,-30,-10,-10;
/M: SY='I';  M= -5,-30,-20,-35,-30,  0,-35,-30, 40,-25, 15, 15,-25,-25,-25,-25,-15, -5, 40,-25, -5,-30;
/M: SY='S';  M= 10,  0,-10,  0,  0,-20,  0,-10,-20,-10,-30,-20, 10,-10,  0,-10, 40, 20,-10,-40,-20,  0;
/M: SY='R';  M=-20,-10,-30,-10,  0,-20,-20,  0,-30, 30,-20,-10,  0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10,  0;
/M: SY='V';  M= 19,-23,-10,-26,-23, -7,-19,-26, 15,-16,  3,  3,-23,-23,-23,-20, -3,  0, 31,-26,-14,-23;
/M: SY='T';  M= -2, -8,-13,-17,-15, -7,-24,-23,  4,-14, -3, -3, -7,-14,-14,-14, 10, 35, 10,-28, -8,-15;
/M: SY='S';  M= 13,  0,-13, -6, -4,-18, -8,-14,-16, -4,-19,-14,  4,-11, -4, -8, 20, 20, -7,-30,-16, -4;
/M: SY='N';  M= -8, 14,-24,  5, -1,-25,  7,  0,-24, -1,-25,-14, 25,-17,  8,  2,  5, -2,-26,-29,-18,  3;
/M: SY='K';  M=-12, -2,-30, -2,  8,-28,-20, -8,-30, 46,-28,-10,  0,-12, 10, 38,-10,-10,-20,-20,-10,  8;
/M: SY='Y';  M=-16,-20,-25,-23,-20, 26,-28,  6,  3,-14,  7,  8,-19,-27,-13,-12,-17, -4, -4, 12, 50,-19;
/M: SY='M';  M=-10,-26,-23,-33,-24,  1,-30,-16, 31,-20, 22, 34,-21,-22,-12,-18,-20, -9, 20,-21, -1,-20;
/M: SY='Q';  M=  2, -9,-23,-10,  3,-19,-18,  7,-10, -6, -4, -1, -6,-15, 10, -3, -5, -8,-12,-23, -7,  5;
/M: SY='T';  M=  1,  0,-10, -9, -9,-11,-19,-19,-11,-10,-11,-11,  1,-10, -9,-10, 21, 48, -1,-31,-11, -9;
/M: SY='P';  M=-10,-14,-38, -7,  2,-30,-19,-15,-20, -7,-29,-18,-13, 72, -2,-15, -8, -9,-30,-30,-27, -4;
/M: SY='R';  M=-17,-10,-27,-12, -4,-13,-21,  0,-22, 19,-15, -5, -3,-20,  5, 49, -8, -3,-15,-16, -1, -4;
/M: SY='G';  M= -2,-10,-30,-10,-18,-29, 60,-18,-39,-15,-29,-19,  0,-20,-17,-10, -1,-19,-29,-20,-28,-18;
/M: SY='L';  M=  0,-22,-17,-27,-20,  0,-26,-23, 17,-23, 22, 10,-21,-23,-18,-20,-12,  4, 15,-23, -5,-20;
/M: SY='F';  M=-17,-29,-23,-36,-27, 49,-32,-16, 11,-27, 16,  6,-21,-28,-30,-20,-21,-10,  5,  3, 28,-27;
/M: SY='E';  M= -6,  2,-31, 11, 43,-29,-19, -6,-27,  4,-21,-19, -5, 18, 12, -6, -1, -9,-28,-29,-22, 26;
/M: SY='L';  M=-11,-29,-20,-31,-21, 13,-29,-17, 19,-27, 43, 24,-28,-29,-19,-19,-28,-10,  9,-18,  2,-19;
/M: SY='K';  M=-13, -3,-30, -3,  7,-27,-20, -7,-30, 44,-27,-10,  0,-13, 10, 41,-10,-10,-20,-20,-10,  7;
/M: SY='Y';  M=  0,-19,-23,-23,-18, 19,-22,  2, -1,-14,  3, -1,-18,-24,-14,-15,-13, -7, -4, 10, 40,-18;
/M: SY='F';  M=-20,-30,-20,-40,-30, 80,-30,-20,  0,-30, 10,  0,-20,-30,-40,-20,-20,-10,  0, 10, 30,-30;
/M: SY='F';  M=-20,-30,-20,-40,-30, 80,-30,-20,  0,-30, 10,  0,-20,-30,-40,-20,-20,-10,  0, 10, 30,-30;
/M: SY='S';  M=  9, -1,-11, -5, -5,-18, -1,-14,-18,-11,-23,-17,  5,-11, -5,-11, 30, 24, -8,-35,-18, -5;
/M: SY='S';  M= 10, -6,-14, -8, -4,-18, -7,-11,-16, -3,-21,-14,  1,-14, -2,  4, 20,  8, -5,-31,-17, -4;
/M: SY='H';  M=  6, -3,-20, -5, -2,-22, -4, 22,-23, -5,-23,-11,  4,-14,  1, -6, 10, -2,-17,-29, -7, -2;
/M: SY='V';  M=  1,-28,-18,-33,-28, -2,-31,-29, 34,-23, 12, 12,-24,-24,-24,-24,-12, -4, 38,-25, -7,-28;
/M: SY='S';  M=  3,  4,-21,  5,  5,-26,  8, -8,-25, -7,-27,-18,  8, -9,  3, -9, 16,  1,-20,-32,-21,  4;
/M: SY='T';  M= 10, -2,-11, -8, -7,-16, -7,-17,-15,-10,-17,-14,  2,-10, -7,-12, 24, 30, -5,-31,-16, -7;
/M: SY='D';  M=  7,  9,-19, 12, 11,-27, -9, -8,-21, -3,-20,-16,  3,-10,  5, -9, 11,  2,-14,-31,-18,  8;
/M: SY='G';  M= -3,  4,-25,  8,  7,-28, 22,-11,-32, -8,-26,-20,  4,-12, -4,-12,  8, -5,-25,-29,-24,  2;
/M: SY='G';  M= -4, -2,-30,  0,-13,-30, 48,-16,-37,-16,-30,-21,  4, -8,-16,-18,  0,-17,-30,-24,-28,-15;
/M: SY='G';  M= -1, -8,-30, -7,-10,-30, 57,-17,-38,-16,-29,-19,  0,-18,-12,-17,  0,-19,-30,-21,-28,-11;
/M: SY='E';  M=  2, 12,-25, 19, 35,-29,-13, -5,-27,  3,-20,-20,  2, -4,  9, -6,  4, -6,-23,-30,-20, 22;
/M: SY='A';  M= 37,-11, -4,-19, -9,-22, -5,-20,-13,-11,-13,-11,-11, -2, -9,-20,  6, -2, -5,-23,-21, -9;
/I:         I=-6; MI=0; IM=0; DM=-15; MD=-15;
/M: SY='S';  M= 10, -4,-10, -4, -4,-18, -3,-13,-14,-11,-25,-16,  5,-12, -4,-11, 33, 17, -3,-38,-19, -4;
/M: SY='S';  M= 21,  0,-13, -5, -2,-22, -2,-10,-16, -7,-22,-14,  6,-11,  2,-11, 22,  8,-10,-31,-19,  0;
/M: SY='T';  M= -6,  4,-21,  4, 11,-16,-19, -7,-19,  1,-15,-14,  0,-10,  1,  1,  5, 14,-14,-24, -5,  5;
/M: SY='A';  M= 38, -2,-12, -8, -6,-22, -1,-17,-14, -9,-15,-13, -4,-10, -8,-18, 13,  1, -4,-25,-20, -7;
/M: SY='V';  M= -4,-27,-19,-31,-26, -1,-31,-27, 31,-24, 13, 12,-22,-24,-22,-23,-10, -3, 32,-26, -6,-26;
/M: SY='R';  M=-16,-12,-28,-12, -2,-17,-21, -2,-19, 20, -9,  1, -5,-19,  9, 44,-12,-10,-14,-20, -8,  1;
/M: SY='A';  M= 19, -1,-18, -5, -5,-19, -9, 11,-17, -9,-14, -9, -2,-13, -4,-13,  4, -1,-10,-23, -5, -6;
/M: SY='L';  M=-14,-17,-24,-20,-12,  2,-25,  1, -2, -6,  9,  8,-12,-23, -8,  5,-17, -9, -4,-18,  3,-11;
/I:         I=-6; MI=0; IM=0; DM=-15; MD=-15;
/M: SY='I';  M= -8,-30,-22,-36,-28,  5,-35,-28, 38,-27, 22, 16,-24,-25,-24,-25,-19, -7, 31,-22, -2,-28;
/M: SY='R';  M=-13, -4,-30, -3, 11,-26,-21, -5,-24, 31,-22, -8, -1,-12, 15, 32, -9,-10,-19,-21,-10, 11;
/M: SY='K';  M= -4,  2,-25, -1,  8,-26,-11, -5,-25, 18,-23,-12,  5,-12, 11, 18,  0, -3,-20,-24,-14,  9;
/M: SY='L';  M= -9,-25,-20,-29,-20,  5,-28,-17, 20,-24, 35, 24,-24,-25,-15,-18,-22, -3, 11,-21, -1,-18;
/M: SY='I';  M= -9,-29,-27,-36,-29,  0,-35,-29, 35,-26, 12, 12,-23,-22,-21,-26,-18, -7, 25, -4,  1,-28;
/M: SY='A';  M= 13, 11,-20,  8,  3,-26, -1, -7,-20, -5,-19,-13,  8,-12,  0,-11,  6, -4,-16,-28,-19,  2;
/M: SY='A';  M= 25, -4,-17, -9, -1,-25, -7,-10,-16, -1,-15,-10, -4,-11,  8, -4,  7, -2,-10,-22,-17,  3;
/M: SY='E';  M=-10,  9,-30, 18, 55,-30,-20, -1,-30, 14,-21,-19,  0, -1, 19,  3, -1,-10,-29,-29,-19, 37;
/M: SY='B';  M= -8, 23,-24, 23,  5,-25,-10, -4,-20,  0,-24,-18, 21,-13, -1, -6,  6, -2,-19,-35,-17,  2;
/I:         I=-6; MI=0; IM=0; DM=-15; MD=-15;
/M: SY='P';  M=  0,-12,-30, -9,  2,-26,-16,-13,-22,  6,-23,-14,-10, 31, -1,  5, -5, -8,-21,-25,-21, -2;
/M: SY='Q';  M= -2,  7,-22,  7,  5,-26,-14, -6,-23,  7,-20,-13,  3,-12,  9,  9,  4,  4,-16,-27,-14,  6;
/M: SY='K';  M= -1, 12,-25,  9,  6,-27,-12,  0,-26, 21,-26,-14, 12,-12,  3,  9, -2, -7,-20,-27,-13,  4;
/M: SY='P';  M= -7,-23,-31,-17, -9,-21,-23,-23, -4,-13,-17,-10,-23, 53,-16,-20,-10, -7, -6,-30,-23,-16;
/M: SY='L';  M=-11,-29,-20,-30,-20, 15,-30,-14, 16,-29, 43, 17,-27,-30,-21,-19,-28,-10,  7,-18,  4,-20;
/M: SY='S';  M= 10,  0,-10,  0,  0,-20,  0,-10,-20,-10,-30,-20, 10,-10,  0,-10, 40, 20,-10,-40,-20,  0;
/M: SY='D';  M=-20, 50,-30, 70, 20,-40,-10,  0,-40,  0,-30,-30, 20,-10,  0,-10,  0,-10,-30,-40,-20, 10;
/M: SY='D';  M= -3, 27,-23, 35, 11,-32, -7, -3,-29, -2,-26,-22, 14,-11,  4, -9, 10, -2,-22,-35,-19,  8;
/M: SY='K';  M=  3,  3,-23,  2,  6,-25,-14,-11,-24, 18,-21,-13,  0,-10,  2, 11,  0,  0,-15,-24,-14,  4;
/M: SY='I';  M=-10,-30,-27,-37,-27,  3,-37,-27, 42,-30, 28, 20,-23,-23,-20,-27,-23,-10, 24,-20,  0,-27;
/M: SY='V';  M= 16,-22,-10,-25,-22, -7,-20,-26, 15,-16,  2,  2,-22,-22,-22,-19, -2,  4, 31,-27,-13,-22;
/M: SY='D';  M=-10, 17,-26, 22, 17,-29, -9, -5,-29,  6,-24,-19,  9,-10,  5,  2,  3, -1,-23,-31,-17, 11;
/M: SY='L';  M=-10,-24,-23,-26,-16, -1,-29,-16, 16,-17, 26, 17,-22,-24, -8,-10,-21, -9,  9,-21, -3,-13;
/M: SY='L';  M=  2,-26,-18,-28,-18,  4,-24,-20, 14,-26, 38, 14,-26,-26,-18,-20,-22, -8,  8,-20, -4,-18;
/M: SY='K';  M= -6, -2,-27, -1, 11,-22,-13, -5,-26, 23,-23,-12, -2,-12,  6, 16, -4, -8,-20,-18, -6,  8;
/M: SY='E';  M= -3,  2,-24,  6, 14,-23,-13, -8,-21,  4,-13,-12, -2,-12,  3,  3, -3, -5,-16,-26,-15,  8;
/M: SY='Q';  M= 12, -1,-21, -2, 10,-29, -7, -5,-19, -1,-19,-10, -1, -9, 20, -5,  8, -3,-18,-24,-17, 15;
/I:         I=-6; MI=0; IM=0; DM=-15; MD=-15;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='I';  M= -3,-28,-23,-35,-27,  4,-33,-27, 34,-26, 18, 14,-22,-23,-22,-25,-16, -7, 27,-20, -2,-27;
/M: SY='D';  M=-13,  9,-27, 17,  6,-28,-18, -4,-18,  1,-17, -7,  0, -8, 10,  1, -5, -8,-13,-29,-14,  7;
/M: SY='I';  M= -7,-30,-22,-35,-29,  1,-35,-29, 39,-27, 21, 17,-25,-25,-23,-25,-18, -7, 34,-23, -3,-29;
/M: SY='A';  M= 46, -9,-10,-18, -9,-20,  0,-19,-11,-10,-12,-11, -8,-10, -9,-19, 13,  2, -1,-22,-20, -9;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2025_03 which contains 573'661 sequence entries.

Total number of hits	31 in 31 different sequences
Number of true positive hits	30 in 30 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	1
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	96.77 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Prokaryotes (Bacteria)
Maximum number of repetitions [info]	1
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	K_Hofmann
Version [info]	7

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

30 sequences

RP54_ACIFI  (P24695), RP54_ACIGI  (P33983), RP54_AZOC5  (P33984),

RP54_AZOVI  (P08623), RP54_BACSU  (P24219), RP54_BRADU  (P30332), 
RP54_CAUVC  (Q03408), RP54_CERSP  (Q01194), RP54_CLOK5  (P38944), 
RP54_CUPNH  (P28615), RP54_ECOLI  (P24255), RP54_HELPJ  (Q9ZLC8), 
RP54_HELPY  (P56143), RP54_KLEOX  (P06223), RP54_PSEAB  (A0A0H2ZGR9), 
RP54_PSEAE  (P49988), RP54_PSEPK  (P0A171), RP54_PSEPU  (P0A172), 
RP54_RHIET  (P49989), RP54_RHIME  (P17263), RP54_RHIML  (P33985), 
RP54_RHOCA  (P0CY59), RP54_RHOCB  (D5ANH9), RP54_SALTY  (P26979), 
RP54_SHEVD  (Q9S0L2), RP54_SINFN  (P22881), RP54_TREPA  (O83149), 
RP54_VIBAN  (O08429), RP54_XANEU  (P77998), RP55_BRADU  (P30333)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

UniProtKB/Swiss-Prot
False positive sequences

1 sequence

PK23_MEIRD  (M9XB82)

PDB
[Detailed view]

15 PDB

2MT3; 5NSR; 5NSS; 6GFW; 6GH5; 6GH6; 8F1I; 8F1J; 8F1K; 8RE4; 8REA; 8REB;
» more