PROSITE entry PS50012

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

PURL [info]	https://purl.expasy.org/prosite/signature/PS50012
Entry name [info]	RCC1_3
Accession [info]	PS50012
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-DEC-2001 CREATED; 13-FEB-2019 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC00544
Associated ProRule [info]	PRU00235

Name and characterization of the entry

Description [info]

Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ARNDCQEGHILKMFPSTWYVBZX'; LENGTH=53; TOPOLOGY=LINEAR;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=50;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.1375000; R2=0.0201000; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2423.8261719; R2=1.7536232; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=367; H_SCORE=3067; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=267; H_SCORE=2892; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: B1=-100; E1=-100; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; I=-20; D=-20;

...

                A   R   N   D   C   Q   E   G   H   I   L   K   M   F   P   S   T   W   Y   V   B   Z   X
/I:         B1=0;
/M: SY='G';  M=  0,-16,  0, -9,-25,-14,-15, 46,-16,-30,-22,-17,-15,-24,-18,  1,-11,-21,-24,-23, -7,-15, -8;
/M: SY='K';  M=-10, 11,  3,  1,-16,  4,  2,-15,  0,-20,-17,  9, -8,-21,-15, -4, -6,-26,-11,-16,  2,  2, -9;
/M: SY='V';  M= -1,-20,-26,-30, -8,-25,-26,-28,-26, 23, 15,-22, 10,  3,-27,-13, -3,-25, -6, 31,-27,-26, -9;
/M: SY='Y';  M=-16,-14,-20,-25,-25,-18,-20,-27,  0,  1,  6,-17,  1, 34,-28,-19, -9, 18, 46, -3,-23,-20,-10;
/M: SY='S';  M= 12,-14, -2,-11, -6,-10,-10, -1,-17,-13,-16,-12,-12,-16,-13, 17, 15,-30,-17, -2, -6,-10, -2;
/M: SY='W';  M=-16,-20,-30,-35,-21,-24,-27,-23,-26,-10, -5,-23,-10, 20,-29,-27,-17, 70, 18,-13,-32,-22,-15;
/M: SY='G';  M=  0,-19,  0, -9,-29,-19,-19, 68,-19,-39,-29,-19,-19,-29,-19,  0,-19,-19,-29,-29, -9,-19, -9;
/M: SY='S';  M= -5, -3, -4,-11,  0, -7,-10,-18,-10,-11, -7, -8, -4,-10,-20,  0,  0,-27, -8, -6, -7, -9, -8;
/M: SY='G';  M= -2,-12, 12, -3,-23,-12,-10, 18,-10,-22,-19,-12,-15,-12,-17,  0, -9,-19,-16,-21,  2,-11, -8;
/M: SY='D';  M= -6,  3,  8, 12,-22,  5, 11,-11, -4,-22,-21,  2,-16,-24,-11,  7,  2,-31,-16,-17, 10,  7, -6;
/M: SY='Q';  M=-11,  0, -1, -3,-14,  3, -2,-19,  5,-14,-11, -2, -2,-12,-19, -6, -6,-21,  0,-12, -1,  0, -9;
/I:         MI=-30; MD=-10; IM=-30; I=-10;
/M: SY='n'; D=10;  M=  0,  0,  4,  2, -2,  0,  0,  0,  0, -2, -3,  0, -2, -2, -1,  2,  0, -4, -2, -2,  3,  0,  0;
/I:         MD=-28; DM=-28;
/M: SY='n'; D=10;  M= -1,  0,  1,  1,  0,  0,  1, -1,  1, -3, -2,  0, -2, -3, -2,  0, -1, -4, -1, -3,  2,  0, -1;
/I:         DM=-10;
/M: SY='G';  M= -5,-11,  0,-10,-20,-14,-16, 32, -6,-29,-22,-13,-14,-16,-21, -3,-14,-17,-11,-23, -8,-16,-10;
/M: SY='Q';  M= -2,  5, -2, -3,-22, 31, 13,-17,  0,-16,-16,  5, -4,-30,-11,  0, -7,-22,-12,-18, -2, 22, -8;
/M: SY='L';  M= -9,-20,-28,-29,-13,-20,-20,-29,-20, 18, 39,-27, 17,  6,-26,-26, -9,-21, -2, 11,-28,-20,-10;
/M: SY='G';  M=  0,-18,  0, -8,-28,-17,-17, 60,-18,-37,-27,-18,-18,-27,-19,  0,-18,-19,-27,-28, -8,-17, -9;
/I:         MI=-30; MD=-15; IM=-30; I=-10;
/M: SY='l'; D=-5;  M=-10,  1,-13,-19,-19, -7,-12,-22, -5,  5, 13, -9,  7,  0,-20,-15, -7,-14,  2,  2,-17,-11, -8;
/I:         MD=-15; DM=-15;
/M: SY='g'; D=-5;  M= -2, -9, -3, -3,-18, -7, -4,  9,-10,-15,-11, -8, -8,-15, -5, -1, -5,-18,-12,-11, -5, -6, -6;
/I:         MD=-25; DM=-25;
/M: SY='t'; D=-5;  M= -4, -6,  0,  5,-20,  1,  9,-13, -6,-17,-16, -1,-11,-21,  1,  4,  6,-27,-14,-13,  3,  5, -5;
/I:         DM=-25;
/M: SY='s'; D=-5;  M= -5, -7,  6,  9,-21, -1,  6, -7, -5,-20,-19, -3,-14,-20, -4,  5,  0,-30,-15,-17,  7,  2, -6;
/I:         DM=-25;
/M: SY='e'; D=-5;  M= -4, -4, -2, -1,-23,  0,  7,-10, -8,-12, -9, -1, -5,-17,-13, -4, -7,-24,-13,-10, -1,  3, -8;
/I:         DM=-25;
/M: SY='d'; D=-5;  M=-10,  3,  1,  6,-24,  3,  8,-17, -3,-17,-13,  4, -7,-18,-10, -4, -5,-25,-10,-15,  4,  5, -8;
/I:         DM=-25;
/M: SY='e'; D=-5;  M= -7,  0,  2,  8,-25,  2, 10, -7, -7,-21,-19,  2,-12,-23, -6,  0, -6,-26,-15,-18,  5,  5, -8;
/I:         DM=-25;
/M: SY='e'; D=-5;  M= -6,  0,  0,  0,-17, -1,  3,-13, -9,-13,-14, -1, -9,-17,-14,  2, -1,-27,-13, -7,  0,  0, -7;
/I:         DM=-15;
/M: SY='a'; D=-5;  M=  1, -5, -4, -8,-15, -2,  0,-10, -7,-11, -7, -4, -5,-15,-15, -2, -3,-23,-11, -8, -5, -1, -7;
/I:         MI=0; MD=-30; IM=0; DM=-15; I=-5;
/M: SY='P';  M= -9,-19,-19, -9,-39, -9,  0,-19,-19,-19,-29, -9,-19,-29, 88, -9, -9,-29,-29,-29,-19, -9, -9;
/M: SY='T';  M= -3,  0, -6,-11,-17,  1, -4,-18,-13, -7, -9, -2, -5,-16,-15,  1,  8,-21,-10, -3, -8, -2, -6;
/M: SY='L';  M= -9,  2, -8, -8,-21,  2,  1,-22, -8,-10, -5,  1, -3,-18, -4,-11, -9,-24,-11,-11, -9,  0,-10;
/M: SY='V';  M= -5,-17,-18,-27,-14,-20,-23,-26,-22, 22, 11,-20, 11,  0,-24,-11, -1,-25, -6, 25,-22,-23, -9;
/I:         MI=-30; MD=-15; IM=-30; I=-10;
/M: SY='p'; D=-5;  M= -5, -2, -7, -6,-23, -2,  0,-11, -9,-12,-13,  0, -7,-17,  8, -4, -4,-20,-11,-11, -8, -3, -7;
/I:         MD=-21; DM=-21;
/M: SY='l'; D=-5;  M= -3, -9, -7,-10,-22, -8, -7, -7,-13, -9, -2,-11, -4, -9,-13, -5, -5,-18,-10, -8, -9, -7, -7;
/I:         MD=-21; DM=-21;
/M: SY='l'; D=-5;  M= -8, -7,-13,-17,-22,-11, -8,-21,-14,  0,  9, -8,  2,  0,-12,-14, -4,-17, -2, -3,-15,-10, -8;
/I:         MD=-21; DM=-21;
/M: SY='n'; D=-5;  M= -1, -3,  5,  3,-20,  0,  2, -6, -5,-18,-18, -1,-12,-20, -1,  3, -1,-22,-14,-17,  3,  1, -6;
/I:         MD=-21; DM=-21;
/M: SY='t'; D=-5;  M= -3, -4,  1,  0,-17, -3,  0, -6, -8,-13,-12, -3, -9,-12, -9,  2,  1,-21,-11, -9,  1, -1, -5;
/I:         MI=0; MD=-30; IM=0; DM=-15; I=-5;
/M: SY='K';  M= -6, -1,  3,  1,-25, -2,  0,-14, -2,-14,-19,  1,-10,-21, -2, -2, -5,-28,-13,-13,  1, -2, -8;
/M: SY='V';  M= -5,-23,-24,-34,-13,-25,-28,-31,-27, 28, 11,-24, 10,  5,-26,-15, -6,-17, -2, 30,-29,-28,-10;
/M: SY='V';  M= -4, -5,-14,-18,-14,-11,-13,-25,-19,  6,  0, -6,  2,-10,-21, -8, -3,-26, -9, 12,-16,-13, -9;
/M: SY='Q';  M= -4, -3,  0,  2,-20, 12,  4,-10,  0,-19,-19,  0, -9,-23,-13,  6, -1,-25, -7,-17,  0,  7, -7;
/M: SY='V';  M=  0,-22,-24,-32,-16,-25,-27,-29,-27, 28, 14,-23, 11,  3,-25,-13, -4,-23, -5, 33,-28,-27, -9;
/M: SY='A';  M= 25,-17, -6,-16,-14,-10, -9,  0,-18,-12,-14,-12,-11,-13,-12, 11,  2,-19,-15, -4, -9,-10, -2;
/M: SY='C';  M= 12,-20, -9,-18, 25,-15,-16, -5,-21,-18,-17,-17,-13,-19,-18,  6,  0,-33,-22, -6,-12,-16, -7;
/M: SY='G';  M=  0,-19,  0, -9,-28,-19,-19, 64,-19,-38,-29,-19,-19,-28,-19,  1,-15,-20,-28,-28, -9,-19, -9;
/M: SY='G';  M= -1, -7,  5,  4,-25, -1,  2, 15, -7,-29,-24, -4,-17,-26,-13,  3, -7,-22,-19,-23,  3,  0, -8;
/M: SY='D';  M=-11, -5,  5,  5,-25,  5,  1,-15, 14,-17,-15, -5, -5,-13,-17, -3, -8,-15,  3,-18,  5,  2, -9;
/M: SY='H';  M=-16, -4,  1, -8,-20,  2, -5,-21, 62,-21,-12,-12,  0, -9,-21, -9,-14,-26, 13,-20, -6, -4, -9;
/M: SY='T';  M=  1,-12,  1,-10, -7, -9, -9,-10,-16,-10,-12,-13, -9,-11,-14, 17, 23,-31,-13, -3, -4, -9, -3;
/M: SY='V';  M= -2,-19,-23,-29,-14,-22,-23,-25,-21, 15, 14,-22,  7, 10,-26,-14, -6,-16,  1, 18,-25,-23, -9;
/M: SY='A';  M= 18,-21,-15,-26, -4,-16,-18,-16,-21,  4,  2,-18,  2, -5,-18, -3, -3,-21,-10,  8,-18,-17, -5;
/M: SY='L';  M= -6,-17,-26,-29,-18,-20,-21,-27,-21, 19, 32,-24, 15,  5,-27,-21, -6,-21, -2, 16,-27,-21, -9;
/M: SY='T';  M= -1,-13, -1, -1,-13,-10, -6,-12,-16,-11, -9,-12,-10,-13,-14,  8, 16,-30,-13, -3,  0, -8, -4;
/M: SY='E';  M= -1, -1,  1,  0,-22,  5,  9,-15, -5,-15,-16,  2,-10,-22, -8,  4,  0,-28,-13,-12,  0,  6, -6;
/M: SY='D';  M= -8, -1, 13, 27,-25,  4, 15, -8, -3,-29,-26,  5,-21,-30, -7,  5, -3,-33,-18,-23, 21,  9, -7;
/I:         E1=0;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2025_02 which contains 573'230 sequence entries.

Total number of hits	427 in 94 different sequences
Number of true positive hits	412 in 80 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	15 in 14 different sequences
Number of false negative sequences	2
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	96.49 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	99.52 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info]	19
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	K_Hofmann
Feature key [info]	REPEAT
Feature description [info]	RCC1
Version [info]	6

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences	80 sequences ALS2_DROME (Q9VNZ8), ALS2_HUMAN (Q96Q42), ALS2_MOUSE (Q920R0), » more Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits: [Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color] [Clustal format, plain text] [Fasta format] Retrieve the sequence logo from the alignment
UniProtKB/Swiss-Prot False negative sequences	2 sequences FMP25_YEAST (Q08023), TITIN_MOUSE (A2ASS6)
UniProtKB/Swiss-Prot False positive sequences	14 sequences CKI4_ORYSJ (Q75J39), MURQ_KLEAE (Q8GC81), MURQ_PHOLL (Q7N9D8), » more
PDB [Detailed view]	40 PDB 1A12; 1I2M; 3KCI; 3MVD; 3OF7; 4D4O; 4D4P; 4D4Q; 4D9S; 4DNU; 4DNV; 4DNW; » more